L’OFDM est une technique de modulation multiporteuses largement utilisée dans des applications de communications filaires et sans-fils comme le DVB-T/T2, le Wifi, et la 4G, grâce à sa robustesse contre les canaux sélectifs en fréquence en comparaison avec la modulation monoporteuse. Cependant, le signal OFDM souffre de grandes variations d’amplitude. Les fluctuations de l’enveloppe du signal OFDM génèrent des distorsions non-linéaires quand on introduit le signal dans un équipement non-linéaire comme l’amplificateur de puissance. Réduire les variations du signal améliore le rendement de l’amplificateur, réduit la consommation énergétique et diminue les émissions de CO2 des transmissions numériques.Le PAPR (rapport de la puissance crête sur la puissance moyenne) est une variable aléatoire qui a été introduite pour mesurer les variations du signal. Il existe plusieurs systèmes multiporteuses basés sur différentes bases de modulation et filtres de mise en forme. Nous prouvons d’abord dans ces travaux que le PAPR dépend de cette structure de modulation. Ensuite, nous étudions le comportement du PAPR vis-à-vis des formes d’ondes utilisées dans la modulation. Le problème de réduction du PAPR est ainsi formulé en un problème d’optimisation. Par ailleurs, une condition nécessaire pour construire des formes d’ondes avec un meilleur PAPR que l’OFDM est développée. Cette condition est notamment satisfaite par des bases en ondelettes. Enfin, une nouvelle forme d’onde en paquets d’ondelettes adaptative est proposée, permettant des gains significatifs en PAPR, tout en maintenant les avantages des modulations multiporteuses. / OFDM is a multicarrier modulation system widely used in wireline and wireless applications such as DVB-T/T2, Wifi, and 4G, due to its resilience against frequency selective channels compared with the single carrier modulation systems. However, the OFDM signal suffers from large amplitude variations. The fluctuations of the OFDM envelope generate non-linear distortions when we introduce the signal into a non-linear device like the power amplifier. Reducing the variations of the signal improves the power amplifier efficiency, reduces the energy consumption and decreases CO2 emissions.The peak-to-average power ratio (PAPR) has been introduced as a random variable that measures the power variations of the signal. There exist several multicarrier modulation systems based on different modulation basis and shaping filters. We first prove in this work that the PAPR depends on this modulation structure. Moreover, the behaviour of the PAPR regarding to the modulation waveforms is analysed and the PAPR reduction problem is formulated as an optimization problem. Furthermore, a necessary condition for designing waveforms with better PAPR than OFDM is developed. This necessary condition is particularly satisfied by wavelet basis. Finally, a new adaptive wavelet packet waveform is proposed, allowing significant gain in terms of PAPR, while keeping the advantages of multicarrier modulations.

L’apparition d’une réponse immunitaire contre le Facteur VIII (FVIII) de la coagulation est une complication majeur qui survient chez 30% des hémophile A sévères. Bien que des avancées importantes aient abouti au développement de nouvelles molécules de FVIII thérapeutiques, les mécanismes conduisant à l’apparition d’une réponse immunitaire anti-FVIII restent non élucidés. Des facteurs de risques génétiques et environnementaux ont été identifiés ou suggérés, mais une compréhension complète des processus immunologiques permettant l’initiation de cette réponse au dépend de l’induction de tolérance immune chez 30% des patients restent incomprise. Ma thèse porte sur les aspects fonctionnels et structurels du FVIII et leur rôle dans l’initiation de la réponse immunitaire anti-FVIII chez le modèle murin hémophile A. Le premier rôle du FVIII est sa participation à la cascade de la coagulation, et donc la première partie de ma thèse adresse le rôle du processus de coagulation dans l’initiation de la réponse immunitaire anti-FVIII. La seconde partie de ma thèse se concentre sur l’importance des résidus du domaine C2 impliqué dans la liaison aux phospholipides dans l’endocytose et la présentation du FVIII par les cellules présentatrices de l’antigène in vitro et discute de leur relevance in vivo. / Immunogenicity of Factor VIII (FVIII) is a major hurdle that affects about 30% of severe hemophilia A patients. Though a significant advancement has been accomplished in the development of newer FVIII molecules, the factors that drive FVIII immune responses remain elusive. Many genetic and environmental risk factors have been identified or suggested but a complete understanding of the immunological basis for the antibody formation and the mechanism(s) behind tolerance induction, in the 30% of the patients that never develop anti-FVIII antibodies, are not understood. My thesis involves overlapping aspects important for initiation of an anti-FVIII immune response in a mouse model of hemophilia A. The primary role of FVIII is its participation in coagulation-associated events and thus, the first part of my thesis addresses whether coagulation events per se are implicated in the initiation of anti-FVIII immune responses. The second part of my thesis focuses on the importance of the membrane binding residues within the C2 domain of FVIII in antigen uptake and presentation by antigen presenting cells in vitro and discusses its relevance in vivo.

Le domaine de la reconnaissance automatique du locuteur (RAL) recouvre l’ensembledes techniques visant à discriminer des locuteurs à partir de leurs énoncésde voix. Il se classe dans la famille des procédures d’authentification biométrique del’identité. La reconnaissance du locuteur a connu ces dernières années une avancée significativeavec un nouveau concept de représentation de l’énoncé de voix, désignésous le terme de i-vector. Ce type de représentation s’appuie sur le paradigme de modélisationpar mélange de gaussiennes et présente la particularité de se réduire numériquementà un vecteur de dimension faible, au regard des représentations précédentes,et pourtant très discriminant vis à vis du locuteur.Les travaux présentés dans cette thèse s’inscrivent dans ce nouveau contexte. Orientésautour de cette représentation, ils visent à en comprendre et évaluer les hypothèses,les points fondamentaux, le comportement et les limites.Nous avons en premier lieu conduit une analyse statistique sur cette nouvelle représentation.L’étude a porté sur l’effet et l’importance relative des différentes étapes deconstitution et d’exploitation du concept. Cette analyse a permis de mieux comprendreses caractéristiques, mais aussi de faire apparaître des défauts de la représentation quinous ont conduits à mettre en place de nouvelles transformations dans cet espace. L’objectifde ces techniques est de faire converger les données vers des modèles théoriques,à meilleur pouvoir discriminant. Nous recensons et démontrons un certain nombre depropriétés induites par ces transformations, qui justifient leur emploi. En terme de performance,ces techniques réduisent d’un ordre de grandeur de 50% les taux d’erreurdes systèmes basés sur les i-vectors et des postulats gaussiens, permettant notammentd’atteindre par la voie du cadre probabiliste gaussien les meilleurs taux de détectiondans le domaine.Une évaluation générale des composants de la méthode est ensuite détaillée dansce document. Elle met en avant l’importance de certaines étapes, permettant ainsi dedégager, par comparaison à des méthodes alternatives, les approches fondamentalesqui confèrent au concept une valeur de paradigme. Nous montrons la primauté decertaines étapes stratégiques dans la chaîne des traitements, parmi lesquelles les transformationsque nous avons mises en place, et leur relative indépendance aux méthodes et hypothèses adoptées.Des limites de la solution sont mises au jour et exposées dans une étude dite d’anisotropie,qui relativise sa capacité à produire une paramétrisation linéaire globale des variabilitésqui soit optimale.En parallèle de ces investigations, nous avons participé à l’exploration d’un nouveaumodèle alternatif à la solution la plus usuelle de représentation des énoncés devoix. Conçu par J.F. Bonastre, il produit des vecteurs sous forme de clés binaires etfournit les moyens de les comparer, en suivant une voie semi-paramétrique basée surune nouvelle approche de la problématique. Cette exploration a contribué à l’améliorationde ce modèle et à l’ouverture de nouvelles pistes. Elle a été également utile à notreévaluation du concept de i-vector.Les travaux présentés dans ce document contribuent à l’amélioration de ce modèleet à l’ouverture de nouvelles pistes. Ils sont également utiles à notre évaluation duconcept de i-vector.Enfin, quelques aménagements des solutions i-vectors à des cas particuliers ont étémis en place : nous proposons de nouvelles variantes pour gérer la décision sur lesénoncés de courte durée (qui constituent l’un des enjeux actuels du domaine) et sur lesénoncés présentant une divergence a priori (support, durée, langue distincts).L’ensemble de ces travaux vise à mieux circonscrire les pistes de recherche les plusporteuses autour de ce nouveau concept de représentation de la voix humaine / The speaker recognition field covers all the techniques intended to authentify theidentity by using voice utterances. Speaker recognition has experienced in recent yearsa significant step forward with a new concept of representation, referred to as the ivector. This type of representation is based on the Gaussian mixture model paradigmand has the distinguishing feature of being a small size vector compared to previousrepresentations, yet very discriminating towards the speaker.The works presented in this thesis are within that new context. Focused on thisrepresentation, they aim to better understand it and assess its assumptions, highlightits key points, its behaviors and limits.We first carried out a statistical analysis of this new representation. This analysishelped to better understand its characteristics, but also reveal defaults of the representationthat led us to develop new transformations. The goal of these techniques is tomove data towards a theoretical model, having a better accuracy for discrimination.We identify and demonstrate a number of properties of these transformations whichjustify their relevance. In terms of performance, applying these techniques reduce byan order of magnitude of 50% the error rate of systems based on i-vectors and Gaussianassumptions and yield the best detection rate in the field through the Gaussianprobabilistic framework. A complete evaluation of the system components is detailed later in this document.By comparing the fundamental approaches to alternative methods, this evaluationidentifies and highlights the fundamental steps that give the concept a value ofparadigm.We show the primacy of some strategic steps in the process chain, includingour propositions, and their relative independence from methods and assumptions.Limits of the solution are uncovered and exposed in a study of "anisotropy", whichreveals some lack of compliance of i-vector distributions with Gaussian assumptions.Alongside these investigations, we participated in the exploration of a new model,alternative to the most usual statistical representations of utterances, which relies on asemi- parametric representation. Designed by J.F. Bonastre, it produces binary key vectorsand provides the means to compare them. This exploration has contributed to the improvement of this model and opens new gates. It was also helpful to our evaluationof the concept of i -vector.Some adaptations of i-vector approach to special speaker recognition tasks are described: we propose new variants to handle short duration utterances ( which is oneof the current issues in the field ) and to deal with a priori mismatch (for example ofsupport, time or distinct language).We hope that this work will better highlight some of the most promising slopes ofresearch around this new concept of representation for speaker recognition

Glioblastome représente la tumeur la plus courante du cerveau primaire avec une survie de moins de 2 ans. Ces tumeurs sont très infiltrantes et angiogéniques et contiennent une sous population de cellules souches cancéreuses. Nkx2.2 est un homéodomaine facteur de transcription, impliqué dans la formation d'oligodendrocytes au cours du développement. Nkx2.2 joue un rôle central dans la tumorogenèse de Ewing'sarcoma. L'utilisation de la QPCR et de la matrice du tissu de gliome, nous a permis de mettre en évidence la forte expression de Nkx2 dans le glioblastome. Nkx2.2 a également été détecté dans 3 cultures de cellules de gliomes où il est co-exprimé avec des marqueurs de cellules souches tels que CD133 et CD15. Il a été récemment proposé que la surexpression de Nkx2.2 pourrait induire à la différenciation oligodendrocytaire de la cellule du gliome tige-comme et au blocage de la formation des tumeurs dans la xénotransplantation (Cancer Res fév 2011 1; 71 (3): 1135-1145). Pour explorer cette possibilité, nous avons utilisé des rétrovirus pour surexprimer Nkx2.2 dans nos cultures cellulaires. De manière surprenante, nous avons trouvé que Nkx2.2, induit la prolifération des cellules souches du gliome et n'a en conséquent aucun effet de différenciation. Microarray analyses a confirmé que la surexpression de Nkx2.2 n'a en effet aucune influence sur la différenciation des oligodendrocytes. Cette analyse a également révélé que Nkx2.2 était capable d'induire une forte expression de YKL-40 40 dans le surnageant des cellules souches du gliome. YKL-40 est en fait, une glycoprotéine sécrétée et impliquée dans l'inflammation, l'angiogenèse et la prolifération. Elle est souvent associée à un mauvais pronostic dans plusieurs types de cancers. En outre, nous avons effectué une transplantation orthotopique afin d'explorer le rôle de Nkx2.2 dans la gliomagenèse in vivo et avons constaté que Nkx2.2 ne réduit pas l'agressivité du glioblastome.Dans l'autre partie de ma thèse, nous avons utilisé la gamme Taqman à basse densité et la validation des miRNA par la Qpcr afin de chercher ces derniers dans la culture cellulaire du glioblastome humain. Nous avons ensuite étudié le rôle des miARN dans la transcription de 3'UTR de Nkx2.2. Les résultats d'analyse de la mutagénèse dirigée (SDM) et de la double-luciférase ont montré que l'expression de Nkx2.2 est régulée par la diminution de mir-133b ainsi que celle de mir-202. / Glioblastoma represent the most common primary brain tumor with an overall survival of less than 2 years. These tumors are highly infiltrative and angiogenic and contain a sub population of cancer stem cells. Nkx2.2 is a homeodomain transcription factor which is implicated in the formation of oligodendrocytes during development. Nkx2.2 is central in tumorogenesis of Ewing'sarcoma. Using QPCR and glioma tissue array, we found that Nkx2.2 is highly expressed in glioblastoma. Nkx2.2 was also detected in 3 glioma stem-like cell cultures (neurospheres) where it is co-expressed with stem cell markers such as CD133 and CD15. It was recently proposed that overexpression of Nkx2.2 could induce terminal oligodendrocytic differentiation of glioma stem-like cell and inhibit tumor formation in xenotransplantation (Cancer Res. 2011 Feb 1;71(3):1135-45).To explore this possibility further, we used retroviruses to overexpress Nkx2.2 in our cell cultures. Surprisingly, we found that Nkx2.2, induce glioma stem cell proliferation and had no oligodendrocyte differentiating effect. Microarray analyses confirmed that Nkx2.2 overexpression had no influence in oligodendrocyte differentiation. This analysis further revealed that Nkx2.2 was able to induce a strong expression of YKL40 protein in the supernatant of glioma stem cells and increase YKL-40 promoter activity. YKL-40 is a secreted glycoprotein which is involved in inflammation, angiogenesis and proliferation and which is often associated with a bad prognosis in several cancers. In addition, we performed orthotopic transplantation to explore the role of Nkx2.2 in gliomagenesis in vivo and found that Nkx2.2 did not reduce the aggressiveness of glioblastoma. In the other part of my thesis we used Taqman low-density arrays (TLDA) and individual miRNA QPCR validation to find the microRNA (miRNA) signature in human glioblastoma cell cultures. Then we investigated the role of miRNA in the 3'UTR of Nkx2.2 transcript. Site directed mutagenesis (SDM) and dual-Luciferase reporter assay results showed that the Nkx2.2 expression is downregulated by mir-133b and mir-202.

Les peptides et les protéines jouent un rôle central dans les processus biologiques. Les méthodes de production de ces molécules se sont fortement développées dans le but de déterminer leur structure, comprendre leurs fonctions et développer de nouvelles thérapies. En particulier, la synthèse chimique des protéines s’est fortement développée dans les années 1960 avec l’introduction de la chimie peptidique en phase solide (SPPS) par B. Merrifield. Depuis les années 1990, la combinaison de méthodes de ligation chimique natives et de stratégies d’assemblage séquentielles et convergentes ont permis la synthèse de nombreuses protéines. Cependant, la synthèse de protéines de haut poids moléculaires reste un défi synthétique. Il est donc important de développer de nouveaux systèmes de ligation chimique et des stratégies d’assemblage plus performantes. Une nouvelle méthode de ligation native, la ligation SEA, repose sur la capacité des segments bis(2-sulfanylethyl)amido (SEA) à réagir en milieu aqueux avec des cystéinyl peptides. Différents outils chimiques basés sur l’utilisation du groupement SEA ont été développés dans cette thèse. La première partie de ce manuscrit présente une méthode d’assemblage séquentiel de segments peptidiques en solution s’effectuant du N-terminal vers le C-terminal. Cette méthode a permis la synthèse du domaine N-terminal du facteur de croissance des hépatocytes (HGF). Afin de surmonter les limitations de l’assemblage en solution, la seconde partie de cette thèse porte sur le développement d’un procédé de synthèse de protéines par ligation native séquentielle en phase solide du N-terminal vers le C-terminal. Enfin, une dernière partie exploite la réactivité des segments bis(2-selanylethyl)amido (SeEA) et leur potentiel pour la synthèse de nouveaux échafaudages peptidiques. / Peptides and proteins play a crucial role in all fundamental biological processes. Chemical methods have been developed for the production of peptide and proteins which allows understanding their structures, functions and the development of novel therapies. In particular, the introduction of the Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) by Merrifield in the 60s, followed by the emergence of peptide ligation methods in the 90s have opened the way to the preparation of synthetic proteins. Recently, the developments of sequential and convergent assembly methods give access to large synthetic proteins. However, the synthesis of high molecular weight proteins remains a challenging task. Therefore, it is necessary to develop novel peptide ligation methods and assembly scheme strategies. Central to this PhD work is the recently developed bis(2-sulfanylethyl)amido (SEA) native peptide ligation method. The first part of this manuscript describes an efficient sequential assembly method in the N-to-C direction for protein synthesis in solution which was used for producing a functional N domain of Hepatocyte Growth Factor‎ (HGF). We next examined also a solid phase method for the sequential native ligation of unprotected peptide segments in the N-to-C direction to overcome the limitations in solution. The last part of the manuscript reports the chemicals properties of bis(2-selanylethyl)amido (SeEA) peptide segments and their usefulness for building novel peptide scaffolds.

L’hémophilie A est une maladie hémorragique rare liée au chromosome X qui se traduit par un déficit en facteur VIII (FVIII) fonctionnel. Chez les patients atteints de la forme sévère de l’hémophilie A, l’apparition d’hémorragies incontrôlées augmente la morbidité et affecte leur qualité de vie. Le traitement de choix permettant de prévenir ou de traiter les saignements consiste en l’injection intraveineuse de FVIII thérapeutique. Cependant, chez 5 à 30% des patients, une réponse immunitaire dirigée contre le FVIII se développe. La réponse anti-FVIII est caractérisée par l’apparition d’anticorps qui inhibent l’activité pro-coagulante du FVIII. Ainsi l’apparition de ces anticorps, appelés « inhibiteurs » représente-t-elle la complication majeure du traitement des patients hémophiles A. Plusieurs facteurs de risque ont été suggérés ou proposés comme affectant le développement de la réponse anti-FVIII. Parmi eux, supporté par la théorie du « danger », la présence de médiateurs pro-inflammatoires générés par les épisodes de saignement est considérée comme adjuvant dans la réponse immunitaire anti-FVIII. Cependant, les saignements induisent de nombreux mécanismes pro mais aussi anti-inflammatoires. Ainsi, l’activation de l’endothélium vasculaire induit-elle le recrutement et l’activation des cellules effectrices appartenant aux compartiments innés et adaptatifs du système immunitaire. Au cours de ma thèse, je me suis concentré sur le rôle des saignements dans le développement de la réponse immunitaire dirigée contre le FVIII. Ainsi, ai-je découvert une association entre la présence d’un polymorphisme dans un gène induit par les saignements et la présence d’inhibiteurs du FVIII dans une cohorte de patients hémophiles A sévères. J’ai également étudié le développement de la réponse immunitaire dirigée contre le FVIII thérapeutique dans un modèle murin qui mime les saignements locaux observés chez les patients hémophiles A sévères. Finalement, j’ai caractérisé l’effet des formes réactives de l’oxygène (FRO), qui sont générées au niveau du site de saignement, sur la structure, la fonction et l’immunogénicité du FVIII. Les résultats obtenus au cours de ma thèse démontrent que les saignements ne sont pas associés à un risque plus élevé de développer des inhibiteurs dans le modèle murin largement utilisé d’hémophilie A sévère, contrairement à ce qui est communément admis. De plus, j’ai démontré une association entre un polymorphisme présent dans le promoteur du gène HMOX1 et la survenue d’inhibiteurs dans une cohorte de patients atteints d’hémophilie A sévère. En parallèle, je décris pour la première fois une altération du statut oxydatif chez les souris déficientes en FVIII et je démontre que le contrôle du statut oxydatif in vivo permet de moduler la réponse immunitaire anti-FVIII. Au contraire, l’exposition du FVIII aux FRO augmente son immunogénicité. De fait, mes résultats suggèrent que, bien que les molécules pro-inflammatoires libérées suite aux saignements puissent affecter positivement la réponse immunitaire dirigée contre le FVIII, de puissants médiateurs anti-inflammatoires sont générés in vivo et amenuisent l’effet potentiellement adjuvant des saignements. Également, ces résultats soulignent la balance complexe entre les médiateurs pro- et anti-inflammatoires qui sont générés consécutivement aux saignements ainsi que leurs effets sur la réponse immunitaire dirigée contre le FVIII thérapeutique. / Hemophilia A is a rare X-linked hemorrhagic disease consecutive to the lack of functional pro-coagulant factor VIII (FVIII). In patients with the severe form of hemophilia A, uncontrolled hemorrhages increase the morbidity and affect the quality of life. To prevent or treat bleeding episodes, therapeutic FVIII is administered intravenously. However, an anti-FVIII immune response develops in 5 to 30% of the patients. The anti-FVIII immune response is characterized by the development of anti-FVIII IgG antibodies that inhibit FVIII activity. These antibodies, referred to as “FVIII inhibitors” represent the major complication in the treatment of hemophilia A patients. Several risk factors have been suggested or proposed to predispose to the development of FVIII inhibitors. Amongst them, inspired by the “danger” theory, the presence of inflammatory mediators released upon bleeding episodes is thought to adjuvant the anti-FVIII immune response. Bleeding episodes trigger several pro and anti-inflammatory mechanisms. Thus, damage to the endothelium triggers the recruitment and activation of effector cells from the innate and adaptive compartments of the immune system. During my PhD, I investigated the role of bleedings in the development of the anti-FVIII immune response. Thus, I discovered an association between a polymorphism in the promoter region of a gene that is induced in response to bleedings, and the presence of FVIII inhibitors in a cohort of patients with severe hemophilia A. I followed the development of the immune response to therapeutic FVIII in a mouse model that mimics the localized bleedings found in patients with severe hemophilia A. Ultimately, I characterized the effects of reactive oxygen species (ROS) that are potentially released at the bleeding site in view of the structure, function and immunogenicity of the FVIII molecule. The results I obtained during my PhD demonstrate that bleedings are not associated with a higher risk for FVIII inhibitor development in the commonly used mouse model of severe FVIII deficiency. Additionally, I demonstrated an association between a polymorphism in the promoter of the HMOX1 gene and the presence of FVIII inhibitors. In parallel, I report for the first time an exacerbated oxidative status in FVIII-deficient mice as compared to control mice, and demonstrate that the control of the oxidative status in vivo reduces the anti-FVIII immune response. Conversely, the exposure of FVIII to ROS ex vivo increases the immunogenicity of the FVIII molecule. Taken together, my results suggest that, although the pro-inflammatory molecules released upon bleeding may positively affect the anti-FVIII immune response, several strong anti-inflammatory compounds are generated in vivo that dampen the potential adjuvant effect of bleedings. Ultimately, these results highlight the complex balance between the pro and anti-inflammatory mediators generated upon bleeding and their effect on the anti-FVIII immune response.

Deux tiers des cancers du sein expriment le récepteur à l’estrogène alpha (REα) et leur croissance dépend des estrogènes alors que l’expression de REα induit la différenciation et la sénescence des cellules humaines mammaires épithéliales normales. Le développement embryonnaire et la différenciation de la glande mammaire adulte sont contrôlés par des facteurs de transcription, dont beaucoup sont aussi impliqués dans la tumorigenèse. Plusieurs études d'association pan-génomiques ont identifié le putatif facteur de transcription TOX high mobility group box family member 3 (TOX3) comme un nouveau gène de prédisposition au cancer du sein.L’objectif de cette étude était la caractérisation fonctionelle de TOX3 dans l’épithélium mammaire normal et le cancer du sein.J’ai examiné l’expression de TOX3 dans des tumeurs du sein humaines et dans le sein normal par analyse des données d’expression issues de puces à ADN. L’effet de TOX3 sur la différenciation des cellules épithéliales mammaires était analysé par des assays CFC et FACS. De plus, j’ai effectué une analyse microarray des cellules luminales cancéreuses MCF-7 exprimant TOX3 afin d’identifier les gènes cibles de TOX3 ainsi que la méthode de purification d’affinité en tandem (TAP) combinée à la spectrométrie de masse afin d’identifier des protéines interactants de TOX3. Finalement, j’ai étudié le potentiel oncogénique de TOX3 dans un modèle de xénogreffe. / Two thirds of breast cancers express the estrogen receptor alpha (ERα) and are estrogen-dependent for growth. In contrast, expression of ERα induces differentiation and senescence in normal human mammary epithelial cells. Both embryonic development and lineage commitment in the adult mammary gland are governed by transcriptional regulators, many of which have also been implicated in tumourigenesis. Genome-wide association studies have identified the previously uncharacterised putative transcription factor TOX high mobility group box family member 3 (TOX3) as a new candidate breast cancer susceptibility gene.In the present study, I aimed to characterise TOX3 function in the normal human mammary epithelium and in breast cancer.I have examined TOX3 expression in primary breast tumours and in the normal mammary gland using micorarray data. The influence of TOX3 expression on lineage commitment was investigated using the colony forming cell (CFC) assay and FACS analysis. I further carried out microarray analysis of luminal breast cancer cells ectopically expressing TOX3 to identify TOX3 target genes as well as tandem affinity purification of TOX3 to identify TOX3 interacting proteins. Finally, the oncogenic potential of TOX3 was investigated in a human-in-mouse xenograft model.

Les signaux environnementaux ont une grande influence sur le devenir de certaines populations de motoneurones. J'étudie la population qui exprime le facteur de transcription PEA3, située au niveau brachial, caractérisée et spécifiée par ce facteur, et qui innerve les muscles dorsaux des membres (Livet et al., 2002 ; Vrieseling et al., 2006). Cette population représente un des exemples les mieux compris de l'acquisition d'une identité neuronale par des signaux provenant du muscle cible. Au cours du développement, l'expression de PEA3 se met en place de manière séquentielle. PEA3 est d'abord exprimé dans un premier sous-groupe de neurones localisé en position postérieure dans le domaine (neurones pionniers), puis dans un deuxième sous-groupe de neurones situé en position plus antérieure. Le développement de cette population implique des échanges de signaux entre les neurones pionniers, instruits par le muscle cible, et le deuxième groupe de neurones antérieurs, instruit par les neurones pionniers. Le GDNF, produit par les cellules du futur muscle cible, induit PEA3 dans les neurones pionniers (Haase et al., 2002). Puis le HGF, un autre facteur dérivé du membre, induit les neurones pionniers à sécréter un ‘signal de propagation’, qui agit à distance et induit l'expression de PEA3 dans le deuxième groupe de neurones (neurones recrutés) (Helmbacher et al., 2003). L'objectif initial de ma thèse a été basé sur l'identification de ce signal de propagation. J'ai d'abord utilisé une approche pharmacologique dans un système in vitro de cultures d'explants de moelles épinières d'embryons de souris. En y inhibant la voie EGF, j'ai démontré que le signal de propagation appartient à cette famille de molécules. Les récepteurs de la voie EGF (ErbB1 à ErbB4) sont exprimés chez l'embryon de poulet et de souris dans la moelle épinière brachiale, et spécifiquement dans les motoneurones, au moment où PEA3 est exprimé. Parmi les ligands de la voie EGF, je me suis intéressée aux neurégulines, une famille de glycoprotéines connue pour son implication dans la mise en place du système nerveux. J'ai montré que des isoformes du gène neuréguline1 (nrg1), possédant un domaine immunoglobuline (type I) sont capables d'induire l'expression de pea3 dans la moelle épinière brachiale, et spécifiquement dans les neurones recrutés. J'ai pu démontrer, en utilisant des souris mutantes pour le récepteur à l’HGF (metd/d), que le signal de propagation est vraisemblablement une isoforme NRG1, de type I. / Signals derived from the environment have an important influence on development of some motorneurons populations. I study the population that expresses the transcription factor PEA3, localized at the brachial level, characterized and specified by this factor. This population innervates the limb dorsal muscles (Livet et al., 2002 ; Vrieseling et al., 2006). This population represents one of the best understood examples of an acquisition of a neuronal identity induced by signals derived from the target muscle. During development, PEA3 expression is made in two times in motorneurons. Initially, PEA3 is expressed in a first population, localized in the posterior part of the domain (pionneers neurons), then in a second population, localized in a more anterior position. Development of this population implies exchanges of signals between pionneers neurons, instructed by the target muscle, and anterior neurons, instructed by pionneers neurons. GDNF, produced by cells of the future target muscle, induces PEA3 in the pioneers neurons (Haase et al., 2002). Then, HGF, another limb-derived factor, induces pioneers neurons to secrete a propagation signal’, which induces PEA3 expression in the second population of neurons (recruited neurons) (Helmbacher et al., 2003). The initial purpose of my phD was to identify this ‘propagation signal’. First, I used a pharmacological approach in an in vitro assay of mouse embryos spinal cord explants culture. I did inhibition of the EGF pathway in this assay, and I showed that the propagation signal belongs to this family. EGF receptors (ErbB1 à ErbB4) are expressed in chick and mouse embryos, and especially in motorneurons, when PEA3 is expressed. Among the EGF ligands, I studied neuregulins, a family of glycoproteins involved in the nervous system development. I showed that isoforms of neuregulin1 gene (nrg1), which have an immunoglobulin domain (type I) induce pea3 expression in the brachial spinal cord, and especially in the recruited neurons. I observed, by using mice mutants for HGF receptor (metd/d), that the propagation signal is plausibly a typeI NRG1 isoform. Keywords : motorneurons, PEA3, recruitment, ErbB.

L'objectif de mon travail de thèse a consisté à étudier la fonction chez le riz d'une famille de facteurs de transcription de type MADS box (OsMADS23, OsMADS25, OsMADS27, OsMADS57 et OsMADS61) homologues au clade AGL17-like d'Arabidopsis thaliana dans le développement du riz. Dans un premier temps, nous avons recherché les profils d'expression des différents gènes étudiés. Nous avons pu mettre en évidence que les gènes OsMADS23, OsMADS25 et OsMADS27 sont des gènes principalement exprimés dans la racine au niveau du cylindre central, OsMADS57 dans les parties aériennes et OsMADS61 au niveau des bases de tige. Nous avons pu également montrer que l'expression de ces gènes est différente en réponse aux stress salin et osmotique, aux hormones et au nitrate. Ceci suggère que ces gènes possèdent des fonctions distinctes et non redondantes.Mon travail s'est ensuite focalisé sur l'étude fonctionnelle du gène OsMADS25 dont l'expression est spécifiquement détectée dans le cylindre central des racines. Le mutant d'insertion Osmads25 présente un phénotype aérien caractérisé par une réduction drastique du nombre de talles, et un phénotype racinaire caractérisé par une diminution importante du nombre de racines adventives. Ce phénotype a pu être mimé par la création de lignées transgéniques sur-exprimant l'ADNc de OsMADS25 en fusion avec le motif dominant-répresseur de la transcription « EAR ». Ces résultats ainsi que la complémentation du mutant Osmads25 par surexpression de l'ADNc correspondant montre que OsMADS25 agit en tant qu'activateur est un régulateur positif du développement des méristèmes axillaires et de racines adventives chez le riz, agissant probablement des racines aux bases de tiges via une voie de signalisation systémique. Des études complémentaires de phénotypage du mutant au niveau histologique sont en cours afin de préciser le rôle joué par OsMADS25 sur l'initiation ou le développement des méristèmes axillaires. Des analyses de qRT-PCR dans les fonds mutant et sauvage ont montré que ce gène est impliqué dans le développement du riz via une voie de signalisation indépendante des strigolactones. En revanche, l'expression de facteurs de transcription comme OsNAC2 et MOC1, connus pour être impliqués dans le développement des talles ou de CRL1, un régulateur de l'initiation des primordia de racines adventives est atténuée chez les mutant Osmads25 suggérant qu'OsMADS25 pourrait, au moins en partie, directement ou indirectement réguler l'expression de ces gènes. Enfin, des analyses de transcriptome différentiel entre Osmads25 et le fond sauvage ont révélé l'inhibition de l'expression chez le mutant de 60 gènes dont neuf ont une fonction relative à des mécanismes de sécrétion, de transport d'auxine, ou de développement. De manière intéressante, l'un d'entre eux RCN4/Oscen4, appartient à une famille de protéines mobiles connues pour réguler l'activité des méristèmes et qui pourrait constituer un relais moléculaire systémique entre les racines et les bases de tiges permettant d'expliquer le phénotype contrôlé par OsMADS25. / The aim of this work was to study AGL17-like clade MADS box transcription factors (OsMADS23, OsMADS25, OsMADS27 and OsMADS61) in rice development. First, we analyzed expression patterns of the different genes. We showed that OsMADS23, OsMADS25 and OsMADS27 are mainly expressed in the central cylinder of roots; OsMADS57 in aerial parts and OsMADS61 in stem base. Then, we showed that all these have a different response to osmotic and salt stresses, nitrate and hormone. This suggests that these genes have distinct and no redundant functions. My work focused on functional characterization of OsMADS25 which is specifically expressed in root stele. T-DNA mutant Osmads25 presents aerial phenotype characterized by drastic reduction of culm number; and also a root phenotype characterized by a strong decrease of adventitious root number. This phenotype was mimicked by the creation of transgenic lines overexpressing cDNA OsMADS25 in fusion with the “EAR” motif, which acts as a dominant repressor of transcription. These results added to mutant complementation by overexpression of corresponding cDNA show that OsMADS25 acts as an positive regulator of axillary meristem and nodal root development in rice; acting probably from root to stem base via a systemic pathway. Complementary studies as regards mutant microscopic phenotyping are in progress to precise the role acting by OsMADS25 on initiation or development of axillary buds. RT-qPCR analyses showed that this gene is involved in rice development by an strigolactones-independent pathway. On the other hand, expression if transcription factors as OsNAC2 and OsMOC1, known to be involved in tiller development, or as CRL1, regulator of adventitious root primordia initiation, are decreased in Osmads25; suggesting that OsMADS25 could directly or indirectly regulate expression of these genes. Eventually transcriptomic analyses between Osmads25 and WT revealed inhibition of expression of 60 genes which 9 have relative function to secretion mechanism, auxin transport or development. Interestingly, one of its, RCN4/Oscen4 belonging to mobile protein family known to regulate meristem activity and which could constitute a systemic molecular intermediary between root and stem base allowing to explain the controlled phenotype by OsMADS25.

Souvent mis en évidence pour leur caractère asymétrique, les rapports qu’entretiennent le droit commun descontrats et le droit des entreprises en difficulté laissent dans l’ombre les liens pouvant subsister entre latechnique contractuelle et les difficultés pouvant être supportées par une entreprise. La mise en lumière de cesliens est l’objet de la présente étude. La technique contractuelle, perçue comme les clauses du contrat et lamanière des les rédiger, paraît occuper en premier lieu, une fonction anticipative des difficultés pouvant êtresupportées par une entreprise. Si dans les esprits, la crise est généralement considérée comme le facteurprincipal de défaillance des entreprises, il apparaît en réalité que les évènements se trouvant à l’origine de cesdifficultés peuvent être de diverses natures. Il en serait ainsi par exemple, de l’exécution d’un contrat rendueexcessivement onéreuse par la survenance d’un événement indépendant de la volonté des parties au stade deson exécution. De même, l’inexécution d’un contrat d’une importance particulière pour une entreprise pourraitégalement constituer un facteur de difficultés. Au stade de la formation du contrat, la technique contractuellepourrait permettre d’anticiper ces difficultés. Cette fonction anticipative ne doit toutefois pas conduire àignorer le rôle pouvant être occupé par certaines clauses dans la défaillance des entreprises, qu’ellesconstituent un effet repoussoir en conduisant le dirigeant à retarder le moment où il sollicitera l’ouvertured’une procédure de traitement des difficultés supportées par son entreprise, ou qu’elle constitue un obstacle àson sauvetage lorsque l’entreprise fait déjà l’objet de cette procédure. / Often highlighted for their asymmetrical nature, the relations between the law of contracts and the insolvencylaw leaves out the links that may exist between clauses of the contract and the difficulties that can besupported by a company. The highlighting of these links is the subject of this study. Clauses of contract seemto occupy in the first place, an anticipatory function of the difficulties that can be supported by a company. Ifin the minds, the crisis is generally considered as the main factor of failure, it actually appears that the eventsat the origin of the difficulties can be of various natures. This would be the case, for example, of theperformance of a contract rendered excessively onerous by the occurrence of an event beyond the control ofthe parties at the stage of its execution. Similarly, the non-performance of a contract of particular importanceto a company could also be a factor of difficulties. At the contract formation stage, some clauses could make itpossible to anticipate these difficulties. This anticipatory function must not, however, lead to ignoring the rolethat certain clauses may play in the failure of a company. Sometimes these clauses will constitute an obstacleto the early treatment of the difficulties. Other times they will be an obstacle to his rescue.