Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:17:14Z : No. of bitstreams: 1 000865632.pdf: 903176 bytes, checksum: 3e51870d6b17dcc44625fae1468b3e9d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade da molécula de quorum sensing farnesol na formação de biofilmes simples e misto de Candida albicans ATCC 10231 e Streptococcus mutans ATCC 25175. Inicialmente o farnesol foi diluído em metanol e posteriormente em saliva artificial (SA). Os testes de concentração inibitória mínima (CIM) do farnesol contra as células de Candida albicans ATCC 10231 e Streptococcus mutans ATCC 25175 em suspensão foram baseados no método da microdiluição. O farnesol diluído nas concentrações de 1,56, 3,125, 6,25, 12,5, 25, 50, 70, 150 e 300 mM foi aplicado sobre os biofilmes de Candida albicans e Streptococcus mutans (formação) e após 48 horas de contato sua atividade antibiofilme foi determinada por meio da quantificação da biomassa total (coloração com violeta cristal (CV)), enumeração das unidades formadoras de colônias (UFCs) e atividade metabólica (XTT). Foi ainda realizada uma curva de tempo de morte celular para os dois microrganismos estudados. Após o tratamento com o farnesol, a matriz dos biofilmes foi extraída e analisada em termos de concentração de proteínas e carboidratos, além do teste de pH para S. mutans e verificação das atividades enzimáticas de proteinase, fosfolipase e hemolítica para Candida albicans, ainda a estrutura dos biofilmes foi analisada por meio da microscopia eletrônica de varredura. Os resultados de CIM foram de 150 mM para C. albicans e de 6.25 mM para S. mutans. O farnesol diminuiu a formação de biofilmes simples e mistos, com reduções significativas de 37-90% e 64-96%, respectivamente para a biomassa total e atividade metabólica. Para os biofilmes simples, concentrações de farnesol iguais ou maiores que 3,125 mM promoveram reduções significativas (1,3-4,2 log10; p < 0,05) nas UFCs, enquanto que para os biofilmes mistos reduções... / The aim of this study was to evaluate the activity of a quorum sensing molecule, farnesol, in biofilm formation of Candida albicans ATCC 10231 and Streptococcus mutans ATCC 25175. Initially farnesol was diluted in methanol and then in artificial saliva (AS). Minimum inhibitory concentration tests (MIC) of farnesol against Candida albicans ATCC 10231 cells and Streptococcus mutans ATCC 25175 suspension were based on the microdilution method. Farnesol was prepared at concentrations of 1.56, 3.125, 6.25, 12.5, 25, 50, 70, 150 and 300 mM, and placed in contact with biofilms in formation of Candida albicans and Streptococcus mutans for 48 hours. Its antibiofilm activity was determined by quantifying the total biomass (stained with crystal violet (CV)), enumeration of colony forming units (CFUs) and metabolic activity (XTT). It was further carried out a cell death time curve for both microorganisms studied. After the treatment with farnesol, the matrix of the biofilm was extracted and analyzed in terms of protein and carbohydrates, in addition to the pH test for S. mutans and examination of enzymatic activities of proteinase, fosfolipase and hemolytic for Candida albicans. The structure of biofilms was analyzed by scanning electron microscopy. The MIC values were 150 mM for C. albicans and 6.25 mM for S. mutans. Farnesol decreased the formation of single and mixed biofilms, with significant reductions of 37-90% and 64-96% respectively for the total biomass and metabolic activity. For single biofilms, farnesol concentrations equal to or higher than 3.125 mM promoted significant reductions (1,3-4,2log10; p <0.05) in the CFU for single biofilms, while in mixed biofilms the reductions (0,67-5,32log10; p <0.05) were noted at concentrations of 1.56 mM. For cell death curve after an hour in contact with those microorganisms, farnesol reduced 1 log10... / FAPESP: 13/23592-0

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-11. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:12Z : No. of bitstreams: 1 000866878.pdf: 819016 bytes, checksum: f4b074f87450614f386b1be1ec42f77b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A carne bovina pode ser um importante veículo de vários patógenos para os humanos, com destaque à Escherichia coli produtora de Shiga-toxina (STEC), associada com diarreia em animais e humanos. Neste estudo, investigou-se em bovinos abatidos no estado de São Paulo, a prevalência dos diferentes patótipos de E. coli diarreiogênica e o perfil de virulência dos isolados de STEC. De um total de 431 animais, STEC foi identificada em 116 (26,9%) amostras de fezes, das quais 111 (25,8%) STEC eae- e 5 (1,2%) STEC eae+. O patótipo EPEC foi detectado em 20 (4,6%) amostras de fezes dos animais testados. Os demais patótipos de E. coli diarreiogênica não foram identificados. Dos 95 isolados de STEC analisados quanto ao perfil de virulência, todos albergavam stx2, enquanto que 28 (29,5%) continham stx1. Os genes iha e saa, que codificam adesinas, foram encontrados em 93,7% (89/95) e 66,3% (63/95), respectivamente. O gene espP, que codifica uma protease que auxilia na colonização intestinal, foi detectado em 61,1% (58/95) e a hemolisina ehxA em 54,7% (52/95). Também foram identificados em menores frequências os genes subAB, nleE e nleB. STEC está amplamente disseminada nos rebanhos bovinos de São Paulo, carreando genes comumente isolados de patógenos humanos, o que reforça a importância da inspeção e fiscalização nos abatedouros / Beef can be an important vehicle for various pathogens to humans, especially Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), associated to human and animal diarrhea. In this study, the prevalence of different pathotypes of diarrheagenic E. coli, and virulence profiles of STEC were investigated among feces of cattle slaughtered in São Paulo state, southeast of Brazil. From a total of 431 animals, STEC was identified from 116 (26,9%) samples, being 111 (25,8%) STEC eae- and 5 (1,1%) STEC eae+. EPEC pathotype was detected among 20 (4,6%) of animals. The other pathotypes of diarrheagenic E. coli were not identified. Of the 95 STEC isolates assessed for virulence profile, all harbored stx2, while 28 (29,5%) contained stx1. Iha and saa, genes encoding adhesins, were found at 93,7% (89/95) and 66,3% (63/95), respectively. EspP, gene which encoding a protease related with intestinal colonization, was detected in 61,1% (58/95) and ehxA hemolysin was present in 54,7% (52/95). SubAB, nleE and nleB genes were also detected in lower rates. STEC is widespread in cattle herds of São Paulo, containing commonly isolated genes from human pathogens, which reinforces the importance of inspection and surveillance in the slaughterhouses

Submitted by TAÍS RAMALHO DOS ANJOS null (tranjos.vet@gmail.com) on 2017-04-24T12:41:20Z No. of bitstreams: 1 TAIS_RAMALHO_DOS_ANJOS (2).pdf: 1545211 bytes, checksum: 549d837c68e7609438e83800c2a4db56 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-25T20:34:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 anjos_tr_me_jabo.pdf: 1545211 bytes, checksum: 549d837c68e7609438e83800c2a4db56 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-25T20:34:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 anjos_tr_me_jabo.pdf: 1545211 bytes, checksum: 549d837c68e7609438e83800c2a4db56 (MD5) Previous issue date: 2017-04-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O tratamento térmico por UAT elimina formas vegetativas dos microrganismos, porém, formas esporuladas altamente resistentes ao calor podem permanecer nos produtos e após a germinação dos esporos são capazes de liberar toxinas causadoras de doenças transmitidas por alimentos (DTAs). No presente estudo, objetivou-se avaliar a qualidade microbiológica de produtos tratados por UAT, por meio da contagem de microrganismos heterotróficos aeróbios mesófilos, isolamento e contagem de bactérias do grupo do Bacillus cereus e de Clostridium perfringens, comparar lotes dos três produtos quanto a tais microrganismos, identificar a espécie dos isolados e a presença dos fatores de virulência de bactérias do grupo do B. cereus. Para isso, foram obtidas 75 amostras, sendo 25 de cada produto (de leite de cabra UAT, alimento com soja UAT e bebida de leite de cabra e soja UAT), de 5 diferentes lotes, no comércio do interior do Estado de São Paulo. Os resultados evidenciaram possíveis falhas de processamento e utilização de matéria-prima inadequada, uma vez que altas populações (>104UFC/mL) de microrganismos heterotróficos aeróbios mesófilos foram verificadas em 100% dos lotes de alimento com soja e bebida de leite de cabra e soja e 80% dos lotes de leite de cabra. Microrganismos do grupo do B. cereus foram isolados de 80% dos lotes de alimento com soja, e 60% dos lotes de bebida de leite de cabra e soja e leite de cabra, com populações superiores a 1018 UFC/mL. C. perfringens foi isolado de 20% dos lotes de alimento com soja, com populações superiores a 103 UFC/mL. Na comparação entre os lotes, a data de validade não influenciou nas populações dos microrganismos analisados. Dos isolados de bactérias do grupo do B. cereus, 100% (29/29) apresentaram amplificação para o gene do complexo hbl, 96,5% (28/29) para o gene do complexo nhe e 75,8% (22/29) para o gene bceT. Tais resultados devem servir de alerta às autoridades sanitárias, pois leite de cabra e produtos à base de soja são normalmente consumidos por crianças e alérgicos, e o leite de cabra adicionado de soja apresentou maiores cargas de microrganismos patogênicos potencialmente causadores de intoxicações alimentares. / Heat treatment by UHT (ultra-high temperature) eliminates the vegetative forms of microorganisms, however, sporulated forms highly resistant to heat can remain in the products and following spore germination are capable of releasing toxins that cause foodborne diseases (FD´s). The objective of this study is to evaluate the microbiological quality of products submitted to UHT, namely goat milk, soy food, and goat and soy milk drinks, by the counting of heterotrophic aerobic mesophilic microorganisms, the isolation and counting of bacteria from the Bacillus cereus groups and Clostridium perfringens, comparing batches of the three products for such microorganisms, to identify the species of the isolated and the presence of the virulence factors of bacteria of the B. cereus group. For this, 75 samples were obtained, 25 of each product (from UAT goat milk, food with UAT soy and drink from goat milk and UAT soy) from 5 different lots, in the interior trade of the State of São Paulo. The results demonstrated possible failures in the processing and use of inadequate raw material since high population (>104 ) of heterotrophic aerobic mesophilic microorganisms were found in 100% of the lots of soy food and goat and soy milk drinks and 80% of the lots of goat milk. Microorganisms from the B. cereus group were isolated from 80% of the lots of soy food and 60% of the lots of goat and soy milk drinks, with population above 1018 . The C. perfringens microorganisms were isolated from 20% of the soy food lots, with population above 103 . In the comparison between the lots, the expiration date did not influence the population of the analyzed microorganisms, therefore, they were conveyed by the raw material used. Of the B. cereus isolated, 100% (29/29) showed amplification for the hbl complex gene, 96,5% (28/29) for the nhe complex gene and 75,8% (22/29) for the bceT gene. These results should serve as a warning to the health authorities because goat milk and soy-based products are generally consumed by children and individuals with allergies and goat milk added to soy was capable of carrying even higher doses of pathogenic microorganisms that may potentially cause food poisoning.

Submitted by LIANE CAROLINE SOUSA NASCIMENTO null (carolsousa@ifma.edu.br) on 2017-05-26T22:57:20Z No. of bitstreams: 1 Tese Liane Caroline Sousa.pdf: 2923720 bytes, checksum: f45d8056bdb8c66ff8b4ea8704a4ba6a (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-31T12:57:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nascimento_lcs_dr_sjrp.pdf: 2923720 bytes, checksum: f45d8056bdb8c66ff8b4ea8704a4ba6a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-31T12:57:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nascimento_lcs_dr_sjrp.pdf: 2923720 bytes, checksum: f45d8056bdb8c66ff8b4ea8704a4ba6a (MD5) Previous issue date: 2017-04-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A busca por alimentos que proporcionem melhorias na saúde e bem estar dos consumidores é uma tendência mundial. Os produtos lácteos fermentados estão incluídos entre os alimentos que atendem a esta demanda. O objetivo desta pesquisa foi selecionar novas linhagens de bactérias ácido-láticas (BAL) potencialmente probióticas e seguras, bem como avaliar a aplicação das cepas selecionadas em leite. Na primeira etapa, o potencial probiótico (capacidade de hidrolise de sais biliares [BSH], capacidade de autoagregação, coagregação com Lactobacillus spp. e Listeria spp. e hidrofobicidade e tolerância em diferentes valores de pH e concentrações de NaCl) e a segurança (susceptibilidade a antibióticos e degradação da mucina) foram avaliados em vinte cepas de BAL, previamente isoladas de queijo muçarela de búfala e identificadas como Lactobacillus helveticus (SJRP56 e SJRP191), Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (SJRP49), Lactobacillus fermentum (SJRP42), Enterococcus durans (SJRP14, SJRP17, SJRP25, SJRP26 e SJRP68), Enterococcus faecium (SJRP20, SJRP28, SJRP65, SJRP69) e Enterococcus sp. (SJRP04, SJRP11, SJRP16, SJRP101, SJRP120, SJRP122 e SJRP125). Seis cepas apresentaram atividade de BSH e a maioria delas apresentou elevada capacidade de autoagregação e hidrofobicidade. Algumas cepas apresentaram capacidade de coagregação com outras BAL e patógenos. A maioria das cepas cresceu bem em pH neutro e a tolerância ao NaCl foi dependente da temperatura. Nenhuma das BAL degradou a mucina; entretanto, algumas apresentaram resistência aos antibióticos testados. Na segunda etapa, considerando as características probióticas e de segurança, as cepas E. faecium SJRP20 e E. faecium SJRP65 foram selecionadas para testes complementares, incluindo tolerância às condições simuladas do trato gastrointestinal (TGI), adesão as células Caco-2, produção da enzima ß- galactosidase e presença de genes associados à virulência e produção de aminas biogênicas. Ambas as cepas resistiram bem às condições do TGI, apresentaram baixa propriedade de adesão, são produtoras de ß-galactosidase e não apresentaram genes relacionados à adesão, agregação e colonização. E. faecium SJRP65 apresentou poucos genes relacionados a resistência a antibióticos e fatores de virulência. Em função disso, foi considerado com boas propriedades funcionais e com características interessantes para aplicação em produtos lácteos. Na terceira etapa, foi avaliada a aplicação de E. faecium SJRP20 e SJRP65 potencialmente probióticos em leite: cinética de acidificação, . pós-acidificação, resistência às condições simuladas do TGI e capacidade de sequestro de radicais livres. E. faecium SJRP20 em leite apresentou maior velocidade máxima de acidificação (Vmáx = 7,11x10-3upH/min), enquanto que E. faecium SJRP65 apresentou menor taxa de acidificação. Não houve diferença na composição centesimal das amostras de leite fermentado inoculado com as cepas de E. faecium. Durante a estocagem refrigerada houve redução do pH e aumento da acidez em todas as amostras de leite fermentado. Os produtos fermentados por ambas as cepas resistiram bem às condições simuladas do TGI, com elevada viabilidade ao longo do período de estocagem. O leite fermentado por E. faecium SJRP20 e SJRP65 apresentou elevada capacidade de sequestro de radicais livres. Com o aumento da concentração de produto e do tempo de estocagem, foi maior a capacidade antioxidante. A fermentação do leite por E. faecium potencialmente probióticos apresentou bons resultados, e a cepa E. faecium SJRP20 reuniu as melhores características tecnológicas para aplicação em produtos lácteos fermentados funcionais: apresentou maior velocidade de acidificação, menor tempo para atingir a velocidade máxima, maior estabilidade às condições do TGI durante a estocagem refrigerada e alta capacidade de sequestro de radicais livres. / The search for food which improves consumer health and well-being is a worldwide trend. The fermented dairy products are included among food which satisfies this demand. The aim of this research was to select new strains of lactic acid bacteria (LAB) potentially probiotic and safe, as well as to evaluate the application of selected strains in milk. In the first stage, the probiotic potential (bile salt hydrolase capacity [BSH], capacity of auto-aggregation, co-aggregation with Lactobacillus spp. and Listeria spp., hydrophobicity, tolerance in different pH values and concentrations of NaCl) and safety (susceptibility to antibiotics and mucin degradation) were evaluated in twenty LAB strains, previously isolated of water- buffalo mozzarella cheese and identified as Lactobacillus helveticus (SJRP56 and SJRP191), Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (SJRP49), Lactobacillus fermentum (SJRP42), Enterococcus durans (SJRP14, SJRP17, SJRP25, SJRP26 and SJRP68), Enterococcus faecium (SJRP20, SJRP28, SJRP65, SJRP69) and Enterococcus sp. (SJRP04, SJRP11, SJRP16, SJRP101, SJRP120, SJRP122 and SJRP125). Six strains presented BSH activity and most of them presented high capacity of auto-aggregation and hydrophobicity. Some strains presented capacity of co-aggregation with other LAB and pathogens. The majority of strains grew well in neutral pH and the tolerance to NaCl was dependent on the temperature. None of the LAB degraded the mucin; however, some of them presented resistance to the tested antibiotics. In the second stage, considering the probiotic features and safety, the strains E. faecium SJRP20 and E. faecium SJRP65 were selected for complementary tests, including tolerance to the simulated GIT conditions, adhesion to Caco-2 cells, production of ß-galactosidase enzyme and presence of genes associated to the virulence factors and production of biogenic amines. Both strains resisted well to the GIT conditions, presented low property of adhesion, ß-galactosidase activity and they did not present genes related to adhesion, aggregation and colonization. E. faecium SJRP65 presented few genes related to the resistance to antibiotics and virulence factors. According to this, it was considered with good functional properties and with interesting characteristics for application in dairy products. In the third stage, the application of potentially probiotic E. faecium SJRP20 and SJRP65 in milk was evaluated: acidification kinetics, post acidification, resistance to the simulated GIT conditions .(GIT) and free radicals scavenging capacity. E. faecium SJRP20 in milk presented higher maximum speed (Vmáx = 7,11x10-3upH/min), while the E. faecium SJRP65 presented lower acidification rate. There was not difference in the gross composition of the samples of fermented milk inoculated with E. faecium strains. During the refrigerated storage, there was a pH reduction and an increase in acidity for all fermented samples. The products fermented by both strains resisted well to the simulated GIT conditions, with high viability during the storage period. The milk fermented by E. faecium SJRP20 and SJRP65 presented high free radicals scavenging capacity. With the increase of the product concentration and the storage time, the antioxidant capacity was higher. The milk fermentation by potentially probiotic E. faecium presented good results, and the E. faecium SJRP20 strain combined the best technological characteristics for application in functional fermented dairy products: presented higher speed of acidification, lower time to reach the maximum speed, higher stability to the GIT conditions during the refrigerated storage and high free radicals scavenging capacity.

Submitted by PRISCILA LUIZA MELLO (priscila_mello@msn.com) on 2017-06-13T15:16:16Z No. of bitstreams: 1 Tese Priscila Luiza Mello - versao final.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T17:37:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mello_pl_dr_bot.pdf: 2607615 bytes, checksum: e303ccde84189b3e5dee79662db55303 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mastite é considerada um grande problema na pecuária leiteira e o uso frequente de antimicrobianos contribui para o aumento da pressão seletiva de micro-organismos resistentes aos principais fármacos. A Organização Mundial da Saúde Animal tem alertado para o risco da resistência antimicrobiana resultante do uso indevido de antimicrobianos no tratamento de animais doentes. O presente trabalho tem como objetivos identificar e caracterizar o perfil clonal, bem como os fatores de virulência e de resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados do leite de bovinos com mastite subclínica de várias regiões do Brasil. As amostras foram concedidas pela Embrapa Gado de Leite, provenientes de 6 estados brasileiros, incluindo Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo e Pernambuco. Foram incluídas 181 amostras de Staphylococcus spp. no estudo. A identificação fenotípica revelou um total de 82 (45,3%) Staphylococcus aureus e 99 (54,7%) Staphylococcus coagulase negativa (CoNS). Destes, a espécie mais isolada foi S. chromogenes com 27 (14,9%) amostras, seguido de S. epidermidis com 26 (14,3%). Realizou-se a confirmação genotípica utilizando a técnica Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) de todas as amostras, demonstrando um total de 98% de concordância com o teste fenotípico. Quanto à determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), S. aureus revelou 99% de sensibilidade à oxacilina, enquanto os CoNS apresentaram 32% de resistência à esse antimicrobiano. Já para a vancomicina, todas as amostras foram sensíveis, apresentando apenas susceptibilidade reduzida pelo método de triagem, onde 13 amostras cresceram em BHI ágar com concentrações de 4μg/mL e 6 μg/mL de vancomicina. Com referência à produção de beta-lactamase foi possível observar que 96% das amostras de Staphylococcus spp. foram positivas. O gene mecA foi detectado em 8 amostras, todas do grupo CoNS e a tipagem do SCCmec revelou isolados do tipo I e tipo IV. Nas amostras em que não foram encontrados o gene mecA, foi realizada pesquisa do mecA homólogo (LGA251) e um total de 12 amostras apresentaram um produto de PCR com tamanho semelhante ao esperado para o gene mecC. No entanto o sequenciamento das amostras revelou similaridade de 99% com um gene ancestral do mecA. Através da técnica de PCR foram pesquisados os genes do operon ica responsáveis pela produção de biofilme,sendo detectados o gene icaA em 79 amostras (43,6%), o icaB em 24 (13,2%), o icaC em 57 (31,4%) e o icaD em 127 (70,1%). O gene bap foi detectado em 66 amostras (36,4%), enquanto o gene bhp foi encontrado apenas em 9 (4,9%) amostras de S. epidermidis. Já os ensaios de expressão por RT-qPCR comprovaram a expressão do gene icaA em 60 amostras (33%) do icaB em 6 (3,3%), do icaC em 26 (14,3%) e do icaD em 80 (44%). Quanto aos genes de enterotoxinas, o estudo revelou o gene sea como o mais frequente, sendo detectado em 18,2% das amostras, o gene seb em 7,7%, o sec em 14,9%, o sed 0,5%, o see em 8,2%, o sei em 6,6%, e o ser em 1,6%. Os genes ses, set e tst não foram detectados em nenhuma das amostras. A tipagem do perfil clonal das amostras pela técnica de Pulsed Field Gel Electrophoresis permitiu a identificação de oito clones de S. aureus que incluíram simultaneamente, ≥3 amostras, com similaridade ≥80%. Em relação às outras espécies estudadas, houve a formação de três grupamentos para a espécie S. chromogenes, enquanto para S. epidermidis quatro clusters foram detectados. Já ao analisar S. saprophyticus, foi possível observar apenas um grupamento. Quanto ao Multilocus Sequence Type (MLST) para o sequenciamento dos sete genes housekeeping, os ST prevalentes em S. aureus foram ST126 e ST1 enquanto em S. epidermidis, os ST foram todos distintos. / Mastitis is considered a major problem in dairy farming and the frequent use of antimicrobials contributes to increased selection pressure of resistant micro-organisms to the main drugs. The World Organisation for Animal Health are aimed at the protection of animal and human health against the risk of antimicrobial resistance resulting from the treatment of sick animals. This study aims to identify and characterize the clonal profile and the virulence as well as the virulence factors and the antimicrobial resistance to Staphylococcus spp. isolated from bovine milk with subclinical mastitis from several regions of Brazil. The samples were provided by Embrapa Gado de Leite (Embrapa Dairy Cattle), from 6 Brazilian states, including Paraná, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Minas Gerais, São Paulo and Pernambuco. A total of 181 samples of Staphylococcus spp. were included in the study. Phenotypic identification revealed a total of 82 (45.3%) Staphylococcus aureus and 99 (54.7%) Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) and, of these, the most isolated species was S. chromogenes with 27 (14.9%) samples, followed by S. epidermidis with 26 (14.3%). We realized the genotypic confirmation by using the technique Internal Transcribed Spacer - PCR (ITS-PCR) of all samples, demonstrating a total of 98% of concordance with the phenotypic test. As for the determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC), S. aureus showed 99% of susceptibility to oxacillin, while CoNS showed 32% resistance to this drug. As for vancomycin, all samples were susceptible, by displaying only reduced susceptibility screening method, where 13 samples grown on BHI agar at concentrations of 4μg/mL and 6 g/mL of vancomycin. With reference to the production of beta-lactamase was observed that 96% of Staphylococcus spp. strains were positive. The mecA gene was detected in 8 samples, all of CoNS group and typing of isolates revealed SCCmec type I and type IV. In the samples that were not found mecA gene, an homologous mecA (LGA251) survey was conducted and a total of 12 samples showed a PCR product with size similar to that expected for mecC gene. However, the sequencing of the samples revealed a similarity of 99% with an ancestral gene mecA. Through PCR technique were investigated genes of the ica operon responsible for the production of biofilm, being detected icaA gene in 79 samples (43.6%), the icaB in 24 (13.2%), icaC in 57 (31 , 4%) and icaD in 127 (70.1%). The bap gene was detected in 66 samples (36.4%), while bhp gene was found only in 9 (4.9%) samples of S. epidermidis. Yet, the expression assays by RT-qPCR demonstrated the expression of icaA gene in 60 samples (33%), of icaB 6 (3.3%) of icaC in 26 (14.3%) and icaD 80 (44 %). As for enterotoxin genes, the study revealed the sea gene as the most frequent, being detected in 18.2% of samples, the seb gene in 7.7%, sec in 14.9%, sed 0.5% , see in 8.2%, sei at 6.6% and the ser in 1.6%. The ses, set and tst genes were not detected in any of the samples. The typing of clonal profile of the samples by the Pulsed Field Gel Electrophoresis technique, permitted the identification of eight clones of S. aureus, included both ≥3 samples, with ≥80% similarity. For the other species studied, there was the formation of three groups for the S. chromogenes species, while for S. epidermidis, four clusters were detected. Have to analyze S. saprophyticus, we observed only one grouping. As for the Multilocus Sequence Type (MLST) that is the sequencing of seven housekeeping genes, the ST prevalent in S. aureus were ST126 and ST1 while in S. epidermidis, the ST were all different. / FAPESP: 2012/24135-0

Orientadora: Debora de Barros Barbosa / Coorientador: Douglas Roberto Monteiro / Banca: Alessandra Marçal Agostinho / Banca: Margarete Teresa Gottardo de Almeida / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade da molécula de quorum sensing farnesol na formação de biofilmes simples e misto de Candida albicans ATCC 10231 e Streptococcus mutans ATCC 25175. Inicialmente o farnesol foi diluído em metanol e posteriormente em saliva artificial (SA). Os testes de concentração inibitória mínima (CIM) do farnesol contra as células de Candida albicans ATCC 10231 e Streptococcus mutans ATCC 25175 em suspensão foram baseados no método da microdiluição. O farnesol diluído nas concentrações de 1,56, 3,125, 6,25, 12,5, 25, 50, 70, 150 e 300 mM foi aplicado sobre os biofilmes de Candida albicans e Streptococcus mutans (formação) e após 48 horas de contato sua atividade antibiofilme foi determinada por meio da quantificação da biomassa total (coloração com violeta cristal (CV)), enumeração das unidades formadoras de colônias (UFCs) e atividade metabólica (XTT). Foi ainda realizada uma curva de tempo de morte celular para os dois microrganismos estudados. Após o tratamento com o farnesol, a matriz dos biofilmes foi extraída e analisada em termos de concentração de proteínas e carboidratos, além do teste de pH para S. mutans e verificação das atividades enzimáticas de proteinase, fosfolipase e hemolítica para Candida albicans, ainda a estrutura dos biofilmes foi analisada por meio da microscopia eletrônica de varredura. Os resultados de CIM foram de 150 mM para C. albicans e de 6.25 mM para S. mutans. O farnesol diminuiu a formação de biofilmes simples e mistos, com reduções significativas de 37-90% e 64-96%, respectivamente para a biomassa total e atividade metabólica. Para os biofilmes simples, concentrações de farnesol iguais ou maiores que 3,125 mM promoveram reduções significativas (1,3-4,2 log10; p < 0,05) nas UFCs, enquanto que para os biofilmes mistos reduções... / Abstract: The aim of this study was to evaluate the activity of a quorum sensing molecule, farnesol, in biofilm formation of Candida albicans ATCC 10231 and Streptococcus mutans ATCC 25175. Initially farnesol was diluted in methanol and then in artificial saliva (AS). Minimum inhibitory concentration tests (MIC) of farnesol against Candida albicans ATCC 10231 cells and Streptococcus mutans ATCC 25175 suspension were based on the microdilution method. Farnesol was prepared at concentrations of 1.56, 3.125, 6.25, 12.5, 25, 50, 70, 150 and 300 mM, and placed in contact with biofilms in formation of Candida albicans and Streptococcus mutans for 48 hours. Its antibiofilm activity was determined by quantifying the total biomass (stained with crystal violet (CV)), enumeration of colony forming units (CFUs) and metabolic activity (XTT). It was further carried out a cell death time curve for both microorganisms studied. After the treatment with farnesol, the matrix of the biofilm was extracted and analyzed in terms of protein and carbohydrates, in addition to the pH test for S. mutans and examination of enzymatic activities of proteinase, fosfolipase and hemolytic for Candida albicans. The structure of biofilms was analyzed by scanning electron microscopy. The MIC values were 150 mM for C. albicans and 6.25 mM for S. mutans. Farnesol decreased the formation of single and mixed biofilms, with significant reductions of 37-90% and 64-96% respectively for the total biomass and metabolic activity. For single biofilms, farnesol concentrations equal to or higher than 3.125 mM promoted significant reductions (1,3-4,2log10; p <0.05) in the CFU for single biofilms, while in mixed biofilms the reductions (0,67-5,32log10; p <0.05) were noted at concentrations of 1.56 mM. For cell death curve after an hour in contact with those microorganisms, farnesol reduced 1 log10... / Mestre

Apesar da importância ambiental dos morcegos em ambientes urbanos, poucos estudos relatam a presença de enterococos nestes animais. Este estudo teve como objetivos: a) isolar, identificar as espécies e detectar a presença de genes de resistência e fatores de virulência em enterococos isolados de fezes de morcegos Tadarida brasiliensis; e b) avaliar a distribuição das espécies de enterococos por qPCR e dos genes de resistência por PCR nas amostras de fezes de morcegos T. brasiliensis. Quatro pools de fezes de morcegos foram coletados em três municípios do Estado do Rio Grande do Sul e foram analisados por metodologias utilizando técnicas de microbiologia e moleculares. A partir das análises dos enterococos isolados das fezes, foram identificadas 4 espécies, sendo Enterococcus faecalis a mais frequente (83,6%), seguida de E. casseliflavus (13,7%), E. gallinarum (1,35%) e E. mundtii (1,35%). As cepas apresentaram perfil de resistência para rifampicina, eritromicina, norfloxacina, ciprofloxacina e tetraciclina. Dentre as 32 cepas resistentes à eritromicina, 28 apresentaram o gene ermC. Das 13 cepas resistentes à ciprofloxacina e norfloxacina nenhuma foi positiva para o gene gyrA. A única cepa resistente à tetraciclina apresentou o gene tetM. Os genes vanC1 e vanC2-3 foram observados em cepas de E. faecalis Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes gelE (97,3%) e ace (91,8%), seguido por agg (49,3%), cylA (5,5%) e esp (2,7%). A análise por qPCR permitiu identificar as espécies E. casseliflavus, E. faecalis, E. faecium, E. gallinarum e E. hirae nas fezes dos morcegos. Os genes de resistência ermC, gyrA, vanA, vanB, vanC1 e vanC2-3 foram detectados por PCR. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos fazem parte da microbiota do trato gastrointestinal de morcegos T.brasiliensis e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionadas a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / Despite the environmental importance of bats in urban environments, few studies have reported the presence of enterococci in these animals. This study aimed: a) isolate, to identify the species and to detect the presence of resistance genes and virulence factors in enterococci isolated from feces of Tadarida brasiliensis bats; b) to evaluate the distribution of the enterococci species by qPCR and the resistance genes by PCR in the faecal samples of T. brasiliensis bats. Four pools of bats feces were collected in three places of the Rio Grande do Sul State and analyzed using microbiology and molecular methodologies. From the analysis of enterococci isolated from feces, 4 species were identified, being Enterococcus faecalis the most frequent (83.6%), followed by E. casseliflavus (13.7%), E. gallinarum (1.35%) and E. mundtii (1.35%). The strains showed a resistance profile to rifampicin, erythromycin, norfloxacin, ciprofloxacin and tetracycline. Of the 32 strains resistant to erythromycin, 28 presented the ermC gene. Of the 13 strains resistant to ciprofloxacin and norfloxacin, none were positive for the gyrA gene. The single tetracycline resistant strain showed the tetM gene. The vanC1 and vanC2-3 genes were observed in E. faecalis strains. As regards the presence of virulence genes, higher incidence was observed for to gelE (97.3%) and ace (91.8%) genes, followed by agg (49.3%), cylA (5.5%) and esp (2.7%). The qPCR analysis allowed to identify the E. casseliflavus, E. faecalis, E. faecium, E. gallinarum and E. hirae species in the bats feces. The ermC, gyrA, vanA, vanB, vanC1 and vanC2-3 resistance genes were detected by PCR. In conclusion, different species of enterococci are part of the gastrointestinal tract microbiota of T. brasiliensis bats and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or originate from the environmental resistome.

A resistência antimicrobiana e fatores de virulência são importantes mecanismos de sobrevivência das bactérias, através deles elas se tornaram capazes de escapar da ação das adversidades do ambiente. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar os fatores de virulência e genes de resistência de isolados de Klebsiella sp. e sua participação na manutenção de populações bacterianas resistentes em pontos na Laguna de Tramandaí. As amostragens foram realizadas em agosto de 2014 e janeiro de 2015 em quatro pontos distintos com diferentes graus de impacto ambiental. Foram analisados 272 isolados bacterianos das amostras de água da laguna de Tramandaí. Estes isolados foram submetidos a testes bioquímicos e microbiológicos para identificação e foram encontrados 37 isolados de Klebsiella sp. Estes isolados foram submetidos a testes de susceptibilidade antimicrobiana por disco-difusão, análise fenotípica de fatores de virulência e genes de resistência e pesquisa de genes de resistência (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) através de PCR e similaridade através do ERIC-PCR. Através da análise por MALDI-TOF, os 37 isolados foram identificados como quatro K. oxytoca, seis K. pneumoniae e 27 K. variicola. Todos os isolados foram suscetíveis a imipenem, ertapenem, piperacilina/tazobactam e polimixina B Ampicilina e amoxacilina foram os antimicrobianos com maior índice de resistência, o gene blashv foi o mais encontrado dentre os genes pesquisados. Todos os isolados apresentaram cápsula polissacarídica, 56,7% dos isolados apresentaram fímbrias do tipo 1, 56,7% demonstraram serem capazes de produzir biofilmes, 78,4% foram capazes de inativar os fatores bactericidas do soro e 81,1% sintetizaram sideróforos. A análise por ERIC-PCR e MALDI-TOF geraram dendrogramas de alta heterogeneidade e baixos índices de similaridade, indicando que diferentes populações de Klebsiella estão se mantendo naquele ambiente. Ficou evidenciado neste estudo, através dos isolados encontrados e suas características genéticas e fenotípicas de resistência bacteriana, que eles podem estar contribuindo para a manutenção e disseminação da resistência aos antimicrobianos no ambiente. / Antimicrobial resistance and virulence factors are important mechanisms for the survival of bacteria, through which they have become capable of escaping from the adversities of the environment. The present work had as main objective to analyze the virulence factors and resistance genes of Klebsiella sp. And its participation in the maintenance of resistant bacterial populations in points in Tramandaí Lagoon. Samplings were carried out in August 2014 and January 2015 at four different points with different degrees of environmental impact. A total of 272 bacterial isolates from the Tramandaí lagoon water samples were analyzed. These isolates were submitted to biochemical and microbiological tests for identification and 37 isolates of Klebsiella sp. These isolates were submitted to antimicrobial susceptibility tests by disc-diffusion, phenotypic analysis of virulence factors and and resistance gene (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) search by PCR and similarity through ERIC-PCR. Through the use of MALDI-TOF, the 37 isolates were identified as four of K. oxytoca, six of K. pneumoniae and 27 of K. variicola. All the isolates were suscetible to imipenem, ertapenem, piperacilin/tazobactam e polimixin B Ampicillin and amoxicillin were the most resistant antimicrobials, the blaSHV gene was the most found among the genes studied. All isolates presented a polysaccharide capsule, 56.7% of the isolates had type 1 fimbriae, 56.7% were able to produce biofilms, 78.4% were able to inactivate serum bactericidal factors and 81.1% synthesized siderophores. Analysis by ERIC-PCR and MALDI-TOF generated dendrograms with high diversity and low similarity indexes, indicating that different populations of Klebsiella are remaining in that environment. It was evidenced in this study, through the isolates found and their genetic and phenotypic characteristics of bacterial resistance that they may be contributing to the maintenance and dissemination of antimicrobial resistance.

Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.