Submitted by Marlucy Farias Medeiros (marlucy.farias@unipampa.edu.br) on 2018-05-11T18:34:32Z No. of bitstreams: 1 Vinícius Bittencourt da Silva- 2018.pdf: 4217704 bytes, checksum: 062fdfd3aa89f2dbd2679f836c3bad2d (MD5) / Approved for entry into archive by Dayse Pestana (dayse.pestana@unipampa.edu.br) on 2018-05-14T11:58:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Vinícius Bittencourt da Silva- 2018.pdf: 4217704 bytes, checksum: 062fdfd3aa89f2dbd2679f836c3bad2d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-14T11:58:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vinícius Bittencourt da Silva- 2018.pdf: 4217704 bytes, checksum: 062fdfd3aa89f2dbd2679f836c3bad2d (MD5) Previous issue date: 2018-02-07 / Atualmente, o tempo de inserção de um produto de hardware no mercado é cada vez menor apesar do crescimento de sua complexidade. Portanto, é importante que o processo de construção seja cada vez mais rápido. Entre as medidas para ganhar desempenho a otimização do tempo despendido em verificação é fundamental, pois cerca de 70% do tempo de projeto é aplicado nessa atividade. Esse processo inicia-se juntamente com o desenvolvimento, pois, caso seja detectado um erro somente no estágio final de desenvolvimento é possível que haja atrasos para cumprir os prazos de entrega. Nesse sentido, este trabalho apresenta a USAG, uma ferramenta semi-automática desenvolvida para construir ambientes de verificação usando a metodologia UVM (a qual é a metodologia padrão atualmente) aplicada ao projeto de circuitos integrados escritos em SystemVerilog. Esta ferramenta vem para ajudar no processo de verificação de hardware acelerando a criação do ambiente de verificação, uma vez que ele gera as estruturas e interconexões da metodologia e produz os arquivos para simulação. Qualquer ferramenta que suporte SystemVerilog juntamente com a Metodologia UVM pode executar o ambiente de verificação gerado pela USAG. Além disso, a ferramenta é baseada na Web para ser acessível a partir de qualquer local sem a necessidade de um sistema operacional específico ou configuração para usá-la. Finalmente, são apresentados os resultados de ambientes de verificação UVM obtidos a partir da entrada de códigos fonte em SystemVerilog na USAG. A partir dos resultados obtidos e da análise da utilização por parte de testadores conclui-se que a USAG é eficaz no que tange os objetivos propostos. / Currently, the insertion time of a hardware pro ducts in the market is decreasing despite the growth of its complexity. Therefore, it is important that the construction process is getting faster and faster. Among the ways to gain performance, the optimization of the time spent in verification is fundamental, because ab out 70% of the project time is applied in this activity. This process starts with the development, because if an error is detected only in the final stage of development, there may be delays to comply with delivery times. In this way, this work presents USAG, a semi-automatic tool developed to construct verification environments using the UVM methodology (which is the current standard methodology) applied to the design of integrated circuits written in SystemVerilog. This tool comes to assist in the hardware verification process by accelerating the creation of the verification environment as it generates the structures and interconnections of the methodology and produces the files for simulation. Any tool that supports SystemVerilog together with the UVM Methodology can execute the verification environment generated by the USAG. In addition, the tool is web-based to be accessible from any lo cation without the need for a specific operating system or configuration to use it. Finally, the results of UVM verification environments obtained from the entry of source co des in SystemVerilog in USAG are presented.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-06-05T23:36:23Z No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) Previous issue date: 2018-03-28 / Atualmente há diversas ferramentas propostas para análise de Fatores de Transcrição (TF), tais como TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. No entanto, nenhuma dessas ferramentas oferece uma experiência completa, em que se possa avaliar a confiabilidade do TF, ou seja, se de fato uma proteína analisada é um TF e a sua associação com o gene alvo. Ao longo do tempo, foram construídas inúmeras bases de dados, todas elas com riquíssimas informações, porém a complexidade intrínseca do dado, o volume de informações, problemas de nomenclatura dos genes e diversos outros fatores fizeram com que tais ferramentas não oferecessem um espectro completo da análise. Por outro lado, para se trabalhar com um grande volume de dados, se requer conhecimentos avançados de computação. Entretanto, o grande público interessado em analisar esses dados são os profissionais procedentes das áreas biológicas, configurando-se como uma barreira, uma vez que a formação acadêmica desta área não oferece em seus componentes curriculares disciplinas de programação. Diante desta situação, este trabalho tem como objetivo criar uma ferramenta web destinada exclusivamente para análise dos TFs. Desse modo, foi idealizado e desenvolvido o Transcription Factor Analysis Tools (TFAT), contendo a integração de diferentes bases de dados e um conjunto de scripts para manipular estas informações, juntamente com os parâmetros cruciais definidos pelo usuário em sua análise. O cerne desta ferramenta é a análise para identificar os TFs chaves na modularização da transcrição gênica, ou seja, o enriquecimento dos TFs reguladores de uma lista de genes submetida pelo usuário, que através dos componentes da ferramenta, consulta sua base de dados, identificam os TFs que estão associados aos genes da lista e calcula o p-valor de enriquecimento. Além disso, a ferramenta verifica a confiabilidade do TF, disponibiliza as predições realizadas e converte os itens de uma lista para o GeneID ou Symbol do Entrez Gene. Outro recurso presente neste trabalho é a utilização da confiabilidade do TF aplicado em toda a ferramenta. Esse grau de confiabilidade leva em consideração evidências de diferentes bases de dados, experimentos, predições e outras características dos TFs. Este recurso de confiabilidade possui um modo padrão e um modo com parâmetros definidos pelo próprio usuário, que permite toda uma personalização por meio de filtros nas consultas e controle de análise para o usuário final. / Currently there are several tools proposed for analysis of Transcription Factors (TF), such as TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. However, none of these tools offer a complete experience in assessing the reliability of TF, checking if an analyzed protein is a TF and its association with the target gene. Over time, numerous databases were built, all of them with rich information, but the intrinsic complexity of the data, the volume of information, problems of nomenclature of the genes and several other factors led these tools to do not offer a complete spectrum of analyses. On the other hand, working with a large volume of data requires advanced computer skills. However, the general public interested in analyzing these data are professionals from the biological areas, forming a barrier since the academic formation of this area does not offer in its curricular components programming disciplines. From this situation, this work aims to create a web tool exclusively for the analysis of TFs. In this way, the Transcription Factor Analysis Tools (TFAT) was conceived and developed, containing the integration of different databases and a set of scripts to manipulate this information, along with the crucial parameters defined by the user in the analysis. The core of this tool is the analysis to identify the key TFs in the modulation of gene transcription, namely the enrichment of the regulatory TFs of a user-submitted gene list, which through the components of the tool, consults its database, identifies the TFs that are associated with those genes and computes the p-value of enrichment. In addition, the tool verifies TF reliability, makes available predictions, and converts items from a list to the Entrez Gene's GeneID or Symbol. Another feature of this work is the use of TF reliability applied throughout the tool. This degree of reliability takes into account evidences from different databases, experiments, predictions and other characteristics of TFs. This reliability feature has a standard mode and a userdefined parameter mode, which allows full customization through filters in the queries and analysis control for the end user.

Submitted by Nadir Basilio (nadirsb@uninove.br) on 2017-08-04T21:26:50Z No. of bitstreams: 1 Renato Alessandro Rocha Santos.PDF: 5054326 bytes, checksum: 739f1115bab9b157f48eb56ca44d4c34 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-04T21:26:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Renato Alessandro Rocha Santos.PDF: 5054326 bytes, checksum: 739f1115bab9b157f48eb56ca44d4c34 (MD5) Previous issue date: 2017-03-02 / Over the last decades the Vehicle Routing Problem (VRP) has been subject of research of several authors, mainly because of difficulties found in its optimization as well as its application in real-world situations. In the scientific literature there are several proposed solutions for the PRV using different optimization techniques. However, such solutions are rarely transformed into software tools that can be used by end users, for example, micro enterprises. Thus, the focus of the present work was to develop a Web computational tool for vehicle routing, called “SGRV  Sistema de Gestão de Roteamento de Veículos”, which uses Google Maps features and aims to meet the needs of micro enterprises. Therefore, initially it was conducted a literature search about solution methods for VRP, to support the choice of strategy based on genetic algorithms employed in SGRV. Then, a new bibliographic research was made with the purpose of finding free softwares for the VRP solution, which were object of analysis to mark out the development of the SGRV. For the development of this research was used the methodology Design Science Research. A qualitative evaluation of the SGRV was carried out by four microenterprises from different branches, that used the tool for a certain period and, in the end, answered six questions opened from semi-structured interviews. The experiences of these microenterprises were transcribed and the data obtained reveal the effectiveness of the SGRV in the management of its tasks related to the orders and deliveries of products. / Nas últimas décadas o Problema de Roteamento de Veículos (PRV) tem sido temática de pesquisas de diversos autores, principalmente por causa de dificuldades encontradas para sua resolução, bem como sua aplicabilidade em situações reais do cotidiano. Na literatura científica há diversas propostas de soluções para o PRV empregando diferentes técnicas de otimização. No entanto, tais soluções raramente são transformadas em ferramentas computacionais que possam ser utilizadas por usuários finais como, por exemplo, as microempresas. Assim, o foco do presente trabalho foi desenvolver uma ferramenta computacional Web para roteamento de veículos, denominada SGRV  Sistema de Gestão de Roteamento de Veículos, que emprega recursos do Google Maps e visa suprir as necessidades de microempresas. Para tanto, inicialmente realizou-se uma pesquisa bibliográfica acerca de métodos de solução para o PRV, a fim de subsidiar a escolha de uma estratégia baseada em Algoritmos Genéticos empregada no SGRV. Em seguida, foi feito um novo levantamento bibliográfico com intuito de encontrar softwares de uso livre para a solução do PRV, os quais foram objeto de uma análise que visou balizar a implementação do SGRV. Para o desenvolvimento dessa pesquisa foi empregada a metodologia Design Science Research. Uma avaliação qualitativa do SGRV foi realizada por quatro microempresas de diferentes ramos, as quais utilizaram a ferramenta por um determinado período e, ao final, responderam seis questões abertas a partir de entrevistas semiestruturadas. As experiências dessas microempresas foram transcritas e os dados obtidos revelam a efetividade do SGRV no gerenciamento de suas tarefas relacionadas aos pedidos e entregas de produtos.