Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-07-19T13:32:54Z No. of bitstreams: 2 Tese Final Glauco Kohler.pdf: 8065217 bytes, checksum: 26a547df259959396da85472c5dd988c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-19T13:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Final Glauco Kohler.pdf: 8065217 bytes, checksum: 26a547df259959396da85472c5dd988c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-05 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The subfamily Todirostrinae (Tello, Moyle, Marchese & Cracraft, 2009) comprises seven genera and about 51 recognized taxa distributed from southern Mexico to the northeast of Argentina, occurring in several forest environments. Its taxonomy and systematics are traditionally based on synapomorphies of small body size and beak shape, leading to a historical controversy over its taxonomy and evolutionary relationships. In this study, a multilocus (5 loci, 3153 bp) approach of the highest phylogeny constructed for the group was used to infer phylogenetic relationships in Todirostrinae, recognizing valid genera and estimating the time of diversification. Paraphily was found in four genera of Todirostrinae and also in five taxa of the group. The genus Hemitriccus corresponds to nine paraphyletic lines, four of which correspond to new genera and five genera previously recognized in the literature, similar to the genera Myiornis and Lophotriccus (both with two paraphyletic lineages). The genus Poecilotriccus presents four paraphyletic lines, three of which correspond to new genera. The results of the phylogenetic reconstructions served as basis for the proposal of a new taxonomic arrangement for the group. The origin and diversification of the genera can be explained by geological events in the Andes and Brazilian Shield as well as Pleistocene glacial cycles. The genus Lophotriccus, widely distributed in lowland and montane forests throughout the northern Neotropics and Central America, has controversial taxonomy and poorly known species limits. In addition, the objective was to estimate the phylogeny, species limits and historical biogeography of Lophotriccus using a multilocus approach (5 loci, 3153 bp) covering XVI all taxa described. It has been found that the genus Lophotriccus is paraphyletic in relation to Oncostoma and Hemitriccus minor. In addition, all traditionally recognized Lophotriccus are paraphyletic, except L. eulophotes. The species delimitation analysis supports a species status for all subspecies of the genus and four geographically structured clades in L. galeatus. Biogeographic reconstruction has optimized western Amazonia and Central Andes as more probable ancestor areas and suggests multiple diversification events in the Andes, Amazon plains and Central America, coinciding with the Pleistocene glacial cycles. / A subfamília Todirostrinae (Tello, Moyle, Marchese & Cracraft, 2009) compreende sete gêneros e cerca de 51 táxons reconhecidos distribuídos do sul do México ao nordeste da Argentina, ocorrendo em vários tipos de ambientes florestais. Sua taxonomia e sistemática são tradicionalmente baseadas em sinapomorfias de pequeno tamanho corporal e formato do bico, levando a uma histórica controvérsia sobre sua taxonomia e relações evolutivas. Neste estudo objetivou-se, por meio de uma abordagem multilocus (5 loci, 3153 pb) da maior filogenia construída para o grupo, inferir as relações filogenéticas em Todirostrinae, reconhecendo gêneros válidos e estimando o tempo de diversificação. Foi encontrada parafilia em quatro gêneros de Todirostrinae e também em cinco táxons do grupo. O gênero Hemitriccus corresponde a nove linhagens parafiléticas, quatro das quais, correspondendo a gêneros novos e mais cinco gêneros previamente reconhecidos em literatura, de forma similar aos gêneros Myiornis e Lophotriccus (ambos com duas linhagens parafiléticas). O gênero Poecilotriccus apresenta quatro linhagens parafiléticas, três das quais correspondendo a gêneros novos. Os resultados das reconstruções filogenéticas serviram como base para a proposta de um novo arranjo taxonômico para o grupo. A origem e diversificação dos gêneros pode ser explicada por eventos geológicos nos Andes e Escudo Brasileiro bem como ciclos glaciais do Pleistoceno. O gênero Lophotriccus, amplamente distribuído em planícies e florestas montanas em todo o Neotrópico setentrional e América Central, possui taxonomia controversa e limites de espécies pouco definidos. Adicionalmente, objetivou-se estimar a filogenia, limites das espécies e biogeografia histórica de Lophotriccus, utilizando uma abordagem multilocus (5 loci, 3153 pb) cobrindo todos os táxons descritos. Descobriu-se que o gênero Lophotriccus é parafilético em relação a Oncostoma e Hemitriccus minor. Além disso, todos os Lophotriccus tradicionalmente reconhecidos são parafiléticos, exceto L. eulophotes. A análise de delimitação de espécies suporta um status de espécie para todas as subespécies do gênero e quatro clados geograficamente estruturados em L. galeatus. A reconstrução biogeográfica otimizou a Amazônia ocidental e os Andes Centrais como áreas ancestrais mais prováveis e sugere múltiplos eventos de diversificação nos Andes, nas planícies amazônicas e na América Central, coincidindo com os ciclos glaciais do Pleistoceno.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10169_Divulgacao_Defesa_Gabrielly.pdf: 216167 bytes, checksum: 0d401c1a2e22574456cd482532b538d2 (MD5) Previous issue date: 2016-08-23 / Entre os gêneros pertencentes à tribo Meliponini está Partamona Schwarz 1939, que possui atualmente 33 espécies descritas. As relações filogenéticas deste gênero, foram evidenciadas por Pedro & Camargo (2003) e Camargo & Pedro (2003) baseadas em caracteres morfológicos e hábitos de nidificação. Os autores propuseram a divisão do gênero em cinco grupos :Musarum, Testacea, Nigrior e Cupira, representados pelas espécies que nidificam em termiteiros, e Bilineata/Epiphytophyla , por espécies não termitófilas. Nossas análises filogenéticas de Máxima Verossimilhança e inferência Bayesiana baseadas nos genes nucleares ArgK e Opsin e o gene mitocondrial CytB, confirmam a monofilia do gênero e sua relação de grupo irmão com o gênero Parapartamona. Os caracteres morfológicos definidos como sinapomorfias para estabelecer o grupo Cupira não coincidem com o relacionamento filogenético molecular do grupo e a divisão do gênero em dois clados foi fortemente suportada. Análise de caracteres taxonômicos baseados nos hábito de nidificação utilizados para a classificação de grupos no gênero Partamona não estão relacionados com a hipótese filogenética por dados moleculares. A Datação molecular estipula que a divisão entre os gêneros Partamona e Parapartamona ocorreu há cerca de 14 milhões de anos, na mesma época do soerguimento dos Andes. O maior evento de especiação entre o gênero ocorreu por volta de 4 milhões de anos durante o Plioceno. Eventos de vicariância durante o Plio- Pleistoceno, podem ter ocasionado as divergências dos principais agrupamentos do gênero

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:52:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:56:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:57:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-20T13:57:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) Previous issue date: 2011-08-11 / Phylogeographic studies have helped clarify the spatial and temporal context of the diversification of Amazonian organisms. Given the current state of environmental degradation and the future impacts expected from the implementation of developmental plans proposed for the Amazon region, it is necessary to understand the evolutionary dynamics of the biota of the Amazon lowland forest. Therefore, the goal of this study was to provide information that increases the taxonomic and biological knowledge for the species of the genus Hylaeamys (H. megacephalus, H. yunganus and H. perenensis), which have predominantly Amazonian distribution, testing the existence of population structure for each species and if this structure is concordant with their geographical distribution. We used a total of 254 individuals sampled over 43 locations; 151 individuals of H. megacephalus from 35 localities, 80 individuals of H. perenensis from 14 localities and 23 individuals of H. yunganus from 8 localities. Molecular studies were based on the sequencing of 947 base pairs of the mitochondrial cytochrome b gene The phylogenetic relationships were assessed by the construction of trees by the method of maximum likelihood (ML) and genetic differentiation through analysis of molecular variance (AMOVA) and Fst estimates. For H. perenensis, AMOVA analysis performed to test the population structure considering the Jurua River as geographical barrier, revealed that most of the variance (96.15%) was within localities and only 3.85% (Fst = 0.03851, P = 0.00366) of the variation could be explained by differences between localities. Even considering an Nm = 12.48, Fst values were significant, indicating a moderate genetic structure. For H. yunganus, considering the low number of samples obtained, it was not possible to address the issue of the rivers as a barrier through a population-genetic analysis. Considering only the distribution of haplotypes, the results are similar to those reported by Patton and colleagues (2000), where the Juruá River is not a barrier to gene flow. For H. megacephalus, the ML tree topology revealed the presence of four structured, geographically distinct clades with high support and average genetic distance between them of 4.8%, ranging from 0.2% to 9.6%. In the work of Patton et al. (2000) and Costa (2003), the average values of genetic distances (5.3% and 8.7%, respectively) were similar to those found in this study (7% and 8%) for populations north and south Amazon River. In this scenario, the genetic diversity by H. megacephalus is consistent with the model of allopatric speciation, and the Amazon River acting as a geographical barrier to gene flow. The levels of genetic divergence, considering the values reported for rodents in the literature, do not allow completely to dismiss the possible existence of a complex of species in what is now recognized as H. megacephalus. However, to establish the taxonomic status of the four lineages recognized, it would be necessary to conduct additional analyses of morphological, ecological, and natural history data. / Estudos filogeográficos têm ajudado a esclarecer o contexto espacial e temporal da diversificação de organismos amazônicos. Em vista do atual estado de degradação ambiental e dos futuros impactos previstos com a implantação dos planos de desenvolvimento propostos para a Amazônia, faz-se necessário a compreensão da dinâmica evolutiva da biota da floresta da planície amazônica. Sendo assim, este trabalho teve como meta, fornecer informações que elevem o conhecimento taxonômico e biológico para as espécies do gênero Hylaeamys (H.megacephalus, H.yunganus e H.perenensis), que possuem distribuição predominantemente Amazônica, testando a existência de estrutura populacional para cada espécie e se o padrão filogeográfico possui concordância com sua distribuição geográfica. Foi utilizado um total de 254 indivíduos distribuídos por 43 localidades, sendo 151 indivíduos para H. megacephalus, provenientes de 35 localidades; 80 indivíduos de H. perenensis por 14 localidades e 23 indivíduos de H. yunganus de oito localidades. Os estudos moleculares foram baseados no sequenciamento de 947 pares de bases do gene mitocondrial citocromo b. As relações filogenéticas entre as populações foram avaliadas pela construção de árvores pelo método de máxima verossimilhança (MV) e a diferenciação genética através da análise de variância molecular (AMOVA) e das estimativas de Fst. Para H.perenensis, a análise de AMOVA, realizada para testar a estrutura populacional considerando o rio Juruá como barreira geográfica, revelou que a maior parte da variância (96,15%) foi dentro das populações e apenas 3,85% (Fst = 0,03851; P=0,00366) da variação pôde ser explicada por diferenças entre populações. Mesmo considerando um Nm=12,48, os valores de Fst foram significantes, indicando uma estruturação genética moderada. Para H.yunganus, considerando a baixa amostragem obtida, não foi possível abordar a questão dos rios como barreira através de uma análise genético-populacional. Considerando-se apenas a distribuição dos haplótipos, os resultados são semelhantes aos reportados por Patton e colaboradores (2000), onde a o rio Juruá não constitui barreira ao fluxo gênico. Para H. megacephalus, a topologia da árvore de MV evidenciou a presença de quatro clados distintos estruturados geograficamente, com elevado suporte e distância genética média entre eles de 4,8%, com variação de 0,2% a 9,6%. Nos trabalhos de Patton et al. (2000) e Costa (2003), os valores médios das distâncias genéticas (5,3% e 8,7%, respectivamente) foram similares aos encontrados no presente estudo (7% e 8%), para populações ao norte e ao sul do rio Amazonas. Neste cenário, a diversidade genética apresentada por H. megacephalus está de acordo com o modelo de especiação alopátrica, sendo o rio Amazonas uma barreira geográfica para o fluxo gênico. Os níveis de divergência genética, considerando-se os valores reportados para roedores, não permitem descartar totalmente a possível existência de um complexo de espécies no que hoje é reconhecido como H. megacephalus. Entretanto, para o estabelecimento do status taxonômico das quatro linhagens reconhecidas, seria necessário a realização de estudos adicionais sobre outros parâmetros desses organismos, como características morfológicas, ecológicas, e de sua história natural.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

Orientador: Carlos Camargo Alberts / Resumo: A filogenia dos psitacídeos ainda é algo de muita divergência entre os taxonomistas. Embora sejam muito diversificados morfologicamente, principalmente em suas cores, os psitacídeos constituem um grupo muito homogêneo, gerando muitas contradições e controvérsias em sua classificação. Este trabalho buscou utilizar duas fontes de dados para um estudo filogenético, sendo elas: comportamento de auto limpeza e a análise de DNA mitocondrial. Para o estudo, foram selecionadas 17 espécies (Amazona aestiva, Amazona brasiliensis, Amazona farinosa, Amazona rhodocorytha, Amazona vinacea, Aratinga solstitialis, Diopsitaca nobilis, Eos bornea, Eupsittula aurea, Guaruba guarouba, Pionopsita pileata, Pionus maximiliani, Pionus menstruus, Primolius maracanã, Psittacara leucophthalmus, Pyrrhura frontalis e Pyrrhura perlata). O estudo do comportamento de auto limpeza se deu através de observações e registros videográficos no Parque Zoológico Municipal Quinzinho de Barros, em Sorocaba – SP. A análise de DNA mitocondrial foi feita através de dados obtidos no “GenBank”. Resultados da análise comportamental apontam congruência entre a filogenia obtida e outros estudos filogenéticos moleculares e morfológicos, evidenciando que analises filogenéticas através do comportamento podem ser uma fonte de dados viável. Enquanto a filogenia resultante da análise de máxima verossimilhança das sequências de DNA mitocondrial 12S e 16S apontam que com dados obtidos no GenBank podemos realizar uma reconstrução fil... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T15:12:45Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Moisés Thiago Freitas.pdf: 1148174 bytes, checksum: 0b379665e3ccc49343bd588c6f26416e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T15:12:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Moisés Thiago Freitas.pdf: 1148174 bytes, checksum: 0b379665e3ccc49343bd588c6f26416e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / Lutzomyia umbratilis é o principal transmissor do parasito Leishmania guyanensis na América do Sul, uma das espécies envolvidas na Leishmaniose Tegumentar Americana. No Brasil há registros desse vetor na região amazônica e uma população isolada no estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil. Neste estudo amostras de Lutzomyia umbratilis de três localidades no Brasil foram estudados para avaliar a estrutura filogeográfica. Posteriormente, as amostras foram processadas de modo a obter sequências correspondentes ao gene Citocromo Oxidase I. As análises filogenéticas mostraram a presença de dois clados monofiléticos distintos, um constituído por Recife (PE) e Rio Preto da Eva (AM), e outro formado com amostras de Manacapuru (AM). Os testes de neutralidade foram negativos e não significativos para todas as populações, indicando um desvio do modelo neutro favorecendo a hipótese de que estas populações estão passando por uma expansão recente. Os índices de divergência interpopulacional foram altos quando comparada a população de Manacapuru com Recife e Rio Preto da Eva. As análises de estruturação genética indicaram que as populações estudadas são divididas em dois grupos, uma delas com Manacapuru e a outra com Recife e Rio Preto da Eva.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o conhecimento da família Gymnophthalmidae, acrescentando dados genéticos de três novos genes para a tribo Ecpleopodini e descrição de 11 novos cariótipos para a família, pertencentes às tribos Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini e Gymnophthalmini. As análises filogenéticas obtidas para a tribo Gymnophthalmini pretenderam investigar o posicionamento de Scriptosaura Catimbau, espécie descrita recentemente que apresenta 2n=48, que foi recuperada como grupo irmão de Nothobachia ablephara, relacionados ainda à Calyptommatus. Já em Ecpleopodini, as análises foram realizadas para a investigação das relações filogenéticas entre os gêneros da tribo e do posicionamento de Kaieteusosauros hindsi. Foi recuperado o monofiletismo da tribo e do clado composto pelos gêneros Anotosaura, Dryadosaura (2n=44, 20M+24m) e Colobosauroides (2n=44, 20M+24m), entretanto, as relação entre os demais gêneros, inclusive de Kaieteurosaurus, não puderam ser estabelecidas e, com base nos dados citogenéticos, nota-se o predomínio de cariótipos com divisão entre macro e microcromossomos. Apesar de a família Gymnophthalmidae apresentar uma elevada diversidade cariotípica, as tribos Heterodactylini e Iphisiini apresentaram um cariótipo altamente conservado, sendo que as oito espécies descritas apresentam cariótipos compostos por 42 cromossomos com divisão clara entre macro e microcromossomos (18M+24m) e Ag-RONs em um par de microcromossomos. Os motivos que contribuem para a manutenção deste número diplóide nessas tribos ainda deverão ser investigados, mas aparentemente, este pode ser o cariótipo ancestral para a subfamília Gymnophithalminae e teria originado a diversidade cariotípica da tribo Gymnophthalmini por ocorrência de eventos de fissão e fusão cêntrica. Novos estudos cariotípicos e moleculares devem ser conduzidos para estabelecimento de tendências cromossômicas e evolutivas na tribo Ecpleopodini, que parece apresentar uma divergência rápida e simultânea, e para um melhor conhecimento da família que apresenta uma diversidade cromossômica elevada e sistemática longe de estar bem estabelecida. / This study contributes to knowledge of the family Gymnophthalmidae, adding new genetic data of three genes for the tribe Ecpleopodini and description of 11 new karyotype for the family, belonging to the tribes Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini and Gymnophthalmini. Phylogenetic analysis for the tribe Gymnophthalmini aimed to investigate the position of Scriptosaura Catimbau, recently described species which has 2n = 48 and was recovered as sister group of Nothobachia ablephara, both related to Calyptommatus. In Ecpleopodini, the analysis was performed to investigate the phylogenetic relationships among genera of the tribe and the placement of the species Kaieteusosauros hindsi. It was recovered the monophyly of the tribe and a clade composed of the genera Anotosaura, Dryadosaura (2n = 44, 20M+24m) and Colobosauroides (2n = 44, 20M+24m), however, the relationship among other genera, including Kaieteurosaurus, could not be established and, based on cytogenetic data, it can be seen the predominance of karyotype with a division into macro and microchromosomes. Although the family gymnophthalmids exhibit a high karyotypic diversity, the tribes and Heterodactylini Iphisiini showed a conservative karyotype, and the eight described species present karyotypes composed of 42 chromosomes with a clear division between macro and microchromosomes (18M +24 m) and Ag-NORs in a pair of microchromosomes. The reasons that contributed to the maintenance of this diplod number in the two tribes are still to be investigated, but apparently, this may be the ancestral karyotype for the subfamily Gymnophithalminae and may have originated the karyotypic diversity in the Gymnophthalmini for a series of fission events centric. New karyotypic and molecular studies should be conducted to establish trends in chromosomal and evolution in the tribe Ecpleopodini, which seems to have a simultaneous and rapid divergence, and to a better understanding of the family that has a high diversity and systematic chromosome far from well established.