A família Barychelidae é composta por duas subfamílias, Barychelinae e Sasoninae, com 42 gêneros e 296 espécies. Sasoninae é representada atualmente por quatro gêneros: Sason Simon, 1887, Cosmopelma Simon, 1889, Neodiplothele Mello-Leitão, 1917, e Paracenobiopelma Feio, 1952. Pela primeira vez testamos com uma análise filogenética a relação de todos os gêneros de Sasoninae. A análise é baseada em uma matriz composta por 49 táxons terminais, que inclui no grupo interno 17 espécies de Sasoninae e no grupo externo representantes da subfamília Barychelinae e da família Theraphosidae, e 54 caracteres morfológicos. A análise de parcimônia foi realizada com dois parâmetros: caracteres com peso iguais e pesagem implícita (com diversos valores). A discussão está baseada nos resultados das análises com pesagem implícita de valor k=20, a qual obteve 3 árvores igualmente parcimoniosa, com 200 passos, IC=33, IR=74 e Fit=5.337. Nesta hipótese não foi recuperado o monofiletismo dos gêneros atualmente alocados em Sasoninae. Barychelidae é considerada parafilética uma vez que os gêneros estão divididos em três ramos distintos, sendo que Barychelus badius Simon, 1889, gênero-tipo aparece como sinônimo júnior de Theraphosidae. A análise mostrou que 21 gêneros incluídos atualmente em \"Barychelidae\" formam um grupo monofilético com os demais gêneros de Theraphosidae, sendo este grupo com status rebaixado para Barychelinae, agora em Theraphosidae. Barychelinae é dividida em duas tribos monofiléticas, Barychelini Simon, 1889 e Sasonini Simon, 1887. Os gêneros Ammonius Thorell, 1899, Cyrtogrammomma Pocock, 1895, e Thalerommata Ausserer, 1875, devem ser transferidos de \"Barychelidae\" para outras subfamílias de Theraphosidae. Os gêneros Cosmopelma, Neodiplothele, Paracenobiopelma, Gênero novo 1 e Gênero novo 2, formam um grupo monofilético suportado por duas sinapomorfias e uma homoplasia, e considerado como uma subfamília nova, Cosmopelmatinae subfam. Nov. Baseado na análise apresentada é proposto uma nova diagnose para Sason Simon, 1887. Paracenobiopelma gerecormophila Feio, 1952 é redescrita. Dois novos gêneros monotípicos são propostos para o Brasil / Barychelidae includes two subfamilies, Barychelinae and Sasoninae, 42 genera and 296 species. Sasoninae is currently comprised of four genera: Sason Simon, 1887, Cosmopelma Simon 1889, Neodiplothele Mello-Leitão, 1917 and Paracenobiopelma Feio, 1952. For the first time a phylogenetic analysis the interelationship of all genera of Sasoninae are tested. The analysis is based on the data set composed of 49 terminal taxa, which includes 17 species of Sasoninae in the ingroup and representatives of the subfamily Barychelinae and the family Theraphosidae as outgroup, scored for 54 morphological characters. Two parameters were used in the cladistics analysis: equal weighted characters and implied weighting. The discussion is based on the results of the analysis using the implied weighting of K-value 20, which obtained three most parsimonious trees with 200 steps each, CI=33, RI=74 and Fit=5.337. The results of the analysis show that the subfamily Sasoninae is not a monophyletic group. Barychelidae is considered paraphyletic since the genera are divided in to three distinct clades. Therefore \"Barychelidae\" is considered a junior synonym of Theraphosidae. Twenty-one genera analysed here, which is included in \"Barychelidae\", form a monophyletic group with the other genera of Theraphosidae, therefore here is proposed for this group the status of subfamily Barychelinae within Theraphosidae. Barychelinae is divided in two monophyletic tribes: Barychelini Simon, 1887 e Sasonini Simon, 1887. The genera Ammonius Thorell, 1899, Cyrtogrammomma Pocock, 1895, and Thalerommata Ausserer, 1875, should be transferred from \"Barychelidae\" to other subfamilies of Theraphosidae. The genera Cosmopelma, Neodiplothele, Paracenobiopelma, new genus 1 e new genus 2, form a monophyletic group supported by two synapomorphies and a homoplasy, and here is considered as a new subfamily, Cosmopelmatinae new subf. Based in this analysis is proposed a new diagnosis to Sason Simon, 1887. Paracenobiopelma gerecormophila Feio, 1952 is redescribed. Two monotypic new genera are described to Brazil

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-07-19T17:46:16Z No. of bitstreams: 2 Tese - Carolina Moreno dos Santos - 2017.pdf: 3257702 bytes, checksum: 16f671b0b91f5119f3898a4b0cba8314 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-07-20T10:59:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Carolina Moreno dos Santos - 2017.pdf: 3257702 bytes, checksum: 16f671b0b91f5119f3898a4b0cba8314 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T10:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Carolina Moreno dos Santos - 2017.pdf: 3257702 bytes, checksum: 16f671b0b91f5119f3898a4b0cba8314 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Arctiinae is one of the most diverse and cosmopolitan subfamilies of Lepidoptera, and is composed of four tribes: Lithosiini, Amerilini, Syntomini and Arctiini. In the Neotropics occur Arctiini and Lithosiini only. Moths of these two tribes are very different in body size, coloration patterns, diet, in the type of secondary compounds they sequester, and in habitat use. The morphological, physiological, and behavioral characteristics of these moths are very important in influencing their distribution in the environment. The distribution of species can also be highly influenced by deterministics (based in the niche models, like as ecological interactions and environmental filtering) and stochastic processes (i.e.: ecological drift, dispersion limitations, random speciation and extinction). To answer which processes best determine the distribution of Arctiinae moths, this Thesis was composed by three chapters. In the first chapter I tested which model of metacommunity (related to environmental and spatial variables) best determine the distribution of groups of species: common, rare, habitat specialist, habitat generalist and species belonging to tribes Arctiini and Lithosiini. In the second chapter, I tested if the functional structure of Arctiini and of Lithosiini and if the phylogenetic structure of Arctiini are influenced in the same way by stochastic and deterministic processes. Arctiinae moths (both tribes) were influenced by environmental (also related to deterministic processes) and spatial (also related to stochastic processes) variables, but the environment was more important to the majority of the groups of taxonomic diversity (chapter 1) and to the functional and phylogenetic diversities (chapter 2). As the deterministic processes are very important to determine the distribution of Arctiinae on communities, in the third chapter I tested which deterministic process (specifically, antagonic interactions or environmental filtering) is more important in determine the functional structure of these moths along different physiognomies and in two marked weather seasons, characteristics of the study area. The results showed that Arctiinae moths are strongly influenced by environmental filters, and that antagonistic interactions (i.e. competition) are not so important in determine the functional structure of Arctiinae moths on communities. / Arctiinae, uma das subfamílias mais diversas e cosmopolitas de Lepidoptera, é dividida em quatro tribos: Lithosiini, Amerilini, Syntomini e Arctiini. Somente Arctiini e Lithosiini ocorrem nos Neotrópicos. Apesar de serem da mesma subfamília, mariposas destas duas tribos Neotropicais se diferenciam muito em tamanho, padrões de coloração, dieta, tipo de substância secundária que sequestram e uso de habitat. Todas as diferenças morfológicas, fisiológicas e comportamentais destas mariposas influenciam muito em suas distribuições ao longo de gradientes ambientais. A distribuição das espécies também pode ser fortemente influenciada por processos determinísticos (baseados em modelos de nicho, como por exemplo, interações ecológicas e filtragem ambiental) e por processos estocásticos (exemplos: deriva ecológica, limitação na dispersão, especiação e extinção aleatórias). Para responder quais processos melhor determinam a distribuição de mariposas Arctiinae, esta Tese foi composta por três capítulos. No primeiro capítulo testei qual modelo de metacomunidades (relacionados com variáveis ambientais e espaciais), melhor determinam a distribuição de espécies comuns, raras, especialistas de habitat, generalistas de habitat e de espécies pertencentes às tribos Arctiini e Lithosiini. No segundo capítulo testei se a estrutura funcional de Arctiini e de Lithosiini e se a estrutura filogenética de Arctiini são influenciadas da mesma forma por processos estocásticos e determinísticos. Mariposas Arctiinae foram influenciadas tanto por variáveis ambientais (relacionadas a processos determinísticos) quanto por espaciais (relacionadas a processos estocásticos), mas o ambiente foi mais importante tanto para a maioria dos grupos da diversidade taxonômica (capítulo 1) quanto para as diversidades funcional e filogenética (capítulo 2). Como os processos determinísticos são muito importantes em determinar a distribuição de Arctiinae ao longo das comunidades, no terceiro capítulo testei qual destes processos determinísticos (especificamente se interações antagônicas ou se filtragem ambiental) é mais importante em determinar a estrutura funcional de mariposas Arctiinae ao longo de diferentes fitofisionomias e de diferentes estações climáticas, marcantes da área de estudo. Os resultados mostraram que mariposas Arctiinae são fortemente influenciadas por filtros ambientais, e que interações antagônicas (ex.: exclusão competitiva) não são tão importantes em determinar a estrutura funcional de mariposas Arctiinae nas comunidades.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4425.pdf: 4096750 bytes, checksum: d77921e33ac24b167ed701cea4759eb0 (MD5) Previous issue date: 2012-04-18 / Financiadora de Estudos e Projetos / Plant cell walls are composed of approximately 65% cellulose microfibrils and pectin. The latter is proteolytically degraded by the so-called pectinases enzymes (also known as pectinolytic enzymes). Pectinases may be either depolymerizing. They are produced by plants, filamentous fungi, bacteria, and yeast. Due to the wide commercial use of pectinase, one has testified a growing number of studies devoted to understand the activities of such enzymes. Bioinformatics tools were employed throughout this work in order to study fungal polygalacturonase (PG) under two aspects. Firstly, all stored fungal PG sequences in databases (2093) were analyzed in order to evaluate through searching for sequential motifs and phylogenetic studies the possibility to classifying the enzymes as either Endo- or Exo-PG. After excluding those with less than 70 amino acids, those that corresponded to the hypothetical protein , and those that were neither PG nor fungal PG, there were 957 sequences left. Those sequences were separated according to genus and species. For each group, multiple sequence alignments were made by using ClustalW software. The alignments were analyzed and the sequences displaying 100% identity were then expunged, thus resulting in a database of unique sequences of fungal PG. By means of the alignment, the study of structural motifs, and the construction of phylogenetic trees, one was able to classify all the sequences according to their mode of action in either Endo- or Ex-PG. Throughout the second part of our research, protein homology-modeling methods were employed while constructing a three-dimensional model of a L. gongylophorus fungal polygalacturonase, symbiont of leaf-cutting ant. The model was validated by PROCHECK, VERIFY 3D, and WHAT IF software. By analyzing the 3D model of the L. gongylophorus PG, a catalytic mechanism of the enzyme was outlined, which may take place by inverting the configuration of sugar anomeric carbon (substrate). / A parede celular de células de plantas é composta de aproximadamente 65% de rede de celulose e rede de pectato. Essa última é proteoliticamente degradada por enzimas chamadas pectinases ou enzimas pectinolíticas. As pectinases podem ser despolimerizantes ou desesterificantes e são produzidas por plantas, fungos filamentosos, bactérias e leveduras. Impulsionado pelas aplicações comerciais que pectinases representam, é crescente o estudo para o melhor entendimento sobre as atividades dessas enzimas. Ferramentas de bioinformática foram usadas neste trabalho para estudar poligalacturonases (PG) de fungos, sob dois aspectos. Na primeira parte do trabalho, todas as sequências de PG de fungos depositadas em bancos de dados (2093) foram analisadas e avaliadas quanto à possibilidade de classificação das enzimas em Endo- ou Exo-PG através de busca de motivos sequenciais e estudos filogenéticos. Após exclusão daquelas com menos de 70 aminoácidos, das que correspondiam a 'proteína hipotética' e ainda das que não eram PG ou mesmo não eram PG de fungos restaram 957 sequências. Essas sequências foram separadas por gênero e espécie e para cada grupo foram realizados alinhamentos múltiplos de sequências usando o programa ClustalW . Os alinhamentos foram analisados e as sequências com 100% de identidade foram retiradas, resultando em um conjunto de dados com 417 sequências únicas de PG de fungos. Através dos alinhamentos, do estudo de motivos estruturais e da construção de árvores filogenéticas foi possível classificar todas as sequências de acordo com seu modo de ação em Endo- ou Exo-PG. Na segunda parte do trabalho foi usado o método de modelagem por homologia na construção do modelo tridimensional de uma poligalacturonase do fungo L. gongylophorus, simbionte de formigas cortadeiras. O modelo foi validado com os programas PROCHECK, VERIFY 3D e WHAT IF. Através da análise do modelo 3D da PG do L. gongylophorus foi possível propor um mecanismo de ação da enzima, que deve ocorrer com inversão da configuração do carbono anomérico do açúcar (substrato).

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Aeglid crabs have attracted researchers because they represent the only anomuran family entirely restricted to continental waters, besides being endemic to the tropical and temperate regions of South America, occurring in streams, creeks, rivers, lagoons and caves. These crabs are becoming more and more restricted to the headwaters due to their necessity of clean and well oxygenated water. The family Aeglidae encompasses about 70 species described up to now, and of these, 23 are found in Rio Grande do Sul state (RS). Aegla platensis is one of the few species found in the three hydrographic basins of RS. Due to its broad distribution, this study investigates the taxonomic status of A. platensis occurring in Uruguay and Guaíba basins. Analysis were carried out with partial sequences of the mitochondrial genes 16S, COI and COII individually as well as the three genes concatenated. Phylogenetic analysis were performed using Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference, which presented high statistical supports, suggesting the hypothesis that A. platensis may constitute a complex with at least three species. These results are in agreement with the other analyses realized in the present study. / Os eglídeos há muito tempo despertam o interesse dos pesquisadores, pois são os únicos representantes da Infraordem Anomura que ocorrem em águas continentais. Ademais são endêmicos da região tropical/temperada da América do Sul, onde são comumente encontrados. A família Aeglidae compreende cerca de 70 espécies descritas até o momento, destas, aproximadamente 23 ocorrem no Rio Grande do Sul, sendo que Aegla platensis é uma das poucas espécies de eglídeos encontrados nas três bacias hidrográficas do RS (Bacia do Guaíba, Bacia do Uruguai e Bacia Litorânea). Devido a sua ampla distribuição decidiu-se investigar o status taxonômico de Aegla platensis oriundas da Bacia do Uruguai e Bacia do Guaíba. As análises foram realizadas com os genes mitocondriais 16S, COI e COII separadamente e com os dados concatenados dos três genes. As construções filogenéticas de A. platensis foram realizadas com os métodos Neigbhor-Joining, Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Bayesiana, os quais apresentaram alto suporte estatístico sugerindo a hipótese de que A. platensis constitua um complexo de no mínimo três espécies. Estes dados também são congruentes com as outras análises realizadas neste estudo.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-22T12:28:36Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Laurine Lacerda Pigosso - 2012.pdf: 3120628 bytes, checksum: 05c24b721e04453fce0116ba2470c24a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-22T12:33:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Laurine Lacerda Pigosso - 2012.pdf: 3120628 bytes, checksum: 05c24b721e04453fce0116ba2470c24a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-22T12:33:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Laurine Lacerda Pigosso - 2012.pdf: 3120628 bytes, checksum: 05c24b721e04453fce0116ba2470c24a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genus Paracoccidioides comprises a complex of phylogenetic species of dimorphic pathogenic fungi, the etiologic agents of paracoccidioidomycosis (PCM), a disease confined to Latin America and of marked relevance in its endemic areas due to its high frequency and severity. The members of the Paracoccidioides genus are distributed in distinct phylogenetic species (S1, PS2, PS3 and 01-like) that potentially differ in their biochemical and molecular characteristics. In this work, we performed the proteomic characterization of different members of the genus Paracoccidioides. We compared the proteomic profiles of Pb01 (01-like), Pb2 (PS2), Pb339 (S1) and PbEPM83 (PS3) using 2D electrophoresis and mass spectrometry. The proteins/isoforms were selected based on the staining intensity of the spots as determined by image analysis. The proteins/isoforms were in-gel digested and identified by peptide mass fingerprinting and ion fragmentation. A total of 714 spots were detected, of which 343 were analyzed. From these spots, 301 represented differentially expressed proteins/isoforms among the four analyzed isolates, as determined by ANOVA. After applying the FDR correction, a total of 267 spots were determined to be differentially expressed. From the total, 193 proteins/isoforms were identified by PMF and confirmed by ion fragmentation. Comparing the expression profiles of the isolates, the proteins/isoforms that were related to glycolysis/gluconeogenesis and to alcohol fermentation were more abundant in Pb01 than in other representatives of the genus Paracoccidioides, indicating a higher use of anaerobic pathways for energy production. Those enzymes related to the oxidative stress response were more abundant in Pb01, Pb2 and Pb339, indicating a better response to ROS in these members of the Paracoccidioides complex. The enzymes of the pentose phosphate pathway were abundant in Pb2. Antigenic proteins, such as GP43 and a 27-kDa antigenic protein, were less abundant in Pb01 and Pb2. The proteomic profile indicates metabolic differences among the analyzed members of the Paracoccidioides genus. / O gênero Paracoccidioides compreende um complexo de espécies filogenéticas do fungo patogênico dimórfico, agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), uma doença restrita à América Latina e de relevância acentuada em suas áreas endêmicas, devido à sua alta frequência e gravidade. Os membros do gênero Paracoccidioides são distribuídos em espécies filogenéticas distintas (S1, PS2, PS3 e 01-like) que diferem potencialmente nas suas características bioquímicas e moleculares. Neste trabalho, foi realizada a caracterização proteômica de diferentes membros do gênero Paracoccidioides. Foram comparados os perfis proteômicos de Pb01 (01-like), Pb2 (PS2), Pb339 (S1) e PbEPM83 (PS3) utilizando eletroforese 2D e espectrometria de massa. As proteínas / isoformas foram selecionados com base na intensidade de coloração dos spots conforme determinado por análise de imagem. As proteínas / isoformas foram excisadas do gel, digeridas e identificadas por PMF (Peptide mass fingerprinting) e fragmentação iônica. Um total de 714 spots foi detectado, 343 foram analisados. A partir destes spots, 301 apresentaram-se diferencialmente expressos entre os quatro isolados analisados, determinado por ANOVA. Depois de aplicar a correção FDR, um total de 267 spots foram diferencialmente expressos. Do total, 193 / isoformas proteínas foram identificadas por PMF e confirmadas por fragmentação iônica. Comparando-se os perfis de expressão dos isolados, as proteínas / isoformas que foram relacionados para a glicólise / gliconeogênese e fermentação alcoólica foram mais abundantes em Pb01 do que em outros representantes do gênero Paracoccidioides, indicando uma maior utilização das vias anaeróbias para a produção de energia. Enzimas relacionadas com a resposta ao estresse oxidativo foram mais abundantes em Pb01, Pb2 e Pb339, indicando uma melhor resposta às ROS nestes membros do complexo Paracoccidioides. As enzimas da via das pentoses foram abundantes em Pb2. Proteínas antigênicas, tal como GP43 e uma proteína antigênica de 27 kDa, foram menos abundantes em Pb01 e Pb2. O perfil proteômico indica diferenças metabólicas entre os membros analisados do gênero Paracoccidioides.

Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o conhecimento da família Gymnophthalmidae, acrescentando dados genéticos de três novos genes para a tribo Ecpleopodini e descrição de 11 novos cariótipos para a família, pertencentes às tribos Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini e Gymnophthalmini. As análises filogenéticas obtidas para a tribo Gymnophthalmini pretenderam investigar o posicionamento de Scriptosaura Catimbau, espécie descrita recentemente que apresenta 2n=48, que foi recuperada como grupo irmão de Nothobachia ablephara, relacionados ainda à Calyptommatus. Já em Ecpleopodini, as análises foram realizadas para a investigação das relações filogenéticas entre os gêneros da tribo e do posicionamento de Kaieteusosauros hindsi. Foi recuperado o monofiletismo da tribo e do clado composto pelos gêneros Anotosaura, Dryadosaura (2n=44, 20M+24m) e Colobosauroides (2n=44, 20M+24m), entretanto, as relação entre os demais gêneros, inclusive de Kaieteurosaurus, não puderam ser estabelecidas e, com base nos dados citogenéticos, nota-se o predomínio de cariótipos com divisão entre macro e microcromossomos. Apesar de a família Gymnophthalmidae apresentar uma elevada diversidade cariotípica, as tribos Heterodactylini e Iphisiini apresentaram um cariótipo altamente conservado, sendo que as oito espécies descritas apresentam cariótipos compostos por 42 cromossomos com divisão clara entre macro e microcromossomos (18M+24m) e Ag-RONs em um par de microcromossomos. Os motivos que contribuem para a manutenção deste número diplóide nessas tribos ainda deverão ser investigados, mas aparentemente, este pode ser o cariótipo ancestral para a subfamília Gymnophithalminae e teria originado a diversidade cariotípica da tribo Gymnophthalmini por ocorrência de eventos de fissão e fusão cêntrica. Novos estudos cariotípicos e moleculares devem ser conduzidos para estabelecimento de tendências cromossômicas e evolutivas na tribo Ecpleopodini, que parece apresentar uma divergência rápida e simultânea, e para um melhor conhecimento da família que apresenta uma diversidade cromossômica elevada e sistemática longe de estar bem estabelecida. / This study contributes to knowledge of the family Gymnophthalmidae, adding new genetic data of three genes for the tribe Ecpleopodini and description of 11 new karyotype for the family, belonging to the tribes Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini and Gymnophthalmini. Phylogenetic analysis for the tribe Gymnophthalmini aimed to investigate the position of Scriptosaura Catimbau, recently described species which has 2n = 48 and was recovered as sister group of Nothobachia ablephara, both related to Calyptommatus. In Ecpleopodini, the analysis was performed to investigate the phylogenetic relationships among genera of the tribe and the placement of the species Kaieteusosauros hindsi. It was recovered the monophyly of the tribe and a clade composed of the genera Anotosaura, Dryadosaura (2n = 44, 20M+24m) and Colobosauroides (2n = 44, 20M+24m), however, the relationship among other genera, including Kaieteurosaurus, could not be established and, based on cytogenetic data, it can be seen the predominance of karyotype with a division into macro and microchromosomes. Although the family gymnophthalmids exhibit a high karyotypic diversity, the tribes and Heterodactylini Iphisiini showed a conservative karyotype, and the eight described species present karyotypes composed of 42 chromosomes with a clear division between macro and microchromosomes (18M +24 m) and Ag-NORs in a pair of microchromosomes. The reasons that contributed to the maintenance of this diplod number in the two tribes are still to be investigated, but apparently, this may be the ancestral karyotype for the subfamily Gymnophithalminae and may have originated the karyotypic diversity in the Gymnophthalmini for a series of fission events centric. New karyotypic and molecular studies should be conducted to establish trends in chromosomal and evolution in the tribe Ecpleopodini, which seems to have a simultaneous and rapid divergence, and to a better understanding of the family that has a high diversity and systematic chromosome far from well established.

Organismos do gênero Acanthamoeba são muito pouco investigados no Brasil, não se conhecendo a diversidade genética e o potencial patogênico das espécies prevalentes no país. Este estudo examinou a presença de Acanthamoeba em 118 amostras de solo e água de diversas regiões do Brasil e, como resultado, 38 novas culturas axenicas foram estabelecidas. A partir do sequenciamento da subunidade menor do gene ribossômico foi possível genotipar, avaliar o polimorfismo genético das amostras brasileiras e também inferir relações filogenéticas entre isolados clínicos e de ambiente do Brasil e entre esses e as demais espécies/isolados de Acanthamoeba. Para alguns grupos de isolados brasileiros, o potencial patogênico, inferido por indicadores indiretos de virulência (termo- e osmotolerância, secreção de peptidases e efeito citopático), foi também investigado. / Organisms of the genus Acanthamoeba are poorly investigated in Brazil, not knowing the genetic diversity and pathogenic potential of the species prevalent in the country. This study examined the presence of Acanthamoeba in 118 soil and water samples from different regions of Brazil and as a result, 38 new axenic cultures were established. From the sequencing of small subunit ribosomal gene was possible to genotype, to assess the genetic polymorphism of Brazilian samples and also to infer phylogenetic relationships among clinical and environmental isolates from Brazil and between these and other species/isolates of Acanthamoeba. For some groups of Brazilian isolates, pathogenic potential, inferred by indirect indicators of virulence (thermo-and osmotolerance, secretion of peptidases and CPE), was also investigated.

Algoritmos Evolutivos que utilizam modelos probabilísticos de distribuição dos valores das variáveis (para orientar o processo de busca da solução de problemas) são chamados Algoritmos de Estimação de Distribuição (AEDs). Esses algoritmos têm apresentado resultados relevantes para lidar com problemas relativamente complexos. O desempenho deles depende diretamente da qualidade dos modelos probabilísticos construídos que, por sua vez, dependem dos métodos de construção dos modelos. Os melhores modelos em geral são construídos por métodos computacionalmente complexos, resultando em AEDs que requerem tempo computacional alto, apesar de serem capazes de explorar menos pontos do espaço de busca para encontrar a solução de um problema. Este trabalho investiga modelos probabilísticos obtidos por algoritmos de reconstrução de filogenias, uma vez que alguns desses métodos podem produzir, de forma computacionalmente eficiente, modelos que representam bem as principais relações entre espécies (ou entre variáveis). Este trabalho propõe algumas estratégias para obter um melhor uso de modelos baseados em filogenia para o desenvolvimento de AEDs, dentre elas o emprego de um conjunto de filogenias em vez de apenas uma filogenia como modelo de correlação entre variáveis, a síntese das informações mais relevantes desse conjunto em uma estrutura de rede e a identificação de grupos de variáveis correlacionadas a partir de uma ou mais redes por meio de um algoritmo de detecção de comunidades. Utilizando esses avanços para a construção de modelos, foi desenvolvido uma nova técnica de busca, a Busca Exaustiva Composta, que possibilita encontrar a solução de problemas combinatórios de otimização de diferentes níveis de dificuldades. Além disso, foi proposta uma extensão do novo algoritmo para problemas multiobjetivos, que mostrou ser capaz de determinar a fronteira Pareto-ótima dos problemas combinatórios investigados. Por fim, o AED desenvolvido possibilitou obter um compromisso em termos de número de avaliações e tempo de computação, conseguindo resultados similares aos dos melhores algoritmos encontrados para cada um desses critérios de desempenho nos problemas testados. / Evolutionary Algorithms that use the distribution of values of variables as probabilistic models (to direct the search process of problem solving) are called Estimation of Distribution Algorithms (EDAs). These algorithms have presented relevant performance in handling relatively complex problems. The performance of such algorithms depends directly on the quality of probabilistic models constructed that, in turn, depend on the methods of model building. The best models are often constructed by computationally complex methods, resulting in AEDs that require high running time although they are able to explore less points in the search space to find the solution of a problem. This work investigates probabilistic models obtained by algorithms of phylogeny reconstruction since some of them can produce models in an efficient way representing the main relationships among species (or among variables). This work proposes some strategies for better use of phylogeny-based models in the development of EDAs, such as the employment of a set of phylogenies instead of only one phylogeny as a model of correlation among variables, the synthesis of the most relevant information from a set of phylogenies into a structure of network and the identification groups of correlated variables from one or more networks by an algorithm of community detection. Using those advances for model construction, a new search technique, called Composed Exhaustive Search, was developed in order to find solutions for combinatorial optimization problems with different levels of difficulty. In addition, an extension of the new algorithm for multi-objective problems was proposed, which was able to determine the Pareto-optimal front of the combinatorial problems investigated. Finally, the developed EDA makes possible to obtain a trade-off in terms of number of evaluations and running time, finding results that are similar to the ones achieved by the best algorithms found for each one of these performance criteria in the problems tested.

A Visualização Computacional trata de técnicas para representar e interagir graficamente com dados complexos, em geral de alta dimensionalidade. Dados de alta dimensionalidade são caracterizados por pontos representados em espaços vetoriais de alta dimensão, cada coordenada representando um atributo do vetor. Num grande número de aplicações da visualização multidimensional uma medida de similaridade existe entre esses vetores. Técnicas de projeção multidimensional podem ser utilizadas para posicionamento desses dados num plano de forma a facilitar a interpretação das relações de similaridade. Entretanto alguns problemas dessas técnicas comprometem a interpretação dos resultados obtidos. Este trabalho identifica esses problemas e propõe, uma técnica para posicionar os pontos no plano, através da formação de árvores filogenéticas a partir de relações de similaridade. Em geral árvores filogenéticas são utilizadas para codificação de relações de ancestralidade. Um algoritmo de geração e um algoritmo de traçado dessas árvores foram implementados no contexto do sistema PEx (Projection Explorer) e a solução é comparada com a funcionalidade das projeções na interpretação de dados multidimensionais em geral e, em particular, na representação de coleções de documentos, uma aplicação bastante estratégica da visualização computacional e da mineração visual de dados / Computational Visualization is concerned with graphical representation and exploration of complex data, usually bearing high dimensionality. Multidimensional data are characterized by points represented in vector spaces of many dimensions, each coordinate representing an attribute of the vector. In many applications a similarity measure can be found to highlight relationships of proximity between the vectors. In this environment projection techniques offer an alternative to ease interpretation coded by the similarity measures through proximity on the display. They do so by positioning the points on a bidimensional plane. Projection techniques are very useful to display and interact with data, but present some drawbacks that in some cases compromise the interpretation of certain features in data sets. This work discusses such problems and proposes, as an alternative to represent similarity relationships and to provide point placement on a plane, the use of phylogenetic trees, a representation typically employed to represent ancestrality relationships. An algorithm for generation and an algorithm for drawing such trees were implemented in a system called Projection Explorer. The approach is compared to that of multidimensional projections for multidimensional data in general and, in particular, for document data sets, an strategic application for multidimensional visualizations, since text can be represented and interpreted as multi-dimensional entities

Organismos do gênero Acanthamoeba são muito pouco investigados no Brasil, não se conhecendo a diversidade genética e o potencial patogênico das espécies prevalentes no país. Este estudo examinou a presença de Acanthamoeba em 118 amostras de solo e água de diversas regiões do Brasil e, como resultado, 38 novas culturas axenicas foram estabelecidas. A partir do sequenciamento da subunidade menor do gene ribossômico foi possível genotipar, avaliar o polimorfismo genético das amostras brasileiras e também inferir relações filogenéticas entre isolados clínicos e de ambiente do Brasil e entre esses e as demais espécies/isolados de Acanthamoeba. Para alguns grupos de isolados brasileiros, o potencial patogênico, inferido por indicadores indiretos de virulência (termo- e osmotolerância, secreção de peptidases e efeito citopático), foi também investigado. / Organisms of the genus Acanthamoeba are poorly investigated in Brazil, not knowing the genetic diversity and pathogenic potential of the species prevalent in the country. This study examined the presence of Acanthamoeba in 118 soil and water samples from different regions of Brazil and as a result, 38 new axenic cultures were established. From the sequencing of small subunit ribosomal gene was possible to genotype, to assess the genetic polymorphism of Brazilian samples and also to infer phylogenetic relationships among clinical and environmental isolates from Brazil and between these and other species/isolates of Acanthamoeba. For some groups of Brazilian isolates, pathogenic potential, inferred by indirect indicators of virulence (thermo-and osmotolerance, secretion of peptidases and CPE), was also investigated.