Orientador: Rita de Cassia Bianchi / Banca: Natália Mundim Tôrres / Banca: Guilherme de Miranda Mourão / Resumo: Com a expansão dos centros urbanos e das atividades agrícolas, as áreas do bioma Cerrado no estado de São Paulo vêm sendo transformadas em paisagens altamente fragmentadas constituídas em grande parte por fragmentos pequenos. A perda e a fragmentação do habitat tem sido um dos principais fatores responsáveis pelo declínio populacional e pela extinção local de espécies com baixa densidade populacional, baixa taxa de reprodução, alta demanda por espaço e especialista alimentar, como o tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla). É conhecido que algumas espécies de mamíferos modificam seus padrões de atividade frente às perturbações antrópicas e até em relação aos efeitos da perda de habitat. Diante disso, os objetivos deste estudo foram avaliar se a área e o isolamento do fragmento, a porcentagem de vegetação nativa e a disponibilidade hídrica da paisagem são importantes para explicar a ocupação dos fragmentos pelo tamanduá-bandeira, e verificar se há diferenças no padrão de atividade entre as populações de tamanduás que ocupam os fragmentos menores (< 2.015 ha) e a população que ocupa o fragmento maior (10.285 ha). Os dados de presença e ausência dos tamanduás-bandeira em cada um dos vinte fragmentos de vegetação nativa localizados no nordeste do estado de São Paulo foram coletados através de armadilhas fotográficas. A influência da temperatura e da pluviosidade na probabilidade de detecção dos tamanduás e a importância das variáveis de fragmento e de paisagem na probabilidade... / Abstract: With the expansion of urban areas and agricultural activities, the Cerrado's areas in São Paulo state have been transformed in highly fragmented landscapes consisting largely of small fragments. Habitat loss and fragmentation have been one of the main factors responsible for population decline and local extinction of species with low population density, low reproduction rate, high spatial demand and diet specialist, such as the giant anteater (Myrmecophaga tridactyla). It is known that some species of mammals modify their activity patterns in face of anthropic disturbances and even in relation to the habitat loss effects. On this, the aims of this study were to evaluate if the patch's area and the isolation, the native vegetation percentage and water availability in the landscape are important to explain the patches occupancy by the giant anteater, and verify if there are differences in the activity pattern between the anteaters populations that inhabit the smaller patches (<2,015 ha) and the population that occupies the larger patch (10,285 ha). The presence and absence data of the giant anteaters in each one of the twenty patches of native vegetation located in the northeast of the São Paulo state were collected through camera traps. The temperature and rainfall influence on the detection probability of the anteaters and the importance of the patch and landscape variables on the occupancy probability of the patches by the species were evaluated through single-season ... ( / Mestre

Submitted by Gisele Lamberti Zanirato null (gisele_zanirato@yahoo.com.br) on 2017-07-07T15:51:00Z No. of bitstreams: 1 Diss Gisele L Zanirato rep.pdf: 1048307 bytes, checksum: 64d1df70f421a6b3857410fbad214c61 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-07-13T17:37:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 zanirato_gl_me_sjrp.pdf: 1048307 bytes, checksum: 64d1df70f421a6b3857410fbad214c61 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-13T17:37:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 zanirato_gl_me_sjrp.pdf: 1048307 bytes, checksum: 64d1df70f421a6b3857410fbad214c61 (MD5) Previous issue date: 2017-06-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a expansão dos centros urbanos e das atividades agrícolas, as áreas do bioma Cerrado no estado de São Paulo vêm sendo transformadas em paisagens altamente fragmentadas constituídas em grande parte por fragmentos pequenos. A perda e a fragmentação do habitat tem sido um dos principais fatores responsáveis pelo declínio populacional e pela extinção local de espécies com baixa densidade populacional, baixa taxa de reprodução, alta demanda por espaço e especialista alimentar, como o tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla). É conhecido que algumas espécies de mamíferos modificam seus padrões de atividade frente às perturbações antrópicas e até em relação aos efeitos da perda de habitat. Diante disso, os objetivos deste estudo foram avaliar se a área e o isolamento do fragmento, a porcentagem de vegetação nativa e a disponibilidade hídrica da paisagem são importantes para explicar a ocupação dos fragmentos pelo tamanduá-bandeira, e verificar se há diferenças no padrão de atividade entre as populações de tamanduás que ocupam os fragmentos menores (< 2.015 ha) e a população que ocupa o fragmento maior (10.285 ha). Os dados de presença e ausência dos tamanduás-bandeira em cada um dos vinte fragmentos de vegetação nativa localizados no nordeste do estado de São Paulo foram coletados através de armadilhas fotográficas. A influência da temperatura e da pluviosidade na probabilidade de detecção dos tamanduás e a importância das variáveis de fragmento e de paisagem na probabilidade de ocupação dos fragmentos pela espécie foram avaliadas através de modelos de ocupação de estação única. O Critério de Informação de Akaike corrigido (AICc) foi utilizado para a seleção dos melhores modelos e o teste de Mardia Watson Wheeler foi usado para verificar possíveis diferenças no padrão de atividade entre as populações que ocupam os fragmentos menores e a população presente no fragmento maior. O padrão de atividade dos tamanduás não foi influenciado pela área do fragmento, no entanto, a probabilidade de ocupação dos fragmentos pela espécie foi maior nos fragmentos com áreas maiores e em fragmentos com maior porcentagem de vegetação nativa ao redor. Portanto, a conservação de fragmentos maiores e de fragmentos com maior porcentagem de vegetação nativa ao redor é de grande importância para a conservação de tamanduás-bandeira no nordeste do estado de São Paulo. / With the expansion of urban areas and agricultural activities, the Cerrado’s areas in São Paulo state have been transformed in highly fragmented landscapes consisting largely of small fragments. Habitat loss and fragmentation have been one of the main factors responsible for population decline and local extinction of species with low population density, low reproduction rate, high spatial demand and diet specialist, such as the giant anteater (Myrmecophaga tridactyla). It is known that some species of mammals modify their activity patterns in face of anthropic disturbances and even in relation to the habitat loss effects. On this, the aims of this study were to evaluate if the patch’s area and the isolation, the native vegetation percentage and water availability in the landscape are important to explain the patches occupancy by the giant anteater, and verify if there are differences in the activity pattern between the anteaters populations that inhabit the smaller patches (<2,015 ha) and the population that occupies the larger patch (10,285 ha). The presence and absence data of the giant anteaters in each one of the twenty patches of native vegetation located in the northeast of the São Paulo state were collected through camera traps. The temperature and rainfall influence on the detection probability of the anteaters and the importance of the patch and landscape variables on the occupancy probability of the patches by the species were evaluated through single-season occupancy models.The corrected Akaike Information Criterion (AICc) was used to select the best models and the Mardia Watson Wheeler test was used to verify possible differences in the activity pattern between the populations that inhabit the smaller patches and the population present in the larger patch. The activity pattern of the anteaters was not influenced by the patch’s area, however, the occupancy probability of the patches by the species was higher in the larger patches and in patches with higher native vegetation percentage around. Therefore, the conservation of larger patches and of the patches with higher native vegetation percentage around them is of great importance for the anteater conservation in the northeast of the São Paulo state.

Coimbra-Filho s titi monkey (Callicebus coimbrai Kobayashi & Langguth, 1999) is an endangered, but poorly-known primate that inhabits remnants of the Atlantic Forest in the Brazilian states of Sergipe and Bahia (northern coast). The present study aimed to evaluate the effects of habitat fragmentation on the ecological characteristics and provide information on population density and size, and basic ecological characteristics of the species within the study area. These data were also collected for other local primate species. The survey took place at the Fazenda Trapsa in southern Sergipe, where two survey techniques were applied playbacks (in fragments of < 50 ha) and line transects (fragments > 50 ha). A total of 476.1 km of line transect was walked between april and october, 2008. Population density was estimated using the DISTANCE program and the Kelker method. Density was also calculated directly from group counts. A total of 12 groups were identified in the four large fragments surveyed. Groups of Cebus xanthosternos and Callithrix jacchus were also observed in all four fragments. The presence of Callicebus in the two smaller fragments was confirmed by playback. The overall density in the larger fragments was 12.6 individuals per km². Both DISTANCE and Kelker provided considerable over-estimates of density. The results of this study indicate the need for caution in the interpretation and comparison of density estimates in studies of titi monkeys, as well as re-emphasizing the efficiency of alternative methods for the surveying of populations in small fragments. Fazenda Trapsa appears to have a total population of around 50 titis, which may have a good chance of survival over the long term, especially if certain conservation measures are taken. The results of the study reinforce the need for the establishment of a reserve network, and the development of active metapopulation management strategies, in order to guarantee the long-term prospects for the survival of C. coimbrai. / O guigó de Coimbra-Filho (Callicebus coimbrai Kobayashi & Langguth, 1999) é um primata ameaçado de extinção, porém é uma espécie pouco conhecida e habita fragmentos de Floresta Atlântica no Estado de Sergipe e Bahia (litoral norte). O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da fragmentação de habitat sobre suas características ecológicas, trazendo informações sobre densidade, tamanho populacional e características básicas da ecologia dentro da área de estudo. Esses dados também foram coletados para outras espécies de primatas. O trabalho foi realizado na Fazenda Trapsa, no sul de Sergipe, onde duas técnicas de levantamento foram aplicadas - playback (fragmentos < 50 ha) e transecção linear (fragmentos > 50 ha). Foi percorrido um total de 476,1 km entre abril a outubro de 2008. Densidade populacional foi estimada através do programa DISTANCE e pelo método de Kelker. A densidade também foi calculada diretamente das contagens de grupos. Um total de 12 grupos foi identificado nos quatro maiores fragmentos levantados. Grupos de Cebus xanthosternos e Callithrix jacchus também foram observados em todos os quatro fragmentos. A presença de Callicebus nos dois fragmentos menores foi confirmada por playback. A densidade geral nos quatro fragmentos maiores foi de 12,6 indivíduos por km2. Tanto o DISTANCE quanto o Kelker forneceram super-estimativas de densidade. Os resultados do presente estudo indicam a necessidade de cautela na avaliação e comparação de estimativas de densidade de guigós, como também reenfatizou a eficiência de métodos alternativos para o levantamento de populações de guigós em fragmentos pequenos. A Fazenda Trapsa parece abrigar uma população de 50 guigós, que pode ter boas chances de sobreviver a longo prazo, principalmente se algumas medidas de conservação forem tomadas. Os resultados do estudo reforçam a necessidade para o estabelecimento de uma rede de reserva, e o desenvolvimento de estratégias de manejo metapopulacional ativo, a fim de garantir a longo prazo possibilidades para sobrevivência de C. coimbrai.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao parte1 Alexandre Ramos Bastos Lage.pdf: 3409313 bytes, checksum: b322f6d92050dfba057102fe260dd395 (MD5) Previous issue date: 2011-07-01 / Os efeitos da fragmentação de habitat vêm sendo cada vez mais reconhecidos como a principal causa de perda de espécies da atualidade e, portanto, um grande número de pesquisas tem buscado avaliar as respostas dos organismos a este processo que é predominantemente resultado da ação antrópica sobre áreas de vegetação nativa. O processo de fragmentação de habitat ocorre em nível de paisagem, porém a manipulação experimental de paisagens inteiras é bastante difícil e muitas vezes impossível. Desta forma, a geração de dados através de estudos observacionais em grandes escalas espaciais e temporais, tem se tornado cada vez mais importante para que sejam confrontadas as previsões de modelos teóricos, e para geração de dados que possam subsidiar ações conservacionistas em nível local, ou serem sintetizadas juntamente com estudos em outras regiões, para o estabelecimento de padrões aplicáveis a um grande número de paisagens fragmentadas. Devido à necessidade de grandes áreas de vida, o grupo dos mamíferos de médio e grande porte é um dos mais afetados pela perda de vegetação nativa de uma paisagem. Este trabalho buscou caracterizar a comunidade de mamíferos presente na paisagem fragmentada do município de São Miguel do Araguaia, Goiás. Utilizando exclusivamente o método de armadilhamento fotográfico, foram amostrados 12 fragmentos florestais com áreas variando de 13 a 4.317 hectares. Foram obtidos 682 registros fotográficos de mamíferos silvestres de médio e grande porte e um total de 22 espécies foram detectadas na região. Espécies de grande porte e com grande área de vida foram encontradas até nos menores fragmentos, indicando que estas espécies se deslocam pela paisagem e utilizam os fragmentos conjuntamente, o que demonstra a importância da manutenção até dos menores fragmentos, que podem servir como fonte temporária de recursos e como elementos que ampliam a conectividade da paisagem. O armadilhamento fotográfico se mostrou um método bastante eficiente na detecção de espécies de mamíferos em fragmentos florestais, onde transectos lineares ou a busca por vestígios podem ser bastante dificultadas pelo denso sub‐bosque existente no interior dos fragmentos, e pelo fato de o acúmulo da serrapilheira impedir a impressão e a visualização de rastros de espécies. OBS: A dissertação tem 2 capítulos c/ resumo. O texto acima é o resumo do capítulo 1.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lailah Luvizoto Assad.pdf: 2534568 bytes, checksum: ab2279eb387d185161589f97b4d1fb46 (MD5) Previous issue date: 2010-06-08 / The damage caused by the proliferation of edge in forest cover, referred to as edge effects are extensive, may occur over large spatial scales influencing species composition, structure and ecological processes in boundaries of ecosystems. However, studies have shown highly variable response patterns of the taxonomic group studied in relation to the landscape. In this context, bryophytes are an ideal group for assessing the impacts of habitat fragmentation because of their sensitivity to changes in microclimate resulting from the loss and degradation of habitats. This study aimed to assess how the communities from epiphytes liverworts (Marchantiophyta) respond to forest edges originated of anthropogenic fragmentation and the natural edges in the grassland-forest transitions in the Cerrado. The study areas are located in the Parque Estadual da Serra de Caldas Novas and in surroundings, including Caldas Novas and Rio Quente cities, state of Goiás. We sampled three habitat types: (1) forest valleys on the slopes of the mountain with abrupt transitions to rocky fields, (2) edge (0 to 10 m) and (3) interior (100 to 110 m) of semideciduous forest fragments surrounded by a matrix of grass. These were the three treatments considered in the analysis, designated for: BN (natural edge), BA (anthropogenic edge) and IF (interior of the fragment). Four plots (10´10m) were randomly delimited along transects (10´200m) for each treatment in each area. For the sampling in the plots, were selected all trees with perimeter at breast height (PAP) &#8805; 20 cm and with minimum coverage of bryophytes of 300cm2. For the quantitative survey of liverworts the interception line method was utilized. Between vegetation parameters, the number of individual trees had positive relationship with richness and abundance in liverworts, whereas basal area had positive relationship with coverage demonstrating the importance of these parameters in liverworts community struture. The richness of liverworts was higher in natural and anthropogenic edges in relation to the interior of the fragments demonstrating that the type of edges do not seem to influence the richness of the liverworts and this increased richness at the edges may be related with the intermediate disturbance hypothesis. Coverage of liverworts was higher in BN than BA, while the BN had distinct floristic composition of BA and IF, that may reflect the environmental peculiarities (moisture, temperature and solar radiation). The evaluation of edge effects on life forms and preference of habits shows some important trends to understand the responses of the liverworts, mainly due to increased frequency of pendant life-forms with low tolerance to desiccation and higher frequency of epiphytes shadow in natural edges. This indicates that the use of functional groups in monitoring the effects of fragmentation can provide a large generalization for the evaluation of responses the liverworts. / Os danos causados pela proliferação de bordas na cobertura florestal, geralmente designados efeitos de borda, são extensos, podendo ocorrer através de grandes escalas espaciais e influenciar na composição de espécies, estrutura e processos ecológicos nos ecossistemas limítrofes. Apesar disso, os estudos têm demonstrado padrões de respostas altamente variáveis, sendo que as respostas dos organismos podem variar tanto em relação à paisagem quanto ao grupo taxonômico estudado. Neste contexto, as briófitas constituem um grupo ideal para a avaliação dos impactos da fragmentação, devido à sua sensibilidade às alterações microclimáticas resultantes da perda e degradação de habitats. Esse estudo teve o objetivo de avaliar como as comunidades de hepáticas (Marchantiophyta) epífitas respondem às bordas florestais proporcionadas antropicamente e às bordas naturais nas transições campo-floresta no bioma Cerrado. As áreas de estudo estão localizadas no Parque Estadual da Serra de Caldas Novas e no seu entorno, compreendendo as cidades de Caldas Novas e Rio Quente, estado de Goiás. Foram amostrados três tipos de habitats: (1) enclaves florestais nas encostas da serra, com transições abruptas para campos rupestres; (2) borda (0 a 10 metros) e (3) interior (100 a 110 metros) de fragmentos de florestas estacionais circundados por matriz de pastagem. Estes foram os três tratamentos considerados na análise, designados por: BN (borda natural), BA (borda antrópica) e IF (interior do fragmento). Quatro parcelas de 10´10m foram plotadas aleatoriamente ao longo de transectos de 10´200m para cada tratamento em cada área. Para a amostragem nas parcelas, foram selecionadas todas as árvores com perímetro à altura do peito (PAP) &#8805; 20 cm e com cobertura mínima de briófitas de 300cm2. Para o levantamento quantitativo das hepáticas foi adotado o método de interceptação de linha. Entre os parâmetros da vegetação, o número de indivíduos arbóreos teve relação positiva com a riqueza e abundância de hepáticas, enquanto que a área basal teve relação positiva com a cobertura, o que demonstra a importância destes parâmetros na estruturação das comunidades de hepáticas. A riqueza de hepáticas foi maior nas bordas naturais e antrópicas em relação ao interior dos fragmentos, o que demonstra que o tipo de borda não parece influenciar na riqueza de hepáticas e esta maior riqueza nas bordas pode estar relacionada à hipótese do distúrbio intermediário. A cobertura de hepáticas foi maior em BN do que em BA, enquanto que as BN apresentaram composição florística distinta da BA e IF, o que pode ser reflexo das peculiaridades (umidade, temperatura e radiação solar) neste ambiente. A avaliação dos efeitos de borda sobre as formas de vida e hábitos de preferência mostra algumas tendências importantes para a compreensão das respostas das hepáticas, principalmente devido a maior frequência de forma de vida pendente com baixa tolerância à dessecação e maior freqüência de epífitas de sombra nas bordas naturais. Isso indica que a utilização de grupos funcionais no monitoramento dos efeitos da fragmentação pode proporcionar uma maior generalização para a avaliação das respostas das hepáticas.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Paulo_Bernardo.pdf: 1129022 bytes, checksum: 7c040610be6ff90732215785459de5f2 (MD5) Previous issue date: 2012-04-03 / Habitat fragmentation is defined as the breaking of a continuous habitat in patches or fragments. This process leads to environmental changes capable of affecting communities in different ways, causing species composition changes. Beta diversity measures can show the variation between the composition of different communities, where two ecological patterns can be found: turnover and nestedness. In turnover the variation in community structure is a consequence of species replacement, while in the nestedness poor communities are nested in richer communities. Here I tested: (I) how habitat fragmentation affects the presence of large e medium sized mammals in different functional groups; (II) if the variation in beta diversity in fragmented landscapes is caused by turnover or nestedness, and (III) if the variation observed was due to habitat fragmentation. I used 19 Semidecidous Forest patches in the Brazilian Cerrado, from the State of Goiás. Landscape metrics from 2.5 km around the patches were obtained from classifications and measurements. For the analyses, I made four sets based in diet, size, diet amplitude and all previous three together. I calculated the beta diversity with Sorensen indices, turnover with Simpson indices and nestedness with Nestedness indices. The natural area size influenced the group B3- felines and the core area percentage, the groups A1-carnivores, larges and B3-felines. The core area percentages were the most important character in fragmented landscapes for mammal communities. The felines were the most sensible group. This group was affected by natural area availability and by the core area percentage. The beta diversity pattern in the fragmented landscapes was turnover, but it was not related to environmental variation or spatial distances between the landscapes. Both nestedness and beta diversity were affected by spatial distance, but beta diversity was also affected by environmental variation linked to landscape connectivity. The changes in different landscapes cause different responses in species and allow the creation of a fragmentation gradient, driving the turnover phenomenon. The carnivores were the species most sensible to habitat fragmentation, mainly because they need large home ranges. Thus, an understanding of how diversity reacts to habitat fragmentation may provide support to the implementation of conservation areas and research upgrading which focus specific species groups. Managed areas with large core areas and good connectivity should bring desirable results for large and medium sized mammals conservation status. This affirmative is true, especially for larger mammals and carnivores. / A fragmentação de habitats pode ser entendida como a quebra de um habitat contínuo em pedaços ou fragmentos. As alterações ambientais provenientes desse processo influenciam as comunidades de diferentes formas podendo causar variações em sua composição de espécies. A diversidade beta pode ser um indicativo da variação entre a composição das comunidades, podendo gerar dois padrões de variação, o turnover e o aninhamento. No turnover ocorre a substituição de espécies ao longo das comunidades, enquanto no aninhamento há a formação de subgrupos a partir de comunidades mais ricas. Neste trabalho testei: (I) como a fragmentação de habitats influencia a presença dos mamíferos de médio e grande porte agrupados em grupos funcionais; (II) como a diversidade beta está sendo influenciada por estes processos de fragmentação de habitats, levando a um padrão de substituição ou aninhamento de espécies e se as mudanças podem ser atribuídas à fragmentação. Utilizei dados de amostragens de mamíferos de médio e grande porte em 19 fragmentos de Floresta Estacional Semidecidual localizados no bioma Cerrado no estado de Goiás. A paisagem que se encontrava 2,5 Km ao redor dos fragmentos foi mapeada, e neste perímetro calculada as métricas da paisagem. Para análise, formei quatro conjuntos de grupos com os mamíferos, baseados na dieta, na massa corporal, na amplitude de nicho trófico e na junção dos três anteriores. A diversidade beta foi calculada segundo o índice de Sorensen, o turnover pelo índice de Simpson e o aninhamento pelo índice de Nestedness. A quantidade de área influenciou a presença do grupo B3 felinos e a porcentagem de área nuclear os grupos A1 carnívoros, grandes e B3- felinos. A porcentagem de área nuclear na paisagem é a característica mais importante para a presença dos mamíferos na paisagem fragmentada. Os felinos foram o grupo mais sensível sendo influenciados pela quantidade de área e porcentagem de área nuclear. A diversidade beta nas paisagens fragmentadas está estruturada pela substituição de espécies, mas somente a diversidade beta foi influenciada pela variação ambiental relacionada a conectividade das paisagens. As diferentes alterações nas paisagens provocam diferentes respostas nas espécies e permitem a criação de um gradiente de fragmentação impulsionando o processo de substituição de espécies. A manutenção de fragmentos com grande quantidade de área nuclear e boa conectividade favorece a conservação de mamíferos, principalmente os de grande porte e carnívoros.

Por meio de uma amostragem padrozinada de longa duração, realizamos levantamentos de pequenos mamíferos com armadilhas de interceptação e queda em 68 sítios distribuídos em seis paisagens de 10.000 ha (três em mata contínua e três em paisagens fragmentadas) localizadas em três regiões do Planalto Atlântico Paulista. As paisagens fragmentadas compreendem diferentes quantidades de matas remanescentes, 50%, 30% e 10%, porcentagens acima e próximas dos limites superior e inferior do limiar teórico de fragmentação (10-30%). A presente tese de doutoramento foi dividida em quatro capítulos e duas abordagens principais. A primeira delas (Capítulo 2) teve por objetivo avaliar se os pequenos mamíferos listados como ameaçados de extinção são afetados pela fragmentação e pela qualidade dos remanescentes de Mata Atlântica do Planalto Atlântico Paulista. Para isso, utilizamos os dados coletados nos 68 sítios amostrados, os quais estavam distribuídos em oito categorias: nove em matas maduras contínuas, nove em matas secundárias contínuas, quatro em fragmentos grandes e 11 em fragmentos pequenos da paisagem com 50% de remanescentes, sete em fragmentos grandes e 13 em fragmentos pequenos da paisagem com 30% de remanescentes, e quatro em fragmentos grandes e 11 em fragmentos pequenos da paisagem com 10% de remanescentes. Avaliamos se 10 espécies de pequenos mamíferos listados como ameaçados de extinção e cinco espécies endêmicas comuns nas mata contínuas e ausentes das listas vermelhas são afetados igualmente pela fragmentação, na escala da paisagem e da mancha, e pela qualidade dos remanescentes de Mata Atlântica. Nenhuma das espécies analisadas, independentemente do grau de ameaça ou de raridade, respondeu a variação do estádio de regeneração das matas contínuas. Por outro lado, nossos dados mostraram que as espécies endêmicas comuns respondem de forma mais congruente e negativamente à perda e fragmentação da Mata Atlântica do que as ameaçadas, as quais tanto podem não ser afetadas quanto ser positivamente ou negativamente afetadas pela fragmentação. Assim, sugerimos a separação das espécies em dois grupos nas listas vermelhas (naturalmente raras versus afetadas pelas ações antrópicas) e a utilização de outros critérios para avaliar o status de ameaça das espécies mais comuns, como a resposta à perda e fragmentação do habitat e a especificidade ao habitat na forma de endemismos e de grau de tolerância a matriz. A segunda abordagem (Capítulo 3) teve como objetivo verificar a influência do contexto (paisagem) e do tamanho do fragmento em paisagens com quantidades diferentes de remanescentes sobre a riqueza e abundância de espécies endêmicas e não-endêmicas. Para isso, utilizamos dados de 50 dos 68 fragmentos amostrados, localizados nas três paisagens 114 fragmentadas com 50%, 30% e 10% de remanescentes. A partir da avaliação da plausibilidade de oito modelos de regressão, que expressam visões teóricas alternativas da importância do contexto e da área dos fragmentos, investigamos se a influência positiva da área das manchas de floresta é mais forte (1) para as espécies endêmicas e (2) na paisagem próxima ao limite superior do limiar de fragmentação (sensu Andrén, 1994), já que em contexto de muita mata remanescente, fragmentos pequenos e grandes poderiam abrigar populações viáveis, e em contexto de pouca mata remanescente, espécies sensíveis já teriam desaparecido. Com exceção da riqueza de espécies não-endêmicas, modelos que incluem o contexto foram as hipóteses mais plausíveis para descrever a variação da riqueza e abundância das espécies de pequenos mamíferos. Como esperado, a influência positiva da área do fragmento foi mais importante na paisagem com 30% de floresta para a maioria das espécies de pequenos mamíferos endêmicos, enquanto que os modelos que incluem a influência da área do fragmento não estiveram entre os mais plausíveis para as espécies não-endêmicas. Nossos resultados corroboram a existência de um limiar de fragmentação e indicam que, ainda que os limiares variem entre espécies, é possível identificar grupos com respostas semelhantes à perda e fragmentação do habitat, auxiliando as políticas de manejo e conservação. / A long-term standardized survey of the Atlantic Forest small mammals was conducted using pitfall traps in 68 sites distributed in six 10.000-ha landscapes (three in continuous forest and three in fragmented landscapes) located in three regions in the Atlantic Plateau of São Paulo. The fragmented landscapes harbored different amounts of remnants, 50%, 30% and 10%, percentages above or within the superior and inferior limits of the theoretical fragmentation threshold (10-30%). This thesis was divided in four chapters e two main approaches. The first approach (Chapter 2) aimed to evaluate if small mammals listed as threatened were affected by forest fragmentation and quality in the Atlantic Plateau of São Paulo state. For this, we used data from 68 sites distributed in eight categories: nine in mature continuous forests, nine in secondary continuous forests, four in large and 11 in small patches in the landscape with 50% of remnants, seven in large and 13 in small patches in the landscape with 30% of remnants and four in large and 11 in small patches in the landscape with 10% of remnants. We investigated if 10 threatened small mammals and five non-threatened endemic species commonly found in continuous forests were equally affected by fragmentation, at the landscape and patch scales, and by forest quality. Regardless of threat or rarity level, no analyzed species responded to differences in the regeneration stage in continuous forests. On the other hand, our data showed that common endemic species respond more strongly and negatively to the loss and fragmentation of the Atlantic Forest than threatened species, which either may not be affected by fragmentation, or be positively or negatively affected. we suggest separating species in two groups (naturally rare versus affected by human impact) in the Red Lists and including different criteria to evaluate common species such as response to habitat loss and fragmentation as well as habitat specificity in terms of endemism and level of matrix tolerance. The second approach (Chapter 3) aimed to evaluate the effects of context (landscape) and patch area in landscapes with different amounts of remnants on the richness and abundance of the endemic and non-endemic species. We used data from 50 sites located in the three fragmented landscapes. By analyzing the plausibility of eight regression models, which express alternative theoretical hypothesis about the importance of context and patch area, we investigate if the positive influence of patch area was stronger (1) for endemic species and (2) in the landscape within the superior limit of the fragmentation threshold (sensu Andrén, 1994), since in a context of high proportion of remnants, small and large patches could harbor viable populations and in a context of low proportion of remnants, sensitive species would have gone extinct. Except for the non116 endemic species richness, the models including context were the most plausible hypothesis to describe small mammal richness and abundance variations. As expected, the positive influence of patch area was more important in the landscape with 30% of remnants for the majority of the endemic small mammals, whereas the models including patch area were not among the most plausible ones for the non-endemic species. Our data corroborate the existence of a fragmentation threshold and point out that, although thresholds vary among species, it is possible to identify groups with similar response to habitat loss and fragmentation, directing management and conservation policies.

Este estudo enfocou a importância do contexto de ambientes alterados do entorno para a distribuição de diferentes grupos de espécies de pequenos mamíferos não-voadores em paisagens fragmentadas de Mata Atlântica. Na primeira abordagem (capítulo 2), usando a distribuição de pequenos mamíferos em remanescentes florestais e nos quatro principais habitats alterados de uma paisagem de Mata Atlântica, investigamos (1) como o poder explanatório dos modelos que descrevem a distribuição das espécies em fragmentos florestais varia entre as variáveis da estrutura da paisagem que incorporam ou não a qualidade da matriz e (2) a importância da escala espacial para analisar a influência da estrutura da paisagem. Usamos amostragem padronizada nos remanescentes e habitats alterados para gerar dois índices de qualidade de habitat, correspondentes à abundância e à ocorrência de pequenos mamíferos. Para cada remanescente, calculamos a quantidade de habitat e a conectividade em diferentes escalas espaciais, considerando ou não a qualidade dos habitats ao redor. A incorporação da qualidade da matriz aumentou o poder explanatório dos modelos para todas as escalas espaciais para metade das espécies que ocorreram na matriz, mas apenas quando consideramos a distância entre as manchas de habitat (conectividade). Os resultados indicam a importância da matriz para a dinâmica de paisagens fragmentadas e sugere que índices relativamente simples podem melhorar nosso entendimento sobre a distribuição das espécies, e poderiam ser aplicados na modelagem, monitoramento e manejo de paisagens tropicais complexas. Na segunda abordagem (capítulo 3), testamos duas hipóteses relacionadas à importância do contexto da paisagem para a diversidade biológica encontrada em áreas agrícolas usando os pequenos mamíferos da Mata Atlântica como modelo: (1) que o contexto em que cultivos agrícolas estão inseridos, em particular a quantidade de florestas remanescentes, determina a assembléia de pequenos mamíferos encontrada nestas áreas produtivas; (2) que essas respostas ao contexto são escala-dependentes, sendo observadas em escalas espaciais mais amplas. Para tanto, amostramos 36 sítios em áreas agrícolas em duas paisagens fragmentadas de Mata Atlântica com diferentes proporções de florestas nativas remanescentes, os quais foram selecionados de forma a abranger ampla variação na quantidade e agregação de áreas abertas no entorno imediato. Construímos e comparamos 12 modelos candidatos que diferem quanto à contribuição dos efeitos do contexto em escala espacial ampla e em escala local, incluindo todas as combinações possíveis entre essas variáveis, a interação das variáveis medidas em diferentes escalas, e um modelo nulo. De acordo com as expectativas iniciais, as espécies restritas a biomas florestais foram mais comuns e bem distribuídas em áreas agrícolas circundadas por maiores quantidades de floresta em escala ampla. No entanto, as espécies invasoras e não-restritas a biomas florestais dominaram as áreas agrícolas das duas paisagens estudadas, independentemente da quantidade de floresta remanescente em escala ampla, tendo respondido principalmente, mas de maneira oposta, ao contexto em escalas menores. Os resultados indicam que: (1) a resposta diferencial entre os grupos de espécies é condicionada por diferenças nos requerimentos de habitat entre eles; (2) a manutenção de espécies mais exigentes em áreas agrícolas depende de estratégias de manejo que considerem a escala da paisagem; (3) mesmo áreas de agricultura convencional podem ser importantes para a conectividade da paisagem para espécies exigentes, desde que inseridas em contexto de maior quantidade de matas remanescentes; (4) o controle das populações de espécies invasoras que podem atuar como reservatórios de patógenos causadores de doenças no homem e pestes na agricultura depende de manejo em escala local, pelo menos em paisagens onde as áreas agrícolas são predominantes. / This study focused on the importance of the context of altered habitats in the neighborhoods to the distribution of different groups of species of non-flying small mammals in fragmented landscapes of the Atlantic forest. In the first approach (chapter 2), using the distribution of small mammals in forest remnants and in the four main altered habitats in an Atlantic forest landscape, we investigated 1) how explanatory power of models describing species distribution in forest remnants varies between landscape structure variables that do or do not incorporate matrix quality and 2) the importance of spatial scale for analyzing the influence of landscape structure. We used standardized sampling in remnants and altered habitats to generate two indices of habitat quality, corresponding to the abundance and to the occurrence of small mammals. For each remnant, we calculated habitat quantity and connectivity in different spatial scales, considering or not the quality of surrounding habitats. The incorporation of matrix quality increased model explanatory power across all spatial scales for half the species that occurred in the matrix, but only when taking into account the distance between habitat patches (connectivity). Results indicate the importance of the matrix for the dynamics of fragmented landscapes and suggest that relatively simple indices can improve our understanding of species distribution, and could be applied in modeling, monitoring and managing complex tropical landscapes. In the second approach, (chapter 3), we aimed at testing two hypotheses related to the importance of landscape context to the biological diversity found in areas of agriculture using Atlantic forest small mammals as a model: (1) that the context in which the areas of agriculture are inserted, in particular the quantity of remnant forests, determines the assemblage of small mammals found in those productive areas; (2) that those responses to the context are scale-dependent, being observed at larger spatial scales. To accomplish that, we sampled 36 sites in areas of agriculture in two fragmented Atlantic forest landscapes presenting different proportions of native forest remnants, which were selected aiming at including the widest variation in quantity and aggregation of open anthropogenic areas in the local neighborhood. We built and compared 12 candidate models which differed in relation to the contribution of the effects of context at large and local spatial scales, including all possible combinations between these variables, the interaction of the variables measured at different scales, and the null model. According to our initial expectations, the species that are restricted to forest biomes were the commonest and best-distributed ones, in areas of agriculture surrounded by higher quantities of forest at the large scale. However, the invasive species and the species that are not restricted to forest biomes dominated the areas of agriculture in the two studied landscapes, independently from the quantity of remnant forest at the large scale, and they responded mainly, but in the opposite way, to the context at smaller scales. The results indicate that: (1) the differential response between the groups of species is conditioned by differences in habitat requirements between them; (2) the maintenance of more demanding species in agricultural lands depends on management strategies which consider the landscape scale; (3) even areas of conventional agriculture can be important to the connectivity of the landscape for the most demanding species, as far as they are inserted in a context of higher quantities of remnant forest; (4) the control of the populations of invasive species that can act as reservoirs of pathogens that cause disease in men, and that can be pests in agriculture, depends on the management at local scale, at least in landscapes where the areas of agriculture predominate.

A intensa degradação do bioma cerrado tem tido grandes conseqüências na disponibilidade de habitats de boa qualidade para muitos animais e a busca por métodos rápidos e confiáveis que localizem áreas de valor ecológico para diferentes grupos de animais tem despertado grande interesse. A análise geográfica computadorizada foi utilizada como ferramenta para caracterização da heterogeneidade (diversos graus de qualidade e tipo de cobertura fitofisionômica) dos habitats existentes no remanescente estudado, buscando fornecer informações que pudessem levar ao entendimento de como as espécies de mamíferos de médio e grande porte utilizam estes habitats alterados, além de fornecer informações que pudessem ser utilizadas para o delineamento da amostragem. Desta forma, a primeira etapa foi a elaboração de uma base cartográfica que produziu dois mapas de caracterização ambiental, um mapa geral e outro da mata ripária. O primeiro foi utilizado para a realização de uma análise preliminar da qualidade dos habitats e distribuição das armadilhas fotográficas, transecções e canteiros de pegadas, buscando capturar toda a heterogeneidade existente no remanescente. Desta forma, houve a sistematização das amostragens. A utilização destes métodos permitiu a detecção de 22 espécies de mamíferos de médio e grande porte em 28 dias de amostragem, quando a curva acumulativa de espécies (Sobs Mao Tau) atingiu sua assíntota. O teste do qui quadrado permitiu afirmar que houve influência das fitofisionomias na distribuição das espécies observadas. Desta forma, partindo-se do pressuposto de que a heterogeneidade de habitats certamente irá influir na diversidade de recursos alimentares, admitiu-se que a grande riqueza obtida no remanescente estudado esteja principalmente relacionada à disponibilidade de recursos alimentares. A segunda etapa da análise espacial foi a elaboração de um modelo de tomada de decisão que espacializou as informações relacionadas à biologia e ecologia de algumas espécies de mamíferos. O modelo desenvolvido permitiu produzir novas informações importantes em relação à qualidade dos habitats e o uso dos mesmos pelas espécies-alvo, por meio da sobreposição dos dados de detecção nos Mapas de Oportunidades gerados (validação do modelo de tomada de decisão desenvolvido). O uso destes habitats também foi testado por meio do qui quadrado e o resultado obtido permitiu afirmar que houve a influência da qualidade do habitat na distribuição das espécies neste estudo. Esta informação enfatiza que o modelo de tomada de decisão aplicado pode ser uma ferramenta muito importante em estudos relacionados ao uso de habitats, alterados ou intactos, por espécies de mamíferos de médio e grande porte, em função de suas necessidades ambientais, ou seja, cada espécie possui requerimentos ambientais específicos e que devem ser levados em consideração para o desenvolvimento de qualquer plano de manejo e conservação em um determinado local. / The intense degradation of the Cerrado biome has had great consequences over the habitat quality available for many animals. The search for rapid and reliable methods to allocate areas with ecological values for different groups of animals has arising great interest now-a-days. The developed methodology at the present work aim to determine the variation of the habitat quality within a São Paulo State cerrado remnant (2,098ha), using remote sensing and geoprocessing techniques. According to the environmental needs of each species, were selected abiotic and biotic criteria that could be inserted on a decision making model in order to influence habitat quality and infer seven mammals species occurrence: Myrmecophaga tridactyla - great anteater, Tapirus terrestris - tapir, Tayassu tajacu - collared peccary, Mazama americana - red brocket deer, Eira barbara tayra, Puma concolor puma and Leopardus pardalis ocelot. Those criteria were evaluated by experts, who assign specific weights according to species environmental needs. Thus, seven Opportunity Maps were developed through a Multi Criteria Evaluation, which were validated in the field (trace sensing and cam trapping). The model used showed very robust in predicting coherently the habitat quality using the occurrence of the target species. The most detections were obtained in favorable areas (40%), followed by very favorable areas (20%), regular areas (18%), unfavorable areas (15%) and very unfavorable areas (6%). The most species were detected more often in favorable areas and less often in very unfavorable areas, excepted T. terrestris and T. tajacu, which were detected in very favorable areas.

Invasões biológicas são consideradas uma das maiores ameaças atuais à biodiversidade global. O cão doméstico é hoje o carnívoro mais abundante no mundo, e tem invadido áreas de vegetação nativa, podendo causar impactos negativos à fauna silvestre através da predação, competição e transmissão de doenças. A partir de dois extensos bancos de dados obtidos através de armadilhas fotográficas, esta dissertação pretende contribuir com o entendimento das causas e consequências da invasão por cães domésticos de remanescentes florestais e agroflorestas na Mata Atlântica. A dissertação está organizada em dois capítulos. No primeiro, usamos dados obtidos em duas paisagens rurais do Planalto Atlântico de São Paulo com diferentes proporções de florestas remanescentes, e (1) descrevemos o tipo de manejo e as características dos cães que visitam fragmentos florestais, (2) comparamos, entre estas paisagens, a frequência e horário de visitas e o tamanho de grupos de cães invasores assim como os fatores determinantes da intensidade de invasão, e (3) investigamos o impacto da intensidade de invasão sobre a distribuição de mamíferos silvestres de maior porte. No segundo capítulo, usamos dados obtidos em um mosaico agroflorestal do Sul da Bahia, e (4) verificamos se a conversão de florestas nativas em agroflorestas e a intensificação das agroflorestas favorecem a invasão por cães domésticos, e (5) se a invasão por estes animais está mais associada à presença humana nas agroflorestas do que nas florestas. Em conjunto, os resultados dessa dissertação sugerem que: (1) a intensidade da invasão por cães em paisagens antropizadas de Mata Atlântica é altíssima, tanto em termos do número de indivíduos e de visitas como em termos do número de sítios ocupados; (2) a invasão é favorecida pelo tipo de manejo dos animais, que são em grande parte criados soltos, e parece estar fortemente associada à presença do homem; (3) a intensidade de invasão afeta negativamente a distribuição de um maior número de espécies de mamíferos de maior porte do que a perda de 40% de floresta na paisagem; (4) características dos remanescentes florestais associadas à perda de habitat (quantidade e qualidade dos remanescentes) são mais importantes que a pressão de propágulo para determinar a intensidade da invasão; (5) a intensificação do manejo de agroflorestas acentua a invasão. Visto que a intensificação de agroflorestas e de outros sistemas agrícolas vem se acentuando globalmente e que, apesar da diminuição das taxas de desmatamento das florestas tropicais nos últimos anos, a maior parte das áreas remanescentes é constituída de vegetação degradada ou secundária, a quantidade de áreas susceptíveis à invasão e os danos causados por cães domésticos devem aumentar no futuro. / Biological invasions are considered one of the most important threats to global biodiversity. Domestic dogs, the most abundant carnivore in the world, are known to invade areas of native vegetation and impact wildlife through competition, predation and disease transmission. Drawing on two extensive dataset obtained through camera-trapping, this dissertation intends to contribute to the understanding of the causes and consequences of the invasion by domestic dogs of forests fragments and agroforests in the Atlantic Forest. The dissertation is organized into two chapters. In the first chapter, we use data from two rural landscapes of São Paulo Atlantic Plateau with different proportions of remaining forests, and (1) describe the management and the characteristics of dogs that visit forest fragments, (2) compare, between these landscapes, the frequency and time of visits, the size of groups of invading dogs, and the drivers of invasion intensity, and (3) investigate the impacts of invasion intensity on the distribution of native large mammals. In the second chapter, using data from an agroforestry mosaic in southern Bahia, we investigate (4) if the conversion of native forests into agroforests and agroforestry intensification favor the invasion by dogs, and (5) if invasion by these animals is more associated with human presence in agroforests than in forests. Our findings highlight that: (1) the intensity of the invasion by dogs in human-modified landscapes in the Atlantic Forest is extremely high, both in terms of the number of individuals and of visits and in terms of the number of occupied sites; (2) invasion is favored by the type of management, with dogs kept free, and seems to be strongly associated with the presence of humans; (3) invasion intensity negatively affects the distribution of a larger number of large mammals than the loss of 40% of forest in the landscape; (4) characteristics of forest fragments associated with habitat loss (quantity and quality of remnants) are more important than propagule pressure to determine the intensity of invasion; (5) management intensification in agroforests intensifies invasion. As intensification of agroforestry and other agricultural systems has increased globally and, despite the decrease in the rates of deforestation in recent years, most tropical forest remnants consist of degraded or secondary vegetation, the amount of areas susceptible to invasion and the damages caused by domestic dogs should increase in the future.