Studies in agricultural landscapes have shown that anthropogenic environments may be relevant to wildlife species. Given the extent of these areas efficient research methods are needed to assess its ecological value in terms of local diversity, such as the use of biological indicators. The main goal here was to evaluate the possible relationship between the native vegetation biomass and diversity of small mammals in a silvicultural landscape of São Paulo. The study was developed at Fazenda Três Lagoas, which is part of the \"Programa de Pesquisa em Biodiversidade\" (PPBio), at Angatuba municipality, State of São Paulo, and lasted nine months. From May 2015 to March 2016 nine sampling campaigns were carried over a grid of 15 pitfall traps, five in Eucalyptus plantations, five in native vegetation and five in abandoned pastures. In the Chapter 1 the distribution and abundance patterns of small mammals on a silvicultural landcape during the early second cycle of Eucalyptus plantation in Southeastern Brazil was evaluated. A total of 672 individuals from 15 species of the orders Rodentia (9 spp.) and Didelphimorphia (6 spp.) were captured and five new species were detected in the study area in comparison to the first cycle. Although these species are predominantly generalists, there were differences in the abundance of small mammals in the three environments. The presence of native vegetation patches associated with riparian areas and abandoned pastures and the role of small mammals as a food resource for predators on a trophic structure, gives a certain conservation value to silvicultural landscapes in southeastern Brazil. In the Chapter 2 the relationship between landscape metrics and patterns of diversity, distribution and abundance of small mammals in a silvicultural landscape were evaluated. The species richness and family diversity of small mammals have been predominantly determined by the percentage of native vegetation. However, the abundance of small mammals can be determined by an indirect estimate of the native vegetation biomass (i.e., NDVI), which can be considered a 3D landscape metric as it is related to volume. Therefore, to succeed in assessing the value of agricultural landscape, future studies should consider landscape context, as well as the landscape metrics associated with geospatial data analysis and the distinct responses of species. / Estudos em paisagens agrícolas têm mostrado que ambientes antrópicos podem ser relevantes para muitas espécies selvagens. Dada a extensão destas áreas, são necessários métodos eficientes de pesquisa para avaliar seu valor ecológico em termos de diversidade local, tais como o uso de indicadores biológicos. O presente estudo teve como objetivo geral avaliar a possível relação entre a biomassa de vegetação nativa e a diversidade de mamíferos de pequeno porte em uma paisagem silvicultural do estado de São Paulo. O estudo foi desenvolvido na Fazenda Três Lagoas, que é parte do Núcleo Angatuba do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio), no município de Angatuba, Estado de São Paulo e teve a duração de nove meses. De maio de 2015 a março de 2016, foram realizadas campanhas mensais de amostragem em uma grade amostral com 15 conjuntos de armadilhas de interceptação e queda (pitfall), sendo cinco nas plantações de Eucalyptus spp., cinco em vegetação nativa e cinco em pasto abandonado. No Capítulo 1 foram avaliados os padrões de distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvicultural ao início do segundo ciclo de plantações de Eucalyptus no Sudeste do Brasil. Um total de 672 indivíduos de 15 espécies das ordens Rodentia (9 spp.) e Didelphimorphia (6 spp.) foram capturados e cinco novas espécies foram detectadas na área de estudo em relação ao primeiro ciclo. Embora as espécies presentes sejam predominantemente generalistas, houve diferença na abundância de pequenos mamíferos nos três ambientes. A presença de fragmentos de vegetação nativa associados a áreas ripícolas e pasto abandonado e o papel dos pequenos mamíferos como recurso alimentar para predadores em uma estrutura trófica, atribui um valor de conservação às paisagens silviculturais no sudeste do Brasil. No Capítulo 2, o objetivo foi avaliar a relação entre métricas da paisagem e padrões de diversidade, distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvícultural. A riqueza de espécies e a diversidade de famílias dos pequenos mamíferos tem sido predominantemente determinada pela área porcentual de vegetação nativa. No entanto, a abundância de pequenos mamíferos pode ser determinada por uma estimativa indireta da biomassa da vegetação nativa (e.g., NDVI), que pode ser considerada uma métrica de paisagem 3D, pois está relacionada ao volume. Portanto, para ter sucesso na avaliação do valor da paisagem agrícola, os estudos futuros devem considerar o contexto da paisagem, bem como as métricas da paisagem associadas à análise dos dados geoespaciais e as distintas respostas das espécies.

Studies in agricultural landscapes have shown that anthropogenic environments may be relevant to wildlife species. Given the extent of these areas efficient research methods are needed to assess its ecological value in terms of local diversity, such as the use of biological indicators. The main goal here was to evaluate the possible relationship between the native vegetation biomass and diversity of small mammals in a silvicultural landscape of São Paulo. The study was developed at Fazenda Três Lagoas, which is part of the \"Programa de Pesquisa em Biodiversidade\" (PPBio), at Angatuba municipality, State of São Paulo, and lasted nine months. From May 2015 to March 2016 nine sampling campaigns were carried over a grid of 15 pitfall traps, five in Eucalyptus plantations, five in native vegetation and five in abandoned pastures. In the Chapter 1 the distribution and abundance patterns of small mammals on a silvicultural landcape during the early second cycle of Eucalyptus plantation in Southeastern Brazil was evaluated. A total of 672 individuals from 15 species of the orders Rodentia (9 spp.) and Didelphimorphia (6 spp.) were captured and five new species were detected in the study area in comparison to the first cycle. Although these species are predominantly generalists, there were differences in the abundance of small mammals in the three environments. The presence of native vegetation patches associated with riparian areas and abandoned pastures and the role of small mammals as a food resource for predators on a trophic structure, gives a certain conservation value to silvicultural landscapes in southeastern Brazil. In the Chapter 2 the relationship between landscape metrics and patterns of diversity, distribution and abundance of small mammals in a silvicultural landscape were evaluated. The species richness and family diversity of small mammals have been predominantly determined by the percentage of native vegetation. However, the abundance of small mammals can be determined by an indirect estimate of the native vegetation biomass (i.e., NDVI), which can be considered a 3D landscape metric as it is related to volume. Therefore, to succeed in assessing the value of agricultural landscape, future studies should consider landscape context, as well as the landscape metrics associated with geospatial data analysis and the distinct responses of species. / Estudos em paisagens agrícolas têm mostrado que ambientes antrópicos podem ser relevantes para muitas espécies selvagens. Dada a extensão destas áreas, são necessários métodos eficientes de pesquisa para avaliar seu valor ecológico em termos de diversidade local, tais como o uso de indicadores biológicos. O presente estudo teve como objetivo geral avaliar a possível relação entre a biomassa de vegetação nativa e a diversidade de mamíferos de pequeno porte em uma paisagem silvicultural do estado de São Paulo. O estudo foi desenvolvido na Fazenda Três Lagoas, que é parte do Núcleo Angatuba do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio), no município de Angatuba, Estado de São Paulo e teve a duração de nove meses. De maio de 2015 a março de 2016, foram realizadas campanhas mensais de amostragem em uma grade amostral com 15 conjuntos de armadilhas de interceptação e queda (pitfall), sendo cinco nas plantações de Eucalyptus spp., cinco em vegetação nativa e cinco em pasto abandonado. No Capítulo 1 foram avaliados os padrões de distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvicultural ao início do segundo ciclo de plantações de Eucalyptus no Sudeste do Brasil. Um total de 672 indivíduos de 15 espécies das ordens Rodentia (9 spp.) e Didelphimorphia (6 spp.) foram capturados e cinco novas espécies foram detectadas na área de estudo em relação ao primeiro ciclo. Embora as espécies presentes sejam predominantemente generalistas, houve diferença na abundância de pequenos mamíferos nos três ambientes. A presença de fragmentos de vegetação nativa associados a áreas ripícolas e pasto abandonado e o papel dos pequenos mamíferos como recurso alimentar para predadores em uma estrutura trófica, atribui um valor de conservação às paisagens silviculturais no sudeste do Brasil. No Capítulo 2, o objetivo foi avaliar a relação entre métricas da paisagem e padrões de diversidade, distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvícultural. A riqueza de espécies e a diversidade de famílias dos pequenos mamíferos tem sido predominantemente determinada pela área porcentual de vegetação nativa. No entanto, a abundância de pequenos mamíferos pode ser determinada por uma estimativa indireta da biomassa da vegetação nativa (e.g., NDVI), que pode ser considerada uma métrica de paisagem 3D, pois está relacionada ao volume. Portanto, para ter sucesso na avaliação do valor da paisagem agrícola, os estudos futuros devem considerar o contexto da paisagem, bem como as métricas da paisagem associadas à análise dos dados geoespaciais e as distintas respostas das espécies.

Historicamente, a produção de alimentos básicos no Brasil está associada à agricultura familiar. Atualmente, vigora um novo olhar sobre essa produção quando entram em cena outros componentes: a produção de commodities e a conservação ambiental. Conflitantes entre si, eles parecem não influenciar diretamente no modo com que a população do meio rural percebe as supostas relações de perdas no meio ambiente ou na biodiversidade. A partir dessas considerações, observamos que na Bacia do Corumbataí, com as mudanças no uso da terra nos últimos trinta anos, a agricultura familiar tem se modificado, assumindo diferentes configurações e variando segundo o tamanho das propriedades, tipos de produções e relações diferenciadas que essas têm com o meio ambiente. Sabemos que a compreensão da dimensão humana promove habilidades para responder à variedade de interesses sociais, científicos e políticos na conservação da natureza. Algumas dessas dimensões são: as atitudes, os valores, o comportamento, as características socioeconômicas, a demografia, entre outras que devem integrar as ciências sociais e a ecologia para a interdisciplinaridade da conservação. É nesse sentido que entendemos que as soluções para a crise de biodiversidade no meio rural serão geradas a partir do trabalho conjunto entre cientistas naturais e sociais em projetos interdisciplinares. Ainda que alguns trabalhos caminhem nesta direção, não existe nos estudos em agroecossistemas da Bacia do Corumbataí uma ponte que una componente humano e conservação. Para a região estudada, não há, a priori, respostas para estas questões, mas acreditamos que o desafio em conservar a biodiversidade está no balanço entre as metas ecológicas e as necessidades sociais, econômicas e políticas, havendo urgência na integração entre a comunidade local, pesquisadores e governança. Em termos de Bacia hidrográfica, a do Corumbataí é uma das regiões mais estudadas do meio científico, mas todo conhecimento gerado pouco tem contribuído para a conservação com vista à sustentabilidade tanto ambiental, quanto social. Portanto, o processo e construção de diálogo entre disciplinas firmemente estabelecidas na sua identidade teórica e metodológica, foi definitivamente nossa vocação neste trabalho. À luz dessas considerações, podemos sustentar que a atividade, o conhecimento e a vivência do pequeno produtor rural são de fundamental importância para a sua manutenção no campo, bem como para a pesquisa e a própria conservação dos recursos naturais na região. Os resultados desta tese apontam que as pesquisas de interação social e ambiental, tendo como agente facilitador à agricultura familiar geram perspectivas reais para desenvolvimento social e para conservação ambiental local. / Currently we have a new look on production, when other components such as the production of commodities and environmental conservation come into this scenario. Dichotomous each other, they do not seem to directly influence the way the rural population notice the alleged loss relationships in the environment or biodiversity. From these considerations we see that the Corumbataí basin with changes in land use over the last thirty years, the family farm has changed, assuming different configurations and varying according to the size of the properties, types of productions and different relationships between them and the environment. We know that understand the human dimension promotes skills to respond to the variety of social, scientific and political interests in nature conservation. Some of these dimensions are: the attitudes, valuesbehaviour, socioeconomic characteristics, demography, among others that must be included in the social sciences and ecology to a interdisciplinary conservation. That is why we believe that the solutions to the biodiversity crisis in rural areas will be generated from a combined work between natural and social scientists in interdisciplinary projects. Although some works walk in that direction, in agroecosystems studies in the Corumbataí basin there is not a bridge that join the human component and conservation. For the studied area, there are no a priori answers to these questions, but we believe that the challenge in biodiversity conservation is in the ecological balance between the goals and the social, economic and political needs, with urgency in the integration between the local community, researchers and governance. In terms of watershed, the Corumbataí basin is one of the most studied regions, but all knowledge generated has little contribution to the conservation for environmental and social sustainability. Therefore, the process and construction of the dialogue between disciplines firmly established in its theoretical and methodological identity was definitely our vocation in this work. So we hold that the activity, knowledge and experience of small farmers are essential to their maintenance in the field, as well as for research and self-preservation of natural resources in the region. The results of this thesis suggest that studies of environmental and social interaction, with as facilitator a family farms, generate real prospects for social development and environmental conservation site.

Este estudo enfocou a importância do contexto de ambientes alterados do entorno para a distribuição de diferentes grupos de espécies de pequenos mamíferos não-voadores em paisagens fragmentadas de Mata Atlântica. Na primeira abordagem (capítulo 2), usando a distribuição de pequenos mamíferos em remanescentes florestais e nos quatro principais habitats alterados de uma paisagem de Mata Atlântica, investigamos (1) como o poder explanatório dos modelos que descrevem a distribuição das espécies em fragmentos florestais varia entre as variáveis da estrutura da paisagem que incorporam ou não a qualidade da matriz e (2) a importância da escala espacial para analisar a influência da estrutura da paisagem. Usamos amostragem padronizada nos remanescentes e habitats alterados para gerar dois índices de qualidade de habitat, correspondentes à abundância e à ocorrência de pequenos mamíferos. Para cada remanescente, calculamos a quantidade de habitat e a conectividade em diferentes escalas espaciais, considerando ou não a qualidade dos habitats ao redor. A incorporação da qualidade da matriz aumentou o poder explanatório dos modelos para todas as escalas espaciais para metade das espécies que ocorreram na matriz, mas apenas quando consideramos a distância entre as manchas de habitat (conectividade). Os resultados indicam a importância da matriz para a dinâmica de paisagens fragmentadas e sugere que índices relativamente simples podem melhorar nosso entendimento sobre a distribuição das espécies, e poderiam ser aplicados na modelagem, monitoramento e manejo de paisagens tropicais complexas. Na segunda abordagem (capítulo 3), testamos duas hipóteses relacionadas à importância do contexto da paisagem para a diversidade biológica encontrada em áreas agrícolas usando os pequenos mamíferos da Mata Atlântica como modelo: (1) que o contexto em que cultivos agrícolas estão inseridos, em particular a quantidade de florestas remanescentes, determina a assembléia de pequenos mamíferos encontrada nestas áreas produtivas; (2) que essas respostas ao contexto são escala-dependentes, sendo observadas em escalas espaciais mais amplas. Para tanto, amostramos 36 sítios em áreas agrícolas em duas paisagens fragmentadas de Mata Atlântica com diferentes proporções de florestas nativas remanescentes, os quais foram selecionados de forma a abranger ampla variação na quantidade e agregação de áreas abertas no entorno imediato. Construímos e comparamos 12 modelos candidatos que diferem quanto à contribuição dos efeitos do contexto em escala espacial ampla e em escala local, incluindo todas as combinações possíveis entre essas variáveis, a interação das variáveis medidas em diferentes escalas, e um modelo nulo. De acordo com as expectativas iniciais, as espécies restritas a biomas florestais foram mais comuns e bem distribuídas em áreas agrícolas circundadas por maiores quantidades de floresta em escala ampla. No entanto, as espécies invasoras e não-restritas a biomas florestais dominaram as áreas agrícolas das duas paisagens estudadas, independentemente da quantidade de floresta remanescente em escala ampla, tendo respondido principalmente, mas de maneira oposta, ao contexto em escalas menores. Os resultados indicam que: (1) a resposta diferencial entre os grupos de espécies é condicionada por diferenças nos requerimentos de habitat entre eles; (2) a manutenção de espécies mais exigentes em áreas agrícolas depende de estratégias de manejo que considerem a escala da paisagem; (3) mesmo áreas de agricultura convencional podem ser importantes para a conectividade da paisagem para espécies exigentes, desde que inseridas em contexto de maior quantidade de matas remanescentes; (4) o controle das populações de espécies invasoras que podem atuar como reservatórios de patógenos causadores de doenças no homem e pestes na agricultura depende de manejo em escala local, pelo menos em paisagens onde as áreas agrícolas são predominantes. / This study focused on the importance of the context of altered habitats in the neighborhoods to the distribution of different groups of species of non-flying small mammals in fragmented landscapes of the Atlantic forest. In the first approach (chapter 2), using the distribution of small mammals in forest remnants and in the four main altered habitats in an Atlantic forest landscape, we investigated 1) how explanatory power of models describing species distribution in forest remnants varies between landscape structure variables that do or do not incorporate matrix quality and 2) the importance of spatial scale for analyzing the influence of landscape structure. We used standardized sampling in remnants and altered habitats to generate two indices of habitat quality, corresponding to the abundance and to the occurrence of small mammals. For each remnant, we calculated habitat quantity and connectivity in different spatial scales, considering or not the quality of surrounding habitats. The incorporation of matrix quality increased model explanatory power across all spatial scales for half the species that occurred in the matrix, but only when taking into account the distance between habitat patches (connectivity). Results indicate the importance of the matrix for the dynamics of fragmented landscapes and suggest that relatively simple indices can improve our understanding of species distribution, and could be applied in modeling, monitoring and managing complex tropical landscapes. In the second approach, (chapter 3), we aimed at testing two hypotheses related to the importance of landscape context to the biological diversity found in areas of agriculture using Atlantic forest small mammals as a model: (1) that the context in which the areas of agriculture are inserted, in particular the quantity of remnant forests, determines the assemblage of small mammals found in those productive areas; (2) that those responses to the context are scale-dependent, being observed at larger spatial scales. To accomplish that, we sampled 36 sites in areas of agriculture in two fragmented Atlantic forest landscapes presenting different proportions of native forest remnants, which were selected aiming at including the widest variation in quantity and aggregation of open anthropogenic areas in the local neighborhood. We built and compared 12 candidate models which differed in relation to the contribution of the effects of context at large and local spatial scales, including all possible combinations between these variables, the interaction of the variables measured at different scales, and the null model. According to our initial expectations, the species that are restricted to forest biomes were the commonest and best-distributed ones, in areas of agriculture surrounded by higher quantities of forest at the large scale. However, the invasive species and the species that are not restricted to forest biomes dominated the areas of agriculture in the two studied landscapes, independently from the quantity of remnant forest at the large scale, and they responded mainly, but in the opposite way, to the context at smaller scales. The results indicate that: (1) the differential response between the groups of species is conditioned by differences in habitat requirements between them; (2) the maintenance of more demanding species in agricultural lands depends on management strategies which consider the landscape scale; (3) even areas of conventional agriculture can be important to the connectivity of the landscape for the most demanding species, as far as they are inserted in a context of higher quantities of remnant forest; (4) the control of the populations of invasive species that can act as reservoirs of pathogens that cause disease in men, and that can be pests in agriculture, depends on the management at local scale, at least in landscapes where the areas of agriculture predominate.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Agriculture expansion and intensification reassemble bird communities, including the loss of species, reduced diversity and the population increase of some species able to use the novel resources available. In some circumstances these species may be perceived as overabundant and conflict with human activities. This dissertation examines 1) the influence of the land use in agricultural landscapes in the abundance of eared dove and 2) the recognition of eared dove's populations as overabundant in the Southwestern of Brazil. The study was conducted in grain-producing regions comprising the part of the States of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and São Paulo. We counted birds along 50 routes, each comprising 12 counting stations, placed on secondary roads and relate occurrence and abundance with land uses. We applied questionnaires to farmers record their perception about damages by eared doves in agriculture. Our data demonstrated that the eared dove was the most abundant species, representing 48% of total individuals counted and also one of the most common, being found in 93% of samples. At the landscape scale, the abundance of eared doves was associated positively with routes crossing landscapes dominated by plantations in winter and negatively associated with routes with large tracts of forests and mixed farming in summer. At the local scale the abundance of doves in winter was greater in routes with higher frequency of maize plantations and in summer in routes with higher frequency of sugar cane and soybean plantations. Thus, the type of land use influenced the abundance of doves. Of the farmers interviewed, 41% claimed some kind of damage to their crops. Among these, 70% reported damages of less than 10% of the planted area. The highest percentage of positive responses about damages occurred in Paraná, with 54% of complaints. Sixty seven percent of the reported damages were located up to 100 km from nesting colonies. The probability of reporting damages decreases 1% every 10 km away from a colony. We consider that eared doves can be classified as overabundant in parts of the States of Paraná and São Paulo, where the agricultural landscape favor high abundance of this species all over the year and risk of conflicts with agriculture is higher. / A expansão da agricultura e a intensificação dos processos agrícolas levam a um rearranjo nas comunidades de aves, incluindo a perda de diversidade e o aumento populacional de espécies capazes de aproveitar os novos recursos disponíveis. Em algumas circunstâncias espécies podem apresentar um marcado aumento populacional passando a ser percebidas como superabundantes e conflitantes para atividades humanas. Esta dissertação analisa 1) a influência do uso do solo na abundância da pomba-de-bando e 2) a aplicação de conceitos de superabundância para esta espécie no Sudoeste do Brasil. A área de estudo abrangeu regiões produtoras de grãos dos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo. Contamos aves em 50 rotas, cada uma com 12 estações de contagem, alocadas em estradas vicinais em meio a matrizes agrícolas e relacionamos ocorrência e abundância com a paisagem. Aplicamos questionários aos agricultores com a intenção de obter dados da percepção dos mesmos frente a danos causados pela pomba na agricultura. A pomba-de-bando foi a espécie mais abundante, representando 48% do total de indivíduos contados, e também uma das mais frequentes, sendo encontrada em 93% das amostras. Na escala da paisagem, mais ampla, a abundância esteve positivamente associada às áreas destinadas à agricultura e agropecuária no inverno e negativamente associada às áreas com grandes extensões de agropecuária e remanescente florestais no verão. Na escala local, mais fina, a abundância de pombas no inverno foi maior em rotas de contagem em que houve maior frequência de plantações de milho. Já no verão a abundância foi positivamente relacionada com a maior frequência de plantações de cana-de-açúcar e soja. Assim, o tipo de uso do solo na paisagem agrícola influenciou a abundância de pombas nas duas escalas. Dos respondentes aos questionários, 41% alegaram dano às suas plantações, sendo que 70% relataram danos inferiores a 10% da área plantada. O maior percentual de respostas positivas se deu no Paraná, com 54% de reclamações. Sessenta e sete por cento responderam sim a ocorrência de danos quando o local de aplicação do questionário estava a menos de 100 km de uma colônia de pombas. A probabilidade de reclamações decaiu 1% a cada 10 km de afastamento da colônia mais próxima. Consideramos que a pomba-de-bando pode ser classificada como superabundante somente em partes do Paraná e de São Paulo, onde a paisagem agrícola favorece uma alta abundância de pombas durante todo o ano e o risco de conflitos com a agricultura é maior.

Historicamente, a produção de alimentos básicos no Brasil está associada à agricultura familiar. Atualmente, vigora um novo olhar sobre essa produção quando entram em cena outros componentes: a produção de commodities e a conservação ambiental. Conflitantes entre si, eles parecem não influenciar diretamente no modo com que a população do meio rural percebe as supostas relações de perdas no meio ambiente ou na biodiversidade. A partir dessas considerações, observamos que na Bacia do Corumbataí, com as mudanças no uso da terra nos últimos trinta anos, a agricultura familiar tem se modificado, assumindo diferentes configurações e variando segundo o tamanho das propriedades, tipos de produções e relações diferenciadas que essas têm com o meio ambiente. Sabemos que a compreensão da dimensão humana promove habilidades para responder à variedade de interesses sociais, científicos e políticos na conservação da natureza. Algumas dessas dimensões são: as atitudes, os valores, o comportamento, as características socioeconômicas, a demografia, entre outras que devem integrar as ciências sociais e a ecologia para a interdisciplinaridade da conservação. É nesse sentido que entendemos que as soluções para a crise de biodiversidade no meio rural serão geradas a partir do trabalho conjunto entre cientistas naturais e sociais em projetos interdisciplinares. Ainda que alguns trabalhos caminhem nesta direção, não existe nos estudos em agroecossistemas da Bacia do Corumbataí uma ponte que una componente humano e conservação. Para a região estudada, não há, a priori, respostas para estas questões, mas acreditamos que o desafio em conservar a biodiversidade está no balanço entre as metas ecológicas e as necessidades sociais, econômicas e políticas, havendo urgência na integração entre a comunidade local, pesquisadores e governança. Em termos de Bacia hidrográfica, a do Corumbataí é uma das regiões mais estudadas do meio científico, mas todo conhecimento gerado pouco tem contribuído para a conservação com vista à sustentabilidade tanto ambiental, quanto social. Portanto, o processo e construção de diálogo entre disciplinas firmemente estabelecidas na sua identidade teórica e metodológica, foi definitivamente nossa vocação neste trabalho. À luz dessas considerações, podemos sustentar que a atividade, o conhecimento e a vivência do pequeno produtor rural são de fundamental importância para a sua manutenção no campo, bem como para a pesquisa e a própria conservação dos recursos naturais na região. Os resultados desta tese apontam que as pesquisas de interação social e ambiental, tendo como agente facilitador à agricultura familiar geram perspectivas reais para desenvolvimento social e para conservação ambiental local. / Currently we have a new look on production, when other components such as the production of commodities and environmental conservation come into this scenario. Dichotomous each other, they do not seem to directly influence the way the rural population notice the alleged loss relationships in the environment or biodiversity. From these considerations we see that the Corumbataí basin with changes in land use over the last thirty years, the family farm has changed, assuming different configurations and varying according to the size of the properties, types of productions and different relationships between them and the environment. We know that understand the human dimension promotes skills to respond to the variety of social, scientific and political interests in nature conservation. Some of these dimensions are: the attitudes, valuesbehaviour, socioeconomic characteristics, demography, among others that must be included in the social sciences and ecology to a interdisciplinary conservation. That is why we believe that the solutions to the biodiversity crisis in rural areas will be generated from a combined work between natural and social scientists in interdisciplinary projects. Although some works walk in that direction, in agroecosystems studies in the Corumbataí basin there is not a bridge that join the human component and conservation. For the studied area, there are no a priori answers to these questions, but we believe that the challenge in biodiversity conservation is in the ecological balance between the goals and the social, economic and political needs, with urgency in the integration between the local community, researchers and governance. In terms of watershed, the Corumbataí basin is one of the most studied regions, but all knowledge generated has little contribution to the conservation for environmental and social sustainability. Therefore, the process and construction of the dialogue between disciplines firmly established in its theoretical and methodological identity was definitely our vocation in this work. So we hold that the activity, knowledge and experience of small farmers are essential to their maintenance in the field, as well as for research and self-preservation of natural resources in the region. The results of this thesis suggest that studies of environmental and social interaction, with as facilitator a family farms, generate real prospects for social development and environmental conservation site.

Este estudo enfocou a importância do contexto de ambientes alterados do entorno para a distribuição de diferentes grupos de espécies de pequenos mamíferos não-voadores em paisagens fragmentadas de Mata Atlântica. Na primeira abordagem (capítulo 2), usando a distribuição de pequenos mamíferos em remanescentes florestais e nos quatro principais habitats alterados de uma paisagem de Mata Atlântica, investigamos (1) como o poder explanatório dos modelos que descrevem a distribuição das espécies em fragmentos florestais varia entre as variáveis da estrutura da paisagem que incorporam ou não a qualidade da matriz e (2) a importância da escala espacial para analisar a influência da estrutura da paisagem. Usamos amostragem padronizada nos remanescentes e habitats alterados para gerar dois índices de qualidade de habitat, correspondentes à abundância e à ocorrência de pequenos mamíferos. Para cada remanescente, calculamos a quantidade de habitat e a conectividade em diferentes escalas espaciais, considerando ou não a qualidade dos habitats ao redor. A incorporação da qualidade da matriz aumentou o poder explanatório dos modelos para todas as escalas espaciais para metade das espécies que ocorreram na matriz, mas apenas quando consideramos a distância entre as manchas de habitat (conectividade). Os resultados indicam a importância da matriz para a dinâmica de paisagens fragmentadas e sugere que índices relativamente simples podem melhorar nosso entendimento sobre a distribuição das espécies, e poderiam ser aplicados na modelagem, monitoramento e manejo de paisagens tropicais complexas. Na segunda abordagem (capítulo 3), testamos duas hipóteses relacionadas à importância do contexto da paisagem para a diversidade biológica encontrada em áreas agrícolas usando os pequenos mamíferos da Mata Atlântica como modelo: (1) que o contexto em que cultivos agrícolas estão inseridos, em particular a quantidade de florestas remanescentes, determina a assembléia de pequenos mamíferos encontrada nestas áreas produtivas; (2) que essas respostas ao contexto são escala-dependentes, sendo observadas em escalas espaciais mais amplas. Para tanto, amostramos 36 sítios em áreas agrícolas em duas paisagens fragmentadas de Mata Atlântica com diferentes proporções de florestas nativas remanescentes, os quais foram selecionados de forma a abranger ampla variação na quantidade e agregação de áreas abertas no entorno imediato. Construímos e comparamos 12 modelos candidatos que diferem quanto à contribuição dos efeitos do contexto em escala espacial ampla e em escala local, incluindo todas as combinações possíveis entre essas variáveis, a interação das variáveis medidas em diferentes escalas, e um modelo nulo. De acordo com as expectativas iniciais, as espécies restritas a biomas florestais foram mais comuns e bem distribuídas em áreas agrícolas circundadas por maiores quantidades de floresta em escala ampla. No entanto, as espécies invasoras e não-restritas a biomas florestais dominaram as áreas agrícolas das duas paisagens estudadas, independentemente da quantidade de floresta remanescente em escala ampla, tendo respondido principalmente, mas de maneira oposta, ao contexto em escalas menores. Os resultados indicam que: (1) a resposta diferencial entre os grupos de espécies é condicionada por diferenças nos requerimentos de habitat entre eles; (2) a manutenção de espécies mais exigentes em áreas agrícolas depende de estratégias de manejo que considerem a escala da paisagem; (3) mesmo áreas de agricultura convencional podem ser importantes para a conectividade da paisagem para espécies exigentes, desde que inseridas em contexto de maior quantidade de matas remanescentes; (4) o controle das populações de espécies invasoras que podem atuar como reservatórios de patógenos causadores de doenças no homem e pestes na agricultura depende de manejo em escala local, pelo menos em paisagens onde as áreas agrícolas são predominantes. / This study focused on the importance of the context of altered habitats in the neighborhoods to the distribution of different groups of species of non-flying small mammals in fragmented landscapes of the Atlantic forest. In the first approach (chapter 2), using the distribution of small mammals in forest remnants and in the four main altered habitats in an Atlantic forest landscape, we investigated 1) how explanatory power of models describing species distribution in forest remnants varies between landscape structure variables that do or do not incorporate matrix quality and 2) the importance of spatial scale for analyzing the influence of landscape structure. We used standardized sampling in remnants and altered habitats to generate two indices of habitat quality, corresponding to the abundance and to the occurrence of small mammals. For each remnant, we calculated habitat quantity and connectivity in different spatial scales, considering or not the quality of surrounding habitats. The incorporation of matrix quality increased model explanatory power across all spatial scales for half the species that occurred in the matrix, but only when taking into account the distance between habitat patches (connectivity). Results indicate the importance of the matrix for the dynamics of fragmented landscapes and suggest that relatively simple indices can improve our understanding of species distribution, and could be applied in modeling, monitoring and managing complex tropical landscapes. In the second approach, (chapter 3), we aimed at testing two hypotheses related to the importance of landscape context to the biological diversity found in areas of agriculture using Atlantic forest small mammals as a model: (1) that the context in which the areas of agriculture are inserted, in particular the quantity of remnant forests, determines the assemblage of small mammals found in those productive areas; (2) that those responses to the context are scale-dependent, being observed at larger spatial scales. To accomplish that, we sampled 36 sites in areas of agriculture in two fragmented Atlantic forest landscapes presenting different proportions of native forest remnants, which were selected aiming at including the widest variation in quantity and aggregation of open anthropogenic areas in the local neighborhood. We built and compared 12 candidate models which differed in relation to the contribution of the effects of context at large and local spatial scales, including all possible combinations between these variables, the interaction of the variables measured at different scales, and the null model. According to our initial expectations, the species that are restricted to forest biomes were the commonest and best-distributed ones, in areas of agriculture surrounded by higher quantities of forest at the large scale. However, the invasive species and the species that are not restricted to forest biomes dominated the areas of agriculture in the two studied landscapes, independently from the quantity of remnant forest at the large scale, and they responded mainly, but in the opposite way, to the context at smaller scales. The results indicate that: (1) the differential response between the groups of species is conditioned by differences in habitat requirements between them; (2) the maintenance of more demanding species in agricultural lands depends on management strategies which consider the landscape scale; (3) even areas of conventional agriculture can be important to the connectivity of the landscape for the most demanding species, as far as they are inserted in a context of higher quantities of remnant forest; (4) the control of the populations of invasive species that can act as reservoirs of pathogens that cause disease in men, and that can be pests in agriculture, depends on the management at local scale, at least in landscapes where the areas of agriculture predominate.

O estado atual do desmatamento de florestas primárias e o restabelecimento de florestas secundárias no Brasil variam de acordo com a região do país. Enquanto alguns domínios têm perdido grandes extensões de cobertura original, como a Floresta Amazônica e o Cerrado, outros têm registrado um aumento na área ocupada por florestas, como é o caso da Mata Atlântica no estado de São Paulo. O processo de regeneração de florestas secundárias tem sido registrado nos últimos 30 anos, devido ao abandono de pastagens e iniciativas de restauração florestal. Dessa forma, o objetivo principal deste estudo foi investigar se florestas secundárias regenerando em pastagens abandonadas diferem em relação à composição e diversidade de espécies florestais sob duas condições distintas de característica da paisagem: áreas com elevada proporção de cobertura florestal no entorno (>30%) e áreas com baixa proporção de cobertura florestal no entorno (<10%). Com base em imagens do ano de 1972, foram delimitadas as áreas ocupadas por remanescentes antigos de vegetação, com idade superior a quarenta anos. Após, o mapa de vegetação produzido com estas imagens foi sobreposto a um mapa de cobertura da terra de 2018, para identificar a expansão e a diminuição da vegetação. Com base nestes dois mapas, nós avaliamos as modificações na estrutura da paisagem, durante este período de 46 anos. Depois disso, nós selecionamos oito áreas, sendo quatro estruturalmente conectadas, com elevada proporção de cobertura florestal no entorno e quatro estruturalmente isoladas, com baixa cobertura florestal no entorno. Em cada área nós avaliamos a composição, riqueza de espécies, densidade, síndrome de dispersão, biomassa acima do solo, diversidade e equabilidade. Contrário ao que esperávamos, nossos resultados demonstraram que as plantas do estrato inferior em áreas com baixa cobertura florestal no entorno tiveram maior proporção de espécies dispersas por animais do que nas áreas com alta cobertura florestal no entorno, bem como também foram encontradas diferenças na composição de espécies da comunidade do estrato inferior. Nossas descobertas indicam que as condições estruturais da paisagem podem influenciar grupos funcionais da comunidade do estrato inferior na região das cuestas, tornando o contexto da paisagem um parâmetro essencial a ser considerado na conservação e restauração da biodiversidade, especialmente em paisagens com elevado grau de fragmentação. / The current state of deforestation of old-growth forests and the restablishmet of secondary forests in Brazil varies according to the region. While some biomes have lost many extensions of original cover, such as Amazon forest and Cerrado, others have registered an increasing in the area occupied by forests, as the case of the Atlantic forest in São Paulo state. The regeneration process of secondary forests has been registered for the last 30 years, due to the abandonment of pastures and initiatives of seedling plantings. Therefore, the main goal of this study was to investigate whether secondary forests regenerating in abandoned pastures differ in relation to the composition and diversity of forest species under two different landscape characteristics: connected areas, with high proportion of forest cover around (>30%) and isolated areas, with low proportion of forest cover around (<10%). Based on images of 1972, old-forest remnants were delimited. After, the vegetation map produced for 1972 was overlapped to a land cover map of 2018 to record the expansion and decrease of vegetation. Based on these two maps, we evaluated the modifications in the landscape structure, during the 46-years period. After that, we selected eight areas, being four structurally connected and four, structurally isolated. At each area we evaluated composition, species richness, diversity, equability, density, dispersal syndrome and aboveground biomass. Contrary to expectations, our results showed that regenerating plants in isolated areas have higher proportion of animal-dispersed seed species than connected areas. We also found differences in the plant composition of regenerating communities between connected and isolated areas. Our findings indicate that structural conditions of the landscape can influence functional groups of the regenerating plants in the cuestas region, making the landscape context an essential parameter to be considered in conservation and restoration plans, especially in highly fragmented landscapes.