Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-05-05Bitstream added on 2014-06-13T20:25:38Z : No. of bitstreams: 1 nakatani_ak_dr_fca.pdf: 853202 bytes, checksum: df12fbbfd3cd127e44acff93e2b14eff (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstrap h para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1 ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joining h geradas a partir das... / Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1 ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1 ¿ and RPB2 in general.

Resumo: A ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter é uma das doenças mais limitantes no estabelecimento de novos plantios e na condução de brotações de algumas espécies e procedências de Eucalyptus. O método de controle mais eficiente é o plantio de populações de Eucalyptus resistentes à doença. O presente trabalho tem como objetivo estudar a variabilidade genética em progênies de Eucalyptus dunnii Maiden para resistência à ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter. Foram instalados dois testes de progênies de Eucalyptus dunnii no campo, em áreas com histórico de observação de ocorrência da ferrugem pertencentes à empresa Suzano Papel e Celulose, plantados em espaçamento 3x2m, e um teste de progênies em ambiente controlado (câmara de inoculação), conduzido no Departamento de Produção Vegetal. Os experimentos foram instalados em blocos casualizados, o primeiro com 60 progênies, na região de Itapetininga/SP, o outro com 48 progênies de Eucalyptus dunnii, ambos com oito plantas por parcela e repetidos em seis blocos. Foram feitas medições de altura de planta, avaliação da severidade de ataque do fungo. A estimativa da variabilidade genética foi determinada utilizando o programa computacional SELEGEN. As progênies de Eucalyptus dunnii apresentaram uma boa variabilidade genética para resistência a ferrugem e altura das plantas; não houve correlação entre progênies atacada e redução no crescimento em altura / Abstract: Rust caused by Puccnia psidii Winter fungus is a limiting factor to establish new plantings and to conduct sprouting of some Eucalyptus species and its origin. The more efficient control method is Eucalytpus population planting resistant to the disease. This work has as an objective to study the genetic viability in Eucalyptus dunnii Maiden progenies resistant to Rust caused by Puccinia psidii Winter. It was installed two Eucalyptus dunnii progenies tests in the field, at Suzano Paper and Cellulose Company areas where rust was observed in the past, spacing 3x2m, and one progeny test in controlled environment (inoculation chamber), conducted at Plant Production Department. Both were installed in randomized blocks, the first with 60 progenies, in Itapetininga/SP Region, and the other with 48 progenies of Eucalytpus dunnii. Both with eight plants per plot and repeated in six blocks. The high of the plants were measured and evaluated the fungus attack. Genetic variability estimates was determinate thought SELEGEN (a computer program). The Eucalyptus dunnii progenies presented a good genetic variability for rust resistance and plants high; there was no correlation between infected progenies and decrease in high development / Orientador: Edson Seizo Mori / Coorientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Celso Luiz Marino / Banca: Léo Zimback / Mestre

Resumo: A mancha areolada causada por Thanatephorus cucumeris, é uma das doenças mais importantes da seringueira (Hevea brasiliensis) na região Amazônica. Apesar disso, há pouca informação disponível sobre a diversidade biológica, patogênica e genética do patógeno. Uma questão importante sobre o real posicionamento filogenético deste patógeno ainda não foi respondida. Neste estudo, foram analisadas seqüências da região ITS-5.8S do rDNA de uma população de T. cucumeris (fase anamórfica = Rhizoctonia solani AG 2-2) associado à mancha areolada da seringueira, obtida em Belém (PA), Manaus (AM) e Xapuri/Rio Branco (AC). Esta população foi também comparada filogeneticamente com membros do AG 2 descritos mundialmente. Este estudo representa um passo importante para revelar a origem, os padrões de movimento e amplificação de genótipos epidemiologicamente importantes de T. cucumeris da seringueira. Filogenéticamente, através de análise Bayesiana e de máxima parcimônia, encontramos suporte para nomear um novo grupo de anastomose associado à mancha areolada da seringueira: o AG 2-2 Hb. Este grupo constitui-se numa unidade evolucionária independente em relação aos subgrupos mundiais do AG 2-2 analisados. Na genealogia construída por análise coalescente, observou-se que a população de R. solani AG 2-2 Hb, de Belém, é relativamente mais velha que as demais populações analisadas. O ancestral comum de todas as três populações analisadas está associado com a mancha foliar do maracujazeiro (Passiflora edulis), em Belém, e tem cerca de 0,8 unidades evolucionárias coalescentes de idade. Nenhum haplótipo da região ITS-5.8S do AG 2-2 Hb, de Belém, foi observado em outras regiões. Entretanto, a população de Manaus compartilhou dois, de seus quatro haplótipos, com aqueles observados em Xapuri / Rio Branco, no Acre, indicando fluxo gênico e deriva genética. / Abstract: Thanatephorus leaf spot is one of the most important diseases of rubber tree (Hevea brasiliensis) in the Amazon region, Brazil. However, there is fill information available about the biological, pathogenic and genetic diversity of the pathogen. An important question about the actual phylogenetic placement of this pathogen is not answered yet. In this study, we analyzed sequences of the ITS-5.8S rDNA region from a population of T. cucumeris (anamorphase = Rhizoctonia solani AG 2-2) associated to the rubber tree leaf spot obtained in Belém (PA), Manaus (AM) and Xapuri/Rio Branco (AC). This population was also phylogenetically compared with members of AG 2 world-widely described. This study represents an important step to reveal the origin, the patterns of movement and amplification of epidemiologically important genotypes of rubber tree-infecting T. cucumeris. Phylogenetically, through both Bayesiana and maximum parsimony analyses, we found support to nominate a new group of anastomosis associated with the rubber tree foliar spot: the AG 2-2 Hb. This group consisted of a independent evolutionary unit in relation to the world-wide sub-groups of AG 2-2 analyzed. In the gene genealogy built by coalescent analysis, was observed that the population of R. solani AG 2-2 Hb of Belém is relatively older than the other populations analyzed. The oldest most recent common ancestor of all the three populations analyzed was associated with a sample obtained from passion-fruit (Passiflora edulis) leaf blight in Belém and has about 0.8 coalescent evolutionary units of age. No AG 2- 2 Hb ITS-5.8S rDNA haplotype from Belém was observed in any other regions. However, the population from Manaus shared two, of its four haplotypes, with those observed in Xapuri/Rio Branco (Acre), indicating both gene flow and genetic drift. / Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Alcebíades Ribeiro de Campos / Banca: Cesar Junior Bueno / Banca: Edson Luiz Furtado / Mestre

Resumo: O fungo Thanatephorus cucumeris é responsável por várias doenças foliares em culturas de importância agrícola ou em espécies nativas na região Amazônica do país. Entre as doenças relatadas, a mancha areolada de Thanatephorus é considerada uma das mais importantes para a região. Neste estudo, baseando-se na ausência de informações sobre quais os grupamentos de anastomose (AG) de Rhizoctonia solani estão associados a plantas hospedeiras na Amazônia, foi testada a hipótese de que os isolados de T. cucumeris oriundos de seringueira e citros e outras espécies cultivadas ou nativas pertencem a grupamentos de anastomose distintos. Assim, os isolados de T. cucumeris foram caracterizados citomorfologicamente, por meio da caracterização cultural, grupamento de anastomose e molecular. Esta última baseou-se na observação da variação associada a seqüências da região ITS-5,8S do rDNA. Também não há informação sobre a patogenicidade cruzada, à seringueira, de isolados provenientes de outras espécies de plantas da Amazônia. Então, por meio do teste de patogenicidade cruzada foi testada uma segunda hipótese, a de que isolados de T. cucumeris de hospedeiros distintos são patogênicos também à seringueira. O estudo teve como objetivo elucidar aspectos importantes sobre a etiologia do patógeno, que podem ser relevantes para o manejo da doença. De forma importante, concluiu-se que a seringueira hospeda não apenas um, mas sim vários grupos de anastomose de R. solani como agente causal da mancha areolada. / Abstract: The fungus Thanatephorus cucumeris is responsible for causing several foliar diseases on important agricultural crops or on native species in the Amazonian area of the country. Among the diseases, Thanatephorus aerial blight is considered one of the most important in that region. In this study, based on the lack of information on which anastomosis groups (AG) of R. solani are associated with distinct hosts in the Amazon, we tested the hypothesis that T. cucumeris isolates from rubber tree, citrus and other cultivated or native species from the area belong to distinct AGs. So, T. cucumeris isolates were characterized based on cytomorphology, cultural characteristics, by anastomosis grouping, and molecularly. This last one was based on the observation of the variation associated with sequences of the ITS-5.8S region of the rDNA. There is no information about the cross pathogenicity (to rubber tree) of isolates from other Amazonian plant species. Based on cross-pathogenicity tests, a second hypothesis was tested stating that T. cucumeris isolates from distinct hosts are also pathogenic to rubber tree. This study had as objective to elucidate important aspects of the aetiology of the pathogen that can be relevant for managing the disease. We have found that the rubber tree hosts not only one, but several anastomosis groups of R. solani as causal agent of the aerial blight. / Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Alcebíades Ribeiro Campos / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Cesar Junior Bueno / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-07-17Bitstream added on 2014-06-13T19:39:07Z : No. of bitstreams: 1 campos_aps_me_ilha.pdf: 533716 bytes, checksum: a6a41f1f3c5a72bb618808187efbaa15 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O fungo Thanatephorus cucumeris é responsável por várias doenças foliares em culturas de importância agrícola ou em espécies nativas na região Amazônica do país. Entre as doenças relatadas, a mancha areolada de Thanatephorus é considerada uma das mais importantes para a região. Neste estudo, baseando-se na ausência de informações sobre quais os grupamentos de anastomose (AG) de Rhizoctonia solani estão associados a plantas hospedeiras na Amazônia, foi testada a hipótese de que os isolados de T. cucumeris oriundos de seringueira e citros e outras espécies cultivadas ou nativas pertencem a grupamentos de anastomose distintos. Assim, os isolados de T. cucumeris foram caracterizados citomorfologicamente, por meio da caracterização cultural, grupamento de anastomose e molecular. Esta última baseou-se na observação da variação associada a seqüências da região ITS-5,8S do rDNA. Também não há informação sobre a patogenicidade cruzada, à seringueira, de isolados provenientes de outras espécies de plantas da Amazônia. Então, por meio do teste de patogenicidade cruzada foi testada uma segunda hipótese, a de que isolados de T. cucumeris de hospedeiros distintos são patogênicos também à seringueira. O estudo teve como objetivo elucidar aspectos importantes sobre a etiologia do patógeno, que podem ser relevantes para o manejo da doença. De forma importante, concluiu-se que a seringueira hospeda não apenas um, mas sim vários grupos de anastomose de R. solani como agente causal da mancha areolada. / The fungus Thanatephorus cucumeris is responsible for causing several foliar diseases on important agricultural crops or on native species in the Amazonian area of the country. Among the diseases, Thanatephorus aerial blight is considered one of the most important in that region. In this study, based on the lack of information on which anastomosis groups (AG) of R. solani are associated with distinct hosts in the Amazon, we tested the hypothesis that T. cucumeris isolates from rubber tree, citrus and other cultivated or native species from the area belong to distinct AGs. So, T. cucumeris isolates were characterized based on cytomorphology, cultural characteristics, by anastomosis grouping, and molecularly. This last one was based on the observation of the variation associated with sequences of the ITS-5.8S region of the rDNA. There is no information about the cross pathogenicity (to rubber tree) of isolates from other Amazonian plant species. Based on cross-pathogenicity tests, a second hypothesis was tested stating that T. cucumeris isolates from distinct hosts are also pathogenic to rubber tree. This study had as objective to elucidate important aspects of the aetiology of the pathogen that can be relevant for managing the disease. We have found that the rubber tree hosts not only one, but several anastomosis groups of R. solani as causal agent of the aerial blight.