CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Gastric cancer is a serious health problem. Several risk factors have been identified to contribute to its development, such as virulence genes of H. pylori, SNPs in hostâs key genes and epigenetic events. The aim of this study was to investigate the relationship between genes methylation in gastric cancer, its association with H. pylori virulence genes, and verify the influence of CDH1 and MLH1 SNPs in the methylation status and correlate methylation of the promoter of miR-34b/c expression of MET protein in those cases. The promoter genes methylation was assessed by MS-PCR and HRM (for miR-34b/c) techniques. H.pylori genes were detected by PCR and SNPs, by PCR-RFLP. H.pylori genes were detected by PCR and SNPs, by PCR-RFLP. The genes of higher and lower methylation frequency were MSH2 and MLH1, respectively. Patients aged ≥ 50 had CDH1 more frequently methylated than those younger. The MLH1 gene was significantly less methylated in cardia tumors. As for the TNM, the CDH1-M gene was associated with advanced tumor extension, even when subdivided by subtype, since same association has been shown in tumors of intestinal subtype. Already the combination CDKN2A-M/MLH1-U was associated with absence of distant metastases. Taking into account the virulence genes of H. pylori, it was seen that patients infected vacAm1+ or cagG+ strains had a higher frequency of CDKN2A-U vacAs1 + was associated with COX-2-U and CDH1-U, while hopQII with MLH1-U. Patients infected with cagE+ and virB11+ strains had higher frequency of MSH2-M. It was also observed that less virulent strains tended to non-methylation for CDH1 and MLH1 genes. The classification trees made according to the histological subtype, showed that in tumors of diffuse subtype cagE+ and virB11 + strains (separately or together) were also attached to a methylator character of some of the analyzed genes. Already strains virB11+cagA+ did not lead to methylation in two genes. In intestinal subtype tumors was not observed a pattern having a variation in the combinations of H. pylori genes leading to the methylation. CDH1 SNPs presented no relation to the methylation of this gene, while the GA genotype of MLH1 SNP showed a tendency to not methylation of the gene. As regards the promoter methylation of miR-34b/c, the distribution percentage of the cases showed that the majority of cases presented methylation above 50%. The larger frequency among tumors of the intestinal subtype was in the methylation range of 50-75%, and to diffuse subtype from 75%. Already c-MET expression was positive in 86.36% of cases were not found differences among the different locations and subtypes. There was no correlation between the methylation percentage of miR-34b/c and c-MET expression. Observing each case, it was seen that in most cases whose c-MET expression was negative (H-score 0) had a high percentage of methylation of miR-34b/c. In conclusion, the methylation status of the studied genes appear to be dependent on the tumor location and is also related to the TNM staging and tumor subtype. In addition, more virulent H. pylori strains may be involved in this process by increasing inflammatory response leading to methylation of these genes. Already c-MET is overexpressed in cases of gastric cancer and the promoter region of miR-34b/c hipermethylated, indicating a possible involvement of these factors in carcinogenesis of the stomach, although it was not found a direct relationship between the two variables. / O cÃncer gÃstrico constitui um sÃrio problema de saÃde pÃblica. Diversos fatores de risco parecem estar envolvidos na contribuiÃÃo para o seu desenvolvimento, tais como: genes de virulÃncia de H. pylori, SNPs em genes-chave no hospedeiro e eventos epigenÃticos. Assim, o objetivo desse estudo foi investigar a relaÃÃo entre a metilaÃÃo de genes em casos de cÃncer gÃstrico, sua associaÃÃo com genes de virulÃncia de H. pylori, verificar a influÃncia dos SNPs de CDH1 e MLH1 em seu status de metilaÃÃo, bem como correlacionar a metilaÃÃo do promotor de miR-34b/c e a expressÃo da proteÃna MET nesses mesmos casos. A metilaÃÃo dos genes foi obtida atravÃs da realizaÃÃo da tÃcnica MS-PCR e HRM (para miR-34b/c). Os genes de H. pylori foram detectados por PCR e os SNPs, por PCR-RFLP. Os genes de maior e menor frequÃncia de metilaÃÃo foram MSH2 e MLH1, respectivamente. O corte de idade mostrou que pacientes com idade ≥ 50 anos tiveram CDH1 mais frequentemente metilado que aqueles mais jovens. O gene MLH1 foi significativamente menos metilado em tumores da cÃrdia. Quanto ao TNM, o gene CDH1-M foi associado à extensÃo tumoral avanÃada, inclusive quando subdividido por subtipo, jà que mesma associaÃÃo foi mostrada em tumores do subtipo intestinal. Jà a combinaÃÃo CDKN2A-M/MLH1-U foi associada à ausÃncia de metÃstase à distÃncia. Levando em consideraÃÃo os genes de virulÃncia de H. pylori, foi visto que pacientes infectados por cepas vacAm1+ ou cagG+ tiveram uma maior frequÃncia de CDKN2A-U, vacAs1+ foi associado com COX-2-U e CDH1-U, enquanto hopQII, com MLH1-U. Pacientes infectados por cepas cagE+ e virB11+ tiveram maior frequÃncia de MSH2-M. Foi observado tambÃm que cepas menos virulentas apresentaram uma tendÃncia à nÃo-metilaÃÃo para os genes MLH1 e CDH1. As Ãrvores de classificaÃÃo, feitas de acordo com o subtipo histolÃgico, mostraram que em tumores do subtipo difuso, cepas cagE+ e virB11+ (separados ou em concomitÃncia) tambÃm estavam associadas a um carÃter metilador em alguns dos genes analisados. Jà cepas virB11+cagA+ nÃo levavam à metilaÃÃo em dois genes. Nos tumores do subtipo intestinal, nÃo foi observado um padrÃo, havendo uma variaÃÃo nas combinaÃÃes dos genes de H. pylori que levavam à metilaÃÃo. Os SNPs de CDH1 e nÃo apresentaram relaÃÃo com a metilaÃÃo desses gene, enquanto o genÃtipo GA de MLH1 apresentou uma tendÃncia à nÃo metilaÃÃo do gene. Quanto à metilaÃÃo do promotor de miR-34b/c, a distribuiÃÃo dos casos por percentual mostrou que a maioria dos casos apresentou metilaÃÃo acima de 50%. A maior frequÃncia de casos entre os tumores do subtipo intestinal estava na faixa de metilaÃÃo de 50-75%, e para os do subtipo difuso, a partir de 75%. Jà a expressÃo de c-MET foi positiva em 86,36% dos casos, nÃo sendo encontradas diferenÃas entres as diferentes localizaÃÃes e subtipos. NÃo foi encontrada uma correlaÃÃo entre o percentual de metilaÃÃo de miR-34b/c e a expressÃo da proteÃna c-MET. Observando caso a caso, foi visto que na maioria dos casos cuja expressÃo de c-MET era negativa (H-score 0) possuia um elevado percentual de metilaÃÃo de miR-34b/c. Assim, pode-se concluir que os status de metilaÃÃo dos genes estudados parecem ser dependentes da localizaÃÃo tumoral e està relacionado tambÃm ao estadiamento TNM e ao subtipo tumoral. AlÃm disso, cepas de H. pylori mais virulentas podem estar envolvidas nesse processo, aumentando a resposta inflamatÃria e levando à metilaÃÃo desses genes. Jà a proteÃna c-MET està superexpressa em casos de cÃncer gÃstrico e a regiÃo promotora de miR-34b/c, hipermetilada, indicando um possÃvel envolvimento desses fatores na carcinogÃnese do estÃmago, embora nÃo tenha sido encontrada uma relaÃÃo direta entre as duas variÃveis.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-01Bitstream added on 2014-06-13T20:37:48Z : No. of bitstreams: 1 nozaki_dn_me_botfca.pdf: 633380 bytes, checksum: bdc6e8491f4a3d0e89a675dd36415ae2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O mal-do-panamá causado por Fusarium oxysporum Schlecht. f. sp. cubense (E. F. Smith) Snyder & Hansen é um dos problemas fitossanitários mais sérios da bananicultura mundial. Devido a esta doença, um dos manejos culturais recomendados para o cultivo da bananeira, é a formação da cultura em locais onde o patógeno ainda não foi detectado. Visando fornecer subsídios para futuros programas de manejo da cultura, este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética entre isolados monospóricos do gênero Fusarium sp., presentes em tecidos de plantas e em diferentes tipos de solo do norte de Minas Gerais. Foram utilizados 19 isolados de tecidos de bananeira, tomateiro, coqueiro e tamareira, e 63 isolados obtidos de solo. Também foram incluídos neste trabalho, 5 isolados de F. oxysporum de diferentes formae speciales (2 isolados de Fusarium oxysporum f. sp. cubense, 1 de Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum, 1 de Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli e 1 de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici) e 4 de F. solani de feijoeiro. Através de polimorfismo do DNA amplificado ao acaso (RAPD) e análise das seqüências de nucleotídeos dos espaços transcritos internos (ITS1/ITS2) do DNA ribossomal (5.8S rDNA), avaliou-se a variabilidade genética dos isolados. Foi utilizado o método RAPD com a combinação de sete “primers”, o que resultou 72 bandas polimórficas. Através desta análise foi possível obter 3 grupos geneticamente distintos, com ponto de ramificação superior a 50% de similaridade. No sequenciamento, os produtos de PCR foram realizados com os “primers” ITS4 e ITS5 para o rDNA, obtendo fragmentos de 550 a 600 pb em todos os isolados. A análise do consenso das seqüências da região ITS e do gene 5.8S do rDNA foram comparadas com seqüências do GenBank. Os dendrogramas gerado por agrupamento UPGMA com os de RAPD e... . / Panamá disease caused by Fusarium oxysporum Schlecht. f. sp. cubense (E.F. Smith) Snyder & Hansen is one of the most serious phytosanitary problems of banana culture worldwide. Due to this disease, culture formation in locals where the pathogen has not been detected yet is one of the culture management recommended for banana plant culture. Aiming at providing subsidies for future culture management programs, this work evaluated the genetic variability among monosporous isolate of Fusarium sp. present in plant tissues and in different types of soil in north of Minas Gerais state. Nineteen tissue isolates of banana plant, coconut tree and date palm, and 63 isolates of soil were used. It was also included in this work 5 isolates of F. oxysporum of different formae speciales (2 isolates of F. oxysporum f. sp. cubense, 1 of F. oxysporum f. sp. vasinfectum, 1 of F. oxysporum f. sp. phaseoli and 1 of F. oxysporum f. sp. lycopersici) and 4 of F. solani of bean plant. Through polymorphism of DNA amplified at random (RAPD) and nucleotides sequence analysis of ribossomal DNA (5.8SrDNA) internal transcripted spaces (ITS1/ITS2), isolates genetic variability was assessed. It was used the RAPD method with combination of seven primers, what resulted in 72 polymorphic ribbons. Through such analysis, it was possible to obtain 3 genetically different groups, with ramification point over 50% of similarity. In the sequence, PCR products were carried out with the primers ITS4 and ITS 5 for rDNA, obtaining fragments of 550 to 600 pb in all isolates. Sequences analysis of ITS region and gene rDNA 5.8S was compared to GenBank sequences. The dendrographs generated by UPGMA grouping with the RAPD ones and those of nucleotides sequences were much similar. There was no correlation of the groups formed in the dendrographs concerning geographic location and host plant... (Complete abstract, click electronic address below).

Orientador: Eiko Eurya Kuramae / Resumo: O mal-do-panamá causado por Fusarium oxysporum Schlecht. f. sp. cubense (E. F. Smith) Snyder & Hansen é um dos problemas fitossanitários mais sérios da bananicultura mundial. Devido a esta doença, um dos manejos culturais recomendados para o cultivo da bananeira, é a formação da cultura em locais onde o patógeno ainda não foi detectado. Visando fornecer subsídios para futuros programas de manejo da cultura, este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética entre isolados monospóricos do gênero Fusarium sp., presentes em tecidos de plantas e em diferentes tipos de solo do norte de Minas Gerais. Foram utilizados 19 isolados de tecidos de bananeira, tomateiro, coqueiro e tamareira, e 63 isolados obtidos de solo. Também foram incluídos neste trabalho, 5 isolados de F. oxysporum de diferentes formae speciales (2 isolados de Fusarium oxysporum f. sp. cubense, 1 de Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum, 1 de Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli e 1 de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici) e 4 de F. solani de feijoeiro. Através de polimorfismo do DNA amplificado ao acaso (RAPD) e análise das seqüências de nucleotídeos dos espaços transcritos internos (ITS1/ITS2) do DNA ribossomal (5.8S rDNA), avaliou-se a variabilidade genética dos isolados. Foi utilizado o método RAPD com a combinação de sete "primers", o que resultou 72 bandas polimórficas. Através desta análise foi possível obter 3 grupos geneticamente distintos, com ponto de ramificação superior a 50% de similaridade. No sequenciamento, os produtos de PCR foram realizados com os "primers" ITS4 e ITS5 para o rDNA, obtendo fragmentos de 550 a 600 pb em todos os isolados. A análise do consenso das seqüências da região ITS e do gene 5.8S do rDNA foram comparadas com seqüências do GenBank. Os dendrogramas gerado por agrupamento UPGMA com os de RAPD e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: Panamá disease caused by Fusarium oxysporum Schlecht. f. sp. cubense (E.F. Smith) Snyder & Hansen is one of the most serious phytosanitary problems of banana culture worldwide. Due to this disease, culture formation in locals where the pathogen has not been detected yet is one of the culture management recommended for banana plant culture. Aiming at providing subsidies for future culture management programs, this work evaluated the genetic variability among monosporous isolate of Fusarium sp. present in plant tissues and in different types of soil in north of Minas Gerais state. Nineteen tissue isolates of banana plant, coconut tree and date palm, and 63 isolates of soil were used. It was also included in this work 5 isolates of F. oxysporum of different formae speciales (2 isolates of F. oxysporum f. sp. cubense, 1 of F. oxysporum f. sp. vasinfectum, 1 of F. oxysporum f. sp. phaseoli and 1 of F. oxysporum f. sp. lycopersici) and 4 of F. solani of bean plant. Through polymorphism of DNA amplified at random (RAPD) and nucleotides sequence analysis of ribossomal DNA (5.8SrDNA) internal transcripted spaces (ITS1/ITS2), isolates genetic variability was assessed. It was used the RAPD method with combination of seven "primers", what resulted in 72 polymorphic ribbons. Through such analysis, it was possible to obtain 3 genetically different groups, with ramification point over 50% of similarity. In the sequence, PCR products were carried out with the "primers" ITS4 and ITS 5 for rDNA, obtaining fragments of 550 to 600 pb in all isolates. Sequences analysis of ITS region and gene rDNA 5.8S was compared to GenBank sequences. The dendrographs generated by UPGMA grouping with the RAPD ones and those of nucleotides sequences were much similar. There was no correlation of the groups formed in the dendrographs concerning geographic location and host plant... (Complete abstract, click electronic address below). / Mestre

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O cÃncer gÃstrico (CG) à a terceira causa de morte por cÃncer no mundo. A etiologia do CG à multifatorial sendo bem estabelecida a associaÃÃo com a infecÃÃo por Helicobacter pylori. A susceptibilidade genÃtica ao CG à postulado pela exposiÃÃo de uma grande proporÃÃo da populaÃÃo a fatores de risco, mas somente um grupo desenvolve essa neoplasia. Por outro lado, o carÃter patogÃnico de H. pylori à dado pela presenÃa da ilha de patogenicidade cag-PAI (cytotoxin associated gene pathogenicity island - cagPAI) bem como a variaÃÃo alÃlica vacA s1m1. Pelo lado do hospedeiro, polimorfismos genÃticos tÃm sido relacionados com o risco de CG, indicando que estas alteraÃÃes sÃo marcadores potenciais de susceptibilidade genÃtica nestes tumores, entretanto, poucos SNPs de enzimas de reparo sÃo estudadas. No contexto da carcinogenÃse gÃstrica, hà ainda que se considerar as diferenÃas com respeito a histopatologia, idade e gÃnero. Assim o objetivo deste trabalho à verificar a associaÃÃo dos SNPs em genes de reparo do DNA, APE1 2197(T>G) e MLH1 -93(G>A), adicionadas aos SNPs de CDH1 -160 (C>A) e -347 (G>GA) por ser uma proteÃna associada ao cÃncer difuso hereditÃrio, com a susceptibilidade genÃtica. Os subtipos histolÃgicos, idade e sexo foram dados importantes considerados para as anÃlises. O genÃtipo de H. pylori, foi determinado pela presenÃa dos genes cagA, cagE, cagG, cagT, virB11, vacA, oipA e hopQII sendo os genÃtipos de H. pylori considerado no estudo de risco e individualizada no Ãltimo estudo. Para isso, foram incluÃdos 285 pacientes com cÃncer gÃstrico e 391 controles saudÃveis pareados por idade e sexo (1:1ou 1:2) de duas regiÃes diferentes do Brasil: Cearà e ParÃ. Positividade para H. pylori em 87,71% dos casos. Foi observado no estudo de risco uma proteÃÃo para os tumores intestinais foi associado ao alelo G de APE1 (T>G) em mulheres com <55 anos e o alelo GA de CDH1 -347 (G>GA) para homens com &#8805; 55 anos de idade. Nos tumores difusos, o grupo com < 55 anos, o alelo A de MLH1 -93 (G>A) foi associado à proteÃÃo e o alelo G de APE1 (T>G) foi associado com o risco em homens neste grupo de idade. O alelo G de APE1 (T>G) tambÃm foi associado à ausÃncia de metÃstase a distÃncia e o alelo A de MLH1 (G>A) com ausÃncia de metÃstase em linfonodos regionais. No subtipo intestinal, pacientes portadores do alelo G de APE1(T>G) foram significativamente infectados por cepas menos virulentas. No estudo com as cepas de H. pylori a maioria dos casos possuiu a ilha completa independente do subtipo histolÃgico. Os genes cagA e cagE estavam presentes na maioria das cepas. Segundo as anÃlises atravÃs do mÃtodo da Ãrvore de classificaÃÃo, alguns genes como cagG e cagE (em cepas vacAs1) se mostraram fundamentais na separaÃÃo dos subtipos histolÃgicos de CG. A presenÃa dos genes cagG e cagE concomitantemente, ou ausÃncia de cagG in H. pylori parece classificar o tumor em intestinal. Enquanto que a presenÃa do gene cagG associado a ausÃncia de cagE classifica os tumores em difusos. O genÃtipo cagM (+) cagG (+) com a presenÃa do gene cagE classifica o tumor em intestinal , jà na ausÃncia de cagE, classifica os tumores em difusos. Em relaÃÃo aos genes de adesÃo houve uma maior frequÃncia do gene oipA, seguido de hopQI e hopQII. Em resumo, estes dados indicam que o genÃtipo de H. pylori , subtipo histolÃgico, idade e gÃnero sÃo importantes fatores a serem considerados em anÃlises com polimorfismos. E apesar da complexidade de explicar quais sÃo os fatores que contribuem para a separaÃÃo das cepas nos subtipos intestinal e difuso, à notÃrio que existem vias diferentes associadas a essas cepas. E que estes genes podem ser potenciais marcadores de diferentes subtipos histolÃgicos.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / Chromobacterium violaceum à classificada como uma &#946;-proteobactÃria, saprÃfita, comumente encontrada em solo de regiÃes de clima tropical e subtropical, produz vÃrios metabÃlitos de grande interesse biotecnolÃgico, dentre eles, a violaceÃna. Este trabalho consiste numa caracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de cinco cepas de Chromobacterium violaceum isolados nos MunicÃpios de TejussuÃca e BanabuiÃ, ambas, no Estado do CearÃ. A caracterizaÃÃo genotÃpica consistiu de sequenciamento da regiÃo rDNA 16S e anÃlises RFLP do gene recA. Para a caracterizaÃÃo fenotÃpica, foram realizados testes bioquÃmicos e susceptibilidade a antibiÃticos, a Ãleos essenciais de Lippia alba, bem como seus constituintes majoritÃrios. Com o sequenciamento, as cepas isoladas no estado do Cearà sÃo espÃcies de Chromobacterium violaceum. Por ser um gene conservado, o recA à utilizado como marcador molecular, fornecendo mais informaÃÃes na especificidade dos genoma bacterianos. Pela a anÃlise por RFLP, as cepas 1425, 1323, 2221 e a ATCC 12472 apresentaram trÃs fragmentos digeridos pela enzima, enquanto que as cepas 1221 e 1222 apresentaram dois fragmentos, indicando sequÃncias nucleotÃdicas diferentes para este gene conservado. As cincos cepas apresentaram caracterÃsticas fenotÃpicas iguais a Chromobacterium violaceum ATCC 12472, todas demonstraram ser resistentes a uma grande variedade de antibiÃticos &#946;-lactÃmicos e mais susceptÃveis as fluorquinolonas. Este à o primeiro trabalho na literatura cientÃfica que trata da aÃÃo antimicrobiana dos Ãleos essenciais da Lippia alba sobre a Chromobacterium violaceum, e pelos resultados obtidos, os Ãleos essenciais exerceram aÃÃo bactericida sobre todas as cepas, sugerindo ser uma possÃvel alternativa de tratamento nos casos de doenÃa provocada pela Chromobacterium violaceum, que na maioria dos casos à confundida pela classe mÃdica com a melioidose provocada pela Burkholderia pseudomallei.

Resumo: A família Rivulidae inclui atualmente 240 espécies válidas, sendo distribuídas desde o sul da Flórida (EUA) até o sul da Patagônia (Argentina). Dentro da família Rivulidae, o gênero de peixes anuais mais especioso é Simpsonichthys, compreendendo 56 espécies válidas. Devido sua ampla distribuição e a ocorrência de variação morfológica entre as espécies do gênero, foi sugerido a divisão deste grupo em cinco subgêneros: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias e Hypsolebias. Buscando levantar as primeiras informações genéticas para o gênero, o objetivo do trabalho foi inferir as relações filogenéticas do grupo na tentativa de testar a hipótese de divisão de Simpsonichthys em cinco subgêneros. Para tanto, indivíduos pertencentes ao gênero Simpsonichthys foram coletados ao longo de riachos costeiros da bacia do Leste do Brasil e tiveram seu DNA genômico extraído para a realização da reação de PCR, com o intuito de amplificar os genes de interesse (ATPase 8/6 e RAG-2). Os produtos de PCR obtidos com o gene mitocondrial (ATPase 8/6) foram sequênciados e as análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos Neighbour-Joining e Máxima Parcimônia, com 1000 réplicas de bootstrap, utilizando o modelo evolutivo Kimura-2- Parâmetros. Os resultados obtidos permitem inferir que a hipótese de divisão de Simpsonichthys é válida, e que o gênero é subdividido em sete subgêneros distintos. A topologia obtida apresentou dois clados, sendo o clado I composto pelo subgênero Hypsolebias, grupo S. magnificus, e o II contendo os subgêneros Hypsolebias, grupos S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) e S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) e Ophtalmolebias (IIF). As relações filogenéticas observadas foram: o clado I como grupo irmão de todo o clado II, e dentro do segundo clado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The family Rivulidae currently comprises 240 valid species, being distributed from southern Florida (USA) to the southern Patagonia (Argentina). Within the family Rivulidae, the genus of annual fish that is more specious is Simpsonichthys, comprising 56 valid species. Due to the wide distribution and occurrence of morphological variation among species of the genus, it was suggested to divide this group into five subgenus: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias and Hypsolebias. Seeking to raise the first genetic information for the genus, the aim of this study was to infer the phylogenetic relationships of the group in order to test the hypothesis of the division of Simpsonichthys into five subgenus. So, individuals belonging to the genus Simpsonichthys were collected along coastal streams of the East Brazilian basin and had their genomic DNA extracted to perform the PCR reaction to amplify the genes of interest (ATPase 8/6 and RAG-2). The PCR products (ATPase 8/6) were subjected to sequencing and phylogenetic analysis were performed by methods Neighbour-Joining and Máximum Parcimony, with 1000 bootstrap replicates, using the evolutionary model Kimura-2-Parameters. The results obtained allow us to infer that the hypothesis of division of Simpsonichthys is valid, and that the genus is divided into seven distinct subgenus. The topology obtained showed two clades, the clade I is composed of the subgenus Hypsolebias, group S. magnificus, and the II containing the subgenus Hypsolebias groups S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) and S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) and Ophtalmolebias (IIF). Phylogenetic relationships observed were: the clade I, composed by subgenus Hypsolebias (S. magnificus), appears as sister group of clade II, and within the... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Anderson Luis Alves / Coorientador: Patrícia P. Parise-Maltempi / Banca: Maria Rita de Cascia Barreto Netto / Banca: Marcio Cesar Chiachio / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:08:39Z : No. of bitstreams: 1 ponzetto_jm_me_rcla_parcial.pdf: 242120 bytes, checksum: 9ee242141ffd7b601c1d33861b554267 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:09Z: ponzetto_jm_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:26Z : No. of bitstreams: 1 000696856_20151201.pdf: 232016 bytes, checksum: 5f65468f370a6873831529b66b3a00d9 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:36Z: 000696856_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000696856.pdf: 1828460 bytes, checksum: dd52594af21a629a302fead3bdf5696b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Rivulidae inclui atualmente 240 espécies válidas, sendo distribuídas desde o sul da Flórida (EUA) até o sul da Patagônia (Argentina). Dentro da família Rivulidae, o gênero de peixes anuais mais especioso é Simpsonichthys, compreendendo 56 espécies válidas. Devido sua ampla distribuição e a ocorrência de variação morfológica entre as espécies do gênero, foi sugerido a divisão deste grupo em cinco subgêneros: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias e Hypsolebias. Buscando levantar as primeiras informações genéticas para o gênero, o objetivo do trabalho foi inferir as relações filogenéticas do grupo na tentativa de testar a hipótese de divisão de Simpsonichthys em cinco subgêneros. Para tanto, indivíduos pertencentes ao gênero Simpsonichthys foram coletados ao longo de riachos costeiros da bacia do Leste do Brasil e tiveram seu DNA genômico extraído para a realização da reação de PCR, com o intuito de amplificar os genes de interesse (ATPase 8/6 e RAG-2). Os produtos de PCR obtidos com o gene mitocondrial (ATPase 8/6) foram sequênciados e as análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos Neighbour-Joining e Máxima Parcimônia, com 1000 réplicas de bootstrap, utilizando o modelo evolutivo Kimura-2- Parâmetros. Os resultados obtidos permitem inferir que a hipótese de divisão de Simpsonichthys é válida, e que o gênero é subdividido em sete subgêneros distintos. A topologia obtida apresentou dois clados, sendo o clado I composto pelo subgênero Hypsolebias, grupo S. magnificus, e o II contendo os subgêneros Hypsolebias, grupos S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) e S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) e Ophtalmolebias (IIF). As relações filogenéticas observadas foram: o clado I como grupo irmão de todo o clado II, e dentro do segundo clado... / The family Rivulidae currently comprises 240 valid species, being distributed from southern Florida (USA) to the southern Patagonia (Argentina). Within the family Rivulidae, the genus of annual fish that is more specious is Simpsonichthys, comprising 56 valid species. Due to the wide distribution and occurrence of morphological variation among species of the genus, it was suggested to divide this group into five subgenus: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias and Hypsolebias. Seeking to raise the first genetic information for the genus, the aim of this study was to infer the phylogenetic relationships of the group in order to test the hypothesis of the division of Simpsonichthys into five subgenus. So, individuals belonging to the genus Simpsonichthys were collected along coastal streams of the East Brazilian basin and had their genomic DNA extracted to perform the PCR reaction to amplify the genes of interest (ATPase 8/6 and RAG-2). The PCR products (ATPase 8/6) were subjected to sequencing and phylogenetic analysis were performed by methods Neighbour-Joining and Máximum Parcimony, with 1000 bootstrap replicates, using the evolutionary model Kimura-2-Parameters. The results obtained allow us to infer that the hypothesis of division of Simpsonichthys is valid, and that the genus is divided into seven distinct subgenus. The topology obtained showed two clades, the clade I is composed of the subgenus Hypsolebias, group S. magnificus, and the II containing the subgenus Hypsolebias groups S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) and S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) and Ophtalmolebias (IIF). Phylogenetic relationships observed were: the clade I, composed by subgenus Hypsolebias (S. magnificus), appears as sister group of clade II, and within the... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Gustavo Campos e Silva Kuhn / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Resumo: Este estudo teve por objetivo investigar se os retrotransposons sem LTRs (NLTRs) Helena e BS estiveram envolvidos em eventos de transferência horizontal (HT) durante a diversificação concomitante pela qual passaram as espécies do subgrupo melanogaster, do grupo melanogaster de Drosophila, e do subgênero Zaprionus, na África Tropical. O modo de transposição dos elementos NLTRs, sem a formação de um DNA intermediário, é utilizado para explicar a escassez de relatos de HT desse tipo de elemento. Estudos anteriores evidenciaram alta taxa de HT de retrotransposons com LTRs em espécies dos dois grupos citados, o que fundamentou a hipótese que essas espécies passaram por uma fase permissiva à ocorrência de HT em decorrência da sobreposição geográfica e temporal que sofreram durante sua diversificação. Para testar essa hipótese, uma região do gene da transcriptase reversa dos retrotransposons sem LTRs Helena e BS foi utilizada para investigar a ocorrência de HT entre as espécies. As sequências foram obtidas de linhagens de Zaprionus, via sequenciamento, após amplificação e clonagem, e via análises in silico nos genomas de Drosophila disponíveis nos bancos de dados, ou via sequenciamento de genomas de espécies de Drosophila e de Zaprionus. Foram realizadas análises evolutivas (análises de divergência e estimativa dos tempos de divergência entre as sequências) e filogenéticas (inferência bayesiana e verossimilhança máxima), bem como análises de network para estimar as relações de... / Abstract: The aim of this study was to investigate whether the retrotransposons without LTRs (NLTRs) Helena and BS were involved in horizontal transfer (HT) events during the concomitant diversification of the species of the melanogaster subgroup of the Drosophila melanogaster group, and the subgenus Zaprionus, in Tropical Africa. The mode of transposition of the NLTRs, without the formation of a DNA intermediate, is used to explain the scarcity of HT reports of this type of element. Previous studies evidenced a high HT rate of LTRs retrotransposons in species of the two groups above cited, which supported the hypothesis that these species went through a permissive phase to the occurrence of HT, as a result of the geographical and temporal overlap that they suffered during their diversification. To investigate this hypothesis, a region of the reverse transcriptase gene of the NLTR retrotransposons Helena and BS was used to investigate the occurrence of HT between the species. Sequences were obtained from Zaprionus strains, via sequencing, after amplification and cloning, and via in silico analyzes in the Drosophila genomes available in the databases, or via sequencing of Drosophila and Zaprionus genomes. Evolutionary (divergence analyses and estimation of divergence times between sequences) and phylogenetic (Bayesian inference and maximum likelihood) analyses were performed, as well as network analyses to estimate the evolutionary relationships between the sequences and, thus, to test the hypothesis of HT. The results showed that there is (i) irregular distribution of the two elements in the genera Zaprionus and Drosophila, (ii) high similarity between the sequences of the melanogaster complex and the Zaprionus subgenus, (iii) incongruities between the phylogenies of the elements and host species, and iv) times of divergence between the sequences of the two species elements of the ... / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:34:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329868.pdf: 7837429 bytes, checksum: 89bcdac8e6e4a576d2010e572567a92e (MD5) Previous issue date: 2014 / As cucurbitacinas são moléculas naturais para as quais são atribuídas diversas atividades biológicas. Na busca de um composto com potencial atividade antitumoral, este trabalho foi direcionado para a obtenção de derivados glicosilados de di-hidrocucurbitacina B (DHB). Nesse sentido, estratégias utilizadas na química medicinal, tais como modificação de grupos funcionais e extensão de cadeia foram utilizadas. Através de reação seletiva de oxidação em C-16, obteve-se o derivado de DHB 2, o qual foi submetido à reação de O-glicosilação com doadores monossacarídicos derivados de D-glicose (a), D-galactose (b), D-manose (c) e L-arabinose (d). Foram utilizadas diversas metodologias de O-glicosilação descritas na literatura, dentre elas, metodologias clássicas como Köenigs-Knorr, Helferich e Schmitd. O derivado galactosídeo 15 de DHB foi obtido com 3% de rendimento, através de reação do composto 2 e o doador monossacarídico tricloroacetimidato de galactose 9b, utilizando TMSOTf como promotor. O derivado azida de DHB 3 foi obtido em duas etapas, a partir do composto 2. Este produto, por sua vez, foi submetido à reação de cicloadição, para formação do anel 1,2,3-triazol-1,4-dissubstituído, com as séries de monossacarídeos contendo alcino terminal 10a-d e 18a-d. Os produtos 16a-d e 19a-d foram obtidos utilizando a estratégia de "Click Chemistry", suas estruturas foram confirmadas por espectroscopia de RMN, IV, e por espectrometria de massas de alta resolução (ESI-TOF). Os produtos 15, 16a-d e 19a-d são compostos inéditos e serão enviados para teste de atividade citotóxica frente à três linhagens de células tumorais.<br> / Abstract: Cucurbitacins are natural molecules to which are attributed many biological activities. In a search for a compound with potential antitumor activity, this work aims to obtain glycosylated derivatives of di-hidrocucurbitacina B (DHB). Thus, Medicinal Chemistry strategies, such as modification of functional groups and chain extension were used. DHB derivative 2 was obtained by selective oxidation reaction at C-16 position. O-glycosylation of 2 with the monosaccharidic donors derived from D-glucose (a) D-galactose (b) D-mannose (c) and L-arabinose (d) were performed. Different methodologies described in the literature, such as classical Koenigs-Knorr, Helferich and Schmitd reactions were tested. The galactoside DHB derivative 15 was obtained with 3% yield by reaction of compound 2 and trichloroacetimidate monosacharidic donor 9b, using TMSOTf as promoter. DHB azide derivative 3 was obtained in two steps from 2. The azide derivative were used for cycloaddition reaction to the formation of the 1,2,3-triazole ring ,1,4-disubstituted, with the series of monosaccharides containing terminal alkyne 10a-d and 18a-d. The products 16a-d and 19a-d were obtained using "Click Chemistry" strategy, and confirmed by NMR spectroscopy, IR and high resolution mass spectrometry (ESI-TOF). The products 15, 16a-d and 19a-d are novel compounds and will be evaluated for their cytotoxic activity against three tumor cell lines.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-08Bitstream added on 2014-06-13T21:03:46Z : No. of bitstreams: 1 alonso_dp_dr_botib.pdf: 2450212 bytes, checksum: 69bde7499141345fa0f0677e44f46b4f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A leishmaniose é uma doença parasitária causada por protozoários do gênero Leishmania, e transmitida através da picada de fêmeas de mosquitos da família Plebotomidae. As formas clínicas da leishmaniose são particularmente variadas tendo como forma mais grave a leishmaniose visceral (LV) ou calazar. No Brasil a LV é causada pelo protozoário L.infantum chagasi e transmitida pelo flebotomíneo Lutzomyia longipalpis, os principais reservatórios que participam do ciclo zoonótico são canídeos selvagens e cães domésticos. O fato de as leishmanioses, de uma maneira geral, apresentarem um amplo espectro no que diz respeito à sintomatologia da doença, aliado a grande diversidade das espécies de hospedeiros infectados, sugere a presença de variantes genéticas do parasita. No caso da leishmaniose visceral, por exemplo, variantes genotípicas de L.infantum chagasi interagindo com diferentes espécies de hospedeiros podem ter papel fundamental na dinâmica de transmissão e virulência de possíveis epidemias. O presente estudo teve como meta identificar possíveis variantes genotípicas de L. infantum chagasi presentes na área endêmica de Teresina no Estado do Piauí, e comparar com os genótipos encontrados em Campo Grande no Estado de Mato Grosso do Sul e Bauru no Estado de São Paulo, visto que a história natural da doença nessas regiões é muito mais recente do que no Estado do Piauí. O estudo utilizou marcadores microssatélites já descritos na literatura, seqüenciamento de regiões gênicas codificantes e não-codificantes e também a técnica de PCR-RFLP do DNA do cinetoplasto (kDNA) do parasita, para a obtenção de perfis genéticos que possibilitem relacionar as diferenças genotípicas com as diferentes origens geográficas dos parasitas isolados como um primeiro passo para a eleição e aplicação de um marcador molecular robusto para o estudo populacional... / Leishmaniasis is a parasitary disease caused by Leishmania protozoans and transmitted by female Phebotomidae sandflies. Clinical manifestations are particularly diverse, being visceral leishmaniasis (VL) the most severe form. In Brazil VL is caused by Leishmania infantum chagasi and transmitted by Lutzomyia longipalpis sandfly; the main zoonotic reservoirs are dogs and wild canids. Due to a broad range of disease manifestations and great variety of host species infected, Leishmania parasites are thought to possess great genotypic variability. This is of major significance in epidemiological features and in disease transmission. The aim of this study is to identify different genotypic strains of L. infantum chagasi in endemic areas of Teresina, Piauí State; Campo Grande, Mato Grosso do Sul State and Bauru, São Paulo State, and after that, select an appropriate molecular marker in order to study population genetics of L. infantum chagasi in Brazil. Microsatellites markers, sequencing of DNA coding and non-coding regions and PCR-RFLP of kinetoplast DNA (kDNA) were used in order to compare genetic profiles in parasites from different geographical origins. Among all this techniques, kDNA PCRRFLP has shown greater performance, and was able to detect a clear distinction in Teresina isolates when compared to Campo Grande and Bauru isolates