Orientador: Rogério Caetano da Costa / Coorientador: Mariana Terossi Rodrigues Mariano / Banca: Rafael Robes / Banca: Gustavo Luis Hirose / Resumo: A dificuldade maior na identificação dos camarões-rosa Farfantepenaeus brasiliensis e F. paulensis ocorre principalmente na fase juvenil, quando os caracteres sexuais secundários ainda encontram-se em formação e o único modo de discerni-las é por meio da observação do sulco dorsal do sexto somito. Assim, para o presente estudo propôs-se verificar, por meio de técnicas moleculares e morfométricas, a identidade de F. brasiliensis e F. paulensis. Adicionalmente, foram comparados os estoques populacionais das espécies em questão em três diferentes localidades ao longo da costa da região Sudeste, no estado de São Paulo. Foi realizada a extração do DNA genômico, amplificação do gene COI (usado também para o sistema de DNA Barcoding), purificação e sequenciamento. As análises realizadas (rede de haplótipos, análise de distância genética e pelo dendrograma) não mostraram variabilidade genética entre os estoques populacionais. F. brasiliensis e F. paulensis são espécies válidas; o gene COI é eficiente para separar tais espécies; não há variação genética entre as localidades amostradas para as duas espécies e os caracteres tradicionais não permitem a correta identificação dos juvenis das duas espécies. Considerando somente a identidade molecular da espécie, todas as variáveis mensuradas para a morfometria tradicional foram significativas na separação dos grupos analisados. A análise de discriminante demonstrou diferenças estatísticas entre as duas espécies estudadas (p<0,05). As análises de morfometria geométrica na forma da carapaça dos indivíduos de F. brasiliensis e F. paulensis resultaram em 16 relative warps e 2 componentes uniformes. Não foram encontradas diferenças visíveis na forma da carapaça entre as duas espécies analisadas, tanto para machos quanto para fêmeas. Ao contrário do esperado, as estruturas apontadas pelas morfometrias (tradicional e geométrica) como ... / Abstract: The greatest difficulty in identifying the pink shrimps Farfantepenaeus brasiliensis and F. paulensis occurs mainly in the juvenile stage, when secondary sexual characters are still in formation and the only way to separate them is by observing the dorsal furrow of the sixth somite. In this way, the present study aimed to verify the identity of F. brasiliensis and F. paulensis, using molecular and morphometric techniques. Additionally, it was also compared the population stocks of these species at three different regions along the coast of the Southeastern region, at São Paulo State. Extraction of genomic DNA, amplification of the COI gene (also used for DNA Barcoding system ), purification and sequencing were performed . The analyzes (haplotype network , analysis of genetic distance and dendrogram ) showed no genetic variability among the population stocks. F. brasiliensis and F. paulensis are valid species, the COI gene is efficient to separate such species, there is no genetic variation among the sampled sites for both species and the traditional characters do not allow the correct identification of both species juveniles. Considering only the molecular identity of the species, all variables measured for the traditional morphometry were significant in separating the groups analyzed. The discriminant analysis showed significant differences between the two species studied (p < 0.05). The geometric morphometric analysis of the carapace shape of individuals of F. brasiliensis and F. paulensis resulted in 16 relative warps and 2 uniform components. There were no differences in the shape of the carapace between the two species analyzed, both for males and females. Contrary to the expected, the structures identified by morphometric (traditional and geometrics) as significantly different among individuals were very subjective and they were not reliable for the identification of F. brasiliensis and F. paulensis. However, when analyzing the ... / Mestre

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Orientador: Alexandre de Kochko / Coorientador: Romain Guyot / Banca: Maura Helena Manfrin / Banca: Diana Fernandez / Banca: Gustavo Kuhn / Banca Maria Pilar Garcia Guerreiro / Resumo: A história evolutiva das angiospermas é marcada por rápida e ampla diversificação, cujo background deve-se à ação de numerosos fatores; dentre esses, os elementos de transposição (TEs) têm sido considerados como um dos agentes mais importantes. TEs podem compor grandes porções do genoma de plantas e, dessa forma, desempenhar um papel importante na promoção da diversidade genética. O objetivo deste estudo foi investigar a dinâmica evolutiva de TEs ativos em espécies do gênero Coffea. Uma ampla análise da distribuição e evolução de um retrotransposon com LTR (LTR-RT), o elemento Copia25, foi realizada em genomas de plantas. Copia25 é amplamente distribuído na família Rubiaceae, e, está presente em espécies distantemente relacionadas pertencentes às subclasses Asteridae e Rosidae, e à classe das monocotiledôneas. Em particular, foi observada uma incongruência envolvendo sequências Copia25 de espécies do gênero Musa, uma monocotiledônea, e do gênero Ixora, uma dicotiledônea (Rubiaceae), que seria devido a um evento de transferência horizontal (HT) entre essas espécies ou entre suas linhagens ancestrais. Copia25 apresenta dinâmica evolutiva complexa em angiospermas, cuja história incluiria conservação de sequências, perdas estocásticas e HT. Dez LTR-RTs foram anotados no genoma de C. canephora e tiveram seus perfis insercionais obtidos, usando os métodos de IRAP e REMAP, em genótipos das espécies progenitoras, C. canephora e C. eugenioides, e do alotetraploide, C. arabica. Perdas de inserções teriam ocorrido no alotetraploide, sendo essas mais significativas em cinco das dez famílias investigadas, e observou-se, ainda, a ocorrência de alterações direcionais nos subgenomas, sendo mais frequentes as ocorridas no subgenoma maternal, C. eugenioides. O presente trabalho contribui para o entendimento da evolução dos LTR-RTs nos genomas, da colonização de novos genomas por esses elementos,... / Abstract: The evolutionary history of the angiosperms is characterized by its rapid and broad diversification, whose background is due to the action of numerous factors; among them, the transposable elements (TEs) have been considered as one of the most important agents. TEs might compose large portions of the plant genomes, and play an important role in promoting genetic diversity. The aim of this study was to investigate the evolutionary dynamics of active TEs in the Coffea species. In the first chapter, are presented the results of an extensive analysis of the distribution and evolution in plant genomes of a retrotransposon with LTR (LTR-RT), the Copia25. Copia25 is widely distributed in the Rubiaceae family, and is present in distantly related species belonging to the Rosidae and Asteridae subclasses, and the class of monocotyledons. In particular, it was observed an incongruity involving Copia25 sequences of Musa species, a monocot, and Ixora species, a dicot (Rubiaceae), which could be due to horizontal transfer (HT) between these species or their ancestral lineages. Copia25 has a complex evolutionary dynamics in angiosperms, whose history could include conservation sequences, stochastic loss and HT. Ten LTR-RTs were annotated in C. canephora genome and had their insertional profiles obtained, using IRAP and REMAP methods, in genotypes of the parental species, C. canephora and C. eugenioides, and the allotetraploid, C. arabica. Losses of insertions could have occurred in the allotetraploid, these being more significant in five out of ten families studied, and also was observed the occurrence of directional changes in progenitors subgenomes, being more frequent those occurred in maternal subgenome, C. eugenioides. This study contributes to the understanding of the evolution of LTR-RTs within genomes, the colonization of new genomes for these elements as well as its evolutionary dynamics in a newly originated genome / Doutor

Orientador: Lúcia Helena O'Dwyer / Coorientador: Karina dos Santos Paduan / Banca: Lúcio André Viana Dias / Banca: Luciano Alves dos Anjos / Banca: Reinaldo José da Silva / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Resumo: Hepatozoon spp. são parasitas que comumente infectam anfíbios anuros e artrópodes hematófagos. Possuem como uma das características a grande variabilidade morfológica e morfométrica e, devido a estas variações, a denominação correta da espécie é prejudicada. Assim, a visualização do ciclo esporogônico no vetor é a principal forma de resolver este problema. Recentemente, a utilização da genética molecular tem ajudado na denominação de espécies. Neste trabalho coletamos 145 anuros (68 Leptodactylus chaquensis e 77 Leptodactylus podicipinus) em dois diferentes locais de coleta, onde foram encontrados 18 (26,5%) L. chaquensis e 24 (31,3%) L. podicipinus positivos para o parasita. Além de gamontes, também foram observadas formas esquizogônicas nos órgãos dos animais. A diferença de prevalência entre os locais de coleta nas diferentes espécies de anuros não se mostrou estatíscamente significativa. Comparando os gamontes encontrados em cada espécie de anuro, observamos diferenças na morfologia. Infelizmente, não foi possível a comparação a nível molecular para L. podicipinus devido à pequena quantidade de sangue obtido, apenas L. chaquensis teve o DNA de seus parasitas sequenciados. Diante disso, vimos que embora a morfologia e morfometria do parasita em cada local coletado mostrassem diferenças, quando realizamos o sequenciamento, as amostras obtidas foram idênticas, ao passo que quando comparadas à espécies depositadas no GenBank, nossas amostras foram bem diferentes / Abstract: Hepatozoon spp. are parasites that commonly infect frogs and arthropod vectors. This species has variability in morphological and morphometric characteristics. Due to these variations the name of the species is thus impaired and only by visualizing the sporogonic cycle in vector can be solved this problem. Recently the use of molecular genetics has helped the denomination of species. In this work we collected 145 frogs (68 Leptodactylus chaquensis and 77 Leptodactylus podicipinus) in different sampling sites, where they were found 18 (26.5%) L. chaquensis and 24 (31.3%) L. podicipinus positive for parasites. Besides of gamonts, schizogonic forms also were seen in organs of animals. The positivity difference between the sites for different frog species were not significant. Comparing gamonts found in each species of anuran, we observed differences in morphology. Unfortunately it was not possible in the molecular level comparation for L. podicipinus due to small amount of blood obtained, just L. chaquensis have had their DNA sequenced parasites.Therefore, we have seen that, although the morphology and morphometry of the parasite collected at each site showed differences, the sequencing of these samples revealed identical species of Hepatozoon, and different compared to those from GenBank. We also emphasize that the collection points did not influence the presence of this parasite, even located at a distance of approximately 76 km apart one of other / Doutor

Orientador: Eduardo Bagagli / Coorientador: / Banca: Angela Maria Victoriano de Campos Soares / Banca: Raquel Cordeiro Theodoro / Banca: Julhiany de Fatima da Silva / Banca: Gilda Maria Barbaro Del Negro / Resumo: A paracoccidioidomicose, uma das mais importantes micoses sistêmicas da América Latina, é causada pelas espécies crípticas Paracoccidioides brasiliensis e P. lutzii. Ainda não é claro como o processo de especiação dentro do gênero Paracoccidioides influi em aspectos como virulência e patogenia da doença. O objetivo deste trabalho é caracterizar algumas dessas diferenças entre as duas espécies crípticas, utilizando-se de modelo experimental alternativo, as larvas da traça de cera Galleria mellonella. Este modelo tem sido utilizado em estudos envolvendo outros patógenos, porém ainda é pouco explorado em Paracoccidioides spp. No presente estudo, G. mellonella refletiu diferenças entre a virulência de cargas fúngicas distintas, bem como dentre isolados variados e destes com os grupos controle. Além disso, foi possível a recuperação do patógeno a partir de larvas experimentalmente infectadas. Isolados P. lutzii apresentaram níveis de virulência variáveis, sendo pertencentes a esta espécie os isolados com maior e menor virulência observadas neste estudo (8334 e Pb01, respectivamente). Já os isolados pertencentes a espécie P. brasiliensis (Pb339, Pb192 e T15LN1) apresentaram taxas de mortalidade mais homogêneas e intermediárias. Tais resultados credenciam as larvas de G. mellonella como modelo de experimentação adequado para o estudo do processo de virulência em Paracoccidioides spp. Ainda, foi realizado knockdown do gene codificador da gp43 (PbGP43), o antígeno imunodominante em P. brasiliensis e do seu homólogo em P. lutzii (PlP43) utilizando-se a estratégia de RNA antisense combinada com transformação mediada por Agrobacterium tumefaciens. Foram obtidos três transformantes P. brasiliensis com expressão de PbGP43 de cerca de 8%, 14% e 36% quando comparados com a expressão do isolado selvagem original Pb192. Além disso foram obtidos dois transformante P. lutzii com expressão de PlP43 por volta de 23% e... / Abstract: Paracoccidioidomycosis (PCM), an important systemic mycosis in Latin America, is caused by the cryptic species Paracoccidioides brasiliensis and P. lutzii. How these species differ in their virulence factors is still unknown and needs to be properly evaluated. While the role of PbGP43, which codes gp43, as a virulence factor is relatively well established for P. brasiliensis, the same is not true for its ortholog in P. lutzii, namely PlP43. PbGP43 and PlP43 present differences in their nucleotide sequences, expression levels, epitope occurrence and influences on PCM diagnosis. Herein, we obtained PbGP43 and PlP43 knockdown strains by antisense RNA technology combined with ATMT, in order to comparatively evaluate their effects on virulence, employing the alternative experimental host Galleria mellonella larvae. Our results suggest that p43 is important in the P. lutzii infectious process, as previously demonstrated by gp43 in P. brasiliensis. We confirmed G. mellonella as a useful model for studying P. brasiliensis and P. lutzii virulence, since it reflects variation between inoculum size and different strains, as well as between wild-type and respective knockdown transformant strains. Virulence levels may vary among isolates of the same species, probably reflecting that the physiological condition is more important than the species effect. Re-isolation of Paracoccidioides from experimentally infected G. mellonella larvae is possible and might be useful for epigenetic studies related to infection / Doutor

Submitted by Ana Caroline Costa (ana_caroline212@hotmail.com) on 2018-11-30T18:44:39Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-12-03T13:14:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-03T13:14:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaylla Horbylon Nascimento - 2017.pdf: 2748481 bytes, checksum: 12679d6d81f935cee0a82be36ee7480a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-12-12 / Outro / Paracoccidioides comprises the genus of fungi causing paracoccidioidomycosis. The research of new treatments, especially those based on inhibition of metabolic pathways important for microorganisms has gained prominence and the aspartate pathway, necessary for the biosynthesis of threonine, isoleucine and methionine in microorganisms, is not found in humans. Catalyzing the second step of this pathway, we found aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH), which has not yet been characterized in Paracoccidioides spp. and has no substituents in its catalytic function in the aspartate pathway. Thus, it is of interest the determination of its biological properties experimentally that their biological properties be determined experimentally. ASADH from Pb18 was cloned into vector pGEX-4T3, expressed in E. coli Stellar cells and purified on a glutathione-sepharose column. Then, antibodies were produced and used in Western blot assay to confirm protein expression. The pull-down-GST assay was performed and allowed the identification of complexes of interactions between ASADH and soluble proteins present in total protein extract of the yeast form of Pb18. Interactions with proteins of several functional categories, among them those related to the metabolism of threonine, isoleucine and methionine, were found, reinforcing the performance of ASADH in the amino acid biosynthesis of Pb18, as well as proteins related to substrate supply to the aspartate pathway and proteins that use metabolites of this pathway. Interactions with proteins involved in other metabolic pathways were also observed, as well as unprecedented interactions, suggesting the importance of ASADH in the functional processes of microorganisms. / Paracoccidioides compreende o gênero de fungos causadores da paracoccidioidomicose. A pesquisa de novos tratamentos, sobretudo aqueles baseados em inibição de vias metabólicas importantes para micro-organismos, tem ganhado destaque e a via do aspartato não é encontrada em humanos. A via do aspartato é necessária para a síntese de treonina, isoleucina e metionina. Catalisando o segundo passo dessa via, encontramos a aspartato semialdeído desidrogenase (ASADH), que ainda não foi caracterizada em Paracoccidioides spp. e não possui substituintes em sua função catalítica na via do aspartato. Assim, é de interesse que suas propriedades biológicas sejam determinadas experimentalmente. A ASADH proveniente de Pb18 foi clonada em vetor pGEX-4T3, expressa em células E. coli Stellar e purificada em coluna de glutationa-sefarose. Em seguida, anticorpos foram produzidos e utilizados em ensaio de Western-blot para confirmar a expressão proteica. O ensaio de pull-down-GST foi realizado e permitiu a identificação de complexos de interações entre a ASADH e proteínas solúveis presentes em extrato proteico total da forma de levedura de Pb18. Foram encontradas interações com proteínas de diversas categorias funcionais, dentre elas relacionadas ao metabolismo de treonina, isoleucina e metionina, reforçando a atuação da ASADH na biossíntese de aminoácidos de Pb18, bem como proteínas relacionadas ao fornecimento de substrato para a via do aspartato e proteínas que utilizam os metabólitos dessa via. Também foram observadas interações com proteínas envolvidas em outras vias metabólicas, assim como interações inéditas, sugerindo a importância de ASADH nos processos funcionais de micro-organismos.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_otavio_martins_cruz.pdf: 364672 bytes, checksum: 4c494367518aef716a4090f1f8e5da0e (MD5) Previous issue date: 2012-10-25 / The spontaneous abortion (SA) is characterized as a loss of fetal product before 20 weeks of gestation and its etiology has not completely understood. Numerous studies have shown that polymorphisms in the gene of the enzyme metilenotetrahydrofolate reductase (MTHFR) are involved in susceptibility to AE. Then, the present study was conducted to evaluate the polymorphisms 677C>T and 1298A>C MTHFR gene and their associations in susceptibility to spontaneous abortion in a sample of women in the South of Brazil in a casecontrol approach. Ninety-eight women with SA (cases) and two hundred and twenty-seven healthy women with no history of miscarriage (controls) were studied. Genotyping of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C polymorphisms were analyzed by allele discrimination with TaqMan® pre-designed probes in Real Time PCR. The results showed that there was not difference in the distribution of allelic and genotypes frequencies of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C SNPs between cases and control group. It was observed an increase in the risk of SA in relation to genotype THFR1298CC when compared to genotype MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%CI: 1,04; 1,23; p=0.02). Moreover, the classification of the type of abortion is different between genotypes of MTHFR1298A>C polymorphism (p = 0.03). In the control group, non-electron carriers of 677T allele have a higher number of pregnancies than women 677T (p = 0.04). The results presented in our work suggests that the CC genotype of polymorphism MTHF1298A > C is associated with increased risk of SA. However, the polymorphism MTHFR677C>T is not involved in the occurrence of miscarriage in studied population. / O aborto espontâneo (AE) é caracterizado como a perda do produto fetal antes de 20 semanas de gestação e sua etiologia não é completamnete esclarecida. Inúmeros estudos têm demonstrado que polimorfismos no gene da enzima metilenotetraidrofolato redutase (MTHFR) estão envolvidos na susceptibilidade ao AE. Dessa forma, o presente trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar os polimorfismos 677C>T e 1298A>C do gene da MTHFR e suas associações na susceptibilidade ao aborto espontâneo em uma amostra de mulheres do Sul do Brasil em uma abordagem de caso-controle. Noventa e oito mulheres com AE (casos) e duzentas e vinte sete mulheres saudáveis e sem histórico de aborto espontâneo (controles) foram estudadas. A genotipagem dos polimorfismos MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C foi analisada através da técnica de discriminação alélica com uso de sondas pré-desenhadas TaqMan® por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que não houve diferença na distribuição das frequências dos alelos e dos genótipos dos SNPs MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C entre os casos e o grupo controle. Foi observado um aumento do risco de AE em relação ao genótipo MTHFR1298CC quando comparado ao genótipo MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%IC: 1,04; 1,23; p=0.02). Além disso, a classificação do tipo de aborto é diferente entre os genótipos do polimorfismo MTHFR1298A>C (p = 0,03). No grupo controle, mulheres não-carreadoras do alelo 677T apresentam um maior número de gestações do que mulheres 677T (p = 0,04). Os resultados apresentados neste trabalho sugerem que o genótipo CC do polimorfismo MTHF1298A>C é associado ao aumento do risco do AE, entretanto, em nossa população, o polimorfismo MTHFR677C>T não está envolvido na ocorrência do aborto espontâneo.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Miguel Soto.pdf: 3392628 bytes, checksum: 62e83dd8713fab1173dd8f45d005072c (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Within the great biodiversity of freshwater fish of South America, the Characidae family has been one of the most controversial groups taxonomically. In the trans-Andean country of Chile, the family is represented only by the Cheirodontinae of the genus Cheirodon and its five species, of which C. pisciculus, C. galusdae, C. kiliani and C. australe are endemic, and C. interruptus is native to the Atlantic basins of Argentina, Uruguay and Brazil. In order to contribute to the description of the evolutionary relationships and taxonomic delimitation of the species of genus Cheirodon present in Chile, the karyotypes of these five species are described for the first time and compared by their diploid number, chromosomic morphology, C bands, Nucleolar Organizer Regions (Ag-NOR) and the rDNA 5S and 18S marking by fluorescence in situ hybridization (FISH). For all the analyzed species the diploid number was 50 chromosomes, varying in the karyotype formula among the metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The number of chromosome arms was 68 in C. australe and C. kiliani and 66 in C. galusdae, C. pisciculus and C. interruptus. The presence and distribution of constitutive heterochromatin was similar in the five species, being observed mainly in the centromeres and telomeres. Variation in the number and distribution of the 5S and 18S rDNA regions was observed, being those two clusters on different chromosomes or in syntenia. It was also observed a variation in the activity of RONs, being found in C. kiliani and C. galusdae, the highest level of relative activity. There is a greater karyotype similarity between the two species that living more to the south in relation to those with the most central and north distribution, evidencing a reflection of hydrograph formation and species isolation. / Dentro da grande biodiversidade de peixes de água doce de América do Sul,a família Characidae tem sido um dos grupos mais controversos taxonomicamente. No país transandino Chile, a família é representada apenas pelos Cheirodontinae do gênero Cheirodon e suas cinco espécies, das quais C. pisciculus, C. galusdae, C. kiliani e C. australe são endêmicas. No entanto C. interruptus é originaria das bacias atlânticas da Argentina, Uruguai e Brasil. Para contribuir na descrição das relações evolutivas e delimitação taxonômica das espécies do gênero Cheirodon presentes no Chile, são descritos pela primeira vez os cariótipos destas cinco espécies e comparados segundo seu número diplóide, morfologia cromossômica, bandas C, Regiões Organizadoras do Nucléolo (Ag-RON) e a marcação de DNAr 5S e 18S por hibridação in situ fluorescente (FISH). Para todas as espécies analisadas o número diplóide foi de 50 cromossomos, variando na fórmula cariotípica entre os tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. O número de braços cromossômicos foi de 68 em C. australe e C. kiliani e de 66 em C. galusdae, C. pisciculus e C. interruptus. A presença e distribuição da heterocromatina constitutiva foi similar nas cinco espécies, sendo observada principalmente nos centrômeros e telômeros. Foi observada variação no número e distribuição das regiões de DNAr 5S e 18S, podendo esses dois clusters estar em cromossomos diferentes ou em sintenia. Também foi observada variação na atividade das RONs, sendo encontrado em C. kiliani e em C. galusdae, o maior nível de atividade relativa. Existe maior similaridade cariotípica entre as duas espécies ocorrentes mais ao sul do que destas em relação àquelas mais centrais e ao norte, mostrando um reflexo da formação da hidrografia e isolamento das espécies.

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Resumo: Além dos cromossomos do complemento padrão A, alguns organismos possuem elementos genômicos extras chamados cromossomos B. Estes elementos enigmáticos estão presentes em aproximadamente 15% das espécies de eucariotos. Os mecanismos moleculares que norteiam o aparecimento e a evolução destes segmentos podem envolver silenciamento gênico, heterocromatinização, acúmulo de DNA repetitivo e transposons. O presente estudo se inseriu no programa de estudos de citogenética e genética molecular de peixes Neotropicais em desenvolvimento no Laboratório de Biologia e Genética de Peixes (IBB/UNESP/Botucatu, SP) e teve como objetivo o estudo da estrutura molecular e citogenética dos cromossomos B de Astyanax paranae. Análises citogenéticas clássicas e moleculares foram realizadas em exemplares desta espécie provenientes do rio Capivara, Bacia do rio Tietê (Botucatu-SP), revelando um número diploide padrão de 2n=50 cromossomos (8m+12sm+14st+16a e NF=84). Além disso, cromossomos supranumerários foram encontrados nas células de treze indivíduos (12 fêmeas e 1 macho) entre as 50 amostras analisadas, podendo se apresentar em duas variantes, uma metacêntrica (Bm) e uma submetacêntrica (Bsm). O bandamento C evidenciou blocos de heterocromatina constitutiva principalmente na região terminal do braço longo dos cinco primeiros pares de cromossomos acrocêntricos e no cromossomo B. O mapeamento do DNAr 18S evidenciou sítios em alguns cromossomos A, além de estar presente em ambas as extremidades dos cromossomos supranumerários e nos pares 2 e 23. O DNAr 5S foi localizado na região pericentromérica dos cromossomos do par 2 e no braço curto dos cromossomos do par 20, estando ausente no cromossomo B. Sequências para as histonas H1, H3 e H4 foram observadas co-localizadas nos braços curtos dos cromossomos dos pares 2 e 23. Foram verificados sítios de histona H1 na região pericentromérica dos cromossomos Bm e Bsm. O elemento ... / Abstract: In addition to the standard complement of chromosomes A, some organisms have extra genomic elements called chromosomes B. These cryptic elements are present in approximately 15% of eukaryotic species. The molecular mechanisms that govern the evolution of these segments may involve gene silencing, heterocromatinization, accumulation of repetitive DNA and transposons. The present study was inserted in the general studies program of cytogenetics and molecular genetics of Neotropical fishes in development at the Laboratory of Biology and Genetics of Fishes (IBB/UNESP/Botucatu, SP) and aimed to study the molecular structure of B chromosomes and cytogenetics of Astyanax paranae. Classical and molecular cytogenetic analyzes were performed on specimens of this species from the Capivara River, Tietê River Basin (Botucatu-SP), revealing a pattern diploid number of this species of 2n=50 chromosomes, with the karyotype formula identified by 8m+12sm+14st+16a and FN=84. Furthermore, supernumerary chromosomes found in the cells of thirteen samples (12 females and 1 male), and may appear in two variants, one metacentric (Bm) and a submetacentric (Bsm). The C-banding showed blocks of constitutive heterochromatin mainly in the terminal region of the long arm of the first five pairs of acrocentric chromosomes and in the B chromosome. The 18S rDNA mapping showed sites on some chromosomes, and ... / Mestre

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T15:51:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2014-03-10T16:23:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-10T16:23:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoImunohistoquimicaAtividade.PDF: 1932325 bytes, checksum: 69c3e8a8eb0bb294e0d6240088b6bbb0 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2008 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente estudo teve por objetivo avaliar a correlação entre a atividade de macrófagos e a apoptose nas formas polares da hanseníase. Para tal foram analisadas amostras constituídas de 29 biopsias de pele de pacientes com as formas polares da hanseníase. Para a medida da atividade macrofágica e da apoptose, utilizou-se o método imunohistoquímico, visando os marcadores lisozima, CD68, iNOS (para atividade de macrófago) e caspase 3 (para apoptose). No tratamento estatístico, foi utilizado o teste não paramétrico de Mann-Whitney e a Correlação linear de Spearman. Os resultados obtidos sugerem que a taxa de apoptose sofre influência direta da atividade macrofágica nas lesões de pacientes TT, contudo nas lesões LL, notou-se que outros fatores devem estar induzindo a morte celular programada, possivelmente o TGF-β. / The present study had for objective to evaluate the correlation between the activity of macrophage and the apoptosis in the polar forms of the leprosy. For such constituted samples of 29 biopsies of patients' skin were analyzed with the polar forms of the leprosy. For the measure of the activity of macrophage and of the apoptosis, the method immunohistochemistry was used, seeking the markers lysozyme, CD68, iNOS (for activity of macrophage) and caspase 3 (for apoptosis). In the statistical treatment, it was used the test non parametric of Mann-Whitney and the lineal Correlation of Spearman. Do the obtained results suggest that the apoptosis rate suffers direct influence of the activity of macrophages in the lesions of patient TT, however in the lesions what was LL, noticed other factors they must it is inducing the programmed cellular death, possibly TGF-β.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T12:10:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-07T16:31:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepasVirus.pdf: 1867488 bytes, checksum: d9b8346d11c562383d6eacefda707681 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil. / Dengue fever is one of the most important arboviral disease distributed to all tropical areas of the world. Dengue virus (DENV) is transmitted mainly by the bite of infected Aedes aegypti mosquitoes. The dispersion of the vector and the increase of migration between countries caused the occurrence of major epidemics and severe clinical manifestations, such as the dengue hemorrhagic fever (DHF) and the dengue shock syndrome (DSS). The objective of this study was the molecular characterization of isolates of DENV-1 in Brazil at the level of structural genes C / prM / M / E of 29 strains isolated during outbreaks occurred in Brazil between 1994 and 2008. The nucleotide identity among strains of this DENV-1 study compared with other strains isolated in Brazil ranged from 96.1% to 100%, while the percentage of amino acid identity was determined between 98.4% to 100%. The amino acid differences between strains of the study, compared with the strain FGA/89 (French Guiana) showed the presence of important non-synonymous substitutions change of the amino acid biochemical character, such as the E297 residue (Met Thr) and E338 (Ser Leu), more detailed studies are needed to investigate if any of them may be related to DENV-1 virulence. The phylogenetic analysis of the E gene, performed using the maximum likelihood method for the studied strains and other strains selected from the database of GenBank showed that the DENV-1 isolates from Brazil since 1982 belonged to genotype V, confirming previously published data. The time of divergence of DENV-1, estimated by molecular clock method, showed that this virus was originated from an ancestral lineage, there are approximately 113 years and it was also observed that DENV-1 strains circulating in Brazil and those from Africa have a common ancestor, and finally it is necessary phylogeographic studies to show the possible routes of entry of DENV-1 in Brazil.