Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T14:45:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-22T13:52:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-22T13:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 2145926 bytes, checksum: a9fa4b1749574d6c532ca36612200d11 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As cepas do Virus Melao (VMEL), BE AR 8033 e BE AR 633512 foram isoladas de mosquitos Ochlerotatus (Ochlerotatus) scapularis, em Belém- PA (1955) e Alta Floresta do Oeste- RO (2000), respectivamente. Este trabalho teve como objetivo caracterizar molecularmente as cepas BE AR 633512 e BE AR 8033 e realizar estudos histopatológicos, bioquímicos e imunológicos comparativos em hamsters dourados (Mesocricetus auratus). Hamsters mostraram suscetibilidade às cepas do VMEL. A viremia em hamsters para BE AR 633512 ocorreu do 3º ao 6º dias pós-infecção (dpi.), e para a cepa BE AR 8033 ocorreu no 2º dpi. Anticorpos neutralizantes para ambas as cepas foram detectados a partir de 5 dpi., e se mantiveram até 30 dpi. As cepas testadas alteraram os marcadores bioquímicos AST, ALT e uréia, enquanto que a creatinina só apresentou alteração estatisticamente significante nos animais infectados com a cepa viral BE AR 633512, em comparação aos animais controles não infectados. Alterações histopatológicas foram observadas no SNC, fígado, rim e baço dos hamsters infectados pelas cepas do VMEL, sendo a infecção nesses órgãos confirmada por imunohistoquímica. A cepa BE AR 633512 foi mais virulenta e patogênica para hamsters que a cepa BE AR 8033. A análise genética dos genes N, Gn e Gc revelou que para os genes N e Gn, a cepa BE AR 8033 e do protótipo VMEL (TRVL 9375) são mais geneticamente relacionados. Para o gene Gc, a cepa BE AR 8033 é mais relacionada com a cepa BE AR 633512, sendo que esta última cepa apresentou maior variabilidade genética, principalmente no gene Gn com várias substituições de aminoácidos, mas as mutações no gene Gc provavelmente foram responsáveis pelo aumento da virulência e patogenicidade em hamsters. / The Melao Virus (MELV) strains, BE AR 8033 e BE AR 633512 were isolated from lots of Ochlerotatus (Ochlerotatus) scapularis mosquitoes, in Belém- PA (1955) and Alta Floresta do Oeste- RO (2000), Brazil, respectively. The aim of this study was to carry out molecular characterization of the MELV strains BE AR 633512 and BE AR 8033 and to describe the histopathologic, biochemistry and immunological changes in golden hamsters (Mesocricetus auratus). Hamsters showed susceptibility to these MELV strains. The viremia produced in hamsters by BE AR 633512 strain occurred between 3 and 6 days post-infection (dpi.), and for the BE AR 8033 occurred only in the 2nd dpi. Neutralizing antibodies for both strains were initially detected on the 5th dpi. and remained up to the 30 dpi. The biochemistry markers AST, ALT and blood urea nitrogen showed values statistically significants among inoculated animals with both VMEL strains, while creatinine value it was only altered by BE AR 633512 strain. Histopathologic changes were observed in the central nervous system, liver, kidney, and spleen of the hamsters, and infection was confirmed by immunohistochemical assay in all them. Strain BE AR 633512 caused more intense tissue damage showing increases virulence and pathogenicity than BE AR 8033 strain. The genetic analysis of the N, Gn and Gc genes revealed that for N and Gn genes, the BE AR 8033 and prototype strain (TRVL 9375) are genetically more closed related, and for the Gc gene, the BE AR 8033 and BE AR 633512 strains are more related. BE AR 633512 strain showed increased genetic variability, mainly in the Gn gene, were several aminoacid changes were observed, but the Gc mutations should be responsible for the increased virulence for hamsters.

Orientador: Ana Carla Pereira Latini / Banca: Alessandra Pontillo / Banca: James Venturini / Resumo: A hanseníase é uma doença infecciosa crônica, que acomete pele e sistema nervoso periférico e tem como agente etiológico o Mycobacterium leprae, um patógeno exclusivamente intracelular, que tem predileção por macrófagos e pelas células de Schwann. É um traço complexo e fatores genéticos do hospedeiro têm sido repetidamente implicados com o risco para a doença. A região cromossômica 6p21 vem sendo sistematicamente envolvida com a hanseníase, não só pelos genes do HLA de classe II, como também pelos estudos envolvendo marcadores em genes como o TNF e a LTA. O gene TLR1 também é um importante candidato e polimorfismos deste já têm sido associados com hanseníase per se e com reação hansênica. O objetivo desta pesquisa foi conduzir estudo de associação de base populacional do tipo caso-controle em hanseníase testando marcadores do tipo tag SNPs em genes candidatos da região cromossômica candidata 6p21 e do gene TLR1. Oitenta e nove marcadores do tipo tag SNPs, localizados em trinta e seis genes foram genotipados. O presente trabalho envolveu 1718 indivíduos, 981 casos e 737 controles, provenientes de dois estados brasileiros: Mato Grosso e São Paulo. As genotipagens da população de Rondonópolis, MT foram realizadas em plataforma de médio rendimento (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay - Illumina) e as genotipagens da população de São Paulo foram feitas usando discriminação alélica baseada na tecnologia TaqMan (Applied Biosystems). Para as análises estatísticas foi empregado modelo de regressão logística, com correção para as co-variáveis etnia e sexo, usando o software R, para Windows. Treze genes localizados na região 6p21 tiveram marcadores associados com hanseníase per se. O alelo S do polimorfismo N248S do gene TLR1 também foi associado com susceptibilidade para hanseníase per se. Estes dados ressaltam o papel destes genes na susceptibilidade genética para a ... / Abstract: Leprosy is an chronic infectious disease that attacks skin and peripheral nervous system. The causative agent is Mycobacterium leprae, an obligate intracellular pathogen that infects macrophage and Schwann cells. It is a complex trait and host genetic factors have been extensively implicated in leprosy susceptibility. The chromosomal region 6p21 has been involved with leprosy susceptibility due to HLA class II, and TNF and LTA genes, as well. The TLR1 gene is also an important candidate gene and polymorphisms at this locus have been associated to leprosy per se and leprosy reactions. This research is a population-based association study in leprosy which tested tag SNPs located at candidate genes in chromosomal region 6p21 and in TLR1 gene. Eighty-nine markers distributed in thirty-six genes were genotyped. The present work enrolled 1,718 individuals, 981 cases and 737 controls from Mato Grosso and São Paulo States, Brazil. The genotypes for Rondonópolis population were obtained using by medium-scale genotyping platform (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay - Illumina), while to São Paulo samples the genotyping were done by allelic discrimination based on TaqMan technology (Applied Biosystems). Statistical analysis were performed by logistic regression models adjusted for the covariates sex and ethnicity, using R software. Thirteen genes located at 6p21 region presented markers associated to leprosy per se. The S allele for N248S polymorphism at TLR1gene was also associated to leprosy susceptibility. These data show the role of these genes in genetic host resistance and susceptibility to leprosy and suggest the necessity of replication and functional studies in order to better explain their involvement with the disease / Mestre

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-02-06T20:30:27Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Felipe Souto Araújo - 2014..pdf: 3055145 bytes, checksum: 201375acf3007e213c1265f0cae0ff5e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-19T14:44:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Felipe Souto Araújo - 2014..pdf: 3055145 bytes, checksum: 201375acf3007e213c1265f0cae0ff5e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-19T14:44:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Felipe Souto Araújo - 2014..pdf: 3055145 bytes, checksum: 201375acf3007e213c1265f0cae0ff5e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-06-02 / Paracoccidioides spp, dimorphic pathogenic fungi, is the etiologic agent of paracoccidioidomycosis (PCM). PCM is an endemic disease that affects at least 10 million people in Latin America, causing severe public health problem. The drugs used against pathogenic fungi have various side effects and have limited efficacy, therefore there is an inevitable and urgent medical needing for the development of new antifungal drugs. In the present study, we evaluated the transcriptional profile of Paracoccidioides spp exposed to argentilactone, a constituent of the essential oil of Hyptis ovalifolia. A total of 1,058 genes were identified, of which 208 were up-regulated and 850 down-regulated. The cell rescue, defense and virulence, with a total of 26 genes, was a functional category with a large number of genes induced, among them, heat shock protein 90 (hsp 90), cytochrome c peroxidase (ccp), hemoglobin ligant RBT5 (rbt5) and superoxide dismutase (sod). Quantitative real-time PCR revealed an increase in the expression level of all those genes. Enzymatic assay showed a significant increase in SOD activity. The reduced growth of Pbhsp90-aRNA, Pbccp-aRNA, Pbsod-aRNA, Pbrbt5-aRNA isolates in the presence of argentilactone indicates the importance of these genes in Paracoccidioides spp responding to argentilacone. Paracoccidioides spp cell wall was also evaluated. The results showed that argentilactone causes a decrease in the levels of polymers of the cell wall. These results suggest that argentilactone is a potential candidate for antifungal therapy. / Paracoccidioides spp, fungo patogênico dimórfico, é o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM). PCM é uma doença endêmica que afeta pelo menos 10 milhões de pessoas na América Latina, causando grave problema de saúde pública. Os medicamentos usados contra fungos patogênicos têm vários efeitos secundários e têm eficácia limitada, por conseguinte, existe uma inevitável e urgente necessidade médica para o desenvolvimento de novas drogas anti-fúngicas. No presente estudo, foi avaliado o perfil transcricional de Paracoccidioides spp expostos a argentilactona, um componente do óleo essencial de Hyptis ovalifolia. Um total de 1.058 genes foram identificados, dos quais 208 foram induzidos e 850 reprimidos. Resgate celular, defesa e virulência, com um total de 26 genes, foi uma categoria funcional com um grande número de genes induzidos, entre eles, proteína de choque térmico 90 (HSP 90), citocromo c peroxidase (CCP), hemoglobina ligante RBT5 (rbt5) e superóxido dismutase (SOD). Quantitative real-time PCR revelou um aumento do nível de expressão de todos esses genes. Ensaio enzimático mostrou um aumento significativo na atividade de SOD. O crescimento reduzido de Pbhsp90-aRNA, Pbccp-aRNA, Pbsod-aRNA, Pbrbt5-aRNA na presença de argentilactona indica a importância desses genes em Paracoccidioides spp respondendo a argentilacona. Parede celular de Paracoccidioides spp também foi avaliada. Os resultados mostraram que argentilactona provoca uma diminuição nos níveis de polímeros da parede celular. Estes resultados sugerem que argentilactona é um candidato potencial para a terapia antifúngica.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-19T19:59:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-20T17:42:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-20T17:42:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) Previous issue date: 2015 / A parede celular micobacteriana é uma característica marcante do gênero Mycobacterium, apresentando lipídios e glicoconjugados bioativos, como fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), lipomanana (LM) e lipoarabinomanana (LAM). A infecção crônica no interior de macrófagos pulmonares é relacionada com o acúmulo de colesterol na célula hospedeira, conferindo uma fonte alternativa de energia e carbono para o bacilo manter suas funções fisiológicas. Com base na atividade imunomoduladora desses glicoconjugados e na adaptação em outro ambiente no interior da célula hospedeira infectada, propomos investigar a possível modulação da biossíntese de LM/LAM em Mycobacterium smegmatis (saprofítico), após o cultivo em meio mínimo (MM) suplementado com glicerol e/ou colesterol. Como resultados, obtivemos que o bacilo, mesmo sendo saprofítico, foi capaz de acumular colesterol e influenciar na fisiologia bacteriana por apresentar um crescimento lento com densidade bacteriana comprometida. Além disso, o colesterol diminuiu o acúmulo de PIMs e promoveu mudanças morfológicas e de agregação bacteriana, mesmo mantendo a parede celular com sua característica físico-química específica (resistência a descoloração por álcool e ácido). A mudança mais marcante induzida pelo consumo do colesterol foi na biossíntese de LAM, que apresentou migração eletroforética diferenciada, compatível às massas moleculares maiores, assemelhando-se a de bacilos não saprofíticos (de 25 – 30 KDa para 30 – 50 KDa). Estes resultados mostram que o colesterol, quando utilizado como principal alternativa de fonte de energia e carbono, pode induzir mudanças fisiológicas em micobactérias, principalmente na biossíntese de LAM, uma das principais moléculas imunoreguladoras presente na parede celular. Estes dados sugerem que micobactérias podem sofrer mudanças semelhantes no interior de granulomas, e que estas mudanças podem ajudar na evolução da tuberculose para a forma crônica multibacilar, marcada por um aspecto imunodeficiente contra o bacilo. / Mycobacterial cell wall is a hallmark of Mycobacterium genus, constituted of bioactive lipids and glycoconjugates: phosphatidylinositol mannoside (PIMs), lipomannan (LM) and lipoarabinomannan (LAM). The chronic infection inside lung macrophages is related with cholesterol accumulation into host cells as an alternative source of carbon and energy to maintain the bacilli with its physiological functions. To understand the activity of these immunomodulatory glycoconjugates during adaptation under the unusual environment inside the host infected cells, the present work propose to investigate the possible modulation of LM/LAM biosynthesis in Mycobacterium smegmatis (saprophytic) after culture in minimal medium (MM), supplemented with glycerol and/or cholesterol. Our results showed that saprophytic bacilli are able to accumulate the cholesterol and change the bacterial physiology due to slow growth and restrict cell density. Furthermore, the cholesterol consumption decreased the accumulation of PIMs and promoted morphological changes and bacterial aggregates, even maintaining the cell wall with its specific physic-chemistry characteristic (alcohol-acid resistance). The most impressive change after cholesterol consumption was the LAM biosynthesis, which showed distinct electrophoresis migration, compatible to high molecular weight of LAM from non-saprophytic bacilli (from 25 – 30 KDa to 30 – 50 KDa). These results showed that cholesterol consumption, when utilized as principal alternative of carbon and energy source, is able to induce physiological changes in mycobacteria, mainly in LAM biosynthesis, one of the most immunoregulatory molecules of cell wall. Ours data suggest that similar changes in mycobacteria may occur inside the granuloma, and that changes may help the evolution of tuberculosis to chronic and multibacillary form, hallmarked by immunodeficient aspect against the bacilli.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-25T18:39:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-27T12:38:30Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-27T12:38:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) Previous issue date: 2015-03 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas. / The emergence of high throughput sequencing (HTS) platforms increased the amount of data making feasible to obtaining complete genomes. Despite the advantages and the throughput produced by these platforms, the high or low genomic coverage in the regions of the genome can be related to GC content. This GC bias may affect genomic analyzes and the genomic/transcriptomic analysis based on de novo and reference approach. In addition, the ways to evaluate the GC bias should be fit to data with different profiles of the GC vs coverage relationship, such as linear and quadratic. Thus, this work proposes the use of Pearson's Correlation Coefficient (r) to analyze the correlation between GC content and coverage, allowing to identify the strength of linear correlation and detect nonlinear associations, beyond identify a relationship between GC bias and sequencing platforms. The positive and negative signs of r also allow us to infer directly and inversely proportional relationships, respectively. To evaluate the bias, we used the data of Corynebacterium pseudotuberculosis obtained from different sequencing technologies to identify if the CG bias is related to used platforms.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-25T19:30:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-27T13:23:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-27T13:23:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5) Previous issue date: 2015 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa, nãoesporulante, não-capsulada e sem mobilidade, contudo possui fímbria, e pode assumir formas cocóides e filamentosas (pleomórfica), além disto, apresenta crescimento ótimo à 37°C. Este patógeno apresenta dois biovares: ovis que geralmente acomete pequenos ruminantes, e causa a doença linfadenite caseosa, e biovar equi, mais comum em equinos, bovinos, camelídeos, e bubalinos causando a Linfangite ulcerativa. A infecção por esta bactéria pode levar a condenação das carcaças e redução de lã (em ovinos e caprinos), leite e carne destes animais, e consequentemente a perdas econômicas para a indústria agropecuária mundial. Atualmente, ainda não existe uma vacina eficaz para estas doenças. A fim de obter um maior entendimento biológico entre as espécies o presente trabalho tem como objetivo principal analisar, por meio da genômica comparativa a linhagem C. pseudotuberculosis 226 biotipo ovis isolada de um caprino na Califórnia com outras linhagens do biovarar ovis e equi. Na análise de sintenia entre as linhagens foi possível identificar que a linhagem 226 apresenta alta conservação da ordem gênica entre as linhagens do biótipo ovis. Através de análises filogenômicas foi possível identificar que as linhagens I19 e 267 apresentaram maior e menor proximidade filogenética com a linhagem 226. A linhagem 1/06-A foi a que apresentou maior proximidade filogenômica entre as linhagens do biovar equi, quando comparadas a linhagem 226. Foram preditas 8 ilhas de patogenicidade, estando presente na ilha 1 os genes relacionados a virulência de C. pseudotuberculosis mais bem descritos na literatura. Não houveram regiões novas relacionadas a genes de virulência entre nenhuma das linhagens. Foram identificados 248 genes ortólogos entre as linhagens I19, 267 e 226 e 282 genes ortólogos entre as linhagens 258,1/06-A e 226. Com base nesse estudo é possível inferir que as linhagens do biovar ovis possuem um repertório gênico pouco variado e que as linhagens do biovar equi apresentam uma quantidade menor de genes compartilhados com a linhagem 226, corroborando com a diversidade gênica entre os biovares. / Corynebacterium pseudotuberculosis is a gram-positive, facultative intracellular, non-sporulating and non-encapsulated bacterium, it is non-motile although it has fimbriae, and can assume coccoid or filamentous forms (pleomorphic). Its optimum growth temperature is 37°C. This pathogen has two biovars: ovis, which usually affects small ruminants and causes caseous lymphadenitis, and biovar equi, more common in equines, bovines, camelids and bubalines, causing ulcerative lymphangitis. Its infection can lead to carcass condemnation and reduction in wool production (in ovines and caprines), milk production and meat production and, consequently, economic losses for the agricultural industry worldwide. Currently there is no effective vaccine against those illnesses. To obtain a better understanding of these species biologically, the main objective of this work is to analyze, using comparative genomics, the strain C. pseudotuberculosis 226 biovar ovis, isolated from a caprine in California, comparing it to other strains from biovars ovis and equi. The synteny analysis revealed highly conserved gene order between strain 226 and other biovar ovis strains. Phylogenomic analyses showed that the strains I19 and 267 are, respectively, the closest and the more distant phylogenetically from strain 226. Among biovar equi strains, the one with the greater phylogenomic proximity to strain 226 was strain 1/06-A. Eight pathogenicity islands were predicted, with C. pseudotuberculosis best characterized virulence genes in literature being present in island 1. No new regions related to virulence genes could be found compared to other strains. 248 orthologous genes could be found between strains I19, 267 and 226, while 282 orthologous genes could be found between strains 258, 1/06-A and 226. Based in this study it is possible to assume that strains from biovar ovis have a little varied gene repertory and strains from biovar equi have less genes shared with strain 226, reinforcing the genetic diversity between these biovars.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:04:46Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:36:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Diferentes espécies de micobactérias são agentes causadores de significativas doenças em seres humanos como, por exemplo, a tuberculose. Todas as micobactérias possuem uma complexa e distinta parede celular, conferindo características físico-químicas exclusivas ao gênero Mycobacterium, protegendo-o contra o sistema imune e entrada de muitos antibióticos. Durante a infecção, o bacilo é capaz de se adaptar ao ambiente inóspito, nutrindo-se de fontes lipídicas alternativas, principalmente o colesterol, da própria célula hospedeira (macrófagos). Este perfil nutricional tem sido considerado essencial para a divisão bacilar e consecutivamente progressão da doença. Diante disso, o presente trabalho tem por objetivo avaliar em Mycobacterium smegmatis (espécie saprofítica) a modulação in vitro da biossíntese de constituintes bioativos da parede celular após o consumo de colesterol. Como resultado, verificamos por Cromatografia de Camada Delgada (CCD) que a adaptação do bacilo ao microambiente de escassez nutricional (cultivo em Meio Mínimo – MM) conseguiu manter a biossíntese e o acúmulo dos principais constituintes da parede celular, quando o cultivo ocorre na presença de alguma fonte definida de carbono e energia (glicerol e/ou colesterol). Dentre estes constituintes essenciais sem alterações, verificamos o Trealose de dimicolato (TDM) e os fosfolipídios Fosfatidilinositol (PI), Fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), Cardiolipina (CL) e Fosfatidiletanolamina (PE). Diferentemente a esse resultado, o ácido micólico apresentou acúmulo representativo ao cultivo em meio 7H9 somente quando o MM estava igualmente suplementado com glicerol. Este resultado foi confirmado pela marcação álcool-ácido resistente com o marcador fluorescente auroamina, sugerindo alterações nas propriedades físico-químicas da parede celular. Por outro lado, o cultivo em MM favoreceu o acúmulo de Glicopeptídeolipídios (GPLs), independente da suplementação por glicerol e/ou colesterol. Esta perturbação na biossíntese da parede celular alterou o perfil hidrofóbico do bacilo, independentemente da fonte de carbono e energia, porém não alterou a resistência ou sensibilidade a antibióticos. Estes resultados mostram claramente que a biossíntese da parede celular pode sofre modulações em condições de escassez nutricional, e que a presença ou ausência de colesterol, como ocorrido durante a infecção, não altera significativamente a fisiologia do bacilo a ponto de torna-lo mais vulnerável a ação de antibióticos, sugerindo que tais modificações possam também ocorrer durante a infecção, mantendo o bacilo viável, até o desenvolvimento da doença propriamente dita. / Different Mycobacterium species are causative agents of disease in humans, for example, the tuberculosis. All mycobacteria have a complex cell wall, distinct of others bacteria, conferring specific physic-chemical characteristic to Mycobacterium genus, due to protect against immune system and waterproofing against the intake of much antibiotics. During infection, the bacillus is able to adapter to harsh environment, due to consumption of cholesterol from itself host cell (macrophages) as alternative carbon and energy source. That nutritional aspect has been considered as essential for division of bacilli and consecutive progress of tuberculosis disease. The present study has as objective to evaluate in vitro the modulation of saprophytic Mycobacterium smegmatis cell wall biosynthesis after cholesterol consumption as primordial energy and carbon source. As results, we are found by Thin Layer Chromatography (TLC) that bacillary adaptation to microenvironment with poor nutrient (minimal media – MM) maintained the biosynthesis and accumulation of essential cell wall components, when the growth occurs in presence of someone defined carbon and energy source (glycerol and/or cholesterol). Among them without changes, we analyzed Trehalose Dimicolate (TDM) and the phospholipids (phosphatidylinositol (PI), phosphatidylinositol manosides (PIMs), Cardiolipin (CL) and phosphatidylethanolamine (PE)). Differently of these results, the micolic acid showed representative accumulation, comparing with 7H9 culture, only when the MM was supplemented with glycerol. This result was confirmed by alcohol-acid staining using fluorescent auroamine dye, suggesting some changes in physic-chemistry cell wall properties. On the other hands, the MM culture induced the accumulation of glycopeptidolipids (GPLs), independently of glycerol/cholesterol supplementation. Such disturbance in cell wall biosynthesis also changed the bacillary hydrophobicity in all MM groups, but does not change the resistance and sensibility to antibiotics. Those results clearly show that cell wall biosynthesis might be modulate during nutritional shortage, and such presence or absence of cholesterol, as occurs during infection, does not significantly change the bacillary physiology to become vulnerable for antibiotics. It suggests that such modulations might also occur during infection, maintaining the bacilli available to develop the tuberculosis diseases.

Resumo: Visando contribuir para o melhor entendimento do papel dos polimorfismos em genes de citocinas na susceptibilidade para hanseníase, foi conduzido um estudo de associação do tipo caso-controle investigando polimorfismos de base única (SNPs) nas regiões promotoras dos genes IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G e -3575T>A) e TNF (TNF-308G>A) e no gene LTA (LTA+80C>A e LTA252A>G). Amostras de DNA genômico foram obtidas de 545 pacientes com hanseníase e 380 controles, provenientes do Estado de São Paulo. As genotipagens foram feitas pelas técnicas de PCR e polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP). Para as análises estatísticas foram calculadas as freqüências alélicas, de genótipos e de portadores para cada polimorfismo avaliado. As freqüências de haplótipos foram estimadas por meio do método de máxima verossimilhança. Desvios da lei do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram testados empregando testes de Qui-quadrado. Modelos de regressão logística com cálculo de odds ratio (OR) e p-valor com ajustes para as co-variáveis gênero e etnia foram utilizados nas comparações das freqüências entre casos e controles. Em análise isolada, os polimorfismos TNF-308G>A e LTA252A>G não apresentaram associação significativa com a doença, já para o polimorfismo LTA+80C>A, os genótipos AA e CA mostraram-se marginalmente associados com OR de proteção (0,68 e 0,80, respectivamente e mesmo p-valor corrigido=0,07) para hanseníase per se. Confirmando ainda o sentido desta associação, a análise de carreador para o polimorfismo no locus LTA+80 mostrou associação com proteção para hanseníase per se para os carreadores do alelo A (OR=0,78; p-valor corrigido=0,04). Na análise de haplótipos, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G foi também associado com proteção (OR=0,74; p-valor corrigido=0,02). Para a região promotora do gene IL10, o SNP - 819C>T foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To the better understanding of the role of genetic polymorphisms at cytokines genes on leprosy susceptibility, we conducted a case-control association study investigating single nucleotide polymorphisms (SNPs) located at promoter region of IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G and -3575T>A) and TNF genes (TNF-308G>A) and LTA gene (LTA+80C>A e LTA252A>G) gene. Genomic DNA samples were obtained from 545 leprosy patients and 380 controls, from State of São Paulo. Genotyping were done by PCR followed by restriction fragments length polymorphisms (RFLP) analyses. For statistical analyses were calculated allelic, genotypes and carriers frequencies for each polymorphism. The haplotypes frequencies were estimated using maximum-likelihood estimation method. Chisquare tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium were also performed. Logistic regression models for odds ratio (OR) and p-value calculations, with adjusting for the ethnicity and gender covariates, were performed in comparisons of frequencies. Isolated, TNF-308G>A and LTA252A>G were not significantly associated to the disease, while the CC and CA genotypes to LTA+80C>A locus were marginally associated with protection (0.68 e 0.80, respectively and identical corrected p-value=0.07) for leprosy per se. In the same line, carrier analysis for LTA+80 locus showed association with protection for leprosy per se for allele A carriers (OR=0.78; corrected p-value=0.04). In the haplotype analysis, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G was also associated to protection (OR=0.74; corrected p-value=0.02). From IL10 promoter region analysis, -819C>T SNP was associated with susceptibility to leprosy per se to TT (OR=1.58; p-value=0.05) and CT genotypes (OR=1.36; p=0.05). This association could be confirmed in the carriers analysis for -819T allele (OR=1.40; p-value=0.02 and OR=1.39; corrected pvalue= 0.03). From haplotypic analysis for IL10 ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Ana Carla Pereira / Coorientador: Vânia Nieto Brito de Souza / Banca: Cynthia Chester Cardoso / Banca: Maria Sueli Parreira de Arruda / Mestre

Orientador: Marcos Rogério André / Banca: Paulo Eduardo Neves Ferreira Velho / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: Dentre os ectoparasitas encontrados em morcegos, destacam-se as mocas Streblidae e ácaros Macronyssidae e e Spinturnicidae. A família Streblidae compreende um grupo monofilético de dípteros hematófagos Hippoboscoidea que parasitam morcegos. Enquanto ácaros da família Spinturnicidae são ectoparasitas exclusivos de quirópteros, aqueles da família Macronyssidae também parasitam outras espécies de mamíferos. Embora a ocorrência de Bartonella spp. tenha sido relatada em morcegos amostrados na Europa, África, Ásia e América Central e do Sul, poucos são os estudos acerca da ocorrência e diversidade genética de Bartonella spp. em moscas Hippoboscoidea e ácaros parasitas de quirópteros. O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência e traçar inferências filogenéticas de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros de Spinturnicidae e Macronyssidae parasitas de morcegos no Brasil. Entre maio de 2011 a abril de 2012 e setembro de 2013 a dezembro de 2014, 404 moscas de Streblidae, 100 Macronyssidaes e 100 ácaros de Spinturnicidae foram coletadas de duas localidades no município de Nova Iguaçu, estado do Rio de Janeiro, no sudeste do Brasil. Todos os 20 pools de ácaros e 202 (50%) mostraram-se positivos na PCR para o gene endógeno cox-1 de invertebrados. Quarenta (19,8%) de 202 moscas Streblidae foram positivas para Bartonella spp. em ensaios de qPCR baseados no gene nuoG. : 6/32 (18%) Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostoma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the ectoparasites found in bats, stand out Streblidae flies and Macronyssidae and Spinturnicidae mites. The Streblidae family comprises a monophyletic group of Hippoboscoidea hematophagous dipterans that parasitize bats. While mites of the Spinturnicidae family are ectoparasites unique to chiropterans, those of the Macronyssidae family also parasitize other species of mammals. Although the occurrence of Bartonella spp. has been reported in bats sampled in Europe, Africa, Asia and Central and South America, there are few studies on the occurrence and genetic diversity of Bartonella spp. in Hippoboscoidea flies and mites parasites of bats. This study aimed to investigate the occurrence and perform phylogenetic inferences of Bartonella spp. in Streblidae flies and Spinturnicidae and Macronyssidae mites parasites of bats in Brazil. Between May 2011 to April 2012 and September 2013 to December 2014, 404 Streblidae flies, 100 Macronyssidae and 100 Spinturnicidae mites were collected from two locations in the district of Nova Iguaçu, state of Rio de Janeiro, in southeastern Brazil. All 20 mite pools and 202 (50%) Streblidae flies showed to be positive in PCR assays targeting cox-1 gene. Forty (19.8%) of 202 Streblidae flies were positive for Bartonella spp. in qPCR assays based on the nuoG gene: Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostomatis, 5/43 (11%) Aspidoptera falcata, 1/10 (10%) Trichobius anducei, 1/4 (25%) Megistopoda aranea ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química. / Made available in DSpace on 2012-10-22T09:32:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 236846.pdf: 3341934 bytes, checksum: 795eed913f9a71409e2ecc36266754a7 (MD5) / A presente dissertação avalia o desempenho de uma nova metodologia de análise molecular pela reação em cadeia da polimerase (PCR), conhecida como Enhanced PCR, no diagnóstico da Síndrome do X Frágil (SXF), e faz um estudo comparativo com a técnica padrão. A SXF é causada pela expansão da repetição de uma seqüência de trinucleotídeos (CGG) na região reguladora do gene FMR1, localizado no cromossomo X (Xq27.3). Indivíduos portadores da síndrome são classificados em zona gray, pré-mutados ou afetados, conforme o número de repetições de CGG presentes no gene. Técnicas de PCR são utilizadas como triagem e suas limitações dificultam a conclusividade do diagnóstico de mulheres normais homozigotas, e de homens e mulheres com grandes expansões de repetições de CGG. Para comparação da eficácia de diagnóstico das técnicas avaliadas, o DNA de 122 pacientes foi extraído e submetido a dois métodos de PCR, conforme os protocolos descritos na literatura, aqui denominados PCR de Triagem (PCR-T) e PCR para Pré-mutação (PCR-P). A nova metodologia, PCR-P, produziu 60% de resultados conclusivos contra 26% de conclusividade pela técnica padrão (PCR-T). Alelos de até 130 CGG em mulheres e 93 CGG em homens foram amplificados pela PCR-P, possibilitando, assim, o diagnóstico de pré-mutação. Por outro lado os maiores alelos amplificados pela PCR-T foram de apenas 41 CGG em mulheres e 46 CGG em homens, ou seja, a técnica padrão, como está limitada ao diagnóstico da zona gray, não permitiu a identificação de alelos pré-mutados. A partir destas observações propõe-se uma estratégia para o diagnóstico da síndrome utilizando a PCR-P na pesquisa de pré-mutação em pais de indivíduos com resultados inconclusivos. Considerando os resultados bem sucedidos e aprimorados da nova técnica de PCR, incluindo o fácil diagnóstico da pré-mutação, sugere-se a sua implementação em laboratórios de genética para o diagnóstico da SXF.