Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Guilherme Loureiro Werneck / Banca: Elisa Cupolillo / Banca: Hiro Goto / Banca: Celso Luis Marino / Resumo: A leishmaniose é uma doença parasitária causada por protozoários do gênero Leishmania, e transmitida através da picada de fêmeas de mosquitos da família Plebotomidae. As formas clínicas da leishmaniose são particularmente variadas tendo como forma mais grave a leishmaniose visceral (LV) ou calazar. No Brasil a LV é causada pelo protozoário L.infantum chagasi e transmitida pelo flebotomíneo Lutzomyia longipalpis, os principais reservatórios que participam do ciclo zoonótico são canídeos selvagens e cães domésticos. O fato de as leishmanioses, de uma maneira geral, apresentarem um amplo espectro no que diz respeito à sintomatologia da doença, aliado a grande diversidade das espécies de hospedeiros infectados, sugere a presença de variantes genéticas do parasita. No caso da leishmaniose visceral, por exemplo, variantes genotípicas de L.infantum chagasi interagindo com diferentes espécies de hospedeiros podem ter papel fundamental na dinâmica de transmissão e virulência de possíveis epidemias. O presente estudo teve como meta identificar possíveis variantes genotípicas de L. infantum chagasi presentes na área endêmica de Teresina no Estado do Piauí, e comparar com os genótipos encontrados em Campo Grande no Estado de Mato Grosso do Sul e Bauru no Estado de São Paulo, visto que a história natural da doença nessas regiões é muito mais recente do que no Estado do Piauí. O estudo utilizou marcadores microssatélites já descritos na literatura, seqüenciamento de regiões gênicas codificantes e não-codificantes e também a técnica de PCR-RFLP do DNA do cinetoplasto (kDNA) do parasita, para a obtenção de perfis genéticos que possibilitem relacionar as diferenças genotípicas com as diferentes origens geográficas dos parasitas isolados como um primeiro passo para a eleição e aplicação de um marcador molecular robusto para o estudo populacional... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Leishmaniasis is a parasitary disease caused by Leishmania protozoans and transmitted by female Phebotomidae sandflies. Clinical manifestations are particularly diverse, being visceral leishmaniasis (VL) the most severe form. In Brazil VL is caused by Leishmania infantum chagasi and transmitted by Lutzomyia longipalpis sandfly; the main zoonotic reservoirs are dogs and wild canids. Due to a broad range of disease manifestations and great variety of host species infected, Leishmania parasites are thought to possess great genotypic variability. This is of major significance in epidemiological features and in disease transmission. The aim of this study is to identify different genotypic strains of L. infantum chagasi in endemic areas of Teresina, Piauí State; Campo Grande, Mato Grosso do Sul State and Bauru, São Paulo State, and after that, select an appropriate molecular marker in order to study population genetics of L. infantum chagasi in Brazil. Microsatellites markers, sequencing of DNA coding and non-coding regions and PCR-RFLP of kinetoplast DNA (kDNA) were used in order to compare genetic profiles in parasites from different geographical origins. Among all this techniques, kDNA PCRRFLP has shown greater performance, and was able to detect a clear distinction in Teresina isolates when compared to Campo Grande and Bauru isolates / Doutor

Resumo: Visando contribuir para o melhor entendimento do papel dos polimorfismos em genes de citocinas na susceptibilidade para hanseníase, foi conduzido um estudo de associação do tipo caso-controle investigando polimorfismos de base única (SNPs) nas regiões promotoras dos genes IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G e -3575T>A) e TNF (TNF-308G>A) e no gene LTA (LTA+80C>A e LTA252A>G). Amostras de DNA genômico foram obtidas de 545 pacientes com hanseníase e 380 controles, provenientes do Estado de São Paulo. As genotipagens foram feitas pelas técnicas de PCR e polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP). Para as análises estatísticas foram calculadas as freqüências alélicas, de genótipos e de portadores para cada polimorfismo avaliado. As freqüências de haplótipos foram estimadas por meio do método de máxima verossimilhança. Desvios da lei do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram testados empregando testes de Qui-quadrado. Modelos de regressão logística com cálculo de odds ratio (OR) e p-valor com ajustes para as co-variáveis gênero e etnia foram utilizados nas comparações das freqüências entre casos e controles. Em análise isolada, os polimorfismos TNF-308G>A e LTA252A>G não apresentaram associação significativa com a doença, já para o polimorfismo LTA+80C>A, os genótipos AA e CA mostraram-se marginalmente associados com OR de proteção (0,68 e 0,80, respectivamente e mesmo p-valor corrigido=0,07) para hanseníase per se. Confirmando ainda o sentido desta associação, a análise de carreador para o polimorfismo no locus LTA+80 mostrou associação com proteção para hanseníase per se para os carreadores do alelo A (OR=0,78; p-valor corrigido=0,04). Na análise de haplótipos, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G foi também associado com proteção (OR=0,74; p-valor corrigido=0,02). Para a região promotora do gene IL10, o SNP - 819C>T foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To the better understanding of the role of genetic polymorphisms at cytokines genes on leprosy susceptibility, we conducted a case-control association study investigating single nucleotide polymorphisms (SNPs) located at promoter region of IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G and -3575T>A) and TNF genes (TNF-308G>A) and LTA gene (LTA+80C>A e LTA252A>G) gene. Genomic DNA samples were obtained from 545 leprosy patients and 380 controls, from State of São Paulo. Genotyping were done by PCR followed by restriction fragments length polymorphisms (RFLP) analyses. For statistical analyses were calculated allelic, genotypes and carriers frequencies for each polymorphism. The haplotypes frequencies were estimated using maximum-likelihood estimation method. Chisquare tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium were also performed. Logistic regression models for odds ratio (OR) and p-value calculations, with adjusting for the ethnicity and gender covariates, were performed in comparisons of frequencies. Isolated, TNF-308G>A and LTA252A>G were not significantly associated to the disease, while the CC and CA genotypes to LTA+80C>A locus were marginally associated with protection (0.68 e 0.80, respectively and identical corrected p-value=0.07) for leprosy per se. In the same line, carrier analysis for LTA+80 locus showed association with protection for leprosy per se for allele A carriers (OR=0.78; corrected p-value=0.04). In the haplotype analysis, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G was also associated to protection (OR=0.74; corrected p-value=0.02). From IL10 promoter region analysis, -819C>T SNP was associated with susceptibility to leprosy per se to TT (OR=1.58; p-value=0.05) and CT genotypes (OR=1.36; p=0.05). This association could be confirmed in the carriers analysis for -819T allele (OR=1.40; p-value=0.02 and OR=1.39; corrected pvalue= 0.03). From haplotypic analysis for IL10 ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Ana Carla Pereira / Coorientador: Vânia Nieto Brito de Souza / Banca: Cynthia Chester Cardoso / Banca: Maria Sueli Parreira de Arruda / Mestre

Resumo: Na bovinocultura de leite, a alta contagem de células somáticas (CCS) é considerada indicativo da condição de mastite. A mastite ainda continua sendo a doença de maior prevalência em gado leiteiro, causando altos custos. Em rebanhos bufalinos no estado de São Paulo, a presença de mastite subclínica e clínica representam 1,5% e 18,77%, respectivamente, das búfalas em lactação. Isto pode levar à diminuição na produção e na qualidade do leite. Considerando-se que não é possível erradicar essa doença devido a sua origem ser multifatorial (fatores genéticos e ambientais), todos os esforços devem ser concentrados no sentido de manter sua prevalência a mais baixa possível. Assim sendo, o objetivo de nosso estudo foi estimar os parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite e identificar polimorfismos nos genes B-defensina 1 e 4. Na estimação dos parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite (P305) foram utilizadas 4.907 lactações de 1986 búfalas contidas no arquivo zootécnico mantido pelo Departamento de Zootecnia da Faculdade de Ciências Agrárias da UNESP de Jaboticabal, as quais foram analisadas por meio de inferência bayesiana em análises bicaracterística, empregou-se um modelo animal. Para a caracterização dos genes b-defensina 1 e 4 foram utilizadas amostras de DNA genômico de 132 búfalas de diferentes regiões do estado de São Paulo, empregou-se a técnica de PCR/RFLP (Reação em Cadeia da Polimerase/ Polimorfismo do Comprimento dos xiii Fragmentos de Restrição). As estimativas de herdabilidade da CCSt (h2=0.27) e da P305 (h2=0.25) foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In dairy cows, high-somatic cell count (CCS) in milk is considered indicative of the mastitis condition of the mammary gland. Mastitis, inflammation of the mammary glands of dairy animals both clinical and subclinical, results in significant economic losses because of lower milk yields and its degraded quality, early culling and loss of genetic potential, higher veterinary expenses and increased labour costs for a farmer. In buffaloes from São Paulo State, the presence of clinical and subclinical mastitis represent losses between 1,5% and 18,77% of dairy milk buffaloes. This fact causes a diminution of production in the milk quality, interfering in mozzarella production, which is to making utilizing this specie milk. We known that is not possible disappear this illness because their multifactorial source (genetics and environmental factors), all effort will be concentrated in the direction of to keep the prevalence as low that possible. Because the importance of the mastitis in animal dairy, in the last year increase the number of study of defensin genes, which are a group of multifunctional peptides, due to the role played by defensins in defending animals from bacterial, viral, or fungal infections, the genes encoding them seem to be potential markers of the genetically determined susceptibility (or resistance) of the mammary gland. Defensins are present not only in the mammary gland, but also in milk, as well as in leukocyte granules and in macrophages which constitute a part of milk cell population. The β-defensins are cationic peptides. It is a group of antimicrobiana peptides with antibiotic and cytotoxic activity against bacterium xv viruses and fungi. Interest in the β-defensins has grown substantially in recent years, because of their antimicrobiana properties and because... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientadora: Janete Aparecida Desiderio Sena / Banca: Jeffery Frederico Lui / Banca: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Antonio Roberto Otaviano / Banca:Lenira El Faro Zadra / Doutor

Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: João Martins Pizauro Júnior / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Marcos Antônio Machado / Banca: Mario Sérgio Palma / Resumo: A apomixia, ou seja a produção de sementes clonais, possuindo embriões idênticos à planta mãe, é um processo controlado geneticamente. Na apomixia facultativa, ocorrente no gênero Citrus, verifica-se a coexistência da reprodução sexual e apomítica em um mesmo óvulo. Entretanto os eventos genéticos que desencadeiam a produção de embriões apomíticos são atualmente pouco conhecidos. Não se sabe ainda, se os mesmos genes responsáveis pela formação dos embriões zigóticos, também seriam os responsáveis pela formação dos embriões apomíticos, expressando-se entretanto, de forma diferente. Outra possibilidade é a existência de genes particulares responsáveis pelo evento apomítico, mas é improvável que este locus envolva novas e distintas vias metabólicas que incluam novos genes para a formação do saco embrionário e para a embriogênese. Uma possibilidade é que a reprodução apomítica seja uma consequência da expressão de um gene que funciona iniciando uma cascata de ações gênicas em diferentes momentos durante o curso dos eventos sexuais no óvulo. Conhecidamente as proteínas de reserva são codificadas por genes, que se expressam de forma tecido específico, constituindo-se em excelente material para estudos de eventos genéticos. Com o objetivo de detectar particularidades genéticas do processo apomítico em Citrus, estudou-se, a nível de mRNA e proteínas, a expressão diferencial de embriões zigóticos, embriões apomíticos e plântulas zigóticas de espécies de Citrus. A condição apomítica ou zigótica dos embriões e plântulas estudados, foi avaliada empregando-se marcadores moleculares do tipo RAPD e fAFLP. Verificou-se que ambos os tipos de embriões, e de plântulas, expressam um grupo de proteínas diferencialmente. A nível de mRNA detectou-se expressão diferencial tanto para a condição zigótica, quanto para a apomítica... (resumo completo, clicar no acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Apomixis or clonal seed production with mother identical embryos is a process genetically controlled. On the facultative apomixy, that takes place in the genus Citrus it is possible to observe the co-existence of sexual and apomitical reproduction on the same ovulum. However the genetic events that trigger the apomitical embryo production are presently poorly known. It is still not known if the same genes related to the zygotic embryo formation would be the same related to the formation of the apomitic embryos, exhibiting different expression patterns. Another possibility is the existence of a particular set of genes that would be responsible for the apomitic event but, it is rather improbable that such locus would control new and distinct metabolic pathways that include the action of new genes related to the formation of the embryonic sac and other set of genes for the embryogenesis itself. One should also consider that the apomitic reproduction might be a consequence of erratic gene expression of a gene that acts triggering a successive set of genetic activities on different occasions during the course of the ovulum sexual processes. The reserve proteins are coded by genes that express on specific tissues, making up a set of excellent material for genetic studies. Aiming to study such genetic particularities on the Citrus apomitic process, it was carried out a study on the differential expression of mRNA and their corresponding reserve protein using zygotic, apomitic and zygotic plants. The apomitical and zygotic embryonic conditions together with those related to early developed seedlings were evaluated using molecular markers such as RAPD, fAFLP. It was observed that both types of embryos and seedlings express a set of differential proteins... (complete abstract, access undermentioned eletronic adress) / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O presente trabalho objetivou comparar, utilizando dados de um experimento de Microarray com um delineamento simples, os resultados de diferentes testes estatísticos a fim de verificar suas características na detecção de diferenças no nível de expressão dos genes. Os dados foram provenientes da South Dakota State University-EUA, do Department of Biology and Microbiology, Department of Animal Science, onde toda a parte experimental foi realizada. O material biológico envolveu quatro aves infectadas e quatro não infectadas com o vírus de bronquite infecciosa (IBV). O RNA utilizado foi extraído da camada epitelial da traquéia de animais controle e infectados com o vírus da IBV e, após a transcrição reversa foi marcado com os corantes fluorescentes (Cy3 e Cy5) e hibridizados com o microarray 13k cDNA de aves (FHCRC, Seattle, WA). A análise de dados dos resultados do experimento de microarray englobou dois estágios, sendo o primeiro denominado de Normalização, em que os dados foram pré-processados utilizando o procedimento Loess. A seguir foram realizadas as análises estatísticas propriamente ditas com testes de significância. Utilizou-se um modelo simples de ANOVA e aplicaram-se diferentes metodologias de análise. A análise das imagens revelou que dos 16192 spots em cada slide, apenas 10.926 puderam ser lidos sem defeitos no primeiro slide, 11.633 no segundo slide, 12577 no terceiro e 13.154 no quarto slide. A grande maioria dos spots em branco e controles negativos apresentou defeitos que determinaram sua eliminação. Um total de 13.597 spots foi lido no conjunto dos quatro slides, mas apenas 9.853 spots estavam representados em todos os slides. Concluiu-se que os experimentos de microarray, por tratarem de um conjunto muito grande de observações a serem analisados requerem análises estatísticas específicas. O método de Cui et al. (2005) reduziu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this research was to compare, using real data of an experiment of Microarray with a simple design, the results of different statistical tests in order to verify their characteristics in the detection of differences in the level of expression of the genes. The data were coming of South Dakota State University-EUA, of the Department of Biology and Microbiology, Department Animal of Science, where the whole experimental part was accomplished. The biological material involved four infected animals and four no infected with the virus of infectious bronchitis (IBV). Used RNA was extracted of the layer epitelial of the windpipe of animals control and infected with the virus of IBV and, after the reverse transcription it was marked with the fluorescent colors (Cy3 and Cy5) and hybridization with the microarray 13k cDNA of birds (FHCRC, Seattle, WA). The analysis of data of the results of the microarray experiment included two apprenticeships, being the first denominated of Normalization, in that the data were pre-processed using the procedure Loess. To follow the statistical analyses they were accomplished properly said through real data with significant tests. A simple model of ANOVA was used and different analysis methodologies were applied. The analysis of the images revealed that of the 16192 spots in each slide, only 10.926 could be read without defects in the first slide, 11.633 in the second slide, 12577 in the third slide and 13.154 in the fourth slide. The great majority of the spots in white and negative controls presented defects that determined it elimination. A total of 13.597 spots was read in the group of the four slides, but only 9.853 spots were represented in all of the slides. It was ended that the microarray experiments, for they treat of a very big group of observations to be analyzed request specific statistical analyses. The method of Cui et al. (2005) it reduced... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: O mal-do-fio (ou queima-do-fio) é uma doença causada pelo fungo Basidiomiceto Ceratobasidium sp., que afeta diversas plantas frutíferas nativas ou cultivadas. A doença ocorre com mais freqüência em zonas de alta precipitação e temperaturas elevadas, típicas de regiões de florestas tropicais como a Amazônia e a Mata Atlântica. Em São Paulo, recentemente detectou-se a ocorrência do mal-do-fio, em caquizeiro na região de Mogi das Cruzes. Essa doença pode- se tornar importante com a expansão do cultivo de fruteiras no Estado. A maioria das pesquisas sobre o patossistema focalizou a epidemiologia e o controle do fungo. Entretanto a etiologia do patógeno ainda não está totalmente definida, especialmente para populações do fungo infectando caqui e chá no Estado de São Paulo. Há também pouca informação sobre a divergência genética entre populações do patógeno de hospedeiros distintos como caqui e chá. O primeiro objetivo deste trabalho foi determinar o posicionamento filogenético global de populações de Ceratobasidium sp. do caqui e do chá, em relação a espécies de Ceratobasidium sp. descritas no mundo. Foram analisadas seqüências de DNA da região ITS-5.8S do rDNA, inferindo-se a história dos alelos ou haplótipos deste lócus, por meio de métodos filogenéticos, cladísticos e coalescentes. Observou-se que uso de C. noxium é apropriado para denominar espécies associadas ao mal-do- fio em caqui e chá, apesar de C. noxium do caqui e do chá constituírem populações filogeneticamente independentes, as quais denominamos de Grupo Diospyrus e Grupo Camellia. Este estudo trouxe uma contribuição importante para a compreensão das relações filogenéticas e biologia de populações de C. noxium em caqui e chá. Uma vez esclarecidas as questões filogenéticas, o segundo objetivo deste trabalho foi testar a patogenicidade cruzada de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The white-thread blight is a disease caused by the Basidiomycete fungus Ceratobasidium sp. that affects several native or cropped tree fruits. This disease frequently occurs in zones of high precipitation and high temperatures typical of the tropical forest regions such as the Amazon and the Atlantic Forest. In São Paulo, the occurrence of the white-thread blight was detected only recently on kaki orchards closer to Mogi das Cruzes. That disease can become important with the expansion of the fruit trees cropping areas in the State. Most of the researches about the pathosystem has focused on the epidemiology and control of fungus. However the etiology of the pathogen is not totally defined yet, especially for the fungus populations infecting kaki and tea in São Paulo State. There is also little information available about the biological and genetic divergence between pathogen populations from distinct hosts, such as kaki and tea. The first objective of this research was to determine the global phylogenetic placement of populations of Ceratobasidium from kaki and tea, considering the species of Ceratobasidium described throughout the world. Sequences of the ITS-5.8S region of the rDNA were analyzed, inferring the alleles or haplotypes history for this locus, by phylogenetics, cladistisc and coalescent methods. We observed that the use of C. noxium is appropriate to denominate the fungus species associate with the white-thread blight on kaki and tea, despite the fact that C. noxium from kaki and tea constitutes phylogenetically independent populations, which we denominate Diospyrus and Camellia groups. This study brought an important contribution for the understanding of the phylogenetics and population biology of C. noxium infecting kaki and tea. Once the phylogenetics subjects have been cleared, the second objective of this work was to test the cross-pathogenicity... (Complete abstract, access electronic address below) / Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Alcebíades Ribeiro Campos / Banca: Adriana Zanin Kronka / Banca: Cézar Junior Bueno / Mestre