Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-07Bitstream added on 2014-08-13T18:01:21Z : No. of bitstreams: 1 000766190.pdf: 2070584 bytes, checksum: 9a03514bca85630b682825636e50389c (MD5) / A seringueira [Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. de Juss.) Muell-Arg] é a maior fonte de borracha natural, amplamente cultivada, e de grande importância comercial devido a sua alta capacidade produtiva. Atualmente ela vem sendo atacada por várias doenças que causam enormes prejuízos econômicos. Dentre essas a antracnose, causada pelos fungos Colletotrichum gloeosporioides e Colletotrichum acutatum, está presente em todos os lugares heveícolas do mundo. Estes fungos causam vários danos na planta como lesões nos folíolos, nos ponteiros, nos ramos, nos frutos e cancros no painel de sangria. Diante desta situação e da alta incidência destes patógenos na cultura da seringueira, o presente trabalho teve como objetivo identificar a variabilidade genética dos isolados de C. gloeosporioides e C. acutatum associados à seringueira. Ferramentas filogenéticas e populacionais foram utilizados para determinar a distribuição e a frequência de cada um dos possíveis haplótipos. As 79 amostras coletadas em campo foram amplificadas por PCR com primers específicos das regiões espaçadores ITS e dos genes 18S, 28S e 5,8S. Posteriormente as regiões amplificadas foram sequenciadas pelo método Sanger. Para complementar as análises foram adicionadas sequências disponíveis no NCBI, totalizando uma matriz de dados de 263 amostras. As árvores geradas, a partir de análises filogenéticas Bayesiana, Máxima Verossimilhança e Neighbour-Joining, mostraram a divisão dos grupos de C. gloeosporioides e C. acutatum, possibilitando a separação da matriz em duas espécies específicas. As análises ... / The rubber tree [Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. Than Juss. ) Muell - Arg] is the largest source of natural rubber, widely cultivated, and of great commercial importance due to its high production capacity. Currently the rubber trees are being attacked for various diseases, causing huge economic losses. Among them, the anthracnose, caused by Colletotrichum gloeosporioides and Colletotrichum acutatum, is in all rubber crops places of the world. These fungi causes various damage, such as injuries on leaves, branches, fruits, as well as cankers in the taping panel. Given this situation, and the high incidence of this pathogen in the rubber crop, this study aimed to identify the genetic variability of the isolates of C. gloeosporioides and C. acutatum associated to rubber crop. Phylogenetic and population tools were performed to determine the distribution and frequency of each possible haplotypes. The 79 samples collected in the field were amplified by PCR by specific primers of the ITS spacers regions and the 18S, 28S and 5.8 S genes. Subsequently, the amplified regions were sequenced by the Sanger method. Several sequences available in NCBI were added, to complement the analysis, totaling a data matrix of 263 samples. Phylogenetic analyses generated by Bayesian, Maximum Likelihood and Neighbour -Joining methods, showed the division of the C. acutatum and C. gloeosporioides groups, enabling the separation of the matrix in two specific species. The population analysis showed some very common haplotypes distributed around the world, as well as another haplotypes with very restricted distribution, such as H1 haplotype of ...

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Martha Maria Passador / Banca: Eduardo Bagagli / Banca: Marli de Fatima Stradioto Papa / Banca: Christiane Ceriane Aparecido / Resumo: A seringueira [Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. de Juss.) Muell-Arg] é a maior fonte de borracha natural, amplamente cultivada, e de grande importância comercial devido a sua alta capacidade produtiva. Atualmente ela vem sendo atacada por várias doenças que causam enormes prejuízos econômicos. Dentre essas a antracnose, causada pelos fungos Colletotrichum gloeosporioides e Colletotrichum acutatum, está presente em todos os lugares heveícolas do mundo. Estes fungos causam vários danos na planta como lesões nos folíolos, nos ponteiros, nos ramos, nos frutos e cancros no painel de sangria. Diante desta situação e da alta incidência destes patógenos na cultura da seringueira, o presente trabalho teve como objetivo identificar a variabilidade genética dos isolados de C. gloeosporioides e C. acutatum associados à seringueira. Ferramentas filogenéticas e populacionais foram utilizados para determinar a distribuição e a frequência de cada um dos possíveis haplótipos. As 79 amostras coletadas em campo foram amplificadas por PCR com primers específicos das regiões espaçadores ITS e dos genes 18S, 28S e 5,8S. Posteriormente as regiões amplificadas foram sequenciadas pelo método Sanger. Para complementar as análises foram adicionadas sequências disponíveis no NCBI, totalizando uma matriz de dados de 263 amostras. As árvores geradas, a partir de análises filogenéticas Bayesiana, Máxima Verossimilhança e Neighbour-Joining, mostraram a divisão dos grupos de C. gloeosporioides e C. acutatum, possibilitando a separação da matriz em duas espécies específicas. As análises ... / Abstract: The rubber tree [Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. Than Juss. ) Muell - Arg] is the largest source of natural rubber, widely cultivated, and of great commercial importance due to its high production capacity. Currently the rubber trees are being attacked for various diseases, causing huge economic losses. Among them, the anthracnose, caused by Colletotrichum gloeosporioides and Colletotrichum acutatum, is in all rubber crops places of the world. These fungi causes various damage, such as injuries on leaves, branches, fruits, as well as cankers in the taping panel. Given this situation, and the high incidence of this pathogen in the rubber crop, this study aimed to identify the genetic variability of the isolates of C. gloeosporioides and C. acutatum associated to rubber crop. Phylogenetic and population tools were performed to determine the distribution and frequency of each possible haplotypes. The 79 samples collected in the field were amplified by PCR by specific primers of the ITS spacers regions and the 18S, 28S and 5.8 S genes. Subsequently, the amplified regions were sequenced by the Sanger method. Several sequences available in NCBI were added, to complement the analysis, totaling a data matrix of 263 samples. Phylogenetic analyses generated by Bayesian, Maximum Likelihood and Neighbour -Joining methods, showed the division of the C. acutatum and C. gloeosporioides groups, enabling the separation of the matrix in two specific species. The population analysis showed some very common haplotypes distributed around the world, as well as another haplotypes with very restricted distribution, such as H1 haplotype of ... / Doutor

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Antonio de Góes / Banca: Nara Lucia Perondi Fortes / Banca: Marina Capelari / Banca: Mario Barreto Figueiredo / Resumo: Com o objetivo de caracterizar o "complexo" gênero anamórfico Cylindrocladium, dezoito isolados foram cultivados em meios de cultura distintos, mantidos sob diferentes temperaturas, além de ter conídios e vesículas terminais analisados morfologicamente para identificação correta das culturas. Inoculações em diferentes hospedeiros foram realizadas para avaliação do comportamento patogênico dos isolados estudados. Também, o DNA destes isolados foi extraído e analisado, na tentativa de se encontrar diferenças relevantes. Com relação aos caracteres morfológicos estudados, pôde-se observar que ocorrem alterações nas dimensões de conídios e morfologia da vesícula terminal devido, provavelmente, à mudança do substrato de cultivo. Porém, a variabilidade natural nas características dessas estruturas é tão elevada que dificulte a identificação correta dos isolados. Em uma mesma cultura, por exemplo, puderam ser observadas vesículas terminais de diferentes morfologias. Também foi estudada a compatibilidade genética através do pareamento, dois a dois, dos diferentes isolados em meio de cultura feijão azuki-ágar. Observou-se que, somente em alguns pareamentos, desenvolveram-se peritécios contendo esporos sexuais do gênero teleomórfico Calonectria, correspondente ao anamorfo Cylindrocladium spp., diferente compatibilidade gênica, ou seja, distintos "mating-types". Pôde-se constatar que existem diferenças patogênicas e fisiológicas entre os isolados, uma vez que houve a formação de grupos distintos quando tais características foram consideradas. Estas diferenças, provavelmente, sejam devidas à constituição genética distinta existente entre os isolados. Porém, isto não pôde ser constatado devido às dificuldades encontradas nos experimentos relativos à caracterização molecular...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In order to characterize the anamorfic genus Cylindrocladium eighteen isolates had been cultivated in distinct media of culture, kept under different temperatures, besides having spores and terminal vesicles morphologically analyzed for correct identification of cultures. Inoculations on different hosts had been carried out through for evaluation of pathogenic behavior of the isolated studied. The genetic compatibility was studied by the cultures pareament on azuki-bean medium. Only in some plates were observed perithecia containing sexual spores (ascospores) of the teleomorphic genus Calonectria. This result indicates the existence of different mating types. Also, the DNA of these isolates were extracted and studied in the attempt to find important differences. Concerning the morphologic characters studied could be observed that alterations occur in the conidial dimensions and morphology of the terminal vesicle, but those alterations were meaningless and happen probably due the substratum changes. However, the natural variability in the general characteristics of these structures raised that it makes difficult the correct identification of the isolates. In the same culture, for example, can be observed terminal vesicles with different morphologies. It could be evidenced that pathogenic and physiological differences among the isolates exist. This brings the idea of the distinct populational groups formation when such characteristics were considered. These differences, probably, must to the existence of distinct genetic constitution among the isolates. However, this could not be evidenced due the difficulties that occur in the molecular characterization experiments. For these studies were necessary a good quality of DNA samples. Even though many different protocols for DNA extraction were used this quality was not obtained...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-08-19Bitstream added on 2014-06-13T20:06:02Z : No. of bitstreams: 1 aparecido_cc_dr_botfca.pdf: 485426 bytes, checksum: 0acb33f546a3cf580d7a678084d5020e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o objetivo de caracterizar o complexo gênero anamórfico Cylindrocladium, dezoito isolados foram cultivados em meios de cultura distintos, mantidos sob diferentes temperaturas, além de ter conídios e vesículas terminais analisados morfologicamente para identificação correta das culturas. Inoculações em diferentes hospedeiros foram realizadas para avaliação do comportamento patogênico dos isolados estudados. Também, o DNA destes isolados foi extraído e analisado, na tentativa de se encontrar diferenças relevantes. Com relação aos caracteres morfológicos estudados, pôde-se observar que ocorrem alterações nas dimensões de conídios e morfologia da vesícula terminal devido, provavelmente, à mudança do substrato de cultivo. Porém, a variabilidade natural nas características dessas estruturas é tão elevada que dificulte a identificação correta dos isolados. Em uma mesma cultura, por exemplo, puderam ser observadas vesículas terminais de diferentes morfologias. Também foi estudada a compatibilidade genética através do pareamento, dois a dois, dos diferentes isolados em meio de cultura feijão azuki-ágar. Observou-se que, somente em alguns pareamentos, desenvolveram-se peritécios contendo esporos sexuais do gênero teleomórfico Calonectria, correspondente ao anamorfo Cylindrocladium spp., diferente compatibilidade gênica, ou seja, distintos mating-types. Pôde-se constatar que existem diferenças patogênicas e fisiológicas entre os isolados, uma vez que houve a formação de grupos distintos quando tais características foram consideradas. Estas diferenças, provavelmente, sejam devidas à constituição genética distinta existente entre os isolados. Porém, isto não pôde ser constatado devido às dificuldades encontradas nos experimentos relativos à caracterização molecular... / In order to characterize the anamorfic genus Cylindrocladium eighteen isolates had been cultivated in distinct media of culture, kept under different temperatures, besides having spores and terminal vesicles morphologically analyzed for correct identification of cultures. Inoculations on different hosts had been carried out through for evaluation of pathogenic behavior of the isolated studied. The genetic compatibility was studied by the cultures pareament on azuki-bean medium. Only in some plates were observed perithecia containing sexual spores (ascospores) of the teleomorphic genus Calonectria. This result indicates the existence of different mating types. Also, the DNA of these isolates were extracted and studied in the attempt to find important differences. Concerning the morphologic characters studied could be observed that alterations occur in the conidial dimensions and morphology of the terminal vesicle, but those alterations were meaningless and happen probably due the substratum changes. However, the natural variability in the general characteristics of these structures raised that it makes difficult the correct identification of the isolates. In the same culture, for example, can be observed terminal vesicles with different morphologies. It could be evidenced that pathogenic and physiological differences among the isolates exist. This brings the idea of the distinct populational groups formation when such characteristics were considered. These differences, probably, must to the existence of distinct genetic constitution among the isolates. However, this could not be evidenced due the difficulties that occur in the molecular characterization experiments. For these studies were necessary a good quality of DNA samples. Even though many different protocols for DNA extraction were used this quality was not obtained...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:30Z : No. of bitstreams: 1 000829670_20170301.pdf: 127810 bytes, checksum: 44d4ae85fcaac4415a01b5b5767032c2 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-03T11:01:31Z: 000829670_20170301.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-03T11:02:40Z : No. of bitstreams: 1 000829670.pdf: 1102839 bytes, checksum: 4219369f7ced3eb60a4edfc75be10b10 (MD5) / A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, encontra-se espalhada pelos continentes do mundo. Seus sintomas ocasionam a depreciação dos frutos e a queda prematura daqueles severamente infectados. Dada a importância econômica desta doença, realizamos a análise da estrutura genética de duas coleções de isolados de P. citricarpa, obtidas de uma única propriedade citrícola, em um intervalo de sete anos. Os frutos foram coletados de laranjeiras 'Pera 'e 'Valência' nos anos de 2005 e 2012. Os isolados obtidos foram identificados mediante a análise de sequências da região ITS e genes GPDH e TEF1. Assim, 80 isolados da coleção de 2005 e 115 de 2012 foram identificados como P. citricarpa. Apenas seis isolados de Phyllosticta capitalensis foram encontrados em meio aos de 2012. Maior quantidade de sequências com variações genéticas foram identificadas nos isolados obtidos na última amostragem de frutos, principalmente nas populações oriundas de 'Valência'. A diferenciação genética entre as populações de P. citricarpa de laranjeiras 'Valência', de 2005 e 2012, foi evidenciada mediante o emprego de marcadores AFLP, sendo o genótipo predominante em 2012 aquele identificado nas populações de 'Pera', de ambos os períodos. Pela análise da relação genética entre os isolados, presumiu-se que indivíduos cujo genótipo tenha sido favorecido apareceram primeiramente entre as populações de P. citricarpa que abrigavam as plantas de 'Pera', e posteriormente, migraram para os pomares de 'Valência'. Esta uniformização populacional ao longo dos sete anos e o baixo polimorfismo notado entre os isolados ao longo de gerações são indicativos de baixa recombinação genética entre os indivíduos. Sequências das bandas polimórficas entre os isolados de 'Valência' de 2005 e 2012 apresentaram similaridade com aquelas de proteínas da família de ABC transporters ... / Citrus Black Spot (CBS), caused by the fungus Phyllosticta citricarpa, is spread over continents in the world. Its symptoms cause fruit depreciation and those severely infected fall prematurely. Given the economic importance of this disease, we carried out analysis of the genetic structure of two P. citricarpa isolates collections, obtained from a single citrus farm in a seven years interval. Fruits were collected from Pera and Valencia orange varieties in 2005 and 2012. The isolates obtained were identified by sequences analysis of ITS region and GPDH and TEF1 genes. Thus, 80 and 115 isolates of the 2005 and 2012 collections, respectively, were identified as P. citricarpa. Among the 2012 collection only six Phyllosticta capitalensis isolates were found. Higher amount of sequences containing genetic variations were identified in the isolates from the last fruits sampling, especially in populations derived from Valencia oranges. By applying AFLP markers it was evidenced genetic differentiation among P. citricarpa populations from Valencia oranges obtained between 2005 and 2012, whose predominant genotype in 2012 was that found in Pera populations from both periods. Through analysis of genetic relationship among isolates, it was assumed that individuals with favored genotypes have first appeared among P. citricarpa populations of Pera plants, and further migrated to Valencia orchards. Genetic populations uniformity over the seven years and low polymorphism observed among them, over generations, are indicative of low genetic recombination between individuals. Sequences of polymorphic bands between isolates of 2005 and 2012 Valencia collections presented similarity with those of ABC transporters Family proteins, which act as efflux pumps of cytotoxic compounds, as fungicides, and to NADH dehydrogenase proteins. Such gene modifications might be responsible for variability of sensibility responses of the isolates to strobilurins, which ...

Orientador: Eleni Gomes / Coorientador: Éder Antônio Giglioti / Banca: Fernando Barbosa Noll / Banca: Marcia Maria de Souza Moretti / Banca: José Eduardo Marcondes de Almeida / Banca: Jeferson Gross / Resumo: A broca da cana-de-açúcar é considerada a principal praga da cultura, cujo controle químico não tem sido eficaz. O controle biológico com Cotesia flavipes, em função da expansão do plantio, não será suficiente para o controle em áreas de alta infestação. O clima quente e úmido das regiões Noroeste e Centro-Oeste do Estado de São Paulo potencializam a utilização dos fungos Beauveria bassiana e Metarhizium anisopliae para o controle desta praga. O presente trabalho teve como objetivos estudar as variações genéticas dentre uma população pré-selecionada de 20 isolados de Metarhizium spp. associada ao controle de Diatraea saccharalis para identificar espécies e isolados com potencial de uso como agentes para o controle desta praga e a compatibilidade dos mesmos com o parasitoide Cotesia flavipes para serem utilizados em programas de manejo integrado dessa praga-MIP. Neste sentido, foram realizados testes para determinação da agressividade desse grupo de isolados de Metarhizium spp. previamente selecionados sobre D. saccharalis. Os isolados foram inicialmente caracterizados quanto ao potencial de patogenicidade, posteriormente foi realizada a seleção de cepas com alta eficiência de infecção sobre a D. saccharalis através da TL90. Também foi realizada a avaliação da compatibilidade dos isolados selecionados de Metarhizium spp. com o parasitoide C. flavipes para serem utilizados juntamente em programas de Manejo de Pragas - MIP. Os resultados do presente estudo demonstraram que todos... / Abstract: The sugarcane borer is considered as a major crop pest, whose chemical control has not been very effective. The biological control by Cotesia flavipes, due to the expansion of the plan, are not enough to control in areas of high infestation. The hot and humid climate of the Northwest and Miwest regions of São Paulo state potentiate the utilization of the fungi Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae to control this pest. The present work aims to study the genetic variations among a pre-selected population of 20 isolates of Metarhizium spp. associated to the control of Diatraea saccharalis to identify species and isolates with potential of use as agents for the control of this pest and their compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used in Integrated Pest Management (IPM) programs. In this sense, the tests were carried out to aggressiveness determination of this Metarhizium spp isolate groups previously selected on Diatraea saccharalis. The isolates were initially characterized for the pathogenicity potential, later the strain selection was made of highly efficient of infection on D. saccharalis through TL90. Also was made the evaluation of Metarhizium spp selected isolates compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used together in Integrated Pest Management (IPM) programs. The results of the present study demonstrated that all the isolates evaluated showed high virulence against D. saccharalis caterpillars, and being possible to prove the efficiency of these isolates in the control of this pest, but they showed differences in mortality distribution over time, and the estimate of the lethal time to kill 90% of insect population (TL90) ranged from 5.39 days for M13 to 7.49 days for M20. Moreover, the results of the compatibility tests showed that most of the isolates of the Metarhizium spp. fungus presented some toxicity degree to C. flavipes, ... / Doutor

Orientador: Antonio de Goes / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Banca: Marcel Bellato Spósito / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Banca: Sérgio Florentino Pascholati / Resumo: A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, encontra-se espalhada pelos continentes do mundo. Seus sintomas ocasionam a depreciação dos frutos e a queda prematura daqueles severamente infectados. Dada a importância econômica desta doença, realizamos a análise da estrutura genética de duas coleções de isolados de P. citricarpa, obtidas de uma única propriedade citrícola, em um intervalo de sete anos. Os frutos foram coletados de laranjeiras 'Pera 'e 'Valência' nos anos de 2005 e 2012. Os isolados obtidos foram identificados mediante a análise de sequências da região ITS e genes GPDH e TEF1. Assim, 80 isolados da coleção de 2005 e 115 de 2012 foram identificados como P. citricarpa. Apenas seis isolados de Phyllosticta capitalensis foram encontrados em meio aos de 2012. Maior quantidade de sequências com variações genéticas foram identificadas nos isolados obtidos na última amostragem de frutos, principalmente nas populações oriundas de 'Valência'. A diferenciação genética entre as populações de P. citricarpa de laranjeiras 'Valência', de 2005 e 2012, foi evidenciada mediante o emprego de marcadores AFLP, sendo o genótipo predominante em 2012 aquele identificado nas populações de 'Pera', de ambos os períodos. Pela análise da relação genética entre os isolados, presumiu-se que indivíduos cujo genótipo tenha sido favorecido apareceram primeiramente entre as populações de P. citricarpa que abrigavam as plantas de 'Pera', e posteriormente, migraram para os pomares de 'Valência'. Esta uniformização populacional ao longo dos sete anos e o baixo polimorfismo notado entre os isolados ao longo de gerações são indicativos de baixa recombinação genética entre os indivíduos. Sequências das bandas polimórficas entre os isolados de 'Valência' de 2005 e 2012 apresentaram similaridade com aquelas de proteínas da família de ABC transporters ... / Abstract: Citrus Black Spot (CBS), caused by the fungus Phyllosticta citricarpa, is spread over continents in the world. Its symptoms cause fruit depreciation and those severely infected fall prematurely. Given the economic importance of this disease, we carried out analysis of the genetic structure of two P. citricarpa isolates collections, obtained from a single citrus farm in a seven years interval. Fruits were collected from Pera and Valencia orange varieties in 2005 and 2012. The isolates obtained were identified by sequences analysis of ITS region and GPDH and TEF1 genes. Thus, 80 and 115 isolates of the 2005 and 2012 collections, respectively, were identified as P. citricarpa. Among the 2012 collection only six Phyllosticta capitalensis isolates were found. Higher amount of sequences containing genetic variations were identified in the isolates from the last fruits sampling, especially in populations derived from Valencia oranges. By applying AFLP markers it was evidenced genetic differentiation among P. citricarpa populations from Valencia oranges obtained between 2005 and 2012, whose predominant genotype in 2012 was that found in Pera populations from both periods. Through analysis of genetic relationship among isolates, it was assumed that individuals with favored genotypes have first appeared among P. citricarpa populations of Pera plants, and further migrated to Valencia orchards. Genetic populations uniformity over the seven years and low polymorphism observed among them, over generations, are indicative of low genetic recombination between individuals. Sequences of polymorphic bands between isolates of 2005 and 2012 Valencia collections presented similarity with those of ABC transporters Family proteins, which act as efflux pumps of cytotoxic compounds, as fungicides, and to NADH dehydrogenase proteins. Such gene modifications might be responsible for variability of sensibility responses of the isolates to strobilurins, which ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-13Bitstream added on 2014-06-13T19:18:06Z : No. of bitstreams: 1 basseto_ma_me_ilha.pdf: 949120 bytes, checksum: dd3f3b104d600fa3d0cc25023fb35d18 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A mancha areolada causada por Thanatephorus cucumeris, é uma das doenças mais importantes da seringueira (Hevea brasiliensis) na região Amazônica. Apesar disso, há pouca informação disponível sobre a diversidade biológica, patogênica e genética do patógeno. Uma questão importante sobre o real posicionamento filogenético deste patógeno ainda não foi respondida. Neste estudo, foram analisadas seqüências da região ITS-5.8S do rDNA de uma população de T. cucumeris (fase anamórfica = Rhizoctonia solani AG 2-2) associado à mancha areolada da seringueira, obtida em Belém (PA), Manaus (AM) e Xapuri/Rio Branco (AC). Esta população foi também comparada filogeneticamente com membros do AG 2 descritos mundialmente. Este estudo representa um passo importante para revelar a origem, os padrões de movimento e amplificação de genótipos epidemiologicamente importantes de T. cucumeris da seringueira. Filogenéticamente, através de análise Bayesiana e de máxima parcimônia, encontramos suporte para nomear um novo grupo de anastomose associado à mancha areolada da seringueira: o AG 2-2 Hb. Este grupo constitui-se numa unidade evolucionária independente em relação aos subgrupos mundiais do AG 2-2 analisados. Na genealogia construída por análise coalescente, observou-se que a população de R. solani AG 2-2 Hb, de Belém, é relativamente mais velha que as demais populações analisadas. O ancestral comum de todas as três populações analisadas está associado com a mancha foliar do maracujazeiro (Passiflora edulis), em Belém, e tem cerca de 0,8 unidades evolucionárias coalescentes de idade. Nenhum haplótipo da região ITS-5.8S do AG 2-2 Hb, de Belém, foi observado em outras regiões. Entretanto, a população de Manaus compartilhou dois, de seus quatro haplótipos, com aqueles observados em Xapuri / Rio Branco, no Acre, indicando fluxo gênico e deriva genética. / Thanatephorus leaf spot is one of the most important diseases of rubber tree (Hevea brasiliensis) in the Amazon region, Brazil. However, there is fill information available about the biological, pathogenic and genetic diversity of the pathogen. An important question about the actual phylogenetic placement of this pathogen is not answered yet. In this study, we analyzed sequences of the ITS-5.8S rDNA region from a population of T. cucumeris (anamorphase = Rhizoctonia solani AG 2-2) associated to the rubber tree leaf spot obtained in Belém (PA), Manaus (AM) and Xapuri/Rio Branco (AC). This population was also phylogenetically compared with members of AG 2 world-widely described. This study represents an important step to reveal the origin, the patterns of movement and amplification of epidemiologically important genotypes of rubber tree-infecting T. cucumeris. Phylogenetically, through both Bayesiana and maximum parsimony analyses, we found support to nominate a new group of anastomosis associated with the rubber tree foliar spot: the AG 2-2 Hb. This group consisted of a independent evolutionary unit in relation to the world-wide sub-groups of AG 2-2 analyzed. In the gene genealogy built by coalescent analysis, was observed that the population of R. solani AG 2-2 Hb of Belém is relatively older than the other populations analyzed. The oldest most recent common ancestor of all the three populations analyzed was associated with a sample obtained from passion-fruit (Passiflora edulis) leaf blight in Belém and has about 0.8 coalescent evolutionary units of age. No AG 2- 2 Hb ITS-5.8S rDNA haplotype from Belém was observed in any other regions. However, the population from Manaus shared two, of its four haplotypes, with those observed in Xapuri/Rio Branco (Acre), indicating both gene flow and genetic drift.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-29Bitstream added on 2014-06-13T21:00:53Z : No. of bitstreams: 1 pinto_cs_me_botfca.pdf: 1125735 bytes, checksum: 911ee854430bff9965e0ec58e6a7b681 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter é uma das doenças mais limitantes no estabelecimento de novos plantios e na condução de brotações de algumas espécies e procedências de Eucalyptus. O método de controle mais eficiente é o plantio de populações de Eucalyptus resistentes à doença. O presente trabalho tem como objetivo estudar a variabilidade genética em progênies de Eucalyptus dunnii Maiden para resistência à ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter. Foram instalados dois testes de progênies de Eucalyptus dunnii no campo, em áreas com histórico de observação de ocorrência da ferrugem pertencentes à empresa Suzano Papel e Celulose, plantados em espaçamento 3x2m, e um teste de progênies em ambiente controlado (câmara de inoculação), conduzido no Departamento de Produção Vegetal. Os experimentos foram instalados em blocos casualizados, o primeiro com 60 progênies, na região de Itapetininga/SP, o outro com 48 progênies de Eucalyptus dunnii, ambos com oito plantas por parcela e repetidos em seis blocos. Foram feitas medições de altura de planta, avaliação da severidade de ataque do fungo. A estimativa da variabilidade genética foi determinada utilizando o programa computacional SELEGEN. As progênies de Eucalyptus dunnii apresentaram uma boa variabilidade genética para resistência a ferrugem e altura das plantas; não houve correlação entre progênies atacada e redução no crescimento em altura / Rust caused by Puccnia psidii Winter fungus is a limiting factor to establish new plantings and to conduct sprouting of some Eucalyptus species and its origin. The more efficient control method is Eucalytpus population planting resistant to the disease. This work has as an objective to study the genetic viability in Eucalyptus dunnii Maiden progenies resistant to Rust caused by Puccinia psidii Winter. It was installed two Eucalyptus dunnii progenies tests in the field, at Suzano Paper and Cellulose Company areas where rust was observed in the past, spacing 3x2m, and one progeny test in controlled environment (inoculation chamber), conducted at Plant Production Department. Both were installed in randomized blocks, the first with 60 progenies, in Itapetininga/SP Region, and the other with 48 progenies of Eucalytpus dunnii. Both with eight plants per plot and repeated in six blocks. The high of the plants were measured and evaluated the fungus attack. Genetic variability estimates was determinate thought SELEGEN (a computer program). The Eucalyptus dunnii progenies presented a good genetic variability for rust resistance and plants high; there was no correlation between infected progenies and decrease in high development

Orientador: Nilton Luiz de Souza / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Marli Teixeira de Almeida Minhoni / Banca: Luiz Eduardo Aranha de Camargo / Banca: Eiko Kuramae / Resumo: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorfico: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) e um fungo basidiomycota, fitopatogeno anamorfico com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mais de 500 generos de plantas. Causam doencas em varias culturas importantes no mundo, infectando sementes, raizes, folhas, hastes e frutos. A diversidade genetica de 274 isolados de Rhizoctonia spp. coletados, em diversas partes do mundo, foram caracterizados utilizando-se a analise de sequencia da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2, para avaliar o grau de variabilidade genetica dentro e entre grupos de anastomose (AGs), incluindo os isolados padroes dos respectivos AGs. A arvore filogenetica gerada pela analise das sequencias da regiao ITS foi suportada por 66% gbootstraph para a separacao em nove maiores grupos. De maneira geral, o agrupamento dos isolados de Rhizoctonia spp. ocorreu de acordo com os grupos de anastomose ja previamente determinados. A similaridade de sequencias entre isolados de mesmo hospedeiro, mas de diferente origem geografica foi elevada. Por exemplo, isolados de melao do Brasil e Espanha mostraram 97,2% de similaridade na regiao ITS1 e de 98,6 a 99,3 % na regiao ITS2. Isolados de batata do Brasil e da Espanha mostram similaridade de sequencia de 94%. Para melhorar a qualidade das sequencias da regiao ITS1-5.8S rDNA-ITS2 dos isolados CBS316.84 (Waitea circinata) e CBS569.83 (Ceratobasidium globisporum) foram gerados clones, e a analise das sequencias dos clones apresentaram variacao de 94,9 a 100 % de identidade 2 entre os clones do isolado CBS316.84 e de 91,9 ate 100 % para os clones do isolado CBS569.83. Os 44 isolados selecionados previamente, a partir do cladograma gerado da regiao ITS1-5.8S-ITS2 foram submetidos ao sequenciamento dos genes ATP sintase subunidade 6 mitocondrial (ATP6), fator de elongacao 1-alpha (EF-1ƒ¿), RNA polimerase 2 (RPB2) e a regiao ITS. As arvores filogeneticas baseadas na analise gneighbor-joiningh geradas a partir das... / Abstract: Rhizoctonia solani Kuhn (teleomorph: Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk) is an anamorphic plant pathogenic basidiomycota fungus with a wide host range, including more than 500 genera of higher plants. Species cause disease in several important crops worldwide by infecting the seeds, roots, leaves, stems and fruits. Two hundred seventy four isolates from plant pathogenic fungus Rhizoctonia spp. collected worldwide was characterized using ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequence analysis to assess the degree of genetic variability within and among anastomosis groups (AGs), including tester isolates of the respective AGs. Within the ITS phylogenetic tree, there was support (66% bootstrap value) for the separation into nine major groups. In general the clustering isolates of Rhizoctonia species agreed with previously determined anastomosis groups. Nucleotide sequence similarity between isolates from the same host but from different geographic origin was high e.g. isolates from melon from Brazil and Spain showed from 97.2 % similarity in ITS1 region and 98.6 to 99.3 % in ITS2 region. Potato isolates from Brazil and Spain showed a sequence similarity about 94%. Several isolates from the same geographic origin were found closely related to different anastomosis groups such as isolates from potato, tomato, soybeans, beans, sugar beet and have been reported different symptoms around the world. Were generated cloning of ITS region from CBS 316.84 (Waitea circinata) and CBS 569.83 (Ceratobasidium globisporum) isolates to improve the sequence quality. The clones showed 94.9 to 100% and 91.9 to 100% identity respectively. Fourty four isolates were selected from the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 phylogenetic tree for sequencing using the genes of ssembling the Fungal tree of Life (AFTOL) such as ATP 4 synthase subunit 6 mitocondrial (ATP6), elongation factor 1-alpha (EF-1ƒ¿) and RNA polymerase 2 (RPB2). The phylogenetic tree generated by sequences of EF-1ƒ¿ and RPB2 in general. / Doutor