Submitted by Diego Silva (diegoss@ufpa.br) on 2018-02-08T18:46:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_NeuroecologiaAvesFamilia.pdf: 5646927 bytes, checksum: 889955499c4c23c8f2589fd56f3556a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Diego Silva (diegoss@ufpa.br) on 2018-02-08T18:48:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_NeuroecologiaAvesFamilia.pdf: 5646927 bytes, checksum: 889955499c4c23c8f2589fd56f3556a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-08T18:48:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_NeuroecologiaAvesFamilia.pdf: 5646927 bytes, checksum: 889955499c4c23c8f2589fd56f3556a4 (MD5) Previous issue date: 2017-05-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies Charadrius semipalmatus e Charadrius collaris pertencem ao grupo das batuíras (Família Charadriidae), que são aves migratória e não migratória respectivamente, que utilizam a costa norte brasileira para forrageio. Nas aves migratórias, o hipocampo é importante para recuperar memórias relacionadas aos locais de parada, bem como os detalhes de ambos os habitats de reprodução e invernada. O hipocampo executa um papel importante no processamento de memória espacial destes organismos, tornando-os excelentes modelos para investigar o efeito do comportamento nesta região. Este trabalho tem o objetivo investigar se as respostas adaptativas do hipocampo ao comportamento migratório estão relacionadas com a migração e/ou com o padrão evolutivo entre espécies migrantes e não migrantes pertencentes ao gênero Charadrius. Os indivíduos de C. collaris e C. semipalmatus foram coletados em ilhas do litoral bragantino utilizando redes de neblina.As aves foram medidas, anestesiadas, identificadas enquanto espécies utilizando suas características morfológicas, tiveram amostras de tecido muscular coletadas e foram perfundidas por via transcardíaca. O encéfalo foi cortado no plano coronal, as secções foram coradas pela técnica de Nissl e imunomarcadas para NeuN, DCX e C-fos. Os números de células, volume da formação hipocampal e volume do soma celular foram estimados através do Fracionador Óptico, Cavalieri Estimator e Nucleator, respectivamente.O DNA total foi extraído para posterior sequenciamento do fragmento citocromo oxidase c subunidade I (COI) para gerar arvores filogenéticas de inferência Bayesiana, máxima verossimilhança, medidas de distância genética e analises dos contrastes filogenéticos. Os resultados mostraram que a anatomia da formação hipocampal observada em C. semipalmatus e C. collaris corrobora o observado para as aves em geral.Os resultados estereológicos evidenciaram que a espécie migratória possui maior volume da formação hipocampal, número de neurônios maduros e neurogênese, quando comparado a espécie não migratória, entretanto não houve diferença no volume dos somas de neurônios e células em atividade.Os resultados moleculares demonstraram não haver correlação entre as características da formação hipocampal e as distâncias evolutivas entre aves migrantes e não migrantes, indicando que as diferenças no número de células assim como o volume da formação hipocampal não ocorrem em razão da distância filogenética entre as espécies. Diante disso, evidencia-se a existência de diferenças neuroanatômicas na formação hipocampal de aves migrantes e não migrantes. E exclui-se os fatores divergência evolutiva como responsáveis por estes arranjos arquitetônicos. / The species Charadrius semipalmatus and Charadrius collaris are from the Plovers group (Charadriidae Family). These species are migratory and non-migratory birds, respectively. In the migratory birds, the hippocampus is important to recover memories related to the stopping places, details about the breeding and the wintering grounds. The hippocampus plays an important role the processing of spatial memory in these organisms, making them excellent models to investigate the effect of behavior in this brain region.This work aims to investigate whether the hippocampal adaptive responses to migratory behavior are related to the migration and/or evolutionary pattern between migrant and non-migrant species of Charadrius genus. The individuals of C. collaris and C. semipalmatus were collected in islands of the coast using mist nets. The birds were measured, anesthetized, identified at species level using morphological features, had samples of muscle tissue collected and were transcardially perfused. The brain was cut in the coronal plane, the sections were stained by the Nissl technique and immunolabelled for NeuN, DCX and C-fos.Cell numbers, hippocampal volume and cell volume were estimated through the Optical Fractionator, Cavalieri Estimator and Nucleator, respectively. The total DNA was extracted for subsequent sequencing of the cytochrome oxidase c subunit I fragment (COI) to generate phylogenetic trees of Bayesian inference, maximum likelihood, genetic distance measurements and analyzes of phylogenetic independent contrasts. The results showed that the anatomy of the hippocampal formations observed in C. semipalmatus and C. collaris corroborate that observed for birds in general.The stereological results evidenced that the migratory species had higher volume of hippocampal formation, number of mature neurons and neurogenesis, when compared to non-migratory species, however there was no difference in the volume of neurons and C-fos positive cells. Molecular results showed no correlation between the characteristics of the hippocampal formation and the evolutionary distances between migrant and non-migrant birds, indicating that the differences in the number of cells as well as the volume of hippocampal formation do not occur due to the phylogenetic distance between the species. Therefore, the existence of neuroanatomic differences in the hippocampal formation of migrant birds is evident, excluding evolutionary factors as responsible for these architectural arrangements.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3889.pdf: 1235045 bytes, checksum: 2746983be0ebda15a37ceeb2635ac9c2 (MD5) Previous issue date: 2011-08-19 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Cattle Egret (Bubulcus ibis) is a median sized bird, of African origin, considered as an invasive and exotic species in the American continent. In Brazil, first record was in the north, in 1964. The species have been maintaining a pattern of constant population growth, endangering the reproduction and survivorship of native species, as observed in the archipelago of Fernando de Noronha. The purposes of this work were the isolation of microsatellite loci for the species in question and to genetically characterize Brazilian populations, as a starting point in a study that contributes for the comprehension of the colonization process occurred in the country. Thereafter, two partially enriched genomic libraries were obtained, in which the generated fragments were posteriorly sequenced and analyzed for the presence of microsatellite sequences; being the cloning efficacy of 15.74%. Thirty-two microsatellite loci were selected for the analysis, of which eleven proved to be polymorphic. Content of polymorphic information for these loci varied between 0.079 and 0.453. Fragments of expected size were amplified in the eleven polymorphic loci in other six species from the same family as the Cattle Egret. Six populations from different latitudes in the country were genotyped in seven polymorphic loci. A low variability was found, with mean values of expected heterozigosity in the populations varying between 0.408 and 0.562. The population holding the higher diversity was the northern one, closest to the point of the first historic record of the species in the country. Low genetic structuring by AMOVA was detected, and some values of pairwise Fst and Rst proved to be significant when the pair contained populations from South and North of the country. Effective size (Ne) of the Brazilian population was 6.6 individuals (95% CL: 5.7-7.7). Diversity indices and population parameters analyzed did not show evidence that the dispersion of individuals occurred in a north-south axis, occurring more in an opportunistic and erratic manner. Fernando de Noronha s population, which have been managed by a population control program since 2007, presented diversity levels and population parameters comparable to the mainland populations, what indicates that the species will not be easily eliminated from this area. / A garça-vaqueira (Bubulcus ibis) é uma ave de médio porte, de origem africana, considerada espécie exótica invasora no continente americano. No Brasil, o primeiro registro foi na região norte, em 1964. A espécie vem mantendo um padrão de crescimento populacional constante, ameaçando a reprodução e sobrevivência de outras espécies nativas, como observado no arquipélago de Fernando de Noronha. Os objetivos desse trabalho foram isolar locos de microssatélites específicos para a espécie e caracterizar geneticamente as populações brasileiras, iniciando um estudo que contribui para a compreensão do processo de colonização ocorrido no país. Com esse intuito, foram construídas duas bibliotecas genômicas parciais enriquecidas, cujos fragmentos gerados foram posteriormente sequenciados e analisados quanto à presença de sequências de microssatélites, sendo de 15,74% a eficiência de clonagem. Foram selecionados 32 locos de microssatélites para as análises, dos quais 11 mostraram-se polimórficos. O conteúdo de informação polimórfica para esses locos variou de 0,079 à 0,453. Fragmentos de tamanho esperado foram amplificados nos onze locos polimórficos em outras seis espécies da mesma família. Seis populações de diferentes latitudes do país foram genotipadas em sete locos polimórficos. Uma baixa variabilidade foi encontrada, com valores médios de heterozigosidade esperada variando de 0,408 à 0,562 nas populações. A população detentora de maior diversidade foi a da região norte, mais próxima do ponto do local do primeiro registro histórico da espécie no país. Foi detectada baixa estruturação genética pela AMOVA e alguns valores de Fst e Rst par-a-par se mostraram significativos quando o par incluía populações da região sul e norte do país. O tamanho efetivo (Ne) da população brasileira foi de 6,6 indivíduos (95% CL:5,7-7,7). Os índices de diversidade e os parâmetros populacionais analisados não mostraram evidências de que a dispersão dos indivíduos tenha ocorrido segundo um eixo- norte-sul, mas sim de maneira oportunista e errática. A população de Fernando de Noronha, que vem sendo manejada por um programa de controle populacional desde 2007, apresentou níveis de diversidade e parâmetros populacionais comparáveis às populações do continente, o que indica que a espécie não será facilmente exterminada nessa área.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3726.pdf: 1279379 bytes, checksum: 9e1075ad1b412e877b4b51557d6bd6e3 (MD5) Previous issue date: 2011-05-06 / Universidade Federal de Sao Carlos / The biodiversity conservation is necessary for the natural ecosystems maintenance and their ecological interactions. The loss of species by human actions, which has been accentuated over the last decades, must be minimized and the search for its conservation is necessary. The endangered species of fauna require efforts for a proper management and the maintenance of genetic diversity is essential to the management success. The Cracid birds are an important group to the maintenance and regeneration of the ecosystems where they live. Thus, support studies to analyze the genetic diversity of these animals are critical for an appropriate management in captivity and wild life. Microsatellites are molecular markers for genetic diversity analyzes widely used and they have advantages over other methods, however, they are specific and they need to be isolated for each species in research. Therefore, microsatellites were prospected to Crax blumenbachii, an endangered type of cracid, validating them and supplying researches for their genetic diversity in search of biodiversity conservation. These markers have been used to analyze the genetic variation and the kinship degree of a captivity population of southeastern curassows from Poços de Caldas/MG breeding site. The results show a number of alleles per locus from two to four, the expected heterozygosity ranged from 0.35 to 0.70 and the observed one ranged from 0.41 to 1.0, which do not have a significant difference. Based on the found PIC values none locus is considered uninformative. The PID, considering all the loci, was 2.46 x 10-7 which means that the loci, characterized together, present a good resolution to individual identification. All the polymorphic loci were in Hardy-Weinberg equilibrium and it was not found significant linkage disequilibrium among any loci pair. It was found no evidence of a recent population bottleneck. The FIS results do not indicate neither excess nor heterozygote deficit at the analyzed loci, implying that the captive management and breeding are being planned properly. With the obtained data from the kinship analyzes it was possible proposing not related couples to reproduction which would maximize the captive population s genetic variability. The developed molecular markers in this research proved to be a good tool for genetic variation assessing of the captive population of the studied species and they supply genetic researches to maximize the management efficiency for cracid birds conservation. / A conservação da biodiversidade é necessária para a manutenção dos ecossistemas naturais e suas interações ecológicas. A perda de espécies por ações antrópicas, acentuada nas últimas décadas, deve ser minimizada e a busca pela sua conservação se faz necessária. As espécies da fauna ameaçadas necessitam de esforços para um manejo adequado e a manutenção da diversidade genética é essencial para o sucesso desse manejo. Os cracídeos são um grupo de aves importantes para a manutenção e regeneração dos ecossistemas em que estão inseridos. Sendo assim, subsidiar estudos para a análise da diversidade genética desses animais é de suma importância para um manejo adequado em cativeiro e vida livre. Microssatélites são marcadores moleculares muito utilizados para análises de diversidade genética e possuem vantagens em relação a outros métodos, porém são específicos, sendo necessário isolá-los para cada espécie que se pretende estudar. Deste modo, prospectou-se microssatélites para Crax blumenbachii, cracídeo ameaçado, validando-os e subsidiando estudos de sua diversidade genética. Esses marcadores foram utilizados para analisar a variação genética e o grau de parentesco de uma população cativa de mutuns-do-sudeste do Criadouro de Poços de Caldas/MG. Os resultados indicam um número de alelos por loco de dois a quatro, a heterozigosidade esperada variou de 0,35 a 0,70 e a observada variou de 0,41 a 1,0, não havendo diferença significativa entre elas. Baseando-se nos valores de PIC encontrados, nenhum loco é considerado pouco informativo. A PID, considerando todos os locos, foi de 2,46 x 10-7, o que significa que os locos caracterizados em conjunto apresentam um bom poder de resolução na identificação individual. Os quatro locos polimórficos estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg e não foi encontrado desequilíbrio de ligação significativo entre nenhum par de locos. Não encontrou-se nenhuma evidência de gargalo populacional recente os resultados do FIS não indicam excesso nem déficit de heterozigotos nos locos analisados, inferindo-se que o manejo e reprodução em cativeiro estão sendo planejados adequadamente. Os marcadores moleculares desenvolvidos neste trabalho mostraram-se uma boa ferramenta para avaliação da variação genética da população cativa da espécie estudada e subsidiam estudos genéticos para maximizar a eficiência do manejo para conservação dos cracídeos em geral. Com os dados de análises de parentesco obtidos foi possível propor casais não relacionados geneticamente para reprodução, o que maximiza a variabilidade genética da população cativa.