Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:19:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Microsatellite markers are widely used to assess the genetic variability in natural populations. These markers can be developed from derived Expressed sequence tag (ESTs) or genomic libraries. A feasible and economical alternative for obtaining of these markers for species that do not already have them is the transferability from primers designed for species evolutionarily close. The species Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) belongs to the Fabaceae family and shows great potential for use timber and medicinal, which makes them a target of exploitation. Thus, studies that contribute to their use and conservation are needed, including the genetic population. Therefore, the aim of this study was to evaluate the potential for cross-amplification primers developed for the species Phaseolus vulgaris to P. emarginatus and to analyze the polymorphism of the loci transferred from multiplex genotyping in three populations of this species. For this, were evaluated 539 primers developed for Phaseolus vulgaris, with 345 derived from ESTs libraries and 194 genomics. Amplification tests were performed using three individuals, while the assessment initial of the polymorphism with eight. Finally, genetic diversity parameters were estimated using 88 plants from three natural populations of P. emarginatus. Primers that showed amplification products visualized on agarose gel were then evaluated in 6% acrylamide gel stained with silver nitrate. Polymorphic loci were synthesized with fluorescence for evaluation and genotyping by capillary electrophoresis in ABI3500 automatic DNA analyzer. The loci were transferred to P. emarginatus 23 (4 %) being 7 polymorphic. Polymorphic, 6 electropherograms profiles. These 6 loci were evaluated in populations along with three polymorphic genomic loci previously standardized sucupira, totaling nine loci suitable for genotyping. It was possible to develop two multiplex systems, a compound of 5primers and another for 4. The number of alleles per locus ranged from two to 13, with an average of five alleles per loci. The mean values of He and Ho for both populations were 0,563 and 0,463 respectively. The value of f was not significant for the total population and equal to 0,144. The values FIT and FST were significant and equal to 0,06 and 0,195 respectively. Microsatellite markers transferred and polymorphic for P. emarginatus showed polymorphism and can be used in studies genetic population more depth to the species. / Os marcadores microssatélites são amplamente utilizados para acessar a variabilidade genética em populações naturais. Estes marcadores podem ser desenvolvidos a partir de bibliotecas derivadas de Sequências Expressas Transcritas (ESTs) ou genômicas. Uma alternativa possível e econômica para a obtenção destes marcadores para espécies que ainda não os possuem, é a transferibilidade a partir de primers desenhados para espécies evolutivamente próximas. A espécie Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) pertence à família Fabaceae e apresenta grande potencial de uso medicinal e madeireiro, o que faz dela alvo da exploração extrativista. Assim, estudos que contribuam com o seu melhor uso e conservação são necessários, dentre eles os genético-populacionais. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial de amplificação cruzada de primers desenvolvidos para a espécie Phaseolus vulgaris para P. emarginatus e analisar o polimorfismo dos locos transferidos a partir de sistema multiplex de genotipagem em três populações desta espécie. Para tanto, foram avaliados 539 primers desenvolvidos para Phaseolus vulgaris, sendo 345 derivados de bibliotecas de ESTs e 194 genômicos. Os testes de amplificação foram realizados utilizando três indivíduos, enquanto a avaliação inicial do polimorfismo com oito. Por fim, os parâmetros genéticos de diversidade foram estimados utilizando 88 plantas, provenientes de três populações naturais de P. emarginatus. Os primers que apresentaram produtos de amplificação visualizados em gel de agarose foram, posteriormente, avaliados em gel de acrilamida 6% corado com nitrato de prata. Os locos polimórficos foram sintetizados com fluorescência para a avaliação e genotipagem via eletroforese capilar, no analisador automático de DNA ABI3500. Os locos transferidos para P. emarginatus foram 23 (4%) sendo 7 polimórficos. Dos polimórficos, 6 apresentaram bons perfis de eletroferogramas. Estes 6 locos foram avaliados nas populações juntamente com três locos genômicos polimórficos previamente padronizados para sucupira, totalizando nove locos adequados para genotipagem. Foi possível o desenvolvimento de dois sistemas multiplex, um composto de 5 primers e outro por 4. O número de alelos por loco variou de dois a 13, com uma média de cinco alelos por loco. Os valores médios de He e Ho para o conjunto das populações foram de 0,563 e 0,463 respectivamente. O valor de f não foi significativo para o total das populações e igual a 0,144. Os valores de FST e FIT foram significativos e iguais a 0,06 e 0,195 respectivamente. Os marcadores microssatélites transferidos e polimórficos para P. emarginatus apresentaram bom polimorfismo e podem ser utilizados em estudos genético-populacionais mais aprofundados com a espécie.

Aeglidae Dana (1852) are anomuran crabs which occur exclusively in freshwater. The genus Aegla consists of 63 species and subspecies restricted to the southern South America. Highly sensitive molecular markers can help to elucidate some evolutionary features of the genus. Microsatellite markers are excellent molecular markers because they can reveal fine details of the genetic structure of a population. However, microsatellite isolation employs a laborious and expensive methodology. An alternative approach to the isolation procedure is the utilization of microsatellite markers previously developed for close species. The closer the phylogenetic relationship between two species, the more probable is the conservation of the loci and the successful cross-amplification. The present study aimed to test the crossamplification of microsatellite loci developed for two species of the family Aeglidae in other decapod crustaceans and to verify their potential for application in further studies on population genetics. Primers developed for microsatellite loci previously isolated from Aegla longirostri (AlCA135 and AlCA138) and Aegla uruguayana (Au05) were tested in seven species of the family Aeglidae, Aegla camargoi, Aegla leptodactyla, Aegla plana, Aegla platensis, Aegla spinipalma, Aegla violacea and Aegla sp.n., besides in Emerita brasiliensis (Anomura: Hippidae), Pachycheles laevidactylus (Anomura: Porcellanidae) and Trichodactylus panoplus (Brachyura: Trichodactylidae). DNA was extracted using traditional procedures. DNA samples were submitted to the Polymerase Chain Reaction (PCR) using the primers cited. The PCR products were electrophoresed in 6% polyacrylamide gels, at 100V for 24 hours. The gels were silver-stained and the band patterns were analyzed. The microsatellite markers could be transferred only within the genus Aegla, and the locus AlCA135 presented the greatest rate of success in cross-species transfer. Cross-amplification between families within the infra-order Anomura, as well as between the infra-order Anomura and Brachyura was not possible, indicating that these microsatellite loci are not conserved in distantly related species. Notwithstanding, the evaluated loci present potential for utilization within the family Aeglidae and new tests, using optimized PCR conditions, should improve the success rate in cross-amplification. / Aeglidae Dana (1852) são caranguejos que pertencem a Infraordem Anomura e são exclusivos de água doce. O gênero Aegla é constituído por aproximadamente 63 espécies, sendo restrito ao sul da América do Sul. O emprego de marcadores moleculares altamente sensíveis pode auxiliar no entendimento de aspectos evolutivos e da diversidade do gênero. Os microssatélites são excelentes marcadores moleculares que podem revelar detalhes da estrutura genética de uma população. Entretanto, o isolamento de microssatélites é uma técnica cara e trabalhosa. A utilização de locos de microssatélites previamente desenvolvidos para espécies próximas é uma alternativa ao isolamento. Quanto mais próxima a relação filogenética entre duas espécies, maior a probabilidade de conservação das seqüências e de amplificação cruzada utilizando primers heterólogos. O objetivo deste estudo foi testar a amplificação cruzada de locos de microssatélites desenvolvidos para duas espécies de Aeglidae em outros crustáceos e verificar o seu potencial para aplicação em estudos de genética de populações. Primers desenvolvidos para locos de microssatélite previamente isolados de Aegla longirostri (AlCA 135 e AlCA 138) e Aegla uruguayana (Au05) foram testados em outras sete espécies da família Aeglidae, Aegla camargoi, Aegla leptodactyla, Aegla plana, Aegla platensis, Aegla spinipalma, Aegla violacea, Aegla sp.n. e também em Emerita brasiliensis (Anomura: Hippidae), Pachycheles laevidactylus (Anomura: Porcellanidae) e Trichodactylus panoplus (Brachyura: Trichodactylidae). O DNA foi extraído utilizando o método tradicional de fenol-clorofórmio. As amostras de DNA foram submetidas a uma Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) com os primers citados. Os produtos da PCR foram submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida 6% a 100V por 24 horas. Os géis foram corados com nitrato de prata e os padrões de banda foram analisados. Observou-se transferência dos marcadores microssatélites somente dentro do gênero Aegla, e o loco AlCA135 foi o que apresentou maior índice de sucesso na amplificação cruzada. Não foi observada amplificação cruzada entre famílias dentro da infraordem Anomura e nem entre as infraordens Anomura e Brachyura, indicando que esses locos de microssatélites não se encontram conservados em espécies distantemente relacionadas. Entretanto, os locos avaliados apresentam potencial de utilização dentro da família Aeglidae e novos testes, otimizando as condições de PCR, poderão melhorar os índices de sucesso de amplificação cruzada.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3889.pdf: 1235045 bytes, checksum: 2746983be0ebda15a37ceeb2635ac9c2 (MD5) Previous issue date: 2011-08-19 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Cattle Egret (Bubulcus ibis) is a median sized bird, of African origin, considered as an invasive and exotic species in the American continent. In Brazil, first record was in the north, in 1964. The species have been maintaining a pattern of constant population growth, endangering the reproduction and survivorship of native species, as observed in the archipelago of Fernando de Noronha. The purposes of this work were the isolation of microsatellite loci for the species in question and to genetically characterize Brazilian populations, as a starting point in a study that contributes for the comprehension of the colonization process occurred in the country. Thereafter, two partially enriched genomic libraries were obtained, in which the generated fragments were posteriorly sequenced and analyzed for the presence of microsatellite sequences; being the cloning efficacy of 15.74%. Thirty-two microsatellite loci were selected for the analysis, of which eleven proved to be polymorphic. Content of polymorphic information for these loci varied between 0.079 and 0.453. Fragments of expected size were amplified in the eleven polymorphic loci in other six species from the same family as the Cattle Egret. Six populations from different latitudes in the country were genotyped in seven polymorphic loci. A low variability was found, with mean values of expected heterozigosity in the populations varying between 0.408 and 0.562. The population holding the higher diversity was the northern one, closest to the point of the first historic record of the species in the country. Low genetic structuring by AMOVA was detected, and some values of pairwise Fst and Rst proved to be significant when the pair contained populations from South and North of the country. Effective size (Ne) of the Brazilian population was 6.6 individuals (95% CL: 5.7-7.7). Diversity indices and population parameters analyzed did not show evidence that the dispersion of individuals occurred in a north-south axis, occurring more in an opportunistic and erratic manner. Fernando de Noronha s population, which have been managed by a population control program since 2007, presented diversity levels and population parameters comparable to the mainland populations, what indicates that the species will not be easily eliminated from this area. / A garça-vaqueira (Bubulcus ibis) é uma ave de médio porte, de origem africana, considerada espécie exótica invasora no continente americano. No Brasil, o primeiro registro foi na região norte, em 1964. A espécie vem mantendo um padrão de crescimento populacional constante, ameaçando a reprodução e sobrevivência de outras espécies nativas, como observado no arquipélago de Fernando de Noronha. Os objetivos desse trabalho foram isolar locos de microssatélites específicos para a espécie e caracterizar geneticamente as populações brasileiras, iniciando um estudo que contribui para a compreensão do processo de colonização ocorrido no país. Com esse intuito, foram construídas duas bibliotecas genômicas parciais enriquecidas, cujos fragmentos gerados foram posteriormente sequenciados e analisados quanto à presença de sequências de microssatélites, sendo de 15,74% a eficiência de clonagem. Foram selecionados 32 locos de microssatélites para as análises, dos quais 11 mostraram-se polimórficos. O conteúdo de informação polimórfica para esses locos variou de 0,079 à 0,453. Fragmentos de tamanho esperado foram amplificados nos onze locos polimórficos em outras seis espécies da mesma família. Seis populações de diferentes latitudes do país foram genotipadas em sete locos polimórficos. Uma baixa variabilidade foi encontrada, com valores médios de heterozigosidade esperada variando de 0,408 à 0,562 nas populações. A população detentora de maior diversidade foi a da região norte, mais próxima do ponto do local do primeiro registro histórico da espécie no país. Foi detectada baixa estruturação genética pela AMOVA e alguns valores de Fst e Rst par-a-par se mostraram significativos quando o par incluía populações da região sul e norte do país. O tamanho efetivo (Ne) da população brasileira foi de 6,6 indivíduos (95% CL:5,7-7,7). Os índices de diversidade e os parâmetros populacionais analisados não mostraram evidências de que a dispersão dos indivíduos tenha ocorrido segundo um eixo- norte-sul, mas sim de maneira oportunista e errática. A população de Fernando de Noronha, que vem sendo manejada por um programa de controle populacional desde 2007, apresentou níveis de diversidade e parâmetros populacionais comparáveis às populações do continente, o que indica que a espécie não será facilmente exterminada nessa área.