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Determinação de mutaçães somáticas e germinativas em pacientes pós menopausadas com câncer de mama / Somatic and germline mutations in post menoupausal women with breast cancer

Nagy, Tauana Rodrigues 07 August 2018 (has links)
As maiores taxas de incidência de câncer de mama ocorrem em mulheres idosas, que apresentam tumores com expressão de receptores de estrógeno e/ou progesterona, de baixo estadiamento e menor taxa de proliferação, se comparado com as jovens. Um dos fatores de predisposição ao câncer de mama é mutação germinativa nos genes BRCA1 ou BRCA2, que podem compreender entre 5-10% das pacientes diagnosticadas. A grande maioria dos casos são ditos esporádicos, em que não há como estabelecer um único fator determinante. Dentre o escopo de possíveis causas estão as mutações somáticas, acumuladas no tecido mamário ao longo da vida. A identificação destas mutações permite melhor compreensão da carcinogênese e possibilita a criação de tratamentos cada vez mais personalizados. O gene PIK3CA, por exemplo, já está determinado como driver (responsáveis pela obtenção de vantagem seletiva de um determinado clone) para câncer de mama. As mutações patogênicas que ocorrem neste gene levam a ativação da via de Akt/mTOR, entre outras, que mantém o ciclo celular ativo. Um gene que vem sendo estudado recentemente é o PRKD1, cujas funções parecem estar ligadas à manutenção do fenótipo epitelial das células do tecido mamário. Assim, o objetivo desse trabalho identificar mutações germinativas nos genes BRCA1 e BRCA2, analisando também o histórico familiar para câncer de mama/ovário/próstata, e mutações somáticas no gene PRKD1 em pacientes pós menopausadas,. Foram incluídas quarenta e nove pacientes diagnosticadas com carcinoma ductal invasivo em idade superior a 54 anos, que preenchessem critérios da NCCN (National Comprehensive Cancer Network) para Síndrome de Câncer de Mama e/ou Ovário Hereditário e tinham disponível um fragmento tumoral emblocado em parafina coletado na ausência de tratamento neo adjuvante. A extração de DNA foi realizada a partir do sangue periférico para sequenciamento de BRCA1 e BRCA2, realizado através da plataforma Ion Torrent(TM) ou pelo método de Sanger. Os resultados obtidos por Ion Torrent(TM) foram analisados, primeiramente, através da ferramenta online Ion Reporter e os de Sanger através do programa Mutation Surveyor v.3.20. Para a caractetização das variantes encontradas foram utilizados: os bancos de dados BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD e ClinVar além dos preditores in silico da conservação dos aminoácidos entre as espécies Polyphen-2, SIF, Provean e AlignGVGD e do preditor de efeito no splicing HSF e bancos de dados de frequência alélica ExAC, 1000 genomas e NHLBI GO Exome Sequencing Project, seguindo os critérios da American College of Medical Genetics and Genomics em conjunto com a Association for Molecular Pathology. Para caracterização de mutação somática do gene PRKD1 determinou-se duas regiões de maior importância para serem sequenciadas: Ser738/Ser742 e Ser910 que fosforilam o domínio quinase da proteína, ativando-o. Vinte e três amostras tumorais tiveram DNA extraído. Também foi realizada uma análise das informações sobre PRKD1 do banco de dados COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) e a construção de curvas de sobrevida (Kaplan-Meier) da expressão de PRKD1 utilizando a ferramenta online KM Plotter. A idade mediana das pacientes foi de 62 anos ao diagnóstico e de 64 anos na época de inclusão no estudo. A maioria tinha tumores de grau histológico II (63,27%), estádio clinico II (20%) e do subtipo luminal B (53,06%). Trinta e duas relataram parentes de primeiro grau afetados com câncer de mama/ovário/ próstata. Trinta e oito pacientes tiveram sequenciamento completo de BRCA1 e BRCA2 por Ion Torrent(TM) e onze tiveram sequenciamento parcial de BRCA1 e BRCA2 por Sanger. Variantes patogênicas foram encontradas em quatro pacientes (BRCA1=2/BRCA2=2). Uma nova variante missense foi identificada em BRCA2: c.3371A > G (p.Q1124R). Para o sequenciamento de PRKD1 quinze foram sequenciadas para Ser910 e de oito foi possível analisar o resultado. Nenhuma variante patogênica foi encontrada. Os dados obtidos sobre PRKD1 no COSMIC foram: de 2773 amostras, em apenas 15 (0,54%) foram identificadas mutações em PRKD1, 46% (7/15) provém de mulheres com idade superior a 55 anos e subtipo molecular Luminal. PRKD1 apresenta maiores frequência de mutação em câncer de intestino grosso (4,22%) e pele (4,02%). As curvas de sobrevida construídas no KM Plotter demonstram a alta expressão do gene parece ter impacto positivo na sobrevida das pacientes. Apesar da baixa frequência de mutações no PRKD1 este gene, outros dados demonstram que parece ter um papel de gene supressor de tumor no câncer de mama, que deve ser inibido de através de outros mecanismos como metilaçao de DNA / The highest rates of breast cancer incidence occur in elderly women, who present estrogen and / or progesterone receptor tumors, with a low clinical staging and lower proliferation rate compared to the young women. One of the factors predisposing to breast cancer is germline mutation in the BRCA1 or BRCA2 genes, which may comprise between 5-10% of the diagnosed patients. The vast majority of cases are said to be sporadic, in which there is no way to establish a single determining factor. Among the scope of possible causes are somatic mutations, accumulated in the breast tissue throughout life. The identification of these mutations allows a better understanding of carcinogenesis and enables the creation of increasingly personalized treatments. The PIK3CA gene, for example, is already determined as a driver (responsible for the selective advantage of a particular clone) for breast cancer. The pathogenic mutations that occur in this gene lead to the activation of Akt / mTOR pathway, among others, which keeps the cell cycle active. One gene that has recently been studied is PRKD1, whose functions seem to be linked to the maintenance of the epithelial phenotype of the mammary tissue cells. Thus, the objective of this work was to identify germline mutations in BRCA1 and BRCA2 genes, also analyzing the family history for breast / ovarian / prostate cancer, and somatic mutations in the PRKD1 gene in postmenopausal patients. Forty-nine patients diagnosed with ipsilateral ductal carcinomas over the age of 54 years who completed NCCN (National Comprehensive Cancer Network) criteria for Breast Cancer and / or Hereditary Ovarian Syndrome and had a tumor paraffin embedded in paraffin collected in the absence of neo adjuvant treatment available. DNA extraction was performed from the peripheral blood for sequencing of BRCA1 and BRCA2, performed through the Ion Torrent (TM) platform or by the Sanger method. The results obtained by Ion Torrent (TM) were first analyzed through the online tool Ion Reporter and those by Sanger through the program Mutation Surveyor v.3.20. The BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD and ClinVar databases were used in addition to the in silico predictors of amino acid conservation among Polyphen-2, SIF, Provean and AlignGVGD species and the effect predictor in the HSF splicing and allelic frequency databases ExAC, 1000 genomes and the NHLBI GO Exome Sequencing Project, following the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics in conjunction with the Association for Molecular Pathology. In order to characterize the somatic mutation of the PRKD1 gene, we determined two regions of greater importance to be sequenced: Ser738 / Ser742 and Ser910 that phosphorylate the protein kinase domain, activating it. Twenty-three tumor samples had DNA extracted. An analysis of PRKD1 information from the COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer) database and the construction of survival curves (Kaplan-Meier) for PRKD1 expression using the online KM Plotter tool was also performed. The median age of the patients was 62 years at diagnosis and 64 years at the time of inclusion in the study. Most of them had tumors of histological grade II (63.27%), clinical stage II (20%) and molecular subtype luminal B (53.06%). Thirty-two reported first-degree relatives affected with breast / ovarian / prostate cancer. Thirty-eight patients had BRCA1 and BRCA2 complete sequencing by Ion Torrent (TM) and eleven had BRCA1 and BRCA2 partial sequencing by Sanger. Pathogenic variants were found in four patients (BRCA1 = 2 / BRCA2 = 2). For PRKD1 sequencing, fifteen patients tumors were sequenced for Ser910 and in eight samples it was possible to analyze the result. No pathogenic variant was found. The data obtained on PRKD1 in COSMIC were: from 2773 samples, in only 15 (0.54%) mutations were identified in PRKD1, 46% (7/15) came from women aged over 55 years and had tumor molecular subtype Luminal. PRKD1 shows higher mutation frequency in cancer of the large intestine (4.22%) and skin (4.02%). The survival curves constructed in KM Plotter demonstrate the high expression of the gene seems to have a positive impact on the patients survival . Despite the low frequency of mutations in PRKD1 gene, other data demonstrate that it appears to play a role of tumor suppressor gene in breast cancer, which must be inhibited by other mechanisms such as DNA methylation
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Identificação de mutações e rastreamento gênico familiar em famílias brasileiras com neoplasia endócrina múltipla tipo 1 / Identification of germline mutations and familial genetic screening in brazilian families with multiple endocrine neoplasia type 1

Rodrigo de Almeida Toledo 24 April 2007 (has links)
A Neoplasia Endócrina Múltipla tipo 1 (NEM1, OMIM 131100) é uma doença essencialmente caracterizada por sua complexidade clínica. A NEM1 afeta tanto tecidos endócrinos quanto tecidos não-endócrinos; apresenta tanto tumores malignos quanto tumores benignos; e apresenta extensa variabilidade clínica inter e intra-familiar quanto aos tipos de tumores e quanto à ordem de desenvolvimento e detecção clínica desses tumores. Em sua forma familiar, a NEM1 é transmitida por um padrão de herança autossômico dominante com elevada penetrância e é identificada pela presença de um parente de primeiro grau apresentando ao menos um tumor NEM1-relacionado. A realização do diagnóstico de NEM1 pode ser: a) clínico, pelo reconhecimento em único paciente de tumores em pelo menos duas das três glândulas endócrinas-alvo principais (paratireóides, hipófise e pâncreas endócrino) e/ou b) genético, pela identificação de mutação germinativa no gene responsável pela doença (MEN1). A grande maioria dos casos NEM1 (90%) apresentam mutações inativadoras no gene MEN1. Não há correlações descritas até o momento entre o genótipo e o fenótipo. Não há também regiões preferenciais (hot-spots) para as mutações no gene MEN1. Além disto, há perda de heterozigose nos tumores NEM1, corroborando com a hipótese que o MEN1 seja um gene supressor de tumor. No presente trabalho, objetivamos a) identificar mutações germinativas no gene MEN1 em pacientes índices com NEM1 típica; b) rastrear parentes dos pacientes que se apresentavam sob-risco para NEM1; c) adicionalmente, estimamos preliminarmente alguns dos possíveis impactos deste do rastreamento gênico familiar no seguimento clínico desses pacientes no Hospital das Clínicas, SP. Para identificação das mutações nos casos-índices com NEM1, foi realizado seqüenciamento automático de todas as regiões codificadoras (éxons 2-10) e fronteiras éxon/íntron do gene MEN1. Para o rastreamento gênico dos familiares, foi realizado seqüenciamento direcionado ao éxon mutado no casosíndices. Quatorze (14) famílias brasileiras com NEM1 e 141 familiares sob risco foram estudados clinica e geneticamente. Doze (12) diferentes mutações MEN1 causadoras de doença foram aqui identificadas, sendo que sete (7) dentre estas mutações não haviam sido previamente descritas: 308delC, 375del21, 1243del1, I147F, L413R, L414P e W471C. As famílias com as mutações recorrentes, 360del4 e L413R, não eram relacionadas. Pela análise evolutiva, viu-se que as quatro mutações novas de ponto aqui relatadas estavam localizadas em resíduos altamente conservados, enquanto que as três novas mutações do tipo deleção ocorriam em regiões repetitivas ricas em GCs. Estas mutações são preditas codificarem proteínas truncadas, o que leva a inativação da ação anti-tumorigênica da proteína menin, e portanto, à doença NEM1. Cento e quarenta e um (141) parentes de pacientes sob-risco de apresentarem NEM1 participaram desse rastreamento. Ao todo, 53 indivíduos foram documentados serem portadores de mutação germinativa no MEN1. Os casos geneticamente diagnosticados foram convidados a aderirem ao rastreamento clínico para NEM1. De modo preliminar, estimamos também os eventuais impactos do rastreamento gênico familiar na conduta clínica da NEM1. Assim, os casos afetados foram subdivididos em 3 grupos e analisados separadamente: casos-índices (grupo I), familiares diagnosticados clinicamente (grupo II) e genicamente (grupo III). A idade média ao diagnóstico no grupo III (27±14,0 anos) foi significativamente menor que a dos grupos II (39.5±15.7; p = 0.03) e III (42.4±15.0; p = 0.01). A maioria dos pacientes dos grupos I e II apresentou 2 ou 3 tumores, enquanto que 81,8% dos casos do grupo III apresentavam 1 ou nenhum tumor relacionado à NEM1. Além disto, 45,4% dos casos no grupo III eram assintomáticos, não sendo observados nenhuma metástase ou óbito. Contrariamente, nos grupos I e II havia ocorrência de metástases provindas de tumores NEM1-relacionados e quatro mortes ligadas a tumores NEM1-relacionados foram relatadas. Os 102 familiares que não herdaram mutação MEN1 foram excluídos do rastreamento clínico. Um caso de fenocópia NEM1 foi também localizado. Em conclusão, relatamos no presente trabalho, a) a identificação de sete (7) novas mutações causadoras de doença no gene MEN1, todas elas localizadas ou em regiões evolutivamente conservadas ou em áreas repetitivas em GCs. b) foi aqui relatado o primeiro rastreamento genético sistemático de famílias com NEM1 na América do Sul, no qual 141 parentes de pacientes com NEM1 foram genotipados. Ao todo, 53 pacientes foram caracterizados como portadores de mutações germinativas no gene MEN1. c) estimamos preliminarmente os eventuais impactos do rastreamento gênico familiar na conduta clínica da NEM1. Os dados desse trabalho suportam a necessidade de se implementação de um sistemático programa de rastreamento na NEM1 em nosso País. / Multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1; OMIM 131100) is a high-penetrance tumor syndrome mainly characterized by the triad: parathyroid (95-100%), pituitary (30%) and enteropancreatic tumors (50%). MEN1 is clinically diagnosed by the occurrence of MEN1-related tumors in at least two of these endocrine glands in a same patient. The familial form of the disease has an autosomal dominant pattern of inheritance and it is identified when a first-degree relative presents at least one MEN1-related tumor. High prevalence of inactivating mutations in the MEN1 has been reported leading to MEN1 syndrome. No mutation hot-spots or genotypephenotype correlations have been observed. In addition, loss of heterozygosity has been found, indicating that MEN1-tumorigenesis is in accordance with Knudson´s classical hypothesis for tumor suppressor genes. This study aimed to characterize clinical features and identify MEN1 germline mutations in Brazilian families with MEN1. Fourteen Brazilian families with MEN1 and 141 at-risk relatives were clinically and genetically studied. Twelve (12) different MEN1 disease-causing mutations were identified, seven of them were previously unreported: 308delC, 375del21, 1243del1, I147F, L413R, L414P and W471C. Families with the recurrent mutations 360del4 and L413R were shown to be unrelated. The four novel missense mutations were found to be located at highly conserved residues by evolutionary analysis, whereas the three novel deletion/frameshift mutations occurred at GC-rich repetitive regions. Familial genetic screening was performed by direct sequencing. Taken together, 53 subjects were found to carry MEN1 germline mutation. To gain preliminary insights on the possible impacts of such familial genetic screening on clinical management of these MEN1 cases, they were separated in three groups: MEN1 index-cases (group I), MEN1 clinically diagnosed at-risk relatives (group II) and genetically diagnosed at-risk family members (group III). The age at the diagnosis in group III (27.0±14.0 y-old) was significantly lower than in groups I (39.5±15.7; p = 0.03) and II (42.4±15.0; p = 0.01). Patients in groups I-II mostly presented two or three MEN1 tumors, while 81.8% of cases in group III presented one or no one MEN1-related tumor. Further, in group III 45.4% of cases were asymptomatic and no metastasis or death were verified. Conversely, in groups I and II, metastases from MEN1-related tumors were frequent and four deaths due to MEN1-related tumors were reported. Moreover, one hundred and two (102) no mutation carriers were excluded of MEN1 surveillance, including one MEN1 phenocopy. In conclusion, it is reported the first systematic genetic screening of MEN1 families in South America and seven novel MEN1 disease-causing mutations were identified. Also, this study underscores the need for implementing a systematic MEN1 screening program in Brazil. At our Institution, we have begun to establish such program.
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Caracterização molecular e funcional de células de tumores adrenocorticais humanos. / Molecular and functional characterization of human adrenocortical cell cultures.

Amanda Teixeira Rodrigues 14 August 2014 (has links)
O Adenoma adrenocortical é frequente em adultos, já o carcinoma é raro e agressivo. Mesmo com critérios padronizados, ainda há dificuldade para diferenciar esses tumores, sendo necessário o estudo de marcadores eficientes na detecção e diferenciação. Por serem raros e com diversas manifestações clínicas, culturas in vitro pode ser uma ferramenta para o estudo de processos que envolvem a doença. Foi realizada a caracterização molecular e funcional de culturas de células de tumores de pacientes. Resultados de PCR Array não mostraram um padrão que diferenciasse as culturas em função dos diagnósticos. Desta análise, 7 oncogenes apresentaram maior expressão e 9 supressores de tumor apresentaram baixa expressão nas culturas. WWOX, FHIT e TP73 foram validados por qPCR e a sugestiva interação entre esses fatores nos tumores adrenocorticais merecem futuras investigações. O potencial funcional das culturas T83-ACC, T36-REC e T7-ACA(P) foram evidenciados, e mostraram que podem ser bons modelos para estudo da ação de hormônios e seus mecanismos. / The adrenocortical adenoma is common in adults, since carcinoma is rare and aggressive. Even with standardized scores, it is still difficult to differentiate these tumors, the study of efficient markers in the detection and differentiation is necessary. Because they are rare and diverse clinical manifestations in vitro cultures can be a tool for the study of disease processes that involve. Molecular and functional characterization of cultured tumor cells of patients was conducted. PCR Array results did not show a pattern that differentiates cultures on the basis of diagnoses. This analysis showed higher expression 7 oncogenes and tumor suppressors 9 showed low expression in cultures. WWOX, FHIT and TP73 were validated by qPCR and suggestive interaction between these factors in adrenocortical tumors deserve further investigation. The functional potential of T83-ACC, T36-REC and T7-ACA(P) cell cultures were found, and shown confirm that they can be good models for studying the action of hormones and their mechanisms.
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Determinação de mutaçães somáticas e germinativas em pacientes pós menopausadas com câncer de mama / Somatic and germline mutations in post menoupausal women with breast cancer

Tauana Rodrigues Nagy 07 August 2018 (has links)
As maiores taxas de incidência de câncer de mama ocorrem em mulheres idosas, que apresentam tumores com expressão de receptores de estrógeno e/ou progesterona, de baixo estadiamento e menor taxa de proliferação, se comparado com as jovens. Um dos fatores de predisposição ao câncer de mama é mutação germinativa nos genes BRCA1 ou BRCA2, que podem compreender entre 5-10% das pacientes diagnosticadas. A grande maioria dos casos são ditos esporádicos, em que não há como estabelecer um único fator determinante. Dentre o escopo de possíveis causas estão as mutações somáticas, acumuladas no tecido mamário ao longo da vida. A identificação destas mutações permite melhor compreensão da carcinogênese e possibilita a criação de tratamentos cada vez mais personalizados. O gene PIK3CA, por exemplo, já está determinado como driver (responsáveis pela obtenção de vantagem seletiva de um determinado clone) para câncer de mama. As mutações patogênicas que ocorrem neste gene levam a ativação da via de Akt/mTOR, entre outras, que mantém o ciclo celular ativo. Um gene que vem sendo estudado recentemente é o PRKD1, cujas funções parecem estar ligadas à manutenção do fenótipo epitelial das células do tecido mamário. Assim, o objetivo desse trabalho identificar mutações germinativas nos genes BRCA1 e BRCA2, analisando também o histórico familiar para câncer de mama/ovário/próstata, e mutações somáticas no gene PRKD1 em pacientes pós menopausadas,. Foram incluídas quarenta e nove pacientes diagnosticadas com carcinoma ductal invasivo em idade superior a 54 anos, que preenchessem critérios da NCCN (National Comprehensive Cancer Network) para Síndrome de Câncer de Mama e/ou Ovário Hereditário e tinham disponível um fragmento tumoral emblocado em parafina coletado na ausência de tratamento neo adjuvante. A extração de DNA foi realizada a partir do sangue periférico para sequenciamento de BRCA1 e BRCA2, realizado através da plataforma Ion Torrent(TM) ou pelo método de Sanger. Os resultados obtidos por Ion Torrent(TM) foram analisados, primeiramente, através da ferramenta online Ion Reporter e os de Sanger através do programa Mutation Surveyor v.3.20. Para a caractetização das variantes encontradas foram utilizados: os bancos de dados BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD e ClinVar além dos preditores in silico da conservação dos aminoácidos entre as espécies Polyphen-2, SIF, Provean e AlignGVGD e do preditor de efeito no splicing HSF e bancos de dados de frequência alélica ExAC, 1000 genomas e NHLBI GO Exome Sequencing Project, seguindo os critérios da American College of Medical Genetics and Genomics em conjunto com a Association for Molecular Pathology. Para caracterização de mutação somática do gene PRKD1 determinou-se duas regiões de maior importância para serem sequenciadas: Ser738/Ser742 e Ser910 que fosforilam o domínio quinase da proteína, ativando-o. Vinte e três amostras tumorais tiveram DNA extraído. Também foi realizada uma análise das informações sobre PRKD1 do banco de dados COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) e a construção de curvas de sobrevida (Kaplan-Meier) da expressão de PRKD1 utilizando a ferramenta online KM Plotter. A idade mediana das pacientes foi de 62 anos ao diagnóstico e de 64 anos na época de inclusão no estudo. A maioria tinha tumores de grau histológico II (63,27%), estádio clinico II (20%) e do subtipo luminal B (53,06%). Trinta e duas relataram parentes de primeiro grau afetados com câncer de mama/ovário/ próstata. Trinta e oito pacientes tiveram sequenciamento completo de BRCA1 e BRCA2 por Ion Torrent(TM) e onze tiveram sequenciamento parcial de BRCA1 e BRCA2 por Sanger. Variantes patogênicas foram encontradas em quatro pacientes (BRCA1=2/BRCA2=2). Uma nova variante missense foi identificada em BRCA2: c.3371A > G (p.Q1124R). Para o sequenciamento de PRKD1 quinze foram sequenciadas para Ser910 e de oito foi possível analisar o resultado. Nenhuma variante patogênica foi encontrada. Os dados obtidos sobre PRKD1 no COSMIC foram: de 2773 amostras, em apenas 15 (0,54%) foram identificadas mutações em PRKD1, 46% (7/15) provém de mulheres com idade superior a 55 anos e subtipo molecular Luminal. PRKD1 apresenta maiores frequência de mutação em câncer de intestino grosso (4,22%) e pele (4,02%). As curvas de sobrevida construídas no KM Plotter demonstram a alta expressão do gene parece ter impacto positivo na sobrevida das pacientes. Apesar da baixa frequência de mutações no PRKD1 este gene, outros dados demonstram que parece ter um papel de gene supressor de tumor no câncer de mama, que deve ser inibido de através de outros mecanismos como metilaçao de DNA / The highest rates of breast cancer incidence occur in elderly women, who present estrogen and / or progesterone receptor tumors, with a low clinical staging and lower proliferation rate compared to the young women. One of the factors predisposing to breast cancer is germline mutation in the BRCA1 or BRCA2 genes, which may comprise between 5-10% of the diagnosed patients. The vast majority of cases are said to be sporadic, in which there is no way to establish a single determining factor. Among the scope of possible causes are somatic mutations, accumulated in the breast tissue throughout life. The identification of these mutations allows a better understanding of carcinogenesis and enables the creation of increasingly personalized treatments. The PIK3CA gene, for example, is already determined as a driver (responsible for the selective advantage of a particular clone) for breast cancer. The pathogenic mutations that occur in this gene lead to the activation of Akt / mTOR pathway, among others, which keeps the cell cycle active. One gene that has recently been studied is PRKD1, whose functions seem to be linked to the maintenance of the epithelial phenotype of the mammary tissue cells. Thus, the objective of this work was to identify germline mutations in BRCA1 and BRCA2 genes, also analyzing the family history for breast / ovarian / prostate cancer, and somatic mutations in the PRKD1 gene in postmenopausal patients. Forty-nine patients diagnosed with ipsilateral ductal carcinomas over the age of 54 years who completed NCCN (National Comprehensive Cancer Network) criteria for Breast Cancer and / or Hereditary Ovarian Syndrome and had a tumor paraffin embedded in paraffin collected in the absence of neo adjuvant treatment available. DNA extraction was performed from the peripheral blood for sequencing of BRCA1 and BRCA2, performed through the Ion Torrent (TM) platform or by the Sanger method. The results obtained by Ion Torrent (TM) were first analyzed through the online tool Ion Reporter and those by Sanger through the program Mutation Surveyor v.3.20. The BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD and ClinVar databases were used in addition to the in silico predictors of amino acid conservation among Polyphen-2, SIF, Provean and AlignGVGD species and the effect predictor in the HSF splicing and allelic frequency databases ExAC, 1000 genomes and the NHLBI GO Exome Sequencing Project, following the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics in conjunction with the Association for Molecular Pathology. In order to characterize the somatic mutation of the PRKD1 gene, we determined two regions of greater importance to be sequenced: Ser738 / Ser742 and Ser910 that phosphorylate the protein kinase domain, activating it. Twenty-three tumor samples had DNA extracted. An analysis of PRKD1 information from the COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer) database and the construction of survival curves (Kaplan-Meier) for PRKD1 expression using the online KM Plotter tool was also performed. The median age of the patients was 62 years at diagnosis and 64 years at the time of inclusion in the study. Most of them had tumors of histological grade II (63.27%), clinical stage II (20%) and molecular subtype luminal B (53.06%). Thirty-two reported first-degree relatives affected with breast / ovarian / prostate cancer. Thirty-eight patients had BRCA1 and BRCA2 complete sequencing by Ion Torrent (TM) and eleven had BRCA1 and BRCA2 partial sequencing by Sanger. Pathogenic variants were found in four patients (BRCA1 = 2 / BRCA2 = 2). For PRKD1 sequencing, fifteen patients tumors were sequenced for Ser910 and in eight samples it was possible to analyze the result. No pathogenic variant was found. The data obtained on PRKD1 in COSMIC were: from 2773 samples, in only 15 (0.54%) mutations were identified in PRKD1, 46% (7/15) came from women aged over 55 years and had tumor molecular subtype Luminal. PRKD1 shows higher mutation frequency in cancer of the large intestine (4.22%) and skin (4.02%). The survival curves constructed in KM Plotter demonstrate the high expression of the gene seems to have a positive impact on the patients survival . Despite the low frequency of mutations in PRKD1 gene, other data demonstrate that it appears to play a role of tumor suppressor gene in breast cancer, which must be inhibited by other mechanisms such as DNA methylation
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Identificação de moduladores genéticos em uma grande família com neoplasia endócrina múltipla (NEM1) / Identification of modifying genetic fatctors in a large family with multiple endocrine neoplasia type 1

Longuini, Viviane Cristina 18 March 2011 (has links)
A Neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (NEM1; OMIM 131100) é uma síndrome endócrina hereditária, que envolve tumores nas glândulas paratireóides, pâncreas endócrino/duodeno e hipófise. Mutações germinativas no gene supressor de tumor MEN1 são identificadas em aproximadamente 80% dos casos familiais. Os casos restantes podem apresentar grandes deleções no gene MEN1 (raras), não identificáveis ao seqüenciamento direto, ou mutações em outros genes, ainda pouco conhecidos. Recentemente, mutações germinativas em genes que codificam quinases dependentes de ciclinas, como o gene supressor de tumor p27Kip1, foram identificadas em cerca de 1-2% dos pacientes NEM1 sem mutação no gene MEN1. Esses pacientes apresentam uma clínica similar à NEM1, sendo chamada de NEM-like ou NEM4. Estudos in vitro mostraram que a proteína codificada pelo gene MEN1, MENIN, controla a expressão gênica de p27Kip1, indicando que ambos os genes fazem parte da mesma via celular supressora de tumor. Devido à correlação genótipo-fenótipo ser muito fraca nessa síndrome e à grande variabilidade fenotípica encontrada em pacientes com NEM1 (mesmo entre indivíduos/familiares que possuem mesma mutação no gene MEN1), no presente estudo investigamos a hipótese do envolvimento do gene p27Kip1, e de outro gene supressor de tumor recentemente associado com um fenótipo tumores hipofisários famílias, o gene AIP, como possíveis moduladores de fenótipo entre os pacientes com NEM1 de uma extensa família brasileira com a mutação germinativa MEN1 c.308delC e ampla variabilidade fenotípica. Dentre uma série de variáveis clínicas investigadas, observamos um possível papel modulador de fenótipo do gene p27Kip1 nesta família com NEM1. Foi encontrada associação significante entre o genótipo do polimorfismo p.V109G do gene p27Kip1, localizado em um domínio de ligação com a proteína p38 (que é um regulador negativo de p27 por levar à degradação dessa proteína), com os seguintes aspectos clínicos: maior agressividade do tumor hipofisário (macro vs. microadenomas), precocidade no desenvolvimento do tumor pancreático, e presença de carcinóides e metástases nos pacientes analisados (p< 0,05). Não foi observada nenhuma associação do gene AIP e o fenótipo dos pacientes com NEM1. O presente estudo investigou, pela primeira vez, o status germinativo do gene p27Kip1 em pacientes com mutação MEN1 e identificou uma associação significante em relação à susceptibilidade e agressividade dos tumores na coorte estudada / Multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) is an inherited tumoral syndrome that involves tumors in the parathyroids, anterior pituitary and in the pancreatic islet(s) cells. Germline mutations in the tumor suppressor gene MEN1 are detectable through direct sequencing in the majority (80%) of the patients with familial MEN1. The remaining patients may present large MEN1 gene deletions, not detectable through direct sequencing, or mutations in other genes, so far largely unknown. Recently, rare mutations in genes that encode cyclin-dependent kinases, as p27Kip1, have been reported in approximately 1-2% of the patients without a MEN1 mutation. These patients were reported as presenting a MEN1-like (or the MEN4) syndrome phenotype. In vitro studies have demonstrated that the protein encoded by the MEN1 gene, MENIN, controls the expression of the p27Kip1 gene and, therefore, these two genes seem to act in the same intracellular tumor suppressor pathway. Due to the lack of genotype-phenotype correlation in MEN1 and the large clinical variability usually observed within unrelated patients carrying the same MEN1 mutation, we hypothesized that p27Kip1 (as well as AIP gene, recently associated with familial predisposition to pituitary tumors) may act as phenotypic modifying gene(s) in the MEN1 syndrome. Herein, we analyzed possible correlations between p27Kip1 genotype and a number of clinical features. We identified significant statistic associations between the p.V109G p27Kip1 polymorphism and phenotype manifestations, indicating a potential role of p27Kip1 in modifying MEN1 phenotype, as follows: pituitary tumor size; early development of pancreatic tumors, and presence of carcinoids and metastasis (p< 0,05). In addition, a possible association with the AIP gene was excluded. The present study analyzed, for the first time, the germline status of p27Kip1 gene in MEN1-mutated patients and identified a potential interaction between the genotype of this tumor suppressor gene in regulating susceptibility and the tumor aggressiveness in MEN1 patients
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Estudo molecular dos genes GNAS, PTTG, AIP, CDKN1B e MEG3 em adenomas hipofisários esporádicos / Molecular study of GNAS, PTTG, AIP, CDKN1B and MEG3 genes in sporadic pituitary adenomas

Foltran, Renata Kikuchi 26 February 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: Os adenomas hipofisários são neoplasias benignas que representam cerca de 15% das neoplasias intracranianas. Em sua maioria ocorre de forma esporádica. Estudos moleculares desses adenomas identificaram anormalidades genéticas que podem ter um papel na sua tumorigênese. Dentre alguns desses genes foram descritos os oncogenes GNAS e PTTG e os genes supressores tumorais AIP, CDKN1B e MEG3. OBJETIVO: realizar estudo molecular dos genes associados a tumorigênese através da pesquisa de mutações nos genes GNAS, AIP e CDKN1B e o estudo de expressão gênica de CDKN1B, PTTG e MEG3 em adenomas aparentemente esporádicos, correlacionando com os dados clínicos e laboratoriais, em pacientes acompanhados no serviço de Endocrinologia do HCFMUSP. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Compreendeu 96 adenomas hipofisários aparentemente esporádicos: 41 somatotropinomas, 27 corticotropinomas, 21 adenomas clinicamente não funcionantes (ACNF) e 7 prolactinomas. Foi realizada avaliação restrospectiva dos dados clínicos e laboratoriais ao diagnóstico. Após a análise histológica por hematoxilinaeosina, foi realizada análise imunohistoquímica das proteínas Ki-67 e p53 e molecular do DNA genômico e RNA, extraídos do tecido tumoral. Análise mutacional das regiões codificantes de AIP e CDKN1B e dos hotspots de GNAS nos éxons 8 e 9 foi realizada através de amplificação por PCR e sequenciamento automático. A quantificação relativa do RNAm de CDKN1B, MEG3 e PTTG foi avaliada pelo método de 2-??Ct por PCR em tempo real. RESULTADOS: Presença de mutações somáticas no gene GNAS (gsp+) em 14,5% dos adenomas. Não houve diferenças significativas clínicas e laboratoriais entre os adenomas gsp+ e gsp-. Variantes com potencial patogênico não foram identificadas nos genes AIP e CDKN1B. A análise imunohistoquímica do Ki-67 apresentou média de 1,32% (0,9-4,5) e do p53 média de 1,04 (1,0-1,8). O gene CDKN1B apresentou expressão média de ,12 ± 0,74 (0,1-3,1), com expressão mais baixa nos corticotropinomas. O gene PTTG apresentou expressão média de 2,49 ± 3,10 (0,2-19,0), com maior expressão nos corticotropinomas. O gene MEG3 apresentou expressão média de 0,95 ± 1,38 (0,0-8,8), com valores mais baixos nos ACNF. Três padrões de cluster nos níveis de expressão de RNAm dos genes CDKN1B, PTTG e MEG3 foram identificados: cluster A = CDKN1B >= 1,85/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,65 foi observado em 100% dos corticotropinomas; cluster B= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 2,25/ MEG3 >= 0,65 observado apenas nos somatotropinomas (32%) e o cluster C= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,05 observado na maioria dos ACNF (73%). CONCLUSÕES: A maioria dos adenomas apresentaram índices de Ki-67 menor do que 3%. Em conformidade com este achado, a imunohistoquímica para p53 não se mostrou estatisticamente significativa. A mutação ativadora na proteína Gs? (gsp+) foi a mutação mais frequente em adenomas hipofisários esporádicos, principalmente em somatotropinomas. Não foram identificadas variantes com potencial patogênico nos genes AIP e CDKN1B, portanto, parece ser um evento raro em adenomas esporádicos. A expressão gênica aumentada do gene PTTG foi identificada principalmente nos corticotropinomas. No entanto, ela não foi preditiva de subtipo de adenoma. A expressão gênica do CDKN1B estava diminuída na maioria dos corticotropinomas e normal na maioria dos somatotropinomas e ACNF. A expressão gênica do MEG3 estava diminuída na maioria dos adenomas ACNF e corticotropinomas e normal na maioria dos somatotropinomas. Na análise de cluster hierárquico, foram identificados três padrões de expressão gênica que se correlacionaram com subtipo de adenoma hipofisário / BACKGROUND: Pituitary adenomas are benign tumors that account for about 15% of intracranial tumors. Mostly occurs sporadically. Molecular studies of these adenomas identified genetic abnormalities that may have a role in tumorigenesis. Some of these genes have been described as the oncogenes GNAS and PTTG and tumor suppressor genes AIP, CDKN1B and MEG3. OBJECTIVE: perform a molecular study of genes related in tumorigenesis to evaluate presence of mutations in GNAS, AIP and CDKN1B genes and gene expression analysis of CDKN1B, PTTG and MEG3 genes in apparently sporadic adenomas, correlating with the clinical and laboratory data from patients treated at the Endocrinology service of HCFMUSP.SUBJECTS AND METHODS: 96 apparently sporadic adenomas was included: 41 somatotropinomas, 27 corticotropinomas, 21 clinically nonfunctioning pituitary adenomas (NFPA) and seven prolactinomas. Retrospective evaluation of clinical and laboratory data from diagnosis. After histological analysis by hematoxylin-eosin staining, it was performed immunohistochemical analysis of Ki -67 and p53 proteins and molecular analysis of genomic DNA and RNA extracted from tumor tissue. Mutational analysis of coding regions of AIP and CDKN1B and hotspots exons 8 and 9 of GNAS was performed by PCR and automatic sequencing. Relative quantification of mRNA CDKN1B, MEG3 and PTTG was evaluated by 2-??Ct method using Real Time PCR. RESULTS: Presence of somatic mutations on GNAS gene (gsp+) in 14,5% of pituitary adenomas. There were no clinical and laboratorial differences between gsp+ and gsp- somatotropinomas. Variants with pathogenic potencial were not identified in AIP and CDKN1B genes. Imunohistochemical analysis showed mean of 1,32% (0,9-4,5) for Ki-67 and mean of 1,04% (1,0-1,8) for p53. Gene expression of CDKN1B presented a mean of 1,12 ± 0,74 (0,1-3,1) with lower expression in corticotropinomas. Gene expression of PTTG presented a mean of 2,49 ± 3,10 (0,2-19,0) with higher expression in corticotropinomas. Gene expression of MEG3 presented a mean of 0,95 ± 1,38 (0,0-8,8) with lower expression in NFPA. Three cluster patterns in the levels of mRNA expression of genes CDKN1B, PTTG and MEG3 were identified: cluster A = CDKN1B >= 1,85/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,65 observed in 100% of corticotropinomas; cluster B= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 2,25/ MEG3 >= 0,65 observed only in somatotropinomas (32%) and cluster C= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,05 observed in most of NFPA (73%). CONCLUSIONS: Most of the adenomas showed Ki -67 index lower than 3%. In accordance with this finding, immunohistochemistry for p53 was not statistically significant. The activating mutation in the Gs? protein (gsp+) was the most common mutation in sporadic pituitary adenomas, particularly in somatotropinomas. Variants with pathogenic potential have not been identified in the AIP and CDKN1B gene therefore seems to be a rare event in sporadic adenomas. Increased gene expression of PTTG was primarily identified in corticotropinomas. However, it was not predictive of adenoma subtype. The gene expression of CDKN1B was decreased in most corticotropinomas and normal in most somatotropinomas and NFPA. The gene expression of MEG3 was decreased in most of NFPA and corticotropinomas, and normal in most somatotropinomas. In hierarchical cluster analysis was identified three patterns of gene expression that correlated with pituitary adenoma subtype
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Análise do gene AIP  na acromegalia familial isolada / Analysis of the AIP gene in familial isolated acromegaly

Toledo, Rodrigo de Almeida 14 April 2010 (has links)
A acromegalia é doença insidiosa e desfigurante caracterizada por um crescimento desproporcional dos ossos das mãos, pés e do crânio devido à exposição crônica a altos níveis de hormônio de crescimento (GH) e de seu efetor insuline growth factor 1 (IGF-1). Trata-se de uma doença rara, com incidência estimada de 3-4 casos por milhão, com prevalência de aproximadamente 50 casos por milhão de pessoas. A principal causa da acromegalia é a presença de um tumor hipofisário secretor de GH (somatotropinoma). Caso o somatotropinoma ocorra durante a infância ou adolescência, antes do fechamento das epífises dos ossos longos, a criança crescerá longitudinalmente de forma descontrolada, caracterizando a forma clínica gigantismo. Na grande maioria dos casos a acromegalia se apresenta na forma esporádica, entretanto casos familiais da doença podem ocorrer associados à Neoplasia Endócrina Múltipla tipo 1 (NEM-1), ao complexo de Carney (CNC) e à acromegalia familial isolada (IFS). Os genes responsáveis pela NEM-1 (MEN1) e CNC (PRKAR1A) foram clonados há mais 10 anos, entretanto etiologia molecular da IFS permaneceu desconhecida até recentemente. Vierimaa et al. (2006) combinaram estudos de ligação por análise de polimorfismos e estudos de expressão gênica e identificaram mutações no gene AIP em famílias com acromegalia não-NEM-1 e não-CNC; além de perda de heterozigose (LOH) nos somatotropinomas dos pacientes com mutação AIP. No presente estudo, investigamos o gene AIP em três famílias brasileiras com IFS e em seus tumores (hipofisários e não-hipofisários). Descrevemos uma nova mutação AIP (Y268X) em uma família brasileira com IFS, confirmando o papel desse novo gene na predisposição a tumores hipofisários. A partir de dados gerados em uma extensa revisão da literatura, sugerimos que os tumores hipofisários familiais isolados são doenças multigênicas que possuiriam um gene principal, mas que sofreriam influência de outros genes/loci ainda pouco caracterizados. Assim, investigamos também o envolvimento de diversos genes/loci candidatos (SSTR2, SSTR5, CDKN1B, AHR, PRKAR1A, PTTG, PROP1, MEG3, RB1 e 2p16) como possíveis moduladores do fenótipo na IFS. Nossos dados sugerem que além da mutação AIP, há necessidade da co-segregação de marcadores localizados em regiões com potencial oncogênico para o desenvolvimento da doença hipofisária. Também apresentamos nesta Tese as primeiras análises de tumores nãohipofisários em pacientes com mutação AIP e encontramos evidências do possível envolvimento de AIP na tumorigênese de um carcinoma funcionante do córtex adrenal de paciente com IFS. / Acromegaly is a rare disfigurating and insidious disease characterized by enlargement of hands, feet and skull bones due to excess of growth hormone (GH) secreted by a pituitary tumor (somatotropinoma). The majority of the cases with acromegaly is sporadic, however it may occur in association with inherited disorders as Multiple Endocrine Neoplasia type 1 (MEN1), Carney complex (CNC) and Isolated Familial Somatotropinoma (IFS). The genes associated with MEN1 syndrome (MEN1) and CNC (PRKAR1A) have been described more than a decade ago, however until very recently the molecular etiology of IFS remained unknown. Using a combined strategy of single nucleotide polymorphism (SNP) analysis and gene expression analysis, Vierimaa et al. (2006) described mutations in the AIP gene occurring in families with acromegaly not associated with MEN1 and CNC. In the current study, we investigated three Brazilian families with IFS and were able to describe two germline mutations in the AIP gene, confirming the role of this new gene in the predisposition to familial somatotropinoma. We revised the literature of genetic studies of isolated pituitary adenoma syndromes, which indicated a genetic heterogeneity as well as possible multigenic inheritance for these diseases. Thus, we investigated the role of several genes/loci (SSTR2, SSTR5, CDKN1B, AHR, PRKAR1A, PTTG, PROP1, MEG3, RB1 and 2p16) selected as potentially acting as phenotypic modulators in IFS. Our data indicate that AIP-mutated patients are prone to pituitary disease, however it is necessary the co-segregation of markers located at oncogenic regions to the development of the pituitary tumors and manifestation of the disease. Herein, we also present the first somatic analysis of non-pituitary tumors of AIP-mutated patients. A potential role of AIP, which is implicated in the cAMP pathway, could not be excluded in the development of an adrenocortical carcinoma.
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Estudo molecular dos genes GNAS, PTTG, AIP, CDKN1B e MEG3 em adenomas hipofisários esporádicos / Molecular study of GNAS, PTTG, AIP, CDKN1B and MEG3 genes in sporadic pituitary adenomas

Renata Kikuchi Foltran 26 February 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: Os adenomas hipofisários são neoplasias benignas que representam cerca de 15% das neoplasias intracranianas. Em sua maioria ocorre de forma esporádica. Estudos moleculares desses adenomas identificaram anormalidades genéticas que podem ter um papel na sua tumorigênese. Dentre alguns desses genes foram descritos os oncogenes GNAS e PTTG e os genes supressores tumorais AIP, CDKN1B e MEG3. OBJETIVO: realizar estudo molecular dos genes associados a tumorigênese através da pesquisa de mutações nos genes GNAS, AIP e CDKN1B e o estudo de expressão gênica de CDKN1B, PTTG e MEG3 em adenomas aparentemente esporádicos, correlacionando com os dados clínicos e laboratoriais, em pacientes acompanhados no serviço de Endocrinologia do HCFMUSP. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Compreendeu 96 adenomas hipofisários aparentemente esporádicos: 41 somatotropinomas, 27 corticotropinomas, 21 adenomas clinicamente não funcionantes (ACNF) e 7 prolactinomas. Foi realizada avaliação restrospectiva dos dados clínicos e laboratoriais ao diagnóstico. Após a análise histológica por hematoxilinaeosina, foi realizada análise imunohistoquímica das proteínas Ki-67 e p53 e molecular do DNA genômico e RNA, extraídos do tecido tumoral. Análise mutacional das regiões codificantes de AIP e CDKN1B e dos hotspots de GNAS nos éxons 8 e 9 foi realizada através de amplificação por PCR e sequenciamento automático. A quantificação relativa do RNAm de CDKN1B, MEG3 e PTTG foi avaliada pelo método de 2-??Ct por PCR em tempo real. RESULTADOS: Presença de mutações somáticas no gene GNAS (gsp+) em 14,5% dos adenomas. Não houve diferenças significativas clínicas e laboratoriais entre os adenomas gsp+ e gsp-. Variantes com potencial patogênico não foram identificadas nos genes AIP e CDKN1B. A análise imunohistoquímica do Ki-67 apresentou média de 1,32% (0,9-4,5) e do p53 média de 1,04 (1,0-1,8). O gene CDKN1B apresentou expressão média de ,12 ± 0,74 (0,1-3,1), com expressão mais baixa nos corticotropinomas. O gene PTTG apresentou expressão média de 2,49 ± 3,10 (0,2-19,0), com maior expressão nos corticotropinomas. O gene MEG3 apresentou expressão média de 0,95 ± 1,38 (0,0-8,8), com valores mais baixos nos ACNF. Três padrões de cluster nos níveis de expressão de RNAm dos genes CDKN1B, PTTG e MEG3 foram identificados: cluster A = CDKN1B >= 1,85/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,65 foi observado em 100% dos corticotropinomas; cluster B= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 2,25/ MEG3 >= 0,65 observado apenas nos somatotropinomas (32%) e o cluster C= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,05 observado na maioria dos ACNF (73%). CONCLUSÕES: A maioria dos adenomas apresentaram índices de Ki-67 menor do que 3%. Em conformidade com este achado, a imunohistoquímica para p53 não se mostrou estatisticamente significativa. A mutação ativadora na proteína Gs? (gsp+) foi a mutação mais frequente em adenomas hipofisários esporádicos, principalmente em somatotropinomas. Não foram identificadas variantes com potencial patogênico nos genes AIP e CDKN1B, portanto, parece ser um evento raro em adenomas esporádicos. A expressão gênica aumentada do gene PTTG foi identificada principalmente nos corticotropinomas. No entanto, ela não foi preditiva de subtipo de adenoma. A expressão gênica do CDKN1B estava diminuída na maioria dos corticotropinomas e normal na maioria dos somatotropinomas e ACNF. A expressão gênica do MEG3 estava diminuída na maioria dos adenomas ACNF e corticotropinomas e normal na maioria dos somatotropinomas. Na análise de cluster hierárquico, foram identificados três padrões de expressão gênica que se correlacionaram com subtipo de adenoma hipofisário / BACKGROUND: Pituitary adenomas are benign tumors that account for about 15% of intracranial tumors. Mostly occurs sporadically. Molecular studies of these adenomas identified genetic abnormalities that may have a role in tumorigenesis. Some of these genes have been described as the oncogenes GNAS and PTTG and tumor suppressor genes AIP, CDKN1B and MEG3. OBJECTIVE: perform a molecular study of genes related in tumorigenesis to evaluate presence of mutations in GNAS, AIP and CDKN1B genes and gene expression analysis of CDKN1B, PTTG and MEG3 genes in apparently sporadic adenomas, correlating with the clinical and laboratory data from patients treated at the Endocrinology service of HCFMUSP.SUBJECTS AND METHODS: 96 apparently sporadic adenomas was included: 41 somatotropinomas, 27 corticotropinomas, 21 clinically nonfunctioning pituitary adenomas (NFPA) and seven prolactinomas. Retrospective evaluation of clinical and laboratory data from diagnosis. After histological analysis by hematoxylin-eosin staining, it was performed immunohistochemical analysis of Ki -67 and p53 proteins and molecular analysis of genomic DNA and RNA extracted from tumor tissue. Mutational analysis of coding regions of AIP and CDKN1B and hotspots exons 8 and 9 of GNAS was performed by PCR and automatic sequencing. Relative quantification of mRNA CDKN1B, MEG3 and PTTG was evaluated by 2-??Ct method using Real Time PCR. RESULTS: Presence of somatic mutations on GNAS gene (gsp+) in 14,5% of pituitary adenomas. There were no clinical and laboratorial differences between gsp+ and gsp- somatotropinomas. Variants with pathogenic potencial were not identified in AIP and CDKN1B genes. Imunohistochemical analysis showed mean of 1,32% (0,9-4,5) for Ki-67 and mean of 1,04% (1,0-1,8) for p53. Gene expression of CDKN1B presented a mean of 1,12 ± 0,74 (0,1-3,1) with lower expression in corticotropinomas. Gene expression of PTTG presented a mean of 2,49 ± 3,10 (0,2-19,0) with higher expression in corticotropinomas. Gene expression of MEG3 presented a mean of 0,95 ± 1,38 (0,0-8,8) with lower expression in NFPA. Three cluster patterns in the levels of mRNA expression of genes CDKN1B, PTTG and MEG3 were identified: cluster A = CDKN1B >= 1,85/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,65 observed in 100% of corticotropinomas; cluster B= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 2,25/ MEG3 >= 0,65 observed only in somatotropinomas (32%) and cluster C= CDKN1B >= 0,95/ PTTG >= 1,25/ MEG3 >= 0,05 observed in most of NFPA (73%). CONCLUSIONS: Most of the adenomas showed Ki -67 index lower than 3%. In accordance with this finding, immunohistochemistry for p53 was not statistically significant. The activating mutation in the Gs? protein (gsp+) was the most common mutation in sporadic pituitary adenomas, particularly in somatotropinomas. Variants with pathogenic potential have not been identified in the AIP and CDKN1B gene therefore seems to be a rare event in sporadic adenomas. Increased gene expression of PTTG was primarily identified in corticotropinomas. However, it was not predictive of adenoma subtype. The gene expression of CDKN1B was decreased in most corticotropinomas and normal in most somatotropinomas and NFPA. The gene expression of MEG3 was decreased in most of NFPA and corticotropinomas, and normal in most somatotropinomas. In hierarchical cluster analysis was identified three patterns of gene expression that correlated with pituitary adenoma subtype
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Identificação de moduladores genéticos em uma grande família com neoplasia endócrina múltipla (NEM1) / Identification of modifying genetic fatctors in a large family with multiple endocrine neoplasia type 1

Viviane Cristina Longuini 18 March 2011 (has links)
A Neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (NEM1; OMIM 131100) é uma síndrome endócrina hereditária, que envolve tumores nas glândulas paratireóides, pâncreas endócrino/duodeno e hipófise. Mutações germinativas no gene supressor de tumor MEN1 são identificadas em aproximadamente 80% dos casos familiais. Os casos restantes podem apresentar grandes deleções no gene MEN1 (raras), não identificáveis ao seqüenciamento direto, ou mutações em outros genes, ainda pouco conhecidos. Recentemente, mutações germinativas em genes que codificam quinases dependentes de ciclinas, como o gene supressor de tumor p27Kip1, foram identificadas em cerca de 1-2% dos pacientes NEM1 sem mutação no gene MEN1. Esses pacientes apresentam uma clínica similar à NEM1, sendo chamada de NEM-like ou NEM4. Estudos in vitro mostraram que a proteína codificada pelo gene MEN1, MENIN, controla a expressão gênica de p27Kip1, indicando que ambos os genes fazem parte da mesma via celular supressora de tumor. Devido à correlação genótipo-fenótipo ser muito fraca nessa síndrome e à grande variabilidade fenotípica encontrada em pacientes com NEM1 (mesmo entre indivíduos/familiares que possuem mesma mutação no gene MEN1), no presente estudo investigamos a hipótese do envolvimento do gene p27Kip1, e de outro gene supressor de tumor recentemente associado com um fenótipo tumores hipofisários famílias, o gene AIP, como possíveis moduladores de fenótipo entre os pacientes com NEM1 de uma extensa família brasileira com a mutação germinativa MEN1 c.308delC e ampla variabilidade fenotípica. Dentre uma série de variáveis clínicas investigadas, observamos um possível papel modulador de fenótipo do gene p27Kip1 nesta família com NEM1. Foi encontrada associação significante entre o genótipo do polimorfismo p.V109G do gene p27Kip1, localizado em um domínio de ligação com a proteína p38 (que é um regulador negativo de p27 por levar à degradação dessa proteína), com os seguintes aspectos clínicos: maior agressividade do tumor hipofisário (macro vs. microadenomas), precocidade no desenvolvimento do tumor pancreático, e presença de carcinóides e metástases nos pacientes analisados (p< 0,05). Não foi observada nenhuma associação do gene AIP e o fenótipo dos pacientes com NEM1. O presente estudo investigou, pela primeira vez, o status germinativo do gene p27Kip1 em pacientes com mutação MEN1 e identificou uma associação significante em relação à susceptibilidade e agressividade dos tumores na coorte estudada / Multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) is an inherited tumoral syndrome that involves tumors in the parathyroids, anterior pituitary and in the pancreatic islet(s) cells. Germline mutations in the tumor suppressor gene MEN1 are detectable through direct sequencing in the majority (80%) of the patients with familial MEN1. The remaining patients may present large MEN1 gene deletions, not detectable through direct sequencing, or mutations in other genes, so far largely unknown. Recently, rare mutations in genes that encode cyclin-dependent kinases, as p27Kip1, have been reported in approximately 1-2% of the patients without a MEN1 mutation. These patients were reported as presenting a MEN1-like (or the MEN4) syndrome phenotype. In vitro studies have demonstrated that the protein encoded by the MEN1 gene, MENIN, controls the expression of the p27Kip1 gene and, therefore, these two genes seem to act in the same intracellular tumor suppressor pathway. Due to the lack of genotype-phenotype correlation in MEN1 and the large clinical variability usually observed within unrelated patients carrying the same MEN1 mutation, we hypothesized that p27Kip1 (as well as AIP gene, recently associated with familial predisposition to pituitary tumors) may act as phenotypic modifying gene(s) in the MEN1 syndrome. Herein, we analyzed possible correlations between p27Kip1 genotype and a number of clinical features. We identified significant statistic associations between the p.V109G p27Kip1 polymorphism and phenotype manifestations, indicating a potential role of p27Kip1 in modifying MEN1 phenotype, as follows: pituitary tumor size; early development of pancreatic tumors, and presence of carcinoids and metastasis (p< 0,05). In addition, a possible association with the AIP gene was excluded. The present study analyzed, for the first time, the germline status of p27Kip1 gene in MEN1-mutated patients and identified a potential interaction between the genotype of this tumor suppressor gene in regulating susceptibility and the tumor aggressiveness in MEN1 patients
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Análise do gene AIP  na acromegalia familial isolada / Analysis of the AIP gene in familial isolated acromegaly

Rodrigo de Almeida Toledo 14 April 2010 (has links)
A acromegalia é doença insidiosa e desfigurante caracterizada por um crescimento desproporcional dos ossos das mãos, pés e do crânio devido à exposição crônica a altos níveis de hormônio de crescimento (GH) e de seu efetor insuline growth factor 1 (IGF-1). Trata-se de uma doença rara, com incidência estimada de 3-4 casos por milhão, com prevalência de aproximadamente 50 casos por milhão de pessoas. A principal causa da acromegalia é a presença de um tumor hipofisário secretor de GH (somatotropinoma). Caso o somatotropinoma ocorra durante a infância ou adolescência, antes do fechamento das epífises dos ossos longos, a criança crescerá longitudinalmente de forma descontrolada, caracterizando a forma clínica gigantismo. Na grande maioria dos casos a acromegalia se apresenta na forma esporádica, entretanto casos familiais da doença podem ocorrer associados à Neoplasia Endócrina Múltipla tipo 1 (NEM-1), ao complexo de Carney (CNC) e à acromegalia familial isolada (IFS). Os genes responsáveis pela NEM-1 (MEN1) e CNC (PRKAR1A) foram clonados há mais 10 anos, entretanto etiologia molecular da IFS permaneceu desconhecida até recentemente. Vierimaa et al. (2006) combinaram estudos de ligação por análise de polimorfismos e estudos de expressão gênica e identificaram mutações no gene AIP em famílias com acromegalia não-NEM-1 e não-CNC; além de perda de heterozigose (LOH) nos somatotropinomas dos pacientes com mutação AIP. No presente estudo, investigamos o gene AIP em três famílias brasileiras com IFS e em seus tumores (hipofisários e não-hipofisários). Descrevemos uma nova mutação AIP (Y268X) em uma família brasileira com IFS, confirmando o papel desse novo gene na predisposição a tumores hipofisários. A partir de dados gerados em uma extensa revisão da literatura, sugerimos que os tumores hipofisários familiais isolados são doenças multigênicas que possuiriam um gene principal, mas que sofreriam influência de outros genes/loci ainda pouco caracterizados. Assim, investigamos também o envolvimento de diversos genes/loci candidatos (SSTR2, SSTR5, CDKN1B, AHR, PRKAR1A, PTTG, PROP1, MEG3, RB1 e 2p16) como possíveis moduladores do fenótipo na IFS. Nossos dados sugerem que além da mutação AIP, há necessidade da co-segregação de marcadores localizados em regiões com potencial oncogênico para o desenvolvimento da doença hipofisária. Também apresentamos nesta Tese as primeiras análises de tumores nãohipofisários em pacientes com mutação AIP e encontramos evidências do possível envolvimento de AIP na tumorigênese de um carcinoma funcionante do córtex adrenal de paciente com IFS. / Acromegaly is a rare disfigurating and insidious disease characterized by enlargement of hands, feet and skull bones due to excess of growth hormone (GH) secreted by a pituitary tumor (somatotropinoma). The majority of the cases with acromegaly is sporadic, however it may occur in association with inherited disorders as Multiple Endocrine Neoplasia type 1 (MEN1), Carney complex (CNC) and Isolated Familial Somatotropinoma (IFS). The genes associated with MEN1 syndrome (MEN1) and CNC (PRKAR1A) have been described more than a decade ago, however until very recently the molecular etiology of IFS remained unknown. Using a combined strategy of single nucleotide polymorphism (SNP) analysis and gene expression analysis, Vierimaa et al. (2006) described mutations in the AIP gene occurring in families with acromegaly not associated with MEN1 and CNC. In the current study, we investigated three Brazilian families with IFS and were able to describe two germline mutations in the AIP gene, confirming the role of this new gene in the predisposition to familial somatotropinoma. We revised the literature of genetic studies of isolated pituitary adenoma syndromes, which indicated a genetic heterogeneity as well as possible multigenic inheritance for these diseases. Thus, we investigated the role of several genes/loci (SSTR2, SSTR5, CDKN1B, AHR, PRKAR1A, PTTG, PROP1, MEG3, RB1 and 2p16) selected as potentially acting as phenotypic modulators in IFS. Our data indicate that AIP-mutated patients are prone to pituitary disease, however it is necessary the co-segregation of markers located at oncogenic regions to the development of the pituitary tumors and manifestation of the disease. Herein, we also present the first somatic analysis of non-pituitary tumors of AIP-mutated patients. A potential role of AIP, which is implicated in the cAMP pathway, could not be excluded in the development of an adrenocortical carcinoma.

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