Os percevejos são considerados pragas-chave da cultura da soja, uma vez que se alimentam diretamente da parte reprodutiva das plantas danificando vagens e sementes. Sendo assim, os objetivos deste trabalho foram i) propor uma alternativa eficiente para a seleção de plantas resistentes em populações grandes; ii) identificar genótipos com excelente desempenho agronômico e resistência ao complexo de percevejo em diferentes ambientes; e iii) comparar a eficiência de dois métodos de seleção. Para a verificação do PSB (peso de sementes boas) como critério para a seleção de genótipos com resistência, dois experimentos foram conduzidos a campo, com e sem controle químico de insetos. Índices foram empregados para a validação do PSB como um critério eficiente para a seleção de genótipos produtivos e com resistência. Na etapa seguinte, o PSB foi empregado para a seleção de genótipos a partir de uma população de linhagens endogâmicas recombinantes (LERs) obtidas do cruzamento de IAC-100 (resistente) com CD-215 (suscetível). O desempenho das linhagens obtidas pelo método de descendência de uma única vagem foi comparado ao de linhagens obtidas pelo método genealógico. Nos diferentes experimentos, conduzidos em condições de campo, sob infestação natural de insetos, foram avaliados: número de dias para a maturidade (NDM), altura da planta na maturidade (APM), período de granação (PEG), acamamento (AC), valor agronômico (VA), produtividade de grãos (PG), peso de cem sementes (PCS), retenção foliar (RF) e peso sementes boas (PSB). Baseado nos resultados foi possível concluir que o PSB é uma excelente estratégia para a seleção de genótipos com resistência ao complexo de percevejos, e com elevado potencial produtivo. Na população de LERs, tomando-se apenas aqueles genótipos com PSB mínimo de 2908,26 kg ha-1 (perdas aceitáveis de 20% em relação à média de PG) o ganho de seleção (GS) foi de 665,4 e 482,4 kg ha-1 safra 2012/13. Ou seja, o parâmetro empregado na seleção foi eficiente na identificação dos genótipos mais produtivos e com resistência ao complexo de percevejos. As estimativas dos componentes de variância mostraram a elevada influência da interação genótipo por ambiente sobre os caracteres PG e PSB, que tiveram as menores estimativas de herdabilidade (23 e 34% respectivamente). Ambos os métodos descendência de uma única vagem (SPD) e genealógico foram eficientes na geração de progênies superiores para produtividade e resistência ao complexo de percevejos. Tão logo, independe do método empregado o cruzamento CD-215 x IAC-100 apresenta potencial genético para a geração de progênies que aliem produtividade elevada e resistência ao complexo de percevejo. / Stink bugs are considered key pests of soybean, because they feed directly on reproductive parts of the plant, causing damage to the seeds and pods. Thus, the present study aims to i) propose an efficient alternative for the selection of resistant plants in large populations; ii) identify lines with excellent agronomic performance and resistance to members of the stink bug complex, in different environments; and iii) compare the efficiency of two selection methods. To evaluate the good seed weight (GSW) as a criterion for selection of resistant genotypes, two experiments were conducted in the field, with and without chemical control of insects. To validate GSW as an efficient criterion for the selection of productive genotypes with resistance indices were used. In the next step, GSW was used for the selection of genotypes from a population of recombinant inbred lines (RILs) obtained from the cross IAC- 100 (resistant) x CD-215 (susceptible). The performance of the lines obtained by single pod descent was compared to lines obtained by the pedigree method. The following characters were evaluated in field, under different locations with natural infestation by insects: number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (PHM), grain filling period (GFP), lodging (L), agronomic value (AV), grain yield (GY), 100 seed weight (HSW), leaf retention (LR) and good seeds weight (GSW). Based on the results, we concluded that the selection based on GSW is an excellent strategy for identifying genotypes with resistance to stink bugs, and high yield potential. In the RIL population, choosing only those genotypes with a minimum GSW of 2908.26 kg ha-1 (acceptable losses of 20% from the GY average) the selection gain (SG) was 665.4 and 482.4 kg ha-1, season 2012/13. The parameter used in the selection was effective in identifying the most productive genotypes with resistance to the stink bug complex. Estimates of variance components showed a major influence of genotype by environment interaction for GY and GSW, which had the lowest heritability estimates (23 and 34% respectively). The single pod descent (SPD) and pedigree methods were both efficient in generating superior progenies for yield and resistance to stink bugs. Independent of the method used, the CD-215 x IAC-100 cross has genetic potential to generate progenies that combine high productivity and resistance to pests in the stink bug complex.

No programa de melhoramento genético de feijoeiro do Instituto Agronômico (IAC) foram disponibilizadas até a presente data 38 cultivares de feijoeiro, contribuindo para o aumento da produtividade média no Brasil e, principalmente, no estado de São Paulo. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar o progresso genético obtido para produtividade do feijoeiro com a pesquisa desenvolvida pelo IAC no período de 1989 a 2007. Foram avaliados 211 experimentos e 134 linhagens avançadas, distribuídas em 10 ciclos de seleção e conduzidas em três épocas de semeadura do feijoeiro. O progresso genético foi estimado para os períodos de pesquisa de 1989 a 1996 e de 1997 a 2007 em função das características dos experimentos de avaliação. No segundo período, estimou-se também o ganho por épocas de semeadura e tipos de tegumento. Nas análises, utilizou-se um modelo misto cujos efeitos foram obtidos por meio de quadrados mínimos ponderados, obtendo-se médias ajustadas em relação à produtividade média dos genótipos. Em seguida, a partir das médias ajustadas, realizou-se a análise de regressão linear para obtenção do progresso genético estimado por ciclo de seleção. No período entre 1989 a 1996, obteve-se um ganho relativo significativo de 1,91% por ciclo de seleção. Para o período de 1997 a 2007, o ganho obtido foi negativo (-0,51%), mas não significativo estatisticamente, ou seja, pode ser considerado como uma estabilização no ganho em produtividade. Embora a estimativa do ganho, no segundo período, tenha sido estável este valor foi cerca de 1000 kg/ha superior em relação à média obtida no primeiro período. Considera-se como a principal causa na estabilização do ganho em produtividade a mudança nos objetivos do programa de melhoramento que buscou obter linhagens com melhor qualidade tecnológica (maior tamanho de grãos e menor tempo de cozimento). Os resultados observados por épocas de semeadura revelaram que na época das águas ocorreu a maior produtividade média, enquanto que na época de inverno, o melhor índice de progresso genético. A separação por tipo de tegumento resultou na ocorrência de ganhos negativos como já esperado, mas não significativos estatisticamente, com valores de -0,64% por ciclo de seleção para o tegumento tipo preto e -0,12% por ciclo de seleção para o tegumento tipo carioca. Considerando-se o progresso genético obtido para os dois períodos de pesquisa, no valor de 0,25% por ciclo de seleção, e a área cultivada de 192 mil hectares no Estado de São Paulo, na safra de 2006/2007, tem-se que este ganho representa um aumento de produtividade em torno de 14.000 sacas de 60 kg. Esse resultado revela que as estratégias de melhoramento de feijoeiro praticadas pelo programa do IAC foram eficientes no desenvolvimento de genótipos superiores. / The genetic breeding program of common beans at Instituto Agronômico (IAC) has released 38 cultivars to the present date, thus contributing to increase the average yield of the crop in Brazil and, mainly, in the state of São Paulo. In this context, the goal of the present work was to evaluate the genetic gains obtained in yield for common beans due to the research developed by IAC during the period comprised from 1989 to 2007. A total number of 211 experiments and 134 advanced lines were evaluated, distributed along 10 selection cycles and carried out in three distinct sowing seasons. Genetic progression was estimated for the research periods of 1989 to 1996 and from 1997 to 2007 depending on the characteristics of the evaluation experiments. During the second period, the gain per sowing season and per tegument type has also been estimated. The analyses have employed a mixed model whose effects were obtained by weighted minimum squares, generating weighted averages according to the mean yield of the genotypes. Subsequently, the linear regression analysis was performed based on the weighted averages in order to calculate the estimated genetic gain per selection cycle. In the period from 1989 to 1996, a significant relative gain of 1.91% per selection cycle was obtained. For the subsequent period of 1997 to 2007, a non-significant negative gain (-0.51%) was obtained, it reflects the stabilization of the yield gain in the period. Although the gain estimate for the second period was stable, the value was approximately 1000 kg/ha superior to the average obtained in the first period. The main cause of the observed stability in the yield gain is likely to be due to the shift in the breeding program goals towards the generation of lines with higher technological features (bigger seeds and shorter cooking time). The results obtained for the distinct sowing seasons indicate that the rainy season favored higher average yield, whereas the winter sowing season exhibited better indices of genetic gain. The classification according to the tegument type resulted in negative gain as expected, although not at statistical significance levels, with values of -0.64% per selection cycle for black tegument and -0.12% per selection cycle for carioca tegument type. Considering the genetic gain for the research cycles investigated, the average of 0.25% gain per selection cycle and the cultivated area of 192 thousand hectares in the state of São Paulo, during the harvesting season of 2006/2007, the gain represents an increase of yield of approximately 14,000 bags of 60 kg. The results reveal that the breeding strategies for common beans employed at IAC were effective to develop superior genotypes.

In long term, to discover the genes responsible for wood production, genetic control of wood specific gravity (WSG) in Pinus brutia Ten. (Turkish red pine) open pollinated Ceyhan progeny trial, which was established with the seeds collected from 168 clones originated from six clonal Turkish red pine seed orchards was studied. Wood samples were taken by destructive sampling during the rouging of this trial at the age of seven. Specifically / (1) to examine the magnitude of family differences and its components for wood specific gravity (WSG) and growth traits (height, diameter and stem volume) / (2) to determine WSG inheritance and its genetic correlation with growth traits / and (3) to estimate breeding values of 168 families for the WSG and to predict genetic gain if selection is based on phenotypic, rouged and genotypic seed orchard by reselecting the best parents with respect to WSG. Differences among the 168 families for mean WSG was large (ranged from 0.35 to 0.44), as indicated by high individual (0.42+0.07) and family mean (0.55+0.03) heritabilities. Family differences and high heritabilities were also observed for all growth traits. Genetic correlations between WSG and growth traits were statistically insignificant (near zero), while low and insignificant negative phenotypic correlations among the same traits were observed. Realized genetic gain for single trait selection at age seven was insignificant (0.37 %) for WSG and 8.4 % for stem volume in phenotypic seed orchards. Average genetic gain in breeding zone after roguing, by leaving the best 20 clones in each seed orchard, reached 1.7 % for WSG and 16.1 % for stem volume. Genetic gain (relative to controls) at the age of seven obtained from the first generation genotypic seed orchards consisting the best 30 clones was estimated 5.2 % for WSG and 35 % for stem volume. Multi-trait selection was also proposed in this study for the same traits. Selection of best 10 families for the highest WSG and stem volume breeding values produce 5.6 % genetic gain for WSG and 27.7 % genetic gain for stem volume. For the future, the 168 families with known phenotypic and genotypic values regarding to WSG will be screened for the genes responsible for wood production.

Magistro darbe tiriama paprastosios eglės kilmių ir rinktinių medžių palikuonių šeimų genetinis–selekcinis įvertinimas bandomuosiuose želdiniuose. Darbo objektas – Ąžuolų Būdos girininkija, 55 kv., 6 skl. Augavietė Lc. Įveisti 1985 m. keturmečiais sodinukais. Plotas 1,5 ha. Darbo tikslas – atlikti paprastosios eglės kilmių ir rinktinių medžių šeimų genetinį–selekcinį įvertinimą bandomuosiuose želdiniuose. Atrinkti pranašiausius genotipus (rinktinius medžius ir individus palikuonių šeimose) antros kartos miško sėklinėms plantacijoms veisti ir įvertinti selekcinį efektą. Darbo metodai – atlikti 50-ties medžių medienos kietumo ir aukščio matavimai kiekviename variante ir kiekvieno medžio skersmens, stiebo tiesumo, dvistiebiškumo, pleištinių šakų įvertinimai. Medienos kietumas išmatuotas Pylodin prietaisu, aukštis – aukštimačiu, skersmuo – žerglėmis. Registruotos žuvusių medžių vietos ir apskaičiuotas išsilaikymas. Kokybiniai požymiai įvertinti pagal genetiniuose–selekciniuose tyrimuose naudojamą vizualaus medžių kokybinių požymių įvertinimo metodiką. Matavimų metu medelių amžius buvo 32 metai. Duomenų sisteminimas ir jų analizė atlikta, naudojant statistinių duomenų tvarkymo paketą Microsoft Excell, o duomenų statistiškai patikimi skirtumai nustatyti STEPDISC SAS analizės testu. Darbo rezultatai. Gauti rezultatai atskleidė, kad 71 % bandomų šeimų augimu pralenkė vietinę kilmę. Šiek tiek mažesnė dalis šeimų buvo pranašesnės už vietinę kilmę pagal pleištinių šakų proporciją. Ir... [toliau žr. visą tekstą] / Master's Thesis includes the study of Norway spruce provenances and plus trees progeny in the Ažuolų Būda field trial. The object of the study – Ažuolų Būda Forest District, block No. 55, plot No. 6. Site Lc. The field trial was established with 4 year old seedlings in 1985. The field area is 1.5 ha. Objective of the study – to perform genetic evaluation of Norway spruce provenances and plus trees progeny in the Ažuolų Būda field trial and select the best genotypes (parental plus trees and trees in progeny families) for the second generation seed orchards. Material and methods – wood hardness and total height of 50 trees was measured in each replicate. Diameter, stem straightness, multiple leader shoots, spike knots were registered for all the trees in the trial. Pilodyn 6J was used for measuring wood hardness, Vertex IV – for height, electronic Haglof callipers- for diameter. Survival was calculated by registering empty planting places. Quality traits were assessed using well known scales applied in tree breeding studies. At a time of assessment age of trees was 32 years. Data analysis was performed using Microsoft Excel and SAS 9.3 statistical package (SAS Mixed and Corr procedures). Study results. The results showed that 71% of tested families grew better than the local origin. Slightly smaller amount of families were better by proportion of spike knots. And only two families were less hardy by wood compared to local one. Population variance component was the largest for... [to full text]

SANTOS, Leonardo Hunaldo dos. Estrutura populacional e tendências genética e fenotípica da raça Guzerá criada no Nordeste do Brasil. 2008. 49 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Zootecnia, Fortaleza-CE, 2008 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-03T13:25:06Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-03T13:27:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T13:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) Previous issue date: 2008 / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11 ± 0.02 (W205), 0.18 ± 0.02 (W365) and 0.18 ± 0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01 ± 0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5±4.5 (Father-Son), 7.9±3.9 (Father-Son), 7.8±4.2 (Mother-Son), 7,9 ±4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9 ± 4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuínos da raça Guzerá de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimação dos parâmetros genéticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e análise do comportamento das linhas de tendência genética, fenotípica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a análise do pedigree e a estimação dos parâmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de gerações e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variância foram obtidos por meio da metodologia da Máxima Verossimilhança Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatórios genéticos, direto e materno, e de ambiente permanente, além do efeito fixo de grupo de contemporâneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porém, apenas o efeito genético direto como efeito aleatório. A estimativa das tendências genética, fenotípica e de ambiente para as características foram obtidas pela regressão linear ponderada da média da variável dependente (valores genéticos, pesos observados e solução dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de gerações por passagem gamética foram: 7,5±4,5 (Pai-Filho), 7,9±4,8 (Pai-Filha), 7,8±4,2 (Mãe-Filho), 7,9±3,9 anos (Mãe-Filha), com intervalo médio de 7,9 ± 4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os períodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma redução de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensão, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sétima geração, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a média de endogamia para animais endogâmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo período. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11±0,02(P205), 0,18±0,02(P365) e 0,18±0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01±0,02. A tendência genética direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendência genética materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendências genéticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendências fenotípica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuídos às melhorias no ambiente. O tamanho efetivo é ótimo e a população não apresenta riscos de extinção. Os intervalos de geração foram altos, o que ocasionou perdas genéticas, logo, a utilização de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar redução nos intervalos de geração e consequentemente, aumento nos ganhos genéticos

Submitted by GRAZYELLA MASSAKO YOSHIDA null (grazyoshida@hotmail.com) on 2018-03-22T20:50:40Z No. of bitstreams: 1 thesis_GMY.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste trabalho foram: (i) testar a eficiência do algoritmo de seleção de acasalamento (MS) em controlar o nível de endogamia e coascendência, além de aumentar os ganhos genéticos; (ii) incluir a variabilidade genética da futura progênie como componente de otimização na função objetiva de seleção de acasalamento usando dados de dois programas de melhoramento aquícolas; e (iii) comparar a MS com a seleção truncada (TS) e contribuição genética ótima (OCS), combinados com diferentes estratégias de acasalamentos para controlar a endogamia e manter os mesmo níveis de ganhos genéticos. Para os objetivos (i) e (ii), o total de 8.782 tilápias do Nilo (NT) de cinco gerações e 79.144 salmões coho (CS) de oito gerações foram utilizados para otimizar as funções objetivos e vinte gerações discretas foram simuladas para o objetivo (iii), considerando 50 famílias e 2.000 filhos por geração, e uma característica com herdabilidade igual a 0.30. As OFs foram otimizadas considerando a coascendência média dos pais, o mérito genético esperado, a endogamia da futura progênie para os objetivos (i) e (iii) e a variabilidade genética da futura progênie foi adicionada na OF para o objetivo (ii). Para o objetivo (i), a MS permitiu reduzir a endogamia em até 73% para tilápia do Nilo, em comparação com a seleção truncada e até 20% para o salmão coho, em comparação com o cenário real de acasalamento. No objetivo dois, a MS permitiu produzir progênie com maior (DP = 0.77 e 0.30 para NT e CS, respectivamente) ou menor (DP = 0.25 e 0.14 para NT e CS, respectivamente) dispersão dos valores genéticos, dependendo da função objetivo otimizada. A seleção de acasalamentos superou a seleção truncada e o cenário real de acasalamento e também foi possível alterar a variabilidade genética da futura progênie, quando esse componente foi considerado na OF utilizado os dados reais. Para os dados simulados, a MS teve melhor performance comparada com a TS e a OCS combinada com acasalamentos aleatórios. A curto-prazo, a MS foi mais eficiente do que a OCS combinada com os acasalamentos que minimizam a endogamia em controlar a endogamia sob o mesmo nível de ganho genético. Porém, a longo prazo os resultados entre as duas estratégias foram muito semelhantes. De forma geral, o algoritmo de seleção de acasalamentos foi eficiente e flexível em otimizar a função objetiva usando diferentes componentes, em diferentes aplicações práticas na aquicultura. / The aims of this work were: (i) test the efficiency of mate selection (MS) algorithm in controlling the inbreeding and coancestry level, as well, increase the genetic gain; (ii) include the genetic variability of the future progeny as component for the optimization of the MS objective function in two aquaculture real dataset; and (iii) compare MS among truncation selection (TS) and optimum contribution selection (OCS) scenarios combined to different mating strategies to assess the best method in controlling inbreeding and maintain the genetic gain, for aquaculture breeding using simulated dataset. For objective (i) and (ii), a total of 8,782 Nile tilapias (NT) from five generations and 79,144 coho salmon (CS) from eight generations were used to optimize the objective functions (OF) and twenty discrete generations were simulated for the objective (iii), considering 50 families and 2,000 offspring per generation, and a trait with heritability of 0.30. The OFs were optimized accounting to coancestry of parents, expected genetic merit and inbreeding of the future progeny for the objective (i) and (iii) and in addition the genetic variability of the future progeny was considered for the objective (ii). For the objective (i), the mate selection allowed reducing inbreeding up to 73% for NT, compared with truncation selection, and up to 20% for CS, compared with realized scenario. In the objective (ii), MS allowed producing animals with higher (SD = 0.77 and 0.30 for NT and CS, respectively) or lower (SD = 0.25 and 0.14 for NT and CS, respectively) dispersion of estimated breeding value, depending on the objective function optimized. For real data set the MS outperformed the real mates and truncation selection and in addition the genetic variability of the future progeny could be changed when this component was considered in the OF. For the simulated dataset, the MS outperformed the TS and OCS followed by random mating. In the short-term, MS was more efficient than OCS + inbreeding minimizing in controlling inbreeding under the same genetic gain. However, in the long-term, OCS and MS resulted in similar genetic progress and average inbreeding, under the same weight on coancestry. In general, the mate selection algorithm was efficient and flexible to optimize objective functions accounting for different components, under practical applications in aquaculture breeding. / 14/20626-4 e 15/25232-7

Submitted by JANAINA RODRIGUES DA SILVA null (janainars_t@yahoo.com) on 2016-11-22T18:37:46Z No. of bitstreams: 1 Araucaria angustifolia_Janaína Rodrigues da Silva.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto parcial porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o prazo para disponibilização de texto completo “Não se aplica” por se tratar de texto completo a ser disponibilizado imediatamente. Caso opte pela disponibilização do texto completo selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto completo”. Caso queira disponibilizar imediatamente apenas o texto parcial indique no campo “data para disponibilização do texto completo” o tempo em que apenas a versão parcial estará disponível. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, desse modo somente as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. on 2016-11-25T16:55:14Z (GMT) / Submitted by JANAINA RODRIGUES DA SILVA null (janainars_t@yahoo.com) on 2016-11-30T18:44:16Z No. of bitstreams: 1 Araucaria angustifolia_Janaína Rodrigues da Silva.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-02T12:21:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_jr_me_ilha.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T12:21:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_jr_me_ilha.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) Previous issue date: 16-08-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Em função da importância ecológica, econômica e do alto grau de degradação das Florestas com araucária, informações sobre genética de populações envolvendo a Araucaria angustifolia são essenciais para programas de conservação ex situ e o melhoramento genético. A conservação ex situ de populações na forma de testes de procedências e progênies permite monitorar os níveis de variabilidade genética e verificar a eficácia de estratégia de amostragem utilizadas nas populações. Dentro deste contexto, o objetivo foi realizar a caracterização genética e estimar o ganho com a seleção em três testes de procedências e progênies de A. angustifolia em Colombo-PR visando a produção de madeira e de sementes. Essas áreas experimentais foram estabelecidas sob delineamento experimental em blocos de progênies compactadas. O número de progênies e repetições em cada área variou da seguinte forma: 25, 110 e 50 progênies e 16, 2 e 6 repetições, nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Os caracteres avaliados foram: o diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (ALT), volume total (VOL), diâmetro médio de copa (DMC) e espessura da casca (ESP) aos 30, 32 e 33 anos de idade e os caracteres de produção de pinhão. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Os resultados deste trabalho permitiram concluir que há variação genética significativa entre procedências e progênies para a maioria dos caracteres avaliados. Verificou-se que a maior parte da variação genética encontra-se entre progênies para 67% dos caracteres avaliados e 33% entre procedências. O diâmetro a altura do peito aos 32 anos foi o mais indicado para a seleção dos indivíduos nas áreas experimentais. As correlações fenotípicas e genéticas entre os caracteres silviculturais foram moderadas a altas, positivas e significativas, variou de 0,95 a 0,98. As procedências Telêmaco Borba-PR e Irati- PR apresentam melhor desempenho em DAP 32. A correlação entre as distâncias genotípicas e geográficas foram positivas em todas as áreas experimentais, confirmando que a variabilidade genética está estruturada no espaço. Com base na distância de Mahalanobis, os acessos de araucária foram separados em grupos distintos. Esses foram formados, principalmente, pelas procedências geograficamente mais próximas. Com a análise descritiva das pinhas e pinhões obteve-se ligeira superioridade na capacidade produtiva das árvores matrizes da área 1 comparada as árvores matrizes da área 2. Correlações fenotípicas moderadas negativa a moderadas positiva foram observadas para os caracteres de crescimento associados aos da produção de pinhão. Com base no diâmetro à altura do peito aos 32 anos foram simuladas duas intensidades de seleção em nível individual. A intensidade de seleção de 41%, 38% e 27% foi a mais adequada visto que proporcionaram ganhos por seleção de 8,27% 7,63% e 7,59% nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Esta estratégia evitará a perda excessiva de variabilidade genética e ganhos genéticos modestos. / Due to both ecological and economic importance, as well as the high degree of degradation of Araucarian Forests, it can be important to obtain genetic information about genetic of Brazilian pine (Araucaria angustifolia) population is essential to ex situ conservation programs and genetic improvement. The ex situ population conservation, in the configuration of provenance and progeny tests allow monitoring the genetic variability levels and checking the efficiency of sampling strategies used in population. In this context, the aim of this work was to perform the genetic characterization and estimate gain with selection in three provenance and progeny tests of A. angustifolia in Colombo-PR, Brazil, more specifically, and analysis will focus on its wood and seed production. Those trial areas were established by experimental design in compacted blocks of progeny. The number of replicates and progenies in each area varied as follows: 25, 110 and 50 progenies and 16, 2 and 6 replicates, respectively, in the areas 1, 2 and 3. The evaluated traits were: diameter at breast height (DBH), total height (ALT), total volume (VOL), average crown diameter (DMC) and bark thickness (ESP) at 30, 32 and 33 years old beyond the traits related to pine nut production. Genetic parameters and variance components were obtained by REML/BLUP procedure. The results of this study indicated a significant genetic variation among provenances and progenies for the majority of evaluated traits. It was determined that most of the genetic variation was found among progenies up to 67% of the analysed traits and 33% among of provenances. The DBH at age 32 was the most suitable for the selection of individuals in the experimental areas. Phenotypic and genetic correlations between growth traits were observed from moderate to high, positive and significant, varying from 0,95 to 0,98. Provenances Telêmaco Borba-PR and Irati-PR presented best performances for the trait for DBH 32. The correlation between genotypic and geographical distances were positive in all experimental areas, confirming that genetic variability is structured in space. Based on the Mahalanobis distances, the araucaria accesses were separated into different groups. These were clustered, especially by the geographically closest provenances. With the descriptive analysis of pine cones and pine nuts, it gave a slight superiority in the productive capacity of trees in the Area 1 compared to trees of Area 2. Moderate negative to moderate positive phenotpic correlation were observed for growth traits associated to variables of pine nut production. Based on DBH trait at 32 years old were simulated two selection intensities at individual level. The selection intensity of 41%, 38% and 27%, leads genetic gains 8.27%, 7.63% and 7.59% in areas 1, 2 and 3, respectively. This strategy will avoid an excessive loss of genetic variability and modest genetic gains.

Orientador: Ananda Virginia de Aguiar / Resumo: Em função da importância ecológica, econômica e do alto grau de degradação das Florestas com araucária, informações sobre genética de populações envolvendo a Araucaria angustifolia são essenciais para programas de conservação ex situ e o melhoramento genético. A conservação ex situ de populações na forma de testes de procedências e progênies permite monitorar os níveis de variabilidade genética e verificar a eficácia de estratégia de amostragem utilizadas nas populações. Dentro deste contexto, o objetivo foi realizar a caracterização genética e estimar o ganho com a seleção em três testes de procedências e progênies de A. angustifolia em Colombo-PR visando a produção de madeira e de sementes. Essas áreas experimentais foram estabelecidas sob delineamento experimental em blocos de progênies compactadas. O número de progênies e repetições em cada área variou da seguinte forma: 25, 110 e 50 progênies e 16, 2 e 6 repetições, nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Os caracteres avaliados foram: o diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (ALT), volume total (VOL), diâmetro médio de copa (DMC) e espessura da casca (ESP) aos 30, 32 e 33 anos de idade e os caracteres de produção de pinhão. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Os resultados deste trabalho permitiram concluir que há variação genética significativa entre procedências e progênies para a maioria dos caracteres avaliados. Verificou-se que a maior parte da variaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Com o presente trabalho objetivou-se avaliar a viabilidade de um programa nacional de melhoramento genÃtico de caprinos leiteiros. Foram comparados os ganhos genÃticos e econÃmicos para dois esquemas de seleÃÃo, sendo um tradicional que representa a situaÃÃo geral nacional e outro utilizando o teste de progÃnie, conforme proposto pelo Programa de Melhoramento GenÃtico de Caprinos Leiteiros (CAPRAGENE) coordenado pela Embrapa Caprinos e Ovinos. Em seguida, foi verificado no esquema tradicional de seleÃÃo, o impacto econÃmico da alteraÃÃo na porcentagem de utilizaÃÃo de reprodutores do rebanho nÃcleo no estrato comercial. Averiguou-se tambÃm os efeitos da intensidade de utilizaÃÃo dos reprodutores jovens em teste para o esquema com teste de progÃnie. As anÃlises foram realizadas utilizando o ZPLAN, que utiliza um enfoque determinÃstico para estimar os ganhos genÃticos e econÃmicos para programas de melhoramento genÃtico. O esquema de seleÃÃo tradicional, com a seleÃÃo de reprodutores do nÃcleo feita com base em informaÃÃes reprodutivas e de produÃÃo leiteira das mÃes e a seleÃÃo das matrizes feitas com suas prÃprias informaÃÃes e de suas mÃes, nÃo apresentou viabilidade econÃmica, nÃo cobrindo os custos com a infraestrutura fÃsica e humana para manutenÃÃo do programa de melhoramento genÃtico. O esquema utilizando testes de progÃnie de reprodutores jovens apresentou viabilidade, com considerÃveis ganhos genÃticos para o objetivo de seleÃÃo e para as caracterÃsticas individuais que compÃem este objetivo. Os retornos econÃmicos do programa superou os custos do mesmo, com um retorno de investimento de cerca de 20%. Neste esquema, a caracterÃstica de maior impacto econÃmico foi a produÃÃo de leite, seguida pela contagem de cÃlulas somÃticas. O esquema tradicional somente permitiria retornos de investimento do programa de melhoramento com altos nÃveis (>60%) de uso de reprodutores do nÃcleo no estrato comercial. Ã possÃvel que isto nÃo tenha viabilidade prÃtica, principalmente devido ao baixo uso de inseminaÃÃo artificial no Brasil. A intensidade de utilizaÃÃo dos reprodutores jovens deve estar entre 10% e 15%. Acima desses valores nÃo se constituem ganhos monetÃrios considerÃveis ao objetivo de seleÃÃo, alÃm da reduÃÃo do lucro genÃtico de caracterÃsticas importantes como produÃÃo de leite. / This work aimed to evaluate the feasibility of a national breeding program for dairy goats. The genetic and economic gains for two selection schemes, one traditional that represents the overall Brazilian situation and the other using the progeny test, as proposed by the Breeding Program for Dairy Goats (CAPRAGENE) of Embrapa Goats and Sheep were compared. The economic impact of the use of bucks of the nucleus in commercial was evaluated in the traditional scheme. It was also examined the effects of intensity use of young breeding test for the scheme with progeny testing. Analyses were performed in ZPLAN, which uses a deterministic approach to estimate the genetic and economic gains for breeding programs. The traditional scheme with bucks selected in the nucleus of milk production and reproductive traits from their dams and the selection of does made with the same information for themselves and their dams, had no economic viability, not covering the costs of physical and human infrastructure for maintenance of the breeding program. The scheme using progeny tests of young bucks presented viability, with considerable genetic gains for the selection objective and the individual traits that make up this goal. The economic returns of the program outweigh the costs of the same, with a return on investment of about 20%. In this scheme, the trait of greater economic impact was milk yield followed by somatic cell count. The traditional scheme would only allow investment returns of the breeding program with high levels (>60%) for use of nucleus bucks commercial flocks. It is possible that this has no practical feasibility, principally due to the low use of artificial insemination in Brazil. The amount of use of young bucks should be between 10% and 15%. Major uses not promote substantial monetary gains to the selection objective and reduce the genetic profit the important traits as milk yield.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuÃnos da raÃa Guzerà de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimaÃÃo dos parÃmetros genÃticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e anÃlise do comportamento das linhas de tendÃncia genÃtica, fenotÃpica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a anÃlise do pedigree e a estimaÃÃo dos parÃmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de geraÃÃes e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variÃncia foram obtidos por meio da metodologia da MÃxima VerossimilhanÃa Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatÃrios genÃticos, direto e materno, e de ambiente permanente, alÃm do efeito fixo de grupo de contemporÃneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porÃm, apenas o efeito genÃtico direto como efeito aleatÃrio. A estimativa das tendÃncias genÃtica, fenotÃpica e de ambiente para as caracterÃsticas foram obtidas pela regressÃo linear ponderada da mÃdia da variÃvel dependente (valores genÃticos, pesos observados e soluÃÃo dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de geraÃÃes por passagem gamÃtica foram: 7,5Â4,5 (Pai-Filho), 7,9Â4,8 (Pai-Filha), 7,8Â4,2 (MÃe-Filho), 7,9Â3,9 anos (MÃe-Filha), com intervalo mÃdio de 7,9  4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os perÃodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma reduÃÃo de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensÃo, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sÃtima geraÃÃo, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a mÃdia de endogamia para animais endogÃmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo perÃodo. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11Â0,02(P205), 0,18Â0,02(P365) e 0,18Â0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01Â0,02. A tendÃncia genÃtica direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendÃncia genÃtica materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendÃncias genÃticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendÃncias fenotÃpica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuÃdos Ãs melhorias no ambiente. O tamanho efetivo à Ãtimo e a populaÃÃo nÃo apresenta riscos de extinÃÃo. Os intervalos de geraÃÃo foram altos, o que ocasionou perdas genÃticas, logo, a utilizaÃÃo de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar reduÃÃo nos intervalos de geraÃÃo e consequentemente, aumento nos ganhos genÃticos / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11  0.02 (W205), 0.18  0.02 (W365) and 0.18  0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01  0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5Â4.5 (Father-Son), 7.9Â3.9 (Father-Son), 7.8Â4.2 (Mother-Son), 7,9 Â4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9  4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains