Made available in DSpace on 2015-05-22T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 212.pdf: 6327244 bytes, checksum: 5262b8db100e376235de2697b47a5ce3 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães / A resistência a inseticidas químicos representa uma das maiores limitações em programas de controle de insetos. Dentre os diferentes mecanismos que levam o inseto à resistência, os principais são as alterações do sítio-alvo e a via metabólica. Essa última é representada por enzimas de detoxificação, como esterases, glutationas S-tranferases e oxidases. Mais de 200 genes de detoxificação foram identificados em Ae. aegypti, o que torna complexa a identificação mutações pontuais envolvidas neste mecanismo. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo identificar e caracterizar genes envolvidos na resistência a inseticidas em Ae. aegypti. Para o mapeamento de loci de herança quantitativa (QTL), microssatélites foram utilizados para genotipar indivíduos das gerações F0 e F2, provenientes dos cruzamentos entre a linhagem resistente ao temephos RecR, e as susceptíveis Red e MoyoD. Um QTL foi mapeada no cromossomo II, respondendo a aproximadamente 97 por cento da variação da resistência ao temephos. Diferentes genes de esterase foram identificados na região de QTL, demonstrando o envolvimento de outros genes de resistência na RecR, além daqueles identificados em trabalho prévio, com um chip de microarranjos. O presente trabalho estudou a região 5' UTR do gene da oxidase CYP6N12, identificado previamente como superexpresso na linhagem RecR. A análise da região revelou na RecR a presença de um alelo (R), com 14 pb a mais, que encontrava-se associado com a resistência ao temephos (fR= 0,625). Enquanto que, o mesmo alelo foi encontrado em menor frequência na RecRev (fR = 0,12). A presença desse alelo induziu a uma expressão do gene em 10 vezes na RecR e 4 vezes na RecRev. O sequenciamento de parte do gene da acetilcolinesterase de mosquitos da RecR e da linhagem susceptível Rockefeller, demonstrou a ausência de mutações nas duas colônia. Por fim, mutações no gene do canal de sódio foram avaliadas em populações de Ae. aegypti do Ceará, resistentes à cipermetrina. A mutação Ile1011Met foi encontrada em associação com a resistência em indivíduos do Crato, enquanto que o alelo mutante 1016Ile foi detectado pela primeira vez no Crato e Juazeiro do Norte. A identificação e mapeamento dos genes de resistência a inseticidas químicos em Ae. aegypti poderão contribuir para o desenvolvimento de novos métodos de diagnóstico e manejo da resistência

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-02-13T15:59:18Z No. of bitstreams: 1 2010 - ANDR?A PEREIRA DA FONSECA.pdf: 2103296 bytes, checksum: dca780e8029b629fbff3f70724ad309d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T15:59:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - ANDR?A PEREIRA DA FONSECA.pdf: 2103296 bytes, checksum: dca780e8029b629fbff3f70724ad309d (MD5) Previous issue date: 2010-04-26 / CAPES / The culture of strawberry (Fragaria x ananassa Duch.) is an agricultural activity of great socio-economic importance. In recent years, its production has increased in Brazil due to the introduction of new cultivars and use of quality plants. The vegetative propagation by stolons, usual in the species of the genus Fragaria also provide a limited number of plants and can spread viral diseases. The production of healthy plants can be obtained by meristem culture. Been strawberry cultivars in vitro responsive, with this technique it is possible to obtain a greatest number of plants. However the increase in the number of subcultures may induce somaclonal variation. In order to expand the availability of healthy plants of strawberry with genetic identity guarantee, this study aimed to analyze, with the use of morphological and molecular markers, with precision, the number of subcultures that allows large scale multiplication of strawberry, without loss of genetic identity. Explants of the cultivars Aromas, Camarosa and Camino Real, at the Laboratory of Plant Tissue Culture, in a first step, was submitted to twelve cycles of subculture, and in the following year, explants of the same cultivars, from the same mother plants, were subcultured for three cycles. The acclimatization and evaluation of the plants in the field were conducted in a greenhouse at Horticulture Sector of the Instituto de Agronomia of UFRRJ. The experimental design was randomized blocks in a factorial scheme 3x2, with the three genotypes being a factor and the two subculture levels other factor. In the Laboratory of Molecular Genetics of the Instituto de Biologia of UFRRJ, extraction of DNA was proceeded from leaves of regenerated in vitro plantlets of the three cultivars submitted to three, five and twelve subcultures and of the mother plants that were not produced by tissue culture. During the in vitro multiplication, in two levels of subcultures, we observed a greater tendency of hyperhydricity in Camino Real cultivar and a higher frequency of callus production in ?Camarosa?. After the acclimatization, plants exposed to twelve subcultures showed a higher average height. However, the average root length was not significantly different between the two levels of subcultures. In the field evaluation, for other quantitative traits, there were no significant differences between the two levels of subcultures. Cultivars Camarosa and Camino Real showed the highest number of characteristics with a variation between the two levels of subcultures, with the greatest variations observed in plants subjected to three subcultures. Analysing the field qualitative characteristics, the variation observed between the third and 12th subcultures, was present only the frequency distribution of leaf brightness, length and width of terminal leaflet. / A cultura do morangueiro (Fragaria x ananassa Duch.) ? uma atividade agr?cola de grande import?ncia s?cio-econ?mica. Nos ?ltimos anos, o seu cultivo tem aumentado no Brasil devido ? introdu??o de novas cultivares, sendo a produ??o de mudas de qualidade um dos fatores que afetam a expans?o da produ??o. A propaga??o vegetativa de plantas do g?nero Fragaria al?m de fornecer um n?mero limitado de prop?gulos, pode disseminar doen?as vir?ticas e radiculares. A produ??o de mudas sadias pode ser obtida atrav?s da cultura de meristemas. Considerando que cultivares de morangueiro s?o responsivas a propaga??o in vitro, atrav?s desta t?cnica ? poss?vel obter o maior n?mero de plantas, aumentando o n?mero de subcultivos, contudo, este acr?scimo pode induzir a ocorr?ncia de varia??o somaclonal. A fim de ampliar a disponibilidade de mudas sadias de morangueiro e com garantia de identidade gen?tica, este trabalho teve como objetivo analisar, a partir do uso de marcadores morfol?gicos, o n?mero de subcultivos que permita a multiplica??o do morangueiro em larga escala, sem que ocorra a perda da identidade gen?tica dos clones submetidos a este processo. No Laborat?rio de Cultura de Tecidos Vegetais, explantes das cultivares Aromas, Camarosa e Camino Real, foram submetidos em uma primeira etapa a doze ciclos de subcultivos e, no ano seguinte, os explantes das mesmas cultivares provenientes das mesmas plantas matrizes foram subcultivados por tr?s ciclos. A aclimatiza??o e avalia??o das plantas a campo foram realizadas em estufa no Setor de Horticultura do Instituto de Agronomia da UFRRJ. O delineamento experimental foi em blocos casualizados em esquema fatorial 3x2, sendo um fator os tr?s gen?tipos e o outro, os dois n?veis de subcultivos. Durante a fase de multiplica??o in vitro, nos dois n?veis de subcultivos, foi observado um maior n?mero de frascos com brota??es com sintoma de hiperhidricidade na cultivar Camino Real e forma??o de calos na cultivar Camarosa. Ap?s a fase de aclimatiza??o foi observado que plantas submetidas a doze subcultivos apresentaram maior altura m?dia da parte a?rea, entretanto, para o comprimento m?dio da raiz n?o foi observada diferen?a significativa entre os dois n?veis de subcultivos. Na avalia??o a campo das demais caracter?sticas quantitativas, n?o foram observadas diferen?as significativas entre os dois n?veis de subcultivos. Com doze subcultivos in vitro de plantas de morangueiro, das cultivares Aromas, Camarosa e Camino Real, ? poss?vel obter maior n?mero mudas micropropagadas sem perda da estabilidade gen?tica. A cultivar Camarosa apresentou valores m?dios superiores para altura da parte a?rea ap?s a fase de aclimatiza??o e a campo e, massas fresca e seca da parte a?rea, quando submetida a doze ciclos de subcultivos. As cultivares Camarosa e Camino Real apresentaram maior n?mero de caracter?sticas quantitativas com varia??o entre os dois n?veis de subcultivos, sendo as maiores varia??es observadas em plantas submetidas a tr?s subcultivos. A cultivar Camino Real seguida da ?Camarosa? apresentaram um maior n?mero de caracter?sticas qualitativas com varia??o na distribui??o das frequ?ncias entre os dois n?veis de subcultivos. A cultivar Aromas apresentou uma maior estabilidade gen?tica em rela??o ?s caracter?sticas quantitativas e qualitativas.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T13:42:06Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2115910 bytes, checksum: 9ac26b919d7cf610eba0b2e44061dcc7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T13:42:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2115910 bytes, checksum: 9ac26b919d7cf610eba0b2e44061dcc7 (MD5) Previous issue date: 2016-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A predição do mérito genético dos indivíduos é um dos maiores desafios no melhoremento de plantas e animais. A predição é difícil por que as características importantes possuem natureza complexa, onde alguns caracteres possuem poucos genes de efeito maior, enquanto que outros são controlados por um elevado número de genes de efeito pequeno, além disso, efeitos não-additivos como dominância e epistasia podem ser importantes para o controle da variação genética. Para obter altas acurácias na predição é importante usar o modelo que corresponde com a arquitetura genética da característica e adicionalmente a adequada partição das várias fontes de variação genética (aditiva, dominancia e epistasia) é desejada para várias aplicações como capacidade geral e específica de combinação. No capítulo 1 foi revisado os aspectos gerais da predição genômica (GP), a aplicação dessa abordagem com diferentes propósitos em características com distintas arquiteturas genéticas e no final alguns modelos estatísticos aplicado na GP. No capítulo 2 foi avaliado modelos de regressão genômica (WGR) aditivos e aditivo-dominante com diferentes prioris, essas são premissas sobre a presença ou não de marcas com efeito maior. Adicionalmente no capítulo 3 foi avaliado a inclusão da informação oriunda do pedigree na predição genômica, usando os modelos BayesA aditivo e aditivo-dominante e também com o RKHS, que teoricamente pode predizer os efeitos aditivo e não aditivos confundidos. Esses modelos foram aplicados na altura de árvores (HT) aos 6 anos de idade, diâmetro na altura do peito (DBH) e resistência a ferrugem, mesurados em 923 indivíduos de pinos oriundos de uma população estruturada em 71 irmãos completos e genotipados com 4722 marcadores genéticos. Também foram simulados 6 características com distintas arquiteturas genéticas (poligenica e oligogênica com três leveis de dominância) para esses estudos. As populações simuladas usadas nessas características foram derivadas a partir de um programa de melhoramento padrão de pinos. No capítulo 2 para as caracteríticas oligogenica simuladas e para resistência a ferrugem o BayesA e BayesB forneceram as melhores acurácias para predição genotípica, porem as diferentes priores usadas em WGR produziram resultados similares para HT e para característica poligênicas simuladas. Contudo a inclusão da dominância nos modelos WGR aumentaram a acurácia apenas para características simuladas com elevado efeito de dominância e para HT. Quando o BayesB foi ajustado em uma geração para predizer na geração seguinte, a inclusão da dominância aumentou as acurácias apenas para características oligogenicas simuladas com elevada dominancia. Independente do modelo adotado, a acurácia da predição genotípica total decresceu com o aumento dos efeitos de dominancia nas características simuladas. Então esses resultados refletem que a predição da dominancia foi complexa quando comparado com a predição dos efeitos aditivos, e para a aplicações posteriores dos efeitos de dominância, algumas propriedades genéticas da população devem ser avaliadas como MAF e número de meios irmãos e irmãos completos. No capítulo 3, a inclusão do informação oriunda do pedigree no modelo genômico, não produziu acurácias mais elevadas quando comparado com os modelos que usaram apenas informações de marcadores, e ambos modelos foram substancialmente mais acurados que o modelo baseado apenas em informação de pedigree. Em HT, DBH e características poligênicas simuladas com efeitos aditivos e dominantes, os modelos baseados em RKHS mostraram acurácias ligeiramente superiores que o BayesA para predição genotípica total, enquanto que o BayesA foi a melhor opção para resistência a ferrugem e características oligogenicas. Para a predição dos valores de melhoramento o BayesA aditivo foi o melhor modelo. / The prediction of individual genetic merit is one of most important challenges in plant and animal breeding. Prediction is difficult because the important traits have a complex nature, where some traits have few genes with major effects, while others are controlled by a large number of genes with small effects. Non-additive effects such as dominance and epistasis can also be important for controlling the genetic variation. In order to achieve higher accuracies in the prediction, it is important to use the model that matches the genetic architecture of trait. The proper partition of the various sources of genetic variation (additive, dominance and epistasis) is desired for several applications, such as exploring the overall and specific combination ability. In Chapter 1, the general remarks of genomic prediction (GP) are reviewed, with the application of this approach with different proposals in distinct genetic architecture traits, together with some statistic models applied in GP. In Chapter 2, the additive and additive-dominance whole-genomic-regression (WGR) models are evaluated with different priors, together with assumptions regarding the presence or not of markers with major effects. Chapter 3 evaluates the inclusion of pedigree information in genomic prediction with additive- and additive-dominance BayesA and also with RKHS model that can theoretically predict confused additive and non- additive effects. These models were applied in tree height (HT), diameter at breast height (DBH) and rust resistance in 923 loblolly pine individuals at 6 years of age from a structured population of 71 full-sib families genotyped with 4722 genetic markers. Six traits were also simulated with distinct genetic architectures (polygenic and oligogenic traits with three dominance levels) for these studies. The simulated population for these traits was derived from a standard pine breeding program. In the oligogenic simulated traits and rust resistance in chapter 2, BayesA and BayesB provided greater accuracies for genotypic prediction; however, the different priors of WGR yielded similar results for HT and simulated polygenic traits. Therefore, the inclusion of dominance effects in WGR increases the accuracy only for simulated traits with high dominance effects and HT. When BayesB was fitted in one generation for predicting the next generation, the dominance inclusion increased the accuracies only for the oligogenic simulated trait with high dominance. Regardless of the model adopted, the accuracy of whole genotypic prediction decreased with the increase of dominance effects in simulated traits. Thus, these results reflect that dominance prediction is complex when compared to additive prediction, and for downstream applications of dominance effects, some genetic properties of the population should be evaluated, such as MAF and the number of half and full-sibs. In chapter 3, the inclusion of pedigree information in genomic model did not yield higher accuracies than models based in only marker information, and both models were substantially more accurate than models basedonly on pedigree. In HT, DBH and in polygenic traits simulated with additive-dominance effects, the RKHS-based models showed slightly higher accuracies than BayesA for whole genotypic prediction, while BayesA-based models were the best option for rust resistance and oligogenic simulated traits. For the prediction of breeding values, the BayesA additive was the best model.

Submitted by DANILLA CRISTINA LEMOS SOUZA null (danillacristina@ig.com.br) on 2017-03-23T12:18:23Z No. of bitstreams: 1 TESE - Danilla Souza com ficha.pdf: 2474993 bytes, checksum: 4fede4ee91d0e6d92b69f3cdf397643c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-23T14:55:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 souza_dcl_dr_bot.pdf: 2474993 bytes, checksum: 4fede4ee91d0e6d92b69f3cdf397643c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T14:55:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 souza_dcl_dr_bot.pdf: 2474993 bytes, checksum: 4fede4ee91d0e6d92b69f3cdf397643c (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Myracrodruon urundeuva (Anacardiaceae) é uma espécie arbórea de ampla distribuição geográfica. Por possuir madeira de reconhecido valor econômico, associada à alta taxa de fragmentação dos seus habitats, encontra-se ameaçada de extinção. Com o intuito de manter a variabilidade genética existente das populações fragmentadas e reduzir perdas na base genética da espécie, sementes de polinização aberta de M. urundeuva foram coletadas em diferentes regiões, no Brasil, para formação do banco de conservação ex situ da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira, em Selvíria-MS. Esse trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar o sistema de reprodução e estimar parâmetros genéticos populacionais em progênies de M. urundeuva, procedentes de diferentes biomas brasileiros, por meio de caracteres quantitativos de crescimento e marcadores moleculares do tipo microssatélites. Os caracteres altura, diâmetro a altura do peito (DAP), diâmetro médio de copa e sobrevivência (SOB) foram utilizados para avaliar cinco populações: Aquidauana-MS, Selvíria-MS, Itarumã-GO, Paulo de Faria-SP e Seridó-RN. Os valores altos a medianos observados para SOB (96,4% - 70,8%) indicam boa adaptação das populações de M. urundeuva e potencial para uso em reflorestamentos. As estimativas do coeficiente de variação genética oscilaram de 3% a 24,6%, em nível de indivíduo, e de 1,5% a 12,3%, entre progênies, com os maiores valores obtidos para o DAP da população de Seridó. As herdabilidades individuais variaram de moderada (0,41) a baixa (0,01) para os caracteres apresentados. Empregando-se o valor genético dos indivíduos, o DAP foi utilizado para estimar ganhos genéticos na seleção de indivíduos dentro de progênies, sendo a população de Itarumã a mais indicada ao melhoramento genético, no referido ano de avaliação destas populações (população de Itarumã aos 11 anos de idade). Para análise molecular, 20 locos microssatélites foram desenvolvidos, a partir do sequenciamento de nova geração (MiSeq Sequencing System, Illumina), e seis desses foram utilizados para caracterizar as populações de Aquidauana, Itarumã, Paulo de Faria e Seridó (1.224 indivíduos). O número total de alelos (215), o número de diferentes alelos (67) e os valores de heterozigosidades observados demonstraram que estas populações ainda conservam índices de diversidade genética consideravelmente altos. Foi detectada alta diferenciação genética entre as populações (33%), relacionada, em partes, à distância que as separam; e foi confirmado que a espécie dioica M. urundeuva reproduz-se por cruzamento. Estes cruzamentos não são aleatórios nas populações, com aumento do grau de parentesco nas populações que sofreram forte pressão antrópica. Os coeficientes de coancestria dentro de progênies foram superiores ao esperado em progênies de meios-irmãos (0,125), portanto, estas progênies são constituídas também de irmãos-completos. Visando à utilização em reflorestamentos, estratégias de coleta de sementes devem ser adotadas, de modo a evitar a obtenção de sementes advindas de cruzamentos correlacionados ou endogâmicos, estabelecendo-se o valor mínimo de coleta em 55 árvores matrizes, em cada população, de modo a garantir um tamanho efetivo de população de 150. As informações obtidas com este estudo são úteis para fins de conservação e melhoramento genético da espécie, como também para seleção de matrizes potenciais para recuperação ambiental. / Myracrodruon urundeuva (Anacardiaceae) is a tree species with a wide geographic distribution. Because it has wood of recognized economic value, associated with the high rate of fragmentation of its habitats, it is threatened with extinction. In order to maintain the existing genetic variability of the fragmented populations and reduce losses in the genetic base of the species, M. urundeuva seeds were collected in different regions in Brazil for the formation of the ex situ conservation bank of the Faculty of Engineering of Ilha Solteira (FEIS/UNESP), in Selvíria-MS. This work was conducted with the aims to characterize the mating system and estimate population genetic parameters in M. urundeuva offsprings from different Brazilian biomes, using quantitative growth traits and molecular markers of the microsatellite type. The height, diameter at breast height (DBH), mean crown diameter and survival were used to evaluate five populations: Aquidauana-MS, Selvíria-MS, Itarumã-GO, Paulo de Faria -SP and Seridó-RN. The values high to median observed for survival (96.4% - 70.8%) indicate good adaptation of populations of M. urundeuva and potential for use in reforestation. Estimates of the coefficient of genetic variation ranged from 3% to 24.6%, at the individual level, and from 1.5% to 12.3%, among progenies, with the highest values obtained for the DBH of the Seridó population. The individual heritabilities ranged from moderate (0.41) to low (0.01) for the characters. Using the genetic value of the individuals, DBH was used to estimate genetic gains in the selection of individuals within progenies, and the Itarumã population being the most indicated for breeding, in the said year of evaluation of these populations (Itarumã population at 11 years old). For molecular analysis, 20 microsatellite loci were developed from the new generation sequencing (MiSeq Sequencing System, Illumina), and six of these were used to characterize the populations of Aquidauana, Itarumã, Paulo de Faria and Seridó (1,224 individuals).The total number of alleles (215), the number of different alleles (67) and the observed heterozygosity values demonstrated that these populations still retain considerably high genetic diversity indices. High genetic differentiation was detected among populations (33%), related, in part, the distance separating them; and it was observed that the species dioica M. urundeuva is reproduced by mating. These matings are not random in populations, with increased degree of relationship in populations with strong anthropic pressure. The coancestry coefficients within offspring were higher than expected in half-sibs offsprings (0.125), so these offsprings are also composed of full-sibs. Aiming at the use in reforestation, seed collection strategies should be adopted, in order to avoid obtaining seeds produced from related or inbred matings, establishing the minimum collection amount in 55 seed trees, in each population, so to ensure an effective population size of 150. The informations obtained from this study are useful for the purpose of conservation and breeding of the species, but also for selection of potential matrices for environmental recovery. / FAPESP: 2013/24503-1

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T18:56:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) Previous issue date: 2004-11-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Três populações de retrocruzamento 1 (RC 1 ) e uma população F 2 foram obtidas a partir do cruzamento “Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”, sendo elas: população 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)], com 28 plantas; população 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 40 plantas; população 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 86 plantas; e população 4, F 2 - com 47 plantas, obtida a partir da autofecundação controlada de uma planta F 1 (H 464-2). Inicialmente foram estimados os coeficientes de repetibilidade e seus respectivos coeficientes de determinação, por meio dos métodos dos componentes principais e análise estrutural, a partir das matrizes de covariância e correlação. As características agronômicas avaliadas foram: altura da planta (ALTP), diâmetro da copa (DICP), vigor vegetativo (VIVG), posição da ramificação principal (PRAP), número de ramos laterais (NRAL), número de nós no ramo principal (NNRP), número de nós nos ramos laterais (NNRL), altura do primeiro ramo (ALPR) e diâmetro do caule (DIAC). As avaliações fenotípicas foram realizadas em cinco sucessivas épocas de avaliação (novembro de 2002 a novembro de 2003), com intervalo de três meses entre avaliações, exceto para o DIAC que foram quatro, sendo estas iniciadas a partir da segunda época de avaliação das demais características. As populações 1 e 2 (RC 1 s) e 4 (F 2 ) foram avaliadas, a partir de 17 meses e a população 3, RC 1 a partir de 50 meses. As altas estimativas de repetibilidade das nove características (épocas 1 a 5) nas quatro populações segregantes de café arábica, além da existência de correlações significativas a 1% de probabilidade, apontam tais características como bons indicadores da acurácia na identificação dos locos controladores das características quantitativas (QTLs) para a seleção precoce. Neste sentido, marcadores do tipo RAPD foram utilizados para construção de dois mapas de ligação, utilizando-se LOD escore mínimo (logaritmo na base 10 da razão entre a probabilibildade de que os marcadores estejam ligados e a probabilidade de que eles não estejam ligados) de 3,0 e r (freqüência máxima de recombinação entre o QTL e o marcador) de 0,40. Para a população 3, RC 1 um dos objetivos foi aumentar o número de marcas no mapa de ligação do cafeeiro, construído pelo programa de melhoramento do cafeeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG). Tais mapas foram construídos, visando caracterizar e identificar os possíveis QTLs candidatos associados a essas características. Cinqüenta marcadores RAPD foram acrescentados ao mapa parcial da população 3, RC 1 . Um total de 137 marcadores RAPD foram obtidos, dos quais 124 (90,51%) apresentaram segregação 1:1 (P < 0,01), 13 (9,49%) segregação (2:1). Para a construção do mapa, foram utilizados os 124 marcadores, que segregaram 1:1, sendo que 26 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Noventa e oito marcadores RAPD resultaram em 10 grupos de ligação (GLs) cobrindo 789,55 cM. Os quatro primeiros grupos obtidos tiveram boa densidade de marcadores. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 33,42 cM, sendo que 88,64% dos intervalos não excederam 20 cM. Na população segregante 4, F 2 , 97 marcadores RAPD foram utilizados para construção do mapa, sendo que 35 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Sessenta e dois marcadores RAPD resultaram em 13 GLs cobrindo 339,71 cM. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 20,58 cM, sendo que 97,96% dos intervalos não excederam 20 cM. As metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto foram empregadas, para detectar e mapear regiões genômicas associadas às nove características agronômicas mencionadas anteriormente. A metodologia de marca simples além de indicar marcadores consistentes, que explicam as variações das características ALTP, DICP, VIVG, PRAP, NRAL, NNRL e ALPR (população 3, RC 1 ) e ALTP, DICP, PRAP, NRAL, NNRP, NNRL e ALPR (população 4, F 2 ) (épocas 1 a 5), apontaram dois e três marcadores, respectivamente, associados a mais de uma característica nessas populações. Tais marcadores são: a) OPZ09 associado ao VIVG e a ALPR; e OPAK08b associado ao NNRL e a ALPR (população 3, RC 1 ); e b) OPAL12 associado a PRAP e a ALPR; OPAX20 associado ao NRAL e ao NNRP; e OPAR02 associado ao NNRL e a ALPR (população 4, F 2 ). As metodologias de marca simples e mapeamento por intervalo composto detectaram e identificaram um QTL associado a PRAP e um outro ligado a ALPR. Tais QTLs foram consistentes (épocas 1 a 5), e estão presentes nos GLs 5 e 9 do mapa parcial de ligação da população 3, RC 1 , respectivamente, para a PRAP e a ALPR. Estes QTLs explicam de 12,25% a 16,48% e de 8,27 a 8,44% da variação fenotípica da característica PRAP, associada aos locos OPV17 e OPS10a, além da ALPR associada ao loco OPAK08b. Para a população 4, F 2 , um QTL consistente (épocas 1 a 5), associado a ALPR foi detectado e identificado por meio das metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Tal QTL está presente no GL 4 do mapa parcial de ligação da população 4 (F 2 ). Este QTL explica entre 29,14% a 29,41% (épocas 1 e 2) e entre 30,32 a 30,45% (épocas 3 a 5) da variação fenotípica da característica ALPR associada aos locos OPAE05 e OPG14. O número reduzido de QTLs detectados no presente estudo é devido à baixa saturação do mapa, número reduzido das progênies e a utilização de um só tipo de marcador (dominante). O número de grupos de ligação, obtidos para as duas populações segregantes mapeadas, é inferior ao correspondente número haplóide de cromossomos (22). Sendo assim, o genoma de Coffea arabica L. foi parcialmente explorado e muitas regiões ainda não foram identificadas. / Three populations of a backcross 1 (RC 1 ) and one population F 2 were obtained from the cross between “Mundo Novo IAC 464-18” and “Híbrido de Timor UFV 440-22”. The populations obtained were: population 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440- 22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)] with 28 plants; population 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 40 plants; population 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 86 plants; and population 4, F 2 - with 47 plants obtained from a controlled selffecundation of a plant F 1 (H 464-2). Initially, the repeatability coefficients and their respective determination coefficients were estimated by using the methods of main components and structural analysis from the matrix of covariance and correlation. The following agronomic characteristics were evaluated: height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches, height of the first branch and stem diameter. The phenotypic evaluations were done at five seasons (November 2002 to November 2003) with three months period between them except for the stem diameter which was evaluated in four seasons initiated at the second times of the other characteristics. The populations 1 and 2 (RC 1 s) and 4 (F 2 ) were evaluated from the 17 th month and the population 3, RC 1 from the 50 th month. The high stimates of repeatability coefficients of the nine characteristics (seasons 1 to 5) on the four segregant populations of arabic coffee, besides having correlations significant at 1% of probability, show that the characteristics studied were good indicators of the accuracy on the identification of quantitative trait loci (QTLs) to reach early selection. At the same trend, markers as RAPD were used to construct two maps of ligation using minimum value 3.0 for LOD score (log 10 obtained from the ratio between the probability that the markers were ligated and the probability of that they were not) and r (maximum frequency of recombination between the QTL and the marker) of 0.40. For the population 3, RC 1 , one of the goals was to increase the number of markers on the ligation map of coffee constructed in the coffee breeding program of the “Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG)”. These maps were constructed with the goal to characterize and identify possible QTLs candidates associated with these characteristics. Fifty RAPD markers were added to the parcial map of population 3, RC 1 . A total of 137 RAPD markers were obtained with 124 (90.51%) of them showing segregation 1:1 (P < 0,01) and 13 (9.49%) with segregation 2:1. In order to construct the map, 124 markers that segregated 1:1, with 26 of them not showing ligation with the formed groups, were used. Ninety-eight RAPD markers resulted on 10 groups of ligation (LGs) covering 789.55 cM. The four first groups obtained showed a good density of markers. The longest space between the two adjacent markers was 33.42 cM with 88.64% of the intervals not exceding 20 cM. On the segregant population 4(F 2 ), 97 RAPD markers were used to construct the map with only 35 of them not showing ligation with the formed groups. A total of 62 RAPD markers resulted in 13 LGs that covered 339.71 cM. The longest interval between two adjacent markers was 20.58 cM with 97.96% of the intervals not exceding 20 cM. The methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping were used to detect and to map genomic the regions associated with the nine agronomic characteristics cited above. The methodology of simple markers, besides to indicate consistent markers that explain the variation on the characteristics height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ) and height plant, canopy diameter, xiiiposition of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ; seasons 1 to 5) indicated two and three markers, respectively, associated with more than one characteristics these populations. These markers were: OPZ09 associated with vegetative vigor and height of the first branch; and OPAK08b associated with number of nós on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ); and b) OPAL12 associated with the position of the primary ramification and height of the first branch; OPAX20 associated with number of lateral branches and number of nodes on the main branch; and OPAR02 associated with number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ). The methodologies of simple markers and the composite interval mapping detected and identified one QTL associated with the position of the primary ramification and another one ligated with the height of the first branch. These QTLs were consistent (seasons 1 to 5) and were present on LGs 5 and 9 of the parcial map of ligation for population 3, RC 1 , respectively, to position of the primary ramification and height of the first branch. This explain 12.25% to 16.48% and from 8.27% to 8.44% of the phenotypic variation of the characteristic position of primary ramification associated with the loci OPV17 and OPS10a besides the height of the first branch associated to the locus OPAK08b. Regarding population 4 (F 2 ), one consistent QTL (seasons 1 to 5) associated with the height of the first branch was detected and identified by the methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping. This QTL is present on LG 4 of the parcial map of ligation from population 4 (F 2 ). This explain from 29.14% to 29.41% (seasons 1 and 2) and from 30.32% to 30.45% (seasons 3 to 5) of the phenotypic variation of the characteristic height of the first branch associated to loci OPAE05 and OPG14. The reduced number of QTLs detected on this study was due to the low saturation of the map, reduced number of progenies and the use of a single kind of marker (dominant). The number of groups of ligation obtained to the two segregant populations maped is lower than the correspondent number of cromossome haploid (22). Therefore, the genome of Coffea arabica L. was parcially explored and many regions were not identified.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T19:00:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1608244 bytes, checksum: 73ced9bf50274d34a09508edd0498859 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T19:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1608244 bytes, checksum: 73ced9bf50274d34a09508edd0498859 (MD5) Previous issue date: 2004-09-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Embora apresente várias limitações, a técnica de RAPD ainda representa a principal ferramenta utilizada no Programa de Melhoramento Genético do Feijoeiro- comum BIOAGRO/UFV. Para contornar os problemas apresentados por esta técnica, a estratégia utilizada por vários pesquisadores tem sido a conversão dos marcadores RAPD em marcadores SCAR e o desenvolvimento de primers microssatélite. Assim, no presente trabalho foram desenvolvidos 5 primers SCAR para mancha-angular, 5 primers para ferrugem e 7 primers para antracnose. Os primers desenvolvidos para mancha-angular derivaram-se dos marcadores OPM02 425 , OPBA16 669 , OPH13 490 e OPH14+AA19 400 e foram mapeados, em acoplamento, a 5,3, 7,1, 5,6 e 10,1 cM, dos respectivos genes de resistência. Os primers desenvolvidos para ferrugem originaram-se dos marcadores OPAE19 890 , OPX11 550 , OPAJ18+AH10 700 , mas apenas o primer sAE19 foi validado. Este foi mapeado, em repulsão, a 1,0 cM do gene de resistência Ur-11. Os primers para antracnose foram desenvolvidos, a partir da seqüência dos fragmentos OPAZ20 940 , OPY20 830 , OPC08 900 , OPZ04 560 , OPB03 1800 , OPZ09 950 , OPH18 830 . Destes, apenas os primers sAZ20, sY20, sC08, sZ04 foram mapeados, em acoplamento, a 7,1, 1,2, 7,8 e 2,9 cM, dos respectivos genes de resistência. Os primers microssatélite foram desenvolvidos, a partir das seqüências de fragmentos de DNA genômico de 3 pequenas bibliotecas enriquecidas. As bibliotecas enriquecidas para as repetições GGC, CCA e AT permitiram a seleção de 79, 172 e 50 clones positivos, respectivamente. Do total de 301 clones que foram identificados, 153 já foram seqüenciados. Observou-se que 40 (26%) clones seqüenciados apresentaram fragmentos de DNA contendo microssatélite, os quais variaram quanto ao tipo, número e tamanho. As seqüências apresentaram repetições de di-, tri-, tetra- e até pentanucleotídeos. Em um mesmo fragmento, foram encontrados até 3 microssatélites. Entre as seqüências analisadas, foram observadas repetições perfeitas, imperfeitas e compostas, variarando entre 12 e 24 pb. Até o momento, foram desenhados e testados 10 pares de primers, sendo um deles originado da seqüência do marcador RAPD OPAZ20 940 . Destes, apenas 5 pares (FCctc001, FCggc001, FCccg001, FCccg002 e FCgca001) amplificaram fragmentos com tamanho esperado e bem definidos. Entretanto, esses primers foram monofórficos, quando testados entre diferentes cultivares andinos e mesoamericanos. Os primers SCAR, desenvolvidos e validados no presente trabalho, foram testados juntamente com 45 pares de primers microssatélite comerciais, entre os genitores de uma população de 154 RIL ́s. Dos primers selecionados, 7 foram mapeados em 10 grupos de um mapa parcial de ligação já existente e 1 permaneceu não-ligado. O mapa de ligação sofreu pequena variação no tamanho (247,8/252 cM) e no número de grupos de ligação (9/10 grupos). Entretanto, pela análise de variância foram constatadas associações significativas desses marcadores com diferentes características quantitativas. As associações mais significativas foram constatadas por meio de análises de regressão stepwise, as quais promoveram alteração no valor de R 2 da regressão múltipla para algumas das características. As características MAT (número de dias até a maturação), VAPLA (número médio de vagens por planta), SEPLA (número médio de sementes por planta) e PRVAG (produção média por vagem), que apresentavam valores de R 2 de 40,14; 28,99; 14,03 e 17,13 , tiveram um aumento para 44,30; 34,53; 21,92 e 26,03, respectivamente. A inclusão do marcador sH13 no GL 07 possibilitou a identificação de um novo QTL para a característica VAPLA. Este marcador também mostrou-se associado ao QTL, anteriormente, descrito para SEPLA. O marcador BM165 foi mapeado no GL 02 e mostrou-se associado a 4 QTLs diferentes, identificados para as características MAT, P100 (peso de 100 sementes), SEPLA e PRVAG. / The RAPD technique represents the major molecular tool for assisting the common bean breeding program of the BIOAGRO/UFV, in spite of its limitations. The conversion of the RAPD markers into SCAR ones, as well as the development of SSR primers are the strategy adopted by several researchers in order to relieve these problems. Therefore, 5 primers SCAR to angular leaf spot, 5 primers to rust and 7 primers to anthracnose were developed. The primers developed to angular leaf spot were derived from the RAPD markers OPM02 425 , OPBA16 669 , OPH13 490 and OPH14+AA19 400 and were mapped, in coupling phase, at 5.3, 7.1, 5.6 and 10.1 cM, from their respective resistance genes. The primers developed to rust were originated from the RAPD markers OPAE19 890 , OPX11 550 , OPAJ18+AH10 700 , although only the primer sAE19 was validated. It was mapped, in repulsion, at 1.0 cM distance from the resistance gene Ur-11. The primers developed for anthracnose were obtained from the fragment sequences of OPAZ20 940 , OPY20 830 , OPC08 900 , OPZ04 560 , OPB03 1800 , OPZ09 950 , OPH18 830 , from wich, only the primers sAZ20, sY20, sC08, sZ04 were validated. They were mapped, in coupling phase, at 7.1, 1.2, 7.8 and 2.9 cM, from their respective resistance genes. The SSR primers were developed from the sequences of the genomic DNA fragments obtained from three small enriched libraries. The libraries were enriched for the repetitions GGC, CCA and AT and made possible the selection of 79, 172 e 50 positive clones, respectively. From the total of 301 positive and identified clones, 153 were sequenced. From these clones, 40 (26%) presented DNA fragments containing microsatellite that showed variations for type, number, and size. The sequences showed repetitions of two, three, four, and five nucleotides. In the same DNA fragment, a total up to three microsatellites were found. Among the analyzed sequences, some perfect, imperfect, and compound repetitions ranging from 12 to 24 bp were found. Until this moment, only 10 pairs of primers were designed and tested; one of them was originated from the RAPD marker OPAZ20 940 . From those, only 5 pairs (FCctc001, FCggc001, FCccg001, FCccg002 e FCgca001) amplified the well-defined fragments with the expected size. However, those primers were monomorphics ones, when tested among different andean and mesoamerican cultivars. The developed and validated SCAR primers were tested together with 45 pairs of commercial SSR primers between the genitors of 154 RIL populations. From the selected primers, 7 were mapped into 10 groups of a partial linkage map already available in the lab, whereas one stayed discoupled. The linkage map was slightly altered in its size (247.8/252 cM) and number of linkage groups (9/10 groups). Variance analysis detected siginificative associations of these markers with different quantitative traits. The most significative associations were detected by stepwise regression analysis that promoted alteration in R 2 values of the multiple regression analysis for some traits. The R 2 values of the traits MAT (the number of days until the bean maturation), VAPLA (the average pod number per plant), SEPLA (the average seed number per plant) and PRVAG (the average yield per pod) increased from 40.14, 28.99, 14.03 and 17.13 to 44.30, 34.53, 21.92 and 26.03, respectively. The marker sH13 included into LG 07 allowed for the identification of a new QTL for the trait VAPLA. This marker also showed to be associated with the QTL previously described for SEPLA. The marker BM165 was mapped in LG 02 and showed to be associated with four different QTLs identified for the traits MAT, P100 (100-seed weight), SEPLA and PRVAG. / Tese importada do Alexandria

Submitted by JANAINA RODRIGUES DA SILVA null (janainars_t@yahoo.com) on 2016-11-22T18:37:46Z No. of bitstreams: 1 Araucaria angustifolia_Janaína Rodrigues da Silva.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto parcial porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o prazo para disponibilização de texto completo “Não se aplica” por se tratar de texto completo a ser disponibilizado imediatamente. Caso opte pela disponibilização do texto completo selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto completo”. Caso queira disponibilizar imediatamente apenas o texto parcial indique no campo “data para disponibilização do texto completo” o tempo em que apenas a versão parcial estará disponível. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, desse modo somente as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. on 2016-11-25T16:55:14Z (GMT) / Submitted by JANAINA RODRIGUES DA SILVA null (janainars_t@yahoo.com) on 2016-11-30T18:44:16Z No. of bitstreams: 1 Araucaria angustifolia_Janaína Rodrigues da Silva.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-02T12:21:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_jr_me_ilha.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T12:21:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_jr_me_ilha.pdf: 2218927 bytes, checksum: 12fa99634d8fc6869bca8b6bedc8a600 (MD5) Previous issue date: 16-08-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Em função da importância ecológica, econômica e do alto grau de degradação das Florestas com araucária, informações sobre genética de populações envolvendo a Araucaria angustifolia são essenciais para programas de conservação ex situ e o melhoramento genético. A conservação ex situ de populações na forma de testes de procedências e progênies permite monitorar os níveis de variabilidade genética e verificar a eficácia de estratégia de amostragem utilizadas nas populações. Dentro deste contexto, o objetivo foi realizar a caracterização genética e estimar o ganho com a seleção em três testes de procedências e progênies de A. angustifolia em Colombo-PR visando a produção de madeira e de sementes. Essas áreas experimentais foram estabelecidas sob delineamento experimental em blocos de progênies compactadas. O número de progênies e repetições em cada área variou da seguinte forma: 25, 110 e 50 progênies e 16, 2 e 6 repetições, nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Os caracteres avaliados foram: o diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (ALT), volume total (VOL), diâmetro médio de copa (DMC) e espessura da casca (ESP) aos 30, 32 e 33 anos de idade e os caracteres de produção de pinhão. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Os resultados deste trabalho permitiram concluir que há variação genética significativa entre procedências e progênies para a maioria dos caracteres avaliados. Verificou-se que a maior parte da variação genética encontra-se entre progênies para 67% dos caracteres avaliados e 33% entre procedências. O diâmetro a altura do peito aos 32 anos foi o mais indicado para a seleção dos indivíduos nas áreas experimentais. As correlações fenotípicas e genéticas entre os caracteres silviculturais foram moderadas a altas, positivas e significativas, variou de 0,95 a 0,98. As procedências Telêmaco Borba-PR e Irati- PR apresentam melhor desempenho em DAP 32. A correlação entre as distâncias genotípicas e geográficas foram positivas em todas as áreas experimentais, confirmando que a variabilidade genética está estruturada no espaço. Com base na distância de Mahalanobis, os acessos de araucária foram separados em grupos distintos. Esses foram formados, principalmente, pelas procedências geograficamente mais próximas. Com a análise descritiva das pinhas e pinhões obteve-se ligeira superioridade na capacidade produtiva das árvores matrizes da área 1 comparada as árvores matrizes da área 2. Correlações fenotípicas moderadas negativa a moderadas positiva foram observadas para os caracteres de crescimento associados aos da produção de pinhão. Com base no diâmetro à altura do peito aos 32 anos foram simuladas duas intensidades de seleção em nível individual. A intensidade de seleção de 41%, 38% e 27% foi a mais adequada visto que proporcionaram ganhos por seleção de 8,27% 7,63% e 7,59% nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Esta estratégia evitará a perda excessiva de variabilidade genética e ganhos genéticos modestos. / Due to both ecological and economic importance, as well as the high degree of degradation of Araucarian Forests, it can be important to obtain genetic information about genetic of Brazilian pine (Araucaria angustifolia) population is essential to ex situ conservation programs and genetic improvement. The ex situ population conservation, in the configuration of provenance and progeny tests allow monitoring the genetic variability levels and checking the efficiency of sampling strategies used in population. In this context, the aim of this work was to perform the genetic characterization and estimate gain with selection in three provenance and progeny tests of A. angustifolia in Colombo-PR, Brazil, more specifically, and analysis will focus on its wood and seed production. Those trial areas were established by experimental design in compacted blocks of progeny. The number of replicates and progenies in each area varied as follows: 25, 110 and 50 progenies and 16, 2 and 6 replicates, respectively, in the areas 1, 2 and 3. The evaluated traits were: diameter at breast height (DBH), total height (ALT), total volume (VOL), average crown diameter (DMC) and bark thickness (ESP) at 30, 32 and 33 years old beyond the traits related to pine nut production. Genetic parameters and variance components were obtained by REML/BLUP procedure. The results of this study indicated a significant genetic variation among provenances and progenies for the majority of evaluated traits. It was determined that most of the genetic variation was found among progenies up to 67% of the analysed traits and 33% among of provenances. The DBH at age 32 was the most suitable for the selection of individuals in the experimental areas. Phenotypic and genetic correlations between growth traits were observed from moderate to high, positive and significant, varying from 0,95 to 0,98. Provenances Telêmaco Borba-PR and Irati-PR presented best performances for the trait for DBH 32. The correlation between genotypic and geographical distances were positive in all experimental areas, confirming that genetic variability is structured in space. Based on the Mahalanobis distances, the araucaria accesses were separated into different groups. These were clustered, especially by the geographically closest provenances. With the descriptive analysis of pine cones and pine nuts, it gave a slight superiority in the productive capacity of trees in the Area 1 compared to trees of Area 2. Moderate negative to moderate positive phenotpic correlation were observed for growth traits associated to variables of pine nut production. Based on DBH trait at 32 years old were simulated two selection intensities at individual level. The selection intensity of 41%, 38% and 27%, leads genetic gains 8.27%, 7.63% and 7.59% in areas 1, 2 and 3, respectively. This strategy will avoid an excessive loss of genetic variability and modest genetic gains.

Orientador: Ananda Virginia de Aguiar / Resumo: Em função da importância ecológica, econômica e do alto grau de degradação das Florestas com araucária, informações sobre genética de populações envolvendo a Araucaria angustifolia são essenciais para programas de conservação ex situ e o melhoramento genético. A conservação ex situ de populações na forma de testes de procedências e progênies permite monitorar os níveis de variabilidade genética e verificar a eficácia de estratégia de amostragem utilizadas nas populações. Dentro deste contexto, o objetivo foi realizar a caracterização genética e estimar o ganho com a seleção em três testes de procedências e progênies de A. angustifolia em Colombo-PR visando a produção de madeira e de sementes. Essas áreas experimentais foram estabelecidas sob delineamento experimental em blocos de progênies compactadas. O número de progênies e repetições em cada área variou da seguinte forma: 25, 110 e 50 progênies e 16, 2 e 6 repetições, nas áreas 1, 2 e 3, respectivamente. Os caracteres avaliados foram: o diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (ALT), volume total (VOL), diâmetro médio de copa (DMC) e espessura da casca (ESP) aos 30, 32 e 33 anos de idade e os caracteres de produção de pinhão. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Os resultados deste trabalho permitiram concluir que há variação genética significativa entre procedências e progênies para a maioria dos caracteres avaliados. Verificou-se que a maior parte da variaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-04T19:45:06Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edivaldo Barbosa de Almeida Júnior - 2012.pdf: 2762643 bytes, checksum: 0890998c45a55f15544debf5f715e8c4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-04T19:46:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edivaldo Barbosa de Almeida Júnior - 2012.pdf: 2762643 bytes, checksum: 0890998c45a55f15544debf5f715e8c4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-04T19:46:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edivaldo Barbosa de Almeida Júnior - 2012.pdf: 2762643 bytes, checksum: 0890998c45a55f15544debf5f715e8c4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cagaiteira (Eugenia dysenterica DC)., is a native species of Cerrado. The plant is known for fruit production, which are used in natura or processed in several ways. It also provides food for the local fauna and, therefore, it conservation is important for maintenance for the communities. In order to maintain the productivity potential of the species, we should invest on plant breeding programs. To support these programs and help the species conservation, it is important to characterize the genetic variability available to breeders, both in germplasm collections and natural populations. This could also help to recommend priority areas to collect and conserve the germplasm. Neutral molecular markers have been used to evaluate the distribution of genetic variability in natural populations. The genetic structure of populations is the result of historical interaction between genetic drift, mutation, and gene flow. To detect the influence of adaptive processes in the genetic differentiation of populations we used 𝑄𝑆𝑇 index. The comparison of 𝑄𝑆𝑇 to the 𝐹𝑆𝑇, for neutral loci, provides values to test hypotheses about the role of natural selection. Therefore, the aim of this study was to characterize the germplasm collection of the cagaiteira from the EA/UFG. We used quantitative traits and microsatellite markers to make inferences about the role of natural selection in the differentiation of the cagaiteira subpopulations of Goiás, Southeast Brazil. Data collected from the quantitative traits were: plant height (AB), height of the first bifurcation (AB), the stem circumference (CC) and mean diameter of the crown projection (DC), leaf length (CL), leaf width (LL), leaf format (FF) and footstalk length (CP). Molecular data were obtained by amplification of eight microsatellite loci. We estimated the following quantitative genetic parameters: heritability and genetic variation coefficient, and the molecular parameters: gene diversity and allelic richness. We compared the probability distributions of the genetic structure parameters for both, quantitative and molecular data (𝑄𝑆𝑇 vs. 𝐹𝑆𝑇). From the quantitative genetic parameters we found modest responses to selection for the traits: AP, CC and DC; and significant responses for CL, LL, FF and CP. It was observed that the samples collected in natural populations are well represented in the germplasm collection, supported by molecular gene diversity. The traits AP, DC and DC are under convergent natural selection, and the traits CL, LL, FF and CP are under divergent natural selection into the cagaiteira subpopulations of Southeast Goiás. / A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC.) é uma das espécies nativas do Cerrado que se destaca pela produção de frutos, que são utilizados in natura ou processados de várias formas. Os frutos também fornecem alimento para a fauna local e, portanto, a sua conservação é importante para manutenção das comunidades. A utilização do potencial produtivo da espécie, no entanto, depende de programas de domesticação que visem o incremento da produção. Para subsidiar esses programas e visando também a conservação é necessária a caracterização da variabilidade genética disponível para o melhorista, nas coleções de germoplasma e nas populações naturais, com o objetivo de recomendar áreas prioritárias para coleta ou conservação in situ do germoplasma. A distribuição da variabilidade genética nas populações naturais tem sido avaliada por meio de marcadores moleculares neutros. Nesse caso, a estrutura genética das populações é o resultado da interação histórica entre a deriva genética e a mutação, com o fluxo gênico. Para detectar a influência de processos adaptativos na diferenciação genética das populações tem sido utilizado um índice, o 𝑄𝑆𝑇. Quando a estimativa do 𝑄𝑆𝑇 é comparada com a do 𝐹𝑆𝑇 , para locos neutros, é possível testar hipóteses quanto à atuação da seleção natural. Assim, o objetivo do trabalho foi caracterizar a coleção de germoplasma de cagaiteira da EA/UFG, a partir de caracteres quantitativos e com marcadores microssatélites, para fazer inferências quanto à atuação da seleção natural na diferenciação das subpopulações de cagaiteira do sudeste do Estado de Goiás, Brasil. Foram coletados dados referentes aos caracteres: altura da planta (AP), altura da primeira bifurcação (AB), circunferência do caule (CC), diâmetro médio de projeção da copa (DC), comprimento do limbo foliar (CL), largura do limbo (LL), formato das folhas (FF) e comprimento do pecíolo (CP). Os dados moleculares foram obtidos pela amplificação de oito locos microssatélites. Foram estimados os parâmetros genéticos quantitativos: herdabilidade e coeficiente de variação genética; e moleculares: diversidade genética e riqueza alélica. Foram realizados os testes de comparação entre as distribuições de probabilidade dos parâmetros de estrutura genética para dados quantitativos e moleculares (𝑄𝑆𝑇 vs 𝐹𝑆𝑇), através de 1000 bootstrap. A partir dos parâmetros genéticos quantitativos é possível esperar respostas modestas para a seleção dos caracteres: AP, CC e DC e respostas expressivas para: CL, LL, FF e CP. Foi observado que a coleção de germoplasma de cagaiteira da EA/UFG representa bem as coletas realizadas nas populações naturais da espécie, com base na diversidade genética estimada a partir de marcadores microssatélites. Os caracteres: AP, CC e DC estão sob seleção natural convergente e as variáveis das folhas: CL, LL, FF e CP estão sob seleção divergente nas subpopulações de cagaiteira do sudeste do Estado de Goiás.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 525415 bytes, checksum: 988d62e0043ef473ad492ea9ce941239 (MD5) Previous issue date: 2006-09-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In the genetic mapping in outbred populations not always it is possible to determine the linkage phase of the alleles. Thus, heterozygous individuals are discarded from these analyses due to the lack of information, once it is not possible, through their genotype, to distinguish the origin of their parental alleles. In this way, the main objective of this work was to propose the endosperm genotyping as a strategy to identify the allelic origin of those heterozygotes individuals. Initially, fragments from the endosperm representing 10, 25 and 50% of the corn seeds weight were extracted and the seeds were submitted to the germination test. The results suggest that the elimination of up to 50% of the endosperm did not affected the seed germination. The methodology of semiquantitative PCR was optimized to differentiate doses of the alleles in the mixtures of DNA derived from leaves of two maize inbred lines (L3 and L1113- 01). It was represented different allelic proportions observed in the endosperm of their reciprocal crosses, based on the maximum amount of endosperm that could be used for DNA extraction. SSR markers were generated by semiquantitative PCR technique and the amplified fragments were evaluated in both agarose gels treated with ethidium bromide and poliacrylamide gels using fluorescently labeled primers. Gel resolution using agarose did not allow the differentiation of the mixtures of parental DNAs. However, through the regression analysis and comparison of the band intensity corresponding to the same allele in the different mixtures, the initial concentration of each one of the alleles could be inferred. The requirement of an allelic pattern limited the use of this technique to QTL analysis in populations where at least one of the genitors is known. Although the resolution of poliacrylamide gels using fluorescent markers was more efficient in the endosperm genotyping, once it was allowed to differentiate the maternal origin of reciprocal hybrids seed´s. So, the strategy of endosperm genotyping using fluorescent SSR primer amplified by semiquantitative PCR allowed the determination of allelic origin in the heterozygous offspring derived from outbred populations, including these individuals in the QTL detection, and consequently, increasing the precision of this analysis. / No mapeamento genético e detecção de QTLs em populações exogâmicas nem sempre é possível a determinação da fase de ligação dos alelos. Assim, indivíduos heterozigotos são descartados dessas análises por serem não informativos, uma vez que não é possível, por meio do seu genótipo, distinguir a origem de seus alelos em relação aos dois genitores. Dessa forma, o objetivo principal deste trabalho foi propor a genotipagem do endosperma para identificar a origem alélica dos indivíduos heterozigotos. Inicialmente, fragmentos do endosperma representando 10, 25 e 50% do peso das sementes de milho foram retirados, sendo as sementes submetidas ao teste de germinação. Observou-se que a remoção de até 50% do endosperma não afetou a taxa de germinação das sementes. A metodologia de PCR semiquantitativo foi otimizada para diferenciar doses dos alelos nas misturas de DNA foliar de duas linhagens de milho (L3 e L1113-01), representando as diferentes proporções alélicas observadas no tecido endospermático dos seus cruzamentos recíprocos, tendo como base a quantidade máxima de endosperma que podia ser utilizada na extração do DNA. Marcadores SSR foram gerados pela técnica de PCR semiquantitativo, e os fragmentos amplificados foram avaliados tanto em gel de agarose tratado com brometo de etídio quanto em gel de poliacrilamida, usando-se primers fluorescentes. A resolução do gel de agarose não possibilitou a diferenciação das misturas dos DNAs parentais. No entanto, por meio da análise de regressão e da comparação da intensidade da banda correspondente a um mesmo alelo nas diferentes misturas, pôde-se inferir a concentração inicial de cada um dos alelos. A necessidade de um padrão de alelos limitou o uso dessa técnica nas análises de QTLs em populações nas quais pelo menos um dos genitores é conhecido. Já a resolução do gel de poliacrilamida utilizando marcadores fluorescentes foi mais eficiente na genotipagem de endospermas, uma vez que possibilitou a diferenciação da origem materna das sementes dos híbridos recíprocos. Assim, a estratégia de genotipagem do endosperma utilizando primers SSR fluorescentes amplificados pela técnica de PCR semiquantitativo possibilitou a determinação da origem dos alelos dos descendentes heterozigotos derivados de populações exogâmicas, permitindo a inclusão destes na detecção de QTLs e, conseqüentemente, aumentando a precisão das análises.