O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho, características de carcaça e qualidade de carne de bovinos Nelore com diferentes potenciais genéticos para crescimento pós-desmama pela diferença esperada na progênie (DEP). Foram utilizados 147 machos não-castrados da raça Nelore, com peso corporal médio inicial de 412 ± 54kg e média de idade de 19 meses, provenientes de recria em sistema de pastejo contínuo. Os animais foram distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado e divididos dois tratamentos em função do potencial genético para crescimento: 1) alta taxa de crescimento (TC+) representada pela média de 11,50 kg e 2) baixa taxa de crescimento (TC-) representada pela média de -1,0 kg. Os animais foram confinados por um período de 100 dias, sendo os primeiros 21 dias de adaptação à dieta e as instalações. A dieta continha 73% de concentrado e 27% de volumoso (silagem de milho). No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados e submetidos a avaliações de ultrassonografia. A ingestão de matéria seca foi avaliada diariamente, para ajuste da oferta e avaliação da eficiência alimentar. Ao fim do período de confinamento, todos animais foram abatidos, o peso de carcaça quente e a gordura pélvica, renal e inguinal foram pesados. Após 24 horas, foi avaliado o pH final e a meia carcaça esquerda foi seccionada entre a 12ª e 13ª costelas. As meias carcaças seguiram para desossa completa para análise de rendimentos dos cortes cárneos comerciais, em seguida amostras foram retiradas do contrafilé para posterior análise de cor, perdas de peso por cozimento, força de cisalhamento, comprimento de sarcômero e análise sensorial. Houve efeito da TC sobre o peso corporal final (P = 0,04), sendo que os animais de alta TC apresentaram maiores pesos. Não houve efeito da TC para AOL, EGS e espessura de gordura da picanha (Biceps femoris) avaliados pela ultrassonografia; no entanto, houve diferença significativa para o período de coleta das imagens (P < 0,05). Com relação ao rendimento dos cortes cárneos comerciais, animais de alta TC tiveram a ponta de peito (P = 0,01) e músculo traseiro (P = 0,07) mais pesados em relação aos animais de baixa TC. A DEP não influenciou a qualidade das características sensoriais da carne dos animais exceto para a cor, sendo que os valores de L* (P = 0,03) foram maiores para animais de baixa TC, no entanto, os maiores valores de a* (P = 0,06) foram expressados pelo grupo de alta TC. Além disso, para todas as variáveis de qualidade, houve efeito do tempo de maturação (P > 0,05). Em conclusão, o potencial genético para o crescimento pós-desmama não afetou a maioria das características, incluindo desempenho, produção de carne e qualidade no final do período de terminação. / The aim of this study was to evaluated the performance, carcass characteristics and meat quality of Nellore young bulls with different genetics potentials for post-weaning growth for expected progeny differences (EPD\'s). A total of 147 Nellore bulls with average initial body weight (412 ± 54kg) and 19 months old, were distributed in a completely randomized design and divided into two groups according with growth rate: 1) high growth rate (GR+) represented by the mean of 11.50 kg and 2) low growth rate (GR-) represented by the average of -1.0 kg . The animals were in a feedlot system for a total 100 days, with the first 21 days of adaptation to the diet and facilities. The finishing diet was composed by 73 % concentrate and 27 % corn silage. At the beginning of the experimental period and every 28 days all animals were weighed and submitted to ultrasound evaluations. Dry matter intake was measured daily. At the end of the feedlot period, all animals were slaughtered and the hot carcass weigth and internal fat were recorded. After 24 hours, the final pH was evaluated and the left half carcass was sectioned between the 12 th and 13 th ribs. The half carcass was completely deboning to analyze the wholesale cuts. In addition, longissimus was sampled to analyze color, cooking loss, tenderness, sarcomere length and sensory property. There was an effect of GR on the final body weight (P = 0.04), where the group of animals with high EPD presented higher weights. There was no effect of GR for longissimus muscle area (LMA), fat thickness (FAT) and rump fat (Biceps femoris) evaluated by ultrasonography; however, there was a significant difference for the collection period (P > 0.05). Regarding the wholesale cuts, animals of higher GR had the heavier (P = 0.01) and hind muscle (P = 0.07) weights than the animals of lower GR. The GR did not influence the quality sensory characteristics of the meat of the animals except for the color, and the values of L* (P = 0.03) were higher for animals with low GR, however, the highest values of a* (P = 0.06) were expressed by the high GR group. In addition, for all quality variables, there was an effect of maturation time (P > 0.05). In conclusion, the potential genetic for growth measured post-weaning did not affect most traits, including performance, meat production and quality at the end of finishing period.

Há grande preocupação por parte da população com o consumo de gorduras saturadas, e a carne bovina é geralmente tida como importante fonte da mesma. A gordura intramuscular não pode ser separada da carne para o consumo, por isso a manipulação do perfil de ácidos graxos da carne (AG's) se torna de suma importância para se obter uma carne bovina com riscos reduzidos a saúde humana. Este estudo teve como objetivo identificar regiões que influenciam na composição de AG's da carne de bovinos Nelore.para isso foi realizado análise de perfil de ácidos graxos para quantificação de ácido esteárico (C18:0), ácido palmítico (C16:0), ácido linoleico (C:18:2; 9,12 ω6), ácido linoleico conjugado (CLA) (C18:2; c9, t11), ácido linolênico (C18:3; 9,12,15 ω3), ácido oleico (C18:1; 9 ω9), do músculo Longissimus dorsi de 929 animais, que foram genotipados com o chip de alta densidade (Illumina SNP800 BeadChip).para a realização do estudo de associação ampla de genoma (GWAS), para a identificação de regiões associadas às características de interesse , e posterior identificação de genes candidatos posicionais. Para isto foram utilizados 929 bovinos da raça Nelore para a genotipagem com chip de 770K, amostras do músculo Longissimus dorsi foram coletadas para análise do perfil de AG's. Foram encontradas 148 regiões que explicam mais do que 0,04% da composição dos seis AG's avaliados. As regiões explicam em porcentagem da variação fenotípica: 1,24% para C18:0, 1,01% para C16:0, 2,31% para:18:2;, 1,34% para CLA C18:2;, 1,74% para C18:3, 1,83% para C18:1. Foram encontrados no presente estudo, 85 QTL's descritos na literatura relacionados a outras raças. Um total de 107 genes candidatos posicionais foram encontrados no presente estudo relacionados ao metabolismo de AG's. Os resultados deste estudo ajudam a elucidar as regiões que influenciam o perfil de AG da carne possibilitando sua utilização em programas de seleção assistida, com impacto a saúde humana / There is great concern among the population with the consumption of saturated fats, and beef is generally viewed as an important source of it. Intramuscular fat can not be separated from meat for consumption, so the handling of the meat fatty acid profile (AG's) becomes extremely important to obtain a beef with reduced risks to human health. This study aimed to identify regions that influence the AG's composition of Nelore meat there for was accomplished profile analysis of fatty acids for quantification of stearic acid (C18: 0), palmitic acid (C16: 0), linoleic acid (C: 18: 2; 9.12 - ω6), conjugated linoleic acid (CLA) (C18: 2; c9, t11), linolenic acid (C18: 3; 9,12,15 - ω3), oleic acid (C18 1; 9 ω9), of Longissimus dorsi of 929 animals genotyped with high density chip (Illumina BeadChip SNP800) for the realization of wide genome association study (GWAS), for identify regions associated with characteristics of interest, and subsequent identification of positional candidate genes. 929 Nelore bulls were genotyped with 770K chip, muscle Longissimus dorsi samples were collected for analysis of the AG's profile. 148 regions able to explaining more than 0.04% of the composition of the six AG's evaluated. The regions account for a percentage of the phenotypic variation: 1.24% for C18:0, 1.01% for C16:0, 2.31% for 18:2 ;, 1.34% CLA C18:2; 1 74% of C18: 3, 1.83% for C18:1. Were found in this study, 85 QTL described in the literature related to other breeds. A total of 107 positional candidate genes were foundin this study associated with fatty acids metabolism. The results of this study help to elucidate the regions that influence the AG profile of the meat allowing their use in assisted selection programs, impacting human health

[pt] Criação seletiva bidirecional de uma resposta defensiva ou qualquer outra característica fenotípica é uma técnica na qual animais são criados com o objetivo de modificar a frequência dos genes que estão subjacentes a um fenótipo em particular. O acasalamento de animais de uma determinada população com base nos extremos opostos de uma característica observável vai propagar, após diversas gerações, este fenótipo particular em direções opostas, levando-se à criação de duas linhagens contrastantes. No presente trabalho empregamos o congelamento condicionado em resposta a estímulos contextuais previamente associados com choques elétricos nas patas como critério de seleção para o desenvolvimento de duas novas linhagens de ratos. O protocolo básico consistiu de acasalamento entre machos e fêmeas Wistar com as maiores e as menores taxas de congelamento condicionado em resposta a sinais contextuais da câmara experimental onde os animais foram expostos a três choques elétricos não sinalizados no dia anterior. O Estudo 1 apresenta os resultados iniciais de quatorze gerações de criação seletiva. Os resultados mostraram que diferenças significativas entre estas duas linhagens foram encontradas após 3 gerações, indicando um forte componente hereditário deste tipo de aprendizagem. As linhagens foram denominadas Cariocas com Alto Congelamento Condicionado (CAC) e Cariocas com Baixo Congelamento condicionado (CBC). Além disso, nós introduzimos um terceiro grupo de animais aleatoriamente selecionados (CTRL) em nosso programa de criação seletiva. No Estudo 2 investigamos os diferentes padrões de extinção e da reaquisição do medo condicionado nestas duas novas linhagens. Por fim, no Estudo 3, nossos resultados sugeriram uma dissociação entre o medo contextual e o medo discreto entre animais CAC e CBC. / [en] Bidirectional selective breeding of a defensive response or any other phenotypic characteristic is a technique in which animals are bred to modify the frequency of the genes that underlie a particular phenotype. Mating animals within a population based on the opposite extremes of an observable characteristic will push, over many generations, this particular phenotype in opposite directions, leading to two separately bred lines. In the present work we employed the conditioned freezing in response to contextual cues previously associated with footshock as the phenotype criterion for developing two new rat lines. The basic protocol consisted of mating male and female albino Wistar rats with the highest and lowest conditioned freezing in response to the contextual cues of the experimental chamber where animals were exposed to three unsignaled electric footshocks on the previous day. Study 1 presents the initial results of fourteen generations of selective breeding. We found that after three generations, reliable differences between these two lines were already present, indicating a strong heritable component of this type of learning. The lines were named Carioca High conditioned Freezing (CHF) and Carioca Low conditioned Freezing (CLF). Also, we introduced a third group of randomly selected animals (RND) in our selective breeding program. In Study 2, we investigated the different patterns of fear extinction and reacquisition in these two new lines. Finally, in Study 3, results showed dissociation between contextual and phasic fear between CHF and CLF rats.

O conhecimento dos diferentes fatores genéticos que afetam os caracteres quantitativos de importância agronômica é um pré-requisito importante para o planejamento dos programas de melhoramento genético que visam explorar de maneira eficiente a variabilidade genética disponível nas populações. A importância da epistasia no melhoramento genético das populações de milho ainda não é bem entendida, sendo assim ignorada na maioria dos estudos de herança dos caracteres de interesses para os melhoristas. Os objetivos deste trabalho foram: (i) verificar a importância da epistasia para produção de grãos e seus componentes em milho; (ii) estimar os efeitos epistáticos em cada planta F2 para estes caracteres; e (iii) verificar a importância da interação epistasia x ambientes. A geração F1 obtida do cruzamento entre as linhagens endogâmicas L08-05F e L38-05D foi autofecundada para dar origem à população F2. Uma amostra de 100 plantas F2 foi autofecundada originando 100 progênies F2:3, que foram retrocruzadas com ambas as linhagens genitoras e sua geração F1, seguindo o esquema de cruzamento do delineamento triple test cross (TTC). As 300 progênies de retrocruzamentos foram avaliadas em 11 ambientes no município de Piracicaba/SP, em delineamento alfa-látice 15 x 20, no esquema fatorial com duas repetições por ambiente. As análises de variância seguindo o modelo TTC mostraram que a epistasia total foi altamente significativa para todos os caracteres e que os efeitos epistáticos não aditivos (epistasia aditiva x dominante e/ou dominante x dominante) foram mais importantes que a epistasia aditiva x aditiva. Os efeitos epistáticos estimados em cada planta F2 para a produção de grãos e seus componentes não foram unidirecionais e, além disso, sugerem a presença de epistasia pleiotrópica para PG e a maioria dos componentes da produção. A interação epistasia x ambientes foi verificada apenas para o caráter número de fileiras espigas-1. A presença de efeitos epistáticos positivos poderiam estar contribuindo significativamente para a elevada heterose reportada para o cruzamento entre as linhagens L08-05F x L38-05D. Os resultados sugerem que a epistasia é um componente importante na arquitetura genética dos caracteres estudados, o que significa que o modelo aditivo dominante não é suficiente para descrever a variação genética da produção de grãos e seus componentes na população. Diante disso, os efeitos epistáticos não deveriam continuar sendo ignorados e sua consideração nos modelos de predição da performance dos genótipos e na seleção assistida por marcadores moleculares poderia aumentar significativamente a eficiência da seleção nos programas de melhoramento genético de plantas. / Knowledge of different genetic factors that affect quantitative traits of the agronomic importance, is an relevant prerequisite to plant breeding programs aiming to efficiently explore the genetic variability available in populations. The importance of epistasis in breeding populations of maize is still not well understood, being ignored in most inheritance studies of characters important to plant breeders. This study aimed (i) to verify the role of epistasis in grain yield and its components in maize, (ii) to estimate the epistatic effects in each F2 plant for these characters, and (iii) to verify the role of epistasis x environment interaction. The F1 generation was developed from the cross between the inbred lines L-08-05F and L-38-05D and the F2 population from the selffecundated of F1. A sample of 100 F2 plants was self-fecundated resulting in 100 F2:3 progenies, which were backcrossed with both parental lines and their F1 generation, according to the triple test cross (TTC) design. The 300 backcross progenies were evaluated in 11 environments at the municipality of Piracicaba-SP, Brazil, using an alpha-lattice 15 x 20 design in a factorial arrangement with two replications per environment. Analysis of variance based on the TTC model showed that the total epistasis was highly significant for all characters and that non-additive epistatic effects (additive x dominant and / or dominance x dominance) were more important than the additive x additive epistasis. The epistatic effects estimated in each F2 plant for grain yield and its components were not unidirectional and these estimates suggest the presence of pleitropic epistasis for yield and major yield components. The epistasis x environment interaction was observed only for the number of row eras-1. The presence of positive epistatic effects could contribute significantly to the high heterosis reported for the crossing between the inbred lines L08-05F x L38-05D. Results suggest that epistasis is an important component in the genetic architecture of the traits considered, which means that the additive - dominant model is not enough to describe the genetic variation of grain yield and its components in the population. Thus, the epistatic effects should not remain ignored and its account in the models for predicting performance of the genotypes and in the molecular marker-assisted selection would significantly increase the efficiency of selection programs in plant breeding.

A alface é a principal hortaliça folhosa do Brasil. A podridão negra das raízes causada pelo fungo Thielaviopsis basicola vem limitando o cultivo da alface americana ´Lucy Brown`. Os objetivos desta pesquisa foram: determinar a reação das cultivares comerciais de alface à T. basicola; elucidar a herança da resistência de alface ao patógeno e selecionar alface americana resistente ao patógeno a partir de variantes da ‘Lucy Brown`. Inocularam-se 37 cultivares de alface usando o isolado patogênico L1 de T. basicola, na fase juvenil. Para todos os ensaios a avaliação foi feita na fase juvenil através de uma escala de notas de acordo com a severidade da doença de 1 (ausência de sintomas) a 5 (mais de 90% das raízes severamente afetadas). A seleção de progênies resistentes ao patógeno foi feita a partir de variantes da ´Lucy Brown` pelo método genealógico usando um critério qualitativo para uniformidade, qualidade da cabeça e adaptação para o cultivo nas condições de verão. As cultivares do tipo crespa e batávia foram resistentes ao patógeno. As do tipo lisa e americana apresentaram variação inter-varietal quanto à reação a T. basicola. A herança da reação de alface a T. basicola foi devido a um gene dominante, designado de Tb. As progênies elites S4 derivadas da alface ´Lucy Brown` foram resistentes ao patógeno, uniformes e estáveis para o mérito hortícola no cultivo de verão. / Lettuce is the major leafy crop in Brazil. Lettuce black root rot (LBRR) caused by Thielaviopsis basicola is one the most limiting disease for the crisphead lettuce cv. Lucy Brown. Research focuses were: cultivars reaction to the pathogen; resistance inheritance elucidation and selections of LBRR resistant variants from cv. Lucy Brown. About 37 cultivars were screened using L1 pathogenic strain of T. basicola at juvenile stage. The reaction reading was made for all trials at juvenile stage using a severity disease scale from 1 (absence of symptoms) to 5 (with more than 90% of root rots). Selection of LBRR variants derived from Lucy Brown was made by pedigree selection and using selective criteria of line uniformity, heading qualities and adaptation for summer season slotting planting. Leaf lettuce Grand Rapids and Batavia types were resistant. There was inter-varietal occurrence of crisphead and butterhead resistance and other susceptible to LBRR. The inheritance to LBRR resistance in lettuce was due to a dominant gene designated as Tb. Elite LBRR resistant S4 lines derived from the crisphead cv. Lucy Brown were identified by their uniformity and stability for summer crop adaptation.

O presente trabalho teve como objetivo avaliar a possível relação entre a temperatura alta e o provável aumento de tolerância à deficiência hídrica, bem como identificar e selecionar as linhagens celulares de Eucalyptus urophylla sob os aspectos fisiológicos e bioquímicos. Para isso, calos oriundos de hipocótilos de Eucalyptus urophylla mantidos em cultura de tecidos em meio de cultura N7 (SIMOLA, 1985) com 5 mg L-1 de Picloram foram utilizados para conduzir os testes. Estes calos foram submetidos a uma pressão de seleção em meio N7 (SIMOLA, 1985) suplementado com 20% de polietilenoglicol (PEG 6000) e em seguida, eles foram tratados em diferentes temperaturas (25, 30, 35, 40 e 45ºC) por duas horas em BOD. Então, esses frascos foram mantidos por vinte dias sob condições constantes de luz (50 µmol m-2 s-1 PAR) e temperatura de 26 + 2 oC com fotoperíodo de 12 horas. Após esse período, parte do material foi avaliada e o restante foi transferido para meio de cultura N7 suplementado com 5 mg L-1 de Picloram. Decorrido quatro meses, parte das linhagens sobreviventes à primeira seleção foram transferidas para o meio N7 líquido, visando avaliar a capacidade de recuperação do material. O restante dos calos selecionados foi novamente submetido aos estresses hídrico e térmico, conforme o tratamento realizado anteriormente, por vinte dias. Para avaliação das três etapas do experimento (primeira seleção, recuperação e segunda seleção), foram feitas determinações do teor de prolina, proteínas totais solúveis e carboidratos não-estruturais solúveis (ácido glucorônico, celobiose, glicose, poliose e arabinose), bem como avaliação do crescimento através da medição do peso seco e peso fresco. Os resultados foram avaliados por análise fatorial utilizando técnicas de componentes principais (PCA) e pela comparação de médias de acordo com a Análise de Variância (ANOVA) e LDS (Least Significant Difference). Assim, verificou-se que em primeira instância, altas temperaturas podem aumentar a tolerância a posterior deficiência hídrica, mas numa segunda exposição essa vantagem não é significativa. Além disso, linhagens tolerantes a condições de estresse podem ser selecionadas utilizando essa metodologia. / This work aimed to assess a possible relation between hight temperature and improvement in drought tolerance, as well as identify and select Eucalyptus urophylla cell lines under physiological and biochemical aspects. Callus obtained from hypocotyl of Eucalyptus urophylla and cultivated in N7 medium (SIMOLA, 1985) with the addition of 5mg.L-1 of Picloram were used to carry out the tests. These callus were transferred to N7 medium (SIMOLA, 1985) suplemented with 20% of PEG 6000 and then, they were treated at different temperatures (25, 30, 35, 40 and 45ºC) for two hours in BOD. Then, they were kept under constant conditions of light (50 µmol m-2 s-1 PAR) and temperature (26 + 2 oC) with photoperiod of 12 hours for 20 days. After that, part of the material was evaluated and the remained callus was transferred to N7 medium supplemented with 5 mg L-1 of Picloram. Passed four mouths, half of the selected cell lines was transferred to N7 liquid medium, aiming to evaluate the capacity of recovery of the material. The other part of the selected callus was submitted to water and thermal stress again, as in the first selection, for 20 days. The evaluation of the callus response was made through the quantification of proline, total soluble proteins, soluble sugars (glucoronic acid, glucose, celobiose, poliose and arabinose). The data were analised through fatorial analises using principal component techinics and through means comparation according to ANOVA and LSD (Least Significance Difference) test. Thus, these results showed a positive relation between hight temperature and improvement in drought tolerance in first instance, but in a second exposition to this stress factor, these advances was not significant. Tolerant cell lines to stress conditions could be selected using this methodology.

A alface é a principal hortaliça folhosa do Brasil. A podridão negra das raízes causada pelo fungo Thielaviopsis basicola vem limitando o cultivo da alface americana ´Lucy Brown`. Os objetivos desta pesquisa foram: determinar a reação das cultivares comerciais de alface à T. basicola; elucidar a herança da resistência de alface ao patógeno e selecionar alface americana resistente ao patógeno a partir de variantes da ‘Lucy Brown`. Inocularam-se 37 cultivares de alface usando o isolado patogênico L1 de T. basicola, na fase juvenil. Para todos os ensaios a avaliação foi feita na fase juvenil através de uma escala de notas de acordo com a severidade da doença de 1 (ausência de sintomas) a 5 (mais de 90% das raízes severamente afetadas). A seleção de progênies resistentes ao patógeno foi feita a partir de variantes da ´Lucy Brown` pelo método genealógico usando um critério qualitativo para uniformidade, qualidade da cabeça e adaptação para o cultivo nas condições de verão. As cultivares do tipo crespa e batávia foram resistentes ao patógeno. As do tipo lisa e americana apresentaram variação inter-varietal quanto à reação a T. basicola. A herança da reação de alface a T. basicola foi devido a um gene dominante, designado de Tb. As progênies elites S4 derivadas da alface ´Lucy Brown` foram resistentes ao patógeno, uniformes e estáveis para o mérito hortícola no cultivo de verão. / Lettuce is the major leafy crop in Brazil. Lettuce black root rot (LBRR) caused by Thielaviopsis basicola is one the most limiting disease for the crisphead lettuce cv. Lucy Brown. Research focuses were: cultivars reaction to the pathogen; resistance inheritance elucidation and selections of LBRR resistant variants from cv. Lucy Brown. About 37 cultivars were screened using L1 pathogenic strain of T. basicola at juvenile stage. The reaction reading was made for all trials at juvenile stage using a severity disease scale from 1 (absence of symptoms) to 5 (with more than 90% of root rots). Selection of LBRR variants derived from Lucy Brown was made by pedigree selection and using selective criteria of line uniformity, heading qualities and adaptation for summer season slotting planting. Leaf lettuce Grand Rapids and Batavia types were resistant. There was inter-varietal occurrence of crisphead and butterhead resistance and other susceptible to LBRR. The inheritance to LBRR resistance in lettuce was due to a dominant gene designated as Tb. Elite LBRR resistant S4 lines derived from the crisphead cv. Lucy Brown were identified by their uniformity and stability for summer crop adaptation.

A presente pesquisa propôs-se a investigar problemas de ordem estatístico-experimental relacionados à aplicação do delineamento de blocos aumentados, em programas de melhoramento genético vegetal. Nesses desenhos experimentais há duas categorias de tratamentos: as testemunhas (repetidas) e os tratamentos adicionais ou novos (normalmente não repetidos). As primeiras usualmente são cultivares comerciais já recomendados, e os outros, os novos materiais genéticos sob avaliação. Sua relação com os delineamentos de blocos em geral, princípios para a sua aplicação e análise estatística, bem como informações correlatas de outros temas aqui investigados (modelos mistos, componentes de variância e análise espacial de experimentos) foram objetos de revisão no Capítulo 1. O material que fundamentou este trabalho foi um conjunto de 41 ensaios de competição de linhagens de soja (genótipos), em gerações de autofecundação nunca inferiores a F5. Os ensaios, assim delineados, fazem parte do Programa de Melhoramento da Soja desenvolvido pelo Setor de Genética Aplicada às Espécies Autógamas, do Departamento de Genética da ESALQ/USP. Foram escolhidos, preferencialmente, os ensaios que dispunham de mapa de campo completo, o que possibilita associar cada observação à sua posição espacial na área do experimento. Entre os diversos caracteres avaliados, apenas os dados de produtividade de grãos (kg/ha) foram aqui considerados. Sabe-se que esses ensaios são conduzidos em etapas preliminares, quando as linhagens podem ser estatisticamente assumidas como de efeitos aleatórios, ou em fases intermediárias e finais, quando são preferencialmente tidas como de efeitos fixos. Logo, uma curiosidade inicial foi investigar, nos delineamentos em blocos, a influência destas suposições sobre as estimativas das médias genotípicas, bem como sobre o seu ordenamento para fins de seleção (Capítulo 2). O fato também abre a possibilidade de diferentes modelagens para a análise estatística dos dados desses experimentos, incluindo-se o modelo fixo e modelos mistos (análise intrablocos, análise com recuperação de informação interblocos e análises recuperando informação intergenotípica). A apresentação destas alternativas e suas implicações na seleção de genótipos constitui o objetivo principal do Capítulo 3. Acrescenta-se que, na abordagem de modelos mistos, uma etapa fundamental é a de estimação dos componentes de variância. Isto é passível de realização por meio de vários métodos estatísticos, cujos resultados, todavia, podem ser bastante conflitantes; sobretudo em caso de desbalanceamento. Dada a escassez de informações específicas e o fato de esses delineamentos serem naturalmente desbalanceados, avaliaram-se através de simulação em computador as propriedades dos principais estimadores disponíveis: ANOVA, MIVQUE(0), ML e REML (Capítulo 4). Outra característica marcante desses ensaios, particularmente nas etapas iniciais, é a adoção de parcelas de pequeno tamanho, haja vista a pouca disponibilidade de material de propagação. Isto, associado à costumeira alocação sistemática de testemunhas e/ou grupos de linhagens aparentadas, suscitou a avaliação de um procedimento de análise estatística que não ficasse sujeito à clássica suposição de independência espacial entre observações (Capítulo 5). Entre os resultados e conclusões obtidas pode-se destacar: i) a análise intrablocos (modelo fixo) pode fornecer ordenamentos inadequados das médias dos genótipos se estes forem de efeitos aleatórios e, sobretudo, se estiverem relacionados a diferentes populações de referência (Capítulo 2); ii) a classificação das novas linhagens em relação aos cultivares testemunhas pode mudar sensivelmente de um modelo de análise para outro, principalmente quando se passa da análise intrablocos para uma análise que recupera informação interlinhagens (Capítulo 3); iii) o método MIVQUE(0) comparativamente fornece estimativas de melhor qualidade para os componentes de variância, em particular se os genótipos vierem de população(ões) com baixa(s) variância(s) genotípica(s) e os experimentos forem relativamente pequenos (Capítulo 4); e, iv) em experimentos com observações correlacionadas espacialmente, a discriminação genotípica e o ordenamento dos genótipos para fins de seleção podem ser melhorados consideravelmente através da análise estatística espacial (Capítulo 5). / This research investigates experimental and statistical problems related with the use of the augmented block design in plant breeding programs. A characteristic of these designs is that treatments are of two categories, namely: common checks (generally commercial varieties replicated over blocks) and the additional or new treatments (usually not replicated), the latter being the ones under evaluating for selection purposes. The relation of this design with block designs in general and fundaments required for its applications and analysis, as well as information about other topics (mixed models, components of variance and spatial analysis) were reviewed in the Chapter 1. For analysis and discussion a group of 41 trials, set up at the Department of Genetics (ESALQ, USP) for evaluating soybean inbred lines, was used. Only trials having a complete layout of the spatial position of plots in the field were taken. Analyses and discussions given here refer only to grain yield (kg/ha). It is known that these trials are usually conducted at preliminary stages, when genotypes can be statistically assumed as having random effects, or at intermediate and final stages when they are preferentially considered with fixed effects. The first interesting point here investigated was the influence of these assumptions on the estimates of genotypic means, as well as on the ranking of lines for selection purposes (Chapter 2). The assumptions open the possibility of considering either fixed or mixed models for analysis (intrablock analysis, or others with recovering of interblock or intergenotypic information). Chapter 3 shows the corresponding analytical procedures and their consequences on the ranking and selection of genotypes. Under mixed models a fundamental step is the estimation of variance components, for which several procedures are available. It is known that these procedures may lead to different estimates of the same parameter, specially when experiments are unbalanced. Due to the lack of specific information about its point, and since these designs are naturally unbalanced, computer simulations were made here for evaluating the properties of the different available estimators, specifically: ANOVA, MIVQUE(0), ML and REML (Chapter 4). An additional characteristic of these design, at initial stages of breeding programs, is the use of small-sized plots, necessary to accommodate the lack of seeds. This fact in addition to the common practice of systematic arrangement of check plots in the field and/or the arrangement of genetically related treatments in sets, motivated the application of spatial statistics procedures (Chapter 5). The following main results and conclusions can be pointed out: i) the intrablock analysis (fixed model) can provide inadequate ranking of the genotypic means if genotypes have random effects and, specially if they are stem from different populations (Chapter 2); ii) the classification of the new genetic treatments in relation to check varieties may change considerably, depending on the model adopted, specially when the intrablock and the analyses with recovery of intergenotypic information are compared (Chapter 3); iii) the MIVQUE(0) method, in general, furnished more efficient estimates of variance components, particularly if genotypes are derived from population(s) with low genotypic variance(s) and experiments are of small size (Chapter 4); and, iv) if the experimental observations are spatially correlated the discrimination among genotypes and the ranking of genetic treatments can be substantially improved through spatial statistical analysis (Chapter 5).

A presente pesquisa propôs-se a investigar problemas de ordem estatístico-experimental relacionados à aplicação do delineamento de blocos aumentados, em programas de melhoramento genético vegetal. Nesses desenhos experimentais há duas categorias de tratamentos: as testemunhas (repetidas) e os tratamentos adicionais ou novos (normalmente não repetidos). As primeiras usualmente são cultivares comerciais já recomendados, e os outros, os novos materiais genéticos sob avaliação. Sua relação com os delineamentos de blocos em geral, princípios para a sua aplicação e análise estatística, bem como informações correlatas de outros temas aqui investigados (modelos mistos, componentes de variância e análise espacial de experimentos) foram objetos de revisão no Capítulo 1. O material que fundamentou este trabalho foi um conjunto de 41 ensaios de competição de linhagens de soja (genótipos), em gerações de autofecundação nunca inferiores a F5. Os ensaios, assim delineados, fazem parte do Programa de Melhoramento da Soja desenvolvido pelo Setor de Genética Aplicada às Espécies Autógamas, do Departamento de Genética da ESALQ/USP. Foram escolhidos, preferencialmente, os ensaios que dispunham de mapa de campo completo, o que possibilita associar cada observação à sua posição espacial na área do experimento. Entre os diversos caracteres avaliados, apenas os dados de produtividade de grãos (kg/ha) foram aqui considerados. Sabe-se que esses ensaios são conduzidos em etapas preliminares, quando as linhagens podem ser estatisticamente assumidas como de efeitos aleatórios, ou em fases intermediárias e finais, quando são preferencialmente tidas como de efeitos fixos. Logo, uma curiosidade inicial foi investigar, nos delineamentos em blocos, a influência destas suposições sobre as estimativas das médias genotípicas, bem como sobre o seu ordenamento para fins de seleção (Capítulo 2). O fato também abre a possibilidade de diferentes modelagens para a análise estatística dos dados desses experimentos, incluindo-se o modelo fixo e modelos mistos (análise intrablocos, análise com recuperação de informação interblocos e análises recuperando informação intergenotípica). A apresentação destas alternativas e suas implicações na seleção de genótipos constitui o objetivo principal do Capítulo 3. Acrescenta-se que, na abordagem de modelos mistos, uma etapa fundamental é a de estimação dos componentes de variância. Isto é passível de realização por meio de vários métodos estatísticos, cujos resultados, todavia, podem ser bastante conflitantes; sobretudo em caso de desbalanceamento. Dada a escassez de informações específicas e o fato de esses delineamentos serem naturalmente desbalanceados, avaliaram-se através de simulação em computador as propriedades dos principais estimadores disponíveis: ANOVA, MIVQUE(0), ML e REML (Capítulo 4). Outra característica marcante desses ensaios, particularmente nas etapas iniciais, é a adoção de parcelas de pequeno tamanho, haja vista a pouca disponibilidade de material de propagação. Isto, associado à costumeira alocação sistemática de testemunhas e/ou grupos de linhagens aparentadas, suscitou a avaliação de um procedimento de análise estatística que não ficasse sujeito à clássica suposição de independência espacial entre observações (Capítulo 5). Entre os resultados e conclusões obtidas pode-se destacar: i) a análise intrablocos (modelo fixo) pode fornecer ordenamentos inadequados das médias dos genótipos se estes forem de efeitos aleatórios e, sobretudo, se estiverem relacionados a diferentes populações de referência (Capítulo 2); ii) a classificação das novas linhagens em relação aos cultivares testemunhas pode mudar sensivelmente de um modelo de análise para outro, principalmente quando se passa da análise intrablocos para uma análise que recupera informação interlinhagens (Capítulo 3); iii) o método MIVQUE(0) comparativamente fornece estimativas de melhor qualidade para os componentes de variância, em particular se os genótipos vierem de população(ões) com baixa(s) variância(s) genotípica(s) e os experimentos forem relativamente pequenos (Capítulo 4); e, iv) em experimentos com observações correlacionadas espacialmente, a discriminação genotípica e o ordenamento dos genótipos para fins de seleção podem ser melhorados consideravelmente através da análise estatística espacial (Capítulo 5). / This research investigates experimental and statistical problems related with the use of the augmented block design in plant breeding programs. A characteristic of these designs is that treatments are of two categories, namely: common checks (generally commercial varieties replicated over blocks) and the additional or new treatments (usually not replicated), the latter being the ones under evaluating for selection purposes. The relation of this design with block designs in general and fundaments required for its applications and analysis, as well as information about other topics (mixed models, components of variance and spatial analysis) were reviewed in the Chapter 1. For analysis and discussion a group of 41 trials, set up at the Department of Genetics (ESALQ, USP) for evaluating soybean inbred lines, was used. Only trials having a complete layout of the spatial position of plots in the field were taken. Analyses and discussions given here refer only to grain yield (kg/ha). It is known that these trials are usually conducted at preliminary stages, when genotypes can be statistically assumed as having random effects, or at intermediate and final stages when they are preferentially considered with fixed effects. The first interesting point here investigated was the influence of these assumptions on the estimates of genotypic means, as well as on the ranking of lines for selection purposes (Chapter 2). The assumptions open the possibility of considering either fixed or mixed models for analysis (intrablock analysis, or others with recovering of interblock or intergenotypic information). Chapter 3 shows the corresponding analytical procedures and their consequences on the ranking and selection of genotypes. Under mixed models a fundamental step is the estimation of variance components, for which several procedures are available. It is known that these procedures may lead to different estimates of the same parameter, specially when experiments are unbalanced. Due to the lack of specific information about its point, and since these designs are naturally unbalanced, computer simulations were made here for evaluating the properties of the different available estimators, specifically: ANOVA, MIVQUE(0), ML and REML (Chapter 4). An additional characteristic of these design, at initial stages of breeding programs, is the use of small-sized plots, necessary to accommodate the lack of seeds. This fact in addition to the common practice of systematic arrangement of check plots in the field and/or the arrangement of genetically related treatments in sets, motivated the application of spatial statistics procedures (Chapter 5). The following main results and conclusions can be pointed out: i) the intrablock analysis (fixed model) can provide inadequate ranking of the genotypic means if genotypes have random effects and, specially if they are stem from different populations (Chapter 2); ii) the classification of the new genetic treatments in relation to check varieties may change considerably, depending on the model adopted, specially when the intrablock and the analyses with recovery of intergenotypic information are compared (Chapter 3); iii) the MIVQUE(0) method, in general, furnished more efficient estimates of variance components, particularly if genotypes are derived from population(s) with low genotypic variance(s) and experiments are of small size (Chapter 4); and, iv) if the experimental observations are spatially correlated the discrimination among genotypes and the ranking of genetic treatments can be substantially improved through spatial statistical analysis (Chapter 5).

Las patologías más importantes del páncreas exocrino, como la pancreatitis crónica (PC) o el cáncer de páncreas, representan un gran problema de salud pública en Europa. En la PC, el tejido acinar es substituido por complejos ductales. Además, es difícil mantener el fenotipo diferenciado de las células acinares en cultivo ya que sufren una transdiferenciación acinar-ductal.Las células madre embrionarias (ES) de ratón han sido utilizadas en la última década para generar in vitro células completamente diferenciadas de varios linajes celulares. No obstante, la capacidad de las células ES a diferenciarse a tipos celulares de origen endodérmico es muy limitada. El objetivo principal de este proyecto ha consistido en desarrollar estrategias para diferenciar células ES de ratón a células pancreáticas acinares con una elevada eficiencia mediante 1) la optimización de las condiciones de cultivo con tal de activar vías de señalización implicadas en el desarrollo/diferenciación pancreáticas; 2) la sobreexpresión de factores transcripcionales maestros utilizando vectores virales con el fin de recapitular específicamente un programa de diferenciación acinar; 3) la selección genética de las células comprometidas al linaje acinar con el objetivo de purificar las células acinares diferenciadas.Mediante la integración de estos abordajes, hemos conseguido aislar células que comparten características fenotípicas con células acinares inmaduras según la expresión de marcadores de diferenciación y la respuesta funcional a secretagogos. / Exocrine pancreatic diseases such as chronic pancreatitis (PC) or pancreatic cancer are major health issues in Europe. In CP, the acinar tissue is substituted by ductal complexes. In addition, it is difficult to maintain the differentiated phenotype of the acinar cells in culture as within few days an acinar-ductal transdifferentiation takes place.In the last decade, mouse embryonic stem cells (mES) have been used to generate differentiated cells of a variety of cellular lineages in vitro. However, the ability of ES cells to differentiate into endodermal lineages is limited. The main objective of this project has focused on the development of strategies to differentiate mES to pancreatic acinar cells with high efficiency by means of: 1) Optimization of cell culture conditions to activate signalling pathways involved in pancreatic differentiation/development; 2) the overexpression of master transcription factors involved in pancreas development using viral vectors in order to recapitulate specific acinar differentiation program; 3) the genetic selection of cells committed to the acinar linage in order to purify the differentiated cells.The integration of these different strategies allowed us to isolate cells that share phenotypic features with immature acinar cells according to the expression of differentiation markers and the functional response to acinar secretegogues.