Cryptosporidium é um coccídeo que acomete peixes, répteis, anfíbios, aves e mamíferos. O papel dos animais na dinâmica de transmissão deste agente ao homem é pouco conhecido e a ocorrência na população animal é motivo de preocupação para a saúde pública, devido ao potencial zoonótico. O objetivo deste estudo foi obter informações de natureza epidemiológica pela caracterização genotípica de isolados de gatos, cães e bovinos do Estado de São Paulo e avaliar a diversidade nucleotídica das seqüências obtidas. Foi realizada a extração de DNA dos oocistos e a amplificação destes pela reação em cadeia da polimerase (Nested PCR) utilizando primers específicos para a amplificação de fragmentos do gene codificador da subunidade 18S do RNA ribossômico e posterior sequenciamento. Através do exame de fezes de 106 amostras de felinos, 119 de caninos e 123 de bovinos foi observada positividade em três (2,8%), 15 (12,6%) e 21 (17,1%), respectivamente. Nas amostras positivas de bovinos a análise morfológica revelou 16 (76,2%) como Cryptosporidium tipo parvum e cinco (23,8%) como Cryptosporidium andersoni. Para a análise genotípica amostras anteriormente obtidas, foram associadas, sendo analisadas sete amostras de gatos, nove de cães e nove de bovinos. Das sete amostras de gatos a análise genotípica revelou, em todas, Cryptosporidium felis, sendo estas as primeiras caracterizações genotípicas de isolados de felinos domésticos no Brasil. Nas nove amostras de cães seqüenciadas revelou-se identidade genotípica compatível com Cryptosporidium canis em todas as amostras, sugerindo que esta espécie está conservada no Estado de São Paulo. A análise genotípica das amostras de bovinos revelou Cryptosporidium parvum Eire I em duas amostras, Cryptosporidium parvum genótipo bovino em seis amostras e Cryptosporidium bovis em outra amostra sendo, esta última espécie, não zoonótica, e não relacionada a sintomas clínicos e sendo descrita pela primeira vez no Brasil. / Cryptosporidium is a coccidia which contaminates fish, reptiles, amphibians, birds and mammals. The animals role in the transmission dynamics of this protozoa to man is not well known and its occurrence in the animal population is a cause for concern to public health due to its zoonotic potential. The objective of this study was to obtain information of epidemiological nature by genotypic characterization of isolates from dogs, cats and bovine from the State of São Paulo and to evaluate nucleotidic diversity of the existing sequences. The extraction of DNA from oocysts was carried out and the amplification was made by the polymerase chain reaction (Nested PCR) using specific primers for the amplification of fragments from the code gene of subunit 18S of ribosomal RNA and post sequencing. Through a feces examination, in 106 cat samples, 119 dog samples and 123 bovine samples, positivity was observed in three (2.8%), 15 (12.6%) and 21 (17.1%), respectively. In the positive bovine samples the morphologic analysis revealed 16 (76.2%) as Cryptosporidium type parvum and five (23.8%) as Cryptosporidium andersoni. For the purpose of genotypic analyses, previously obtained samples, were associated, with analyses of seven cat samples, nine dog samples and nine bovine samples. From the seven cat samples the genotypic analyses, revealed Cryptosporidium felis in all. These were the first genotypic characterizations of Cryptosporidium from domestic felines in Brazil. In nine sequenced samples from dogs, genotypic identities compatible with Cryptosporidium canis, were revealed in all samples, suggesting that this species is conserved in State of São Paulo. The genotypic analysis in bovines revealed Cryptosporidium parvum Eire I in two samples, Cryptosporidium parvum bovine genotype in six samples and Cryptosporidium bovis in another sample, the last one being a non zoonotic species, not related to clinical symptoms and described for the first time in Brazil.

Cryptosporidium é um coccídeo que acomete peixes, répteis, anfíbios, aves e mamíferos. O papel dos animais na dinâmica de transmissão deste agente ao homem é pouco conhecido e a ocorrência na população animal é motivo de preocupação para a saúde pública, devido ao potencial zoonótico. O objetivo deste estudo foi obter informações de natureza epidemiológica pela caracterização genotípica de isolados de gatos, cães e bovinos do Estado de São Paulo e avaliar a diversidade nucleotídica das seqüências obtidas. Foi realizada a extração de DNA dos oocistos e a amplificação destes pela reação em cadeia da polimerase (Nested PCR) utilizando primers específicos para a amplificação de fragmentos do gene codificador da subunidade 18S do RNA ribossômico e posterior sequenciamento. Através do exame de fezes de 106 amostras de felinos, 119 de caninos e 123 de bovinos foi observada positividade em três (2,8%), 15 (12,6%) e 21 (17,1%), respectivamente. Nas amostras positivas de bovinos a análise morfológica revelou 16 (76,2%) como Cryptosporidium tipo parvum e cinco (23,8%) como Cryptosporidium andersoni. Para a análise genotípica amostras anteriormente obtidas, foram associadas, sendo analisadas sete amostras de gatos, nove de cães e nove de bovinos. Das sete amostras de gatos a análise genotípica revelou, em todas, Cryptosporidium felis, sendo estas as primeiras caracterizações genotípicas de isolados de felinos domésticos no Brasil. Nas nove amostras de cães seqüenciadas revelou-se identidade genotípica compatível com Cryptosporidium canis em todas as amostras, sugerindo que esta espécie está conservada no Estado de São Paulo. A análise genotípica das amostras de bovinos revelou Cryptosporidium parvum Eire I em duas amostras, Cryptosporidium parvum genótipo bovino em seis amostras e Cryptosporidium bovis em outra amostra sendo, esta última espécie, não zoonótica, e não relacionada a sintomas clínicos e sendo descrita pela primeira vez no Brasil. / Cryptosporidium is a coccidia which contaminates fish, reptiles, amphibians, birds and mammals. The animals role in the transmission dynamics of this protozoa to man is not well known and its occurrence in the animal population is a cause for concern to public health due to its zoonotic potential. The objective of this study was to obtain information of epidemiological nature by genotypic characterization of isolates from dogs, cats and bovine from the State of São Paulo and to evaluate nucleotidic diversity of the existing sequences. The extraction of DNA from oocysts was carried out and the amplification was made by the polymerase chain reaction (Nested PCR) using specific primers for the amplification of fragments from the code gene of subunit 18S of ribosomal RNA and post sequencing. Through a feces examination, in 106 cat samples, 119 dog samples and 123 bovine samples, positivity was observed in three (2.8%), 15 (12.6%) and 21 (17.1%), respectively. In the positive bovine samples the morphologic analysis revealed 16 (76.2%) as Cryptosporidium type parvum and five (23.8%) as Cryptosporidium andersoni. For the purpose of genotypic analyses, previously obtained samples, were associated, with analyses of seven cat samples, nine dog samples and nine bovine samples. From the seven cat samples the genotypic analyses, revealed Cryptosporidium felis in all. These were the first genotypic characterizations of Cryptosporidium from domestic felines in Brazil. In nine sequenced samples from dogs, genotypic identities compatible with Cryptosporidium canis, were revealed in all samples, suggesting that this species is conserved in State of São Paulo. The genotypic analysis in bovines revealed Cryptosporidium parvum Eire I in two samples, Cryptosporidium parvum bovine genotype in six samples and Cryptosporidium bovis in another sample, the last one being a non zoonotic species, not related to clinical symptoms and described for the first time in Brazil.

The gram-negative bacteria Edwardsiella ictaluri causes significant economic losses in aquacultured fish. Generally considered host-specific to catfish, there are reports of E. ictaluri outbreaks from other aquacultured species, including ornamental fish raised in the southeastern U.S. Thus, a comprehensive phenotypic and genotypic characterization of E. ictaluri isolates from catfish and ornamental aquaculture was warranted. Morphological, biochemical, and protein profiles of catfish and ornamental derived isolates were mostly similar. Plasmid profiles of wild-type isolates were consistent within groups. Analysis of putative anti-microbial resistant isolates from catfish revealed the presence of multi-drug resistant plasmids. Genomic comparisons indicated marked differences among host groups, including unique T4SSs and phage elements among ornamental fish-derived E. ictaluri isolates. An optimal MLSA scheme consisting of eight reference genes was defined, revealing isolates from catfish and ornamental aquaculture form two discrete phyletic lineages. This study advances our understanding of E. ictaluri affecting two important agricultural commodities in the U.S.

Submitted by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-03-14T14:40:28Z No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Andrea Ferreira de Oliveira.pdf: 1343240 bytes, checksum: f3c795b84863003dd18f3429beee0ae5 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-03-14T16:01:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Andrea Ferreira de Oliveira.pdf: 1343240 bytes, checksum: f3c795b84863003dd18f3429beee0ae5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T16:01:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Andrea Ferreira de Oliveira.pdf: 1343240 bytes, checksum: f3c795b84863003dd18f3429beee0ae5 (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / CAPES / A elevada manipulação, distribuição e armazenamento dos combustíveis e seus compostos, como os hidrocarbonetos de petróleo, aumenta a probabilidade de acidentes ambientais podendo causar contaminação de solo e fontes de abastecimento público, tais como as águas subterrâneas. Atualmente, a biorremediação destaca-se como uma das técnicas mais utilizadas para recuperação ambiental, empregando bactérias na degradação dos compostos contaminantes. A pesquisa foi realizada em Alta Floresta – MT, e dividida em dois trabalhos. O primeiro verificou se os hidrocarbonetos de petróleo interferem na densidade populacional das comunidades bacterianas de ambientes contaminados nos períodos sazonais de seca e cheia, e o segundo analisou a similaridade bacteriana entre dois poços de monitoramento contaminados. Foram coletadas amostras de água subterrânea e solo do local contaminado utilizando bailers e frascos de plástico estéreis, as amostras foram acondicionadas e transportadas refrigeradas de acordo com técnicas padronizadas. No primeiro trabalho foi avaliada a área contaminada em Alta Floresta, BTEX, variáveis ambientais, e densidade bacteriana de coliformes totais, Escherichia coli, bactérias heterotróficas totais (BHT) e bactérias degradadoras de hidrocarbonetos de petróleo. O levantamento para determinação das áreas contaminadas foi realizado na SEMA-MT, sendo que para os BTEX foi utilizado cromatógrafo a gás, detector de massas e injetor. A sonda multiparâmetros, por sua vez, foi usada para aferir as variáveis ambientais enquanto que as técnicas convencionais de microbiologia foram utilizadas para determinar as densidades bacterianas. No segundo trabalho foram analisadas as variáveis ambientais, BTEX, densidade e diversidade de bactérias degradadoras de hidrocarbonetos, tendo sido utilizada sonda multiparâmetros para as variáveis ambientais, cromatógrafo a gás, detector de massas e injetor para os BTEX, além de técnicas de microbiologia convencional para determinar a densidade bacteriana e técnicas moleculares (BOX-PCR e aplicativo Bionumerics 7.1) para determinar a diversidade. A pesquisa feita no primeiro trabalho confirmou que na cidade de Alta Floresta constava apenas dois postos de combustíveis contaminados (dados da Secretaria Estadual de Meio Ambiente), e as análises realizadas na área de estudo constatou contaminação por BTEX no posto onde o estudo foi realizado, sendo que em alguns pontos o valor encontrado foi elevado como no PM2 apresentou 597,05 μg/L. Durante a primeira coleta, os resultados mais elevados para as variáveis ambientais foram de 6,87 para pH, 29,7 °C de temperatura, 6,96 mg/L de oxigênio dissolvido e 604 mS/m de condutividade elétrica. O PM4 foi o que apresentou maior densidade de coliformes totais (5,95 Log NMP/100 mL) durante a segunda coleta e ausência de E. coli durante ambos os períodos. Para o solo, o ponto com maior densidade de BHT foi o S8 com 5,92 Log UFC/g e para água foi no PM4, durante a primeira coleta com 4,30 Log UFC/mL. A densidade das bactérias degradadoras de hidrocarbonetos foi mais elevada no PM4 (3,68 Log UFC/mL) na primeira coleta. No segundo trabalho o ponto mais contaminado foi o PM1, sendo que o Tolueno foi o composto mais encontrado (267,08 μg/L), a densidade mais elevada das bactérias degradadoras de petróleo, por sua vez, foi no PM2 com 4,05 Log UFC/mL. A diversidade foi maior no PM1, sendo que apenas 20% das linhagens apresentaram similaridade de 100%. De forma geral os postos de combustíveis são áreas suscetíveis a contaminação, os BTEX e as variáveis ambientais podem alterar a densidade e diversidade das comunidades bacterianas do local contaminado. Com os resultados encontrados na pesquisa observa-se que a contaminação no local ocorre de forma difusa e que a hipótese de biorremediação na área não pode ser descartada. / The high handling, distribution and storage of fuels and their compounds such as petroleum hydrocarbons, increases the likelihood of environmental accidents may cause soil contamination and public sources of supply, such as groundwater. Currently, bioremediation stands out as one of the most widely used techniques for environmental restoration, using bacteria in degradation of the contaminating compounds. The survey was conducted in Alta Floresta - MT, and split into two pieces. The first verified that the petroleum hydrocarbons interfere with the population density of the bacterial communities of contaminated environments in seasonal periods of drought and flood, and the second examined the bacterial similarity between two contaminated monitoring wells. Ground water and local soil samples were collected using bailers contaminated and sterile plastic bottles, the samples were chilled packaged and transported according to standard techniques. In the first study evaluated the contaminated area in Alta Floresta, BTEX, environmental variables, and bacterial density of coliforms, Escherichia coli, total heterotrophic bacteria (THB) and degrading bacteria petroleum hydrocarbons. The survey to determine the contaminated areas was held at the SEMA-MT, and for BTEX was used gas chromatograph, mass detector and gun. The Multiparameter probe, in turn, was used to measure environmental variables, while the conventional microbiological techniques were used to determine the bacterial densities. In the second study analyzed environmental variables, BTEX, density and diversity of hydrocarbon degrading bacteria, having been used probe multiparameter to environmental variables, gas chromatograph, mass detector and gun for BTEX, in addition to conventional microbiological techniques for determine the bacterial density and molecular techniques (BOX-PCR and application Bionumerics 7.1) to determine the diversity. The research done in the first work confirmed that the city of Alta Floresta contained only two contaminated gas stations (data from the State Department of the Environment), and the analyzes performed in the study area found contamination by BTEX in the position where the study was conducted, and in some places the value was high as the PM2 had 597.05 μg/L. During the first collection, the highest results for the environmental variables were 6.87 for pH, 29.7°C, 6.96 mg/L of dissolved oxygen and 604 mS /m conductivity. The PM4 was the one with the highest density of coliform (5.95 Log MPN/100mL) during the second collection and absence of E. coli during both periods. To the ground, the point with greatest density was HBT S8 to 5.92 Log FUC/g and the water was PM4, during the first sample with Log 4.30 FUC/mL. The density of hydrocarbon degrading bacteria was higher in PM4 (3.68 Log FUC/mL) in the first collection. In the second working point the most contaminated was M1, and the t luene was und m e c mp und (267.08 μg/L), the highest density of petroleum degrading bacteria, in turn, was in PM2 to 4.05 Log FUC/mL. Diversity was higher in the PM1, with only 20% of the strains showed similarity of 100%. In general, the gas stations are areas susceptible to contamination, BTEX and environmental variables can alter the density and diversity of the bacterial communities of the contaminated site. With the results found in the study it was observed that the contamination at the site occurs diffusely and bioremediation hypothesis in the area can not be ruled out.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-19T14:26:43Z No. of bitstreams: 1 Mayra Zilta Perminio Rodrigues Bezerra Almeida.pdf: 885886 bytes, checksum: 6037f5e7b77593c2f32547d40123421b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T14:26:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mayra Zilta Perminio Rodrigues Bezerra Almeida.pdf: 885886 bytes, checksum: 6037f5e7b77593c2f32547d40123421b (MD5) Previous issue date: 2008-02-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The aim of this work was to accomplish a study of subclinical mastitis in ewes of Santa Inês breed and the influence over the physical-chemical characteristics. It was analyzed 31 flocks totalizing 135 primiparous and multiparous ewes in different lactation stages. It was examined 244 mammary glands before the milking samples was collected to realization of Califórnia Mastitis Testis (CMT), somatic cell direct count (SCC), bacteriological analysis and physicalchemical milk compounds (Dornic acidity, chloride concentration, density, fat and pH ). The main epidemiological characteristics of the herds was marked as well as the genotypic characterization of the 18 S.aureus isolates by the PFGE (pulsed-field gel electhrophoresis). Of the 244 analysed samples by CMT, 172 were negative and 72 positive. It was observed in the CMT positive samples, bacterial growth in 73,61%, whislt in the negative 27,32 with association between CMT and bacterial growth (P<0,05). The SCC mean values related to negative CMT was 1,57 x 105 cells/mL, and the positive samples 1+, 2+ and 3+, respectely, 1,01 x 106 cells/mL, 3,23 x 106 cells/mL and 8,41 x 106 cells/mL. With strong dependency between SCC in relation to the intensity of CMT reaction. The microorganisms isolated were Staphyloccus coagulase negative (65,09%), Staphylococcus aureus (13,21%), Staphylococus hyicus (1,88%), Streptococcus spp.(7,55%), Bacillus spp.(2,83%), Citrobacter freundi (0,94%)i, Pantoea agglomerans (0,94%), Enterobacter cloacae (1,88%), Escherichia coli (0,94%), Burkholderia cepacia (1,88%), Pseudomonas putida (0,94%), Pseudomonas stutzeri (0,94%) e Stenotrophomonas maltophilia (0,94%). In a general manner all isolates were sensitive to the antimicrobians tested. The CMT showed to be a good indicator of subclinical mastitis in this species. With recommendations to collect and to do bacterial isolation of the results 1+ and over. It was verified that the chances of infected glands dettection are higher in SCC results over 1 x 106 cells/mL. In consideration of the different bacterial agents isolated the intramammary infections by coagulase positive Staphylococci and Gram negative bacterias cause more intense alterations in the physical-chemical constituents. It was observed alterations (P<0,05) of the values of the Dornic acidity, chloride concentration, pH and density. Of the 31 analysed flocks 25 (80,65%) had reactive animals to the CMT. 61,97% of the cases were multiparous ewes, 56,34% in females with one lamb and 66,07% had one mammary gland compromised. In the genotypic characterization of the S. aureus strains, three lineages was observed of which LA and LC were the most prevalent ones with 38,9and 50,0%, respectively, with distribution in the flocks where this agent was isolated. / Este trabalho teve por objetivo realizar um estudo da mastite subclínica em ovelhas da raça Santa Inês e sua influência sobre as características físico-químicas do leite. Foram analisados 31 rebanhos, destes 135 ovelhas, primíparas e multíparas em diferentes estágios de lactação. Foram examinadas 244 glândulas mamárias, com posterior colheita do leite para realização do Califórnia Mastitis Test (CMT), contagem direta de células somáticas (CCS), análise bacteriológica e fisico-química dos componentes do leite (acidez Dornic, teor de cloretos, densidade, gordura e pH). Foram assinaladas as principais características epidemiológicas dos rebanhos estudados, assim como a caracterização genotípica de 18 isolados de S. aureus pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Das 244 amostras analisadas pelo CMT, 172 (70,49%) foram negativas e 72 (29,50%) positivas. Verificou-se nas amostras positivas ao CMT, crescimento bacteriano em 73,61%, enquanto nas negativas, 27,32%, sendo observada associação entre o CMT e o crescimento bacteriano (p<0,05). Os valores médios de CCS relacionados ao CMT negativo foram de 1,57 x 105 céls/mL e das amostras positivas de 1+; 2+ e 3+, respectivamente de 1,01 x 106 céls/mL, 3,23 x 106células/mL e 8,41x 106 céls/mL, existindo forte dependência da CCS em relação à intensidade da reação do CMT. Os microrganismos isolados foram Staphylococcus coagulase negativo (65,09%), Staphylococcus aureus (13,21%), Staphylococus hyicus (1,88%), Streptococcus spp. (7,55%), Bacillus spp. (2,83%), Citrobacter freündii (0,94%), Pantoea agglomerans (0,94%), Enterobacter cloacae (1,88%), Escherichia coli (0,94%), Burkholderia cepacia (1,88%), Pseudomonas putida (0,94%), Pseudomonas stutzeri (0,94%) e Stenotrophomonas maltophilia (0,94%). De maneira geral os isolados foram sensíveis aos antimicrobianos testados. O CMT demonstrou ser um bom indicador da mastite subclínica nesta espécie animal, sendo recomendado a colheita para isolamento bacteriano as amostras com resultados a partir de 1+. Constatou-se que as chances de detecção de glândulas infectadas são maiores em resultados de CCS a partir de 1 x 106 céls/mL. Considerando os diferentes agentes bacterianos isolados, as infecções intramamárias por Staphylococcus coagulase positivo e bactérias Gram-negativas acarretaram alterações mais intensas (P < 0,05) nos constituintes físico-químicos avaliados. Foi verificado alterações (P<0,05) nos valores da acidez Dornic, teor de cloretos, pH e densidade. Dos 31 rebanhos analisados, 25 (80,65%) tiveram animais reagentes ao CMT. 61,97% dos casos foram observados em ovelhas multíparas,56,34% em fêmeas com apenas uma cria e 66,07% destes animais tinham acometimento mamário unilateral. Na caracterização genotípica das cepas de S. aureus evidenciou-se três linhagens, destas LA e LC foram as mais prevalentes 38,9% e 50% respectivamente, estando distribuídas nos rebanhos em que este agente foi isolado.