O trabalho tem como objetivo avaliar o perfil morfométrico e o metabolismo post mortem de bovinos Nelore com diferentes taxas de crescimento da desmama ao sobreano. Foram confinados 154 bovinos Nelore, machos não-castrados, com idade média de 18 meses e 350 kg de peso vivo. Os animais foram designados a um delineamento inteiramente casualizado com dois tratamentos (alta taxa de crescimento [ATC] e baixa taxa de crescimento [BTC] da desmama ao sobreano). Foram selecionados cinco animais extremos de ATC e cinco extremos de BTC (10 animais de cada ano) para realização das analises de cor (L*, a*, e b*), força de cisalhamento, perdas por cocção, e também analise do perfil morfométrico muscular. Amostras também foram coletadas para simulação da glicólise in vitro para a determinação de pH, glicose, glicose-6-fosfato e glicogênio nos pontos 0, 0,5, 2, 4, 8, 12 e 24 horas. Os dados foram analisados utilizando o software SAS 9.4. Não houve efeito da taxa de crescimento sobre as características de desempenho, carcaça nem qualidade de carne. Animais BTC apresentaram maior frequência de fibras do tipo I, enquanto animais ATC apresentaram frequência de fibras tipo IIa 4% maior. Em relação à área transversal das fibras musculares, fibras do tipo I provenientes de animais ATC foram 17% maiores. Os animais ATC apresentaram maior concentração de glicogênio nos pontos 0 e 8 horas. Os animais BTC apresentaram maiores concentrações de G6P nos postos 2 e 8 horas. Animais BTC apresentaram maiores concentrações de glicose nos pontos 8 e 24 horas. Em conclusão, a seleção de bovinos com alta taxa de crescimento no período da desmama ao sobreano promove um perfil de fibras mais glicolítico. Entretanto, essa mudança no perfil morfométrico não altera a queda do pH nem a qualidade da carne. / The objective of this study was to evaluate the morphometric profile and the postmortem metabolism of Nellore cattle with different growth rates from weaning to yearling. 154 non castrated Nellore males with 18 mo/old and 350 kg live weight were confined. The animals were assigned to a completely randomized design with two treatments (high growth rate [ATC] and low growth rate [BTC] from weaning to yearling). Five animals from ATC group and five animals from BTC group (10 animal each year) were selected. Analysis of color (L*, a*, and b*), shear force, morphometric profile, simulation of in vitro glycolysis for the determination of pH, glucose, glucose-6-phosphate and glycogen in 0, 0,5, 2, 4, 8, 12 e 24h were performed. The data were analyzed using SAS 9.4 software. There was no effect of growth rate on performance, carcass or meat quality characteristics. BTC Animals had a higher frequency of type I fibers, while ATC animals presented a 4% greater frequency of type IIa fibers. Regarding the cross-sectional area of muscle fibers, Type I fibers from ATC animals were 17% larger. ATC animals showed higher glycogen concentration at 0 h and 8 h. BTC animals had higher concentrations of G6P at 2h and 8h. BTC animals presented higher glucose concentrations at 8 h and 24 h. In conclusion, the selection of cattle with a high growth rate from weaning to yearling leads to a more glycolytic fiber profile. However, this change in the morphometric profile neither alters the pH drop nor the meat quality.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2123.pdf: 2451937 bytes, checksum: 9e1829535946a0f5d7ebbcb31a4d683b (MD5) Previous issue date: 2006-03-10 / The PET filter bag is used in the separation of the particulates materials of the gas produced in the aluminum industry. It had been submitted a chemical recycling. Almost industries make the disposal of these materials in industrial earthwork or still they take the centers that make the energy recycling. The filter bag restrained particulate is constituted by alumina with adsorbide fluoride and an amount of carbon proceeding from the electrolytic decomposition of anode pots. The adhesion of particles in the interior becomes the filters of difficult recycling mechanics, because the incrusted materials are not removed by the laundering. So, the filters of this work had been recycled chemically through glycolysis with ethylenoglycol. For the reactions under ambient pressure it was observed that it has the necessity to use catalyst to speed up the reaction. The catalyst used was the sodium bicarbonate. The best condition found for reactions the ambient pressure form: temperature of 190°C, 1% of catalyst and 20 hours of reaction. With these conditions the glicolysis convrtion was almost 94%. It was not possible to determine the order of ration for this system. The reactions carried through with a closed reactor had allowed increasing the temperature of the system. So, the temperature is the variable most important, reaching bigger conversions in a lesser time that the gotten time the ambient pressure. The best joined conditions had been 1% of catalyst, 190°C and 10 hours of reaction and also 0.5% of catalyst, 230°C and 5 hours of reaction. For these conditions, the reaction rate was little bigger than 99%. / Mangas filtrantes de PET como material filtrante são utilizados na separação de materiais particulados provenientes dos gases produzidos na indústria do alumínio foram submetidos a reciclagem química. A maioria das indústrias faz a disposição das mangas em aterros industriais ou ainda encaminham para centros que fazem a reciclagem energética. O particulado retido é constituído por alumina com fluoreto adsorvido e uma quantidade de carbono proveniente da decomposição do anodo das cubas eletrolíticas. A adesão das partículas no interior torna os filtros de difícil reciclagem mecânica, porque os materiais incrustados são de difícil remição por sistemas de lavagem. Dessa forma, os filtros deste trabalho foram reciclados quimicamente através de glicólise com etilenoglicol em diferentes condições. Para as reações a pressão ambiente foi observada que há a necessidade de utilizar catalisador para acelerar a reação. O catalisador utilizado foi o bicarbonato de sódio. A melhor condição encontrada para reações a Pressão ambiente foi: temperatura de 190°C, 1% de catalisador e 20 horas de reação. O valor de conversão desta reação ficou em torno de 94%. Não foi possível determinar a ordem de reação para este sistema. As reações realizadas com um reator fechado permitiram aumentar a temperatura do sistema mesmo utilizando o etilenoglicol com temperatura de ebulição de 192°C. Nestas reações, a temperatura é a variável mais importante, atingindo maiores conversões em um tempo menor que o tempo obtido a pressão ambiente. As melhores condições encontradas foram 1% de catalisador, 190°C e 10 horas de reação e também 0,5% de catalisador, 230°C e 5 horas de reação. Para estas condições a conversão foi maior que 99%.

A melhor compreensão dos mecanismos fisiopatológicos e farmacológicos aliados a métodos modernos de investigação tornaram possível a descoberta e o desenvolvimento de fármacos para diversas doenças e disfunções orgânicas em humanos. Os fármacos desenvolvidos atualmente são resultados de intensos esforços em pesquisa por equipes multidisciplinares, impactando diretamente na qualidade de vida das diversas populações no mundo. Nesse cenário, os grupos de pesquisas estabelecidos em Universidades com foco no planejamento de fármacos para doenças tropicais têm crescido. A Malária e a Doença de Chagas figuram com especial importância, a primeira pela expressiva mortalidade mundial, enquanto a segunda pela morbidade e seus impactos na população brasileira. O tratamento de ambas possui limitações que se agravam, seja pelo baixo número de opções terapêuticas, ou pelo desenvolvimento de cepas resistentes. As enzimas investigadas nesse doutoramento, enolase (PfEnolase) de Plasmodium falciparum e gliceraldeído3fosfato desidrogenase de Trypanosoma cruzi (TcGAPDH), são componentes da via glicolítica destes parasitas e são considerados alvos moleculares atrativos para o desenvolvimento de inibidores enzimáticos, dada a importância destas enzimas no processo de obtenção de energia do parasita. Os estudos fundamentamse na busca por modulação seletiva da atividade biológica dos alvos selecionados através do desenvolvimento de novas moléculas bioativas. O estabelecimento de protocolo de expressão e purificação para enzima Pfenolase permitiu sua obtenção em quantidade e pureza suficiente para condução de estudos cinéticos e de triagem biológica, com a identificação de cinco novas classes químicas bastante promissoras; além de ensaios de cristalização, que culminaram na determinação da enzima em diversos complexos cristalográficos. Os dados estruturais produzidos foram fundamentais para condução da abordagem computacional de triagem virtual, que permitiu a identificação de 31 moléculas candidatas a inibidoras de Pfenolase. Avanços significativos foram obtidos também com a enzima TcGAPDH, destacando-se as adaptações nos processos de obtenção da proteína recombinante e ensaio cinético, condução de ensaio de bioprospecção orientada com a identificação e caracterização da molécula isolada (tilirosídeo). Novas condições de cristalização foram identificadas e poderão ser empregadas no processo de obtenção de complexos cristalográficos futuros. Adicionalmente, desenvolveu-se uma ferramenta computacional, Kinecteasy, para processamento automatizado dos dados produzidos das etapas de triagem biológica. Os trabalhos integrados de biologia estrutural e química medicinal desenvolvidos contribuem significativamente para o avanço no processo de planejamento de novos inibidores para as enzimas selecionadas. / A better understanding of the pathophysiological and pharmacological mechanisms together with the modern research methods made possible the discovery and development of drugs for several humans´ diseases. The drugs currently developed are the result of intense efforts in research of multidisciplinary teams having as a direct consequence a remarkable impact on life quality of populations all over the world. In this scenario, research groups established at universities, with their focus on drug development for tropical diseases, are increasing. Malaria and Chagas disease deserve special attention, the former by the expressive world mortality, while the second by the morbidity and its impact on Brazilian population. Treatment for both has limitations, whether by the low number of therapeutic options, or by development of resistance. The target enzymes for this PhD project, enolase (PfEnolase) of Plasmodium falciparum and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi (TcGAPDH), are essential components of glycolytic pathway and therefore related to the parasite energy production, thus, are considered attractive molecular targets for enzyme inhibitors development. Essentially, the proposed studies seek selective modulation of the target´s biological activity through the development of new bioactive molecules. The expression and purification protocols developed for Pfenolase have allowed us to obtain recombinant protein at suitable yield and purity for conducting screening assays, which has revealed five new chemical classes as Pfenolase inhibitors. Crystallization experiments were successfully conducted and 3D structure were determined for different complexes. Structural data was essential for performing the computational approach of virtual screening, which has allowed us to identify 31 inhibitor candidates for Pfenolase. Significant advances were obtained with TcGAPDH, highlighting the adaptations on recombinant protein protocol and kinetic assay. Assay-guided bioprospecting experiments were successfully performed with identification and characterization of isolated inhibitor (tiliroside). New crystallization conditions were identified and will be employed in future co-crystallization and soaking studies. Additionally, Kinecteasy, a computational tool, were developed for automated data processing of biological screening assays. The structure and medicinal chemistry studies presented here contribute significantly in the process of drug development for the selected enzymes.

Orientador: Ladaslav Sodek / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T23:56:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_Marcio_D.pdf: 1621644 bytes, checksum: 8286f523b3bd215cda289fe74ef3754c (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O papel do metabolismo do nitrogênio na sobrevivência de plantas noduladas de Lotus japonicus foi investigado durante períodos de alagamento. O acúmulo de alanina revelou ser um dos pontos críticos durante a hipoxia, uma vez que esse foi o único aminoácido cuja biossíntese não foi inibida pela deficiência de nitrogênio observada em plantas mutantes (leghemoglobina-RNAi). As alterações metabólicas induzidas durante o período de alagamento podem ser mais bem explicadas pela ativação do metabolismo da alanina em combinação com uma atividade parcial do ciclo de Krebs. O resultado final deste cenário metabólico resulta no acúmulo de alanina e succinato bem como na produção extra de ATP sob hipoxia. A importância do metabolismo da alanina também estaria relacionada com a capacidade de regular o nível de piruvato. Esta e todas as outras alterações são discutidas no contexto de modelos atuais sobre a regulação do metabolismo da planta / Abstract: The role of nitrogen metabolism in the survival of prolonged periods of waterlogging was investigated in highly flood-tolerant, nodulated Lotus japonicus plants. Alanine production revealed to be a critical hypoxic pathway being the only amino acid whose biosynthesis is not inhibited by N-deficiency resulting from RNAi silencing of nodular leghemoglobin. The metabolic changes which were induced following waterlogging can be best explained by the activation of alanine metabolism in combination with the modular operation of a split tricarboxylic acid (TCA) pathway. The sum result of this metabolic scenario is the accumulation of alanine and succinate and the production of extra ATP under hypoxia. The importance of alanine metabolism is discussed with respect to its ability to regulate the level of pyruvate, and this and all other changes are discussed in the context of current models concerning the regulation of plant metabolism / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Roger Frigério Castilho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T14:26:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ruas_JulianaSilveira_M.pdf: 1871713 bytes, checksum: a20e3cd08d0b770aed3b059541e382e3 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A maioria das células tumorais depende da glicólise para a ressíntese de ATP durante um processo de rápida proliferação, mesmo que haja disponibilidade de oxigênio para a transdução de energia mitocondrial (Efeito Warburg). O objetivo do presente estudo foi avaliar o papel do metabolismo oxidativo mitocondrial na proliferação de células de glioblastoma humano U-87MG e T98G. Quando as células foram cultivadas na presença de oligomicina (um inibidor da ATP sintase) ou antimicina A (um inibidor do complexo III da cadeia transportadora de elétrons), observou-se apenas uma inibição parcial da proliferação das células. Notadamente, a incubação dessas células com ambos os inibidores causou uma inibição quase completa na proliferação celular. Resultados semelhantes foram observados em cultura primária de astrócitos, havendo uma queda na proliferação celular somente quando ambos os inibidores mitocondriais estavam presentes. Medidas de consumo de oxigênio indicaram que células de glioblastoma utilizam parcialmente a fosforilação oxidativa para a ressíntese de ATP e apresentam uma respiração bem acoplada. Quando se inibiu, nestas células, a fosforilação oxidativa do ADP com oligomicina ou antimicina A, houve um pequeno aumento no consumo de glicose e na produção de lactato. No entanto, o tratamento com ambos os inibidores mitocondriais promoveu um menor consumo de glicose e produção de lactato, em comparação com os efeitos que a antimicina A promoveu. Isso indica que a cadeia transportadora de elétrons quando inibida pela presença de antimicina A, promove um funcionamento inverso da ATP sintase, promovendo a hidrólise de ATP para que haja um bombeamento de prótons para o espaço intermembranar mitocodrial. De acordo com os resultados acima descritos, uma queda quase completa do potencial de membrana mitocondrial foi observada apenas quando as células de glioblastoma foram incubadas na presença de ambos os inibidores mitocondriais, oligomicina e antimicina A. Quando a análise do ciclo celular foi realizada, observou-se uma diminuição da percentagem das células em G0-G1 e um aumento nas fases S e G2-M quando tratadas com oligomicina. Quando as células foram tratadas com antimicina A e oligomicina mais antimicina A foi constatado uma diminuição significativa nas fases G0-G1 e G2-M, e um aumento na fase S. Em conclusão, estes resultados indicam que a rápida proliferação de células de glioblastoma depende da existência do potencial de membrana mitocondrial, mas não da fosforilação oxidativa ou do transporte de elétrons na cadeia respiratória / Abstract: Most tumor cells rely on glycolysis for ATP resynthesis during rapid proliferation, despite the availability saturating levels of oxygen for mitochondrial energy transduction (Warburg effect). The aim of the present study was to evaluate the role of mitochondrial oxidative metabolism on proliferation of human glioblastoma cells U-87MG and T98G. When cells were cultured in the presence of oligomycin (ATP synthase inhibitor) or antimycin A (inhibitor of complex III of the electron transport chain), we observed only a partial inhibition of cell proliferation. Remarkably, incubation of cells with both inhibitors caused an almost complete inhibition of cell proliferation. Similar results were observed in primary culture of astrocytes, with a decrease in cell proliferation only when both mitochondrial inhibitors were present. Oxygen consumption measurements indicated that glioma cells partially rely on oxidative phosphorylation for ATP turnover and exhibit a well-coupled respiration. In fact, shutting down mitochondrial ADP phosphorylation in these glioma cells with either oligomycin or antimycin inhibitors slightly increased glucose consumption and lactate release. However, the treatment with both mitochondrial inhibitors promoted lower glucose consumption and lactate release as compared with the effects of antimycin alone, which indicates that ATP synthase is operating reversely and thus hydrolyzing ATP and pumping H+ out when the respiratory chain is inhibited by antimycin. In agreement, an almost complete collapse of mitochondrial membrane potential was only observed when the glioma cells were incubated in the presence of both antimycin and oligomycin, but not of only antimycin. When cell cycle analyses were performed in oligomycin-treated cells, a decrease in the percentage of cells in G0-G1 phase and an increase in S and G2-M phases were observed. When cells were treated with antimycin A or oligomycin plus antimycin A, it was observed a significant decrease in G0-G1 and G2-M cell phases and an increase in S phase. Overall, our results suggest that the rapid proliferation of glioblastoma cells is dependent on the mitochondrial membrane potential, but not on oxidative phosphorylation or electron transport in the respiratory chain / Mestrado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Mestra em Ciências

O gênero Eucalyptus é uma das principais espécies arbóreas comercialmente plantadas em todo o mundo. Apresenta inúmeras características favoráveis para a produção e comercialização de sua madeira, tais como o rápido crescimento, rotação de ciclo curto e produção de biomassa renovável, com potencial para geração de biocombustível. Apesar de sua grande importância econômica, pouco é conhecido sobre os processos moleculares que envolvem a formação da madeira e casca, principalmente no que diz respeito ao metabolismo primário. Ademais, não se têm muitas informações sobre mudanças moleculares que ocorrem durante a formação desses tecidos em resposta a variações sazonais. Sabe-se que a região cambial das árvores apresenta maior atividade metabólica durante o verão, quando comparada ao inverno. Deste modo, visando compreender mudanças dinâmicas ao nível transcricional, protéico e metabólico, principalmente em relação ao metabolismo primário, o presente trabalho teve por objetivo comparar os tecidos da região cambial e casca, coletados em diferentes períodos climáticos (verão e inverno). A expressão do padrão transcricional foi analisada por PCR em tempo real, seguido de normalização e análise estatística, usando os programas NormFinder e Rest, respectivamente. O perfil protéico foi obtido por eletroforese bidimensional (2D-PAGE), seguido de análise por espectrometria de massas associada a cromatografia líquida (LC-MS/MS) e posterior identificação das proteínas pelo programa Mascot Daemon. Já o perfil metabólico foi obtido por espectrometria de massas associada à cromatografia gasosa (GC/MS), com posterior análise dos picos identificados pelo programa MatLab. Em seguida, as análises estatísticas foram geradas pelo programa SIMCA P+ e \"R\". Para os transcritos, foi possível observar tanto para a região cambial quanto para a casca padrão diferencial na expressão dos genes analisados, principalmente aqueles atuantes na glicólise, durante os dois períodos sazonais. Quanto ao perfil protéico, foram identificadas um total de 77 e 75 proteínas estatisticamente significativas na região cambial e casca, respectivamente. Proteínas pertencentes ao metabolismo primário foram identificadas em ambos os tecidos. Metabólitos relacionados ao metabolismo de açúcares também foram encontrados. / Eucalyptus genus is the most widely planted hardwood crop in the world because of its superior growth, broad adaptability and multipurpose wood properties. In today\'s \"new carbon economy\", eucalypts are receiving attention as fast-growing, short-rotation, renewable biomass crop for energy production. In spite of its economical importance, little information is available about the molecular changes that occur in primary metabolism in the wood and bark forming tissues. Furthermore, there is less information about molecular changes that occur during wood and bark formation in response to seasonal variation. It\'s known that Eucalyptus cambial region presents higher metabolic activity in summer than in winter. Thus, in order to observe the dynamic changes in transcript, protein and metabolite levels, mainly related to primary metabolism, we compared cambial tissue and bark collected in two different seasons (summer high temp + high rainfall) and winter (lower temp and little rainfall). Transcript expression patterns were analyzed by Real-Time PCR, normalization chosen by NormFinder and statistical analysis carried out using REST. The protein profile was obtained by bidimensional electrophoresis (2D-PAGE) followed by liquid chromatography associated with mass spectrometry (LC-MS/MS) and analyzed by Mascot Daemon. Metabolite profile was obtained by GC-TOF/MS, peaks were analyzed in MatLab and statistical analyses were done using SIMCA and \"R\". The results obtained with transcripts indicate differential gene expression in the cambial region and bark during summer and winter. A total of 77 and 75 proteins in cambium and bark, respectively, presented statistically significant alterations and were identified and classified into functional categories. We identified many proteins from primary metabolism. Metabolites from carbohydrate metabolism were also identified.

O gênero Eucalyptus é uma das principais espécies arbóreas comercialmente plantadas em todo o mundo. Apresenta inúmeras características favoráveis para a produção e comercialização de sua madeira, tais como o rápido crescimento, rotação de ciclo curto e produção de biomassa renovável, com potencial para geração de biocombustível. Apesar de sua grande importância econômica, pouco é conhecido sobre os processos moleculares que envolvem a formação da madeira e casca, principalmente no que diz respeito ao metabolismo primário. Ademais, não se têm muitas informações sobre mudanças moleculares que ocorrem durante a formação desses tecidos em resposta a variações sazonais. Sabe-se que a região cambial das árvores apresenta maior atividade metabólica durante o verão, quando comparada ao inverno. Deste modo, visando compreender mudanças dinâmicas ao nível transcricional, protéico e metabólico, principalmente em relação ao metabolismo primário, o presente trabalho teve por objetivo comparar os tecidos da região cambial e casca, coletados em diferentes períodos climáticos (verão e inverno). A expressão do padrão transcricional foi analisada por PCR em tempo real, seguido de normalização e análise estatística, usando os programas NormFinder e Rest, respectivamente. O perfil protéico foi obtido por eletroforese bidimensional (2D-PAGE), seguido de análise por espectrometria de massas associada a cromatografia líquida (LC-MS/MS) e posterior identificação das proteínas pelo programa Mascot Daemon. Já o perfil metabólico foi obtido por espectrometria de massas associada à cromatografia gasosa (GC/MS), com posterior análise dos picos identificados pelo programa MatLab. Em seguida, as análises estatísticas foram geradas pelo programa SIMCA P+ e \"R\". Para os transcritos, foi possível observar tanto para a região cambial quanto para a casca padrão diferencial na expressão dos genes analisados, principalmente aqueles atuantes na glicólise, durante os dois períodos sazonais. Quanto ao perfil protéico, foram identificadas um total de 77 e 75 proteínas estatisticamente significativas na região cambial e casca, respectivamente. Proteínas pertencentes ao metabolismo primário foram identificadas em ambos os tecidos. Metabólitos relacionados ao metabolismo de açúcares também foram encontrados. / Eucalyptus genus is the most widely planted hardwood crop in the world because of its superior growth, broad adaptability and multipurpose wood properties. In today\'s \"new carbon economy\", eucalypts are receiving attention as fast-growing, short-rotation, renewable biomass crop for energy production. In spite of its economical importance, little information is available about the molecular changes that occur in primary metabolism in the wood and bark forming tissues. Furthermore, there is less information about molecular changes that occur during wood and bark formation in response to seasonal variation. It\'s known that Eucalyptus cambial region presents higher metabolic activity in summer than in winter. Thus, in order to observe the dynamic changes in transcript, protein and metabolite levels, mainly related to primary metabolism, we compared cambial tissue and bark collected in two different seasons (summer high temp + high rainfall) and winter (lower temp and little rainfall). Transcript expression patterns were analyzed by Real-Time PCR, normalization chosen by NormFinder and statistical analysis carried out using REST. The protein profile was obtained by bidimensional electrophoresis (2D-PAGE) followed by liquid chromatography associated with mass spectrometry (LC-MS/MS) and analyzed by Mascot Daemon. Metabolite profile was obtained by GC-TOF/MS, peaks were analyzed in MatLab and statistical analyses were done using SIMCA and \"R\". The results obtained with transcripts indicate differential gene expression in the cambial region and bark during summer and winter. A total of 77 and 75 proteins in cambium and bark, respectively, presented statistically significant alterations and were identified and classified into functional categories. We identified many proteins from primary metabolism. Metabolites from carbohydrate metabolism were also identified.