La présence humaine sur terre est responsable de la production et du déversement de nombreuses substances, dont certaines toxiques, dans l'environnement; il s'agit là d'un fait reconnu. Que ce soit en milieu naturel ou anthropique, ces contaminants y sont retrouvés et la faune les fréquentant est donc exposée à un cocktail de contaminants pouvant mener à l'apparition d'effets néfastes observables ou non. Parmi les contaminants présents dans ces environnements, les retardateurs de flamme (FR) de type halogéné sont d'intérêt puisque plusieurs effets toxiques leur sont attribuables. Parmi ceux-ci, certains, comme leur potentiel de perturbateurs endocriniens (axes thyroïdien et gonadique), peuvent mener à des effets au niveau du tissu osseux. Comme il est connu que le métabolisme de ce tissu est régulé de façon très précise par certaines hormones (calcitonine, parathormone, hormones thyroïdiennes) et molécules (interleukines, « macrophage colony-stimulating factor » (M-CSF), vitamine D), il est donc possible que la structure ou la qualité de ce tissu en soit affectée, ce qui pourrait causer certains désavantages aux individus plus grandement atteints. Dans le cadre de cette étude, nous avons examiné les effets de l'exposition aux retardateurs de flamme halogénés sur le métabolisme osseux du goéland à bec cerclé (Larus delawarensis) nichant à proximité de la ville de Montréal (île Deslauriers). La proximité avec le centre urbain qu'est Montréal est grandement responsable de l'exposition des individus y nichant. En effet, ceux-ci consommant de grandes quantités de nourriture d'origine anthropique, ils se retrouvent donc fortement exposés aux FRs en fréquentant les lieux où ce type de nourriture est retrouvé (sites d'enfouissement technique et centres urbains). De plus, cette île est située dans le panache de l'effluent de la communauté urbaine de Montréal, ce qui peut aussi contribuer à l'exposition élevée de ces individus. Cette espèce étant considérée comme bio-indicatrice de ce milieu, les résultats obtenus pourront potentiellement être étendus à d'autres espèces qui pourraient voir leur santé affectée. Les contaminants ont été extraits des tissus sélectionnés (foie et plasma) et quantifiés par chromatographie en phase gazeuse couplée à un spectromètre de masse (GC/MS). Les marqueurs biochimiques, le calcium (Ca2+) et le phosphate inorganique (PO4-) circulants ainsi que l'activité de la phosphatase alcaline, ont été mesurés à l'aide d'ensembles de colorimétrie disponibles sur le marché. Pour ce qui est des marqueurs physiques, ceux-ci ont été évalués à partir d'images obtenues par microtomographie qui ont été analysées pour permettre le calcul et l'estimation de certains paramètres du tissu osseux. Des associations négatives entre la densité minérale osseuse (corticale et trabéculaire) ainsi que le niveau de certains contaminants (ex.: BDE-154, -183, -201, -209) dans le foie ou le plasma et des associations négatives entre la BMD (corticale et trabéculaire) et la Bv/Tv (trabéculaire) et le niveau de calcium circulant ont été observées. Ces résultats nous permettent de croire que les polluants à l'étude pourraient avoir un effet, direct ou indirect, sur le métabolisme osseux du goéland à bec cerclé, et donc que le tissu osseux de ces individus serait une cible potentielle pour ces composés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : retardateurs de flamme halogénés, polybromodiphényléthers, densité minérale osseuse, calcium, phoshate, goéland à bec cerclé

Le goéland leucophée endémique dans la région méditerranéenne française. Son mycobiote intestinal n'a jamais été étudié. Ce travail visait à décrire le rôle de ces oiseaux comme réservoir et disséminateur de champignons pathogènes pour l’homme. Nous avons collecté 177 guano de goélands dans cinq sites sur le littoral méditerranéen français; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipels. Nous avons identifié dix-sept espèces de levure; les plus fréquentes étant Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata et C. albicans. On notait d’une part une augmentation de la fréquence des espèces anthropiques de levures C. glabrata et C. albicans avec l’anthropisation des biotopes des colonies de goélands dont d’isolats résistants aux antifongiques. Nous avons analysé les communautés de champignons filamenteux aérocontaminants isolés à partir des mêmes échantillons. Nous avons identifié 16 genres de champignons filamenteux. la faible diversité et abondance de champignons filamenteux dans les zones urbaines par rapport aux suburbains ou à un environnement peu affecté par l'anthropisation et l’association claire entre certaines espèces fongiques et des environnements particuliers. nous avons analysé la génétique des populations de la levure C. glabrata. Nous avons typé par MLVA, 111 isolats de goélands et 79 isolats collectés chez des patients des hôpitaux de Nîmes, Montpellier et Marseille. Nous avons observé une diversité génétique similaire entre les populations de C. glabrata isolées chez le goéland ou chez l’homme. Les isolats de C. glabrata résistants au fluconazole se distribuaient uniformément dans les deux populations. / The yellow-legged gull is endemic in the French Mediterranean area. Their gut mycobiota has never been studied. This work aimed to describe their role in the spreading of potentially human pathogenic fungi with antifungal resistance. Therefore, we sampled 177 yellow-legged gull’s faecal samples in five sites along the Mediterranean littoral South of France; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipelagos. We identified seventeen yeast species; the most frequent were Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata, C. albicans and Saccharomyces cerevisiae. The frequency of the anthropic yeast species C. glabrata and C. albicans increased with the synanthropy of the gull’s colonies and antifungal resistance was found in each of the five most frequent yeast species. We further analyzed the airborne filamentous fungi species isolated from the same sample cultures. We identified 35 filamentous fungi species in 16 genera including 35 species. Both fungal diversity and abundance were low in urban area when compared to suburban ecocline or environments that were little affected by anthropogenic impact and particular fungal species were clearly associated with distinct environments. Finally, we analyzed the population genetic of the human pathogenic yeast C. glabrata, which were isolated from gulls (111 isolates) and from patients (79 isolates) in Nimes, Montpellier and Marseille hospitals, via MLVA analysis. We found that the C. glabrata populations isolated from gulls or humans shared a similar genetic diversity. Antifungal-resistant C. glabrata isolates were evenly distributed in both gull and human populations.

L'émergence des zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'Homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Sur l'ensemble des zoonoses émergentes chez l'Homme, la majorité provient d'animaux sauvages. L'étude du rôle de la faune sauvage dans la circulation des agents pathogènes est donc cruciale en particulier quand les interfaces faune sauvage/Homme sont fortes. L'objectif de cette thèse a été de comprendre par des approches éco-épidémiologiques à large échelle, la circulation d'agents pathogènes dans les populations d'un oiseau sauvage en contact étroit avec l'Homme, le goéland leucophée (Larus michahellis). Le premier chapitre présente les différentes méthodes utilisées dans la surveillance d'agents pathogènes ainsi que leurs limites lorsqu'elles sont menées en populations naturelles. Ce chapitre met en évidence au travers d'une étude portant sur les virus influenza aviaires, que la quantification des anticorps maternels dans les œufs est un outil efficace. Le second chapitre consiste à élargir l'échelle spatiale de l'étude afin de mettre en évidence plus finement les facteurs éco-épidémiologiques influençant la transmission des virus influenza aviaires dans et entre les populations de goéland leucophée de l'ouest méditerranéen. Enfin, le dernier chapitre repose sur la comparaison des patrons d'expositions obtenus pour des agents pathogènes au mode de transmission vectoriel : les flavivirus. Cette thèse permet de mettre en évidence les patrons d'exposition de certains agents pathogènes (virus influenza aviaire et flavivirus) et d'appréhender les facteurs éco-épidémiologiques potentiellement impliqués dans leurs circulations. Les résultats permettent d'envisager de futurs axes de recherches, nécessaires pour évaluer plus précisément la dispersion de ces virus en Méditerranée. / The emergence of zoonotic diseases is directly linked to the noise generated by humans on the natural environment to a greater or lesser extent. Of all the emerging zoonoses in humans, the majority comes from wild animals. The study of the role of wildlife in the circulation of pathogens is crucial, especially when wildlife/human interfaces are prominent. The aim of this thesis is to understand, using large scale eco-epidemiological approaches, the circulation of pathogens in a close to human population of wild bird, the yellow-legged gull (Larus michahellis). The first chapter presents the different methods used in the monitoring of pathogens and their limitations when they are conducted in natural populations. This chapter further highlights, through a study of avian influenza viruses, that the quantification of maternal antibodies in eggs is an effective tool. The second chapter expands the spatial scale of the study to highlight the finer eco-epidemiological factors influencing the transmission of avian influenza viruses within and between populations of Western Mediterranean yellow-legged gull. Finally, the last chapter is based on the comparison of exposition patterns obtained for vectorial transmission mode pathogens: flaviviruses. This thesis highlights patterns of exposure for certain pathogens (avian influenza virus and flaviviruses) and enables the understanding of the eco-epidemiological factors potentially involved in their circulations. The results allow to consider future areas of research needed to more accurately assess the dispersion of these viruses over the Mediterranean.

La nidification urbaine des goélands est un phénomène récent et potentiellement conflictuel. A Marseille, la focalisation sur la gestion des déchets urbains pour expliquer ce phénomène élude la question du potentiel rôle actif des goélands. Les approches disciplinaires ayant des difficultés à rendre compte de la complexité des relations entre hommes et animaux, cette recherche adopte une approche interdisciplinaire et symétrisante impliquant à la fois observation des goélands, recueil des discours et pratiques des acteurs humains, et analyse de leurs relations dans la diachronie via l'étude d'archives. L'ensemble de nos résultats montre que la nidification urbaine des goélands s'inscrit dans un long processus qui n'est pas uniquement lié à la gestion des déchets urbains. Les propriétés interactives du goéland y tiennent un rôle non négligeable. Il s'affirme ainsi comme un acteur de la relation, capable d'ajuster ses comportements à ceux des humains et de défendre ses intérêts. Les comportements du goéland, à la fois oiseau sauvage qui interagit avec l'humain et voisin envahissant, sont de plus considérés par de nombreux habitants comme surprenants et intéressants, mais aussi ambigus, voire inciviques. L'analyse de cette forme nouvelle de cohabitation entre hommes et goélands montre la nécessité de donner une nouvelle place analytique à l'animal. Elle encourage l'étude des liens entre hommes et animaux dans leur contexte social, écologique et historique pour en saisir le caractère interactif et dynamique. Enfin, elle donne à penser la protection de la nature non plus seulement en termes de biens mais aussi et surtout en termes de liens.