Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T11:33:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Igor K. C. Lobo.pdf: 3889233 bytes, checksum: 90f8aeeb9144c0133ea8b9fbfc42611c (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T11:33:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Igor K. C. Lobo.pdf: 3889233 bytes, checksum: 90f8aeeb9144c0133ea8b9fbfc42611c (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-03T11:34:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Igor K. C. Lobo.pdf: 3889233 bytes, checksum: 90f8aeeb9144c0133ea8b9fbfc42611c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-03T11:34:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Igor K. C. Lobo.pdf: 3889233 bytes, checksum: 90f8aeeb9144c0133ea8b9fbfc42611c (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Guarana from Amazonia is much appreciated for its medicinal and energizing properties, and the Amazonas state is the second national contribution in production. However, this production has been affected by a major disease of culture: the overbudding, whose causal agent is the fungus Fusarium decemcellulare. The symptoms of the disease are overbudding, hyperplasia and hypertrophy floral and stem galls. In other studies, the development of symptoms similar to those overbudding’s symptoms is associated to production, or modulation, of auxin hormone by the pathogen. Thus, this study aimed identify genes from biosynthesis pathways of auxin hormone in Fusarium decemcellulare and analyze differences between transcriptomic profiles of homothallic and heterothallic individuals. Twelve libraries were sequenced referring to six biological replicates (three homothallic individuals and three heterothallic individuals) for each growth condition: BD and MS media. Quality control of reads was carried out by Trimmomatic-0.33, FastQC and SortMeRNA softwares. Mapping reads to reference genome was done with TopHat2 software and the transcriptome assembly in each condition, as well as differential expression, were performed using the Cufflinks package (Cufflinks, Cuffmerge and Cuffdiff). Functional annotation of transcripts was performed by KEGG Automatic Annotation Server (KAAS) and Blast2GO. To verify the ability to synthesize auxin, FDC200 and CML2241 were grown in MS medium, which was then analyzed by ultra performance liquid chromatography. Genes from two putative auxin biosynthesis pathway were identified at genomic and transcriptomic levels: the indole-acetaldehyde pathway, its deviation and the tryptamine pathway. The expression of these genes was detected in both individuals, heterothallic and homothallic. A gene from a putative aminocyclopropane (ACC) deaminase also has been identified at genomic and transcriptomic levels, which is responsible for degrading the precursor of hormone ethylene, ACC. Furthermore, the auxin hormone was detected in the MS medium, where FDC200 and CML2241 were grown, confirming biosynthesis of IAA (indole-3-acetic acid) by the fungus. Therefore, the data obtained suggest the use of auxin biosynthesis and blocking of plant ethylene production by Fusarium decemcellulare to evade the host defense system, and the symptoms of overbudding in guarana plant would be a consequence of hormonal imbalance caused by the fungus. / O guaraná da Amazônia é muito apreciado por suas propriedades medicinais e energéticas, sendo o Amazonas a segunda contribuição nacional na produção. Esta produção, entretanto, acaba sendo afetada por uma das principais doenças da cultura: o superbrotamento, que tem como agente causal o fungo Fusarium decemcellulare. Os sintomas da doença são: o superbrotamento de gemas, a hiperplasia e hipertrofia floral e as galhas do caule. Em diversos estudos, associa-se sintomas semelhantes aos do superbrotamento a uma produção, ou ainda modulação, do hormônio auxina por parte do patógeno. Assim, o objetivo deste trabalho foi de identificar genes de vias de síntese do hormônio auxina em Fusarium decemcellulare e analisar diferenças entre perfis transcriptômicos de isolados homotálicos e heterotálicos. Foram sequenciadas 12 bibliotecas, referentes a seis réplicas biológicas (três isolados homotálicos e três isolados heterotálicos de F. decemcellulare) para cada condição de crescimento: meios BD e MS. O controle de qualidade das reads foi realizado pelos softwares Trimmomatic-0.33, FastQC e SortMeRNA. O mapeamento de reads no genoma de referência foi realizado com o software TopHat2 e a montagem do transcriptoma final em cada condição, bem como o cálculo de expressão diferencial, foram realizados através do pacote Cufflinks (Cufflinks, Cuffmerge e Cuffdiff). A anotação funcional dos transcritos foi realizada através das ferramentas KEGG Automatic Annotation Server (KAAS) e Blast2GO. Para verificar a habilidade de F. decemcellulare em sintetizar auxina, os isolados FDC200 e CML 2241 foram crescidos em meio MS, o qual foi posteriormente analisado por meio de cromatografia líquida de ultra performance. Foram identificados, a nível genômico e transcriptômico, duas putativas vias de síntese do hormônio auxina: a via do indol-acetaldeído, mais o desvio desta via, além da via da triptamina. A expressão destes genes foi detectada tanto em indivíduos heterotálicos, quanto em homotálicos. Foi identificado ainda, também a nível genômico e transcriptômico, um gene de uma putativa aminociclopropano (ACC) deaminase, responsável por degradar o precursor do hormônio etileno, o ACC. Além disso, o hormônio auxina foi detectado no meio de cultura MS, onde foram crescidos os isolados FDC200 e CML2241, confirmando biossíntese por parte do fungo. Os dados aqui obtidos sugerem, portanto, que Fusarium decemcellulare estaria se utilizando da síntese de auxina e bloqueio da produção de etileno da planta para burlar o sistema de defesa da hospedeira, sendo os sintomas do superbrotamento em guaranazeiro uma consequência do desequilíbrio hormonal causado pelo fungo.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T13:58:37Z No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T13:58:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T13:58:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-06-26 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The production of guarana in the Amazon region faces unfavorable phytosanitary conditions due to the presence of anthracnose, a disease caused by Colletotrichum spp. Taking into account the existing dynamics in plant-microorganism interaction took place this study to identify and verify the wealth and bacterial diversity associated with the rhizosphere of guarana with and without symptoms of antracnose. April 2011 were collected at the Fazenda da AMBEV located in Maués-AM district, guarana the rhizospheres with and without symptoms of antracnose. To extraction of genomic total DNA of bacteria uncultured present in the rhizosphere of guarana with symptoms of the disease and asymptomatic. The bacteria were identified by sequencing the 16S rDNA gene using as molecular tool the pyrosequencing and bioinformatics resources. The results indicate that the rhizosphere Sound guarana is richer and diverse in relation to the patient guarana. The predominant Filo was the Bacteroidetes in both physiological conditions of guarana, followed by Proteobacteria, Actinobacteria and Acidobactérias. The predominant genera accessed in the rhizosphere of the patient guarana were Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium and healthy plants were represented by Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas and Rhodoplanes.Os common genres will rhizosphere of sick and healthy guarana were represented by Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella and Acidothermus.The presence of Colletotrichum spp appears to influence the composition of the microbiota rhizosphere of guarana. / A produção do guaraná na Região Amazônica enfrenta condições fitossanitárias desfavoráveis devido à presença da antracnose, uma doença causada pelo fungo Colletotrichum spp. Levando em consideração a dinâmica existente na interação planta-microrganismos realizou-se este estudo para identificar e verificar a riqueza e diversidade bacteriana associada à rizosfera de guaranazeiros com e sem sintomas da antracnose.Em Abril de 2011, foram coletadas na Fazenda da AMBEV, localizada no município de Maués-AM, rizosferas do guaranazeiro com e sem sintomas da antracnose. Realizou-se a extração do DNA genômico total das bactérias não cultiváveis presentes na rizosfera do guaranazeiro que apresentavam sintomas da doença e das assintomáticas.As bactérias foram identificadas por meio do sequenciamento do gene 16S rDNA utilizando-se como ferramenta molecular o pirosequenciamento e os recursos da bioinformática. Os resultados obtidos indicam que a rizosfera do guaranazeiro sadio é mais rica e diversa em relação ao guaranazeiro doente.O Filo predominante foi o Bacteroidetes nas duas condições fisiológicas do guaranazeiro, seguido das Proteobactérias, Acidobactérias e Actinobactérias. Os gêneros predominantes acessados na rizosfera do guaranazeiro doente foram as Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium e em plantas sadias foram representados pelos Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas e Rhodoplanes.Os gêneros comuns á rizosfera do guaranazeiro doente e sadio foram representadas pelas Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella e Acidothermus. A presença do fungo Colletotrichum spp parece influenciar na composição da microbiota da rizosfera do guaranazeiro.

Os fungos endofíticos constituem uma fonte promissora para descoberta de novos compostos ativos de interesse biotecnológico. Nas últimas décadas, os fungos endofíticos têm recebido atenção no meio científico devido aos compostos que produzem, com estruturas únicas e atividades biológicas de relevância em diversas áreas, inclusive agronômica. Um dos maiores problemas nesta área são as doenças causadas por fungos fitopatogênicos que acometem as culturas. Dentre elas, a antracnose é uma das principais doenças que atinge diversas culturas no Brasil, gerando grandes perdas agrícolas, principalmente as culturas do morango, guaraná e citrus, causadas por fungos do gênero Colletotrichum. Esse trabalho teve como objetivo investigar extratos de linhagens dos fungos endofíticos Fusarium e Penicillium, isolados de folhas do guaranazeiro, com atividade à fitopatógenos do gênero Colletotrichum isolados das culturas de guaraná, morango e citrus. Para tanto foi realizado uma triagem inicial de duas linhagens de fungos, dentre nove, por ensaios biológicos in vitro de cultivo pareado na atividade antifúngica aos três fitopatógenos. As duas linhagens selecionadas, apresentaram os maiores índices de antagonismo contra os três fitopatógenos e foram identificadas como Fusarium sp e Penicillum pinophilum. Os extratos e as frações semipurificadas se mostraram com grande potencial na inibição do crescimento do fitopatógeno do gênero Colletotrichum, causador da antracnose, que provoca grandes perdas nas culturas de importância econômica do Brasil. / Endophitic fungi are a promising source for discovery of new active compounds of biotechnological interest. In recent decades, endophytic fungi have received attention in the scientific community because of compounds they produce, with unique structures and biological activities of relevance in several areas, including agronomy. One of the greatest problems in this is diseases caused by phytopathogenic fungi that affect the crops. Among them, anthracnose is a major disease that affects several crops in Brazil, generating large agricultural losses, especially strawberry crops, guarana and citrus caused by fungi of the genus Colletotrichum. This study investigated endophytic fungi strains of Fusarium and Penicillium extracts isolated from guarana leaves, with activity to phytopathogens of the genus Colletotrichum isolated from guarana crops, strawberry and citrus. For that, it was conducted an initial screening of two strains of fungi, among nine, using in vitro biological assays of cultivation paired in antifungal activity to the three pathogens. The two strains selected had the highest rates of antagonism against the three phytopathogens and were identified as Fusarium sp and Penicillium pinophilum. Extracts and semi-purified fractions were shown with great potential to inhibit pathogen growth of the genus Colletotrichum, which causes anthracnose and, thus, great losses to crops of economic importance in Brazil.

Os fungos endofíticos constituem uma fonte promissora para descoberta de novos compostos ativos de interesse biotecnológico. Nas últimas décadas, os fungos endofíticos têm recebido atenção no meio científico devido aos compostos que produzem, com estruturas únicas e atividades biológicas de relevância em diversas áreas, inclusive agronômica. Um dos maiores problemas nesta área são as doenças causadas por fungos fitopatogênicos que acometem as culturas. Dentre elas, a antracnose é uma das principais doenças que atinge diversas culturas no Brasil, gerando grandes perdas agrícolas, principalmente as culturas do morango, guaraná e citrus, causadas por fungos do gênero Colletotrichum. Esse trabalho teve como objetivo investigar extratos de linhagens dos fungos endofíticos Fusarium e Penicillium, isolados de folhas do guaranazeiro, com atividade à fitopatógenos do gênero Colletotrichum isolados das culturas de guaraná, morango e citrus. Para tanto foi realizado uma triagem inicial de duas linhagens de fungos, dentre nove, por ensaios biológicos in vitro de cultivo pareado na atividade antifúngica aos três fitopatógenos. As duas linhagens selecionadas, apresentaram os maiores índices de antagonismo contra os três fitopatógenos e foram identificadas como Fusarium sp e Penicillum pinophilum. Os extratos e as frações semipurificadas se mostraram com grande potencial na inibição do crescimento do fitopatógeno do gênero Colletotrichum, causador da antracnose, que provoca grandes perdas nas culturas de importância econômica do Brasil. / Endophitic fungi are a promising source for discovery of new active compounds of biotechnological interest. In recent decades, endophytic fungi have received attention in the scientific community because of compounds they produce, with unique structures and biological activities of relevance in several areas, including agronomy. One of the greatest problems in this is diseases caused by phytopathogenic fungi that affect the crops. Among them, anthracnose is a major disease that affects several crops in Brazil, generating large agricultural losses, especially strawberry crops, guarana and citrus caused by fungi of the genus Colletotrichum. This study investigated endophytic fungi strains of Fusarium and Penicillium extracts isolated from guarana leaves, with activity to phytopathogens of the genus Colletotrichum isolated from guarana crops, strawberry and citrus. For that, it was conducted an initial screening of two strains of fungi, among nine, using in vitro biological assays of cultivation paired in antifungal activity to the three pathogens. The two strains selected had the highest rates of antagonism against the three phytopathogens and were identified as Fusarium sp and Penicillium pinophilum. Extracts and semi-purified fractions were shown with great potential to inhibit pathogen growth of the genus Colletotrichum, which causes anthracnose and, thus, great losses to crops of economic importance in Brazil.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-23T14:58:19Z No. of bitstreams: 1 Tese - Marcely C. A. Silva.pdf: 2249758 bytes, checksum: 999de4ddf49880ac3079a439f26c357a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-23T14:58:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Marcely C. A. Silva.pdf: 2249758 bytes, checksum: 999de4ddf49880ac3079a439f26c357a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-23T14:58:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Marcely C. A. Silva.pdf: 2249758 bytes, checksum: 999de4ddf49880ac3079a439f26c357a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T14:58:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Marcely C. A. Silva.pdf: 2249758 bytes, checksum: 999de4ddf49880ac3079a439f26c357a (MD5) Previous issue date: 2016-03-10 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Paullinia cupana (guarana) is a tropical plant originated from the forest of the Brazilian Amazon. However, guarana production has been declining in the state of Amazonas, in comparison with the production of the State of Bahia. The main limiting factor of production and expansion in the state of Amazonas is anthracnose, caused by Colletotrichum guaranicola, which is considered the most serious disease of guarana culture. This study aimed to characterize the isolates of C. guaranicola pathogenic and endophytic, from guarana, considering cultural, morphological, molecular, enzymatic and histological aspects, in order to determine differences between pathogenic and endophytic. In the present work, 9 endophytic and 14 pathogenic isolated from C. guaranicola were obtained through indirect isolation of healthy leaves and guarana anthracnose symptoms. The isolates were characterized by morphological and cultural characteristics. The molecular identification involved PCR analysis using primers GACA4, GTG5 and M13. The enzyme activity, the following enzymes were tested: lipase, amylase, protease, polyphenoloxidase, cellulase and pectinase. The pathogenicity test was conducted in order to select one isolated pathogenic and one isolated endophytic for analysis of the pre-penetration process and colonization of the pathogen in the tissues of susceptible leaves (clone 300) of guarana. About the Morphocultura characterization, pathogenic and endophytic isolates presented great variability. The color of the colony and size of conidia differed between endophytes and pathogens. It was not possible to make a correlation with Morphocultural and molecular analysis with pathogenic and endophytic isolates. Genotyping confirmed that all isolates belong to the genus Colletotrichum, however, it was not possible to identify the isolated species level to the genre. There was no difference between the enzyme and endophytic pathogens, it is not possible to find correspondence with the infection process in guarana leaves. The period of 48 hours after inoculation allowed to verify 100% germination and appressorium formation in the isolated pathogenic, in addition to colonization in tissues of the plant, by contrast to the endophyte which showed lower percentages for germination and formation of appressoria, and it was not observed colonizing tissues 48 hours after inoculation. / Paullinia cupana (guaranazeiro), é uma planta tropical que se originou a partir da floresta da Amazônia brasileira. No entanto, a produção de guaraná tem vindo a diminuir no Estado do Amazonas, quando comparado com a produção do Estado da Bahia. O principal fator limitante da produção e expansão no Estado do Amazonas é a antracnose, causada por Colletotrichum guaranicola, que é considerada a doença mais grave da cultura do guaraná. Este trabalho teve como objetivo caracterizar os isolados de C. guaranicola patogênicos e endofíticos, provenientes de guaranazeiro, quanto aos aspectos culturais, morfológicos, molecular, enzimático e histológico, visando determinar diferenças entre o patogênico e o endofítico. Neste trabalho, nove isolados endofíticos e quartoze isolados patogênicos de C. guaranicola foram obtidos através do isolamento indireto de folhas de guaranazeiro sadias e com sintomas de antracnose. Os isolados foram caracterizados por meio das características morfológicas e culturais. A identificação molecular compreendeu a análise de PCR utilizando os primers GACA4, GTG5 e M13. Quanto a atividade enzimática, foram testadas as seguintes enzimas: lipase, amilase, protease, polifenol-oxidase, celulase e pectinase. Foi realizado o teste de patogenicidade com a finalidade de selecionar um isolado patogênico e um isolado endofítico para análise do processo de pré-penetração e colonização do patógeno nos tecidos das folhas suscetíveis (clone 300) de guaranazeiro. Quanto à caracterização morfocultural, os isolados patogênicos e endofíticos apresentaram alta variabilidade. A coloração da colônia e tamanho dos conídios diferenciou entre os endofíticos e os patógenos. Não foi possível fazer uma correlação com as análises morfocultural e molecular com os isolados patogênicos e endofíticos. A genotipagem permitiu confirmar que todos os isolados pertencem ao gênero Colletotrichum, entretanto, não permitiu identificar os isolados a nível de espécie para o gênero. Não houve diferença enzimática entre os endofíticos e patogênicos, não sendo possível encontrar correspondência com o processo de infecção nas folhas de guaranazeiro. O período de 48 horas após inoculação permitiu verificar 100% de germinação e formação de apressórios no isolado patogênico, além da colonização nos tecidos da planta, ao contrário do endofitico que apresentou porcentagens inferiores quanto a germinação e formação de apressórios, e não foi observado colonização dos tecidos 48 horas após inoculação.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T15:13:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Bruna Nogueira Leite.pdf: 414736 bytes, checksum: e14ea22899b007b147b3040ccb1c2414 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T15:13:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Bruna Nogueira Leite.pdf: 414736 bytes, checksum: e14ea22899b007b147b3040ccb1c2414 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T15:13:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Bruna Nogueira Leite.pdf: 414736 bytes, checksum: e14ea22899b007b147b3040ccb1c2414 (MD5) Previous issue date: 2017-03-08 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In many crops, the underdoses of herbicides deposited in a drift culture, are suspected of altering their photosynthetic mechanisms. Due to the need of weed management in guarana crop, this work aims to evaluate the effect of low doses of the herbicide glyphosate in the photosynthetic apparatus guaranazeiro seeddlings. Seedlings of the cultivars BRS-Andirá and BRS-Maués were submitted to underdoses of 0; 324 g and 432 g of the recommended glyphosate. These effects were evaluated in day two days and seven days after the aplication. The effects of glyphosate were performed through on gas exchange analysis, chlorophyll fluorescence and chlorophyll content index (ICC). All parameters for gas exchange were significant for the underdose factor. The chlorophyll fluorescence parameter was not significant for any of the factors and the ICC was significant in all factors and interactions of these factors. The dose of 324 g i.a. ha- 1reduced the rates of all parameters for gas exchange while the higher dose was not different from the control. The ICC for BRS-Andirá had its values reduced with the increase of glyphosate subdoses, while BRS-Maués had its values reduced when submitted the dose 324 g i.a ha-1 but at 432 g i.a ha- 1 increased the rates. On the seventh day of evaluation the ICC for the BRS-Andirá was reduced, while for the BRS-Maués were lifted. The guarana seedlings they underwent changes in their gas exchange when subjected to glyphosate underdoses, but their effects did not persist. The ICC was useful in observing the effect of low doses of glyphosate on guarana seedlings. / Em muitas lavouras as subdoses de herbicidas depositadas sobre a cultura por efeito da deriva, são suspeitas de alterar seus mecanismos fotossintéticos. Em função da necessidade do manejo de plantas daninhas em cultivos de guaranazeiro este trabalho tem como objetivo avaliar o efeito de subdoses do herbicida glifosato no aparato fotossintético de mudas de guaranazeiro. Mudas das cultivares BRS-Andirá e BRS-Maués foram submetidas às subdoses de 0; 324 g e 432 g do i.a. ha-1do recomendado de glifosato. Estes efeitos foram avaliados no dia; dois dias e sete dias após a aplicação. Os efeitos do glifosato foram avaliados através das analises de trocas gasosas, fluorescência da clorofila a e índice de conteúdo de clorofila (ICC). Todos os parâmetros para trocas gasosas foram significativos para o fator subdose. O parâmetro fluorescência da clorofila a não foi significativo para nenhum dos fatores avaliados e o ICC foi significativo em todos os fatores e suas interações. A dose 324 g i.a. ha-1 reduziu as taxas de todos os parâmetros para trocas gasosas enquanto que a maior dose não foi diferente da testemunha. O ICC para BRS-Andirá teve seus valores reduzidos com o aumento das subdoses de glifosato, enquanto que a BRS-Maués teve seus valores reduzidos quando submetidos à dose 324 g i.a. ha-1 e um aumento na dose 432 g i.a. ha-1. Ao sétimo dia de avaliação o ICC para a BRS-Andirá foi reduzido, enquanto que para BRS-Maués foram elevados. As mudas de guaranazeiro sofreram alterações em suas trocas gasosas quando submetidos à subdose de glifosato, todavia seus efeitos não persistiram. O ICC foi útil na observação do efeito de baixas doses de glifosato em mudas de guaranazeiro.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:56:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) Previous issue date: 2009-06-24 / The guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) has potential of use in agroforestry systems and diverse products with aggregated value becoming attractive economically; however, its expansion in Amazonas State has been limited by anthracnose, a disease caused by Colletotrichum guaranicola. The genetic variability of this fungus, isolated from guaranazeiro’ leaves as endophytic and pathogenic, was analyzed using molecular tools. After sequencing the ITS region of the rDNA gene, C. gloeosporioides and G. cingulata were identified as endophytic and pathogenic; and exclusively as endophytic, C. boninense, C. fragarie and G. acutata. The oligonucleotide pair CgInt/ITS4 was efficient in the species specific amplification for C. gloeosporiodes and G. cingulata. A total of 28 haplotypes were found and the most frequent one was distributed between the three subpopulations (Fazenda Experimental, Maués and UFAM). The genetic structure observed with AMOVA showed greater intra than interpopulation genetic variability, and FST was 0.0923, indicating little geographic origin influence on the isolated genotypes. In accord with AFLP, with four oligonucleotides, there was not separation between endophytic and pathogenic isolates, as well as correlation with geographic origin and hosts. The index of similarity with the Jaccard coefficient was 34%. Based on the molecular taxonomy identification carried out we suggest the recognition of C. gloeosporioides and its teleomorph phase as the etiologic agent of anthracnose in guaranazeiro. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) tem potencial de uso em sistemas agroflorestais e vários produtos com valor agregado tornando-se atrativa economicamente, entretanto, sua expansão no Amazonas tem sido limitada pela antracnose, doença causada por Colletotrichum guaranicola. A variabilidade genética desse fungo, isolado de folíolos de guaranazeiro como patógeno e endófito, foi analisada com ferramenta molecular. Com o sequenciamento da região ITS do gene rDNA foram identificados C. gloeosporioides e G. cingulata como endófitos e patógenos; e exclusivamente como endófitos C. boninense, C. fragariae e G. acutata. O par de oligonucleotídeos CgInt/ITS4 foi eficiente na amplificação espécie específica para C. gloeosporioides e G. cingulata. Foram encontrados 28 haplótipos e o mais freqüente ficou distribuído entre as três subpopulações (Fazenda Experimental, Maués e UFAM). A estrutura genética observada com AMOVA demonstrou maior variabilidade genética dentro das populações do que entre elas, e o FST foi de 0,0923 destacando que houve pouca influência da origem geográfica sobre o genótipo dos isolados. Por AFLP, com quatro oligonucleotídeos, não houve separação entre endófitos e patógenos, bem como correlação com a origem geográfica e hospedeiros. O índice de similaridade com o coeficiente Jaccard foi de 34%. Pela identificação taxonômica molecular realizada sugerimos que o agente etiológico da antracnose em guaranazeiro seja reconhecido como C. gloeosporioides e sua fase teleomorfa G. cingulata.

O Brasil é o único produtor, em escala comercial, de guaraná do mundo e o Estado do Amazonas destaca-se como o segundo maior produtor do Brasil, sendo superado apenas pelo Estado da Bahia. O principal fator limitante à expansão da cultura do guaranazeiro na região amazônica é a antracnose, causada por Colletotrichum guaranicola Alburq. Este trabalho teve como objetivo caracterizar isolados do fungo visando sua correta identificação. Foram realizadas as caracterizações cultural, morfológica, fisiológica, enzimática, patogênica e molecular (filogenia multilocus). Na caracterização morfo-cultural houve variação no tamanho de conídios e apressórios entre os isolados, porém todos ficaram dentro da faixa de amplitude descrita para a espécie C. guaranicola e para duas outras espéciess (C. gloeosporioides e C. boninense). Predominaram conídios de formato cilindro a oblongo e apressórios arredondados. Com exceção de um grupo de isolados de Maués (série C), todos os demais exibiram hilo na base do conídio. Comprimento e largura de conídios e apressórios não foram características importantes na diferenciação dos isolados de C. guaranicola devido à sobreposição no tamanho. A taxa de crescimento micelial foi determinada em meio BDA e permitiu diferenciar dois grupos de isolados: com taxa de crescimento acima de 10 mm/dia e abaixo dessa taxa. Com exceção de C-12 e C-14, todos os isolados da série C cresceram acima dos demais, comparando-se aos isolados padrões das espécies C. gloeosporioides, C. boninense e C. acutatum. Todos os demais cresceram abaixo desse valor. O maior crescimento foi registrado para C-09 (12,25 mm/dia) e o menor para 2601 (2,71 mm/dia). Os demais ficaram na faixa intermediária. Diferença na coloração da colônia também permitiu separar os isolados em duas categorias: colônia branca a creme amarelada e colônias cinza a cinza escuro, semelhante aos padrões de C. boninense e C. gloesoporioides, respectivamente. Todos os isolados cresceram melhor na faixa de 25 ºC, porém os isolados C-18 e C-19 foram capazes de crescer em temperaturas mais altas, em relação aos demais isolados. A caracterização enzimática revelou que C. guaranicola produz várias enzimas, destacando-se a pectinase. Por outro lado, houve baixa produção de amilase. Somente dois isolados de C. guaranicola (C-18 e C-19) e os padrões de C. gloeosporioides e C. boninense foram capazes de utilizar o ácido cítrico como fonte de carbono. Com exceção dos isolados 2361, 2419 e 2554, os demais isolados testados foram capazes de utilizar o tartarato de amônio. A caracterização filogenética foi realizada com base na amplificação e sequenciamento parcial dos genes Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase (GAPDH), Actina, Quitina Sintase, Calmodulina e região transcrita interna (ITS). Os isolados testados formaram dois clados distintos, o primeiro (25 isolados) agrupou no complexo C. boninense próximo a C. petchii e o outro no complexo C. gloeosporioides próximo a C. siamense. A caracterização patogênica foi realizada com base no diâmetro da lesão produzida por oito isolados de C. guaranicola em dois genótipos de guaranazeiro (suscetível e resistente). O isolado C-18 expressou maior severidade quando inoculado nos dois genótipos, enquanto o isolado 2512 demonstrou a menor severidade. / Brazil is the world\'s sole producer of guaraná on a commercial scale, and the Amazonas State stands out as Brazil\'s the second largest producer, only after the Bahia State. The main limiting factor for the expansion of guaraná culture in the Amazon region is anthracnose caused by Colletotrichum guaranicola Alburq. This study aimed to characterize isolates of the fungus for its correct identification. Cultural, morphological, physiological, enzymatic, pathogenic, and molecular characterizations were performed (multilocus phylogeny). In the morpho-cultural characterization, there was variation in the size of conidia and appressoria among the isolates, but all remained within the range of amplitude described for the species C. guaranicola and for two other species (C. gloeosporioides and C. boninense). The cylinder-shaped conidia were oblong and the appressoria were round, except for a group of isolates of Maués (C series), all other isolates exhibited a hilo at the base of the conidium. Length and width of conidia and appressoria were not important features in the differentiation of isolates of C. guaranicola due to the overlap in size. The mycelial growth rate was determined in BDA medium and allowed to differentiate two groups of isolates: growth rate above 10 mm/day and growth rate below 10 mm/day. With the exception of C-12 and C-14, all C-series isolates grew above the rest, comparing to standard isolates of species C. gloeosporioides, C. boninense and C. acutatum. All others grew below the standard values. The highest growth was registered for C-09 (12.25 mm/day) and the lowest for 2601 (2.71 mm/day). The others remained within an intermediate range. Color difference of the colony also allowed to separate the isolates into two categories: white to yellowish cream colony and grey to dark grey colonies, similar to standards of C. boninense and C. gloesoporioides, respectively. All isolates grew best at the range of 25°C, but the isolates C-18 and C-19 were able to grow at higher temperatures, compared to other isolates. The enzymatic characterization showed that C. guaranicola produces various enzymes, mainly pectinase. On the other hand, there was low production of amylase. Only two isolates of C. guaranicola (C-18 and C-19) and the standards of C. gloeosporioides and C. boninense were able to use citric acid as a carbon source. With the exception of isolates 2361, 2419 and 2554, the other isolates tested were able to use the ammonium tartrate. The phylogenetic characterization was performed based on amplification and partial sequencing of genes Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH), Actin, Chitin Synthase, Calmodulin and internal transcribed section (ITS). The isolates tested formed two distinct clads. The first (25 isolates) grouped in the complex C. boninense near C. petchii and the other in the complex C. gloeosporioides near C. siamense. The pathogenic characterization was performed based on the lesion diameter caused by eight isolates of C. guaranicola in two guaraná genotypes (susceptible and resistant). The isolate C-18 expressed greater severity when inoculated into both genotypes, while isolate 2512 showed least severity.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-09-20T15:48:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniel Oscar Pereira Soares.pdf: 759780 bytes, checksum: 5172acf605cccce70ed5ded1698a2130 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-09-20T15:49:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniel Oscar Pereira Soares.pdf: 759780 bytes, checksum: 5172acf605cccce70ed5ded1698a2130 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T15:49:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniel Oscar Pereira Soares.pdf: 759780 bytes, checksum: 5172acf605cccce70ed5ded1698a2130 (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Guarana (Paullinia cupana var. sorbilis) a plant from the Amazon region that produces the fruit known as guarana. The production of guarana involves small farmers and is a source of income for thousands of people in rural and urban areas. The interference caused by the competition of weeds with crop plants is an important limiting factor of guarana production. Despite its economic and social importance, there are few studies on the management of weeds and the ecophysiological behavior of this species. Thus, this work aimed to study the periods of weed interference on the productivity and physiological characteristics of guarana. The study was conducted in Maues, AM, in the 2014 harvests and 2015. The experimental design was randomized blocks, with eight treatments and four blocks. The treatments were a combination of four different periods of weed control (from March to May, June to August, September to November, December to February). During the period from June to August, weed interactions with Guarana provided the lowest productivity (156,16 kg ha-1 of grains), compared to the same period without living with weeds (309,05 kg ha-1 of grains). Therefore, interference of weeds during June to August reduced by 50% the productivity of guarana. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) é uma planta nativa da região Amazônica, cujo fruto é conhecido como guaraná. A produção de guaraná envolve pequenos agricultores e é fonte de renda para milhares de pessoas no meio rural e urbano. A interferência causada pelas plantas daninhas com a cultura constitui um importante fator que limita a produção de guaraná. Não obstante a importância econômica e social do guaranazeiro, ainda são escassos os estudos sobre o manejo das plantas daninhas nesta espécie. Diante do exposto, o presente trabalho teve por objetivo estudar os efeitos da interferência das plantas daninhas na produtividade e nas características fisiológicas do guaranazeiro em diferentes períodos. O estudo foi conduzido em Maués, AM, nas safras de 2014 e 2015. O delineamento experimental adotado foi em blocos casualizados, com oito tratamentos e quatro blocos. Os tratamentos foram a combinação de quatro períodos diferentes de controle das plantas daninhas (março a maio; junho a agosto; setembro a novembro; dezembro a fevereiro). A produtividade foi quantificada nas duas safras. O convívio das plantas daninhas com o guaranazeiro, durante o período de junho a agosto proporcionou as menores produtividades (156,16 kg ha-1 de grãos), em comparação ao mesmo período sem convivência com as daninhas (309,05 kg ha-1 de grãos). Portanto, a interferência das plantas daninhas no período de junho a agosto reduziu em 50% a produtividade do guaranazeiro.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-22T19:05:29Z No. of bitstreams: 1 Tese - Danival Vieira de Freitas.pdf: 6780270 bytes, checksum: 22a4c5f1a244b3bd230b52828359a0e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-23T14:29:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Danival Vieira de Freitas.pdf: 6780270 bytes, checksum: 22a4c5f1a244b3bd230b52828359a0e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-23T14:33:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Danival Vieira de Freitas.pdf: 6780270 bytes, checksum: 22a4c5f1a244b3bd230b52828359a0e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-23T14:33:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Danival Vieira de Freitas.pdf: 6780270 bytes, checksum: 22a4c5f1a244b3bd230b52828359a0e3 (MD5) Previous issue date: 2009-11-20 / Não informada / Paullinia cupana is originary from Amazon and is divided in two different varieties, P. cupana var. cupana (Venezuela and Colombia) and P. cupana var. sorbilis (Brazil), this last one is the true guarana plant. The few studies on this plant are concentrated, mainly, in its bothanical aspects and effects of its seed extract over some medical experimentation. The main objective of this work was to amplify knowledgment over those informations about the guarana plant, moreover by the means of genetic molecular. Aiming the following propositions: (1) to determine the guarana plant (P. cupana var sorbilis) caryotype and its genome size; (2) to characterize and validate sequences expressing in the guaraná berries, gathering especial information on those related with caffeine synthesis (N-methil-transferases); (3) to determine its (Nmethil- transferases) copy number in the plant genome; (4) to determine its (N-methiltransferases) expression patterns in different organs/tissues. The results showed an elevated number of chromosomes (210) and DNA content (2C = 22.5 pg DNA/cell). The caryogram analysis presented two sets of chromosomes, one tetraploid and other hexaploid. The transcripts sequencing yield a 15,387 ESTs databank, grouped in 2,628 contigs and 5,969 singletons. Among these are enzymes genes involved in caffeine synthesis, the so called caffeine sintases. The analysis of these guarana sequences (denominated GNMT) shows it is homologous to N-methyltransferases of other species such as coffee (Cofea arábica and C. canephora), cocoa (Theobroma cacao), and green tea (Camellia sinensis). Regarding to the number of genome copies, the guarana plant presented three times more than its native wild plants (the guaranaranas, Paullinia sp) correlates. Fruits posses the highest level of GNMT transcript expression when it reach 70 days of development age, increasing the rate as berries ripening process occurs. These results are especially interesting and can collaborate with the experimentations in progress course which are proving the healing properties attributed to this plant and its seed powder extract. / A espécie Paullinia cupana originária da Amazônia, é dividida em duas variedades, P. cupana var. cupana (Venezuela e Colômbia) e P. cupana var. sorbilis (Brasil). Os poucos estudos com o guaranazeiro concentraram, principalmente, nos seus aspectos botânicos, no seu melhoramento e em testes experimentais sobre o efeito de seu extrato para fins terapêuticos. O objetivo principal do presente trabalho foi ampliar o conhecimento sobre as informações básicas do ponto de vista genético e molecular do guaranazeiro. Deste modo foi proposto: (1) determinar o cariótipo e o tamanho do genoma da planta (P. cupana var sorbilis); (2) caracterizar e validar seqüências expressas em seus frutos, e em especial as das enzimas relacionadas com a síntese de cafeína (N-metiltransferases); (3) determinar o seu número de cópias; (4) determinar o padrão de expressão em diferentes órgãos/tecidos. A var. sorbilis apresentaou elevado número de cromossomos (2n = 210) e conteúdo de DNA (2C = 22,5 pg DNA/células). A análise do cariograma mostrou que os cromossomos estão agrupados em dois conjuntos, um tetraplóide e outro hexaplóide. O seqüenciamento de transcritos gerou um banco com 15.387 ESTs, distribuídas em 2.628 contigs e 5.969 singletons. Entre estas estão as enzimas que participam das vias de síntese da cafeína sintase, sendo o melhor hit com as sequências de N-metiltransferases, aqui denominadas GNMT. As análises indicam que a sequência GNMT é homóloga as N-metiltransferases da via biossintética da cafeína de outras espécies tais como café (Coffea arabica and C. canephora), cacau (Theobroma cação), e chá verde (Camellia sinensis). O número de cópias gênicas da N-metiltransferase da GNMT presentes no genoma do guaranazeiro foi cerca de três vezes mais cópias que os espécimes selvagens (guaranarana, Paullinia sp). O fruto do guaranazeiro com 70 dias de desenvolvimento tem o maior nível de transcritos da GNMT, sendo que o número de transcritos aumentou gradualmente com o processo de maturação do fruto do guaranazeiro. Os resultados aqui discutidos são especialmente interessantes e podem colaborar com a experimentação científica que estão, aos poucos, comprovando as propriedades medicinais atribuídas ao guaraná e seu extrato obtido do pó de suas sementes.