Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-06-07T17:54:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Luciana Lopes Silveira.pdf: 1368404 bytes, checksum: d3d6d9f510ef85fed12736dbfea768f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-07T17:54:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Luciana Lopes Silveira.pdf: 1368404 bytes, checksum: d3d6d9f510ef85fed12736dbfea768f2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / FACEPE / As proteases são enzimas proteolíticas, as quais apresentam grande interesse pelas indústrias em diversas áreas. As proteases que possuem a capacidade de degradação da hélice de colágeno tem sido estudadas para a aplicação dos peptídeos de colágeno, no tratamento de doenças como: hipertensão, inibindo a enzima conversora de angiotensina II (ECA), assim como da própria enzima pelas indústrias farmacêuticas em tratamentos de feridas com necrose ou no tratamento da doença de Dupuytren. As proteases com atividade colagenolítica, capazes de degradar o colágeno, podem ser obtidas através de diversas fontes, e dentre estas, os micro-organismos são escolhidos devido à sua diversidade bioquímica e susceptibilidade para a manipulação genética. Devido ao potencial dessas enzimas, existe uma procura de novas fontes microbianas, as quais seja possível obter a protease com rapidez e baixo custo no processo de purificação. O presente trabalho teve como objetivos purificar e caracterizar protease com atividade colagenolítica obtida através da Actinobactéria Actinomadura sp., isolada do solo Licania rígida BETH. O microorganismo foi cultivado em meio a base de farinha de soja, líquido metabólico foi concentrado através do processo de precipitação com acetona (70%), seguida foi purificado parcialmente pelo processo de cromatografia de troca iônica em resina de DEAE-sephadex (G-50). A protease com atividade colagenolítica foi eluida, utilizando gradiente de concentração, com solução de NaCl 0,1M em tampão Tris-HCl, pH 8,0. O cromatograma foi obtido através da leitura no comprimento de onda de 280nm. A tabela de purificação foi obtida através da realização da atividade proteásica, da colagenolítica e da concentração proteica em cada etapa de purificação. Para a determinação do peso molecular e da pureza foi realizado a eletroforese em gel (SDS-page). A caracterização da amostra purificada foi realizada através de ensaios de: termoestabilidade, a enzima foi submetida às termperaturas de 50° - 80°C durante 30 minutos; temperatura ótima, nas temperaturas de 30°C – 80°C; pH ótimo, variando o pH5-6 (0,1M do tampão de ácido acético- acetato de sódio ) e 7-9 ( 0,1M do tampão Tris- HCl); efeito de inibidores, utilizando os inibidores fluoreto de fenilmetanosufonil, dodecil sulfato de sódio, beta- mercaptoetanol e pepstatina em contato com a enzima durante 60 minutos; o efeito de íons metálicos, foi utilizado soluções com ions divalentes ( Fe 2+, Mg 2+, Ca 2+, Zn2+) em contato com a enzima durante 60 minutos; e efeito de frequência ultrassônica, enzima submetida a frequência ultrassônica (40 kHz), em diferentes intervalos de tempo. Os resultados obtidos demonstraram que a protease é possível purificar utilizando o gradiente de de NaCl 0,1M em tampão Tris-HCl, pH 8,0, assim como uma atividade colagenolítica específica de 31.094,89 U/mg de proteína, com um fator de purificação de 9,81. Na eletroforese foi possível observar duas bandas, com pesos moleculares de 20 KDa e 45,0 KDa. A enzima apresentou termoestabilidade até 60°C, a temperatura ótima de atividade em 50°C. Sob condições de variação de pH, a atividade enzimática apresentou maiores atividade colagenolítica em faixa de pH 7 a 8, reduzindo bruscamente em pH 9,0. Quando submetida ao efeito da frequência ultrassônica, a enzima após 10 minutos apresentou aumento de 50% de sua atividade colagenolítica inicial. Sendo assim, essa nova biomolécula apresenta potencial biotecnológico, uma vez que o processo de produção envolve um substrato, a farinha de soja, que é amplamente encontrado no Brasil, e o protocolo de purificação desenvolvido foi eficaz para a obtenção da protease com atividade colagenolítica. / Proteases are proteolytic enzymes, which have high interest by industries in various fields. Protease having the helix collagen degradation capacity has been studied for application of the collagen peptides in the treatment of diseases such as hypertension, inhibiting the angiotensin II converting enzyme (ACE), the enzyme itself as well as by pharmaceutical industries in treatment of wounds with necrosis or treatment of Dupuytren's disease. Proteases with collagenolytic activity capable of degrading the collagen can be obtained from several sources, and among them, the micro-organisms are chosen because of their biochemical diversity and susceptibility to genetic manipulation. Because of the potential of these enzymes, there is a demand for new microbial sources, which can be obtained with the protease speed and low cost in the purification process. This study aimed to purify and characterize protease with collagenolytic activity obtained by actinobacteria Actinomadura sp., Isolated from soil of Licania rigida BETH. The microorganism was grown in medium based on soybean flour, metabolic liquid was concentrated by precipitation process with acetone (70%), then was partially purified by ion exchange chromatography procedure resin DEAE-Sephadex (G-50). The protease collagenolytic activity was eluted with using a concentration gradient with 0.1M NaCl solution in Tris-HCl buffer, pH 8.0. The chromatogram was obtained by scanning the wavelength of 280nm. The purification table is obtained by performing the protease activity of collagenolytic and the protein concentration in each purification step. To determine the molecular weight and the purity was conducted gel electrophoresis (SDS-PAGE). Characterization of the purified sample was conducted through tests: thermal stability, the enzyme was subjected to termperaturas 50 ° - 80 ° C for 30 minutes; optimum temperature at temperatures of 30 ° C - 80 ° C; optimum pH, varying the pH5-6 (0.1 M sodium acetate acetic acid-buffer) and 7-9 (0.1 M of buffer Tris- HCl); effect of inhibitors using the inhibitors fenilmetanosufonil fluoride, sodium dodecyl sulfate, beta-mercaptoethanol and pepstatin contact with the enzyme for 60 minutes; The effect of metal ions, was used solutions with divalent ions (Fe 2+, Mg 2+, Ca 2+, Zn 2+) in contact with the enzyme for 60 minutes; ultrasonic frequency and effect, subject enzyme ultrasonic frequency (40 kHz) at different time intervals. The results obtained demonstrated that the protease can be purified using gradient of 0.1 M NaCl in Tris-HCl buffer, pH 8.0, as a specific collagenolytic activity 31094.89 U / mg protein with a factor of purification 9.81. The electrophoresis was observed two bands with molecular weights of 20 KDa and 45 KDa. The enzyme showed thermostability at 60 ° C, the optimum temperature for activity at 50 ° C. Under conditions of varying pH, the enzyme activity showed higher collagenolytic activity in the pH range 7 to 8, reducing sharply at pH 9.0. When submitted to the effect of ultrasonic frequency, the enzyme after 10 minutes increased by 50% from its initial collagenolytic activity. Therefore, this presents new biotechnological potential biomolecule, since the production process involves a substrate, soybean flour, which is widely found in Brazil, and purification protocol was developed to obtain effective protease with collagenolytic activity.

Orientadora : Profa. Dra. Rose Adele Monteiro / Co-orientador : Prof. Dr. Emanuel M. de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 13/12/2013 / Inclui bibliografia / Resumo: Herbaspirillum seropedicae é uma beta-proteobactéria encontrada em associação com várias plantas economicamente importantes e pode promover o aumento do crescimento e produtividade vegetal. Este estímulo efetivo do crescimento vegetal depende de uma colonização eficiente da planta hospedeira. A associação com o hospedeiro inicia-se com a adesão da bactéria à superfície radicular, seguida de colonização de pontos de emergência de raízes secundárias e penetração através de descontinuidades da epiderme. Ocorre então uma rápida ocupação dos espaços intercelulares, procedendo com colonização do xilema e porções aéreas. Entretanto, a natureza molecular da colonização não está claramente compreendida. Nestas associações, o evento chave parece ser a colonização da rizosfera. Portanto, a identificação e análise dos produtos gênicos envolvidos na colonização de bactérias promotoras do crescimento vegetal (PGPRs) como H. seropedicae em plantas tem importância científica e interesse econômico para potencializar sua aplicação. Assim, este trabalho descreve que o lipopolissacarídeo de H. seropedicae atua como molécula de ancoragem em lectinas radiculares durante adesão, e que o exopolissacarídeo atua como matriz na formação de biofilme em superfícies abióticas. Outros fatores moleculares foram também identificados por análise transcriptômica dessa bactéria durante colonização de milho, discriminando as adaptações moleculares de H. seropedicae para perceber o ambiente, aderir à superfície radicular e sobreviver nos primeiros estágios da colonização da rizosfera. / Abstract: Herbaspirillum seropedicae is a betaproteobacteria found in association with several crops and can promote plant growth and increase productivity. This effective stimulus of plant growth depends on an efficient colonization of the host plant. The association with the host begins with the bacterial attachment onto the root surface, followed by the colonization on points of secondary root emergency and penetration through epidermis discontinuities. A rapid occupation of intercellular spaces then occurs, proceeding with xylem and aerial portions colonization. However, the molecular nature of the colonization is not clearly understood. In these associations, the key event seems to be the rhizosphere colonization. Therefore, the identification and characterization of genic products involved in the plant colonization by plant growth promoting rhizobacteria (PGPRs) such as H. seropedicae has scientific importance and economic interest to potentiate its application. This way, this work describes that the H. seropedicae lipopolysaccharide act as anchoring molecule to radicular lectins during attachment and that the exopolysaccharide act as matrix in biofilm formation on abiotic surfaces. Other molecular factors were also identified by transcriptomic analyses of bacteria during maize colonization, discriminating the molecular adaptations of H. seropedicae when perceiving the environment, attaching onto root surface and surviving in the first stages of rhizosphere colonization.

CAVALCANTE, Fernando Gouveia. Atividade antagônica de actinobactérias frente aos rizóbios oriundos de solos do semiárido brasileiro. 2017. 78 f. Dissertação (Mestrado em Ecologia e Recursos Naturais)-Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by ELAINE PEREIRA (ellainec.pereira@gmail.com) on 2017-08-16T13:32:05Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_fgcavalcante.pdf: 1203729 bytes, checksum: 01a6575b8d17e9022c27144913c75606 (MD5) / Rejected by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br), reason: Devolver o trabalho para que o aluno faça a normalização conforme as normas da UFC. Consultar o guia de normalização da UFC em: http://www.biblioteca.ufc.br/publicacoes/41-guia-de-normalizacao on 2017-08-18T12:31:06Z (GMT) / Submitted by ELAINE PEREIRA (ellainec.pereira@gmail.com) on 2017-11-10T16:48:20Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_fgcavalcante.pdf: 1042457 bytes, checksum: 4778752c6cc004110ac2e6a23162695a (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-11-13T16:49:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_fgcavalcante.pdf: 1042457 bytes, checksum: 4778752c6cc004110ac2e6a23162695a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-13T16:49:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_fgcavalcante.pdf: 1042457 bytes, checksum: 4778752c6cc004110ac2e6a23162695a (MD5) Previous issue date: 2017 / Microorganisms form complex webs of ecological interaction. There are several interactions occurring in the soil that determine its properties. Rhizobia are soil bacteria that make symbiosis with legumes supplying nitrogen to the soil. In studies related to the interaction of microorganisms with actinobacteria it was found that antagonism is one of the most common phenomena. The objective of this work was to evaluate the interaction between actinobacteria and rhizobia isolated from soils in the semiarid region of Brazil. Antagonist activity of actinobacterial strains on rhizobia strains was observed. The strains UB10 and UB20 exhibited greater antagonistic potential. After five consecutive exposures, the diazotrophic bacteria showed resistance to the strains of antagonistic actinobacteria, with emphasis on the L94, L89 and L83 strains. / Os microrganismos formam complexas teias de interação ecológica. Existem várias interações ocorrendo no solo que determinam as propriedades do mesmo. Rizóbios são bactérias do solo capazes de realizar simbiose com leguminosas fornecendo nitrogênio para o solo. Em trabalhos que testaram a interação de microrganismos com actinobactérias verificou-se que o antagonismo é um dos fenômenos mais comuns. O objetivo desse trabalho foi avaliar a interação entre actinobactérias e bactérias diazotróficas isoladas de solos do semiárido. Foi verificada atividade antagonista das cepas de actinobactérias contra as cepas de rizóbios. As cepas UB-10 e UB-20 exibiram maior potencial antagonístico. Após cinco exposições seguidas, as bactérias diazotróficas apresentaram resistência às cepas de actinobactérias antagonistas destacando-se as cepas L-94, L-89 e L-83.

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-21Bitstream added on 2014-11-10T11:58:20Z : No. of bitstreams: 1 000773460_20150321.pdf: 1008813 bytes, checksum: deba55d68e74350057c6c524e3e7c525 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-27T11:50:06Z: 000773460_20150321.pdf,Bitstream added on 2015-03-27T11:50:37Z : No. of bitstreams: 1 000773460.pdf: 2111669 bytes, checksum: 1ac861fe88f214a1b60524e27ada9a8d (MD5) / Atualmente, avançadas tecnologias têm sido desenvolvidas para a exploração de fontes naturais pouco exploradas (exemplo: rizosfera e suas interações microbianas e organismos marinhos), visando novos agentes quimioterapêuticos. Neste trabalho, plântulas de Senna spectabilis foram cultivadas em hidroponia, com coleta da microflora da rizosfera realizada em três tempos diferentes de desenvolvimento do vegetal. No total, foi possível o isolamento de 51 bactérias e 129 fungos e, após identificação por filogenia (16S rRNA), encontrou-se, como principais gêneros: Shigella, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus, Burkholderia, Pseudoxanthomonas, Arthrobacter, Achromobacter e Rhizobiu. Foram escolhidas três bactérias, codificadas como CSP-50a, CSP-52b e CSP-53b, para o estudo cinético bacteriano, visando à relação do crescimento com a produção metabólica. A análise mostrou que as bactérias atingiram a fase estacionária em 40 horas, período em que há produção de metabólitos secundários. Para a caracterização dos metabólitos, as três linhagens foram inoculadas em meio líquido Nutriente à 25 °C, sob agitação e, ao atingir a fase de interesse, foi realizada partição líquido-líquido com acetato de etila. Os extratos foram analisados por espectrômetria de massas visando a detecção e caracterização dos metabólitos majoritários. Foi possível detectar 08 compostos e identificar 02. Dentro desse o ácido metropheno e, uma uma série isomérica de amidas e formamidas foram evidenciadas. Adicionalmente, a presença da série foi também confirmada através de uso de uma metodologia de desreplicação preliminar utilizando RMN. / Nowadays, advanced technologies are developed for the discovery of unexplored natural sources (e.g. rhizosphere microbial interaction and marine organisms), targeting new chemotherapeutic agents. In this work, Senna spectabilis’s seedlings were cultivated in hydroponic environment, and its rhizosphere’s microflora collected at three different stages of the plant’s development. It was possible to isolate 51 bacterias and 129 fungi and, after identification by phylogenetic (16S rRNA), was determined the main genders, such as Shigella, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus, Burkholderia, Pseudoxanthomonas, Arthrobacter, Achromobacter and Rhizobiu. We chose three of bacterias, coded as CSP-50a, CSP-52b and CSP- 53b, for kinetic’s studies, aiming the comparison between the bacteria growth and the production of metabolites. This analysis showed that they reached the stationary phase at an average of 40 hours, when the production of secondary metabolites started. To characterize those metabolites, the three strains were grown on liquid nutrient medium at 25°C under agitation to achieve the phase of interest, followed by liquid-liquid partition with ethyl acetate. Analysis by mass spectrometry was performed aiming the detection and characterization of the major metabolites. It was possible to detect 08 compounds and identify 02. Metrophene acid, as well as an isomeric formamide series were detected. Additionally the formamides were also confirmed by the use of a preliminary methodology using NMR dereplication tool.

Orientador: Ian Castro-Gamboa / Banca: Cíntia Duarte de Freitas Milagre / Banca: Flávia Talarico Saia / Resumo: O descobrimento de novas moléculas bioativas tem sido o grande al vo ao decorrer dos anos da química dos produtos naturais, particularmente, micro - organismos tem se evidenciado como uma importante fonte do descobrimento de novos fármacos. Uma ampla gama de compostos provenientes de organismos microbianos são relatados na literatura, porém, recentes pesquisas demonstram que tais micro - organismos podem sofrer indução por determinados agentes externos, químicos ou físicos, através de mecanismos de defesa ou até mesmo o mutualismo existente em determinado meio, produzindo nov as estruturas químicas, que até então, tinham sua rota b iosintética silenciada devido a metodologias padrões de cultivo isolado. Através de utilização de culturas mistas de bactérias, o presente trabalho proporciona o conhecimento da relação existente entr e Pseudoxanthomonas indica e Shigella sp., ambas provenientes da rizosfera de Senna spectabilis . Para isso, as bactérias foram cultivadas em meio de cultivo líquido czapek broth, sendo realizado o estudo do crescimento das bactérias e produção de metabolit os frente ao tempo, tendo em vista uma maximização de resultados e maior indução de compostos químicos. A utilização de ferramentas analíticas de análise rápida e eficiente como a cromatografia líquida de alta eficiência ( HPLC ) associada a espectrometria de massas de alta resolução do ( HRMS ) propiciaram a obtenção do perfil cromatográfico dos micro - organismos estudados em cultura mista e simples, sendo possível observar a existência de compostos químicos produzidos apenas em co - c ultura, evidenciado o potencial existente da abordagem utilizada. / Abstract: The discovery of new bioactive molecules has been the big target to over the ye ars the chemistry of natural products, particularly micro - organisms has been shown to be an important source of discovery of new drugs. A wide range of compounds from microbial organisms are reported in the literature, however, recent research shows that t hese micro - organisms can undergo induction by certain external, chemical or physical agents, through defense mechanisms or even the existing m utualism on a particular medium, producing new chemical structures, which until then had silenced their biosynthet ic route due to methodologies patterns of isolated farming. Through use of mixed cultures of bacteria, this study provides knowledge of the relationship between Pseudoxanthomonas indica and Shigella sp ., Both from the rhizosphere of Senna spectabilis . For this, bacteria were grown in liquid Czapek broth cultivation being conducted the study of the growth of bacteria and production of metabolites against time, with a view to maximizing results and greater induction of chemical compounds. The use of analytics quickly and efficiently analyzes such as high - performance liquid chromatograp hy tools (HPLC) associated with high resolution mass spectrometry (HRMS) enabled the obtaining of the chromatographic profile of microorganisms studied in mixed and single cultur e, and you can to observe the existence of chemical compounds produced only in co - culture demonstrated the potential of the approach used. / Mestre

Orientador: Ian Castro-Gamboa / Banca: Angela Regina Araujo / Banca: Flavia Talarico Saia / Resumo: Atualmente, avançadas tecnologias têm sido desenvolvidas para a exploração de fontes naturais pouco exploradas (exemplo: rizosfera e suas interações microbianas e organismos marinhos), visando novos agentes quimioterapêuticos. Neste trabalho, plântulas de Senna spectabilis foram cultivadas em hidroponia, com coleta da microflora da rizosfera realizada em três tempos diferentes de desenvolvimento do vegetal. No total, foi possível o isolamento de 51 bactérias e 129 fungos e, após identificação por filogenia (16S rRNA), encontrou-se, como principais gêneros: Shigella, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus, Burkholderia, Pseudoxanthomonas, Arthrobacter, Achromobacter e Rhizobiu. Foram escolhidas três bactérias, codificadas como CSP-50a, CSP-52b e CSP-53b, para o estudo cinético bacteriano, visando à relação do crescimento com a produção metabólica. A análise mostrou que as bactérias atingiram a fase estacionária em 40 horas, período em que há produção de metabólitos secundários. Para a caracterização dos metabólitos, as três linhagens foram inoculadas em meio líquido Nutriente à 25 °C, sob agitação e, ao atingir a fase de interesse, foi realizada partição líquido-líquido com acetato de etila. Os extratos foram analisados por espectrômetria de massas visando a detecção e caracterização dos metabólitos majoritários. Foi possível detectar 08 compostos e identificar 02. Dentro desse o ácido metropheno e, uma uma série isomérica de amidas e formamidas foram evidenciadas. Adicionalmente, a presença da série foi também confirmada através de uso de uma metodologia de desreplicação preliminar utilizando RMN. / Abstract: Nowadays, advanced technologies are developed for the discovery of unexplored natural sources (e.g. rhizosphere microbial interaction and marine organisms), targeting new chemotherapeutic agents. In this work, Senna spectabilis's seedlings were cultivated in hydroponic environment, and its rhizosphere's microflora collected at three different stages of the plant's development. It was possible to isolate 51 bacterias and 129 fungi and, after identification by phylogenetic (16S rRNA), was determined the main genders, such as Shigella, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus, Burkholderia, Pseudoxanthomonas, Arthrobacter, Achromobacter and Rhizobiu. We chose three of bacterias, coded as CSP-50a, CSP-52b and CSP- 53b, for kinetic's studies, aiming the comparison between the bacteria growth and the production of metabolites. This analysis showed that they reached the stationary phase at an average of 40 hours, when the production of secondary metabolites started. To characterize those metabolites, the three strains were grown on liquid nutrient medium at 25°C under agitation to achieve the phase of interest, followed by liquid-liquid partition with ethyl acetate. Analysis by mass spectrometry was performed aiming the detection and characterization of the major metabolites. It was possible to detect 08 compounds and identify 02. Metrophene acid, as well as an isomeric formamide series were detected. Additionally the formamides were also confirmed by the use of a preliminary methodology using NMR dereplication tool. / Mestre

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-09-08T19:29:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese definita com folha de aprovação CORREÇÃO BIBLIOTECA data imprimir gravar.pdf: 3647168 bytes, checksum: 1df93fa61cfc9c0e2d172eb9eb4b645e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-08T19:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese definita com folha de aprovação CORREÇÃO BIBLIOTECA data imprimir gravar.pdf: 3647168 bytes, checksum: 1df93fa61cfc9c0e2d172eb9eb4b645e (MD5) Previous issue date: 2015-11-15 / A busca por novos metabólitos secundários de interesse biotecnológicos tem aumentoado nos últimos anos. O objetivo foi isolar micro-organismos endofíticos e da rizosfera, avaliar o potencial biotecnológico dos micro-organismos endofíticos e da rizosfera de Ipomoea pes-caprae. Os endófitos isolados foram inoculados em meio específico para bactérias, actinobactérias (ALA, Meio Completo, ISP2) e fungos (BDA e Agar Sabouraud) à temperatura de 30°C. Para o isolamento das actinobactérias da rizosfera foi utilizado 10 g da amostra do solo rizosférico e este foi misturado a 90 mL de NaCl a 0,9%(m/v) a pH (5,6). Estes micro-organismos foram cultivados em meios de cultura ISP2 e Czapeck Dox a 30 ºC por 7 dias. Foi realizada atividade antimicrobiana de todos os micro-oranismos isolados tanto endofítico como rizosféricos. Para a enzima L- asparaginase foi realizada análise qualitativa e cinética através de Fermentação Semi-Sólida com farinha de soja como substrato. Além da análise qualitativa da L-asparaginase foi verificada a presença de hidrolase (amilase, protease, celulase e lipase. A análise química do extrato metanólico do endófito Streptomyces sp, fungos e actinobactéria rizosférica Nocardia sp foi realizada utilizando a cromatografia de camada delgada (CCD). Das bactérias endofíticas foi avaliada sua capacidade de produção de Ácido Indol Acético. As frequências de endófitos isolados foram: fungos-folha 44.71% (55/123), fungos raízes 13% (16/123), bactérias-folhas 41.46% (51/123), bactérias raízes 1.62% (2/123), actinobactéria 0,81% (1/123). Da rizosfera foram isolados 81 actinobactérias. Na atividade antimicrobiana a maioria dos micro-organismos da rizosfera e endofíticos apresentou atividade antimicrobiana para bactérias Gram-positivas. No extrato dos micro-organismos endofíticos e rizosférico como no extrato da planta foram verificadas a presença de composto mono-sesquiterpenos. A produção de L-aspraginase foi verificada nos micro-organismos endofíticos e nas actinobactérias rizosférica. Na cinética de produção de L-asparaginase pelo endófito Streptomyces sp, verificou-se que o melhor dia de produção foi de 10° dia (0,0702 U/mL de L-asparaginase). Com relação as hidrolase foi verifacdo a presença de amilase e protease na maioria dos endofíticos. Das 53 bactérias endofíticas isoladas, 8 linhagens são produtoras de ácido indol acético. Por tanto, a prospecção dos micro-organismos rizosféricos e endofíticos isolados da planta I. pes-caprae (L.) R. Br. é uma promissora fonte de substâncias de interesse biotecnológico. / The search for new secondary metabolites of biotechnological interest has stepped up in recent years. The aim of present study was to isolate endophytic and rhizosphere micro-organisms to evaluate the secondary metabolites produced by micro-organisms associated with the leaves, roots and rhizosphere of Ipomoea pes-caprae. The endophytes isolated were inoculated in media specific to actinobacteria, bacteria (ALA, full medium, ISP2) and fungi (BDA and Agar Sabouraud) at a temperature of 30°C. The isolation of actinobacteria from the rhizosphere used 10 g of the rhizosphere soil sample mixed with 90 mL of NaCl at 0.9% (m/v) and pH 5.6. These micro-organisms were cultivated in ISP2 and Czapeck Dox culture media at 30 ºC for 7 days. Antimicrobial activity was analyzed. Qualitative analysis, 23 experimental planning and kinetic analysis of the enzymatic activity of L-asparaginase was carried out using semi-solid fermentation with soya flour as a substrate. Chemical analysis of the methanolic extract of the endophyte Streptomyces sp, fungi and the rhizosphere actinobacteria Nocardia sp was conducted using thin layer chromatography (TLC). The capacity of the endophytic bacteria to produce indole acetic acid was measured. The frequencies for isolated endophytes were: fungi-leaves 44.71% (55/123), fungi-roots 13% (16/123), bacteria-leaves 41.46% (51/123), bacteria-roots 1.62% (2/123), and actinobacteria 0.81% (1/123). Eighty-one actinobacteria were isolated from the rhizosphere. Most of the rhizosphere and endophytic micro-organisms exhibited antimicrobial properties against Gram-positive bacteria. Mono-sesquiterpene compounds were found in the endophytic and rhizospheric micro-organisms and in the plant extract. Production of L-asparaginase was found in endophytic micro-organisms and in actinobacteria from the rhizosphere. 23 experimental planning of the production of the L-asparaginase enzyme by the Streptomyces sp endophyte suggests that the lower the quantity of micro-organism inoculate, the concentration of L- asparagine and temperature, the better the production of the L-asparaginase enzyme. The kinetics of L-asparaginase production by the Streptomyces sp endophyte showed that the best day for production was the 10th (0.0702 U/mL of L-asparaginase). Of the 53 endophytic bacteria isolated, eight strains produced indole acetic acid. The prospection of rhizosphere and endophytic micro-organisms isolated from I. pes-caprae (L.) R. Br. is thus a promising source of substances of biotechnological interest.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T13:58:37Z No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T13:58:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T13:58:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-06-26 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The production of guarana in the Amazon region faces unfavorable phytosanitary conditions due to the presence of anthracnose, a disease caused by Colletotrichum spp. Taking into account the existing dynamics in plant-microorganism interaction took place this study to identify and verify the wealth and bacterial diversity associated with the rhizosphere of guarana with and without symptoms of antracnose. April 2011 were collected at the Fazenda da AMBEV located in Maués-AM district, guarana the rhizospheres with and without symptoms of antracnose. To extraction of genomic total DNA of bacteria uncultured present in the rhizosphere of guarana with symptoms of the disease and asymptomatic. The bacteria were identified by sequencing the 16S rDNA gene using as molecular tool the pyrosequencing and bioinformatics resources. The results indicate that the rhizosphere Sound guarana is richer and diverse in relation to the patient guarana. The predominant Filo was the Bacteroidetes in both physiological conditions of guarana, followed by Proteobacteria, Actinobacteria and Acidobactérias. The predominant genera accessed in the rhizosphere of the patient guarana were Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium and healthy plants were represented by Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas and Rhodoplanes.Os common genres will rhizosphere of sick and healthy guarana were represented by Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella and Acidothermus.The presence of Colletotrichum spp appears to influence the composition of the microbiota rhizosphere of guarana. / A produção do guaraná na Região Amazônica enfrenta condições fitossanitárias desfavoráveis devido à presença da antracnose, uma doença causada pelo fungo Colletotrichum spp. Levando em consideração a dinâmica existente na interação planta-microrganismos realizou-se este estudo para identificar e verificar a riqueza e diversidade bacteriana associada à rizosfera de guaranazeiros com e sem sintomas da antracnose.Em Abril de 2011, foram coletadas na Fazenda da AMBEV, localizada no município de Maués-AM, rizosferas do guaranazeiro com e sem sintomas da antracnose. Realizou-se a extração do DNA genômico total das bactérias não cultiváveis presentes na rizosfera do guaranazeiro que apresentavam sintomas da doença e das assintomáticas.As bactérias foram identificadas por meio do sequenciamento do gene 16S rDNA utilizando-se como ferramenta molecular o pirosequenciamento e os recursos da bioinformática. Os resultados obtidos indicam que a rizosfera do guaranazeiro sadio é mais rica e diversa em relação ao guaranazeiro doente.O Filo predominante foi o Bacteroidetes nas duas condições fisiológicas do guaranazeiro, seguido das Proteobactérias, Acidobactérias e Actinobactérias. Os gêneros predominantes acessados na rizosfera do guaranazeiro doente foram as Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium e em plantas sadias foram representados pelos Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas e Rhodoplanes.Os gêneros comuns á rizosfera do guaranazeiro doente e sadio foram representadas pelas Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella e Acidothermus. A presença do fungo Colletotrichum spp parece influenciar na composição da microbiota da rizosfera do guaranazeiro.

Um experimento em casa de vegetação, foi conduzido objetivando comparar os efeitos da aplicação de sulfato de cálcio, fosfogesso, e carbonato de cálcio sobre a alteração das propriedades da fase sólida e liquida de amostras de subsolo de dois latossolos vermelho-amarelos álicos, dois latossolos roxos ácricos e um latossolo vermelho escuro álico do estado de São Paulo. Avaliaram-se os efeitos dessas alterações sobre o crescimento e a absorção de água e nutrientes pelo milho (Zea mays L.). Utilizou-se uma técnica de raiz bipartida vertical, em que quatro plantas de milho foram cultivadas inicialmente em um recipiente contendo 130 g de uma amostra de solo fértil. Quinze dias após a germinação, removeu-se o recipiente e o bloco de terra com as plantas foi introduzido em um vaso preenchido com 2 dm3 de amostra de subsolo, que recebeu um dos seguinte tratamentos: sem corretivo, sulfato de cálcio, fosfogesso e carbonato de cálcio, aplicados na dose de 10 mmo.dm- 3 de terra, além de 56 mg de N e 78 mg de K. Passados mais dezenove dias, as plantas foram colhidas e o subsolo contido nos vasos foi amostrado para determinações do teor de água e do comprimento radicular e para a realização de análise química. O sulfato de cálcio e o fosfogesso aumentaram o pH em cloreto de cálcio e o teor de Ca2+ trocável e reduziram o Al3+ trocável e o H+ + Al3+, mas em menor proporção que o carbonato de cálcio. Não houve diferença significativa entre o sulfato de cálcio e o fosfogesso quanto a esses efeitos. Os valores de pH em água diminuíram devido ao efeito do sal na medida do pH. As amostras de subsolo utilizadas apresentaram severas restrições ao desenvolvimento do sistema radicular do milho. Com a adição dos corretivos o comprimento de raízes aumentou em até 194 % devido à correção da deficiência de cálcio e/ou redução da toxicidade do alumínio. O carbonato de cálcio reduziu a atividade do Al3+ pelo aumento do pH. Nos latossolos ácricos e no latossolo vermelho escuro álico, o sulfato de cálcio e o fosfogesso também provocaram a redução da atividade de Al3+ como resultado do aumento da força iônica da solução e formação do par iônico AlS04 +. No caso do fosfogesso, a formação de complexos de Al com F (AlF2+ e AlF2 +) foi a principal causa da redução da atividade do Al3+. Já nos latossolos vermelho-amarelos álicos, o aumento do comprimento de raízes nos tratamentos com sulfato de cálcio e fosfogesso deveu-se, provavelmente, ao efeito do cálcio em reduzir a toxicidade do alumínio, uma vez que a atividade do Al3+ foi aumentada. A produção de matéria seca do milho aumentou com a aplicação dos corretivos em todos os solos. Nos latossolos ácricos e no latossolo vermelho escuro, o efeito do calcário foi inferior ao efeito do sulfato de cálcio e do fosfogesso devido à menor concentração de nutrientes na solução. Nos latossolos vermelho-amarelos álicos não houve diferença entre os corretivos. O sulfato de cálcio e o fosfogesso foram tão eficazes quanto o carbonato de cálcio em favorecer a absorção de nitrogênio e potássio do subsolo / not available

O atual cenário mundial das mudanças climáticas, somado ao aquecimento global e ao aumento das áreas em processo de desertificação tem impactado diretamente nos padrões de produção agrícola. A Caatinga é um bioma que só ocorre no Brasil e possui um clima semiárido, quente e de baixa pluviosidade, sendo que na estação seca a temperatura do solo pode chegar até 60ºC. A Caatinga apresenta uma grande riqueza de ambientes e espécies, e boa parte dessa diversidade não é encontrada em nenhum outro bioma. Uma característica muito peculiar da Caatinga é a existência de duas estações bem contrastantes durante o ano, o inverno caracterizado por ser a estação da chuva e o verão a época da seca. A vegetação é composta por Euforbiáceas, Bromeliáceas e Cactáceas, dentre as quais destacam-se o Cereus jamacaru (mandacaru), Pilosocereus gounellei (xique-xique) e Melocactus sp. (cabeça-de-frade). O mandacaru planta que sobrevive às altas temperaturas e baixa disponibilidade de água da Caatinga possui adaptações morfológicas estruturais que contribuem para a sobrevivência da mesma. Além dessas adaptações a comunidade microbiana da rizosfera foi estudada para descobrir quais micro-organismos presentes nesse ambiente auxiliam na manutenção do hospedeiro frente a essas condições adversas. Assim como, quais grupos e funções são mais abundantes nessas condições. Nesse estudo foi feito o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e do DNA total da rizosfera de mandacaru. A comunidade bacteriana foi bem representada pelos filos Actinobacteria, Proteobacteria e Acidobacteria, sendo que o filo Actinobacteria foi mais abundante na seca de acordo com o sequenciamento metagenômico e o filo Acidobacteria foi mais abundante no período de chuva. Em geral o sequenciamento do gene 16S rRNA, indicou que Actinobacteria e Proteobacteria são os filos mais abundantes e os genes relacionados às funções de resistência a doenças foram mais abundantes na estação seca, enquanto genes relacionados ao metabolismo do nitrogênio foram mais abundantes durante o período chuvoso, revelando assim, um pouco do potencial que o microbioma da rizosfera de mandacaru possui para auxiliar a planta hospedeira. / The present world scenario of climate change, global warming and the increase in areas undergoing desertification, have directly impacted on current patterns of agricultural crop production. The Caatinga is a specific Brazilian biome because of its semi-arid climate, hot and low rainfall, and the temperature that reaches the 60°C in the dry season. The Caatinga has a huge biodiversity and much of its diversity is not found in any other biome. A peculiar characteristic of the Caatinga biome is the occurrence of two very contrasting seasons during the year, the winter which is characterized by a rainy season and summer the dry season. The vegetation is composed by Euphorbiaceae , Bromeliaceae and Cactaceae, represented by Cereus jamacaru (Mandacaru) Pilosocereus gounellei (xique-xique) and Melocactus sp. (head-to-brother). Mandacaru is the plant that can survive through the specifics climate conditions of the Caatinga biome such as high temperatures and low water availability and this is probably due to some structural and morphological adaptations that contribute to its survival. Therefore, we assessed which microorganisms are associated with the plant rhizosphere, and which microbial groups contribute to the maintenance of the host throughout these adverse conditions. Also, we identified which are the most abundant microbial groups in these conditions and which microbial functions are more abundant in both evaluated seasons. Thus the present study assessed the mandacaru rhizosphere microbiome through a partial 16S rRNA gene sequencing and metagenomic sequencing. The bacterial community was well represented by the phyla Actinobacteria, Proteobacteria and Acidobacteria. The Actinobacteria was the most abundant microbial phyla in the dry season according to shotgun sequencing while the Acidobacteria was the most abundant microbial phyla in the rainy season. Overall, the 16S rRNA sequencing indicated that Actinobacteria and Proteobacteria were the most abundant groups and additionally, and genes related to disease resistance functions were more abundant in the dry season. Genes related to nitrogen metabolism were more abundant during the rainy season revealing some of the potential traits that the mandacaru can explore from its microbiome.