Existem evidências de que o gene HLA-B, cujo produto tem como função a apresentação de peptídeos a linfócitos CD8+ e ligação a receptores KIR, esteja sob a ação da seleção natural. As populações nativas da América do Sul possuem uma grande quantidade de alelos de HLA-B exclusivos (endêmicos) em freqüências elevadas, enquanto que as populações nativas norte-americanas compartilham seus alelos com a Ásia. A hipótese elaborada para explicar a diferença de perfil alélico entre as populações norte e sul-americanas é conhecida como turnover de alelos. Segundo essa hipótese, os alelos exclusivos de ameríndios teriam aumentado de freqüência e substituído os ancestrais por apresentarem com eficiência os antígenos dos patógenos sul-americanos e/ou devido ao efeito de deriva genética, que provavelmente foi importante como conseqüência dos pequenos tamanhos efetivos populacionais. Esse processo teria ocorrido várias vezes, explicando as diferenças nos perfis alélicos entre as populações sul-americanas, cada uma das quais com um determinado conjunto de alelos endêmicos. Para verificar se as populações que possuem maiores freqüências de alelos endêmicos apresentam sinais da atuação da seleção natural, nós analisamos o polimorfismo do gene HLA-B em 474 amostras oriundas de 26 populações nativo-americanas e uma siberiana, quantificamos a freqüência de alelos endêmicos por população e região, e aplicamos os testes de neutralidade Ewens-Watterson e D de Tajima. Nós encontramos uma correlação positiva entre aumento da distância do Estreito de Bering e maior freqüência de alelos endêmicos (r2 = 0,351, p<0,01). Entretanto, essa correlação desapareceu quando excluímos as populações norte-americanas (r2 = 0,109, p>0,10), mostrando que a correlação é uma conseqüência das diferenças entre as populações localizadas na região neártica, que praticamente não possuem alelos endêmicos, e as populações neotropicais, que apresentam uma maior freqüência de alelos endêmicos. Esse resultado está de acordo com a hipótese de que há uma correlação entre o ambiente tropical e alterações do perfil alélico das populações ameríndias. O teste de D de Tajima mostrou desvios significativos de neutralidade, na direção de seleção balanceadora, ao longo de todo o continente (p<0,05), não havendo diferenças entre as populações com maiores ou menores freqüências de alelos endêmicos. Esse resultado é, provavelmente, conseqüência da captação de um sinal seletivo anterior à entrada no continente americano. Nossos resultados mostram que a composição de alelos endêmicos difere entre os grupos populações, e não entre as populações individuais. Portanto, é plausível que a seleção natural tenha promovido a substituição dos alelos asiáticos antes do estabelecimento das populações ameríndias individuais que conhecemos hoje. Essa hipótese está de acordo com a quase total ausência de populações desviando significativamente do esperado segundo o modelo neutro, quando aplicamos o teste de Ewens-Watterson, que ao contrário do D de Tajima, é menos afetado por eventos seletivos antigos. / The protein encoded by the HLA-B gene presentes antigenic peptides for immune recognition by T cells and interacts with killer cell immunoglobulin-like receptors. There is strong evidence that HLA-B is evolving under natural selection. South American Amerindians Populations have a great number of exclusive (endemic) HLA-B alleles in high frequency. These are alleles found in this geographic region, and nowhere else in the world. Differently, Native North American Populations have the same alleles as those found in Asians. The allelic turnover hypothesis was proposed to explain these findings. According to this model, the endemic South American alleles reached high frequencies and replaced the old ones under pathogen driving selection and/or strong genetic drift. It is likely that the allelic turnover occurs several times in the history of South Americans Populations, explaining the differences in endemic alleles present in each populations. It is plausible that Native Americans Populations with evidence of allelic turnover were under a strong selective pressure. To test this hypothesis we analyzed the HLA-B gene in 474 individuals from 26 Native American and one Siberian Populations. We described the endemic alleles frequencies for each population and applied the Ewens-Watterson and Tajimas D tests of neutrality. We found a positive correlation between distances from the Behring Strait and on increase in the frequency of the endemic alleles (r2 = 0.351, p<0.01). However, significance was lost when the North Americans Populations werw removed (r2 = 0.109, p>0.10), showing that the correlation was driven by differences between the Neartic Populations (low frequency of endemic alleles) and Neotropical Populations (high frequency of endemic alleles). This observation is in agreement with the hypothesis of correlation between the tropical environment and the shift in the allelic composition observed in Native Latin American Populations. Our results of Tajimas D showed deviations compatible with the action of balancing selection in populations in all the Americas. It is likely that this signal was generated before the colonization of the continent, probably with no correlation with the increase of the endemic alleles frequencies. We observed similarities in the endemic allelic composition of populations located at specific regions (eg, Amazonia or South Mexico) which is likely an effect of their common ancestry Only two populations deviated significantly from neutrality when we applied the Ewens-Watterson test (a less powerful test for ancient selective or demographic effects than Tajimas D). These results are compatible with selection favoring the endemic alleles in the past, before the establishment of the individual populations, whose demographic histories resulted in patterns of variation compatible with neutrality.

Existem evidências de que o gene HLA-B, cujo produto tem como função a apresentação de peptídeos a linfócitos CD8+ e ligação a receptores KIR, esteja sob a ação da seleção natural. As populações nativas da América do Sul possuem uma grande quantidade de alelos de HLA-B exclusivos (endêmicos) em freqüências elevadas, enquanto que as populações nativas norte-americanas compartilham seus alelos com a Ásia. A hipótese elaborada para explicar a diferença de perfil alélico entre as populações norte e sul-americanas é conhecida como turnover de alelos. Segundo essa hipótese, os alelos exclusivos de ameríndios teriam aumentado de freqüência e substituído os ancestrais por apresentarem com eficiência os antígenos dos patógenos sul-americanos e/ou devido ao efeito de deriva genética, que provavelmente foi importante como conseqüência dos pequenos tamanhos efetivos populacionais. Esse processo teria ocorrido várias vezes, explicando as diferenças nos perfis alélicos entre as populações sul-americanas, cada uma das quais com um determinado conjunto de alelos endêmicos. Para verificar se as populações que possuem maiores freqüências de alelos endêmicos apresentam sinais da atuação da seleção natural, nós analisamos o polimorfismo do gene HLA-B em 474 amostras oriundas de 26 populações nativo-americanas e uma siberiana, quantificamos a freqüência de alelos endêmicos por população e região, e aplicamos os testes de neutralidade Ewens-Watterson e D de Tajima. Nós encontramos uma correlação positiva entre aumento da distância do Estreito de Bering e maior freqüência de alelos endêmicos (r2 = 0,351, p<0,01). Entretanto, essa correlação desapareceu quando excluímos as populações norte-americanas (r2 = 0,109, p>0,10), mostrando que a correlação é uma conseqüência das diferenças entre as populações localizadas na região neártica, que praticamente não possuem alelos endêmicos, e as populações neotropicais, que apresentam uma maior freqüência de alelos endêmicos. Esse resultado está de acordo com a hipótese de que há uma correlação entre o ambiente tropical e alterações do perfil alélico das populações ameríndias. O teste de D de Tajima mostrou desvios significativos de neutralidade, na direção de seleção balanceadora, ao longo de todo o continente (p<0,05), não havendo diferenças entre as populações com maiores ou menores freqüências de alelos endêmicos. Esse resultado é, provavelmente, conseqüência da captação de um sinal seletivo anterior à entrada no continente americano. Nossos resultados mostram que a composição de alelos endêmicos difere entre os grupos populações, e não entre as populações individuais. Portanto, é plausível que a seleção natural tenha promovido a substituição dos alelos asiáticos antes do estabelecimento das populações ameríndias individuais que conhecemos hoje. Essa hipótese está de acordo com a quase total ausência de populações desviando significativamente do esperado segundo o modelo neutro, quando aplicamos o teste de Ewens-Watterson, que ao contrário do D de Tajima, é menos afetado por eventos seletivos antigos. / The protein encoded by the HLA-B gene presentes antigenic peptides for immune recognition by T cells and interacts with killer cell immunoglobulin-like receptors. There is strong evidence that HLA-B is evolving under natural selection. South American Amerindians Populations have a great number of exclusive (endemic) HLA-B alleles in high frequency. These are alleles found in this geographic region, and nowhere else in the world. Differently, Native North American Populations have the same alleles as those found in Asians. The allelic turnover hypothesis was proposed to explain these findings. According to this model, the endemic South American alleles reached high frequencies and replaced the old ones under pathogen driving selection and/or strong genetic drift. It is likely that the allelic turnover occurs several times in the history of South Americans Populations, explaining the differences in endemic alleles present in each populations. It is plausible that Native Americans Populations with evidence of allelic turnover were under a strong selective pressure. To test this hypothesis we analyzed the HLA-B gene in 474 individuals from 26 Native American and one Siberian Populations. We described the endemic alleles frequencies for each population and applied the Ewens-Watterson and Tajimas D tests of neutrality. We found a positive correlation between distances from the Behring Strait and on increase in the frequency of the endemic alleles (r2 = 0.351, p<0.01). However, significance was lost when the North Americans Populations werw removed (r2 = 0.109, p>0.10), showing that the correlation was driven by differences between the Neartic Populations (low frequency of endemic alleles) and Neotropical Populations (high frequency of endemic alleles). This observation is in agreement with the hypothesis of correlation between the tropical environment and the shift in the allelic composition observed in Native Latin American Populations. Our results of Tajimas D showed deviations compatible with the action of balancing selection in populations in all the Americas. It is likely that this signal was generated before the colonization of the continent, probably with no correlation with the increase of the endemic alleles frequencies. We observed similarities in the endemic allelic composition of populations located at specific regions (eg, Amazonia or South Mexico) which is likely an effect of their common ancestry Only two populations deviated significantly from neutrality when we applied the Ewens-Watterson test (a less powerful test for ancient selective or demographic effects than Tajimas D). These results are compatible with selection favoring the endemic alleles in the past, before the establishment of the individual populations, whose demographic histories resulted in patterns of variation compatible with neutrality.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ricardoacayabadetoledo_dissert.pdf: 765730 bytes, checksum: bac7d4d4322f0a4d4a32d9be65a91344 (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Introduction: Spondyloarthritis is a group of diseases with clinical, laboratory and image similar. Analysis of clinical manifestations of spondyloarthritis in patients with and without the HLA-B*27 were performed, but the results revealed great heterogeneity. Objectives: The aim of this study was to evaluate the clinical manifestations of spondyloarthritis according to the classification criteria of the European Study Group Spondyloarthropathy (ESSG) in the presence and absence of the HLA-B*27. Patients and methods: From a total of 156 patients with clinical suspicion referred for the investigation of gene HLA-B*27, 73 were diagnosed with spondyloarthritis according to the criteria of ESSG. The HLA-B*27 were identified using commercial kits (Dynal ReliTM SSO HLA-B Typing Kit, Invitrogen). Clinical data were collected from medical records of patients. The results were compared using the chi-square or Fisher exact test. The values of Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% were also calculated. The p-value equal to or less than 0.05 was considered significant. Results: Of the 73 selected patients, 53 (72.6%) were male and 20 (27.4%) were female. The mean age was 49.4 and did not differ between genders (p = 0337). The spondyloarthritis found among the 73 patients were: ankylosing spondylitis (n = 47; 64.4%), psoriatic spondyloarthritis (n = 9; 12.3%), undifferentiated spondyloarthritis (n = 9; 12.3%), spondyloarthritis enteropathica (n = 6; 8.2%) and reactive arthritis (n = 2; 2.7%). The average age of onset was equal to 39.1 (± 11.7) and did not differ between genders (p = 0.9057). Of the total, 35 (47.9%) patients were HLA-B*27 positive and 38 (52.1%) were negative. This gene was positively associated with ankylosing spondylitis (OR: 5.37, 95% CI: 1813-15905, p = 0.003) and negatively with spondyloarthritis enteropathica (OR: 0.07, 95% CI: 0003-1301, p = 0.025). The sacroiliitis was associated with the presence of the gene (OR: 10 552, 95% CI: 1260-88256, p = 0.014) and intestinal injury absence (OR: 0.195, 95% CI: 0038-0978, p = 0.048). Conclusions: The HLA-B * 27 was associated with ankylosing spondylitis, enteropathic but not to spondyloarthritis. The radiological signs of sacroiliitis prevailed in patients positive for HLA-B*27, while intestinal involvement was associated with the absence of this gene. especially in cases of dystrophic scoliosis. In both cases, studies with larger samples are needed to assess whether these trends are evident. / Introdução: Espondiloartrite é um grupo de doenças com características clínicas, laboratoriais e imagenológicas semelhantes. Análises das manifestações clínicas das espondiloartrites em pacientes com e sem o gene HLA-B*27 foram realizadas, mas os resultados revelaram grande heterogeneidade. Objetivos: O objetivo deste trabalho foi avaliar as manifestações clínicas das espondiloartrites utilizadas nos critérios de classificação do European Spondyloarthropathy Study Group (ESSG) na presença e na ausência do gene HLA-B*27. Casuística e método: De um total de 156 pacientes com suspeita clínica, encaminhados para investigação do gene HLA-B*27, 73 tiveram diagnóstico de espondiloartrites confirmado, de acordo com os critérios do ESSG. O gene HLA-B*27 foi identificado com o uso de kits comerciais (Dynal ReliTM SSO HLA-B Typing Kit, Invitrogen). Os dados clínicos foram colhidos dos prontuários médicos dos pacientes. Os resultados foram comparados com o uso dos testes Qui-quadrado ou o teste exato de Fisher. Os valores de Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança a 95% também foram calculados. O valor p igual ou menor que 0,05 foi considerado significante. Resultados: Dos 73 pacientes selecionados, 53 (72,6%) eram do sexo masculino e 20 (27,4%), femininos. A média de idade foi igual a 49,4 e não diferiu entre os sexos (p=0.337). As espondiloartrites encontradas entre os 73 pacientes foram: espondilite anquilosante (n=47; 64,4%), espondiloartrite psoriásica (n=9; 12,3%), espondiloartrite indiferenciada (n=9; 12,3%), espondiloartrite enteropática (n=6; 8,2%) e artrite reativa (n=2; 2,7%). A média de idade de início dos sintomas foi igual a 39,1 (±11.7) e não diferiu entre os sexos (p=0,9057). Do total, 35 (47.9%) pacientes eram HLA-B*27 positivo e 38 (52.1%), negativos. Este gene foi associado positivamente à espondilite anquilosante (OR: 5.37; IC 95%: 1.813-15.905; p=0.003) e negativamente à espondiloartrite enteropática (OR: 0.07; IC 95%: 0.003-1.301; p=0.025). A sacroiliíte se associou à presença do gene (OR: 10.552; IC 95%: 1.260-88.256; p=0.014) e o comprometimento intestinal à ausência (OR: 0.195; IC 95%: 0.038-0.978; p=0.048). Conclusões: O gene HLA-B*27 foi associado à espondilite anquilosante, mas não à espondiloartrite enteropática. Os sinais radiológicos de sacroiliíte prevaleceram nos pacientes positivos para o gene HLA-B*27, enquanto o comprometimento intestinal foi associado à ausência deste gene.

Despite the introduction of antiretroviral therapy, the HIV/HIV epidemic remains an unsolved global health problem. Amongst all the host defence mechanisms, HLA class I molecules have shown the strongest genetic association with delayed disease progression, in particular HLA-B alleles. Numerous studies have shown that the HLAmediated CD8+ T cell responses play a central role in the immune control of HIV. Yet our understanding of HLA-mediated immune control of HIV remains incomplete, even when considering the best-defined epitopes restricted by the protective HLA alleles at a population level. The studies I have conducted and describe herein focus on two well-charaterised protective HLA-B molecules, HLA-B*81:01 and HLA-B*27:05; a third protective molecule, HLA-B*52:01, that has not been well-studied hitherto; and finally the most prevalent HLAB allele in many Asian populations such as Taiwan, HLA-B*40:01, which has an apparently neutral effect on viral replication. This thesis is centred on the Gag-specific immune response, since previous studies have shown the benefits of CD8+ T-cell responses targeting this conserved and immunogenic region of the HIV proteome, in particular the p24 capsid protein. I have investigated here HLA footprints driven by CD8+ T-cell pressure on HIV that are evident in the viral sequences of individuals expressing these HLA molecules. These footprints include novel escape and putative compensatory mutations. The impact of these variants on viral replicative capacity (VRC) and on HIV disease outcome clinical outcomes was examined via fitness assays. These studies identified several escape mutations that effectively cripple HIV. The distinct compensatory pathways available to the virus to mitigate the fitness cost of particular escape mutations were evaluated. In the course of these analyses I have demonstrated the critical influence of the viral backbone, including HIV clade, in combination with particular viral variants, on VRC. Computational modelling analysis has been applied to facilitate understanding of the mechanism by which certain mutants affect the stability of interactions between HLA and viral capsid protein. This thesis offers novel insights into immune control of the key HIV subtypes – B- and C-clade – and of the most severely affected populations – in Africa (South Africa) and Asia (India and Taiwan) – within the global epidemic. This work helps to better define the viral mutation landscape that is essential both for future vaccines designed to corner the virus, and for successful HIV cure strategies.

Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2018-02-07T18:29:25Z No. of bitstreams: 1 ulissescamargo_tese.pdf: 700757 bytes, checksum: 68231dab9197a8717320c0e887f2b2f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T18:29:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulissescamargo_tese.pdf: 700757 bytes, checksum: 68231dab9197a8717320c0e887f2b2f6 (MD5) Previous issue date: 2016-09-22 / Introduction. The spondyloarthritis encomprises a group of diseases strongly associated with HLA-B*27 gene. It has been proposed that genes not belonging to the major histocompatibility complex human influence the genesis of these diseases especially in patients HLA-B*27 negative. Objectives. The aim of this study was to test the hypothesis that the antigens of the ABO, Secretor and Lewis histo-blood systems are associated with spondyloarthritis, especially ankylosing spondylitis (AS). Material and methods. Three hundred and ninety-four patients with clinical suspicion of spondyloarthritis sent for identification of HLA-B*27 gene were analyzed. One hundred and nineteen (30.2%) had confirmed the diagnosis of spondyloarthritis according to the ASAS criteria. The remaining 275 (69.8%) were used as controls. The identification of HLA-B*27 gene was performed using the PCR-SSOP method. The identification of the antigens of the ABO, Secretor and Lewis histo-blood systems was performed using hemagglutination and PCR-RFLP methods. The exact Fisher's test, the chi-square, and the values of Odds Ratio (OR) and Confidence Interval set at 95% were calculated using the GraphPad INSTAT software, accepting the error of 5%. Results. No statistically significant differences were observed in the frequency of antigenic profiles of ABO (χ2: 1.152; p = 0.764; GL: 3), Secreto (χ2: 0.779; p = 0.377; GL: 1) and Lewis (χ2: 1.853; p = 0.396; GL: 2) histo-blood groups between patients and controls. The Lea antigen was more frequent in patients with AS compared to controls (OR: 1.833; 95% CI: 1025- 3284, p = 0.053). This antigen was strongly associated with AS in HLA-B*27 negative patients compared to controls (OR: 4.469; 95% CI: 1931-10342; p = 0.0007). This association remained only in males in the absence of HLA-B*27 gene (OR: 6.880; 95% CI: 1852-25564; p = 0.004). Conclusions. AS is associated to the Lea antigen in HLAB* 27 negative male patients. / Introdução. As espondiloartrites compreendem um grupo de doenças fortemente associadas ao gene HLA-B*27. Tem sido proposto que genes não pertencentes ao complexo principal de histocompatibilidade humano influenciam a gênese destas doenças especialmente nos pacientes HLA-B*27 negativos. Objetivos. O objetivo deste estudo foi testar a hipótese de que os antígenos dos sistemas histo-sanguíneos ABO, Secretor e Lewis estão associados à espondiloartrites, especialmente a espondilite anquilosante (EA). Material e método. Foram analisados 394 pacientes com suspeita clínica de espondiloartrites encaminhados para identificação do gene HLA-B*27. Cento e dezenove (30,2%) tiveram o diagnóstico de espondiloartrite confirmado de acordo com os critérios ASAS. Os 275 (69,8%) restantes compuseram o grupo controle. A identificação do gene HLA-B*27 foi realizada com o uso do método PCR-SSOP. A caracterização dos antígenos dos sistemas histo-sanguíneos ABO, Secretor e Lewis foi realizada com o uso dos métodos hemaglutinação e PCR-RFLP. O teste exato de Fisher, o qui-quadrado, os valores de Odds Ratio (OR) e do intervalo de confiança a 95% foram calculados com o uso do software GraphPad Instat, aceitando o erro de 5%. Resultados. Não foram observadas diferenças estatisticamente significantes nas frequências dos perfis antigênicos dos sistemas histo-sanguíneos ABO (χ2: 1.152; p=0,764; GL: 3), Secretor (χ2: 0.779; p=0,377; GL: 1) e Lewis (χ2: 1.853; p=0,396; GL: 2) de pacientes e controles. Foi observada maior frequência do antígeno Lea em pacientes com EA, comparados aos controles (OR: 1.833; IC 95%: 1.025 – 3.284; p=0,053). Este antígeno mostrou-se fortemente associado à EA em pacientes HLA-B*27 negativos comparados aos controles (OR: 4.469; IC 95%: 1.931 – 10.342; p=0,0007). Esta associação se manteve apenas no gênero masculino na ausência do gene HLA-B*27 (OR: 6.880; IC 95%: 1.852 – 25.564; p = 0,004). Conclusões. A EA está associada ao antígeno Lea nos pacientes masculinos HLA-B*27 negativos.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:32Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00483a.pdf: 1399809 bytes, checksum: db2c4c756807d9d1d5e11ec653e60536 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:33Z : No. of bitstreams: 2 Publico-00483a.pdf: 1399809 bytes, checksum: db2c4c756807d9d1d5e11ec653e60536 (MD5) Publico-00483b.pdf: 1297102 bytes, checksum: 7744b75b0f20f0757254b064592deba6 (MD5) / Introdução: Desde a introdução da terapia antirretroviral altamente ativa, infecções como as que ocorrem pelo vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) passaram a ser tratadas como uma condição crônica manejável e não mais como uma doença fatal. A suspeita de hipersensibilidade é a principal razão para o início da interrupção do abacavir. O desenvolvimento desta hipersensibilidade por pacientes infectados com o vírus HIV ainda não está completamente esclarecido. Testes genéticos que comprovam a presença do alelo HLA-B*57:01 e permitem a exclusão do uso do abacavir por pacientes portadores deste alelo o que têm demonstrado uma diminuição da incidência de hipersensibilidade entre indivíduos portadores deste vírus. Objetivo: Verificar a prevalência do alelo HLA-B*57 e do alelo específico HLA-B* 57:01 nos pacientes HIV positivos em tratamento com antirretrovirais no Estado de Mato Grosso e estabelecer a eficácia do rastreio prospectivo do alelo específico para impedir a reação de hipersensibilidade ao abacavir. Métodos: As genotipagens para a detecção do alelo HLA-B*5701 foram realizadas por PCR-SSP (Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific of Primers) utlilizando um multiplex contendo quatro seqüências dos pares de oligonucleotídios iniciadores. Participaram do estudo 517 pacientes portadores do vírus HIV em tratamento no Centro Estadual de Referência em Média e Alta Complexidade – CERMAC DST/AIDS e/ou encaminhados de outras Unidades de atendimento médico do Estado de Mato Grosso. Resultados: Dos 517 pacientes incluídos no estudo, 385 (74,5%) tiveram resultados de tipagem negativos para o alelo HLA-B*57, 103 (19,9%) foram positivos para este alelo e 29 (5,6%) foram positivos para o alelo específico HLA-B*57:01. Entre os pacientes com resultado negativo para os alelos HLA-B*57 e HLA-B* 57:01, a idade média foi de 40 anos, 205 (53,2%) eram do sexo masculino e 242 (62,9%) eram brancos, já entre os pacientes com resultados positivos para o alelo HLA-B*57, a idade média foi de 38 anos, 47 (45,6%) eram do sexo masculino e 64 (62,1%) eram brancos, enquanto entre os pacientes positivos para o alelo HLA-B*57:01, a idade média foi de 40 anos, 7 (58,6%) eram homens e 15 (57,7%) eram brancos. O medicamento abacavir estava presente no tratamento de 68 pacientes avaliados durante o período do estudo e o alelo HLA-B*57:01 alelo estava presente em 7 (10,3%) destes. Reações de hipersensibilidade foram diagnosticadas em quatro destes pacientes, com uma incidência estatisticamente significativa (p <0,001). Conclusões: O rastreamento do alelo HLA-B*57:01 pode reduzir o risco de hipersensibilidade ao abacavir. Nossos resultados demonstram que testes de biologia molecular podem ser usados para prevenir os efeitos tóxicos de determinadas drogas. / Hypersensitivity reaction to abacavir is strongly associated with the presence of the HLA-B*57:01 allele. This study was designed to establish the prevalence of HLA-B*57:01 among HIV-1 infected individuals in Brazil. A total of 517 consecutive outpatient’s clinics of the State Reference Center in High and Medium Complexity - CERMAC and forwarded to other medical care unit of the Mato Grosso State were followed in this study from february 2008 through july 2010. The presence of HLA-B*57:01 was determined by Nested-PCR with HLA-B*57 and HLA-B*57:01 sequence-specific primers (PCR-SSP). A total of 517 patients were enrolled and randomly assigned to a study group. Of these, 385 (74.5%) were negative for HLA-B*57; 103 (19.9%) were positive for HLA-B*57 and 29 (5.6%) were positive for HLA-B*57:01. Of the HLA-B*57 and HLA-B*57:01 negative patients, the median age was 40 years; 205 (53.2%) were male sex and 242 (62.9%) were Caucasians. Among the patients positive for allele HLA-B*57, the mean age were 38 years; 47 (45.6%) were male sex and 64 (62.1%) were Caucasians. Of the patients positive for allele HLA-B*57:01, the median age was 40 years; 17 (58.6%) were men and 15 (57.7%) were caucasian. An abacavir containing regimen was administerede to 68 patients during the study period, the HLA-B*57:01 alelle was found in 7 (10.3%) of these and the in Hypersensitivity reaction was clinically diagnosed in 4 of these patients, with a statistically significant incidence (p<0.001). / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Kidney failure is an important cause of morbidity and mortality, frequently associated with chronic inflammation of glomeruli and immune hypersensitivity reactions. In this study we aimed to determine if there was an association between HLA alleles and end stage kidney diseases. Towards this objective, we analyzed 87 patients with an average age of 51 years and a mean of 4.5 years of hemodialysis. The main clinical diagnosis of kidney failure in this group was hypertension (38%), diabetes (25%) and glomerulopathies (23%). As a control, we utilized the HLA typing data of 17,541 voluntary marrow donors from the Brazilian national registry. HLA typing was determined by SSO kits (One Lambda, Inc.) and flow cytometry (Luminex technology). Our results demonstrated that, when compared to the normal population, there was a significant association of: 1) hypertension with HLA-A*23 (p=0.014), HLA-A*30 (p<0.001) and HLA-B*41 (p=0.016); 2) diabetes with HLA-A*23 (p=0.004), HLA-A*30 (p=0.033), HLA-B*41 (p=0.023), HLA-B*81 (p=0.020), HLADRB 1*1 (p=0.030) and HLA-DRB1*3 (p=0.013); and 3) glomerulopathies with HLA-A*32 (p<0.001), HLA-B*13 (p<0.001), HLA-B*14 (p=0.004), HLA-DRB1*4 (p=0.030), HLADRB 1*11 (p=0.008) and HLA-DRB1*15 (p<0.001). There was an association between allele frequency and protection against kidney disease in the following situations: 1) hypertension with HLA-A*3 and HLA-DRB1*4; 2) diabetes with HLA-DRB1*11; 3) glomerulopathies with HLA-DRB1*1 and HLA-DRB1*13. In conclusion, HLA alleles may be an important marker of prognosis in chronic renal disease. / A insuficiência renal, frequentemente associada com inflamação glomerular crônica e com reações de hipersensibilidade, é importante causa de morbidade e mortalidade. O objetivo deste estudo foi determinar se havia associação entre alelos HLA e doença renal crônica terminal. Foram analisados 87 pacientes com idade média de 51 anos e realizando hemodiálise há, em média, 4,5 anos. Os principais diagnósticos clínicos da insuficiência renal neste grupo foram hipertensão (38%), diabetes (25%) e glomerulopatias (23%). Como controle foram utilizados dados de tipagens de HLA de 17.541 doadores voluntários de medula óssea do registro nacional Brasileiro. A tipagem de HLA foi determinada através de kits SSO (One Lambda, Inc) e citometria de fluxo (tecnologia Luminex). Nossos resultados demonstraram que, quando comparado com a população normal, havia associação significativa de: 1) hipertensão com HLA-A*23 (p=0,014), HLA-A*30 (p<0,001) e HLAB* 41 (p=0,016); 2) diabetes com HLA-A*23 (p=0,004), HLA-A*30 (p=0,033), HLA-B*41 (p=0,023), HLA-B*81 (p=0,020), HLA-DRB1*1 (p=0,030) e HLA-DRB1*3 (p=0,013); 3) glomerulopatias com HLA-A*32 (p<0,001), HLA-B*13 (p<0,001), HLA-B*14 (p=0,004), HLA-DRB1*4 (p=0,030), HLA-DRB1*11 (p=0,008) e HLA-DRB1*15 (p<0,001). Houve associação entre a frequência de alelos e proteção contra doença renal nas seguintes situações: 1) hipertensão com HLA-A*3 e HLA-DRB1*4; 2) diabetes com HLA-DRB1*11; 3) glomerulopatias com HLA-DRB1*1 e HLA-DRB1*13. Conclusão: alelos HLA podem ser importantes marcadores do prognóstico em doença renal crônica. / Doutor em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Thesis (Ph.D.)--University of Alabama at Birmingham, 2008. / Title from PDF title page (viewed on Sept. 17, 2009). Includes bibliographical references.

Typning av hla-b*27:En jämförelsestudie mellan två analysmetoder för att påvisa HLA-B*27 molekylen i ankyloserande spondylitCarolina BermudezBermudez, C. Typning av HLA-B*27. En jämförelsestudie mellan två analysmetoder för att påvisa HLA-B*27 molekylen i Ankyloserande spondylit. Examensarbete i Biomedicinsk vetenskap, 15 högskolepoäng. Malmö universitet: Fakulteten för hälsa och samhälle, institutionen för Biomedicinsk vetenskap, 2018.Human leukocyt antigen (HLA) är vävnadsantigener, belägna på våra vita blodkroppar. HLA-B*27 allelen är starkt kopplat till Ankyloserande spondylit (AS). Det är en kronisk inflammatorisk ledsjukdom, som främst attackerar ryggraden, bäckenet och bröstkorgen. Det finns idag ingen enskild laborativ metod som med full säkerhet kan fastställa diagnos av denna sjukdom, innan de kliniska symtomen uppträder. Typning av HLA-B*27 ger endast information om närvaro eller frånvaro av antigenet, vid utredning av AS. Vidare är HLA-B*27 en polymorf och de olika alleltyperna varierar kraftigt, bland skilda etniska grupper samt mellan geografiska områden. Genetiska- och miljöfaktorer påverkar också. Sjukdomsutveckling i samband med närvaro av HLA-B*27 allelen, varierar därför från individ till individ. Därmed fungerar metoden endast som ett komplement-verktyg, för att ytterligare bekräfta diagnos. Syftet med denna studie var att med realtids-polymerase chain reaction (PCR), utföra typning av HLA-B*27 med Linkseq kit samt jämföra analysresultaten med uthämtade resultat från intern sjukhusdatabas, där typning av HLA-B*27 hade utförts med PCR-SSP (sekvens-specifika primers). Samtliga resultat stämde överens till 100%, vilket indikerar att metoden fungerar bra. Det finns studier som visat att HLA-B*27 molekylens fria tunga kedjor (HLA-B*272) har en starkare benägenhet än andra HLA-molekyler att binda in till killer immunoglobine-like receptorer (KIRs). Inbindning till KIRs med efterföljande ökad stimulering av interleukiner (IL) främst IL-17 och IL-23 bidrar till sjukdomsutvecklingen av AS. Dock finns ingen HLA-B*272 specifik antikropp som kan bevisa detta och det behövs därför ytterligare undersökning för att hitta en sådan. Därefter skulle en ny laborativ metod kunna utvecklas för att fastställa diagnos av AS i ett tidigt skede, innan de kliniska symtomen uppvisas. Nyckelord: Allelvarianter, Ankyloserande spondylit, HLA-B*27, KIR, PCR-SSP, Realtids-PCR. / typing of hla-b*27:a comparison study between two analysing methods for the detection of the HLA-B*27 molecule in ankylosing spondylitisCarolina BermudezBermudez, C. Typing of HLA-B*27. A comparison study between two analysing methods for the detection of the HLA-B*27 molecule in Ankylosing spondylitis. Degree project in Biomedical Laboratory Science, 15 credit points. Malmö University: Faculty of Health and Society, Department of Biomedical science, 2018.Human leukocyte antigen (HLA) are tissue antigens located on our white blood cells. The HLA-B*27 allele is strongly related to Ankylosing spondylitis (AS). It is a chronical inflammatory rheumatic disease that primarily affects the spine, the pelvis and the chest. At present, there is no single laboratory method that with all certainty may determine diagnosis of this disease, before the clinical symptoms appear. Typing of HLA-B*27 only gives information about the presence or absence of the antigen, upon the investigation of AS. Furthermore, HLA-B*27 is a polymorph and the different types of alleles, strongly vary among different ethnic groups and also between geographic regions. Genetic- and environmental factors also affect. Development of disease in conjunction with the presence of the HLA-B*27 allele, therefore varies from one individual to another. So, the method only functions as a complementary tool, to further confirm diagnosis. The aim of this study was to perform HLA-B*27 typing with realtime-polymerase chain reaction (PCR) using Linkseq kit and compare the analysed results with those results that were retrieved from the internal database of the hospital, where typing of HLA-B*27 had been performed with PCR-SSP (sequence specific primers). All results agreed with 100%, which indicates that the method functions well. There are studies that show that the heavy chains (HLA-B*272) of the HLA-B*27 molecule have a stronger affinity than other HLA-molecules of binding in to killer immunoglobulin-like receptors (KIRs). Increased stimulation of interleukins (IL) primarily IL17 and IL23, following binding to KIRs, contributes to the pathogenesis of ankylosing spondylitis. However, there is no HLA-B*272 specific antibody that may prove this and therefore more investigation is needed, in order to find one. A new laboratory method could then be developed to determine diagnosis of AS at an early stage, before the clinical symptoms emerge. Keyword: Allelvariants, Ankylosing spondylitis, HLA-B*27, KIR, PCR-SSP, Realtime-PCR.

INTRODUÇÃO: O Pênfigo Vulgar é uma doença bolhosa crônica que acomente pele e mucosas. A perda de adesão epitelial ocorre por agressão autoimune às desmogleínas presentes nos desmossomos, mediada por anticorpos IgG. Estudos sobre a gênese da autoimunidade no pênfigo indicam associação entre alelos do sistema HLA, especialmente dos loci DR e DQ. A população brasileira apresenta características favoráveis a estudos exploratórios em genética decorrente de sua origem mista e intensa miscigenação. PACIENTES E MÉTODO: O grupo em estudo incluiu trinta e seis pacientes não consanguíneos com diagnóstico de Pênfigo Vulgar comprovado por imunopatologia provenientes do estado de São Paulo, Brasil. Foram tipados para os loci HLA-A, HLA-B e HLA-DR utilizando-se oligonucleotídeos sequência-específica (PCR-SSO). As frequências alélicas e fenotípicas encontradas foram comparadas com as de um grupo controle composto de dados de 712 indivíduos doadores voluntários cadastrados no Registro Nacional de Doadores de Medula Óssea (REDOME) provenientes de São Paulo e tipados pelo mesmo método. O valor de P crítico foi corrigido utilizando-se o método False Discovery Rate. RESULTADOS: Os alelos HLA-DRB1*04:02, DRB1*08:04 e DRB1*14 estiveram associados à doença com riscos relativos de 44,6, 18,6 e 4,8, respectivamente (p<0,001). Não houve diferença estatisticamente significante entre as frequências de nenhum alelo dos loci HLA-A ou HLA-B entre os grupos. DISCUSSÃO: O alelo DRB1*04:02, diretamente, e o alelo DRB1*14, indiretamente por desequilíbrio de ligação com DQB1*05:03, estão associados com Pênfigo Vulgar em diversas populações ao redor do mundo, porém nenhum estudo semelhante observou associação com o alelo DRB1*08:04 em tamanha magnitude. Acreditamos que as associações encontradas em nosso estudo não sejam decorrentes de viés de estratificação populacional. É necessária, no entanto, a tipagem de loci adjascentes ao HLA-DR dos indivíduos do grupo em estudo para diferenciar se o risco à doença é inerente a estes alelos ou a algum outro nas proximidades, com o qual estariam em desequilíbrio de ligação. CONCLUSÕES: Os alelos HLA-DRB1*04:02, DRB1*08:04 e DRB1*14 estiveram associados ao Pênfigo Vulgar em pacientes brasileiros. / BACKGROUND: Pemphigus vulgaris is a chronic blistering disease affecting skin and mucous membranes. Autoimmune aggression to desmoglein in desmosomes, mediated by IgG antibodies, leads to loss of epithelial cell adhesion. Studies indicate association between some alleles of the HLA system and pemphigus vulgaris, mainly at the DR and DQ loci. Brazilian population characteristics are conducive to genetic exploratory studies because of its various origins and intense ethnically admixture. PATIENTS AND METHODS: The study group consisted of thirty-six unrelated patients with clinical and immunopathological diagnosis of pemphigus vulgaris from a tertiary hospital in Sao Paulo - Brazil. HLA allele typing at the A, B and DR loci was performed after DNA extraction using polymerase chain reaction and sequence-specific oligonucleotide probes (PCR-SSO). Allele and phenotypic frequencies were compared to those from a control group composed by 712 individuals volunteer donors registered in a national registry of bone marrow donors (REDOME) from Sao Paulo, typed using the same method. False Discovery Rate method was used to adjust level of critical P values. RESULTS: The HLADRB1* 04:02, DRB1*08:04 and DRB1*14 were associated with pemphigus vulgaris with relative risks of 44.6, 18.6 and 4.8, respectively (p <0.001). There was no significant difference between the frequencies of any allele of loci HLAA or HLA-B among the groups. DISCUSSION: The alleles DRB1*04:02 and DRB1*14 (indirectly through linkage disequilibrium with the DQB1*05:03) are associated with pemphigus vulgaris in several populations worldwide, however, no similar study reported such magnitude of association between pemphigus vulgaris and DRB1*08:04 allele. We consider that the association is not secondary to population stratification bias. HLA typing of nearby loci is required to differentiate if the association with pemphigus vulgaris is inherent to the HLA-DRB1*08:04 allele or to another gene which is in linkage disequilibrium. CONCLUSIONS: The HLA-DRB1*04:02, DRB1*08:04 and DRB1*14 were associated with pemphigus vulgaris in Brazilian patients