Made available in DSpace on 2015-04-22T22:12:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberto Alexandre.pdf: 1763581 bytes, checksum: c0c0eb448d286d60be56fecd5eb291e0 (MD5) Previous issue date: 2010-08-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Human papillomavirus is responsible for lesions in the oral mucosa, anal and urogenital tract of male and female, transmitted by direct or indirect contact with infected skin or through sexual intercourse. In women these infections can progress to cervical cancer, which is estimated incidence for the Northern region in 2010 was the largest in Brazil. The nature of the infection depends on the degree of integration of viral DNA with host DNA linked primarily to genes of oncoproteins E6 and E7 of HPV. The determination of the viral types can be held from differences in the viral capsid L1 gene and the variants of a particular type of HPV can be identified through the study of viral non-coding region. Currently the development of prophylactic vaccines against HPV particles using "pseudo-viral" formed by the L1 protein of different subtypes of high risk, while a growing number of studies that use the oncoproteins E6 and E7 in the development of therapeutic vaccines. However, it is necessary for the development of such antiviral vaccines also consider the great diversity of variants of HPV types exist, since differences between the genomic regions of these variants may influence the degree of their infections. This paper describes the complete genome sequence of a variant of HPV 16, detected in Amazonian region, using techniques of genetic engineering and the analysis of this genome by bioinformatics tools. It was observed by analysis of genetic distance that the genome of this variant has a genetic proximity of those identified in the literature as "African variants, and phylogenetic analysis, performed from the non-coding region, support this hypothesis. In addition, several mutations were detected in the genome and obtained, resulting in changes in the positions and number of restriction sites in its sequence. The major differences between the genetic regions of the genome sequenced and the corresponding variants in Africa have been observed over E7. It is expected, with that work, look for future research projects involving protein expression and genomic analysis of HPV in the Amazon region to the regional peculiarities in variants and provide a concise and complete reference on the genome of HPV 16 in the region. / O Papillomavirus Humano é responsável por lesões na mucosa oral, anal e do trato urogenital masculino e feminino, transmitidas por contato direto ou indireto com a pele infectada ou através de relações sexuais. Na mulher essas infecções podem evoluir para um câncer de colo do útero, cuja estimativa de incidência para a região Norte no ano de 2010 foi a maior do Brasil. A natureza das infecções depende do grau de integração do DNA viral com o DNA do hospedeiro associada, principalmente, aos genes das oncoproteínas E6 e E7 do HPV. A determinação dos tipos virais pode ser realizada a partir de diferenças no gene L1 do capsídeo viral e as variantes de um determinado tipo de HPV podem ser identificadas por meio do estudo da Região Não Codificadora viral. Atualmente o desenvolvimento de vacinas profiláticas contra o HPV utiliza partículas pseudo-virais formadas pela proteína L1 de tipos virais de alto risco, enquanto cresce o número de estudos que utilizam as oncoproteínas E6 e E7 no desenvolvimento de vacinas terapêuticas. Contudo, é necessário que o desenvolvimento de tais vacinas antivirais também considere a grande diversidade das variantes dos tipos de HPV existentes, uma vez que diferenças entre as regiões genômicas dessas variantes podem influenciar o grau de suas infecções. Este trabalho descreve o sequenciamento completo do genoma de uma variante do HPV 16, detectado no Estado do Amazonas, utilizando técnicas de Engenharia Genética, bem como a análise desse genoma por ferramentas de Bioinformática. Observou-se, pela análise de distâncias genéticas, que o genoma dessa variante apresenta grande proximidade genética dos exemplares identificados na literatura como variantes africanas , e as análises filogenéticas, realizadas a partir da Região Não Codificadora, reforçam essa hipótese. Além disso, também foram detectadas várias mutações ao longo do genoma obtido, resultando em alterações nas posições e na quantidade de sítios de restrição de sua sequência. As maiores diferenças entre as regiões gênicas do genoma sequenciado e as correspondentes nas variantes africanas foram observadas ao longo de E7. Espera-se, com esse trabalho, atentar os futuros projetos de pesquisa que envolvam expressão de proteínas e análises genômicas de HPV na região amazônica para as peculiaridades existentes nas variantes regionais e fornecer uma referência concisa e completa sobre o genoma do HPV 16 na região.

O carcinoma do colo uterino é um dos tumores mais freqüentes entre as mulheres e o principal fator de risco para o desenvolvimento desta neoplasia é a infecção persistente por tipos de papilomavírus humano (HPV) de alto risco oncogênico. Dentre estes, o HPV-16 é o mais comumente encontrado em lesões de alto grau e carcinoma. HPV cujas seqüências nucleotídicas diferem em até 2% são classificados como variantes de um mesmo tipo, e algumas destas variações genômicas levam a mudanças de aminoácidos em proteínas virais, em regiões potencialmente antigênicas. Além de variações antigênicas, o polimorfismo das moléculas HLA de classe II, responsáveis pela apresentação de antígenos às células T, também pode influenciar a resposta imune. Alguns estudos já descreveram associações entre alelos HLA e risco de câncer do colo do útero e infecção pelo HPV. Este projeto visa avaliar se existem diferenças na distribuição de alelos HLA entre pacientes com carcinoma do colo uterino portadoras de diferentes variantes de HPV-16 e mulheres sem câncer. Foram utilizados 112 casos de carcinoma do colo do útero positivos para presença de DNA de HPV-16 e 257 controles. Em todas as amostras do estudo foram realizadas as tipagens dos genes HLA-DRB1 e DQB1. A caracterização dos genes E6 e L1 de variantes de HPV-16 foi realizada nos 112 casos através de PCR-SSO e permitiu a identificação de infecções por uma única variante de HPV-16 em 89 amostras. Dentre elas foram encontradas variantes européias, asiático-americanas e africanas. A magnitude da associação entre os grupos HLA e as variantes de HPV-16 foi estimada através do cálculo de Odds Ratio e respectivo intervalo de confiança de 95%. Uma associação negativa entre DQB1*05 e câncer do colo do útero portadores de HPV-16 foi descrita anteriormente nesta amostra. Nosso estudo mostrou que esta associação pode ser atribuída as portadoras de variantes não-européias. A associação positiva de DRB1*15 mostrou ser maior entre portadoras de variantes européias que nãoeuropéias. Apesar do pequeno número de casos portadores de variantes africanas, foram encontradas associações positivas com DRB1*0701 e DQB1*0201. O polimorfismo da posição 350 do gene E6, descrito anteriormente como associado a risco de persistência de HPV, também foi avaliado: entre portadores de 350T, que codifica o aminoácido leucina, encontrou-se um efeito protetor dos alelos DRB1*04 e DQB1*0302. Uma maior freqüência de DRB1*15 foi observada entre portadores de variantes 350T quando comparada à freqüência nos controles. Nossos resultados sugerem que a associação entre alelos HLA de classe II e risco de câncer do colo do útero é influenciada pela distribuição de variantes de HPV-16 numa população determinada. / Cervical cancer is one of the most frequent tumor among women and the major risk factor for the development of this neoplasia is persistent infection with high risk oncogenic types of human papillomavirus (HPV). Among these, HPV-16 is the commonest type found in high grade lesions and carcinoma. HPV with less than 2% of divergence in nucleotide sequence are classified as variants of a given type, and these genomic variations can lead to changes in potentially antigenic regions. Besides these antigenic variations, polymorphism of HLA class li molecules, responsible for antigen presentation to T cells, can also influence the immune response. Several studies showed associations between HLA class II polymorphism and risk of cervical cancer and HPV infection. The aim of this study is to investigate if there are differences in the HLA class II alleles distribution between women with invasive cervical cancer (ICC) that harbor different HPV-16 variant and women without cancer. We analyzed 112 HPV-16 positive cases of cervical carcinoma and 257 controls. AII the samples had their HLA-DRB1 and DQB1 genes previously typed. HPV-16 variants in 112 ICC samples were characterized for E6 and L1 genes by PCR-SSO and allowed the identification of infections by single variants in 89 samples. European, Asian-American and African variants were found. The magnitude of association between HLA markers and HPV-16 variants was measured by Odds Ratios (OR) and respective 95% confidence intervals (CI). A negative association between DQB1*05 and HPV-16 positive ICC was previously described in this sample. Our study showed that it may be attributed to non-European variants carriers. The positive association of DRB1*15 was higher for women harboring European than non-European variants. In spite of the small number of women carrying African variants, positive association was found with DRB1*0701-DQB1*0201. The E6 gene polymorphism at residue 350, previously described as associated with risk of HPV persistence, was also investigated: among ICC carrying 350T, that code for leucine, we found a protective effect of DRB1*04-DQB1 *0302 haplotype. A higher frequency of DRB1*15 was found among carriers of 350T variants as compared to controls. Our results suggest that the association between HLA class II polymorphism and risk of invasive cervical cancer is influenced by the distribution of HPV-16 variants in a given population.