To characterise the habitat preferences of ring ouzel (Turdus torquatus) and blackbird (T. merula) in Switzerland, we adopt species distribution modelling and predict the species’ spatial distribution. We model on two different scales to analyse in how far downscaling leads to a different set of predictors to describe the realised habitat best. While the models on macroscale (grid of one square kilometre) cover the entire country, we select a set of smaller plots for modelling on territory scale. Whereas ring ouzels occur in altitudes above 1’000 m a.s.l. only, blackbirds occur from the lowlands up to the timber line. The altitudinal range overlap of the two species is up to 400 m. Despite both species coexist on macroscale, a direct niche overlap on territory scale is rare. Small-scale differences in vegetation cover and structure seem to play a dominant role for habitat selection. On macroscale however, we observe a high dependency on climatic variables mainly representing the altitudinal range and the related forest structure preferred by the two species. Applying the models for climate change scenarios, we predict a decline of suitable habitat for the ring ouzel with a simultaneous median altitudinal shift of +440 m until 2070. In contrast, the blackbird is predicted to benefit from higher temperatures and expand its range to higher elevations. / Unter Verwendung von Habitatmodellen beschreiben wir die Habitatpräferenz von Amsel (Turdus merula) und Ringdrossel (T. torquatus) in der Schweiz. Mit Hilfe verschiedener Klimaszenarien prognostizieren wir zudem die künftige potentielle Verbreitung beider Arten. Zur Beschreibung eines eventuell auftretenden Skalensprungs, d.h. einer Änderung in der Beschreibungskraft der Variablen auf verschiedenen räumlichen Ebenen, erstellten wir Modelle auf zwei unterschiedlichen Skalen. Während das Modell auf Makroskala mit einer Maschenweite von einem Quadratkilometer die gesamte Schweiz abdeckt, erstellten wir zudem eine Auswahl an Untersuchungsgebieten auf Revierebene. Ringdrosseln zeigen ihren Verbreitungsschwerpunkt in der subalpinen Lage, während Amseln vornehmlich das Tiefland und die Tallagen besiedeln und nur vereinzelt in hohe Lagen vordringen. In einem Gürtel von ungefähr 400 Höhenmetern siedeln beide Arten parallel.Trotz dieses auf der Makroskala erkennbaren Überschneidungsbereiches konnten wir in unserer Untersuchung auf Revierebene, von einer Ausnahme abgesehen, keine Koexistenz beobachten. Kleinräumige Unterschiede in der Habitatstruktur, insbesondere in der Vegetationsbedeckung scheinen demnach für die Habitatselektion von maßgeblicher Bedeutung zu sein. Auf Makroebene hingegen wurde der Einfluss klimatischer Variablen deutlich, die neben der Höhenlage auch dort typische Vegetationsstrukturen widerspiegeln. Wie die Klimaszenarien zeigen, nehmen geeignete Ringdrosselhabitate bei steigenden Temperaturen ab und die Art weicht im Mittel um 440 m in höhere Lagen zurück. Für Amseln scheint sich eine zunehmende Erwärmung jedoch positiv auszuwirken, während das Verbreitungsgebiet im Tiefland beibehalten wird, dringt sie von den Tälern ausgehend zunehmend in höhere Lagen vor.

Using radiotracking techniques in Kostelecký les, we studied spatial activity and habitat preferences of three cryptic whiskered bats (Myotis alcathoe, Myotis brandtii, Myotis mystacinus). We examined whether the species emerged from roost at different times. We researched home range (MCP) size and feeding sites (95% Kernel, 50% Kernel), and the distances travelled from the roost. Using a compositional analysis, we evaluated what habitat of the home range and feeding sites Myotis alcathoe and Myotis mystacinus prefer.

Using radiotracking techniques in Kostelecký les, we studied spatial activity and habitat preferences of three cryptic whiskered bats (Myotis alcathoe, Myotis brandtii, Myotis mystacinus). We examined whether the species emerged from roost at different times. We researched home range (MCP) size and feeding sites (95% Kernel, 50% Kernel), and the distances travelled from the roost. Using a compositional analysis, we evaluated what habitat of the home range and feeding sites Myotis alcathoe and Myotis mystacinus prefer.

The vegetation provides an ecological space for birds and its structure reflects the availability of this place and resources. What specific influence does the vegetation structure have on bird abundance and which vegetation parameters are the most essential for bird species are classic, but still topical questions. The aim of this work was to find an answer using a study focused on birds in floodplain forests and to determine whether microhabitat characteristics affect the distribution of bird species within a single habitat. The data of this work were collected by the point counting method in six floodplain forests of the Czech Republic and Slovakia and statistically evaluated using regression, correlation and redundancy analysis. The birds were observed on a larger and smaller spatial scale. It was also used the study of the saturation of the environment by bird species over time and for the first time the analysis of habitat photo documentation as an alternative way for describing the vegetation structure. Results show that the analysis of vegetation photographs can be used to explain and predict avian abundance and thus create a new suitable method for birds' studies. Some bird species such as the collared flycatcher (Ficedula albicollis) and the Eurasian blue tit (Cyanistes caeruleus) have...

In recent years, due to the development of molecular methods, a great level of cryptic diversity across multiple taxa was discovered. One of these groups are freshwater amphipods. Amphipods due to lower dispersal and recolonization abilities present a suitable model system for studying potential ecological interactions among genetically distant lineages during their secondary contact. In this thesis, I studied the cryptic species complex Gammarus fossarum in a contact zone of several genetically divergent lineages known from the previous research in the Vsetin region. I focused on two main questions: Firstly, whether there are preferences among individuals from different lineages for sexual partners from the same lineage rather than from the different one (i.e., I test for the potential existence of prezygotic reproduction barrier between the lineages). I tested this hypothesis by collecting pairs from natural contact zone and also (in a limited extent) by an aquarium experiment. Secondly, I tested whether these lineages differ in mesohabitat (pool versus riffle) distribution in syntopy, which may indicate competition among lineages and potential diversification of their ecological niches. Animals from nine localities (with expected contact of two lineages per locality) were examined. In more than...

L’assemblage des espèces (leurs présences/absence) dans une communauté naturelle est la conséquence de plusieurs mécanismes de filtrage réalisés par l'environnement. Parmi ces filtres, le filtre abiotique sélectionne les espèces capables de tolérer les conditions environnementales locales. La variation de la disponibilité de l'eau dans le sol est l'un des principaux gradients environnementaux selon lesquels les espèces végétales sont différemment réparties. Considérant l’hypothèse que les traits fonctionnels et leurs relations sont hiérarchisées, les préférences d’habitat des espèces le long de gradients environnementaux devraient être déterminées par une combinaison de traits physiologiques et morpho-anatomiques hiérarchisés. Au cours de ce doctorat, mon objectif général est d'identifier les traits fonctionnels morphologiques, anatomiques et physiologiques de tolérance à la sécheresse qui peuvent prédire la présence des espèces le long d'un gradient d’hydrologie des sols. Plus spécifiquement, nous cherchons à savoir : (i) Quels sont les traits physiologiques qui reflètent le mieux la tolérance à la sécheresse ? (ii) Quelles sont les relations entre les traits morpho-anatomiques et les traits physiologiques de tolérance ? (iii) Quels sont les traits morpho-anatomiques en conditions optimales permettant de prédire la tolérance des espèces herbacées à la sécheresse ? (iv) Quelles formes ont les relations qui existe entre les traits morpho-anatomiques de tolérance en condition optimale et la présence des espèces en cas de sécheresse ? (v) Peut-on prédire les présences des espèces en cas de sécheresse à partir de leurs traits morpho-anatomiques? Nos résultats montrent (1) qu’il est possible de prédire la distribution des espèces sur un gradient d’hydrologie des sols à partir de cinq traits physiologiques de tolérance à la sécheresse. Ces cinq traits sont la photosynthèse nette maximale, la conductance stomatique maximale, le potentiel hydrique du sol au point de flétrissement, la conductance stomatique au point de flétrissement et l’efficacité d’utilisation de l’eau au point de flétrissement. Nous avons montré que (ii) les traits physiologiques de tolérance à la sécheresse sont prédits par les traits morpho-anatomiques en conditions optimales (surface spécifique foliaire, teneur en matière sèche des feuilles, teneur en azote foliaire, longueur spécifique racinaire et surface stomatique). (iii) Les traits morpho-anatomiques seuls ne sont pas de bons prédicteurs de l’hydrologie des espèces et (iv) que la séquence « traits morpho-anatomiques → traits physiologiques → hydrologie des espèces » donne les meilleures prédictions. Cependant, (v) le modèle ne donne pas de prédictions fiables si l’on utilise des traits morpho-anatomiques mesurés en conditions naturelles. Ces résultats confirment, au moins partiellement, l’hypothèse que la distribution des espèces sur un gradient hydrologiques peut être prédite à partir de leurs traits de tolérance à la sécheresse eux-mêmes prédits par leurs traits morpho-anatomiques. En résumé, nous avons utilisé une approche fonctionnelle en construisant un modèle causal prédictif qui nous a permis de nous intéresser aux mécanismes de filtrage environnementaux et plus précisément au rôle de la niche hydrologique des espèces dans l’assemblage des communautés végétales. / Abstract : Species assembly (their presence/absence) in a natural community is the consequence of several filtering mechanisms made by the environment. Among these filters, the abiotic filter selects species able to tolerate local environmental conditions. Variation in water availability in the soil is one of the main environmental gradients according to which plant species are differently distributed. Considering the hypothesis that functional traits and their relationships are hierarchical, habitat preferences of species along environmental gradients should be determined by a combination of hierarchical physiological and morpho-anatomical traits. During this PhD, my overall goal is to identify morphological, anatomical and physiological drought tolerance functional traits that can predict the presence of species along a soil hydrology gradient. More specifically : (i) What are the physiological traits that best reflect drought tolerance? (ii) What are the relationships between morpho-anatomical traits and physiological traits of tolerance? (iii) What are the optimal morpho-anatomical traits for predicting tolerance of herbaceous species to drought? (iv) What forms of relationships exist between optimal morpho-anatomical traits of tolerance and the presence of species in drought condition? (v) Can the presence of species in drought condition be predicted from their morpho-anatomical features? Our results show (1) that it is possible to predict the distribution of species on a soil hydrology gradient from five physiological traits of drought tolerance. These five traits are maximum net photosynthesis, maximum stomatal conductance, water potential of the soil at the wilting point, stomatal conductance at the wilting point, and efficiency of water use at the wilting point. We have shown that (ii) the physiological traits of drought tolerance are predicted by optimal morpho-anatomical traits (leaf area, leaf dry matter content, leaf nitrogen content, root length and stomatal surface). (iii) Morpho-anatomical features alone are not good predictors of species hydrology and (iv) the sequence “morpho-anatomical traits  physiological traits  species hydrology” gives the best predictions. However (v) the model does not provide reliable predictions using morpho-anatomical traits measured under natural conditions. These results confirm, at least partially, the hypothesis that the distribution of species on a hydrological gradient can be predicted from their drought tolerance traits themselves predicted by their morpho-anatomical features. In summary, we used a functional approach by constructing a predictive causal model that allowed us to focus on environmental filtering mechanisms and more specifically on the role of the species hydrological niche in assembling plant communities.

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Aim of this study was to assess distribution and abundance of common synanthropic species of birds (House sparrow, Tree sparrow, Eurasian collared dove and Blackbird) in area of the city České Budějovice in the Czech Republic in autumn and winter. Habitat preferences of these species were analysed. Study also determined influence of the certain characteristics of urban vegetation on their occupation by both species of sparrows.

Les modèles d’habitat hydrauliques sont fréquemment utilisés pour prédire les impacts écologiques de la gestion des débits des rivières. Ils couplent des modèles hydrauliques des tronçons de rivières à des modèles de "préférences" des organismes pour les conditions hydrauliques de leur microhabitat (vitesses, hauteurs, forces). Les modèles d'habitat statistiques reposent sur une modélisation des distributions en fréquence des variables hydrauliques. Ils sont simples d'utilisation mais ne sont pas applicables en l'état en milieu insulaire tropical. Nous avons développé des modèles biologiques de préférences hydrauliques de 15 taxons diadromes des îles tropicales (crevettes et poissons), ainsi que des modèles hydrauliques statistiques adaptés aux rivières à forte pente et forte granulométrie. Les modèles utilisent cinq jeux de données biologiques existants (~8350 échantillons de pêches électriques, 52 rivières) et des mesures hydrauliques originales (44 rivières, 69 station×date), collectés dans quatre îles des Caraïbes (Guadeloupe, Martinique) et de l'Océan Indien (Mayotte, Réunion), en collaboration avec des partenaires locaux. Nos modèles hydrauliques statistiques prédisent les distributions de vitesses et de hauteurs d'eau observées avec plus de précision que les modèles développés en Europe continentale. Les modèles biologiques reflètent que les contraintes hydrauliques contribuent généralement faiblement à la sélection du microhabitat en milieu tropical. Néanmoins, certains taxons montrent des préférences hydrauliques significatives et comparables entre les jeux de données. Nous illustrons l'application possible des résultats pour guider la gestion des débits / Hydraulic habitat models are frequently used for predicting the ecological impacts of flow management in stream reaches. Their hydraulic component describes microhabitat hydraulics within the reach (e.g. velocity, depth); their biological component describes the "preferences" of aquatic taxa for microhabitat hydraulics. Statistical habitat models involve the modelling of the frequency distributions of hydraulic variables in reaches. Their application requires simple data, but such models are not available for insular tropical streams. We developed hydraulic preference models for 15 diadromous taxa of tropical islands (shrimps and fishes), and statistical hydraulic models for steep streams with large bed particle size. Our models are based on five available biological data sets (~8350 electrofishing units, 52 streams) and original hydraulic measurements (44 streams, 69 site×date) collected in four islands in the Caribbean region (Guadeloupe, Martinique) and the Indian Ocean (Reunion, Mayotte), in collaboration with local partners. Our hydraulic models improve the predictions of observed velocity and depth distributions when compared with previous models developed in continental Europe. Our biological models reflect that hydraulics contribute less to microhabitat selection in tropical islands than elsewhere. Nevertheless, some taxa have significant hydraulic preferences that are comparable among data sets and we illustrate a potential application of our results for guiding low flow management in tropical insular streams

Le concept d’habitat, qui définit le lieu de vie des organismes par des conditions abiotiques et biotiques, est déterminant pour étudier les relations entre les organismes et leur environnement. La sélection d’habitat est le processus à travers lequel l’organisme va choisir l’habitat où il se trouve en fonction des différents habitats disponibles autour de lui. Cette sélection va dépendre d’un choix individuel, qui est propre à l’organisme (ex. son comportement), et d’un choix commun, qui est observable chez des organismes qui partagent des traits communs (ex. les individus d’une même espèce). Les modèles spécifiques de sélection d’habitat cherchent à expliquer et prédire ce choix commun, et sont notamment utilisés pour les cours d’eau dans les outils d'aide à la définition de débits écologiques. Pour les poissons de rivière, la plupart des modèles spécifiques à l’échelle du microhabitat sont peu transférables à d’autres rivières. En effet, ils sont construits à partir de données d’abondance échantillonnées dans le même site pendant quelques campagnes. Afin d’améliorer la qualité prédictive de ces modèles, j’ai développé une approche prometteuse de modélisation multi-sites et multi-campagnes permettant à la fois de considérer la réponse non linéaire de la sélection et la surdispersion des données d’abondance. A partir de suivis individuels par télémétrie, j’ai montré la pertinence des modèles de sélection spécifiques malgré la forte variabilité individuelle observée. Finalement, la sélection d’habitat étant dépendante de processus structurant les communautés et agissant à l’échelle du paysage, telle que la dispersion des individus, j’ai mis en évidence l’intérêt d’utiliser des techniques légères d’échantillonnage comme les observations par plongée pour caractériser les structures des communautés et leurs répartitions spatiales. Ces techniques permettront alors d’étudier l’influence des processus du paysage sur les modèles de sélection d’habitat / The habitat concept, which defines the place where organisms live, is composed by abiotic and biotic conditions and differs for examples between species or activities. The habitat selection is the process where organisms choose the habitat to live in function of all habitats available around them. This habitat selection depends on an individual choice related to the organism, for example its behavior and a common choice related to organisms sharing common traits as individuals from the same species. Specific habitat selection models are developed to understand and represent this common choice and used to build ecological flow tools. For freshwater fish, most of specific habitat selection models have low transferability between reaches and rivers. Indeed, they are built from abundance data and sampled in the same study reach during few numbers of surveys. In order to improve predictive quality of models, I developed an attractive modelling approach, both multi-reach and multi-survey, involving the non-linear response of habitat selection and abundance data overdispersion. Then, despite the high individual variability of habitat selection, I showed, from telemetry data, the relevance of developing specific habitat selection models. Finally, as the habitat selection is also depending on processes which influence community structures at the landscape scale (e.g. dispersal), I demonstrate the benefits of sampling methods such as snorkeling to characterize community structures and their longitudinal distributions at a large spatial scale. These techniques will allow studying the influence of landscape processes on habitat selection models.