The human immunodeficiency virus (HIV) pandemic has ravaged South Africa, the country with the largest number of HIV-positive people in the world. In 2004, the South African government began providing antiretroviral therapy (ART) to eligible people with HIV. The program has been very successful in targeting pregnant women, and ART use has steadily increased since 2004. This study aims to assess whether this public health intervention has had a positive impact on reducing pediatric hospitalizations and in-hospital mortality at a large, tertiary care hospital in Soweto (Johannesburg). Pediatric hospital discharge summary data from two years were compiled: 2005 (just after the ART program began) and 2008 (when ART use had increased substantially). Between 2005 and 2008, there was a 16% reduction in the total number of hospital admissions, including a 23% reduction in admissions for HIV infection, 17% for tuberculosis (TB) and 13% for TB/HIV co-infection. During this same period, overall mortality in hospitalized children declined by 74%; for HIV the decline was 22%, 13% for TB and 34% in children with TB/HIV co-infection. In the absence of other explanatory evidence, this study suggests that the observed reductions in pediatric admissions and in-hospital mortality are likely due to the introduction of widespread ART in South Africa. / La pandémie du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) a ravagé l'Afrique du Sud, le pays ayant la population sero positive la plus élevée au monde. Au milieu de l'année 2004, le gouvernement Sud-Africain a commencé à fournir la thérapie antirétrovirale aux gens éligibles atteints du VIH. Ce programme s'est avéré un succès dans le ciblage des femmes enceintes. Cette étude présente des éléments probants qui suggèrent que cette intervention en santé publique a eu un impact positif sur les hospitalisations en pédiatrie et sur le taux de mortalité à l'hôpital. Entre 2005 et 2008 on peut noter une réduction de 16% du nombre total d'admissions, incluant une réduction de 23% du nombre d'admissions reliées au VIH, 17% à la tuberculose (TB) et 13% au VIH/TB. Pendant cette même période, le taux de mortalité a diminué de 74% au total et spécifiquement de 22% pour le VIH, 13% pour la TB et 34% chez les enfants atteints de TB/VIH. En l'absence de preuves suggérant une autre explication, cette étude suggère que la baisse du taux d'hospitalisations en pédiatrie et de mortalité à l'hôpital pourrait être due à l'introduction à grande échelle de la thérapie antirétrovirale pour traiter le VIH.

The objectives of this thesis were to examine the occurrence of respiratory distress syndrome (RDS) and bronchopulmonary dysplasia (BPD) following a preterm birth and to provide a detailed description of the neonatal characteristics and long-term outcomes of BPD subjects. Additional objectives were to examine the factors associated with the severity of BPD. A chart review of all preterm infants admitted at the Montreal Children's Hospital between 1980 and 1992 was performed to create a cohort composed of 1192 subjects; 322 of whom met the definition of BPD. Associations between clinical factors and the outcomes of RDS and/or BPD were tested for significance using one-way analysis of variance or Mantel-Haenszel chi-square tests. Independent risk factors were identified by univariate analyses and included in a multivariate logistic regression analysis for the outcomes of RDS and/or BPD. Severity of BPD was studied using an ordinal multinomial logistic regression model and the presence of a trend across levels of disease severity for BPD (mild, moderate or severe) was assessed using regression analysis. For each additional week of prematurity, the adjusted odds of BPD increased by 54 percent. For each point subtracted on the APGAR score at 1-minute, the adjusted odds for BPD increased by 16 percent. BPD was associated with the presence of patent ductus arteriosus, pneumothorax or neonatal pneumonia/sepsis with adjusted odds ratios of 3.5 (95% confidence interval: 2.1, 6.0), 9.4 (3.6, 24.8) and 1.9 (1.1, 3.2) respectively. Greater severity of BPD was associated with greater likelihood of hospital readmission during the first 2 years of life, and with lower lung function at a later age This work provides a detailed description of the neonatal characteristics of a cohort of all preterm infants admitted to the MCH between 1980 and 1992, as well as describing the factors associated with the development of RDS and BPD in this cohort. This thesis also described the long / Les objectifs de cette étude étaient d'examiner l'occurrence du syndrome de détresse respiratoire du nouveau-né et de la dysplasie broncho-pulmonaire (DBP) suite à une naissance prématurée et de fournir une description détaillée des caractéristiques néonatales et des conséquences à long terme de la DBP. Les facteurs associés à la sévérité de la DBP ont aussi été examinés. Une révision de dossiers médicaux des enfants prématurés admis à l'Hôpital de Montréal pour Enfants entre 1980 et 1992 a été effectuée afin de créer une cohorte composée de 1192 sujets, dont 322 souffrant de DBP. Les analyses ont été réalisées à l'aide d'une analyse de variance et du test chi carré de Mantel-Haenszel. La tendance selon le degré de sévérité de la DBP a été évaluée à l'aide d'une analyse de régression. Les facteurs de risques indépendants ont été identifiés par une analyse uni-variée et par la suite, ont été inclus dans une analyse de régression logistique multi-variée. La sévérité de la maladie a été étudiée en utilisant un modèle de régression logistique multinomiale ordinale. Pour chaque semaine supplémentaire de prématurité, le risque de DBP augmente de 54 %. Pour chaque point soustrait sur l'échelle APGAR à 1-minute, le risque de DBP est augmenté de 16 %. La présence de canal artériel, d'un pneumothorax et de pneumonie/septicémie néonatale est associée à des odds ratio de 3,5 (2.1, 6.0), 9,4 (3.6, 24.8) et 1,9 (1.1, 3.2) respectivement. La gravité de la maladie initiale est associée significativement au nombre de réadmission et une maladie plus sévère est associée à une diminution des fonctions pulmonaires à long terme. Ce travail effectué sur des sujets souffrant de l'« ancienne » forme de dysplasie broncho-pulmonaire fournit une description détaillée de leurs caractéristiques néonatales et des facteurs associés au développement de la maladie suite à une naissance prématuré

OBJECTIVE: A systematic review and meta-analysis was performed to compare Microscopic-Observation Drug Sensitivity (MODS), Thin Layer Agar (TLA) and reference standards for sensitivity and specificity for tuberculosis detection and other characteristics. A questionnaire was conducted to evaluate the feasibility, costs and practical aspects of implementation of MODS/TLA.METHODS: A random effects meta-analysis to estimate the sensitivity and specificity was performed. A self-administered questionnaire was sent to laboratories using MODS/TLA.RESULTS: The overall sensitivity and specificity for MODS were 92% and 97% respectively and for TLA, they were 83% and 98% respectively. Equipment costs and training costs were moderate, costs for materials were low and labour costs were high.CONCLUSION: MODS and TLA appear to offer simple, inexpensive yet rapid and accurate diagnostic tools for active TB. Overall, costs were moderate to implement MODS/TLA. Important unresolved issues for further investigation include the cost-effectiveness and optimal methods for quality assurance of these TB diagnostic tools. / OBJECTIF: Une revue systématique et méta-analyse a été effectuée pour comparer Microscopic-Observation Drug Sensitivity (MODS), Thin Layer Agar (TLA) et normes de référence pour la sensibilité et la spécificité pour la détection de la tuberculose. Un questionnaire a été menée pour évaluer la faisabilité et les coûts de MODS/TLA.MÉTHODES: Un méta-analyse anx effets aléatoires pour estimer la sensibilité et la spécificité a été réalisée. Le questionnaire a été envoyé aux laboratoires utilisant MODS/TLA.RÉSULTATS: La sensibilité et la spécificité pour MODS étaient 92% et 97% respectivement et pour TLA, ils étaient 83% et 98% respectivement. Les coûts initiaux étaient modérées, les coûts des matériaux étaient faibles et les coûts salariaux étaient élevés.CONCLUSION: MODS/TLA sont des outils diagnostiques peu coûteux, rapides et précises. Les coûts pour la mise en oeuvre étaient modérés mais le coût-efficacité et la faisabilité pour les outils diagnostiques de TB sont deux domaines importants à étudier.

Heart failure (HF) and gout are common medical conditions that lead to significant morbidity and mortality in Canada and the US. We conducted a population-based nested case-control study to investigate the associations between gout, allopurinol use and HF outcomes using administrative data from the province of Quebec. Our analysis demonstrates that a history of gout is associated with increased HF readmission and death in HF patients (adjusted RR 1.63; 95% confidence interval (CI) 1.48-1.80). We also show that chronic allopurinol use, a common medication for gout, is associated with reductions in adverse outcomes in HF patients with a history of gout (adjusted RR 0.69, 95% CI 0.60-0.79). Due to the observational nature of our study, residual confounding due to unknown or unmeasured confounding could still bias our findings. Herein, we present a novel method to estimate and control for such confounding by estimating the confounding risk ratio during the null induction time. Use of this method is illustrated using an example from the literature and we discuss the assumptions, limitations and statistical considerations of our method. / L'insuffisance cardiaque (IC) et la goutte sont des conditions médicales fréquentes qui sont des causes importantes de morbidité et de mortalité au Canada et aux États-Unis. Nous avons entrepris une étude populationelle « case-control » avec des données administratives de la province du Québec pour investiguer l'association entre la goutte ou l'allopurinol avec le prognostic de l'IC. Notre analyse démontre qu'un antécedent de goutte est associé à une hausse du taux de réadmissions à l'hôpital pour l'IC et une augmentation de la mortalité parmi les patients avec IC (RR ajusté 1.63; 95% CI 1.48-1.80). Cependant, nous demontrons que la prise d'allopurinol est associée à une réduction de la réadmission à l'hôpital pour IC et une diminution de la mortalité (RR ajusté 0.69, 95% CI 0.60-0.79). Comme notre étude est observationelle, les facteurs confondants qui ne sont pas disponibles ou qui sont inconnus peuvent biaiser nos résultats. Nous présentons une nouvelle méthode qui permet l'estimation et le contrôle de ces facteurs confondants basée sur l'estimation du « confounding rate ratio ». Nous présentons un example utilisant cette nouvelle méthode, et nous discutons les suppositions, les limitations et les considérations statistiques de cette méthode.

Fatigue is common and disabling in multiple sclerosis (MS). It is distinct from sleepiness. Both fatigue and sleepiness have been associated with sleep-disordered breathing, particularly obstructive sleep apnea (OSA) in other populations. While fatigue in MS is probably multi-factorial, OSA may play an important role. The main objectives of this project were to evaluate the relationship of OSA to fatigue and sleepiness in MS patients vs. normal controls, and to evaluate predictors of severe fatigue in MS subjects. Stable, ambulatory MS patients without known sleep disorders were recruited from the Montreal Neurological Hospital MS clinic. Normal controls were age and sex frequency-matched. All participants underwent diagnostic overnight polysomnography and a multiple sleep latency test (objective measure of daytime sleepiness). Fatigue was measured with the Fatigue Severity Scale (FSS) and the Multidimensional Fatigue Inventory (MFI), and subjective sleepiness with the Epworth Sleepiness Scale (ESS). Covariates included age, sex, body mass index, MS disability level, depression, pain and restless legs syndrome severity. OSA, defined as an apnea-hypopnea index (AHI) ≥ 15, was found in 36 of 62 (58%) MS subjects and 15 of 32 (47%) control subjects – OR (95% CI) 1.57 (0.67, 3.74). After adjusting for confounders, severe fatigue (FSS > 5) and the MFI-mental fatigue scale (> group median) were associated with AHI and respiratory-related arousals, in MS but not in control subjects. MFI-mental fatigue, in MS subjects, was also associated with intermittent hypoxemia. Subjective and objective sleepiness were not related to OSA in either group. In a multivariate model for MS subjects alone, the significant predictors of severe fatigue were the MS disability level – OR (95% CI) 1.88 (1.18, 3.33) and severe OSA (AHI ≥ 30) – OR (95% CI) 19.55 (2.31, 322.09). In summary, while OSA was not more frequent in MS than in control subjects, it was associated with severe fatigue only in MS subjects. No association was found with sleepiness. Severe fatigue in MS subjects showed a marked association with severe OSA, and a less pronounced association with MS disability level. In that OSA is a treatable condition, these findings open the door to further research that may lead to important changes in management of severely fatigued MS subjects. / La fatigue est fréquente et incapacitante dans la sclérose en plaque (SP). Elle est distincte de la somnolence. La fatigue et la somnolence ont été associées aux troubles respiratoires du sommeil, particulièrement à l'apnée obstructive du sommeil (AOS). La fatigue dans la SP est vraisemblablement multifactorielle, mais l'AOS pourrait y jouer un rôle important. Les principaux objectifs de ce projet étaient d'évaluer le rapport entre l'AOS et la fatigue ainsi que la somnolence chez les patients atteints de SP comparativement au sujets témoins, et d'évaluer les facteurs associés à la fatigue sévère chez les sujets atteints de SP. Des patients atteints de SP stables et ambulatoires sans troubles du sommeil connus ont été recrutés à la clinique de SP de l'Hôpital Neurologique de Montréal. Le groupe de sujets contrôle a été assorti en âge et sexe. Tous les participants ont passés une polysomnographie diagnostique et un test itératif de latence à l'endormissement (mesure objective de la somnolence diurne). La fatigue fut mesurée par la 'Fatigue Severity Scale' (FSS) et le 'Multidimensional Fatigue Inventory' (MFI), et la somnolence subjective avec l'échelle de somnolence Epworth (ESS). Les autres variables étaient l'âge, le sexe, l'indice de masse corporel, le niveau d'incapacité lié à la SP, la dépression, la douleur et la sévérité du syndrome des jambes sans repos. L'AOS, défini par un indice d'apnée-hypopnée (IAH) ≥ 15, a été retrouvée chez 36 des 62 (58%) sujets SP et 5 des 32 (47%) sujets témoins – rapport de cote (RC, IC 95%) 1.57 (0.67, 3.74). Après ajustement pour les facteurs confondants, la fatigue sévère (FSS > 5) et le MFI – fatigue mentale (> médiane du groupe) étaient associés avec l'IAH et les micro-éveils respiratoires, chez les sujets SP mais non chez les sujets contrôle. Le MFI – fatigue mentale, chez les sujets SP, était aussi associé à l'hypoxémie intermittente. Ni la somnolence subjective, ni objective n'étaient associées à l'AOS dans aucun des 2 groupes. Dans un modèle à plusieurs variables pour les sujets SP seulement, les seules variables prédisant la fatigue sévère étaient le niveau d'incapacité – RC (IC 95%) 1.88 (1.18, 3.33) et l'AOS sévère (IAH ≥ 30) – RC (IC 95%) 19.55 (2.31, 322.09). En résumé, quoique l'AOS n'aie pas été plus fréquente dans la SP que chez les sujets témoins, elle était associée à la fatigue sévère chez les sujets SP seulement. Aucune association avec la somnolence n'a été mise en évidence. La fatigue sévère chez les sujets SP était associée de façon marquée à l'AOS sévère, et de façon moins prononcée au niveau d'incapacité. Comme l'AOS est une condition qui se traite, ces résultats ouvrent la porte à des recherches plus poussées qui pourraient ultérieurement changer la prise en charge des patients atteints de SP avec fatigue sévère.

Prognostic studies of progression and mortality in different diseases are essential to understand the role of particular prognostic factors and, thus, improve prognosis and ultimately help selecting appropriate interventions. Yet, such studies often face serious limitations of available data and/or of the existing statistical methods. One difficulty concerns separating the effects of putative prognostic factors on different clinical endpoints or “competing events” such as e.g. disease recurrence vs. recurrence-free death, or death due to disease vs. death due to other causes. This issue becomes even more challenging because data sources, such as cancer registries, often record only the date of death but not the cause of death. This can lead to bias in assessing the role of prognostic factors whose impact on the disease-specific mortality is quite different from their impact on all-cause mortality. It is important, therefore, to use methods that can deal accurately and efficiently with both (i) alternative pathways of disease progression, and (ii) unknown causes of death. The aforementioned challenges are addressed by 3 manuscripts. Previous empirical studies have suggested the potential advantages of using multi-state Markov models, over conventional time-to-event methods, to analyze competing risks and multi-state pathways of disease progression. In the 1st paper, I attempted to systematically assess, through a series of simulations, the performance of Markov models in this context and confirmed the accuracy of both point estimates of the regression coefficients and hypothesis tests. On the other hand, Relative Survival regression models have been developed, in the context of single-endpoint time-to-event analyses, to correct the regression coefficients for the unknown causes of death. Yet, no existing statistical model permits simultaneous combination of the advantages of both (i) Markov multi-state modeling, and (ii) Relative Survival. Therefore, in the / Les études pronostiques sur l'évolution et la mortalité de certaines pathologies sont essentielles pour comprendre le rôle de certains facteurs pronostiques et ainsi, améliorer le pronostic et finalement aider dans le choix des interventions thérapeutiques appropriées. Jusqu'à présent, les études de ce type ont été souvent confrontées à d'importantes limitations dans les données et/ou les méthodes statistiques disponibles. Une des difficultés concerne la discrimination, pour un même facteur pronostique, de ses effets sur différents critères cliniques ou événements concurrents, comme la récidive de la maladie vs le décès sans récidive, ou le décès dû à la pathologie vs le décès dû à d'autres causes. Ce problème devient d'autant plus important que les sources de données, comme les registres, enregistrent souvent uniquement la date de décès mais pas la cause. Ceci peut conduire à des biais dans l'évaluation du rôle des facteurs pronostiques dont l'effet sur la mortalité spécifique dû à la pathologie est différent de celui sur la mortalité toutes causes confondues. Il est donc important d'utiliser des méthodes qui puissent prendre en compte correctement à la fois (i) les différentes évolutions possibles de la pathologie et (ii) l'absence de la connaissance de la cause de décès. Les problèmes méthodologiques mentionnés précédemment sont traités dans 3 articles. Les études empiriques précédentes ont suggéré des avantages potentiels à utiliser les modèles multi-états de Markov à la place des modèles de survie conventionnels dans l'analyse des risques compétitifs et des différentes phases possibles d'évolution d'une pathologie. Le premier article tente d'évaluer méthodiquement, à l'aide de simulations, les performances des modèles de Markov dans ce contexte et confirme l'exactitude à la fois de l'estimation des coefficients de la régression et des tests d'hypothèse. D'un autre coté, les mod

Background: Globally, tuberculosis (TB) affects 9.4 million people every year, with an estimated 2 million deaths. Effective treatment of latent TB infection with isoniazid (INH) as a TB control strategy has been hampered by poor adherence to therapy. Research has shown that smoking is a risk factor for TB and that adherence to TB therapy may be lower among smoking individuals. Rapid tests are now available to detect smoking status as well as isoniazid treatment adherence in a clinic setting. Objective: The objective was to validate IsoScreen and SmokeScreen, two new point-of-care urine-based tests for INH metabolites and cotinine metabolites. The results from each of the two tests were compared with the corresponding reference standard algorithm developed in this study for measuring INH intake and smoking status. Methods: The main outcomes measured were accuracy and reliability of IsoScreen and SmokeScreen. Accuracy was measured using sensitivity and specificity values for each test against the corresponding reference standard: INH Intake Reference Standard Scale and the Smoking Status Reference Standard. Reliability was measured using kappa statistic for inter-rater and intra-rater agreement. Results: In this study, we recruited 200 adult outpatients attending the tuberculosis clinic and/or the smoking cessation clinic at the Montreal Chest Institute. The patients recruited were a combination of patients on or not on INH medication and smokers or non-smokers. IsoScreen had a sensitivity of 93.2% (95% confidence intervals [CI] 80.3, 98.2) and specificity of 98.7% (94.8, 99.8). IsoScreen had intra-rater agreement of 0.75 (0.48, 0.94) and inter-rater agreement of 0.61 (0.27, 0.90). SmokeScreen had a sensitivity of 69.2% (56.4, 79.8) and specificity of 81.6% (73.0, 88.0). SmokeScreen had intra-rater agreement of 0.77 (0.56, 0.94) and inter-rater agreement of 0.66 (0.42, 0.88).Conclusion: IsoScreen had high accuracy and reliability, whereas SmokeScreen had modest accuracy and modest reliability in tuberculosis and smoking cessation clinic settings. Further research should be conducted in various clinic settings with a focus on the impact of the tests on patient management. / Contexte: Globalement, la tuberculose (TB) affecte 9,4 millions de personnes chaque année, avec environ 2 millions de décès. L'efficacité de l'INH, lorsqu'utilisé dans une stratégie de contrôle et de traitement de la TB latente, est limitée parce que les patients ne le prennent pas comme prescrit. La recherche a démontré que le tabac était un facteur de risque pour la tuberculose, et que les fumeurs auraient plus de difficulté à maintenir leur adhésion au traitement contre la tuberculose. Il existe maintenant de nouveaux tests rapides capables de détecter les fumeurs ainsi que l'adhésion au traitement à l'isoniazide, et ces tests d'urine peuvent facilement être utilisés en clinique. Objectif: L'objectif de l'étude était de valider IsoScreen et SmokeScreen, deux nouveaux tests d'urine utilisés en clinique pour détecter les métabolites INH et les métabolites de cotinine. Les résultats de chaque test ont été comparés aux algorithmes des standards de référence développés pour chaque test pour déterminer si le patient prend la pilule INH et son statut de fumeur. Méthodes: Les principaux résultats mesurés étaient la précision et la fiabilité des tests IsoScreen et SmokeScreen. La précision a été mesurée en comparant les valeurs de sensibilité et de spécificité de chaque test à leurs standards de référence: le Standard de référence pour le statut de l'INH et le Standard de référence pour le statut de fumeur. La fiabilité a été mesurée avec statistique kappa pour déterminer l'accord intra-évaluateur et inter-évaluateurs. Résultats: Dans cette étude, nous avons recruté 200 patients externes adultes de la clinique de tuberculose et/ou de la clinique de cessation tabagique à l'Institut thoracique de Montréal. Les patients recrutés étaient des patients qui prenaient ou non des médicaments INH et des fumeurs ou des non-fumeurs. IsoScreen avait une sensibilité de 93.2% (intervalle de confiance à 95% [IC] à 80.3, 98.2) et une spécificité de 98.7% (94.8, 99.8). L'accord intra-évaluateur pour IsoScreen était de 0.75 (0.48, 0.94) et l'accord inter-évaluateurs était de 0.61 (0.27, 0.90). SmokeScreen avait une sensibilité de 69.2% (56.4, 79.8) et une spécificité de 81.6% (73.0, 88.0). L'accord intra-évaluateur pour le test SmokeScreen était de 0.77 (0.56, 0.94) et l'accord inter-évaluateurs était 0.66 (0.42, 0.88).Conclusion: Le test IsoScreen avait une grande précision et une grande fiabilité, alors que SmokeScreen avait une précision et une fiabilité modestes. D'autres recherches devraient être menées dans des contextes cliniques différents, en mettant l'accent sur l'impact de l'utilisation de ces tests sur la gestion des patients.

Human papillomavirus (HPV) is the most common sexually transmitted infection (STI). The vast majority of these infections clear spontaneously. The small proportion that persists may result in substantial morbidity and treatment costs. High oncogenic risk HPV (HR-HPV) types, including HPV-16 and 18, are recognised unequivocally as the main causal factor for cervical cancer, and may also cause other anogenital neoplasms and head and neck cancers. Infections with types that have low oncogenic risk (LR-HPV), such as HPV-6 and -11, are associated with benign lesions including genital warts. Many projections of the impact of the new HPV vaccines and screening technologies use dynamic transmission models which require sound estimates of the probability of transmission upon exposure. Furthermore, biological and practical limitations of the current vaccines require that we explore as many prevention options as possible. A critical research question is whether condoms provide protection. The main aims of the thesis were to characterize patterns of HPV infection among heterosexual couples in a new relationship, to identify risk factors for HPV infection, and to estimate HPV transmission probabilities per partnership and per coital act. I carried out a preliminary Monte Carlo simulation to estimate the probability of HPV transmission, then designed and conducted a study of heterosexual couples. The thesis objectives were addressed using baseline data from the ongoing HITCH Cohort Study (HPV Infection and Transmission among Couples through Heterosexual activity). The study population consists of young (aged 18-24) women attending a university or junior college (CEGEP) in Montreal and their male partners. Results from the simulation analysis suggested that HPV is highly transmissible, which was confirmed by the cross-sectional analysis of the HITCH study. Among the 263 couples enrolled between 05/2005 and 08/2008, HPV prevalence was 56% among women and men. In nearly two th / Le virus du papillome humain (VPH) est l'infection transmissible sexuellement (ITS) la plus répandue. Une grande majorité des infections à VPH se résorbent spontanément. Cependant, la petite proportion d’infections à VPH persistantes peut avoir des coûts substantiels de traitement et de morbidité comme conséquence. Des génotypes de VPH à haut risque oncologique (HR-HPV), y compris HPV-16 et 18, sont identifiés sans équivoque comme facteur causal principal pour le cancer cervical, et peuvent également causer d'autres cancers anogénitaux, de la tête et du cou. Les infections avec des génotypes de VPH à bas risque oncologique (LR-HPV), comme HPV-6 et -11, sont associées aux lésions bénignes comprenant les verrues génitales. Plusieurs projections de l'impact des nouveaux vaccins de VPH et des techniques de dépistage utilisent des modèles de transmission dynamiques qui exigent des évaluations précises de la probabilité de transmission lors de l'exposition. En outre, les limitations biologiques et pratiques des vaccins courants exigent que nous explorions autant d'options de prévention que possibles. Une question critique de recherches est de savoir si les condoms assurent une protection. Les objectifs principaux de la thèse consistaient à caractériser des modèles typiques d’infection au VPH parmi les couples hétérosexuels dans une nouvelle relation, identifier des facteurs de risque pour l'infection au VPH, et estimer les probabilités de transmission du VPH par relation de couple et par acte coïtal. J'ai effectué une simulation préliminaire de Monte Carlo pour estimer la probabilité de transmission de VPH, puis j’ai conçu et entrepris une étude des couples hétérosexuels. Les objectifs de thèse ont été élaborés en utilisant les données de base de l'étude de cohorte HITCH (HPV Infection and Transmission among Couples through Heterosexual activity) qui se poursuit toujours. La population de l’étude est composée$

Background: Over 15 million children have been orphaned by AIDS. While a growing literature suggests orphans are disadvantaged, other studies have failed to find health or educational disparities. This contradictory evidence has fueled debate over whether orphans should be targeted for assistance, or whether the response should be expanded to other vulnerable children. / Objectives: This study sought to: 1) to estimate educational disparities for orphans relative to other AIDS-affected children; 2) to estimate health disparities for orphans relative to other AIDS-affected children; and 3) to describe the extent of community and public support available to households fostering orphans. / Methods: Data are drawn from the 2004-5 Malawi Integrated Household Survey, a nationally-representative survey of 52,707 individuals in 11,280 households in 564 communities. Multilevel models examine the association between orphanhood and other AIDS-related impacts and 1) education for children 6-14 years; and 2) health status for children 6-17 years. Weighted descriptives and regression models are used to examine whether orphan households receive greater private, community and public support. / Results: Double and maternal orphans are more likely to be out of school (OR=2.2, 2.5 respectively) and behind in attainment (grade difference = -0.3); these disparities are not explained by poverty. While there is no evidence that orphans suffer greater morbidity, children whose parents have an AIDS-related illness have higher burdens of both acute and chronic morbidity (ORs=1.5-1.9). Finally, friends and relatives provided assistance to 75% of households, and this support was more likely to be targeted to households with double orphans. Community-based organizations for the chronically ill were present in 40% of communities and many included orphan-specific programming. / Conclusion: There is growing international commitment to mitigate the impact of AIDS on children, but debate remains around how to best target resources. Orphans and poor children both demonstrate educational disadvantage, suggesting a simultaneous need for orphan-specific programming and general poverty alleviation. Children living with sick parents demonstrated poor health; community home-based care programs are best situated to identify these children and mitigate their risk. Finally, while many households with vulnerable children are already receiving assistance, the value and coverage is inadequate to match the need and needs to be drastically scaled-up. / Contexte: Plus de 15 millions d'enfants sont devenus orphelins dès suites du SIDA. D'un côté, un nombre grandissant d'études suggèrent que les orphelins sont désavantagés, tandis que de l'autre, plusieurs études n'ont pas été capables de démontrer des inégalités au niveau de la santé et de l'éducation. Cette contradiction dans la littérature suscite le débat à savoir si les orphelins devraient être ciblés de façon spécifique ou s'ils devraient être inclus dans des programmes d'aide englobant d'autres enfants vulnérables. / Objectifs: Cette étude a pour objectif de: 1) estimer les inégalités au niveau de l'éducation des orphelins par rapport à celle des autres enfants affectés par le SIDA; 2) estimer les inégalités au niveau de la santé des orphelins par rapport à celle des autres enfants affectés par le SIDA; et 3) décrire l'étendue du support communautaire et public destinés aux ménages hébergeant des orphelins. / Méthodologie: Les données proviennent du Malawi Integrated Household Survey de 2004-5, une base de données nationale et représentative de 52 707 individus répartis dans 11 280 ménages dans 564 communautés. Les modèles multiniveaux étudient l'association entre le statut d'orphelin et d'autres impacts liés au SIDA et 1) l'éducation des enfants de 6 à 14 ans; et 2) les conditions de santé des enfants de 6 à 17 ans. Des données descriptives pondérées et des modèles de régression sont utilisés pour étudier si les ménages ayant au moins un orphelin reçoivent plus de soutien des milieux privé, communautaire et public que les autres ménages. / Résultats: Les orphelins dont la mère ou les deux parents sont décédés sont plus susceptibles d'avoir décroché de l'école (OR=2.2, 2.5 respectivement) ou d'accuser un retard au niveau scolaire (différence de niveau = -0.3); ces inégalités ne sont pas expliquées par la pauvreté. Même si d'un côté aucun résultat ne prouve que les orphelins ont un taux de morbidité plus élevé, les enfants qui ont des parents atteints du SIDA ou d'autres maladies connexes ont un niveau plus élevé de maladies chroniques ou graves (ORs= 1.5-1.9). Finalement, les amis et la famille procurent de l'aide dans 75% des ménages, et ce soutien est plus souvent présent dans les ménages avec des orphelins ayant perdus leurs deux parents. Les organismes communautaires venant en aide aux personnes atteintes de maladies chroniques sont présents dans 40% des communautés et plusieurs incluent des programmes s'adressant spécifiquement aux orphelins. / Conclusion: Il y a un engagement international croissant afin de freiner l'impact du SIDA sur les enfants, mais le débat demeure à savoir comment allouer les ressources le plus efficacement. Les orphelins et les enfants pauvres dénotent tous les deux des retard en éducation ce qui suggère qu'une aide devrait être octroyée simultanément pour les programmes destinés aux orphelins et pour ceux visant l'élimination globale de la pauvreté. Il a été démontré que les enfants vivant avec des parents malades ont une mauvaise santé; les programmes communautaires de soins à domiciles sont les mieux placés pour identifier ces enfants et freiner les risques. Finalement, bien qu'il y ait plusieurs ménages qui reçoivent déjà de l'aide, la valeur et l'étendue de cette aide est inadéquate et ne répond pas au besoin; du soutien de l'extérieur devrait être ajouté.

Primary objectives: To estimate the prevalence of tobacco smoking in patients with suspected tuberculosis in South Africa and to validate the accuracy of self reported smoking with plasma cotinine. Secondary objective: To explore the association between tobacco smoking and the spectrum of tuberculosis disease and infection. Methods: This project consists of a cross-sectional analysis of a prospective cohort study of patients with suspected tuberculosis from three tuberculosis clinics in Cape Town, South Africa. Results: Of the 424 patients included in the study, 56.6% were current smokers and 15.6% were ex-smokers. Moreover, 28.8% of ex-smokers quit less than a year before seeking care at the tuberculosis clinic. The sensitivity and specificity of self-reported smoking were 89.0% and 81.1% respectively, using plasma cotinine as a reference standard. Conclusion: The prevalence of smoking among patients with suspected tuberculosis is high in Cape Town, South Africa and self-report is an acceptable measure of smoking in that population. / Objectifs principaux : Estimer la prévalence du tabagisme chez des patients investigués pour la tuberculose au Cap, Afrique du Sud et vérifier la validité de l'auto déclaration par la mesure de la cotinine sérique. Objectif secondaire : Explorer l'association entre le tabagisme et la tuberculose, de l'infection à la maladie. Méthodes : Il s'agit d'une analyse transversale d'une étude de cohorte dans trois cliniques du Cap, Afrique du Sud. Résultats : Parmi les 424 patients, 56.6% étaient fumeurs et 15.6% étaient d'ex fumeurs. De plus, 28.8% des ex fumeurs ont arrêté moins d'un an avant d'être recrutés. La sensibilité et la spécificité de l'auto déclaration étaient respectivement de 89.0% et 81.1% en utilisant la cotinine sérique comme référence. Conclusion : La prévalence du tabagisme chez les patients investigués pour la tuberculose est élevée au Cap, Afrique du Sud et l'utilisation de l'auto déclaration est acceptable dans cette population.