Orientador: Lin Chau Ming / Banca: Maria Franco Trindade Medeiros / Banca: Maria Christina de Mello Amorozo / Resumo: A exsicata é um documento misto, onde a planta fixada representa a evidência biológica e os registros do rótulo, as evidências textuais. A evidência biológica da exsicata é a base do estudo da taxonomia e sistemática que normalmente utiliza-se da observação e comparação da planta fixada para revisão e atualização da nomenclatura. Como fonte documental, as séries de exsicatas foram estudadas neste trabalho com foco nas evidências textuais. Através da revisita, resgate e sistematização dos registros. Buscou-se reunir informações sobre: (1) nome comum das plantas; (2) uso, (3) percepções da relação humano-natural e (4) aspectos histórico das coleções analisadas. O estudo abordou as séries de exsicatas da família Urticaceae depositadas em de três instituições estrangeiras: (1) Royal Botanic Gardens (K), Kew, Inglaterra; (2) Muséum National d'Histoire Naturelle (P), Paris, França, que participam do Projeto REFLORA; (3) New York Botanical Garden (NY), Estados Unidos, juntamente com fontes impressas e manuscritos. Foram analisadas ao todo 2644 exsicatas, 707 de K, 542 de P e 1395 de NY, e oito obras históricas. Na análise dos dados, 50 espécies de Urticaceae apresentaram registro de nomes populares, com destaque para o gênero Cecropia. Trinta e cinco exsicatas apresentaram a indicação de uso das espécies coletadas categorizados em: (1) medicinal; (2) alimentação humana; (3) alimentação aninal; (4) fibra e (5) energia. As espécies com registro de uso foram: Boehmeria nivea (L.) Gaudich., Cecropia concolor Willd., C. obtusa Trécul, C. pachystachya Trécul, Laportea aestuans (L.) Chew, Pourouma cecropiifolia Mart., P. cucura Standl. & Cuatrec., P. guianensis Aubl., P. minor Benoist, Urera baccifera (L.) Gaudich. ex Wedd., U. caracasana (Jacq.) Gaudich. ex Griseb., U. punu Wedd. A descrição dos aspectos históricos da formação das coleções biológicas e dos ... / Abstract: Exsiccates forms a mixed document, in which the fixed plant represents the biological evidence and the registers of the label, the textual evidence. The biological evidence of the exsiccata is the basis for the study of the taxonomy and systematic which normally uses the observation and comparison of the fixed plant for the review and updating of the nomenclature. As a documental source, the series of exsiccates have been studied in this work with focus on the textual evidence. Through the revisiting, recovery and systematization of registers, information was gathered on: (1) common name of the plants; (2) usage, (3) perception on the relation human-natural and (4) historical aspects of the collection analyzed. The study has approached the series of exsiccates of the family deposited in three foreign institutions: (1) Royal Botanic Gardens (K), Kew, England; (2) Muséum National d'Histoire Naturelle (P), Paris, France, which have participated in the Project REFLORA; (3) New York Botanical Garden (NY), United States, together with printed sources and manuscripts. A total of 2644 exsiccates, have been analyzed, 707 from K, 542 from P and 1395 from NY, and eight historical works. With the analysis of the data, 50 species of the family Urticaceae presented registers of popular names, of which the genre Cecropia outstands. Thirty-five exsicatas presented indication of use of the species collected categorized in (1) medicinal; (2) human food; (3) animal food; (4) fiber and (5) energy. The species with register of use were: Boehmeria nivea (L.) Gaudich., Cecropia concolor Willd., C. obtusa Trécul, C. pachystachya Trécul, Laportea aestuans (L.) Chew, Pourouma cecropiifolia Mart., P. cucura Standl. & Cuatrec., P. guianensis Aubl., P. minor Benoist, Urera baccifera (L.) Gaudich. ex Wedd., U. caracasana (Jacq.) Gaudich. ex Griseb., U. punu Wedd. The description of the historical aspects of formation of the ... / Mestre

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-03-17T14:19:53Z No. of bitstreams: 2 Tese Allyne Silva.pdf: 4941442 bytes, checksum: 50b2e8bcec71a4c3d568843d1a90f396 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-17T14:19:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Allyne Silva.pdf: 4941442 bytes, checksum: 50b2e8bcec71a4c3d568843d1a90f396 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-22 / CNPq e CAPES / Os fungos poróides são popularmente chamados de “orelhas-de-pau” devido ao hábito do basidioma, onde produzem holobasídios clavados, em himênio geralmente tubular bem definido. A maioria das espécies desse grupo de fungos apresenta um papel particularmente importante devido à capacidade de degradação de madeira nos diferentes ecossistemas. Para ampliar o conhecimento sobre a diversidade e aspectos ecológicos de fungos poróides na Amazônia brasileira, foram realizadas revisão de exsicatas de fungos poróides coletados na Amazônia e depositados em herbários e coletas em duas áreas de terra firme no município de Porto Velho, Rondônia: Parque Natural Municipal (PNM) e Estação Ecológica de Cuniã (ESEC), em julho de 2009 (período seco), fevereiro (chuvoso) e julho de 2010 (seco) e fevereiro de 2011 (chuvoso), totalizando oito visitas. Foram coletados 398 espécimes de fungos poróides, representantes de seis famílias, 32 gêneros e 77 espécies, das quais nove são novas para a ciência. Todas as famílias estiveram presentes nas duas áreas de estudo. Vinte espécies foram comuns para ambas as áreas; o PNM apresentou o maior número de espécies exclusivas (37, 19 para a ESEC). A riqueza de espécies não diferiu significativamente entre as áreas de coleta, mas maior abundância foi encontrada no PNM. Maior riqueza e abundância foram encontradas no período chuvoso. Cento e oitenta e oito espécimes foram coletados em áreas adicionais localizadas em Porto Velho e representaram 52 espécies, das quais quatro são novas para a ciência e 20 exclusivas a essas áreas. Desse modo, foram identificadas, ao todo, 97 espécies provenientes de coletas. A partir da revisão de 5.933 exsicatas de fungos poróides coletados na Amazônia e depositados nos Herbários INPA, SP, UFACPZ e URM foram encontradas 212 espécies, distribuídas nos diferentes Estados da Amazônia brasileira, das quais quatro espécies novas para a ciência e 137 encontradas exclusivamente nesses herbários. No total, 238 espécies são registradas para a Amazônia brasileira. Dezessete espécies são novas para a ciência, enquanto 17 são novos registros para o Brasil e 40 para Amazônia brasileira. Onze famílias foram registradas, sendo Polyporaceae com maior número de gêneros e espécies (27 e 104, respectivamente), seguida por Hymenochaetaceae (nove e 46) e Ganodermataceae (quatro e 42). Baseado em análises morfológicas e/ou moleculares da região ITS rDNA, 27 espécies de Amauroderma, muitas morfologicamente semelhantes, foram delimitadas, das quais nove (A. albostipitatum, A. floriforme, A. laccatostiptatum, A. lemoniforme, A minimum, A. ovisporum, A. paraelegantissimum, A. subsessile e A. sessile) são propostas como novas para a ciência.

Submitted by Leonardo Freitas (leonardo.hfreitas@ufpe.br) on 2015-04-08T18:40:04Z No. of bitstreams: 2 Tese Allyne Silva.pdf: 4941442 bytes, checksum: 50b2e8bcec71a4c3d568843d1a90f396 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T18:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Allyne Silva.pdf: 4941442 bytes, checksum: 50b2e8bcec71a4c3d568843d1a90f396 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-22 / CNPq; CAPES / Os fungos poróides são popularmente chamados de “orelhas-de-pau” devido ao hábito do basidioma, onde produzem holobasídios clavados, em himênio geralmente tubular bem definido. A maioria das espécies desse grupo de fungos apresenta um papel particularmente importante devido à capacidade de degradação de madeira nos diferentes ecossistemas. Para ampliar o conhecimento sobre a diversidade e aspectos ecológicos de fungos poróides na Amazônia brasileira, foram realizadas revisão de exsicatas de fungos poróides coletados na Amazônia e depositados em herbários e coletas em duas áreas de terra firme no município de Porto Velho, Rondônia: Parque Natural Municipal (PNM) e Estação Ecológica de Cuniã (ESEC), em julho de 2009 (período seco), fevereiro (chuvoso) e julho de 2010 (seco) e fevereiro de 2011 (chuvoso), totalizando oito visitas. Foram coletados 398 espécimes de fungos poróides, representantes de seis famílias, 32 gêneros e 77 espécies, das quais nove são novas para a ciência. Todas as famílias estiveram presentes nas duas áreas de estudo. Vinte espécies foram comuns para ambas as áreas; o PNM apresentou o maior número de espécies exclusivas (37, 19 para a ESEC). A riqueza de espécies não diferiu significativamente entre as áreas de coleta, mas maior abundância foi encontrada no PNM. Maior riqueza e abundância foram encontradas no período chuvoso. Cento e oitenta e oito espécimes foram coletados em áreas adicionais localizadas em Porto Velho e representaram 52 espécies, das quais quatro são novas para a ciência e 20 exclusivas a essas áreas. Desse modo, foram identificadas, ao todo, 97 espécies provenientes de coletas. A partir da revisão de 5.933 exsicatas de fungos poróides coletados na Amazônia e depositados nos Herbários INPA, SP, UFACPZ e URM foram encontradas 212 espécies, distribuídas nos diferentes Estados da Amazônia brasileira, das quais quatro espécies novas para a ciência e 137 encontradas exclusivamente nesses herbários. No total, 238 espécies são registradas para a Amazônia brasileira. Dezessete espécies são novas para a ciência, enquanto 17 são novos registros para o Brasil e 40 para Amazônia brasileira. Onze famílias foram registradas, sendo Polyporaceae com maior número de gêneros e espécies (27 e 104, respectivamente), seguida por Hymenochaetaceae (nove e 46) e Ganodermataceae (quatro e 42). Baseado em análises morfológicas e/ou moleculares da região ITS rDNA, 27 espécies de Amauroderma, muitas morfologicamente semelhantes, foram delimitadas, das quais nove (A. albostipitatum, A. floriforme, A. laccatostiptatum, A. lemoniforme, A minimum, A. ovisporum, A. paraelegantissimum, A. subsessile e A. sessile) são propostas como novas para a ciência.

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2016-02-26T16:26:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) dissertacaofinal19ABR12.pdf: 6509323 bytes, checksum: 3ea20960f438629f3ce90be45103b653 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-26T16:26:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) dissertacaofinal19ABR12.pdf: 6509323 bytes, checksum: 3ea20960f438629f3ce90be45103b653 (MD5) Previous issue date: 2012-03-15 / CAPES / O gênero Cyathus Haller: Pers., junto com mais quatro gêneros, formou, por muito tempo, um grupo conhecido como “Bird’s nest fungi” devido a morfologia cônica com estrutura lenticulares em seu interior, lembrando ovos em seus ninhos. Os estudos morfológicos, durante muito tempo, forneceram a base para as diferentes construções de classificação infragenérica e, como muitas espécies se diferenciavam de forma tênue, isso gerava muita polêmica. Sequências de DNA vêm sendo usadas para esclarecer melhor a história evolutiva do grupo. No Brasil, o grupo é pouquíssimo estudado, de forma que mais trabalhos envolvendo a união da taxonomia molecular com a tradicional são necessários para uma melhor compreensão do gênero. Assim, o presente trabalho teve como objetivos inferir a filogenia de espécimes de Cyathus oriundas do nordeste brasileiro e, com a associação dos caracteres morfológicos, propor uma classificação melhor para o táxon. Para isso, foram examinadas 46 exsicatas, das quais seis eram do herbário JPB, cinco do Herbário HUEFS e 37 do herbário de Fungos UFRN, sendo que este último apresenta o maior número de exsicatas de Cyathus no Nordeste, somando um total de 19 espécies. Dos 46 espécimes, 33 foram utilizados para extração de DNA, resultando no sequenciamento da região ITS de seis espécies e da região LSU de oito espécies. As árvores filogenéticas mostram que essas espécies se encontram em clados separados das demais espécies oriundas de regiões não tropicais, no entanto, não altera a topologia geral dos principais clados sugeridos em trabalhos anteriores. De acordo com os estudos taxonômicos tradicionais, temos duas espécies que constituem segundo registro para o mundo: C. pedicelatus e C. setosus; uma primeira referencia para o Brasil de C. olivaceobrunneus, e a primeira referência para o Nordeste de C. bekerleyanus. A análise dos dados moleculares aponta para a delimitação de cinco novas espécies para a ciência. Todas as sequências de DNA geradas foram depositadas no GenBank e são novas para o banco de dados. / The genus Cyathus Haller: Pers., together with other four genera, formed a group known as bird's nest fungi due to their conic morphology with lenticular structures inside resembling bird’s eggs in their nests. Morphological studies, for a long time, provided the basis to the different constructions of infrageneric classification and, as many species differed weakly from one another, that generated much controversy. DNA sequences have been used to better clarify the evolutionary history of the group. In Brazil, the group is as yet poorly studied, hence, more work involving the union of the traditional and molecular taxonomy is needed for better understanding of the genus. Therefore, this work had the objectives of inferring the phylogeny of specimens of Cyathus from the Brazilian Northeast and, in association with morphological characters, to propose a better classification for the taxon. Forty six exsiccates were examined, being six from JPB herbarium, five from HUEFS herbarium and 37 of UFRN-Fungos herbarium. The latter has the largest number of exsiccates of this genus in the Northeast, totaling 19 species. Thirty-three specimens were chosen for DNA extraction, resulting in the sequencing of the ITS region of six species and the LSU region of eight species. The phylogenetic trees show that these species sampled in this work are positioned in clades separated from those reported from non-tropical regions, however, this does not change the general topology of the main clades suggested in the works published previously. According to the traditional taxonomy studies we have two species that constitute the second record to the world, C. pedicelatus and C. setosus; one first record to Brazil, C. olivaceobrunneus; and one first record to the Northeast region of C. bekerleyanus. Analysis of the molecular data suggests five new species to Science. All DNA sequences of the tropical species sampled were deposited in the GenBank and are new records for the database.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-07T18:10:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação _Adriano Honorato.pdf: 2593391 bytes, checksum: 66560b270a251eb8352a53374e86aa02 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-07T18:10:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação _Adriano Honorato.pdf: 2593391 bytes, checksum: 66560b270a251eb8352a53374e86aa02 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T18:10:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação _Adriano Honorato.pdf: 2593391 bytes, checksum: 66560b270a251eb8352a53374e86aa02 (MD5) Previous issue date: 2017-09-29 / Virtual herbariums aim to disseminate scientific information and contribute to the conservation and sustainable use of Brazilian biological resources. It currently includes 120 national herbaria and 25 herbariums from abroad, together provide more than 5,4 million records and more than one million images, in addition to several free access tools, opening space for the application of Machine Learning techniques, among them classifiers. In the Machine Learning process, Attribute Selection is part of the pre-processing of data and can correspond to 80% of the data mining phase, for this it is necessary to study the approaches used to make the selection of a subset of attributes that better generalize the basis to be induced to the model of machine learning. The objective of this work is to apply the attributes selection processes with the following filter, wrapper and embedded approaches in the National Institute of Science and Technology (NIST) - Virtual Herbarium of Flora and Fungi, this base contains 87,732 records and 51 features, with 119 collections and sub-collections, 86,967 online records, 80,513 georeferenced records, 12,073 different accepted species. The first phase of machine learning processes is the pre-processing, which will analyze the database and will result in a more general and ready basis for the application of the predictive models of classification, after the filter of the most relevant subset of attributes, the Machine Learning algorithms are applied, which in this research was: Decision Tree, Network Neural Artificial and Logistic Regression. The evaluation of the models will be through the confusion matrix using the accuracy and the analysis of the area on the ROC curve. Among the models studied, the Logistic Regression was the one that obtained the performance with a total accuracy of 77.25%, with the filter approach and 76.25% with the wrapper. / Os herbários virtuais têm como objetivo disseminar informações científicas e contribuir para a conservação e uso sustentável dos recursos biológicos brasileiros. Atualmente integra 120 herbários nacionais e 25 herbários do exterior, juntos disponibilizam mais de 5,4 milhões de registros e mais de um milhão de imagens, além de várias ferramentas de livre acesso, abrindo espaço para a aplicação de técnicas de Aprendizagem de Máquina, entre elas os classificadores. No processo de Aprendizagem de Máquina a Seleção de Atributos faz parte do pré-processamento de dados e que pode corresponder a 80% da fase da mineração de dados, para isso se faz necessário um estudo sobre das abordagens utilizadas para fazer a seleção de um subconjunto de atributos que melhor generalize a base para ser induzido ao modelo de aprendizado de máquina. O objetivo deste trabalho é aplicar os processos de seleção de atributos com as seguintes abordagens filtro, wrapper e embutido, na base de dados do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, esta base contém 87.732 registros e 51 atributos, sendo 119 coleções e sub-coleções, 86.967 registros online, 80.513 registros georreferenciados, 12.073 espécies aceitas distintas. A primeira fase dos processos de aprendizado de máquina é o pré-processamento, que analisará a base de dados e resultará em uma base mais genérica e pronta para aplicação dos modelos preditivos de classificação, após o filtro do subconjunto de atributos mais relevantes aplicam-se os algoritmos de Aprendizagem de Máquina, que nesta pesquisa foi: Árvore de Decisão, Rede Neural Artificial e Regressão Logística. A avalição dos modelos será através da matriz de confusão utilizando a acurácia e a análise da área sobre a curva ROC. Dentre os modelos estudados o de Regressão Logística obteve o desempenho de classificação de acurácia de 77,25%, com a abordagem filtro e 76,25% com a wrapper.

Submitted by Filipe dos Santos (fsantos@pucsp.br) on 2017-05-12T13:15:39Z No. of bitstreams: 1 Mariana Bianchini Malerba Coltri.pdf: 44585552 bytes, checksum: 28da7fc5db4f7d22c0537decd3588adf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T13:15:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariana Bianchini Malerba Coltri.pdf: 44585552 bytes, checksum: 28da7fc5db4f7d22c0537decd3588adf (MD5) Previous issue date: 2017-03-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this study, we analyze the relevance of the images in herbaria from the XVIth century, emphasizing mainly some aspects of the relation between image and text present in the books of this period. We also intend to highlight the use of images for the purpose of registration and circulation of knowledge. However, to develop this study in the field of History of Science, we chose as a case study the work A New Herball, published in 1568 by the british scholar William Turner (c.1510-1568). From this work, we present some discussions about the use of images and their relevance for the knowledge about nature at that time. We complement this work with a didactic sequence acting in the interface between the History of Science and Teaching, emphasizing science as human construction and the relevance of images in the process of communication of knowledge / Neste estudo, analisamos a relevância das imagens em herbários do século XVI, salientando principalmente alguns aspectos da relação imagem e texto presentes nos livros desse período. Buscamos também evidenciar o uso das imagens no registro e circulação de conhecimentos. Contudo, para desenvolver este trabalho no âmbito da História da Ciência, escolhemos como estudo de caso a obra A New Herball, publicada em 1568 pelo estudioso britânico William Turner (c.1510-1568). A partir dela, apresentamos algumas discussões sobre o uso das imagens e sua relevância para o conhecimento sobre a natureza daquela época. Complementamos este trabalho com uma sequência didática que atua na interface entre a História da Ciência e o Ensino, enfatizando a ciência como construção humana e a relevância das imagens no processo de comunicação do conhecimento