Les différentes composantes des génomes et leur agencement sont issus de divers processus moléculaires. L'activité des éléments transposables (i.e. séquences d'ADN capables de se déplacer et se multiplier dans le génome) et l'augmentation du niveau de ploïdie (i.e. ensemble du nombre de chromosomes du noyau cellulaire) semblent avoir eu des rôles importants dans l'évolution de l'architecture des génomes des eucaryotes pluricellulaires. La polyploïdie se rencontre principalement chez les plantes mais elle se rencontre épisodiquement aussi dans des taxons animaux. De plus, plusieurs évènements de doublement de génome semblent avoir eu un impact sur la diversification des vertébrés. Les éléments transposables et la polyploïdie auraient des impacts non négligeables sur la diversification phénotypique des êtres vivants. Leur variation serait alors soumise à des processus sélectifs. Ces deux phénomènes pourraient interagir pour structurer les génomes. Selon différentes théories, l'augmentation du niveau de ploïdie aurait pour conséquence une augmentation du nombre d'insertions d'éléments transposables dans le génome. La plupart des études empiriques sont principalement basées sur des plantes allopolyploïdes et peu d'études se sont focalisées sur l'interaction entre la polyploïdie et les éléments transposables chez les animaux. Cette thèse de doctorat avait plusieurs objectifs. D'une part, cette thèse devait éclaircir l'histoire évolutive du complexe d'espèces Daphnia pulex. D'autre part, cette thèse avait pour but de tester l'effet du niveau de ploïdie sur un élément transposable de classe II, Pokey, en nature dans le complexe Daphnia pulex. Daphnia pulex est un petit crustacé d'eau douce. Les espèces de ce complexe se retrouvent dans les étangs et les lacs d'Amérique du Nord et d'Europe. Il existe une variation du mode de reproduction dans les populations (parthénogénétique cyclique ou obligatoire). Des lignées hybrides diploïdes et polyploïdes ont des origines multiples. Ce complexe présente un patron de polyploïdie géographique avec des diploïdes dans les régions tempérées et des polyploïdes dans les régions subarctiques et arctiques. L'importance de l'hybridation et le niveau de ploïdie dans ce complexe ont été réévalués. L'impact de la polyploïdie sur la densité de Pokey a été évalué en utilisant une technique de « TE display ». L'évolution des séquences de l'élément Pokey dans les lignées hybrides a été décrite avec des analyses phylogénétiques. Les données récoltées grâce à la cytométrie en flux combinées à l'analyse microsatellite ont révélé que la plupart des clones polyploïdes dans le complexe D. pulex sont triploïdes et non tétraploïdes comme le suggéraient les études antérieures. Les clones triploïdes sont probablement issus d'interactions entre des populations sexuées et asexuées. Diverses analyses sur les données microsatellites ont permis de séparer les populations hybrides des espèces dont elles sont issues. Les populations hybrides sont composées d'hybrides diploïdes et polyploïdes avec des mitochondries D. pulex et certaines lignées avec des mitochondries D. pulicaria. Les analyses conjuguées des données microsatellites et d'un gène nucléaire ont permis d'éclaircir les relations évolutives entre un groupe d'espèces où le maintien du polymorphisme ancestral et l'hybridation affectent les relations phylogénétiques observées en n'analysant qu'un seul gène. Cette étude montre que l'hybridation et l'introgression ont joué un rôle important dans l'évolution de ce complexe. Le nombre d'insertions TE a été comparé entre des diploïdes (14) et des polyploïdes (13) hybrides en utilisant une technique de « TE display ». Bien que le nombre moyen de sites d'insertion était plus élevé chez les polyploïdes que chez les diploïdes cette différence n'était pas statistiquement significative. De nombreux évènements de recombinaisons ont été révélés dans des allèles de Pokey dans des lignées diploïdes et polyploïdes du complexe pulex. Des analyses phylogénétiques et de recombinaison ont montré que la recombinaison est une force majeure qui façonne l'évolution du transposon Pokey. Cette thèse de doctorat présente donc divers patrons et processus génétiques se déroulant lors de la formation du complexe d'espèces Daphnia pulex. L'hybridation et la polyploïdie semblent avoir eu un impact significatif sur la diversification et possiblement sur l'adaptation de populations à différents environnements. L'absence d'augmentation du nombre d'insertions d'éléments transposables pourrait être expliquée par une augmentation de ceux-ci dans les lignées diploïdes hybrides parentes. L'intégration d'une vision écosystémique du génome pourrait permettre de mieux comprendre comment les génomes se structurent au cours de l'évolution. Des études en écologie évolutive et expérimentales permettraient de répondre à différentes hypothèses proposées lors de cette étude. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Polyploïdie, hybridation, transposon, complexe d'espèces, Daphnia pulex

Reproduction de : Thèse de doctorat : Biosciences végétales : Toulouse, INPT : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 228 réf.

Thèse doctorat : Biologie Végétale et Forestière : Nancy 1 : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr.: f. 32-36. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2001. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

La thèse porte sur la résolution des problèmes de satisfiabilité propositionnelle (SAT) et des problèmesde satisfaction de contraintes (CSP). Ces deux modèles déclaratifs sont largement utilisés pour résoudredes problèmes combinatoires de première importance comme la vérification formelle de matérielset de logiciels, la bioinformatique, la cryptographie, la planification et l’ordonnancement de tâches.Plusieurs contributions sont apportées dans cette thèse. Elles vont de la proposition de schémas d’hybridationdes méthodes complètes et incomplètes, répondant ainsi à un challenge ouvert depuis 1998, àla résolution parallèle sur architecture multi-coeurs, en passant par l’amélioration des stratégies de résolution.Cette dernière contribution a été primée à la dernière conférence internationale du domaine (prixdu meilleur papier). Ce travail de thèse a donné lieu à plusieurs outils (open sources) de résolution desproblèmes SAT et CSP, compétitifs au niveau international. / This thesis deals with propositional satisfiability (SAT) and constraint satisfaction problems(CSP). These two declarative models are widely used for solving several combinatorial problems (e.g.formal verification of hardware and software, bioinformatics, cryptography, planning, scheduling, etc.).The first contribution of this thesis concerns the proposition of hybridization schemes of complete andincomplete methods, giving rise to an original answer to a well-known challenge open since 1998. Secondly,a new and efficient multi-core parallel approach is proposed. In the third contribution, a novelapproach for improving clause learning management database is designed. This contribution allows spatialcomplexity reduction of the resolution-based component of SAT solvers while maintaining relevantconstraints. This contribution was awarded at the last international SAT conference (best paper award).This work has led to several open sources solving tools for both propositional satisfiability and constraintssatisfaction problems.

Les travaux menés durant cette thèse ont pour objectif d’améliorer les performances des systèmes hybrides GNSS/MEMS. Ils se décomposent en deux parties distinctes : d’une part, le développement d’un ensemble de traitement capteurs cherchant à améliorer la mesure elle-même et d’autre part, l’optimisation des algorithmes d’hybridation pour les capteurs MEMS de Thales. Le traitement capteur consiste en l’estimation de l’accélération vraie (resp. la vitesse angulaire vraie) à partir de la sortie du capteur accélérométrique (resp. gyrométrique). Ce traitement a été réalisé en deux sous-étapes : 1) La calibration qui consiste en l’identification du système non-linéaire connaissant ses entrées et ses sorties. Les relations entrant en jeu dans le modèle étant linéaires vis-à-vis des paramètres, on peut alors résoudre cette partie du problème par l’estimateur des moindres carrés (après extension du vecteur comprenant les entrées afin qu’il comporte les non linéarités). 2) L’inversion du modèle qui a pour but d’estimer les entrées du modèle connaissant ses sorties et l’estimation des paramètres effectuée durant l’étape de calibration. Après formalisation de ce problème sous forme d’un modèle dynamique, la résolution se fera à l’aide d’algorithme type filtre de Kalman ou filtre particulaire. Les algorithmes d’hybridation ont pour but de localiser un mobile dans l’espace connaissant l’information issue des MEMS ainsi que celle apportée par le GPS. Cette partie peut également se décomposer en deux sous-problèmes : 1) Lorsque que les signaux GPS sont disponibles (cas nominal), le but est d’améliorer les méthodes de navigation hybride GPS/INS existantes (EKF, UKF, PF, …). Dans notre cas, la réflexion a portée sur une modélisation à l’ordre 2 des biais des capteurs MEMS et sur la fermeture de la boucle de navigation (correction de la centrale inertielle à l’aide des erreurs issues du filtre d’hybridation). 2) Dans des scénarii défavorables (multitrajet et masquage des signaux GPS), la qualité des capteurs MEMS ne permet pas d’obtenir des résultats de navigation satisfaisants. Un algorithme basé sur un réseau de neurones a donc été développé. Durant les phases où le GPS est disponible, cet algorithme permet d’apprendre l’erreur commise par la centrale inertielle en mode survie par rapport au résultat de navigation hybride. Le réseau de neurones ainsi appris fournira alors cet élément de correction en cas de perte de l’information GPS. Ces différentes méthodes ont permis d’accroître la précision de la navigation GNSS/MEMS aussi bien dans le cas nominal que lors de pertes du signal GPS / The goal of this thesis is to improve accuracy of GNSS/MEMS integrated navigation system. Two main parts can be distinguished in this thesis: first, sensor processing can be achieved to improve measurement accuracy and then, navigation algorithm can be optimized for the specific case of MEMS sensors. Sensor processing is the estimation of real acceleration (resp. real angular rate) from the one measured by accelerometer (resp. gyrometer). This processing have been realized in two steps: 1) Calibration: identification of the non-linear system describing sensors (resolved by Least Square method). 2) Model inversion: estimation of the input of the non-linear system, i.e. acceleration and/or angular rate (resolved by Kalman filtering). Navigation algorithm have then to locate an object in space from both GNSS and MEMS data. This part have been also realized in two steps: 1) If GNSS signals are available, the goal is to improve the existing GNSS/INS navigation schemes (2nd-order bias modeling of MEMS sensors). 2) If GNSS are not available (e.g. multipath or outage), a Neural Network based algorithm have been developped, which learn the error made by the inertial platform during the unavailability of GNSS signals. These different methods have allowed to improve accuracy of GNSS/MEMS inetgrated navigation system both for nominal case and degraded case

Cette thèse propose une réflexion autour de la relation entre le dessin animé et le cinéma en prises de vues réelles, en faisant reposer le propos sur l’étude d’une forme cinématographique hybride, présentant un entremêlement ou encore une rencontre entre personnages graphiques et acteurs réels. Cette recherche interroge, du cinéma des premiers temps aux expériences plus contemporaines, l’évolution d’une forme reposant sur une frontière technique constamment mouvante au gré d’innovations technologiques et de perspectives théoriques historiquement variables. En s’intéressant tout autant aux films qu’à leur réception et leur contexte de production, l’objectif est de de mettre à jour et de comprendre les raisons pour lesquelles l’animation se trouve perçue à l’heure actuelle, à la fois comme une forme radicalement différente de la prise de vues réelles, rattachée à une institution qui lui est propre, et à la fois comme une forme potentiellement assimilable au cinéma photographique, en particulier dans le cadre de certains films à effets spéciaux. L’enjeu est de creuser les racinesde cette relation singulière, de cette scission-assimilation comme nous choisissons de la nommer, qui s’explique selon des modalités à la fois historiques, théoriques et esthétiques, et que la forme hybride permet de mettre particulièrement en évidence. Notre objectif est d’analyser, à travers l’évolution de cette forme et l’usage qu’en dévoilent les films, l’émergence d’une séparation plus esthétique, discursive et institutionnelle que véritablement ontologique entre ce que divers mouvements historiques et entreprises théoriques ont pu contribuer à définir, tout au long de l’histoire du cinéma, comme deux régimes de représentation aussi séparés que potentiellement assimilables / This thesis proposes a study about the relation between animated cartoons and live-action cinema. We base it on the study of a hybrid cinematic form, presenting a mix or an encounter between graphic characters and real actors. This research tries to question, from early cinema to more contemporaneous experiments, the evolution of a form resting upon a technical frontier always moving at the whim of technological innovations and theoretical perspectives historically variables. While interesting ourselves as much in the films than in their reception and their production context, the objective is to reveal and understand the reasons why animation is seen, nowadays, equally as a form radically different from live-action, linked to an institution of its own, and equally as a form potentially assimilable to photographic cinema, particularly in the case of films based on special effects. We aim to dig in order to find the roots of this singular relation, of this scission-assimilation aswe chose to name it, that we can explain through historical, theoretical and aesthetical modalities, particularly lighten by the hybrid form. Our goal is to analyze, through the evolution of this form and its use revealed by the films, the emergence of a separation more aesthetical, discursive or institutional than really ontological between what several historical movements and theoretical enterprises have contributed to define, throughout the history of cinema, as two systems of representation as well separated than potentially assimilable

Le doryphore de la pomme de terre (Leptinotarsa decemlineata Say) est un ravageur important des cultures de pomme de terre (Solanum tuberosum L) à travers le monde, qui montre une capacité d'adaptation remarquable au climat et aux insecticides employés pour le contrôler. Le développement d'alternatives à l'utilisation des insecticides pour le contrôle du doryphore est aujourd'hui un enjeu économique, environnemental et même de santé publique. Dans cette optique, des lignées de pomme de terre hybrides ont été produites récemment par hybridation de cultivars de pomme de terre avec l'espèce sauvage Solanum brevicaule, une solanacée proche de la pomme de terre exprimant dans ses feuilles le composé glycoalcaloïde dehydrocommersonine. Dans le cadre de ce projet, des tests de consommation foliaire « sans choix » (no-choice) ont été réalisés pour l'ensemble des stades de développement du doryphore avec la lignée 15953-12, un hybride Solanum brevicaulex Solanum tuberosum rétrocroisé (BC₅), pour évaluer son statut de résistance par le suivi des taux de croissance, de consommation foliaire et de mortalité de l'insecte, de son temps de développement, du comportement des larves et du succès reproducteur des adultes. Le taux de mortalité des larves nourries de la lignée 15953-12 a été de 30% supérieur à celui d'insectes témoins nourris de plants de pomme de terre. Le développement des larves a été altéré, avec une augmentation du temps de développement de 8,6 jours (133%) et un poids des adultes réduit de 37% à l'émergence par rapport au groupe témoin. Le poids des adultes était toujours plus faible de 33% une semaine après l'émergence et peu de femelles avaient pondu sur la plante hybride. Le nombre d'œufs pondus par les couples nourris de la lignée 15953-12 était réduit de 87% par rapport aux insectes témoins. Une réduction significative de la consommation foliaire (46%) et un évitement de la plante hybride par les larves ont semblé être les principales causes des effets observés, en concordance avec les effets généralement attribués aux composés glycoalcaloïdes. Des recherches additionnelles seront maintenant nécessaires pour évaluer le potentiel de résistance génétique du doryphore à la lignée 15953-12 et, plus spécifiquement, à la dehydrocommersonine. / Colorado Potato Beetle (CPB) (Leptinotarsa decemlineata Say) is a worldwide pest of cultivated potato (Solanum tuberosum L). The CPB can quickly and easily adapt to climate or insecticides, which explains why it is such a widespread and hardy pest. Nowadays, finding alternatives to heavy insecticide usage to control the CPB is much needed not only from economic and ecological standpoints but also from a public health perspective. To this end, plant lines were developed recently by hybridization of potato cultivars with Solanum brevicaule, a wild tuber-bearing species containing the foliar glycoalkaloid dehydrocommersonine. No-choice feeding assays were conducted across all life stages of CPB with line 15953-12, a Solanum brevicaule x Solanum tuberosum BC₅ hybrid, to assess plant resistance through the monitoring of insect growth rate, development time, leaf consumption rate, mortality, larval behaviour and adult reproductive fitness. Larvae raised on the hybrid plant showed a 30% mortality rate, which is greater than the mortality rate of potato-fed insects. Larval development was both stunted and prolonged, with an 8.6-day (133%) increase in development time and a 37% decrease of adult weight upon emergence. After one week, adults raised and fed on the hybrid were 33% lighter than their control counterparts and fewer females laid eggs. The total amount of eggs per CPB couples on the hybrid line was 87% lesser than the control group. Significatively reduced feeding (46%) and avoidance of the hybrid plant by young larvae were likely the cause of the observed effects, in line with the usually reported effects of glycoalkaloids on herbivorous insects. Further studies will now be needed to document the long-term adaptation potential of CPB to line 15953-12, and, more specifically, to dehydrocommersonine, through natural selection.

Vingt-quatre combinaisons de croisements ont été réalisées entre huit cultivars de rosier en vue d'obtenir des informations sur leur potentiel d'hybridation. Toutes les combinaisons ayant le rosier 'AC Marie-Victorin' comme parent mâle ont produit des cynorhodons. Ce cultivar possède un bon potentiel pour effectuer des tests de fertilité mâle ou femelle avec les cultivars dont le potentiel est inconnu. Trois combinaisons effectuées avec ce cultivar ont produit une quantité appréciable de nouveaux plants aux fleurs de couleurs rares (principalement le jaune), soit 'AC Marie-Victorin' x 'Midas Touch', 'Sunflare' x 'AC Marie-Victorin' et 'Yellow Simplicity' x 'AC Marie-Victorin'. Même si leurs descendants sont peu nombreux, les rosiers 'Morden Sunrise' et 'Melody Parfumée' doivent être retenus, le premier permettant d'obtenir des teintes rares et des dégradées de couleurs et le second, des teintes de mauve et des fleurs parfumées. En revanche, les descendants des combinaisons de croisements des rosiers 'Golden Shower' et 'Graham Thomas' n'ont suscité aucun intérêt. Aucun descendant à fleur rouge n'a été obtenu^ De plus, la composition pigmentaire des pétales de roses de six parents et d'un certain nombre de descendants a été étudiée à l'aide de la spectrophotométrie d'absorbance.