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O presente estudo busca reunir todo o conhecimento disponível acerca da diversidade e distribuição dos peixes amazônicos. A ictiofauna amazônica é composta por 2441 espécies válidas, 527 gêneros, 55 famílias e 16 ordens. Esses números tornam o Amazonas, por ampla margem, a bacia hidrográfica mais rica em diversidade de peixes do planeta. A presente tese é dividida em quatro capítulos, cada um explorando um diferente aspecto da biogeografia dos peixes amazônicos. O primeiro capítulo aborda o assunto a partir de uma perspectiva histórica, desde sua fundação com Louis Agassiz na metade do século XIX até os dias atuais, abrangendo diversas escolas de pensamento. O segundo capítulo descreve a assembléia de peixes amazônicos, incluindo diversos testes estatísticos sobre a riqueza, composição taxonômica e a distribuição geográfica dos peixes da Amazônia. Um dos resultados é que a ictiofauna amazônica é composta em torno de 4,000 a 12,000 espécies. O terceiro capítulo descreve todos os padrões de distribuição presentes entre os peixes da Amazônia, sendo apresentados diversos exemplos e todos esses são discutidos dentro dos contextos temporal e geomorfológico. O último capítulo implementa análises biogeográficas quantitativas e as topologias resultantes formam a base conceitual para discussões sobre áreas de endemismo, sobre os problemas de faunas reticuladas histórica e cronologicamente e sobre a relação entre a filogenia e a biogeografia. / The present study is an effort to assemble all available knowledge about the diversity and the distribution of Amazonian fishes. The Amazonian ichthyofauna is composed of 2441 valid species, 527 genera, 55 families and 16 orders. These numbers make the Amazon, by a wide margin, the richest basin of the world in fish diversity. The present thesis is divided into four chapters, each one exploring a different aspect of the biogeography of Amazonian fishes. The first chapter addresses the subject from a historical perspective, from its foundation by Louis Agassiz in the middle of the nineteenth century to the present day, covering several schools of thought. The second chapter describes the Amazonian fish assemblage, including several statistical tests of hypotheses about the richness, taxonomic composition and geographic distribution of Amazonian fishes. One of the results is that the Amazonian ichthyofauna is composed of somewhere between 4,000 and 12,000 species. The third chapter describes every distribution pattern present in Amazonian fishes, with numerous examples of each, and discusses them in temporal and geomorphological contexts. The last chapter offers quantitative biogeographic analyzes, and the resulting topologies form the basis for conceptual discussions about the nature of areas of endemism, about the problems of historical reticulation and chronologically hybrid faunas, and on the relationship between phylogeny and biogeography.

Engraulinae, uma sub-família de Engraulidae, inclui onze gêneros e cerca de 90 espécies com hábitos marinhos, estuarinos e dulcícolas, distribuídas nas américas do Sul, Central e do Norte, exceto Encrasicholina e Engraulis, o primeiro restrito ao Indo-Pacífico e o segundo com distribuição global. Anchoviella, um gênero de Engraulinae, que pertence ao grupo de manjubas do Novo Mundo, possui 15 espécies descritas, mas, como sugerido por diversos autores, a maioria das espécies do gênero apresenta problemas taxonômicos que necessitam ser revisados. O monofiletismo de Engraulinae é sustentado por quatro sinapomorfias relacionadas a morfologia geral do corpo, padrão de canais sensoriais cefálicos e características do esqueleto caudal e arcos branquiais. O presente estudo tem dois objetivos principais: i) elaborar a análise filogenética de Engraulinae com base na análise de dados morfológicos, a fim de evidenciar padrões de evolução dos grupos na sub-família, ii) elaborar a revisão taxonômica de Anchoviella. Foram elencados 103 caracteres de morfologia externa e interna de todos os gêneros pertencentes a Engraulinae. O monofiletismo de Engraulinae e Engraulini não foi corroborado no presente estudo, assim como o da maioria dos gêneros incluídos na subfamília, com exceção de Anchovia, que formou um clado monofilético com alto suporte de Bremer. Proposto como o mais derivado em Engraulinae em estudos filogenéticos anteriores, o gênero Encrasicholina foi incluído em um dos grandes clados da família obtidos no presente estudo, juntamente com espécies de Stolephorus, Engraulis e Anchoa. Pterengraulis atherinoides é o clado mais derivado em Engraulidae, com Lycengraulis grossidens e Anchoa spinifer também situados entre os táxons mais derivados da família. Além disso, a obtenção de um grande clado com espécies pertencentes a Amazonsprattus scintilla, Anchoviella e Anchoa reforça as hipóteses de relacionamento próximo entre Amazonsprattus scintilla e Anchoviella. A revisão taxonômica de Anchoviella revelou 13 espécies válidas e duas espécies dulcícolas não descritas. Entretanto, de acordo com o resultado obtido na análise filogenética, apenas três dessas espécies deveriam ser mantidas em Anchoviella enquanto as demais espécies formariam um novo gênero incluindo Amazonsprattus scintilla. / Engraulinae, a subfamily of Engraulidae, includes eleven genera and about 90 species with marine, estuarine and freshwater habits, distributed in South, Central and North America, except Encrasicholina and Engraulis, the first one restricted to the Indo-Pacific and the second, with a global distribution. Anchoviella, one genus of Egraulidae, that belongs to the New World Anchovies group, is represented by 15 described species but, according to many authors, most species of the genus are poorly described and in need of revision. The monophyly of Engraulinae is supported by four synapomorphies related to general morphology of the body, pattern of sensory cephalic canals and characteristics of the caudal skeleton and branchial arches. The present study has two main goals: i) to analyse the phylogenetic relationships within Engraulinae based on morphological data, aiming to highlight evolution patterns within the groups of the subfamily, ii) to perform the taxonomic revision of Anchoviella based on the analysis of 103 external and internal morphological characters of all the genera within Engraulinae. The monophyly of Engraulinae and Engraulini was not herein corroborated, as well as the monophyly of most of the genera within the subfamily, except Anchovia, that was included in a monophyletic clade with a strong Bremer support. Proposed as the most derived genus within the Engraulinae in previous studies, the genus Encrasicholina was herein included within one of the major clades of the family, together with species of Stolephorus, Engraulis and Anchoa. Pterengraulis atherinoides is the more derived taxon within the Engraulidae, together with Lycengraulis grossidens and Anchoa spinifer, also included within the more derived taxa of the family. Moreover, one major clade with species belonging to Amazonsprattus scintilla, Anchoviella and Anchoa was obtained, reinforcing the hypothesis of a close relationship among Amazonsprattus scintilla and Anchoviella and among Anchoa and Anchoviella. The taxonomic revision of Anchoviella revealed the existence of 13 valid species and two undescribed freshwater species. However, according to the results obtained through the phylogenetic analysis undertaken, only three among these species should be maintained within Anchoviella, while the other species would form a new genus including Amazonsprattus scintilla.

The Gray Fossil Site (GFS) preserves an early Pliocene sinkhole pond that accumulated a rich flora and vertebrate fauna. Fossils of fish are incredibly common at GFS, representing thousands of specimens recovered to date. Comparison with extant species reveals a depauperate freshwater fish fauna consisting of only two species: Lepomis sp. and Micropterus sp. The absence of fishes that are ubiquitous in modern streams suggests no perennial surface hydrologic connection between the Gray Fossil Site and the nearby Holston River. Limited opportunities for dispersal into the pond and deleterious conditions such as eutrophy and high competition may have resulted in this extremely low diversity. Examination of articulated and partially articulated GFS fish specimens show mild to moderate degrees of post-mortem disarticulation, suggesting slowed decay likely attributable to cool water temperatures and/or anoxic conditions within the hypolimnion. Preliminary examination of osteological thin sections suggests slow growth in GFS fishes.

Orientador: Lilian Casatti / Banca: Paulo dos Santos Pompeu / Banca: Fabio Cop Ferreira / Resumo: A condição estrutural do hábitat é um importante fator para as comunidades de peixes em riachos, sendo que vários estudos relatam alterações na riqueza, composição e padrões de abundância das espécies como resultado da variação da estrutura do hábitat. No presente estudo foram abordados como a diversidade funcional e composição funcional da ictiofauna sofrem influência da estrutura do hábitat. No capítulo 1 foi avaliada a relação entre as medidas de diversidade funcional (riqueza funcional, dispersão funcional e uniformidade funcional) e a riqueza de espécies e estrutura do hábitat. No capítulo 2 foram analisados quais atributos funcionais, dentre os testados, influenciam a composição de espécies de peixes como resposta a estrutura do hábitat. Para atender aos objetivos dos dois capítulos foram coletados, por meio de pesca elétrica, espécimes de peixes em 91 riachos do noroeste do Estado de São Paulo. Foram calculados 12 atributos funcionais obtidos a partir de proporções de 16 medidas corporais das 61 espécies coletadas. A caracterização física dos riachos foi feita através de estimativas visuais, em que foram obtidas dez variáveis que refletem a estrutura no interior dos riachos e no ecótono água/terra. No primeiro capítulo, as medidas de diversidade funcional relacionadas ao volume do espaço funcional ocupado e regularidade na ocupação desse espaço foram calculadas utilizando o pacote FD do software R. As variáveis que quantificam a estrutura do hábitat foram analisadas a partir de uma Análise de Componentes Principais (PCA), onde se verificou que os riachos estão ordenados, em um extremo, conforme a quantidade de gramíneas e areia, e, em outro extremo, conforme a quantidade de rochas, galhos e troncos, indicando a existência de um gradiente de estrutura do habitat entre os riachos analisados. As relações entre diversidade funcional e riqueza de ... / Abstract: Not available / Mestre

Various aspects of metabolism and physiology were investigated during the ontogeny of yellowtail kingfish (Seriola lalandi), a fish of growing aquaculture importance in both New Zealand and other countries. Incubation experiments between 18-24°C showed that developing eggs and larvae were heavily influenced by temperature. It appeared that at warmer temperatures larvae hatched smaller but grew on the yolk sac, whereas at cooler temperatures larvae grew inside the chorion. Oxygen consumption data supported this, with a negative correlation found between total embryonic oxygen consumption and temperature. A mechanism was proposed to explain the differential effect of temperature on ontogeny and growth. Like other marine fish with pelagic eggs, yellowtail kingfish were found to be heavily reliant on free amino acids as a source of energy. At 23°C the pattern of substrate utilisation in eggs was considerably different from that at 17-21°C, indicating that 23°C exceeded the tolerance for normal development. Inter-individual aggression by large individuals was associated with the development of size heterogeneity in juveniles. Although this aggression also affected the survival of smaller juveniles, it was not the primary agent of much of the mortality that occurs during this phase, as many of these individuals were on a degenerate developmental trajectory. Yellowtail kingfish fingerlings used for ongrowing were robust to the stressors imposed by live transport. The ontogenetic development of metabolic rate from 0.6 mg-2.2 kg did not follow the same scaling exponent as that observed for mammalian models of allometry, and has implications for interspecific studies of mass-dependent metabolism.

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