In Brazil, the few studies conducted have used viral etiology, in general, traditional methods (imunofluorescense techniques and and viral cultures) in hospitalized children. The purpose of the present study was to investigate the presence of respiratory viruses using indirect immunofluorescence techniques and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction in nasopharyngeal aspirates of children with acute respiratory disease attendet in public institutions of primary and secondary care in the city of Uberlândia. Between february, 2008 to may, 2010 were obtained a convenience sample, nasopharyngeal aspirates from children under five years old with symptoms of acute respiratory disease, attended at Unidade Básica de Saúde da Família - Granada 1, Unidade de Atendimento Integrado-Pampulha and in Clinica Infantil Don Bosco in Uberlândia. Acute respiratory disease was defined by the presence of coryza, coughing, breathing difficulties and/or sibilance, with or without fever. The indirect immunofluorescence techniques and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction were used to test for the presence of respiratory viruses. A total of 43 children (53,5% male and 46,5% female) between two and 60 months of age (average: 18,3 months; median 15 months; DP±16). The clinical diagnosis for admission was common cold for 23 children (53,4%), tracheobronchitis in four (9,3%); pneumonia in 12 (28%) and bronchiolitis in four (9,3%). At least one respiratory virus was detected in 22 (51,1%) of the samples. A total of 26 viruses were identified. Ten (38,4%) samples were positive for the respiratory syncytial virus; ten (38,4%) for rhinovirus, three (11,5%) for parainfluenzavirus; two (7,7%) for adenovirus and one (3,8%) for influenzavirus. Co-infection occurred in three of the samples. The indirect immunofluorescence techniques identified nine (21,0%) and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction 19 (44,1%) of the respiratory viruses. The rhinovirus and respiratory syncytial virus were the respiratory virus most prevalent in children with acute respiratory disease in public institutions of primary and secondary care. The use of molecular method permitted a two fold increase in the capacity for detection of the viral agent collected from the nasopharyngeal aspirates. / No Brasil, os poucos estudos conduzidos com o objetivo de verificar a etiologia viral das doenças respiratórias agudas utilizaram, em geral, métodos tradicionais (imunofluorescência e cultura viral) em crianças hospitalizadas. O objetivo geral do presente estudo foi investigar a presença de vírus respiratórios por meio das técnicas de imunofluorescência indireta e da transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase em aspirados de nasofaringe de crianças com doença respiratória aguda atendidas em serviços públicos de atenção primária e secundária na cidade de Uberlândia, MG. Entre fevereiro de 2008 a maio de 2010 foram obtidos, por meio de uma amostra de conveniência, aspirados de nasofaringe de crianças menores de cinco anos com sintomas de doença respiratória aguda, atendidas na Unidade Básica de Saúde da Família - Granada 1, Unidade de Atendimento Integrado-Pampulha e Clínica Infantil Dom Bosco Uberlândia. Doença respiratória aguda foi definida pela presença de coriza, tosse, dificuldade para respirar ou sibilância, com ou sem febre. A imunofluorescência e a transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase foram utilizadas para testar a presença de vírus respiratórios. Partiparam do estudo 43 crianças (53,5% do gênero masculino e 46,5% gênero feminino) com idade entre dois a 60 meses (média = 18,3 meses; mediana = 15 meses; DP=±16). O diagnóstico clínico à admissão foi de resfriado comum em 23 crianças (53,4%), traqueobronquite, em quatro (9,3%), pneumonia, em doze (28%) e bronquiolite, em quatro (9,3%). Pelo menos um vírus respiratório foi detectado em 22 (51,1%) amostras, sendo que 26 vírus foram identificados. Dez (38,4%) amostras foram positivas para o vírus respiratório sincicial, dez (38,4%) para o rinivirus, três (11,5%) para o parainfluenzavírus; duas (7,7%) para adenovírus e uma (3,8%), para o influenzavírus. A presença de co-infecção ocorreu em três amostras. A imunofluorescência identificou nove (21%) e a transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase dezenove (44,1%) vírus respiratórios. O rinovírus e o vírus respiratório sincicial foram os vírus mais prevalentes em crianças com doença respiratória aguda em serviços de atenção primária e secundária. A utilização de método molecular permitiu dobrar a capacidade de detecção de agente viral nos aspirados de nasofaringe. / Mestre em Ciências da Saúde