A estrutura social (ES) de uma espécie está associada à aspectos socio-ecológicos. A linhagem dos Caviomorfos é apontada como um modelo interessante para estudos deste tipo. Os equimídeos são um exemplo de grande diversidade de habitats: possui espécies de Mata Atlância (Trinomys setosus), da Caatinga (T. yonenagae) e fossoriais (Clyomys bishopi). Por isso, escolhemos esses grupos para uma análise intra e interespecífica sobre suas ES, utilizando a abordagem de redes sociais para descrever padrões de associação e interações agonísticas e afliativas. Nosso objetivo foi descrever a superfície da ES de dois grupos de T. setosus, e quatro de C. bishopi em cativeiro. Para tanto, quantificamos parâmetros da ES e avaliamos a relação entre as interações, hierarquia de dominância e as associações espaciais. Avaliamos a dinâmica do grupo usando as distâncias médias interindividuais e o padrão de agregação do grupo. Quantificamos a frequência de vitórias e perdas entre indivíduos em conflitos agonísticos e a frequência de interações afiliativas, através do método todas as ocorrências. As matrizes, índices e redes sociais foram geradas utilizando o software SOCPROG 2.8. Foram encontradas associações preferenciais de curto e longo prazo, em T. setosus, e de curto prazo para Clyomys. Trinomys setosus mostrou altos índices de afiliação, enquanto que em Clyomys houve igual proporção de afiliativos e agonísticos, sendo assim socialmente menos tolerante do que T. setosus reunindo-se apenas para algumas atividades, e as fêmeas são ainda menos tolerantes do que os machos. Sugerimos que a fêmea Meg é dominante sobre os outros, que se organizam em uma hierarquia não linear, mais igualitária e que esta população de T. setosus apresenta níveis de associação, conectividade e interações sociais positivas, semelhantes com T. yonenagae. Quanto ao comportamento reprodutivo, observamos que em T. setosus, há estro pós-parto, como se esperava com base em T. yonenagae e acreditamos haver algum mecanismo de supressão de estro que precisa ser melhor investigado. Três fêmeas engravidaram, cada uma em um momento. Testes genéticos de paternidade realizados indicaram que embora nas gestações de uma das fêmeas (Meg) não houve multipaternidade, ela não escolheu sempre o mesmo macho, e isto sugere uma estratégia de acasalamento promíscua, por parte da fêmea. Os machos de C. bishopi não parecem exercer defesa de parceira sexual nem formação de vínculo após a cópula, sugerindo uma estratégia também promíscua de acasalamento, como em T. setosus. O repertório comportamental para as espécies T. setosus e Clyomys manteve-se semelhante ao de T. yonenagae. Em conclusão, nossos resultados, pioneiros na utilização comparativa de análises de redes sociais, mostram que as espécies apresentam particularidades importantes quanto ao seu comportamento social, mas que são bastante semelhantes em muitos aspectos, o que traz novas perspectivas quanto ao estudo evolutivo e comparativo dessas espécies e também no que diz respeito à manutenção adequada desses animais em cativeiro, considerando condições de bem-estar animal e conservação. / Social structure (SS) of species is associated with socio-ecological aspects and Caviomorpha is pointed as an interesting model for studies of this type. Echimyidae are an example of great diversity of habitats: it has species of Atlantic Rainforest (Trinomys setosus), Caatinga (T. yonenagae) and fossorial (Clyomys bishopi). Therefore, we chose these groups for an intra and interspecific analysis of their SS, using social networks analysis to describe patterns of association, agonistic and affiliative interactions. Our aim was to describe the SS surface of two groups of T. setosus, and four of C. bishopi in captivity. We quantified descriptors parameters and evaluated the relation between interactions, dominance hierarchy and spatial associations through social networks approach. We evaluated group dynamics using the mean interindividual distances and the group aggregation pattern. We quantify frequency of victories and losses between individuals in agonistic conflicts and frequency of affiliative interactions through the all occurrences method. Matrices, indexes and social networks were generated using SOCPROG 2.8 software. Short and long term preferential associations were found in T. setosus, and short term for Clyomys. Trinomys setosus showed high affiliation rates, while Clyomys had an equal proportion of affiliative and agonistic, being thus socially less tolerant than T. setosus, agglomerating only for some activities, and females are even less tolerant than males. We suggest that female Meg is dominant over others, which are organized in a non-linear, more egalitarian hierarchy and this T. setosus population presents levels of association, connectivity, and positive social interactions, similar to T. yonenagae. Regarding reproductive behaviour, in T. setosus, there is postpartum oestrus, as expected based on T. yonenagae, and we regard there is some mechanism of oestrus suppression that must to be investigated. Three females became pregnant, each in a different moment. Genetic tests of paternity performed indicated that although in the pregnancies of unique female (Meg \') there was no multipaternity, not always choose the same male, and this suggests a promiscuous mating strategy on the part of the female. The males of C. bishopi do not seem to exert sexual partner defence or bond formation after copulation, suggesting a promiscuous breeding strategy as in T. setosus. Behavioural repertoire for T. setosus and Clyomys bishopi remained similar to T. yonenagae. In conclusion, our results, which are pioneers in comparative use of social network analysis, presents important peculiarities of species, regarding their social behaviour, although are quite similar in many aspects, which brings new perspectives regarding evolutionary and comparative study of these species and also considering adequate maintenance of animals in captivity, whereas conditions of animal welfare and conservation.

A estrutura social (ES) de uma espécie está associada à aspectos socio-ecológicos. A linhagem dos Caviomorfos é apontada como um modelo interessante para estudos deste tipo. Os equimídeos são um exemplo de grande diversidade de habitats: possui espécies de Mata Atlância (Trinomys setosus), da Caatinga (T. yonenagae) e fossoriais (Clyomys bishopi). Por isso, escolhemos esses grupos para uma análise intra e interespecífica sobre suas ES, utilizando a abordagem de redes sociais para descrever padrões de associação e interações agonísticas e afliativas. Nosso objetivo foi descrever a superfície da ES de dois grupos de T. setosus, e quatro de C. bishopi em cativeiro. Para tanto, quantificamos parâmetros da ES e avaliamos a relação entre as interações, hierarquia de dominância e as associações espaciais. Avaliamos a dinâmica do grupo usando as distâncias médias interindividuais e o padrão de agregação do grupo. Quantificamos a frequência de vitórias e perdas entre indivíduos em conflitos agonísticos e a frequência de interações afiliativas, através do método todas as ocorrências. As matrizes, índices e redes sociais foram geradas utilizando o software SOCPROG 2.8. Foram encontradas associações preferenciais de curto e longo prazo, em T. setosus, e de curto prazo para Clyomys. Trinomys setosus mostrou altos índices de afiliação, enquanto que em Clyomys houve igual proporção de afiliativos e agonísticos, sendo assim socialmente menos tolerante do que T. setosus reunindo-se apenas para algumas atividades, e as fêmeas são ainda menos tolerantes do que os machos. Sugerimos que a fêmea Meg é dominante sobre os outros, que se organizam em uma hierarquia não linear, mais igualitária e que esta população de T. setosus apresenta níveis de associação, conectividade e interações sociais positivas, semelhantes com T. yonenagae. Quanto ao comportamento reprodutivo, observamos que em T. setosus, há estro pós-parto, como se esperava com base em T. yonenagae e acreditamos haver algum mecanismo de supressão de estro que precisa ser melhor investigado. Três fêmeas engravidaram, cada uma em um momento. Testes genéticos de paternidade realizados indicaram que embora nas gestações de uma das fêmeas (Meg) não houve multipaternidade, ela não escolheu sempre o mesmo macho, e isto sugere uma estratégia de acasalamento promíscua, por parte da fêmea. Os machos de C. bishopi não parecem exercer defesa de parceira sexual nem formação de vínculo após a cópula, sugerindo uma estratégia também promíscua de acasalamento, como em T. setosus. O repertório comportamental para as espécies T. setosus e Clyomys manteve-se semelhante ao de T. yonenagae. Em conclusão, nossos resultados, pioneiros na utilização comparativa de análises de redes sociais, mostram que as espécies apresentam particularidades importantes quanto ao seu comportamento social, mas que são bastante semelhantes em muitos aspectos, o que traz novas perspectivas quanto ao estudo evolutivo e comparativo dessas espécies e também no que diz respeito à manutenção adequada desses animais em cativeiro, considerando condições de bem-estar animal e conservação. / Social structure (SS) of species is associated with socio-ecological aspects and Caviomorpha is pointed as an interesting model for studies of this type. Echimyidae are an example of great diversity of habitats: it has species of Atlantic Rainforest (Trinomys setosus), Caatinga (T. yonenagae) and fossorial (Clyomys bishopi). Therefore, we chose these groups for an intra and interspecific analysis of their SS, using social networks analysis to describe patterns of association, agonistic and affiliative interactions. Our aim was to describe the SS surface of two groups of T. setosus, and four of C. bishopi in captivity. We quantified descriptors parameters and evaluated the relation between interactions, dominance hierarchy and spatial associations through social networks approach. We evaluated group dynamics using the mean interindividual distances and the group aggregation pattern. We quantify frequency of victories and losses between individuals in agonistic conflicts and frequency of affiliative interactions through the all occurrences method. Matrices, indexes and social networks were generated using SOCPROG 2.8 software. Short and long term preferential associations were found in T. setosus, and short term for Clyomys. Trinomys setosus showed high affiliation rates, while Clyomys had an equal proportion of affiliative and agonistic, being thus socially less tolerant than T. setosus, agglomerating only for some activities, and females are even less tolerant than males. We suggest that female Meg is dominant over others, which are organized in a non-linear, more egalitarian hierarchy and this T. setosus population presents levels of association, connectivity, and positive social interactions, similar to T. yonenagae. Regarding reproductive behaviour, in T. setosus, there is postpartum oestrus, as expected based on T. yonenagae, and we regard there is some mechanism of oestrus suppression that must to be investigated. Three females became pregnant, each in a different moment. Genetic tests of paternity performed indicated that although in the pregnancies of unique female (Meg \') there was no multipaternity, not always choose the same male, and this suggests a promiscuous mating strategy on the part of the female. The males of C. bishopi do not seem to exert sexual partner defence or bond formation after copulation, suggesting a promiscuous breeding strategy as in T. setosus. Behavioural repertoire for T. setosus and Clyomys bishopi remained similar to T. yonenagae. In conclusion, our results, which are pioneers in comparative use of social network analysis, presents important peculiarities of species, regarding their social behaviour, although are quite similar in many aspects, which brings new perspectives regarding evolutionary and comparative study of these species and also considering adequate maintenance of animals in captivity, whereas conditions of animal welfare and conservation.

Múltiplos fatores determinam as interações entre espécies em redes ecológicas, tais como as barreiras nas suas morfologias, distribuições espaços-temporais, suas abundâncias relativas e histórias evolutivas. Novos métodos estão tornando possível avaliar a importância relativa desses fatores determinantes. Todavia a capacidade de avaliar a importância das histórias evolutivas das espécies é ainda limitada pela escassez de métodos que permitam incluir informações derivadas de filogenias independentes entre os preditores das interações. Esse estudo objetiva superar essa limitação através da inclusão das histórias evolutivas das espécies entre os potenciais determinantes das interações, permitindo a análise comparativa das suas importâncias como estruturadores das redes ecológicas. Usando conceitos dos campos de redes ecológicas e da ecofilogenia foram hipotetizados possíveis cenários filogenéticos preditores das frequências de interações. Para ilustrar o uso desses cenários foi usada a base de dados de uma rede beija-flor-planta da Mata Atlântica do sudeste brasileiro, e foram avaliadas as importâncias relativas das histórias evolutivas das espécies, suas abundâncias e acoplamentos nas suas morfologias e fenologias como determinantes das suas frequências de interações. Os resultados sugerem que as histórias evolutivas de beija-flores e plantas são mais importantes do que as suas abundâncias relativas em estruturar a rede, mas são menos importantes do que barreiras morfológicas e fenológicas. Com o uso de cenários filogenéticos, é oferecida uma extensão de um arcabouço conceitual e metodológico já amplamente utilizado por representar uma forma robusta e flexível de testar a importância de múltiplos fatores e suas combinações como determinantes das interações entre espécies em comunidades. / Multiple factors determine species interactions in ecological networks, such as morphological barriers, spatio-temporal distributions, relative species abundance and their evolutionary history. Novel methods are making it possible to evaluate the relative importance of each of these determinants factors. However, the lack of methods that allow us to incorporate information from independent phylogenies among the predictors of interactions limits our capacity of evaluating the relative importance of evolutionary histories. This work aims to overcome this limitation by including the evolutionary histories of species among the potential determinants of interactions, allowing the comparative analysis of its importance in structuring ecological networks. Different possible phylogenetic scenarios were hypothesized to predict frequencies of species interactions by combining concepts from the fields of ecological networks and ecophylogenetics. The usage of these scenarios is illustrated in a hummingbird-plant interaction network database from the Atlantic Forest in southeastern Brazil, in order to evaluate the relative importance of evolutionary histories of species, species relative abundances, and morphological and phenological barriers as determinants of species interactions frequencies. The results suggests that evolutionary histories of hummingbirds and plants are more important than their relative abundances in structuring their interaction network, but less important than morphological and phenological barriers. Phylogenetic scenarios usage offers an extension to a conceptual and methodological framework widely used by representing a robust and flexible way to evaluate the relative importance of multiple factors and their combinations as determinants of species interactions in communities.

As últimas décadas foram marcadas pela consolidação em nível mundial de uma sociedade da informação, enquanto modelo societal dinâmico e flexível, amparada nas TICs (como base material). Atualmente, a internet tem importância fundamental neste contexto, haja vista que representa a constituição de um ciberespaço, isto é, de uma sociedade virtual e em rede, de um novo espaço de sociabilidades. A partir do entendimento das possibilidades sociais permitidas pela internet, órgãos governamentais e comunidades locais passaram a discutir acerca de alternativas à problemática da exclusão digital, entendida como empecilho ao ingresso de grupos sociais pobres à sociedade da informação. Em resposta a esta situação, vêm sendo criadas neste último decênio unidades de telecentros – espaços para livre acesso comunitário à informática e à internet –, sobretudo nas periferias das grandes cidades do país. Na esteira destas considerações, nossa pesquisa analisou redes de interações sociais formadas por usuários de telecentros comunitários nos e a partir de tais ambientes, ou seja, no contexto local e através do ciberespaço – ou, em outras palavras, em uma dimensão global –, a fim de verificar como elas se constituem, se transformam, se reproduzem, etc. Assim, logramos apreender, sob o prisma das redes, o contexto de interação entre os usuários de telecentros e a sociedade da informação. Para tanto, partimos de uma perspectiva teórica sociotécnica – a qual subentende que elementos humanos e não-humanos compõem a realidade, associados em redes –, ou, mais precisamente, da teoria do ator-rede (TAR), e também de um pensamento rizomático, que visa assegurar a ampla complexidade intrínseca às redes. Foram estudados dois telecentros comunitários de Porto Alegre-RS: Timbaúva e Vila Cruzeiro – localizados nas zonas norte e sul do município, respectivamente. Seguindo uma abordagem qualitativa, fizemos observações de campo durante quatro meses e realizamos trinta e duas entrevistas individuais semi-abertas, que buscavam compreender de que forma os usuários de telecentros se relacionavam com outrem (em redes), tanto nestes próprios espaços quanto por meio do ciberespaço. Na seqüência, fizemos uma análise de conteúdo das entrevistas e uma exposição etnográfica de nossas vivências nos telecentros, e pudemos desenvolver uma reconstrução de redes de interações sociais, em que traçamos associações entre elementos (coisas e pessoas) e identificamos fluxos de sociabilidades, movimentos no interior das redes. / The last decades were really marked all over the world by the consolidation of an information society, as a dynamic and flexible societal model, based materially on ICTs. Currently, the internet has a fundamental importance in this context, since it allows the constitution of a cyberspace, which is a network and virtual society, a brand new space of sociabilities. Starting from the understanding of the social possibilities granted by internet, governmental organizations and local communities started to discuss about alternatives to digital divide, understood as a hindrance to the access of the poorest social groups into the information society. To solve this situation, telecenters – places for free computer and internet access – have been created in the last decade, mainly in the outskirts of Brazil’s big cities. Considering the subject showed above, our research has analyzed the social interaction networks made by communitarian telecenter users in and from these places, or better, in the local context and through the cyberspace – or, in other words, in a global dimension – to check how they are built, transformed, and reproduced, etc. So, we learned what happens during the interaction between telecenter users and information society – under the network point of view. To get it, we started from a socio-technical analysis – which conceives that reality is composed by humans and non-humans association networks –, or, specifically, from the actor-network theory (ANT), and also from a rizomatic thought that is able to express how nets are complex. We have studied two communitarian telecenters from Porto Alegre-RS: Timbaúva and Vila Cruzeiro – placed respectively in the north and in the south of this town. Following the qualitative method, we made field observations for four months and applied thirty two individual and open (not entirely) interviews, which tried to catch how telecenter users related to each other in these spaces and through the cyberspace. Afterwards, we did a content analysis of the interviews and made an ethnographic description about our telecenter experiences, and we developed a reassembly of the social interaction networks, in which we traced associations among different elements (things and people) and identified sociability flows, movements inside the nets.

Η αποσαφήνιση της σχέσης του γονοτύπου με το φαινότυπο ενός οργανισμού είναι μια από τις μεγαλύτερες προκλήσεις των επιστημών ζωής σήμερα. Για την επίτευξη του στόχου αυτού, η κατανόηση της δομής και της ρύθμισης του δικτύου πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων (ΔΠΑ) είναι ένα από τα καθοριστικά στάδια αυτής της συσχέτισης. Πρώτο βήμα προς την κατεύθυνση αυτή αποτελεί η λεπτομερής και ακριβής ανακατασκευή του ΔΠΑ. Πειραματικά αποτελέσματα που υποστηρίζουν πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις δημοσιεύονται στη βιβλιογραφία, από όπου η γνώση αυτή εξορύσσεται είτε μέσω άμεσης καταγραφής από ερευνητές είτε μέσω υπολογιστικών αλγορίθμων ανάλυσης κειμένου, και αποθηκεύεται σε πρωτογενείς βάσεις δεδομένων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων (ΒΔΠΑ). Για το ΔΠΑ στον άνθρωπο, υπάρχουν αρκετές ΒΔΠΑ, οι οποίες λόγω διαφορετικών στόχων, τρόπων εξόρυξης γνώσης από τη βιβλιογραφία και διαφορετικής διαχείρισης της βάσης, παρουσιάζουν μικρή επικάλυψη, περιγράφουν τα δεδομένα τους με ασύμβατο μεταξύ τους τρόπο και ορολογία, και ορίζουν τις πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις μέσω διαφορετικών επιπέδων αναφοράς της γονιδιακής πληροφορίας. Για την ενοποίηση δεδομένων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων από διάφορες πρωτογενείς βάσεις έχουν αναπτυχθεί μετα-βάσεις, οι οποίες προσπαθούν να ξεπεράσουν τα προβλήματα που προκύπτουν από την ετερογένεια των ΒΔΠΑ. Και στην περίπτωση των μεταβάσεων, όμως, ανακύπτουν προβλήματα, που αφορούν: α) στο ότι το δίκτυο ορίζεται με βάση τις πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις και όχι τις πρωτεΐνες-κόμβους του ΔΠΑ, β) στον πλεονασμό κωδικών ταυτοποίησης των πρωτεϊνών στα διάφορα επίπεδα αναφοράς της γονιδιακής πληροφορίας, γ) στην ετερογένεια του τρόπου κανονικοποίησης των κωδικών ταυτοποίησης πρωτεϊνών, δ) στην υστέρηση της ανανέωσής τους σε σχέση με τις πρωτογενείς βάσεις και ε) στην επιλογή των δεδομένων που καταγράφονται από τις ΒΔΠΑ. Ο σκοπός αυτής της εργασίας είναι ο σχεδιασμός και η ανάπτυξη μιας μετα-βάσης δεδομένων για το δίκτυο πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων στον άνθρωπο, PICKLE, που να προσφέρει επαρκείς λύσεις στα προβλήματα αυτά. Η μεγάλη διαφορά σε σχέση με τις υπάρχουσες μετα-βάσεις είναι ο ορισμός του ΔΠΑ με βάση το αξιολογημένο πλήρες ανθρώπινο πρωτεϊνωμα (Reviewed complete Human Proteome), όπως αυτό ορίζεται από τη βάση δεδομένων γνώσης πρωτεϊνικής πληροφορίας UniProt ΚΒ. Για τις πρωτεΐνες αυτές αναζητήθηκε η σχετική πληροφορία αλληλεπιδράσεων στις πέντε κύριες δημόσιες βάσεις πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων στον άνθρωπο, DIP, HPRD, IntAct, MINT και BioGRID. Τα προβλήματα του πλεονασμού και της κανονικοποίησης λύθηκαν μέσω της ανάπτυξης μίας κατάλληλης γονιδιακής οντολογίας, η οποία μας επέτρεψε να συνδέσουμε το πλήρες ανθρώπινο πρωτεϊνωμα με τα υπόλοιπα επίπεδα αναφοράς της γενετικής πληροφορίας, δρώντας παράλληλα ως ένας ευέλικτος και ακριβής μηχανισμός κανονικοποίησης. Για τη γρήγορη ανανέωση των δεδομένων της μετα-βάσης, αναπτύχθηκε μια αυτοματοποιημένη διαδικασία σύνδεσης και ενημέρωσής της από τις PPIDBs. Η πρώτη έκδοση της PICKLE κατέγραψε 83720 αλληλεπιδράσεις για 12418 UNIPROT IDs από το σύνολο των 20225 του πλήρους ανθρώπινου πρωτεϊνωματος, που υποστηρίζονται από 27.590 δημοσιεύσεις. Η PICKLE θα εμπλουτιστεί με ένα φιλικό προς το χρήστη γραφικό περιβάλλον και θα συνδεθεί με εργαλεία ανάλυσης δικτύων και ομικών δεδομένων, για να αποτελέσει πολύτιμο εργαλείο σε βιοϊατρικές μελέτες και εφαρμογές. / The elucidation of the underlying relationship between an organism’s genotype and its expressed phenotype is currently one the greatest challenges faced by life sciences and biology in general. In order to achieve that, the better understanding of the inner structure and regulation mechanisms of the protein-protein interaction (PPI) networks is of great importance. The first step towards that goal is the detailed and accurate reconstruction of the PPI network itself. The scientific literature is constantly being updated with new experimental results supporting PPI evidence, which in turn are fed into primary PPI databases (PPIDB) by the use of either curators or text mining algorithms. Currently there is a large number of PPIDB referring to the human PPIs. Since many of them have different goals, literature curation methods, and database administration strategies, it is not surprising that they also exhibit a limited PPI overlap and incompatible terminology for PPI intera\-ctors, i.e. use of arbitrary levels of genetic organization. A number of meta-databases have been developed in order to achieve integrated overviews of PPI networks while circumventing the problems inherent in the field of primary PPI databases. Unfortunately, meta-databases have a number of issues of their own, such as: a) top-down network definition based on protein interactions instead of interactors, b) protein identifier redundancy in all levels of reference, c) the use of {\it ad hoc} normalization methods, d) infrequent updating and d) insufficient information stored. The major goal of this thesis is the design and implementation of PICKLE (Protein Interaction Knowledge Base), a meta-database for the human PPI network created specifically to tackle the aforementioned problems. PICKLE’s novelty stems from its unique approach to PPI network definition, following a bottom-up reconstruction method based on UniProt’s reviewed complete human proteome (RCHP) definition. Five primary PPIDB (DIP, HPRD, IntAct, ΜΙΝΤ and BioGRID) were mined for interactions explicitly constrained by UniProt’s proteome definition. Furthermore, in order to tackle the issues of redundancy and inadequate normalization, a specific ontology was designed which allowed linking of the RCHP set with all the other levels of genetic organization while also serving as an agile yet accurate normaliza\-tion mechanism. In order to address the issue of updating, an autonomous means of data collection and integration was developed. PICKLE’s maiden release recorded 83720 direct PPIs involving 12418 UniProt IDs (out of 20225) supported by a total of 27590 publications. PICKLE, an evolving valuable bioinformatics for biomedical research and red biotechnology applications tool will soon be updated with a user-friendly interface and upgraded by linking it with network analysis software and various omics datasets.

Parkinson’s Disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease in the Western world. It shows a high degree of genetic and phenotypic complexity with many implicated factors, various disease manifestations but few clear causal links. Ongoing research has identified a growing number of molecular alterations linked to the disease. Dopaminergic neurons in the substantia nigra, specifically their synapses, are the key-affected region in PD. Therefore, this work focuses on understanding the disease effects on the synapse, aiming to identify potential genetic triggers and synaptic PD associated mechanisms. Currently, one of the main challenges in this area is data quality and accessibility. In order to study PD, publicly available data were systematically retrieved and analysed. 418 PD associated genes could be identified, based on mutations and curated annotations. I curated an up-to-date and complete synaptic proteome map containing a total of 6,706 proteins. Region specific datasets describing the presynapse, postsynapse and synaptosome were also delimited. These datasets were analysed, investigating similarities and differences, including reproducibility and functional interpretations. The use of Protein-Protein-Interaction Network (PPIN) analysis was chosen to gain deeper knowledge regarding specific effects of PD on the synapse. Thus I generated a customised, filtered, human specific Protein-Protein Interaction (PPI) dataset, containing 211,824 direct interactions, from four public databases. Proteomics data and PPI information allowed the construction of PPINs. These were analysed and a set of low level statistics, including modularity, clustering coefficient and node degree, explaining the network’s topology from a mathematical point of view were obtained. Apart from low-level network statistics, high-level topology of the PPINs was studied. To identify functional network subgroups, different clustering algorithms were investigated. In the context of biological networks, the underlying hypothesis is that proteins in a structural community are more likely to share common functions. Therefore I attempted to identify PD enriched communities of synaptic proteins. Once identified, they were compared amongst each other. Three community clusters could be identified as containing largely overlapping gene sets. These contain 24 PD associated genes. Apart from the known disease associated genes in these communities, a total of 322 genes was identified. Each of the three clusters is specifically enriched for specific biological processes and cellular components, which include neurotransmitter secretion, positive regulation of synapse assembly, pre- and post-synaptic membrane, scaffolding proteins, neuromuscular junction development and complement activation (classical pathway) amongst others. The presented approach combined a curated set of PD associated genes, filtered PPI information and synaptic proteomes. Various small- and large-scale analytical approaches, including PPIN topology analysis, clustering algorithms and enrichment studies identified highly PD affected synaptic proteins and subregions. Specific disease associated functions confirmed known research insights and allowed me to propose a new list of so far unknown potential disease associated genes. Due to the open design, this approach can be used to answer similar research questions regarding other complex diseases amongst others.

As últimas décadas foram marcadas pela consolidação em nível mundial de uma sociedade da informação, enquanto modelo societal dinâmico e flexível, amparada nas TICs (como base material). Atualmente, a internet tem importância fundamental neste contexto, haja vista que representa a constituição de um ciberespaço, isto é, de uma sociedade virtual e em rede, de um novo espaço de sociabilidades. A partir do entendimento das possibilidades sociais permitidas pela internet, órgãos governamentais e comunidades locais passaram a discutir acerca de alternativas à problemática da exclusão digital, entendida como empecilho ao ingresso de grupos sociais pobres à sociedade da informação. Em resposta a esta situação, vêm sendo criadas neste último decênio unidades de telecentros – espaços para livre acesso comunitário à informática e à internet –, sobretudo nas periferias das grandes cidades do país. Na esteira destas considerações, nossa pesquisa analisou redes de interações sociais formadas por usuários de telecentros comunitários nos e a partir de tais ambientes, ou seja, no contexto local e através do ciberespaço – ou, em outras palavras, em uma dimensão global –, a fim de verificar como elas se constituem, se transformam, se reproduzem, etc. Assim, logramos apreender, sob o prisma das redes, o contexto de interação entre os usuários de telecentros e a sociedade da informação. Para tanto, partimos de uma perspectiva teórica sociotécnica – a qual subentende que elementos humanos e não-humanos compõem a realidade, associados em redes –, ou, mais precisamente, da teoria do ator-rede (TAR), e também de um pensamento rizomático, que visa assegurar a ampla complexidade intrínseca às redes. Foram estudados dois telecentros comunitários de Porto Alegre-RS: Timbaúva e Vila Cruzeiro – localizados nas zonas norte e sul do município, respectivamente. Seguindo uma abordagem qualitativa, fizemos observações de campo durante quatro meses e realizamos trinta e duas entrevistas individuais semi-abertas, que buscavam compreender de que forma os usuários de telecentros se relacionavam com outrem (em redes), tanto nestes próprios espaços quanto por meio do ciberespaço. Na seqüência, fizemos uma análise de conteúdo das entrevistas e uma exposição etnográfica de nossas vivências nos telecentros, e pudemos desenvolver uma reconstrução de redes de interações sociais, em que traçamos associações entre elementos (coisas e pessoas) e identificamos fluxos de sociabilidades, movimentos no interior das redes. / The last decades were really marked all over the world by the consolidation of an information society, as a dynamic and flexible societal model, based materially on ICTs. Currently, the internet has a fundamental importance in this context, since it allows the constitution of a cyberspace, which is a network and virtual society, a brand new space of sociabilities. Starting from the understanding of the social possibilities granted by internet, governmental organizations and local communities started to discuss about alternatives to digital divide, understood as a hindrance to the access of the poorest social groups into the information society. To solve this situation, telecenters – places for free computer and internet access – have been created in the last decade, mainly in the outskirts of Brazil’s big cities. Considering the subject showed above, our research has analyzed the social interaction networks made by communitarian telecenter users in and from these places, or better, in the local context and through the cyberspace – or, in other words, in a global dimension – to check how they are built, transformed, and reproduced, etc. So, we learned what happens during the interaction between telecenter users and information society – under the network point of view. To get it, we started from a socio-technical analysis – which conceives that reality is composed by humans and non-humans association networks –, or, specifically, from the actor-network theory (ANT), and also from a rizomatic thought that is able to express how nets are complex. We have studied two communitarian telecenters from Porto Alegre-RS: Timbaúva and Vila Cruzeiro – placed respectively in the north and in the south of this town. Following the qualitative method, we made field observations for four months and applied thirty two individual and open (not entirely) interviews, which tried to catch how telecenter users related to each other in these spaces and through the cyberspace. Afterwards, we did a content analysis of the interviews and made an ethnographic description about our telecenter experiences, and we developed a reassembly of the social interaction networks, in which we traced associations among different elements (things and people) and identified sociability flows, movements inside the nets.

Múltiplos fatores determinam as interações entre espécies em redes ecológicas, tais como as barreiras nas suas morfologias, distribuições espaços-temporais, suas abundâncias relativas e histórias evolutivas. Novos métodos estão tornando possível avaliar a importância relativa desses fatores determinantes. Todavia a capacidade de avaliar a importância das histórias evolutivas das espécies é ainda limitada pela escassez de métodos que permitam incluir informações derivadas de filogenias independentes entre os preditores das interações. Esse estudo objetiva superar essa limitação através da inclusão das histórias evolutivas das espécies entre os potenciais determinantes das interações, permitindo a análise comparativa das suas importâncias como estruturadores das redes ecológicas. Usando conceitos dos campos de redes ecológicas e da ecofilogenia foram hipotetizados possíveis cenários filogenéticos preditores das frequências de interações. Para ilustrar o uso desses cenários foi usada a base de dados de uma rede beija-flor-planta da Mata Atlântica do sudeste brasileiro, e foram avaliadas as importâncias relativas das histórias evolutivas das espécies, suas abundâncias e acoplamentos nas suas morfologias e fenologias como determinantes das suas frequências de interações. Os resultados sugerem que as histórias evolutivas de beija-flores e plantas são mais importantes do que as suas abundâncias relativas em estruturar a rede, mas são menos importantes do que barreiras morfológicas e fenológicas. Com o uso de cenários filogenéticos, é oferecida uma extensão de um arcabouço conceitual e metodológico já amplamente utilizado por representar uma forma robusta e flexível de testar a importância de múltiplos fatores e suas combinações como determinantes das interações entre espécies em comunidades. / Multiple factors determine species interactions in ecological networks, such as morphological barriers, spatio-temporal distributions, relative species abundance and their evolutionary history. Novel methods are making it possible to evaluate the relative importance of each of these determinants factors. However, the lack of methods that allow us to incorporate information from independent phylogenies among the predictors of interactions limits our capacity of evaluating the relative importance of evolutionary histories. This work aims to overcome this limitation by including the evolutionary histories of species among the potential determinants of interactions, allowing the comparative analysis of its importance in structuring ecological networks. Different possible phylogenetic scenarios were hypothesized to predict frequencies of species interactions by combining concepts from the fields of ecological networks and ecophylogenetics. The usage of these scenarios is illustrated in a hummingbird-plant interaction network database from the Atlantic Forest in southeastern Brazil, in order to evaluate the relative importance of evolutionary histories of species, species relative abundances, and morphological and phenological barriers as determinants of species interactions frequencies. The results suggests that evolutionary histories of hummingbirds and plants are more important than their relative abundances in structuring their interaction network, but less important than morphological and phenological barriers. Phylogenetic scenarios usage offers an extension to a conceptual and methodological framework widely used by representing a robust and flexible way to evaluate the relative importance of multiple factors and their combinations as determinants of species interactions in communities.

As últimas décadas foram marcadas pela consolidação em nível mundial de uma sociedade da informação, enquanto modelo societal dinâmico e flexível, amparada nas TICs (como base material). Atualmente, a internet tem importância fundamental neste contexto, haja vista que representa a constituição de um ciberespaço, isto é, de uma sociedade virtual e em rede, de um novo espaço de sociabilidades. A partir do entendimento das possibilidades sociais permitidas pela internet, órgãos governamentais e comunidades locais passaram a discutir acerca de alternativas à problemática da exclusão digital, entendida como empecilho ao ingresso de grupos sociais pobres à sociedade da informação. Em resposta a esta situação, vêm sendo criadas neste último decênio unidades de telecentros – espaços para livre acesso comunitário à informática e à internet –, sobretudo nas periferias das grandes cidades do país. Na esteira destas considerações, nossa pesquisa analisou redes de interações sociais formadas por usuários de telecentros comunitários nos e a partir de tais ambientes, ou seja, no contexto local e através do ciberespaço – ou, em outras palavras, em uma dimensão global –, a fim de verificar como elas se constituem, se transformam, se reproduzem, etc. Assim, logramos apreender, sob o prisma das redes, o contexto de interação entre os usuários de telecentros e a sociedade da informação. Para tanto, partimos de uma perspectiva teórica sociotécnica – a qual subentende que elementos humanos e não-humanos compõem a realidade, associados em redes –, ou, mais precisamente, da teoria do ator-rede (TAR), e também de um pensamento rizomático, que visa assegurar a ampla complexidade intrínseca às redes. Foram estudados dois telecentros comunitários de Porto Alegre-RS: Timbaúva e Vila Cruzeiro – localizados nas zonas norte e sul do município, respectivamente. Seguindo uma abordagem qualitativa, fizemos observações de campo durante quatro meses e realizamos trinta e duas entrevistas individuais semi-abertas, que buscavam compreender de que forma os usuários de telecentros se relacionavam com outrem (em redes), tanto nestes próprios espaços quanto por meio do ciberespaço. Na seqüência, fizemos uma análise de conteúdo das entrevistas e uma exposição etnográfica de nossas vivências nos telecentros, e pudemos desenvolver uma reconstrução de redes de interações sociais, em que traçamos associações entre elementos (coisas e pessoas) e identificamos fluxos de sociabilidades, movimentos no interior das redes. / The last decades were really marked all over the world by the consolidation of an information society, as a dynamic and flexible societal model, based materially on ICTs. Currently, the internet has a fundamental importance in this context, since it allows the constitution of a cyberspace, which is a network and virtual society, a brand new space of sociabilities. Starting from the understanding of the social possibilities granted by internet, governmental organizations and local communities started to discuss about alternatives to digital divide, understood as a hindrance to the access of the poorest social groups into the information society. To solve this situation, telecenters – places for free computer and internet access – have been created in the last decade, mainly in the outskirts of Brazil’s big cities. Considering the subject showed above, our research has analyzed the social interaction networks made by communitarian telecenter users in and from these places, or better, in the local context and through the cyberspace – or, in other words, in a global dimension – to check how they are built, transformed, and reproduced, etc. So, we learned what happens during the interaction between telecenter users and information society – under the network point of view. To get it, we started from a socio-technical analysis – which conceives that reality is composed by humans and non-humans association networks –, or, specifically, from the actor-network theory (ANT), and also from a rizomatic thought that is able to express how nets are complex. We have studied two communitarian telecenters from Porto Alegre-RS: Timbaúva and Vila Cruzeiro – placed respectively in the north and in the south of this town. Following the qualitative method, we made field observations for four months and applied thirty two individual and open (not entirely) interviews, which tried to catch how telecenter users related to each other in these spaces and through the cyberspace. Afterwards, we did a content analysis of the interviews and made an ethnographic description about our telecenter experiences, and we developed a reassembly of the social interaction networks, in which we traced associations among different elements (things and people) and identified sociability flows, movements inside the nets.

Múltiplos fatores determinam as interações entre espécies em redes ecológicas, tais como as barreiras nas suas morfologias, distribuições espaços-temporais, suas abundâncias relativas e histórias evolutivas. Novos métodos estão tornando possível avaliar a importância relativa desses fatores determinantes. Todavia a capacidade de avaliar a importância das histórias evolutivas das espécies é ainda limitada pela escassez de métodos que permitam incluir informações derivadas de filogenias independentes entre os preditores das interações. Esse estudo objetiva superar essa limitação através da inclusão das histórias evolutivas das espécies entre os potenciais determinantes das interações, permitindo a análise comparativa das suas importâncias como estruturadores das redes ecológicas. Usando conceitos dos campos de redes ecológicas e da ecofilogenia foram hipotetizados possíveis cenários filogenéticos preditores das frequências de interações. Para ilustrar o uso desses cenários foi usada a base de dados de uma rede beija-flor-planta da Mata Atlântica do sudeste brasileiro, e foram avaliadas as importâncias relativas das histórias evolutivas das espécies, suas abundâncias e acoplamentos nas suas morfologias e fenologias como determinantes das suas frequências de interações. Os resultados sugerem que as histórias evolutivas de beija-flores e plantas são mais importantes do que as suas abundâncias relativas em estruturar a rede, mas são menos importantes do que barreiras morfológicas e fenológicas. Com o uso de cenários filogenéticos, é oferecida uma extensão de um arcabouço conceitual e metodológico já amplamente utilizado por representar uma forma robusta e flexível de testar a importância de múltiplos fatores e suas combinações como determinantes das interações entre espécies em comunidades. / Multiple factors determine species interactions in ecological networks, such as morphological barriers, spatio-temporal distributions, relative species abundance and their evolutionary history. Novel methods are making it possible to evaluate the relative importance of each of these determinants factors. However, the lack of methods that allow us to incorporate information from independent phylogenies among the predictors of interactions limits our capacity of evaluating the relative importance of evolutionary histories. This work aims to overcome this limitation by including the evolutionary histories of species among the potential determinants of interactions, allowing the comparative analysis of its importance in structuring ecological networks. Different possible phylogenetic scenarios were hypothesized to predict frequencies of species interactions by combining concepts from the fields of ecological networks and ecophylogenetics. The usage of these scenarios is illustrated in a hummingbird-plant interaction network database from the Atlantic Forest in southeastern Brazil, in order to evaluate the relative importance of evolutionary histories of species, species relative abundances, and morphological and phenological barriers as determinants of species interactions frequencies. The results suggests that evolutionary histories of hummingbirds and plants are more important than their relative abundances in structuring their interaction network, but less important than morphological and phenological barriers. Phylogenetic scenarios usage offers an extension to a conceptual and methodological framework widely used by representing a robust and flexible way to evaluate the relative importance of multiple factors and their combinations as determinants of species interactions in communities.