La compréhension des processus microévolutifs ayant lieu dans la nature nécessite la quantification des principales forces sélectives s'exerçant sur les populations sauvages. Ces 10 dernières années, les études à long terme et l'écologie de la résurrection (qui fait revivre des stades en dormance) ont été les principales approches pour étudier l'évolution des traits d'histoire de vie sur plusieurs générations dans les populations sauvages. Mon travail consiste à comprendre comment des facteurs écologies simples (p. ex. la température) et des interactions interspécifiques ou intraspécifiques plus complexes (p. ex. les interactions antagonistes hôte-parasite ou mâle-femelle) façonnent le processus évolutif des populations sauvages. Dans cette optique, j'ai utilisé l'Artémia comme un organisme modèle, en combinant des études sur le terrain et en laboratoire. Premièrement, j'ai étudié l'évolution de la niche thermique avec une approche d'écologie de la résurrection, en utilisant une série temporelle d'œufs de dormance d'une population d' introduite à partir de marais salants de régions tempérées dans des marais salants tropicaux dans les années 80. Cette étude montre que la survie aux températures élevées (caractéristiques du nouvel environnement) a augmenté linéairement au cours du temps à partir de l'introduction, suggérant un taux d'adaptation constant sur plus de 100 générations. Deuxièmement, j'ai utilisé une approche similaire pour étudier l'adaptation entre males et femelles dans une autre population d'Artémia. Cette étude suggère que les conflits sexuels provoquent une dynamique de coévolution fluctuante dans la nature sur une échelle d'environ 100 générations. Troisièmement, j'ai étudié les impacts respectifs de différents parasites (une espèce de cestode et deux espèces de microsporidie) sur la compétition entre une espèce d'hôte autochtone asexuée et une espèce d'hôte invasive sexuée. Chacun des trois parasites étaient soit spécialiste d'une espèce ou de certains génotypes d'hôte. De plus, l'espèce de cestode dont l'effet castrateur chez l'hôte est bien connu infectait uniquement l'espèce autochtone, suggérant que ce parasite joue un rôle majeur dans la compétition entre les espèces d'hôte autochtones et invasives. Par ailleurs, les trois espèces de parasite semblaient manipuler le comportement d'agrégation de leur hôte, très probablement pour augmenter leur transmission à de nouveaux hôtes. Enfin, j'ai réalisé des études de génétiques des populations d'espèces asexuées diploïdes et polyploïdes d'Artemia et d'espèces sexuées asiatiques proches. Les espèces asexuées diploïdes produisent des mâles rares et il semblerait que ceux-ci permettent une faible fréquence de reproduction sexuée. De plus, l'hybridation d'espèces d'Artémia éloignée phylogénétiquement a donné naissance à au moins trois lignées polyploïdes indépendantes. / Getting a comprehensive understanding of microevolution in natural populations requires proper quantification of the important selective forces exerted on these populations. Over the last decade, long-term studies and resurrection-ecology (revival of resting stages) have been the main approaches to study life history trait evolution over many generations in the wild. My work aims at understanding how simple ecological factors (e.g. temperature) and complex interactions between and within species (host-parasite and male-females antagonistic interactions) shape evolutionary processes in natural populations. To this end, I used the brine shrimp Artemia as a model system and combined laboratory and field studies. First, I investigated thermal niche evolution with a resurrection ecology approach, using dormant-egg time series from an Artemia population introduced from temperate to tropical salterns in the mid-80's. This experiment shows that survival at the high temperatures typical of the new environment increased linearly through time after the introduction, suggesting a sustained rate of adaptation over more than 100 generations. Second, I used the same approach to study adaptation between sexes in another Artemia population. I found that sexual conflicts result in fluctuating male-female coevolutionary dynamics in natura, over a time scale of ~100 generations. Third, I studied the relative role of one cestode and two microsporidian parasites in mediating the competition between a native asexual host and an invasive bisexual host. I found that all three parasites were either host- or genotype-specific and that the castrating cestode parasite specifically infected the native species, suggesting that this parasite actually played a major role in the competition between native and invasive hosts. Interestingly, all three parasites manipulated the swarming behavior of their host, most likely to increase their transmission. Fourth, I performed population genetic studies of diploid and polyploid Artemia parthenogenetica and their Asian bisexual close relatives. Diploid asexual Artemia produce rare males and I found indication that these males allow some rare sex in this otherwise parthenogenetic species. In addition, hybridization between divergent Artemia species has led to the origin of at least three independent polyploid lineages.

Toxoplasma gondii est un parasite intracellulaire et obligatoire. Ce protozoa est un des parasites les plus successifs qui infectent tous les animaux à sang chaud, y compris l’humain. Ce succès est probablement à cause de la sécrétion d’une des séries de protéines effectrices, qui sont impliquées dans la modulation des voies de signalisation de la cellule hôte. Cette modulation permet aux parasites d’établir une infection chronique qui dure un long terme, et qui favorise leur transmission à un nouvel hôte. Dans cette étude, nous avons identifié un nouvel effecteur dérivé par la granule dense, appelé GRA18, qui est sécrété dans le cytoplasme de cellule hôte par les tachyzoites intracellulaires. La mutation de gra18 résulte une diminution de virulence chez les parasites de type II, qui suggère l’importance de GRA18 dans la pathogénicité de ce parasite. Afin d’étudier le mécanisme d’action de GRA18, nous avons effectué un criblage à haut-débit d’une librairie humaine chez la levure. Ce criblage nous permet d’identifier β-catenin, GSK3α/β, and PP2A-B56, ce qui sont tous les régulateurs bien connus dans la voie de signalisation canonicale de Wnt. Nous avons confirmé l’intéractome de GRA18 par l’approche biochimique. La surexpression de GRA18 induit l’accumulation de β-catenin dans le noyau de la cellule hôte, aussi que l’induition de gènes régulés par la signalisation de Wnt. Ces effets indiquent GRA18 joue un rôle de régulateur positif de β-catenin. A part de son rôle dans la prolifération, polarisation et la différentiation de cellule, β-catenin est également un facteur de transcription connu pour contrôler la réponse immunitaire et l’inflammation. L’analyse transcriptomique en comparant les macrophages dérivés par la moelle osseuse (BMDM) infectés par le sauvage (WT) et le gra18 mutant parasites confirme un rôle possible de GRA18, la modulation d’expression génique de cellule hôte, surtout ceux qui codent pour les chemokines. Cette régulation est ensuite confirmée par l’ELISA. L’hypothèse possible est que Toxoplasma sécrète GRA18 dans la cellule hôte afin de réguler positivement la production de chemokine reliée à la réponse de Th2, qui par contre atténue la réponse inflammatoire de l’hôte. Cette modulation augmente la chance de dissémination et la persistance de ce parasite par la formation de kyste. / Toxoplasma gondii, the obligate intracellular protozoan parasite, is one of the most successful pathogen that infects virtually all warm-blooded animals including humans. This success of the infection is likely due to its perfect ability to modulate numbers of host signaling pathways through the effector proteins, including those involved in immune responses. This modulation allows the parasite to establish a long-term chronic infection without causing severe symptom in the hosts, which facilitates its transmission to the new hosts. In this study, we identified GRA18, as a novel dense granule derived effector protein that is secreted into the cytoplasm of the host cell by the intracellular tachyzoite. GRA18 deficiency in type II strains attenuated the parasite virulence in mice model, suggesting the importance of GRA18 in the parasite pathogenesis. In order to investigate the mechanism of action of GRA18, we first performed a high-throughput two-hybrid screen of a human library in yeast that led to the identification of β-catenin, GSK3α/β, and PP2A-B56, all which are well known regulators of the canonical Wnt signaling pathway. We then validate the GRA18 interactome by biochemistry approach. The overexpression of GRA18 triggers the accumulation of β-catenin in the host cell nuclei as well as the induction of known canonical β-catenin target genes indicating that GRA18 is acting as a positive regulator of β-catenin. Besides its role in cell proliferation, polarization and differentiation, β-catenin is also a well-known co-transcription factor with important function in the control of inflammation and other immune responses. Transcriptomic analysis comparing mouse bone marrow–derived macrophages infected by wild type and GRA18-dificient parasite confirmed a possible role of GRA18 towards host gene expression and likely those encoding chemokines, which is further confirmed by ELISA experiments. An attractive hypothesis is that Toxoplasma delivers GRA18 to the host cell in order to regulate Th2-related chemoattractant chemokines, which in turn, dampens host inflammatory response leaving more chance for the parasites to disseminate and to cause the long-term persistence by forming the cyst.

L'expression du phénotype des organismes dépend en partie d'organismes symbiotiques avec qui ils sont en interaction étroite. Selon le mode de transmission du symbiote, ce dernier va être en conflit d'intérêt plus ou moins intense avec l'hôte pour l'expression du phénotype, conduisant parfois le symbiote à évoluer vers la manipulation du phénotype de l'hôte. Nous avons tenté d'identifier différents facteurs génétiques et environnementaux influençant l'expression et l'évolution de la manipulation chez l'insecte parasitoïde de larves de drosophiles, Leptopilina boulardi, et son virus manipulateur du comportement, LbFV. Ce virus bénéficie d'une transmission mixte, verticale et horizontale, cette dernière étant favorisée par l'induction de superparasitisme induite par le virus. L'étude de la contribution du génotype du parasitoïde dans l'expression de la manipulation a révélé la présence de gènes de résistance partielle à la manipulation. Le potentiel évolutif de cette résistance a ensuite été évalué par des expériences d'évolution expérimentale. Nous avons également montré que LbFV augmente la virulence du parasitoïde envers les larves de drosophiles, révélant ainsi une évolution vers une forme de mutualisme sur ce trait. Par ailleurs, le travail montre qu'un même parasitoïde peut être non seulement infecté par plusieurs souches du virus LbFV mais également infecté par un virus à ARN, décrit pour la première fois dans cette thèse. La transmission verticale, la prévalence élevée et les forts effets phénotypiques de ce virus soulignent de nouveau l'importance des virus dans l'expression du phénotype en population naturelle.

Les filaires sont des nématodes parasites transmis à des vertébrés par des arthropodes hématophages. Les espèces filariennes qui s'installent dans les cavités cœlomiques, les vaisseaux lymphatiques ou des tissus conjonctifs ont leurs stades infestants (ou L3) qui migrent via le système lymphatique après leur inoculation dans la peau. En utilisant le modèle murin avec la filaire Litomosoides sigmodontis dont les adultes résident dans la cavité pleurale, deux phases d'interaction des filaires avec les poumons des souris BALB/c sont décrites 1) lors de la migration des L3 de la peau à la cavité pleurale ; 2) pendant la phase patente de l’infection quand les adultes pondent des microfilaires dans la cavité pleurale. Dans la 1ère phase les L3 rejoignent le système sanguin pulmonaire puis traversent les poumons pour entrer dans la cavité pleurale. Ce passage induit une pathologie aigue transitoire: tout d'abord des hémorragies consécutives à la rupture des capillaires pulmonaires, accompagnées d'une augmentation du nombre de neutrophiles pulmonaires et de la libération transitoire d'IL-1β et des alarmines IL-33 et S100A9 dans la cavité pleurale. Le S100A9 semble faciliter la survie des filaires, soit par un effet anti-inflammatoire soit en facilitant la migration des L3. Les neutrophiles peuvent libérer des NETS en réponse aux L3. Dans les jours suivant l'infection, une réponse régulatrice se met en place dans les poumons, avec le recrutement de macrophages et d'éosinophiles, la production d'IL-4, de CCL2 et d'IL9, ainsi que la baisse d'expression de molécules inflammatoires. La formation des granulomes est également observée dans le tissu pulmonaire. Le passage des L3 induit aussi une inflammation des vaisseaux sanguins pulmonaires chez les souris C57BL/6 seulement. Lors de la phase patente de l'infection, 40% des souris ne développent pas de microfilarémie sanguine. La comparaison des réponses des souris microfilarienne et amicrofilarienne montre une exacerbation de l'inflammation pleurale induite par les microfilaires. De plus, les souris microfilarémiques développent une pathologie pulmonaire dépendant des microfilaires consistant en la fibrose de la plèvre viscérale, une accumulation périvasculaire de macrophages et une inflammation bronchoalvéolaire (production de mucus et éosinophilie). Le contrôle des filaires (adultes et microfilaires), mais aussi la mise en place de la pathologie sont dépendantes de l'IL-5 et de l'IL-4R. / Filariae are parasitic nematodes transmited to vertebrates by haematophagous arthropods. The filarial species that settle in the coelomic cavities, the lymphatic vessels or the connective tissues have their infectious stages (or L3) which migrate via the lymphatic system after their inoculation into the skin. Using the murine model with the filaria Litomosoides sigmodontis, whose adults reside in the pleural cavity, two phases of interaction between filariae and the lung of BALB/c mice are described 1) during the L3 migration from the skin to the pleural cavity ; 2) during the patent phase of infection, when adults realease microfilariae in the pleural cavity. During the 1st phase L3 join the pulmonary blood system and then cross through the lungs to enter the pleural cavity. This passage induces a transient acute pathology: first haemorrhages following the rupture of the pulmonary capillaries, together with an increase in the number of pulmonary neutrophils and the transient release of IL-1β and the alarmins IL-33 and S100A9 in the pleural cavity. S100A9 appears to facilitate the survival of the filariae either by an anti-inflammatory effect or by facilitating the migration of L3. Neutrophils can release NETs in response to L3. Within days following the infection, a regulatory response takes place in the lungs, with recruitment of macrophages and eosinophils, production of IL-4, CCL2 and IL-9, and downregulation of inflammatory molecules. The formation of granulomas is also observed in pulmonary tissue. The passage of L3 also induces an inflammation of pulmonary blood vessels, in C57BL/6 mice only. During the patent phase of the infection, 40% of the mice do not develop blood microfilaraemia. Comparison of responses of microfilaremic and amicrofilaremic mice shows an exacerbation of pleural inflammation induced by microfilariae. In addition, microfilaremic mice develop microfilaria-dependent pulmonary pathology consisting on fibrosis of the visceral pleura, perivascular accumulation of macrophages and bronchoalveolar inflammation (mucus production and eosinophilia). The control of the filariae (adults and microfilariae), but also the establishment of the pathology are dependent on IL-5 and IL-4R.

L’expression du phénotype des organismes dépend en partie d’organismes symbiotiques avec qui ils sont en interaction étroite. Selon le mode de transmission du symbiote, ce dernier va être en conflit d’intérêt plus ou moins intense avec l’hôte pour l’expression du phénotype, conduisant parfois le symbiote à évoluer vers la manipulation du phénotype de l’hôte. Nous avons tenté d’identifier différents facteurs génétiques et environnementaux influençant l’expression et l’évolution de la manipulation chez l’insecte parasitoïde de larves de drosophiles, Leptopilina boulardi, et son virus manipulateur du comportement, LbFV. Ce virus bénéficie d’une transmission mixte, verticale et horizontale, cette dernière étant favorisée par l’induction de superparasitisme induite par le virus. L’étude de la contribution du génotype du parasitoïde dans l’expression de la manipulation a révélé la présence de gènes de résistance partielle à la manipulation. Le potentiel évolutif de cette résistance a ensuite été évalué par des expériences d’évolution expérimentale. Nous avons également montré que LbFV augmente la virulence du parasitoïde envers les larves de drosophiles, révélant ainsi une évolution vers une forme de mutualisme sur ce trait. Par ailleurs, le travail montre qu’un même parasitoïde peut être non seulement infecté par plusieurs souches du virus LbFV mais également infecté par un virus à ARN, décrit pour la première fois dans cette thèse. La transmission verticale, la prévalence élevée et les forts effets phénotypiques de ce virus soulignent de nouveau l’importance des virus dans l’expression du phénotype en population naturelle. / The expression of the phenotype of an individual depends partly on the presence of symbiotic organisms with which it engages in intimate interactions. According to the symbiont’s mode of transmission, the conflict of interest between the host and its symbiont for the expression of the phenotype can be more or less stronger, sometimes leading to the evolution of manipulation of the host phenotype by the symbiont. We attempted to identify different genetic and environmental factors influencing the expression and the evolution of manipulation in the Drosophila parasitoid wasp, Leptopilina boulardi, and its behavior manipulating virus, LbFV. The virus undergoes both vertical and horizontal transmission, the latter being favoured by the induction of superparasitism behaviour by the virus. The study of the contribution of the parasitoid genotype to the expression of the manipulation revealed a polymorphism in the resistance to the manipulation. The evolutionary potential of this resistance was then investigated using a protocol of experimental evolution. We also demonstrated that LbFV increases the virulence of the parasitoid towards its Drosophila host, revealing a form of mutualistic interaction on this trait. Additionally, we showed that an individual parasitoid can be coinfected by several LbFV strains but also by an RNA virus, described for the first time in this thesis. The vertical transmission, the high prevalence and the strong phenotypic effects of this new virus further highlights the importance of viruses in the expression of the phenotype in natural populations.

Les parasites sont une partie très importante des écosystèmes, néanmoins, dans certains cas tels que l’aquaculture ils causent des épidémies. Dans cette thèse j’ai étudié les interactions hôte-parasite chez les poissons coralliens, dans les milieux naturels et les milieux aquacoles. J’ai étudié l’arrangement des communautés de 13 espèces de monogènes de 34 espèces de poissons papillon dans l’Indo-Pacifique. Les résultats montrent qu’il existe un patron de distribution stable des espèces, ce qui, combiné avec les résultats de l’étude biogéographique, suggère que la spécificité parasitaire observée a pu se développer tout au long des épisodes biogéographiques passés. Notamment, seule une espèce, Chaetodon lunulatus, n’est jamais parasitée. J’ai étudié le mucus des poissons qui est décrit comme la première ligne de défense contre des agressions externes, pour analyser quels facteurs de C. lunulatus pourraient être reliés à l’absence des parasites. Le microbiome et le métabolome du mucus branchial des poissons papillons montrent une grande diversité. C. lunulatus présente une plus grande abondance de Fusobactéries qui est corrélée avec une surexpression de peptides pouvant dériver de la β-hémoglobine. La purification, la synthèse et l’évaluation des activités antiparasitaires des peptides sont en cours au laboratoire. J’ai aussi étudié l’utilisation des plantes médicinales comme alternative à des traitements chimiques dans l’aquaculture. J’ai testé l’activité antibactérienne et immunostimulatrice de plusieurs plantes et algues polynésiennes. L’algue rouge Asparagopsis taxiformis montre de fortes activités antibactériennes sur Vibrio harveyi et Tenacibaculum maritimum et induit une augmentation de l’expression de deux gènes liés à l’immunité chez Platax orbicularis. / Fish parasites are an important part of ecosystems, however, in certain cases such as in aquaculture they can cause severe disease outbreaks. In this thesis I have studied host-parasite interactions in coral reef fishes, both in the natural and culture environments. I have studied the distribution of 13 dactylogyrid species from 34 butterflyfishes in the Indo West-Pacific. Composition of dactylogyrid communities was host specific and together with the biogeography results, where a turnover in the main Haliotrema species was observed, suggest that parasite specificity might result from host-parasite coevolution derived from past biogeographical episodes. Only one butterflyfish species, Chaetodon lunulatus, was never found parasitized by gill monogeneans. I have studied the butterflyfish mucus, which is the first barrier against pathogens, to investigate the C. lunulatus factors that might be related to the monogenean absence. Butterflyfish gill microbiome and metabolome revealed a high diversity. C. lunulatus presented a significantly higher abundance of Fusobacteria which was correlated to a higher expression of potentially derived β-hemoglobin peptides. Synthesis and evaluation of the peptide antiparasitic activities are being performed in the laboratory. I have also studied the use of medicinal plants as an alternative to chemotherapy in fish aquaculture. I investigated the antibacterial and immunostimulant activities of several local Polynesian plants and algae, and I found that Asparagopsis taxiformis displayed a potent antibacterial activity against Vibrio harveyi and Tenacibaculum maritmum and increased expression of two immune-related genes in Platax orbicularis.

Cette thèse a été réalisée dans le contexte de la réémergence de la schistosomose à Schistosoma mansoni (plathelminthe trématode) dans le Dhofar en Oman. Le travail est centré sur les interactions hôte-parasite et sur leurs conséquences sur la transmission du schistosome. Une première partie est consacrée à l'étude spatio-temporelle de la structure génétique des populations de Biomphalaria pfeifferi (mollusque gastéropode d'eau douce). Elle a été réalisée à l'aide de neuf marqueurs microsatellites sur 18 populations de mollusques. Les populations de B. pfeifferi étudiées sont caractérisées par une très faible variabilité génétique intra populationnelle. Par contre, elles sont fortement différenciées génétiquement. Une différenciation temporelle a également été enregistrée dans certaines populations. Une seconde partie est consacrée à l'étude des traits d'histoire de vie et des relations hôte-parasite. Elle a été réalisée à l'aide de huit combinaisons hôte-parasites qui diffèrent soit par la population de parasite (origine humaine ou origine murine), soit par la catégorie du site (naturel ou aménagé), soit par le morphe du mollusque (pigmenté ou albinos). Les traits d'histoire de vie suivants ont été analysés : croissance, fécondité et survie de B. pfeifferi et taux d'infestation, période prépatente et production cercarienne de S. mansoni. Les résultats montrent que la population de S. mansoni et le morphe de B. pfeifferi jouent un rôle majeur dans la transmission de la schistosomose dans le Dhofar. Les résultats sont discutés en termes de compatibilité hôte-parasite.

Les interactions hôte – parasites sont des systèmes qui affectent probablement la totalité des êtres vivants et constituent un facteur clé dans la compréhension de la dynamique des maladies infectieuses. On a abordé cette problématique en utilisant le système Fasciola hepatica/Lymnaeidae dans sur l'île de Cuba. Cette thèse utilise une approche basée sur différentes disciplines de la biologie comme l’écologie des populations (distribution et abondances de mollusques hôtes intermédiaires), l'écologie parasitaire (données de prévalences naturelles de parasites chez les hôtes), la génétique des populations en utilisant des marqueurs microsatellites (tant pour le parasite que pour les mollusques hôtes), et des études de susceptibilité et compatibilité douve/limnée.En ce qui concerne la diversité génétique du parasite, une très haute diversité et une forte probabilité d’allofécondation ont été observées. En revanche, on n’a pas trouvé de différentiation significatives entre souches. Les taux d’infection chez le bétail sont très élevés.Pour ce qui est de la biologie des populations des limnées hôtes, on a cartographié la distribution des deux espèces présentes à Cuba : Galba cubensis qui est très répandue et Pseudosuccinea columella qui n'est présente que dans la partie centre-occidentale. Nous avons mis en évidence des différences concernant les types d’habitats préférés pour chaque espèce : G. cubensis est plus plastique écologiquement et se retrouve beaucoup plus dans les sites anthropisés.L'étude des compatibilités douve/mollusque a révélé l’existence de populations avec une résistance naturelle à l’infection par F. hepatica chez la limnée P. columella. Ces populations sont génétiquement différenciées des populations sensibles. La plupart des populations sensibles sont monomorphes avec le même haplotype très répandu. Par contre, on a observé une diversité génétique plus importante chez G. cubensis qui suggère un temps évolutif plus ancien à Cuba. L’échantillonnage fait dans une aire de où la fasciolose sévit fortement chez le bétail a révélé un très faible taux d’infection naturel chez les limnées, mais avec de fortes variations d'intensités. Différentes combinaisons douve/limnée sympatriques et allopatriques testées expérimentalement ont montré une compatibilité supérieure de G. cubensis qui suggère une meilleure adaptation aux souches de F. hepatica cubaines.Les résultats obtenus montrent que la compréhension de la dynamique des maladies infectieuses ainsi que leur contrôle doivent s’appuyer sur des connaissances très solides de la biologie, écologie, génétique et évolution des systèmes hôtes – parasites. / Host – parasite interactions are biological systems that probably affect every living being. It also constitute a key factor in the understanding of infectious diseases. This subject has been studied using the Fasciola hepatica/Lymnaeidae system in the insular environment of Cuba. This thesis makes a biological multidisciplinary approach through population ecology (distribution and abundance of intermediary hosts snails), infection rates estimations of parasites in their hosts, population genetics using microsatellites markers (for both parasite and snails hosts), and studies of susceptibility and compatibility fluke/snail.The genetic diversity of the parasite is characterized by high values of diversity as well as probability of cross fertilization. However, we failed to detect significant differences between the strains but a highly infection rate is shared in cattle.Regarding the lymnaeid snails, the distribution of the two occurring species is mapped showing that Galba cubensis is widely distributed while Pseudosuccinea columella only exists in central-western Cuba. Both snail species differ in preferred habitat types and G. cubensis displays a higher ecological plasticity commonly observed in heavily human-transformed sites.Differences in host-parasite compatibilities have been revealed. It has been noted the existence of some populations of P. columella with a natural resistance to F. hepatica infection which display a marked differentiation of their population genetic structure compared to susceptible populations. Most susceptible populations are monomorphic with a very common haplotype in Cuba. Conversely, we observed a higher diversity in G. cubensis indicating a larger evolutionary time in Cuba. The sampling conducted in a fasciolosis endemic area revealed very low prevalences in the snail populations. However, strong variation in parasite mean intensity within individuals supports the high infection rates observed in cattle. Different sympatric and allopatric fluke/snail combinations were experimentally tested in which G. cubensis proved to be more compatible and suggest a better adaptation to the circulating F. hepatica in Cuba.Our results show that the understanding of infectious diseases’ dynamics and their effective control must strictly rely in a full knowledge of the biology, ecology, genetics and evolution of host – parasite systems.

Depuis 2006, une recrudescence de cas de protostrongylose, parasitose liée à la présence de nématodes au niveau pulmonaire, apparaît dans le Sud-est de la France au sein de la population de lièvres européens (Lepus europaeus). Le cycle de développement de ces parasites nécessite le passage obligatoire par un hôte intermédiaire connu pour être un mollusque gastéropode terrestre. Notre programme a pour objectif l'étude épidémiologique de la maladie et notamment l'identification des acteurs du cycle parasitaire.Basée sur une analyse morphologique et moléculaire, nous identifions : Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) fréquemment inventorié en Europe et P. oryctolagi Babos, 1955, décrit à une seule occasion en Hongrie en 1955, comme les agents responsables de la protostrongylose en France. Cette étude a permis de déposer de nouvelles séquences d'ADN de référence, utiles pour l'identification ultérieure de nos espèces parasites, en particulier les stades larvaires et sur lesquelles nous nous sommes basées pour la reconnaissance des hôtes intermédiaires intervenant dans le cycle naturel. Sur 3622 mollusques analysés, nous avons mis en évidence des larves de stade 3 (P. pulmonalis et P. oryctolagi) à partir de 18 individus, appartenant à la famille des Hygromiidae et dont l'identification spécifique repose sur différents marqueurs moléculaires (de loin préférables aux critères morphologiques). Au sein des populations de lièvres, nous identifions l'âge et l'environnement, en lien avec la répartition des hôtes intermédiaires comme les facteurs de risque de la maladie. Le parasitisme, concernant près de 55% des animaux, n'a pas eu d'effet mesurable sur l'état général de l'hôte, mais pourrait être impliquée dans une diminution de la fécondité des hases, suggérant un impact potentiel sur les dynamiques de populations de lièvres. / Since 2006, in the South-East of France, we observe an increase in the number of hares (Lepus europaeus) suffering from pulmonary protostrongyliasis, which is a parasitic disease caused by nematodes in the lungs. The development cycle of these parasites requires the obligatory pathway through an intermediate host, terrestrial gastropod mollusk. Our goal was the epidemiological study of the disease, particularly the identification of the parasite cycle.Based on morphological and molecular analysis, we identified two causative agents of pulmonary protostrongyliasis in France: Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) frequently inventoried in Europe and P. oryctolagi Babos, 1955 described only once in Hungary in 1955. Thus new reference sequences of DNA are available, which is useful for the subsequent identification of our parasite species and particularly for larvae-stage, allowing the recognition of intermediate hosts involved in their natural cycle. In total 3622 terrestrial mollusks were analyzed. We identified three-stage larvae of P. pulmonalis and P. oryctolagi from 18 individuals belonging to the family of Hygromiidae and belonging to several species identified with different molecular markers. In the hare populations, we identify the age and environment (in association with the distribution of intermediate hosts) as risk factors for the disease. The parasite, with approximately 55% of infected animals, had no measurable effect on the health status of the host, but could be involved in a decrease in the fecundity, suggesting a potential impact on population dynamics of hares.

Une des contraintes biotiques majeures de la riziculture de bas-fond au nord du Togo est l’adventice parasite Rhamphicarpa fistulosa (Hochst.) Benth. Afin d’évaluer les options stratégiques pour contrôler efficacement R. fistulosa, notre étude a été conduite avec comme principaux objectifs : 1) l’identification de la répartition de R. fistulosa et l’étude des facteurs qui favorisent son infestation, 2) l’étude de l’impact des niveaux d’infestation sur la flore adventice du riz, et 3) la caractérisation des interactions hôte-parasite et de leurs impacts sur le développement de l’hôte et les performances reproductives du parasite. A l’issu des prospections de terrain, les plus fortes infestations ont été retrouvées sur des sols majoritairement à texture sableuse et très pauvres en matière organique. Une flore adventice très diversifiée a été retrouvée en présence de R. fistulosa, certaines adventices pouvant être parasitées et constituer éventuellement un réservoir pour accroître le stock semencier du parasite. En conditions contrôlées, R. fistulosa se développe et se reproduit aussi bien sur le riz que sur la tomate, alors que le soja retarde la reproduction du parasite. La germination des graines de R. fistulosa est maximale en présence de graines de plantes cultivées ou adventices. Les graines nouvellement récoltées ont une dormance de plus de six mois, mais leur germination a été stimulée par la présence de phytohormones. En conclusion, les meilleures stratégies de lutte doivent impliquer le contrôle par les semis tardifs, les rotations culturales avec les légumineuses comme le soja, l’arachide ou le niébé, et les cultures maraîchères. / Main biotic constraints to rain-fed lowland rice cultivation in northern Togo include the parasitic weed Rhamphicarpa fistulosa (Hochst.) Benth. In order to evaluate efficient strategies to control R. fistulosa, our study was performed taking into account the following main objectives: 1) Identification of the distribution of R. fistulosa and study of the factors favouring its infestation, 2) Study of the impacts of infestation levels on rice weed communities, and 3) Characterization of the host-parasite interactions and their impacts on the host development and the parasite reproduction. Following fields investigations, highest infestations were observed on sandy soils with low levels of organic matter.In addition, weed flora found in the presence of R. fistulosa was much diversified and some weeds were found to been parasitized and could possibly constitute reservoirs to increase the seed stock of the parasite. In controlled experiments, R. fistulosa grown and reproduced better on rice and tomato crops, than on soybean which delayed the reproduction of the parasite. Germination of R. fistulosa seeds was stimulated in presence of cultivated crops or weeds. New collected seeds shown six months dormancy but their germination was stimulated in presence of phytohormones. In conclusion, the best strategies to control R. fistulosa must include delayed sowing, crop rotation with leguminous species (i.e. soybean, peanut or cowpea) and vegetable cropsKeywords: Rhamphicarpa fistulosa, rice, lowland, parasitism, host-parasite interaction, weeds.