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Etude de la réponse immunitaire de la cicadelle Circulifer haematoceps au cours de l'infection par Spiroplasma citri / Deciphering the immune response of the leafhopper Circulifer haematoceps during Spirop/asma citri infection

Eliautout, Remi 28 November 2014 (has links)
Spiroplasma citri est une bactérie phytopathogène transmise par la cicadelle Circuliferhaematoceps. L'absence de symptômes malgré la multiplication de S. citri dans l'hémolymphe, suggèreque le système immunitaire joue un rôle important dans la tolérance de la cicadelle vis-à-vis duspiroplasme.Le but de cette thèse a donc été d'étudier la réponse immunitaire de C. haematoceps aucours de l'infection par S. citri.Notre étude sur le système immunitaire de la cicadelle a montré la présence dans le plasma d'uneactivité antibactérienne et d'une activité phénoloxidase. Parmi les principaux types d'hémocytes unephagocytose des bactéries par les granulocytes et les plasmatocytes a été observée. Les gènessusceptibles d'être impliqués dans ces processus ont été recherchés par une approche par hybridationsoustractive. De manière étonnante, aucun gènes codant des récepteurs ni d'effecteurs connus del'immunité n'ont été identifiés. En revanche certains gènes (23 en tout) codent des protéines ayantpotentiellement un rôle immunitaire. Six de ces 23 gènes ont été retenus pour suivre leur expressionau temps précoce d'une infection bactérienne. Les résultats ont montré que les gènes codantI'Hexamérine, la DDBPl et la Thiorédoxine peroxydase étaient surexprimés lors de l'infection par 5.citri. Une approche fonctionnelle d'interférence par ARN a montré d'une part que I'Hexamérine étaitimpliquée dans l'activité phénoloxidase et d'autre part qu'elle jouait un rôle important dans la surviede C. haematococeps au cours de l'infection par 5. citri. En parallèle, le suivi de l'activité phénoloxidaseet de la phagocytose au cours de l'infection a montré que 5. citri était capable de s'adapter à laréponse immunitaire de l'insecte et d'y échapper. Ces résultats rejoignent ceux obtenus chez ladrosophile concernant S. poulsonii. / Spirop/asma citri is phytopathogenic bacteria transmitted by the leafhopper Circuliferhaematoceps. The absence of symptoms despite the multiplication of S. citri in the hemolymph,suggests that the immune system plays an important role in the tolerance of the leafhopper towardsthe spiroplasma infection. The purpose of this thesis was to study the immune response of C.haematoceps during the infection by 5. citri.The characterization of the immune system of the leafhopper showed that an antibacterial activity anda phenoloxidase activity were present in the plasma. The main types of hemocytes were identified.Among them, granulocytes and plasmatocytes are capable to phagocyte bacteria. The genes involvedin these immune processes were searched using subtractive hybridization method. lnterestingly, noneof the genes known to encode receptors or effectors of the immune system were identified. On theother hand 23 putative immune genes were identified. Six of these genes were retained to follow theirexpression in the early time of a bacterial infection. The results showed that the genes encodingHexamerin, DDBPl and Thioredoxin peroxidase were up-regulated during the infection by 5. citri. Afunctional approach by gene silencing showed that Hexamerin was involved in the phenoloxidaseactivity and played an important role in the survival of C. haematoceps during the infection by S. citri.Finally, the follow-up of the phenoloxidase activity and phagocytosis by hemocytes showed anadaptation and an evasion of S. citri from the immune response of the insect, according to the resultsobtained for 5. pou/sonii-infected drosophila.Keywords : 5piroplasma citri, phenoloxidase, phagocytosis, hemocytes, gene silencing, Hexamerine,subtractive hybridization.
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Characterization of proteins involved in the fibers of mimivirus / Caractérisation des protéines impliquées dans la formation des fibres de mimivirus

Sobhy, Haitham 26 September 2014 (has links)
Les virus géants sont un groupe de virus ADN double brin caractérisés par une taille géante du virion et du génome, et un répertoire de gènes qui comprend environ 450 à 2500 gènes prédits. Une proportion importante de ces gènes (jusqu'à 93%) sont des 'ORFans', ou codent pour des protéines de fonction inconnue. Acanthamoeba polyphaga mimivirus est le premier virus géant découvert, il y a une décennie, par co-culture sur Acanthamoeba spp. Il est le membre prototype de la famille Mimiviridae. Le génome de Mimivirus code pour environ 1000 protéines, parmi lesquelles ~50% n'ont pas d'homologue connu dans les banques de séquences publiques. La capside de Mimivirus a un diamètre d'environ 500 nm et est couverte par une couche dense de fibres, à l'exception de l'un de ses sommets. Ces fibres sont d'environ 130 nm de longueur et se composent d'une tige souple et d'une tête de forme globulaire.Dans ce travail de thèse, nous avons cherché à étudier les gènes impliqués dans la formation des fibres de Mimivirus. Dans ce but, nous avons notamment exprimé des gènes candidats dans E. coli, et nous avons mis au point une stratégie qui a utilisé l'interférence ARN afin d'étudier la fonction et la structure des protéines de Mimivirus. Nous avons annoté quatre protéines associées aux fibres. La stratégie utilisant les petits ARN interférant appliquée ici est originale et a été utilisée pour la première fois pour les virus géants qui infectent les amibes. Elle pourrait permettre de décrypter la fonction des gènes des mimivirus et d'annoter potentiellement des centaines de protéines présentes dans les bases de données publiques, et de différencier l'ADN poubelle des gènes réellement utilisés. / Giant viruses are a group of double stranded DNA viruses that are characterized by a giant virion and genome size, and gene repertoires encompassing approximately 450 to 2500 predicted genes. A substantial proportion of these genes (up to 93%) consists in ORFans, or encodes proteins with unknown functions. Acanthamoeba polyphaga mimivirus is the first giant virus that was discovered, a decade ago, after co-culturing on Acanthamoeba spp. It is the prototype member of the family Mimiviridae. Mimivirus encodes about 1000 proteins, among which ~50% have no known homolog in public sequence databases. The Mimivirus capsid is about 500 nm in diameter and is covered by a dense layer of fibers, except at one of its vertices. These fibers are about 130 nm in length and consist of a soft shaft and a globular shaped head.In this thesis work, we aimed to study the genes involved in the formation of the Mimivirus fibers. For this purpose, we have expressed candidate genes in E. coli, and implemented a strategy that used RNA interference to study the function and structure of Mimivirus proteins. We then succeeded in annotating four proteins as fiber associated proteins. The short interfering RNA strategy that we applied here is original and has been used for the first time in giant viruses that infect amoeba. It could allow deciphering the function of the mimivirus gene repertoires and help annotating hundreds of proteins without known function found in public databases and differentiate between junk DNA and truly used genes.

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