À la suite de plusieurs décennies de pratiques sylvicoles inadaptées à l'autécologie de certaines espèces de la forêt mixte du Québec, la qualité commerciale du bouleau jaune s'est vue grandement diminuée. Afin de maintenir, voire augmenter, la composition en espèces et la qualité commerciale des tiges, il est nécessaire de développer des pratiques mieux adaptées aux peuplements mixtes tempérés. L'objectif de cette étude est d'évaluer comment la croissance juvénile du bouleau jaune, telle qu'influencée par la taille des trouées et la dynamique de régénération, affecte la qualité commerciale des tiges de bouleau jaune dans la bétulaie jaune résineuse. Des données de suivi individuel de tiges, des inventaires de gaules, des cellules de compétition et des données dendrochronologiques prises dans deux dispositifs expérimentaux ont été utilisées pour les analyses statistiques. Nous avons mesuré différentes variables dendrochronologiques et construit des modèles non linéaires mixtes permettant d'évaluer l'influence de la taille des trouées sylvicoles, 20 m, 30 m, 40 m et 100x100m, et de la nature et l'intensité de la compétition, sur la qualité commerciale des tiges à l'étude. Nos résultats indiquent que la rectitude du fût, la hauteur du fût et la somme des débits clairs de nœuds sont influencées positivement par un patron de croissance juvénile présentant une croissance très rapide dans les 10 premières années, car cela permet à l'arbre d'atteindre le couvert dominant, suivi d'une stabilisation de la croissance radiale. De plus, la taille des trouées, leur composition ainsi que la densité de la végétation concurrente peuvent influencer la qualité des tiges. Les analyses statistiques suggèrent qu'un patron de croissance juvénile d'abord rapide, puis suivi d'une stabilisation de la croissance induite par la présence d'essences concurrentes commerciales et non-commerciales qui permet d'améliorer la qualité commerciale du bouleau jaune. Les résultats montrent aussi que les trouées de grandes tailles (2H et parquet d'un hectare, H = hauteur moyenne des arbres dominants) favorisent la qualité du bouleau tant par leur composition en espèces que par l'accès accru à la lumière. Nous suggérons l'utilisation des grandes ouvertures (2H et parquet) pour favoriser la régénération naturelle et la production de bouleau jaune de qualité au sein des bétulaies jaunes résineuses appauvries ou dégradées par les pratiques passées. Pour optimiser la qualité des bois dans les grandes trouées des bétulaies jaunes résineuses, nous suggérons de maintenir une densité totale de 2300 tiges par hectare 20 ans après la coupe ou lorsque les bouleaux jaunes ont un DHP moyen de 11,2 cm. Cette densité semble créer une compétition latérale suffisante qui favorise la rectitude du fût et l'élagage naturel des tiges.

Résumé: La dégradation environnementale s'explique de diverses façons selon les théories anthropologiques. L'approche structuraliste récente pose les schèmes mentaux des ontologies humaine comme facteur responsable possible. L'approche expériencielle pose l'éloignement entre l'être humain et la nature comme cause potentielle. L'approche proposant l'imposition d'une idéologie hautement technologique et moderne sur des savoirs locaux en est une autre. Ces trois approches sont utilisées pour analyser les données d'une recherche de terrain centrée sur des ensemencements de doré jaunes au réservoir Baskatong. Les caractéristiques d'un texte d'écologie politiques sous-tendent l'analyse. La compétitivité entre groupes humains ressort comme caractéristique incontournable d'une analyse de la situation, mieux représentée par la troisième approche et un texte en écologie politique. /// Abstract: Environmental degradation is explained through approaches varying according to anthropological theories. The recent structuralist approach poses different mental schemes of human ontologies as potentially responsible. The experiential approach poses a gap between humans and nature as a potential cause. Another approach proposes the imposition of a highly modernistic and technological ideology over local knowledges as explanation. These three approaches are used to analyze field data focussed on walleye stocking at the Baskatong reservoir. The characteristics of a political ecology text overarch the analysis. Results show competition between human groups as an unavoidable characteristic of the analysis, better represented in the third approach and political ecology.

Résumé: La dégradation environnementale s'explique de diverses façons selon les théories anthropologiques. L'approche structuraliste récente pose les schèmes mentaux des ontologies humaine comme facteur responsable possible. L'approche expériencielle pose l'éloignement entre l'être humain et la nature comme cause potentielle. L'approche proposant l'imposition d'une idéologie hautement technologique et moderne sur des savoirs locaux en est une autre. Ces trois approches sont utilisées pour analyser les données d'une recherche de terrain centrée sur des ensemencements de doré jaunes au réservoir Baskatong. Les caractéristiques d'un texte d'écologie politiques sous-tendent l'analyse. La compétitivité entre groupes humains ressort comme caractéristique incontournable d'une analyse de la situation, mieux représentée par la troisième approche et un texte en écologie politique. /// Abstract: Environmental degradation is explained through approaches varying according to anthropological theories. The recent structuralist approach poses different mental schemes of human ontologies as potentially responsible. The experiential approach poses a gap between humans and nature as a potential cause. Another approach proposes the imposition of a highly modernistic and technological ideology over local knowledges as explanation. These three approaches are used to analyze field data focussed on walleye stocking at the Baskatong reservoir. The characteristics of a political ecology text overarch the analysis. Results show competition between human groups as an unavoidable characteristic of the analysis, better represented in the third approach and political ecology.

Les coupes de jardinage en forêt feuillue visent à maintenir une structure irrégulière tout en maintenant ou améliorant la vigueur et la qualité des peuplements résiduels. Au Québec, le martelage lors de ces coupes est fait depuis 2005 à l’aide d’un système de classification basé sur la vigueur des arbres, mais ce système n’a jamais été évalué à l’aide d’indices de vigueur quantitatifs. Afin de bâtir un indice d’efficacité de croissance, nous avons tout d’abord établi des relations pour estimer la surface foliaire de l’érable à sucre (Acer saccharum Marsh.) et du bouleau jaune (Betula alleghaniensis Britt.). Nous avons échantillonné 31 érables à sucre et 20 bouleaux jaunes sur une station, et 79 érables à sucre sur deux autres stations couvrant une large gamme de diamètre et de surface foliaire. Les estimateurs de la surface foliaire correspondaient à la surface d’aubier, déterminée à partir de différentes méthodes, et diverses mesures de cime. La surface de la cime était un très bon estimateur de la surface foliaire en plus de pouvoir être évaluée indépendamment des conditions de station tout en étant accessible, peu coûteuse et rapide à évaluer. Pour vérifier le lien entre les classes de vigueur associées au système de classification basé sur la probabilité de mortalité et des indices de vigueur quantitatifs, nous avons échantillonné des arbres provenant de six stations réparties sur l’ensemble de la zone des forêts feuillues du Québec. Les classes de vigueur n’étaient pas reliées à l’indice d’efficacité de croissance. Nous n’avons également pas pu associer un changement de croissance radiale à un changement de classe de vigueur. Par ailleurs, l’indice d’efficacité de croissance était faiblement relié aux caractéristiques dendrométriques des arbres, ce qui aurait pu faciliter son utilisation lors des opérations de martelage. Nous recommandons de continuer à utiliser le système de classification à court terme, mais sa simplification faciliterait son utilisation sans en affecter sa précision.

La compréhension de la dynamique des populations sauvages est un enjeu majeur au niveau de la gestion et de la conservation des espèces. Il est dorénavant largement accepté dans la littérature que certains plans d'eau douce abritent plusieurs populations de poissons plutôt qu'une simple population panmictique. Étant le plus grand lac naturel au Québec, le Lac Mistassini nous offre, par son éloignement et son intégrité écologique, un site exceptionnel pour l'étude des processus comportementaux et écologiques influençant la trajectoire évolutive des espèces aquatiques y habitant. Ayant pour sujet le doré jaune (Sander vitreus), ce mémoire de maîtrise porte plus spécifiquement sur l'étude de la structure génétique, des processus de dispersion et de migration ainsi que sur la distribution spatiale et temporelle des populations de cette espèce au Lac Mistassini. Les résultats de cette étude mettent en évidence l'importance et la pertinence de l'utilisation des méthodes génétiques d'assignations populationnelles afin d'élucider certains éléments composants la dynamique des populations sauvages. Parmi ces éléments, les processus comportementaux tels que la dispersion asymétrique et le partage de l'espace entre les populations ont été identifiés comme étant partiellement responsables de l'apparition et du maintient de la structuration génétique chez cette espèce. / Understanding the dynamics of wild populations is a major asset in concern with management and conservation of species. Recent literature largely supports the fact that some freshwater Systems are composed of many genetically distinct fish populations, instead of one large panmictic population. Being remote and pristine, Mistassini Lake, the largest natural lake in Québec's province, offers exceptional opportunities for the study of behavioral and ecological processes influencing the evolutionary pathway of aquatic species. This master's thesis specifically aims at determining genetic structure, identifying patterns of dispersal and migration as well as resulting spatial and temporal distribution of Mistassini Lake walleye (Sander vitreus) populations. Results underline the importance of using population assignment methods in order to elucidate parameters composing dynamics of wild populations. Behavioural processes such as asymmetrical dispersal and spatial partitioning between populations were identified as being partly responsible for the apparition and maintenance of stable genetic structuring within this species.

Le méthylmercure (MeHg) est connu pour être neurotoxique pour l'humain. La voie principale d'exposition est la consommation de poisson, plus particulièrement des espèces au sommet de la chaîne alimentaire, suivant le principe de bioaccumulation et de bioamplification. La région de l'Abitibi-Témiscamingue regorge de lacs (environ 20 000). On peut diviser les pêcheurs en trois groupes distincts ayant un rapport différent face à la pêche et à la consommation de poisson, et donc à l'exposition au MeHg (pêcheurs sportifs, pêcheurs urbains et pêcheurs autochtones). Certaines espèces parmi les plus prisées comme les dorés et les brochets sont également parmi les espèces affichant les plus hauts niveaux de MeHg dans leurs chairs. Encore à ce jour, nous ne sommes pas en mesure de dresser le portrait régional de la contamination de la ressource halieutique à l'échelle de la région à l'étude ni les risques à la santé des populations consommatrices de poissons qui en découlent. Nous avons donc tenté de modéliser la présence de MeHg dans les brochets et les dorés pour les lacs potentiellement fréquentés par les populations pour y pratiquer leurs activités de pêche. Ne sélectionnant que les lacs accessibles à chacun des trois groupes d'utilisateurs, nous avons réduit de 20 000 à 189 le nombre de lacs à étudier. Nous avons analysé, à l'aide d'outils des systèmes d'information géographique et de traitements statistiques, les variables spatiales étants connues pour jouer un rôle dans le cycle biogéochimique du Hg en milieu boréal. Parmi les quelques 50 variables analysées, nous avons construit un modèle pour chacune des deux espèces de poissons. Les brochets répondent à 75% à un modèle à trois variables: l'ordre des lacs, le pourcentage de la surface du bassin versant arborant des pentes faibles (entre 2 et 6 pourcents) et le pourcentage du bassin versant constitué de forêt mature. Pour les dorés, nous avons dû diviser les lacs en trois catégories répondant différement à l'accumulation du Hg dans la chair des poissons soit: les lacs ayant des mines ou des sites de résidus miniers à moins de 1 km du plan d'eau, les lacs étants situés sur la plaine argileuse (plus de 50% du bassin versant constitué de dépôts de surface argileux) et les lacs situés en-dehors de la plaine argileuse (moins de 50% du bassin versant constitué de dépôts de surface argileux). Pour chacun de ces groupes de lacs, nous avons ensuite pu modéliser la présence de Hg dans les dorés en n'utilisant qu'une seule variable (expliquant environ 60% du Hg) soit le pourcentage du bassin versant recouvert par des tourbières. Avec ces résultats, nous avons produit une série de cartes renseignant sur l'état régional de la contamination répondant aux besoins de chacun des trois groupes de pêcheurs pour chacune des deux espèces de poissons.

Ce mémoire de recherche s'attarde à la problématique du mercure et a été rendu possible grâce au Réseau collaboratif de recherche sur le mercure (COMERN) qui achève la dernière année de son mandat. Le mandat du COMERN était de décrire et de prédire le comportement de ce métal lourd dans les écosystèmes et son intégration à la chaîne alimentaire, de comprendre l'impact de la contamination par le mercure sur les ressources halieutiques, la faune et la santé humaine, et de collaborer avec les communautés à l'élaboration de perspectives de solutions. À l'exeption du mercure d'origine ocupationnel, la principale source de mercure pour le corps humain provient de la consommation de poissons. Plusieurs travaux de recherche portant sur la problématique du mercure (Hg), réalisés au sein et à l'extérieur du COMERN, ont tenté de trouver des facteurs clés permettant d'expliquer la variation des concentrations de Hg dans la chair des poissons issus de différentes populations ou de divers écosystèmes aquatiques. Cependant, la croissance, comme facteur biologique, a reçu peu d'attention des scientifiques. Récemment, une étude a démontré une relation inverse importante entre les concentrations de Hg dans la chair des poissons et leur taux de croissance, et ce pour douze populations de dorés jaunes au Québec. Dans la présente étude, nous étendons les observations à un grand nombre de populations de poissons et à trois différentes espèces. En effet, nous examinons la relation entre les concentrations de Hg dans la chair de 54 populations de dorés jaunes (Sander vitreus), 52 populations de grands brochets (Esox lucius) et 35 populations de touladis (Salvelinus namaycush) à travers le Québec. Pour ce faire, une importante base de données a été construite à partir de données recueillies d'Hydro-Québec, du Réseau collaboratif de recherche sur le mercure et du Ministère de l'environnement du Québec. Les concentrations de Hg en fonction de la longueur ont été décrites grâce à des régressions polynomiales avec variables indicatrices alors que les croissances des poissons (longueurs totales en fonction de l'âge) ont été représentées grâce au modèle de croissance de von Bertalanffy. Les concentrations de Hg estimées pour les dorés jaunes, les grands brochets et les touladis, à des longueurs standardisées respectives de 375 mm, 675 mm et 550 mm, ont ensuite été corrélées avec les âges estimés à cette longueur pour chacune des populations. Lorsqu'une corrélation existait entre les variables, une régression de modèle II, l'axe majeur réduit, a ensuite été effectuée pour décrire la relation. Les concentrations de Hg dans la chair étaient significativement corrélées avec les âges estimés pour les dorés jaunes (r²=0,549; p<0,001) et les grands brochets (r²=0,271, p<0,001, n=52 ; r²=0,471, p<0,001, n=49, alors qu'aucune corrélation entre ces variables n'a été observée pour les touladis (rpearson=0,1837;p<0,2907). Plusieurs travaux de recherche portant sur la problématique du mercure (Hg) ont tenté de trouver des facteurs clés permettant d'expliquer la variation des concentrations de ce métal dans la chair des poissons issus de différentes populations ou de divers écosystèmes aquatiques. Cependant, la croissance, comme facteur biologique, a reçu peu d'attention des scientifiques. Récemment, une étude a démontré une relation inverse importante entre les concentrations de Hg dans la chair des poissons et leur taux de croissance, et ce pour douze populations de dorés jaunes au Québec. Dans la présente étude, nous étendons les observations à un grand nombre de populations de poissons et à trois différentes espèces. Nous examinons la relation entre les concentrations de Hg dans la chair de 54 populations de dorés jaunes (Sander vitreus), 52 populations de grands brochets (Esox lucius) et 35 populations de touladis (Salvelinus namaycush) à travers le Québec. Une importante base de données a été construite à partir de données recueillies d'Hydro-Québec, du Réseau Collaboratif de Recherche sur le Mercure et du Ministère de l'Environnement du Québec. Les concentrations de Hg en fonction de la longueur ont été décrites grâce à des régressions polynomiales avec variables indicatrices alors que les croissances des poissons (longueurs totales en fonction de l'âge) ont été représentées grâce au modèle de croissance de von Bertalanffy. Les concentrations de Hg estimées pour les dorés jaunes, les grands brochets et les touladis, à des longueurs standardisées respectives de 375 mm, 675 mm et 550 mm, ont ensuite été corrélées avec les âges estimées à cette longueur pour chacune des populations. Lorsqu'une corrélation existait entre ces variables, une régression de modèle II, l'axe majeur réduit, a été effectuée pour décrire la relation. Les concentrations de Hg dans la chair étaient significativement corrélées avec les âges prédits pour les dorés jaunes (r²=0,549; p<0,001) et les grands brochets (r²=0,271 , p<0,001, n=52 ; r²=0,471, p<0,001, n=49), alors qu'aucune relation entre ces variables n'a été observée pour les touladis (rpearson= 0,1837; p<0,2907). Ces résultats suggèrent fortement que les populations de dorés jaunes et de grands brochets à croissance rapide auront des concentrations de Hg plus basses que les populations à croissance lentes. À l'inverse, pour les touladis de longueur standardisée, les concentrations de Hg dans la chair seraient indépendantes de leur taux de croissance. Il sera important de considérer les effets du taux de croissance sur les concentrations de Hg dans la chair des dorés jaunes et des grands brochets. En effet, dans le cadre de la prise de décision, et de la gestion des écosystèmes et des pêcheries, tout facteur pouvant affecter la croissance de ces espèces pourra de même altérer les concentrations de Hg dans leur chair. De plus, le taux de croissance, comme indicateur intégrateur de facteurs environnementaux multiples, pourra s'avérer un outil important lors d'études couvrant de larges territoires. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Mercure, Taux de croissance, Dorés jaunes, Grands brochets, Touladis, Québec.

L'abondance du bouleau jaune (Betula alleghaniensis) tend à diminuer dans plusieurs forêts décidues aménagées de l'est de l'Amérique du Nord. Le manque de lits de germination adéquats, notamment une faible exposition du sol minéral, expliquerait en partie cette tendance. Bien que le bois mort soit également reconnu comme étant un lit de germination pour l'espèce, son importance pour le maintien des processus de régénération demeure peu documentée. Par exemple, l'impact du l'identité spécifique du bois mort pour l'établissement et la survie du bouleau jaune n'a que rarement été considéré. De plus, la présence occasionnelle d'une régénération préétablie de bouleau jaune sur bois mort et en sous-couvert amène à penser que ces individus auraient une meilleure capacité de tolérance à l'ombre. Cela dit, les traits morphologiques et l'allocation de la biomasse d'individus juvéniles de bouleau jaune occupant des lits de germination contrastés n'ont jamais été comparés. Le premier objectif de cette étude était de caractériser et comparer les patrons d'établissement du bouleau jaune, en lien avec les lits de germination connus comme étant importants pour cette espèce (bois mort avec ou sans mousse, sol minéral). Un échantillonnage aléatoire a ainsi été réalisé à l'intérieur de 4 érablières à bouleau jaune du sud-ouest du Québec, aménagées par coupes de jardinage (6 et 15 ans). Le lit de germination, le microsite, l'espèce de bois mort et la hauteur de chaque individu répertorié ont été identifiés. En second lieu, un échantillonnage destructif d'individus établis sur bois mort (avec ou sans mousse) et sur sol minéral a été réalisé. Un large gradient de taille (15 à 330 cm) et de lumière (3,5 et 50 % de lumière incidente) a été couvert. Les patrons de croissance, la répartition de biomasse dans les différents compartiments de l'arbre et divers traits morphologiques foliaires et racinaires ont ainsi été comparés en fonction du lit de germination. Nos résultats ont montré que le bois mort soutient une plus grande proportion des individus répertoriés comparativement au sol minéral. Le bois mort provenant des conifères et du bouleau jaune lui-même soutenait une plus grande proportion de ces individus. Les individus établis sur le sol minéral étaient majoritairement localisés sur les sentiers de débardage rendant cette cohorte d'individus sujette à être négativement affectée par la réutilisation de ces sentiers lors de coupes subséquentes. Lié à notre second objectif, il ressort que la taille des individus influence fortement la majorité des paramètres estimés alors que le lit de germination n'avait que relativement peu d'effet direct. Par contre, les individus sur bois mort, en produisant significativement plus de racines fines par unité de biomasse et en conservant une taille plus petite sur une plus longue période de temps, sont plus aptes à survivre en sous couvert forestier. Ces variations intraspécifiques permettent d'amoindrir les effets ontogéniques associés avec une augmentation de taille pour certains paramètres importants (LAR, FRMR). Les semis de bouleau jaune sur bois mort peuvent ainsi conserver une plus grande efficience dans la capture des ressources ce qui affecte positivement leur capacité de tolérance à l'ombre. En somme, nos résultats démontrent que le bois mort du bouleau jaune et d'espèces conifériennes permet de maintenir une abondante régénération naturelle de bouleau jaune bien distribuée au sein des sites. De plus, la présence d'une banque de candidats préétablis et prêts à réagir à une ouverture de couvert forestier y est favorisée. Cet élément structural, important pour les processus de régénération du bouleau jaune, devrait être davantage pris en compte dans une perspective d'aménagement écosystémique des forêts feuillues du Québec. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Betula alleghaniensis, Lit de germination, Identité spécifique du bois mort, Répartition de la biomasse, Effet ontogénique, Coupe de jardinage.

Thèse (M.Sc )--Université Laval, 2007. / Titre de l'écran-titre (visionné le 5 mai 2008). Bibliogr.

Avec plus de 20% de morts annuels dus aux maladies infectieuses, celles-ci restent un sujet majeur de santé publique. Des maladies d’origine virale (ré)émergent suite aux changements environnementaux, climatiques et sociétaux : le virus Ebola, la Dengue ou, plus récemment, le virus Zika. Dans ce contexte, il est donc aujourd’hui crucial de développer des vaccins efficaces et sûrs contre les infections virales émergentes. Ce projet de thèse vise à mettre en place une nouvelle stratégie de production de vaccins vivants atténués ciblant les virus à ARN en travaillant sur le virus de la fièvre jaune (genre Flavivirus). Après une analyse génomique qui a permis d’approfondir une technique de modification des virus appelée « ré-encodage », des mutants de la fièvre jaune ont été produits puis caractérisés in vitro et in vivo. En parallèle, un modèle rongeur de la fièvre jaune a été développé et a permis de tester in vivo à la fois l’innocuité et l’efficacité vaccinale des virus ré-encodés. / Despite recent considerable improvements, infectious diseases remain a major issue for public health, with an estimated 20% of annual deaths caused by infections. Among them, viral diseases (re)emerge following environmental, climatic and societal changes: Ebola, Dengue and Zika viruses have recently been the object of special attention. The development of safe and efficient vaccines against emerging viruses is a major challenge for global public health. This thesis work is in line with this issue. Using the yellow fever virus (YFV, genus Flavivirus) as a model, we tried to define new strategies for the design of live-attenuated vaccines for viral infections prevention. After a genomic analysis that allowed to go further into a procedure for virus modification named “re-encoding”, we generated and characterised both in vitro and in vivo mutant strains of YFV. In parallel, a rodent model was set up to test in vivo both the safety and the protective efficiency of the re-encoded viruses.