Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T14:50:16Z No. of bitstreams: 1 Thiago Pavoni.pdf: 1955163 bytes, checksum: b15140ec10d9f1473101f075a2a57a86 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T14:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thiago Pavoni.pdf: 1955163 bytes, checksum: b15140ec10d9f1473101f075a2a57a86 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Drogas antimicrobianas e bactérias resistentes aos antimicrobianos estão disseminadas em grandes quantidades no ambiente, como resultado do aumento e freqüente uso indiscriminado dos antibióticos. Bactérias e seus genes de resistência têm sido detectados em diferentes ambientes, tais como esgoto hospitalar, esgoto doméstico e águas de rios contaminados. O esgoto hospitalar é um importante poluente, representando riscos para a saúde pública se chegar aos sistemas de distribuição. Ambientes fortemente seletivos, como os hospitais, permitem a geração bactérias resistentes, as quais podem ser lançadas no esgoto hospitalar. O presente trabalho tem como objetivo investigar a presença bactérias resistentes aos antimicrobianos em efluentes de uma estação de tratamento de esgoto hospitalar no Rio de Janeiro, avaliando o potencial do sistema de tratamento para a eliminação de micro-organismos. A estação de tratamento de esgoto fica localizada na região metropolitana. O sistema de lodo ativado por aeração prolongada é constituído por três partes básicas: o tanque de aeração, o decantador e o tanque de cloração. Vinte e quatro amostras de esgoto foram coletadas no período de Julho a Dezembro de 2008. Oito amostras (1000 mL) foram coletadas a partir de diferentes pontos: afluente, efluente do tanque decantador e efluente clorado. Micro-organismos indicadores também foram investigados. Os isolados bacterianos foram identificados a partir de provas bioquímicas convencionais. A sensibilidade aos antimicrobianos das bactérias isoladas foi determinada através do método fenotípico de difusão em ágar, de acordo com as orientações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). A identificação da produção fenotípica de beta-lactamases de espectro estendido e de carbapenemases entre os isolados também seguiram as recomendações do CLSI. Ensaios de PCR foram processados para a identificação dos genes blaKPC, blaTEM, blaSHV e blaCTX-M. A genotipagem das amostras bacterianas foi realizada por eletroforese em gel de campo pulsado. Concentrações significativas de coliformes totais e fecais foram detectadas nos efluentes hospitalares. Um total de 226 isolados foi identificado, entre os quais 213 (94%) pertenciam à família Enterobacteriaceae. Outros grupos de micro-organismos, como Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii e Aeromonas spp., foram também observados. A maioria das cepas era sensível ao imipenem e ao meropenem; e resistente à cefalotina, à cefotaxima e ao sulfametoxazol-trimetoprim. O fenótipo de ESBL foi caracterizado em 97 (43%) isolados. Os produtores de ESBL mais comuns foram: Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae e Escherichia coli. Micro-organismos patogênicos e altas taxas de resistência ainda puderam ser observados nos efluentes clorados. Os genes blaTEM, blaSHV e blaCTX-M foram detectados em 82%, 48% e 67% dos isolados do efluente hospitalar, respectivamente. Em muitos isolados, a ocorrência de mais de um tipo de ESBL foi observada, sendo a associação dos tipos TEM e CTX-M a mais frequente. O gene blaKPC foi detectado em dois isolados do efluente. Foi possível observar isolados clínicos e do esgoto geneticamente relacionados. Concluímos que, apesar do tratamento, o esgoto hospitalar pode ser considerado um veículo ambiental de disseminação de bactérias multirresistentes. A ocorrência destes micro-organismos nos efluentes é preocupante e tem impacto sobre a saúde pública. Medidas urgentes são necessárias para enfrentar este problema. Vale ressaltar que, em muitos países em desenvolvimento, os efluentes hospitalares não recebem tratamento adequado. / Antimicrobial drugs and antimicrobial - resistant bacteria are discharged in large quantities in the environment as a result of increasing ly frequent and indiscriminate use of antibiotics . Antimicrobial - resistant bacteri a and antimicrobial - resistant genes have been detected in different environments, such as domestic sewage, hospital sewage and sewage - contaminated river waters. Hospital sewage is an important pollutant , representing risks to public health if it reaches th e distribution system. The occurrence of strongly selective environments, such as hospitals, leads to an incre ase of multiresistant bacteria, which can be released in hospital sewage. The aim of this study was to investigate the antimicrobial - resistant bac teria isolated from a hospital sewage treatment plant in Rio de Janeiro city, evaluating the treatment plant’s potential to remove these microorganisms. The sewage treatment plant serve a hospital located in the metropolitan area of the Rio de Janeiro city (RJ), Brazil. The extended aeration activated sludge plant is divided into three parts, an aeration tank, a clarifier tank and a chlorine contact tank. During the study, twenty - four sewage samples were collected in the period from July to December 2008. E ight samples (1000 ml) were collected on each day from the following: influent; clarifier tank effluent; and chlorine contact tank effluent. Total and faecal coliforms concentrations were also determined . Isolates were identified using established biochemi cal procedures. The antimicrobial susceptibilities of bacterial isolates were determined using the agar diffusion method according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines. Isolates were screened for the KPC - and ESBL - producing phen otype according to the CLSI. PCR experiments were used for the molecular detection of bla KPC , bla TEM , bla SHV and bla CTX - M genes. The genetic relat ionships of isolates were determined by PFGE. High concentrations of total and faecal coliforms were detected in the influent , clarifier tank and chlorine contact tank effluent. A total of 226 isolates were identified, among which 213 (94%) were Enterobacteriaceae . In addition , Pseudomonas aeruginosa , Acinetobacter baumannii and Aeromonas spp . in hospital effluent were observed . The majority of the strai ns were susceptible to imipenem and meropenem and resistant to cefalothin, cefotaxime and trimethoprim - sulphametoxazole. ESBL phenotype was characterized in 97 (43%) isolates. The most common ESBL - producing isolates were: Klebsiella pneumoniae , Enterobacter cloacae , and Escherichia coli . Pathogenic microorganisms and higher antimicrobial resistance rates were detected in chlorine contact tank effluent. The bla TEM , bla SHV and bla CTX - M genes were detected in 82%, 48% a nd 67% of isolates respectively. Many of the isolates harboured other β - lactam resistance enzymes and the a ssociation of types TEM and CTX - M was more frequent. The bla KPC was detected in isolates from effluents. PFGE analysis revealed clonal types among cl inical isolates and isolates from effluents. Despite the treatment of the wastewater, hospital effluent may be considered as a potential environmental vehicle of multiresi s tant microorganisms. The occurrence of multiresistant bacteria isolates in hospital effluents is worrisome and has a real impact on public health. Urgent measures are necessary in order to counteract this problem. It should be noted that effluents from hospitals in developing countries do not receive adequate treatment

Topic of this master's thesis is a summarization of the documents on the web. First, it deals with the issues of acquiring text from the web using wrapper. An overview of wrappers used as an inspiration for the future implementation is stated. This paper also includes various methods for creating summary (Luhn`s, Edmundson`s and KPC) from the text data. Application design for the text data extraction and summarization is also part of this paper. Application is based on Java platform and Swing graphic library.

Σκοπός της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η επιδημιολογική επιτήρηση της φορείας και των λοιμώξεων από Klebsiella pneumoniae που παράγει καρβαπενεμάση KPC (KPC-Kp), ανθεκτικό σε βανκομυκίνη Enterococcus (VRE) και ανθεκτικό σε μεθικιλλίνη Staphylococccus aureus (MRSA) σε ασθενείς που νοσηλεύονται στις Μονάδες Εντατικής Θεραπείας (ΜΕΘ) του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών (ΜΕΘ Α) και του Νοσοκομείου «Άγιος Ανδρέας» (ΜΕΘ Β) τη χρονική περίοδο Οκτώβριος 2009 έως Φεβρουάριος 2012. H διασπορά της KPC-Kp αποτελεί το σημαντικότερο πρόβλημα στις Ελληνικές ΜΕΘ, με τα ποσοστά της να αυξάνονται στις παθολογικές και χειρουργικές κλινικές. Κατά τη διάρκεια της παρούσας μελέτης, 12.8% των ασθενών που εισήχθηκαν στη ΜΕΘ Α (52 από 405 ασθενείς) ήταν αποικισμένοι από KPC-Kp κατά την εισαγωγή τους με την προηγηθείσα νοσηλεία σε ΜΕΘ, την χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια, τη διάρκεια προηγηθείσας νοσηλείας και την προηγηθείσα χορήγηση καρβαπενέμης ή συνδυασμού β-λακτάμης/αναστολέα λακταμάσης να συμβάλλουν στον αποικισμό. Παρατηρήθηκε μία σταδιακή αύξηση των αποικισμένων ασθενών που εισάγονται στη ΜΕΘ με 3.9% (4 από 102 ασθενείς) τους πρώτους 6 μήνες σε σύγκριση με 15.8% (48 από 300 ασθενείς) τους επόμενους 16 μήνες που αντικατοπτρίζει τη σταδιακή διασπορά της KPC-Kp σε κλινικές εκτός ΜΕΘ. Από τους 226 μη αποικισμένους ασθενείς κατά την εισαγωγή στη ΜΕΘ Α, 164 (72.6%) αποικίστηκαν κατά τη διάρκεια της νοσηλείας τους με σημαντικότερους παράγοντες που επηρεάζουν τον αποικισμό να είναι η παρουσία αποικισμένων ασθενών σε διπλανές κλίνες και η νοσηλεία σε κλίνη προηγουμένως αποικισμένου ασθενή, ενώ δε βρέθηκε συσχέτιση ανάμεσα στον αποικισμό και τη θνησιμότητα. Το υψηλό ποσοστό αποικισμού σε συνδυασμό με τους προηγούμενους παράγοντες υποδεικνύει την σημασία της διασποράς της KPC-Kp από ασθενή σε ασθενή μέσω του ιατρονοσηλευτικού προσωπικού και υποδηλώνει τη σημασία πιο αυστηρής εφαρμογής της πολιτικής ελέγχου λοιμώξεων. Συνολικά 53 ασθενείς της ΜΕΘ Α ανέπτυξαν βακτηριαιμία από KPC-Kp με 43.4% θνησιμότητα. Οι σημαντικότεροι παράγοντες που επηρεάζουν τη θνησιμότητα είναι η αντοχή του στελέχους σε κολιστίνη/τιγεκυκλίνη/γενταμικίνη και η σηπτική καταπληξία, ενώ η θεραπεία με συνδυασμό τουλάχιστον δύο δραστικών αντιβιοτικών σχετίζεται με καλύτερη πρόγνωση επιβεβαιώνοντας τα αποτελέσματα προηγούμενων μελετών υπέρ της συνδυαστικής θεραπείας στην καταπολέμηση των λοιμώξεων από KPC-Kp. Η ανάπτυξη αντοχής των στελεχών KPC-Kp έναντι της κολιστίνης ή της τιγεκυκλίνης, οι οποίες αποτελούν τις τελευταίες θεραπευτικές επιλογές για το συγκεκριμένο παθογόνο, είναι ένα ανησυχητικό φαινόμενο. Συνολικά, 24.4% και 17.9% των ασθενών της ΜΕΘ Α αποικίστηκαν από στέλεχος KPC-Kp ανθεκτικό στην κολιστίνη και τιγεκυκλίνη, αντίστοιχα. Όπως αναμενόταν η λήψη των συγκεκριμένων αντιβιοτικών συνέβαλε στον αποικισμό, όμως ο σημαντικότερος παράγοντας για αποικισμό ήταν η παρουσία αποικισμένου ασθενή στις διπλανές κλίνες υποδηλώνοντας τη σημασία της διασποράς των στελεχών και όχι της de novo ανάπτυξη αντοχής. Η σύγκριση των δύο ΜΕΘ, ανέδειξε ότι μεγαλύτερο ποσοστό των ασθενών της ΜΕΘ Α αποικίζονται κατά τη διάρκεια νοσηλείας σε σχέση με τη ΜΕΘ Β (61.8% vs 34.1%) και σε συντομότερο χρονικό διάστημα (10.6 vs 19.9 ημέρες). Τα στοιχεία αυτά μπορούν να ερμηνευτούν από το υψηλότερο ποσοστό εισαγωγών αποικισμένων ασθενών (11.4% vs 1.8%), τη μικρότερη αναλογία νοσηλευτών/ασθενών καθώς και την αυξημένη κατανάλωση καρβαπενεμών στη ΜΕΘ Α. Συνολικά, 305 και 100 στελέχη K. pneumoniae που απομονώθηκαν από τη ΜΕΘ Α και Β, αντίστοιχα, ήταν θετικά για την παρουσία του γονιδίου blaKPC ενώ πέντε στελέχη της ΜΕΘ Α ήταν θετικά και για το γονίδιο blaVIM. Και στις δύο ΜΕΘ τα στελέχη ήταν ανθεκτικά σε πενικιλλίνες, στις κεφαλοσπορίνες, στην αζτρεονάμη, στην τριμεθοπρίμη-σουλφαμεθοξαζόλη (30% των στελεχών της ΜΕΘ Β ήταν ευαίσθητα), στην αμικασίνη, στην τομπραμυκίνη και στις κινολόνες. Η αντοχή στις καρβαπενέμες (67.9% vs 60%), στην κολιστίνη (35.1% vs 18%), στη γενταμικίνη (50.8% vs 24%) και στην τιγεκυκλίνη (17% vs 18%) στα στελέχη των δύο ΜΕΘ κυμαινόταν στα ίδια επίπεδα. Πενήντα επτά και 20 στελέχη της ΜΕΘ Α και Β, αντίστοιχα, ταυτοποιήθηκαν με PFGE, η οποία ανέδειξε την παρουσία δύο τύπων στη ΜΕΘ Α, με τον τύπο Α να απαρτίζεται από το 65.5% των στελεχών, ενώ στη ΜΕΘ Β όλα τα στελέχη ανήκαν στον τύπο Α. Τα ποσοστά αποικισμού από VRE στις δύο ΜΕΘ είναι χαμηλότερα σε σχέση με αυτά της KPC-Kp. Αποικισμός κατά την εισαγωγή στη ΜΕΘ παρατηρήθηκε σε 14.3% (71 από 497 ασθενείς), ενώ κατά τη διάρκεια νοσηλείας ήταν 14.4% (36 από 250 ασθενείς). Ο σημαντικότερος παράγοντας για αποικισμό από VRE κατά τη διάρκεια νοσηλείας είναι η νοσηλεία αποικισμένων ασθενών σε διπλανές κλίνες υποδεικνύοντας ότι η μη τήρηση των μέτρων υγιεινής των χεριών ίσως διαδραματίζει το σημαντικότερο ρόλο στη διασπορά του VRE. Συνολικά 107 στελέχη VRE απομονώθηκαν (100 E. faecium και 7 E. faecalis). Ογδόντα τέσσερα στελέχη έφεραν το γονίδιο vanA και ήταν ανθεκτικά στη βανκομυκίνη και στην τεϊκοπλανίνη, ενώ τα υπόλοιπα 23 έφεραν το γονίδιο vanB και χαρακτηρίζονταν από χαμηλού επιπέδου αντοχή στη βανκομυκίνη (12 στελέχη ήταν ευαίσθητα) και ευαίσθητα στην τεϊκοπλανίνη. Όλα τα στελέχη ήταν ευαίσθητα στη λινεζολίδη, στη δαπτομυκίνη και στην τιγεκυκλίνη. Η MLST αποκάλυψε ότι τα στελέχη E. faecium ανήκουν σε έξι διαφορετικούς κλώνους (STs: ST117, ST17, ST203, ST226, ST786, ST125) με το 90% των E. faecium, ανήκουν στο Κλωνικό Σύμπλεγμα 17 (Clonal Complex CC17). Τα στελέχη E. faecalis ταξινομήθηκαν σε τέσσερις κλώνους (STs: ST6, ST41, ST19, ST28). Τα ποσοστά αποικισμού από MRSA κατά την εισαγωγή και κατά τη διάρκεια νοσηλείας είναι χαμηλά (5.3% και 3.7%, αντίστοιχα) με το σημαντικότερο παράγοντα που σχετίζεται με τον αποικισμό να είναι ο εντερικός αποικισμός με vanA-θετικό στέλεχος Enterococcus. Ο έλεγχος φορείας για MRSA ανέδειξε 28 mecA-θετικά στελέχη S. aureus, με την πλειονότητα (ν=19) να είναι PVL-θετικά, να ανήκουν στον κλώνο ST80 και να είναι ανθεκτικά σε καναμυκίνη, τετρακυκλίνη και φουσιδικό, ενώ τα υπόλοιπα ταξινομήθηκαν σε τέσσερις κλώνους με MLST (6 στον ST239 και από ένα σε ST225, ST72 και ST30). Το στέλεχος που ανήκε στον ST30 ήταν tst-θετικό. Η σύγκριση των στελεχών φορείας S. aureus που απομονώθηκαν από αθενείς (ν=67) και προσωπικό (ν=23) των ΜΕΘ (Ομάδα Α) με τα στελέχη φορείας (ν=53) και βακτηριαιμιών (ν=75) μη νοσηλευόμενων σε ΜΕΘ (Ομάδα Β), ανέδειξε υψηλότερο ποσοστό MRSA (46.9% vs 31.1%) και PVL-θετικών στελεχών (39.8% vs 25.6%) στην Ομάδα Β, ενώ η Ομάδα Α χαρακτηρίζεται από υψηλότερο ποσοστό tst-θετικών στελεχών (21.1% vs 2.3%) υποδεικνύοντας τη σιωπηρή τους διασπορά στους ασθενείς και στο προσωπικό των ΜΕΘ. Προϊόν της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η ανεύρεση των παραγόντων κινδύνου για αποικισμό ή λοίμωξη από KPC-Kp, VRE και MRSA με στόχο την καθοδήγηση των μελλοντικών προσπαθειών περιορισμού της διασποράς τους στις δύο ΜΕΘ καθώς και στα ελληνικά νοσοκομεία, τα οποία στο σύνολο τους μαστίζονται από τα συγκεκριμένα παθογόνα. / The purpose of this study was to investigate the colonization and infections caused by KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-Kp), vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) and methicillin-resistant Staphylococcus aureus in patients hospitalized in the Intensive Care Units of the University Hospital of Patras (ICU A) and the General Hospital “Saint Andrew” during October 2009 and February 2012. The dissemination of KPC-Kp constitutes the most important issue in Greek ICUs, with its percentage rising in medical and surgical wards. During the duration of this study, 12.8% of patients admitted in the ICU A (52 from 405 patients) were colonized upon admission and previous ICU stay, chronic obstructive pulmonary disease, duration of previous hospitalization and previous usage of carbapenem or combination of beta-lactamic/lactamase were found to influence colonization. A gradual increase of the percentage of colonized patients admitted at the ICU from 3.9% (4 from 102 patients) during the first 6 months to 15.8% (48 from 300 patients) the next 16 months that reflects the dissemination of KPC-Kp in non-ICU wards. Among the 226 non-colonized upon ICU A admission patients, 164 (72.6%) became colonized during their stay with the presence of colonized patients in nearby beds and the previous colonized occupant in the same bed were associated with colonization, which did not influence mortality. The high percentage of colonization in combination with the aforementioned factors indicates the importance of the dissemination of KPC-Kp among patients via the personnel and signifies the value of a strict implementation of infection control protocols. In total, 53 patients developed KPC-Kp bloodstream infection during ICU A stay with 43.4% mortality. The most important factors that influence mortality were the resistance of the strain to gentamicin/colistin/tigecycline and septic shock, while the treatment with two active antibiotics was associated with better survival confirming the results of previous studies favoring combination therapy for the treatment of KPC-Kp infection. The development of resistance against colistin or tigecycline, which are considered the last frontier in the treatment of KPC-Kp infections, is an alarming phenomenon. In total, 24.4% and 17.9% of ICU A patients became colonized by KPC-Kp resistant to colictin or tigecycline, respectively. As expected, the administration of colistin or tigecycline influenced colonization, while the most important factor favoring colonization was the presence of colonized patients in nearby patients, indicating the importance of dissemination of these strains against de novo resistance development. The comparison of the two ICUs, found a higher percentage of patients colonized during ICU A stay (61.8% vs 34.1%) and in a shorter period (10.6 vs 19.9 days). These results may be explained by the higher percentage of patients colonized upon admission (11.4% vs 1.8%), the lower nurse/patient ration and the higher carbapenem administration. In total, 305 and 100 strains of K. pneumoniae isolated from patients hospitalized in ICU A and B, respectively, were positive for the presence of blaKPC gene while five strains in ICU A were positive for the blaVIM gene also. All strains were resistant to penicillins, cephalosporins, aztreonam, trimethoprim sulfamethoxazole (30% of ICU B strains were sensitive), amikacin, tombramycin and quinolones. The resistance rates to carbapenems (67.9% vs 60%), colisitn (35.1% vs 18%), gentamicin (50.8% vs 24%) and tigecycline (17% vs 18%) among the ICUs strains were comparable. PFGE of 57 and 20 isolates from ICU A and B, respectively, revealed that ICU A strains belonged in two types, with type A comprising 65.5% of the isolates, while all ICU B isolates belonged in type A. The percentage of VRE colonization in both ICUs were lower in comparison with those of KPC-Kp. During ICU admission 14.3% (71 from 497 patients) was already colonized, while 14.4% (36 from 250 patients) became colonized during stay. The most important factor influencing colonization was the presence of colonized patients in nearby beds, indicating that non adherence with hand hygiene may play a predominate role in VRE dissemination. In total 107 VRE strains were isolated (100 E. faecium and 7 E. faecalis). Eighty four were positive for the vanA gene and resistant to vancomycin and teicoplanin, while the rest were vanB positive and were characterized by low level resistance to vancomycin (12 were in susceptibility range) and susceptible to teicoplanin. All strains were susceptible to linezolid, daptomycin and tigecycline. As MLST revealed, E. faecium strains belonged in six different Sequencing Types (ST117, ST17, ST203, ST226, ST786, ST125) with 90% among them belonging to the Clonal Complex CC17. E. faecalis strains were categorized in four STs (ST6, ST41, ST19, ST28). The proportion of colonized patients by MRSA upon admission and during ICU stay was very low (5.3% and 3.7%, respectively). The most important factor associated with colonization was enteric carriage of vanA-positive Enterococcus. Surveillance cultures revealed 28 mecA-positive S. aureus strains, with the majority (n=19) being PVL-positive, belonging to ST80 and resistant only to kanamycin, tetracycline and fucidic acid, while the remaining were categorized in four STs (6 strains in ST239 and one at ST225, ST72 and ST30). The ST30 strain was tst-positive. The comparison of colonization strains from patients (n=67) and personnel (n=23) of the ICUs (Group A) with the strains of colonization (n=53) and bloodstream infections (n=75) isolated from non-ICU patients (Group B), revealed a higher percentage of MRSA and PVL-positive strains in Group B, while Group A was characterized by higher percentage of tst-positive strains indicating their silent dissemination between ICU patients and personnel. The present study has identified the risk factors for colonization of infection by KPC-Kp, VRE and MRSA, in order to guide the future efforts towards containing their dissemination in the two ICUs, as well as, to the Greek hospitals, which in total are plagued by the aforementioned pathogens.