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Implication de la voie RANK/RANKL/OPG dans la physiopathologie musculaire et potentiel thérapeutique de l'anti-RANKL pour la dystrophie musculaire de Duchenne

Hamoudi, Dounia 10 February 2024 (has links)
La dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) est une maladie génétique neuromusculaire provoquée par des mutations du gène codant pour la dystrophine situé sur le chromosome Xp21. L'absence de cette protéine membranaire engendre une dégénérescence progressive des cellules, une augmentation de la concentration du calcium intracellulaire, des dommages oxydatifs, inflammatoires et ultimement une fibrose musculaire. Les patients souffrent également de plusieurs autres anomalies dont les plus importantes sont la cardiomyopathie et l'ostéoporose. Il n'y a actuellement aucune stratégie curative pour la DMD. Les corticostéroïdes sont prescrits pour prolonger la mobilité et l'espérance de vie, mais sont associés à une ostéotoxicité élevée. Bien qu'il existe une association entre l'ostéoporose et la dégénérescence musculaire, nous avons été les premiers à étudier le rôle du récepteur-activateur du facteur nucléaire kB (RANK), son ligand RANKL et du récepteur soluble ostéoprotégérine (OPG), principaux régulateurs du remodelage osseux, dans le contexte des maladies musculaires. Nos travaux antérieurs montrent que les myotubes différenciés secrètent l'OPG, expriment le récepteur RANK à leurs surfaces et dans le contexte de DMD l'expression de l'ARNm de RANK est 4 fois plus élevée dans les muscles de souris dystrophiques comparativement aux muscles sains. L'objectif de la présente thèse vise à exploiter cette voie afin de comprendre le mécanisme d'action de ces cytokines sur la physiopathologie musculaire et d'établir une stratégie thérapeutique pour la DMD en traitement unique ou combinée aux glucocorticoïdes. Dans un premier temps, nous avons investigué l'impact de la neutralisation systémique à long terme de RANKL sur l'intégrité et la fonction musculaire et osseuse dans un modèle sévère de dystrophie déficient en dystrophine/haploinsuffisant en utrophine. Ensuite, nous avons étudié les rôles physiopathologiques de l'OPG sur les tissus musculaires en caractérisant la fonction musculaire de souris déficientes en OPG. Finalement, nous avons débuté une étude sur l'effet de neutralisation systémique de RANKL sur l'ostéoporose associée à un traitement au deflazacort, un glucocorticoïde prescrit pour la DMD. Ainsi nous avons démontré que le traitement à long terme à l'anti-RANKL améliore la fonction et l'intégrité musculaire et osseuse chez les souris dystrophiques et protège contre l'ostéoporose induite par les glucocorticoïdes. À l'opposé, l'absence d'OPG induit, possiblement via RANKL, une faiblesse osseuse et musculaire et une atrophie sélective des fibres musculaires les plus puissantes. Ces avancées repoussent les connaissances au sujet de la voie RANK/RANKL/OPG au sein de la communication muscle-os et appuient l'anti-RANKL comme perspective thérapeutique chez les patients atteints de la DMD.
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Hydroxyamidinates et polymères de coordination : suspicions et valences mixtes

Leblanc, Mathieu 07 1900 (has links)
Dans un contexte où l’énergie représente un enjeu majeur pour les pays et organisations à économies émergentes et développées, la recherche de nouvelles sources renouvelables et la démocratisation des vecteurs énergétiques permettant l’approvisionnement mondial de façon durable constitue un devoir pour la communauté scientifique internationale. D’ailleurs, il serait essentiel que les nombreuses disciplines de la chimie concertent leurs efforts. Plus particulièrement, la croissance de la recherche en chimie de coordination orientée vers la photosynthèse artificielle ainsi que le développement de matériaux fonctionnels démontre l’importance indéniable de ce champ de recherche. Ce travail présente dans un premier temps l’étude des différentes voies de synthèse d’hydroxyamidines, un ligand chélatant aux propriétés de coordination prometteuses ne recevant que très peu d’attention de la part de la communauté scientifique. Dans un deuxième temps, nous présenterons le développement d’une stratégie d’assemblage de leurs complexes supramoléculaires impliquant des métaux de transition abondants et peu dispendieux de la première rangée. Dans un troisième temps, il sera question de l’investigation de leurs propriétés photophysiques et électrochimiques à des fins d’applications au sein de matériaux fonctionnels. Pour ce faire, les différentes voies de synthèse des hydroxyamidines et de leurs amidines correspondantes qui ont précédemment été étudiées par les membres du groupe seront tout d’abord perfectionnées, puis investiguées afin de déterminer leur versatilité. Ensuite, les propriétés de complexation des amox résultantes comportant des motifs sélectionnés seront déterminées pour enfin étudier les propriétés photophysiques et électrochimiques d’une série de complexes de métaux de transition de la première rangée. En somme, plusieurs designs qu’offrent les amox et bis-amox sont étudiés et les propriétés des architectures résultantes de leur auto-assemblage sont déterminées. / In a context where energy supply represents a major challenge for countries and organizations with emerging and developed economies, the search for new renewable resources and the democratization of energy vectors allowing sustainable worldwide supply is a responsibility for the international scientific community. Besides, it would be essential that the many disciplines of chemistry concerted their efforts. In particular, the growth of research in coordination chemistry oriented toward artificial photosynthesis and the development of functional materials demonstrates the undeniable importance of this field of research. The first part of the work presents different synthetic routes to hydroxyamidines, a chelating ligand with promising properties and receiving very little attention from the scientific community. Secondly, we present the development of a strategy of assembly of their supramolecular complexes involving abundant and cheap first row transition metal. Thirdly, we will discuss the investigation of their photophysical and electrochemical properties for their purposes in functional materials applications. To do this, the different synthesis routes of hydroxyamidines and their corresponding amidines which have previously been studied by other members of the group will first be improved then investigated to determine their versatility. Next, the complexing properties of the resulting amox having selected patterns will be determined to finally study the photophysical and electrochemical properties of a series of first row transition metal complexes. In sum, the various designs offered by amox and the bis-amox complexes are studied and the properties of the resulting architectures of their self-assemblies are determined.
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Development and Application of Covalent-Labeling Strategies for the Large-Scale Thermodynamic Analysis of Protein Folding and Ligand Binding

Xu, Yingrong January 2016 (has links)
<p>Thermodynamic stability measurements on proteins and protein-ligand complexes can offer insights not only into the fundamental properties of protein folding reactions and protein functions, but also into the development of protein-directed therapeutic agents to combat disease. Conventional calorimetric or spectroscopic approaches for measuring protein stability typically require large amounts of purified protein. This requirement has precluded their use in proteomic applications. Stability of Proteins from Rates of Oxidation (SPROX) is a recently developed mass spectrometry-based approach for proteome-wide thermodynamic stability analysis. Since the proteomic coverage of SPROX is fundamentally limited by the detection of methionine-containing peptides, the use of tryptophan-containing peptides was investigated in this dissertation. A new SPROX-like protocol was developed that measured protein folding free energies using the denaturant dependence of the rate at which globally protected tryptophan and methionine residues are modified with dimethyl (2-hydroxyl-5-nitrobenzyl) sulfonium bromide and hydrogen peroxide, respectively. This so-called Hybrid protocol was applied to proteins in yeast and MCF-7 cell lysates and achieved a ~50% increase in proteomic coverage compared to probing only methionine-containing peptides. Subsequently, the Hybrid protocol was successfully utilized to identify and quantify both known and novel protein-ligand interactions in cell lysates. The ligands under study included the well-known Hsp90 inhibitor geldanamycin and the less well-understood omeprazole sulfide that inhibits liver-stage malaria. In addition to protein-small molecule interactions, protein-protein interactions involving Puf6 were investigated using the SPROX technique in comparative thermodynamic analyses performed on wild-type and Puf6-deletion yeast strains. A total of 39 proteins were detected as Puf6 targets and 36 of these targets were previously unknown to interact with Puf6. Finally, to facilitate the SPROX/Hybrid data analysis process and minimize human errors, a Bayesian algorithm was developed for transition midpoint assignment. In summary, the work in this dissertation expanded the scope of SPROX and evaluated the use of SPROX/Hybrid protocols for characterizing protein-ligand interactions in complex biological mixtures.</p> / Dissertation
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Atomic and Electronic Structure of a Ligand-Protected Bimetallic Nanocluster, Ag4Ni2(DMSA)4

Pedicini, Anthony F. 01 May 2013 (has links)
An important direction in nanoscale science is to synthesize materials whereby atomic clusters serve as the building blocks. Properties of these clusters can be controlled through size and composition, and such an approach offers a pathway toward designing larger, customized materials. One way to stabilize such materials is through the use of ligated clusters. Ag4Ni2(DMSA)4 is one such cluster, the first with a bimetallic core, and has been stabilized by the experimental group of A. Sen at The Pennsylvania State University. The theoretical studies undertaken in this thesis were directed toward providing information on the atomic structure, nature of electronic states, optical spectra, and any magnetic information of this new species. Theoretical studies have also been carried out on various clusters to provide input into the fragmentation data obtained through MS/MS experiments.
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Von einfachen Silanen zu multifunktionellen Systemen: Synthese und Charakterisierung neuartiger siliciumhaltiger Synthesebausteine und siliciumorganischer Chelatliganden / From simple silanes to multifunctional systems: Synthesis and characterization of novel silicon-containing building blocks and silicon-organic chelate ligands

Troegel, Dennis January 2009 (has links) (PDF)
Die vorliegende Arbeit beschreibt die Synthese multifunktioneller siliciumhaltiger Synthesebausteine, die sich von (Chlormethyl)silanen ableiten und Verbindungen des allgemeinen Formeltyps R(4–n)Si(CH2X)n (n = 2–4; R = organischer Rest; X = funktionelle Gruppe) darstellen. Darüber hinaus wurden funktionalisierte siliciumhaltige Boronsäuren und Epoxide mit einem (2-Halogen-5-pyridyl)silan-Gerüst (Halogen = F, Cl) dargestellt. Die Charakterisierung der Zielverbindungen sowie aller auftretenden Zwischenstufen erfolgte durch NMR-Spektroskopie (1H, 13C, 11B, 15N, 19F, 29Si) und elementaranalytische Untersuchungen sowie in ausgewählten Fällen durch Einkristall-Röntgenstrukturanalyse. Die in dieser Arbeit beschriebenen multifunktionellen siliciumhaltigen Synthesebausteine sind zur Synthese neuartiger Silicium-Verbindungen, insbesondere Wirkstoffe, von Interesse und können in einigen Fällen auch als siliciumorganische Chelatliganden zur Komplexierung von Übergangsmetallen verwendet werden. / This work describes the synthesis of multifunctional silicon-containing building blocks which derive from (chloromethyl)silanes and represent compounds of the general formula type R(4–n)Si(CH2X)n (n = 2–4; R = organyl group; X = functional group). Furthermore, functionalized silicon-containing boronic acids and epoxides with a (2-halogeno-5-pyridyl)silane skeleton (halogen = F, Cl) were prepared. All these compounds and the synthetic intermediates were characterized by NMR studies (1H, 13C, 11B, 15N, 19F, 29Si), elemental analyses, and in selected cases by single-crystal X-ray diffraction. The multifunctional silicon-containing building blocks described in this work are potential starting materials for the synthesis of novel silicon-containing compounds, especially drugs, and in some cases can be applied as silicon-based chelate ligands for the complexiation of transition metals.
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La multimérisation de TREM-1 est essentielle pour son activation sur les monocytes et les neutrophiles / TREM-1 multimerization is essential for its activation on monocytes and neutrophils

Carrasco, Kevin 25 January 2018 (has links)
TREM-1 (Triggering Receptor Expressed on Myeloid cells-1) est un récepteur exprimé par les cellules de l’immunité innée qui amplifie l’inflammation initiée par les TLRs (Toll-like Receptors) et est impliquée dans plusieurs pathologies inflammatoires aigües et chroniques. À ce jour, peu de choses sont connues quant aux mécanismes moléculaires d’activation de TREM-1. Ainsi, nous avons développé des outils pour pouvoir stimuler TREM-1 de façon monovalente et multivalente. Ces travaux montrent que TREM-1 est activé par multimérisation et qu’il est régulé différemment sur les neutrophiles et monocytes. En effet, sur les monocytes activés au LPS, l’activation de TREM-1 s’effectue en deux étapes tandis qu’une seule est nécessaire dans les neutrophiles. Grâce à des approches de protéomiques, nous avons confirmé la dimérisation de l’ectodomaine de TREM-1 en solution. De plus, la multimérisation semble aussi être médiée par le ligand naturel de TREM-1, qui est, entre autres, libéré par les neutrophiles activés au LPS. Le travail présenté ici est une première étape vers la compréhension des mécanismes moléculaires conduisant à l'interaction de TREM-1 et son ligand, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives thérapeutiques / Triggering Receptor Expressed on Myeloid cells-1 (TREM-1) is a receptor expressed on innate immune cells which amplifies inflammatory signals initially triggered by TLRs (Toll-like receptors) and TREM-1 has been characterized as a major player in the pathophysiology of acute and chronic inflammatory diseases. Currently, the molecular mechanisms leading to the activation of TREM-1 remain unknown. We have developed specific tools to stimulate TREM-1 in a monovalent and divalent way. Here we show that TREM-1 is activated by multimerization and is differentially regulated on neutrophils and monocytes. Indeed, TREM-1 activation on primary human monocytes by LPS required a two-step process while one is required on neutrophils. Using proteomic approaches, we have confirmed that TREM-1 ectodomain dimerizes in solution. Furthermore, the multimerization seems to be mediated by the natural ligand of TREM-1, which is released by LPS activated neutrophils. Collectively, our findings uncover molecular mechanisms leading to TREM-1 and its ligand interaction, painting the way of new therapeutics
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Etude par RMN de macromolécules biologiques : étude structurale de la protéine CGC-19 impliquée dans la biosynthèse d’un métabolite secondaire, la congocidine chez Streptomyces Ambofaciens. Développement d’inhibiteurs des Bcl-2, protéines modulatrices de l’apoptose / NMR study of biological macromolecules : structural study of CGC-19, a single domain protein involved in the biosynthesis of congocidine, a secondary metabolite from Streptomyces Ambofaciens, NMR contribution to anti-apoptotic protein ligand development

Nogaret, Sophie 14 December 2011 (has links)
Ma thèse comporte deux volets: d’une part, le développement de ligands ciblant les protéines antiapoptotiques et d’autre part, l’étude par RMN des protéines CGC impliquées dans la biosynthèse de la congocidine, métabolite secondaire chez Streptomyces.La famille de protéines Bcl-2 est impliquée dans un des processus clé de la mort cellulaire programmée, appelée l’apoptose mitochondriale. Elle se divise en membres anti-apoptotiques (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1) et pro-apoptotiques (Bak, Bax et les «BH3»).Ces molécules vont réguler l’apoptose en maintenant ou non l’intégrité de la membrane mitochondriale. En réponse à un signal de stress, les «BH3» neutralisent les antiapoptotiques et activent les pro-morts, leur permettant de former des pores sur la membrane mitochondriale. Ce phénomène aboutit au relargage du cytochrome c dans le cytosol et à l’activation de la cascade des caspases dont la finalité est la destruction de la celluleLa pertinence de l’étude des Bcl-2 s’observe de manière croissante depuis les années 1990. En effet, une surexpression des membres pro-survie de cette famille (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1, BFL1 etc...) a été observée dans de nombreux cancers. Suite à ce constat, cibler ces molécules est devenue une piste prometteuse en cancérologie par le développement d’inhibiteurs des protéines pro-survie, l’objectif étant de restaurer l’apoptose dans les cellules tumorales.Dans cette perspective, différentes stratégies thérapeutiques ont été imaginées:(i) la thérapie génique avec l’Oblimersen, un ADN antisens développé par Genta, qui inhibe l’expression de la Bcl-2. Néanmoins, les résultats précliniques sont décevants.(ii) l’utilisation de peptides (ou peptidomimétiques) imitant les sentinelles «BH3» comme antagonistes de l’interaction Bcl-xL/Bak. Il faut souligner le concept des «stappled peptides», permettant la stabilisation des hélices par cyclisation des chaînes latérales. Si certaines de ces molécules synthétisées semblent très actives, aucune n’est encore en étude clinique.(iii) le développement de petites molécules non peptidiques, issues d’un criblage systématique in vitro ou in silico et se caractérisant par une grande variété structurale. Parmi ces molécules, certaines sont synthétiques comme l’ABT-737 et l’ABT-263 élaborés par les laboratoires Abbott, grâce à la méthode d’assemblage des fragments (fragment-based drug design) aidée par des études SAR by NMR (structure activity relationship). D’autres sont issues de produits naturels comme le (R)-Gossypol, le TW-37, la sanguinarine ou l’Obatoclax. En 2008, 11 composés étaient en phase préclinique ou clinique et les résultats pour certains d’entres eux semblaient plus prometteurs que pour l’Oblimersen.Ces stratégies ont permis de mettre au point un certain nombre de composés ciblant les protéines anti-apoptototiques. Si certains de ces composés sont actuellement en phase de tests cliniques, les plus prometteurs (ABT) ont démontré une efficacité uniquement vers certains des protéines anti-apoptotiques laissant place à un phénomène d’échappement des cellules cancéreuses.Un criblage réalisé à l’ICSN par l’équipe de F. Guéritte (Pôle Substances Naturelles Plantes) a permis d’identifier une nouvelle classe de molécules ayant une affinité de l’ordre du μM pour Bcl-xL. Parmi ces composés, deux présentent une attractivité d’un point de vue structural qui rend faisable leur synthèse chimique:(i) la meiogynine A, un sesquiterpène dimère de structure originale isolé des écorces de Meiogyne cylindrocarpa, une plante de Malaisie.(ii) le drimane, un sesquiterpène isolé en grandes quantités du genre zygogynum, une espècede Nouvelle-Calédonie.Ainsi, des collaborations ont été établies au sein de l’ICSN, réunissant diverses expertises (chimie, biologie, physicochimie et modélisation) afin de dégager les synergies souhaitables.Dans la perspective de la conception rationnelle d’analogues aux propriétés améliorées ciblant l’ensemble des membres anti-apoptotiques de la famille Bcl-2, ma contribution est de choisir les cibles biologiques (Bcl-xL et Mcl-1), de les obtenir pures et marquées en isotopes stables afin de réaliser par RMN et modélisation moléculaire une étude structurale des complexes protéines/ligands et de définir un modèle d’interaction.Le deuxième volet de ma thèse, à dominante fondamentale, a pour objectif de caractériser par RMN les médiateurs enzymatiques d’une voie de biosynthèse d’un métabolite secondaire, la congocidine issue des bactéries Streptomyces Ambofaciens.La congocidine présente des propriétés antivirales et anticancéreuses de par sa capacité à se fixer à l’ADN. Cependant, du fait de sa forte toxicité, cette molécule ne peut pas être utilisée directement à des fins thérapeutiques.L’analyse des groupes de gènes impliqués dans la biosynthèse de la congocidine a mis en évidence 24 gènes. Seuls certains intermédiaires réactionnels ont été identifiés. Cependant, le rôle précis des produits de ces gènes n’est pas encore bien défini.Ainsi, en collaboration avec l’équipe de JL Pernodet à l’Université d’Orsay, nous nous sommes intéressés à deux enzymes en particulier intervenant dans la synthèse de la congocidine, les protéines CGC-10 et CGC-19.L’objectif de cette collaboration est d’utiliser la spectroscopie RMN couplée à la modélisation moléculaire sous contraintes expérimentales afin de déterminer la structure de ces deux protéines. Nous souhaitons apporter des informations sur l’éventuelle présence de motifs structuraux au sein de ces protéines afin de mieux comprendre leur fonction et de définir à quel moment de la voie de biosynthèse elles interviennent.Concernant la protéine CGC-10, nous avons conçu un plasmide optimisé que nous avons fait synthétiser. Le gène obtenu a été cloné dans un vecteur d’expression choisi par nos collaborateurs (pQE30).Concernant la protéine CGC-19, nous allons en décrire les étapes d’expression et de purification qui nous ont permis d’enregistrer l’ensemble des expériences 3D-triple résonnance nécessaires à la détermination de la structure de la protéine. De plus, il a été mis en évidence la présence d’une modification post-traductionnelle de type phosphopanthéténylation au sein de cette protéine. Nous avons produit l’enzyme responsable de cette modification, la sfp, afin de pouvoir effectuer la réaction et suivre l’effet de la modification sur les spectres RMN de la protéine et donc sur la structure.Ce projet, qui s’inscrit dans une perspective de recherche à plus long terme, a pour objectif de caractériser précisément le mécanisme de production de la congocidine. A travers cette démarche, il s’agit de combiner la biologie moléculaire (modification en amont les gènes) à la chimie afin d’obtenir des molécules différentes aux propriétés améliorées et non toxiques. / My PhD thesis contains two parts: development of ligands against anti-apoptotic proteins and structural study of CGC proteins involved in the biosynthesis of congocidine, a Streptomyces Ambofaciens secondary metabolite.The first project concerns the NMR study of the interactions between the anti-apoptotic proteins and two potential ligand candidates, the Meiogynine and the Drimane. These two terpenoïds, identified from ICSN’s chemical library screening against the Bcl-xL protein, have shown a significant inhibiting activity, thus opening promising perspectives for the treatment of cancer cells overexpressing anti-apoptotic proteins. In fact, as these compounds are considerably smaller than the binding site, our objective is to introduce modifications (such as elongation of their structure, functionalization with hydrophilic groups etc.) that may improve their binding properties as well as their delivery and bioavailability.Following to the successful recombinant expression and purification, necessary to obtain labelled targets (15N/13C), our preliminary NMR studies suggested a rather universal action of our candidates, capable to bind not only to Bcl-xL but also to the other major anti-apoptotic protein, Mcl-1. Titration experiments revealed significant perturbations of the HSQC protein NMR spectra with the progressive disappearance of several protein HN and ligand signals, confirming dissociation constants at the µM region for both targets. However, the intermediate chemical exchange NMR regime observed, associated with the weak ligand solubility, poses severe difficulties for the structural elucidation of the complexes by classical NMR methods.In this work alternative approaches for the localisation of the ligands in the hydrophobic cleft of both target proteins will be presented.Oligopyrroles are secondary metabolites synthesized by Streptomyces bacteria. This family of natural products, composed by one or more pyrrole-2-carboxamide groups is characterized by a variety of biological activities such as antiviral, antitumor and antibiotic functions.One of the best-known metabolites is the congocidine, extensively studied due to its capacity to bind into the minor groove of the DNA double helix, with strong sequence specificity. However, because of its strong toxicity, this molecule cannot be directly used for therapeutic purposes.The analysis of the groups of genes involved in congocidine biosynthesis brought to light 24 genes, but their precise role is not yet well defined. We were particularly interested in two enzymes: the proteins called CGC-10 and CGC-19. For the recombinant expression of the first one, we designed an optimized insert which was cloned in an expression vector pQE30.Concerning CGC-19, the stages of expression and purification, which allowed us to obtain doubly-labeled protein, as well as the 3D NMR experiments for spectral assignment and structure elucidation, will be discussed.Furthermore, we were interested in the holo- state of this protein obtained through a post-traductional modification (phosphopanthéténylation). To this, we produced the enzyme responsible for this modification, Sfp, carry out the reaction in vitro and follow the effect of the modification at the NMR spectra.
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The Synthesis of Molecular Switches Based Upon Ru(II) Polypyridyl Architecture for Electronic Applications

Steen, Robert January 2007 (has links)
<p>According to the famous axiom known as Moore’s Law the number of transistors that can be etched on a given piece of silicon, and therefore the computing power, will double every 18 to 24 months. For the last 40 years Moore’s prediction has held true as computers have grown more and more powerful. However, around 2020 hardware manufac-turers will have reached the physical limits of silicon. A proposed solution to this dilemma is molecular electronics. Within this field researchers are attempting to develop individual organic molecules and metal complexes that can act as molecular equivalents of electronic components such as diodes, transistors and capacitors. By utilizing molecular electronics to construct the next generation of computers processors with 100,000 times as many components on the same surface area could potentially be created.</p><p>We have synthesized a range of new pyridyl thienopyridine ligands and compared the electrochemical and photophysical properties of their corresponding Ru(II) complexes with that with the Ru(II) complexes of a variety of ligands based on 6-thiophen-2-yl-2,2´-bipyridine and 4-thiophen-2-yl-2,2´-bipyridine. While the electrochemistry of the Ru(II) complexes were similar to that of unsubstituted [Ru(bpy)3]2+, substantial differences in luminescence lifetimes were found. Our findings show that, due to steric interactions with the auxiliary bipy-ridyl ligands, luminescence is quenched in Ru(II) complexes that in-corporate the 6-thiophen-2-yl-2,2´-bipyridine motif, while it is on par with the luminescence of [Ru(bpy)3]2+ in the Ru(II) complexes of the pyridyl thienopyridine ligands. The luminescence of the Ru(II) com-plexes based on the 4-thiophen-2-yl-2,2´-bipyridine motif was en-hanced compared to [Ru(bpy)3]2+ which indicates that complexes of this category are the most favourable for energy/electron-transfer sys-tems.</p><p>At the core of molecular electronics are the search for molecular ON/OFF switches. We have synthesized a reversible double cyclome-tallated switch based on the Ru(tpy) complex of 3,8-bis-(6-thiophen-2-yl-pyridin-2-yl)-[4,7]phenanthroline. Upon treatment with acid/base the complex can be switched between the cyclometallated and the S-bonded form. This prototype has potentially three different states which opens the path to systems based on ternary computer logic.</p>
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Examination of the role of binding site water molecules in molecular recognition

Orro Graña, Adolfo January 2012 (has links)
A set of algorithms were designed, implemented and evaluated in order to, first, identifyclusters of conserved waters in binding pockets, i.e. hydration sites. Then, their contributionto the free energy of binding in a ligand-protein association was quantified by calculatingtheir enthalpy and entropy. The information obtained by using these algorithms couldcontribute to the development of new drugs by generating new ligands that target specifichigh-energy, unfavorable waters. Evaluation tests show that our algorithms can indeedprovide relevant data about how hydration sites influence ligand-protein binding.
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Exploiting the Non-innocent Ligand Reactivity of Metal Bis-dithiolenes: Towards the Catalytic Synthesis of Chiral Thioether Ligands and other Synthetic Targets

Moscattini, Joshua 22 November 2012 (has links)
Asymmetric catalysis is one of the most effective ways to control a target molecule’s stereochemistry. Through the development of a wide variety of chiral transition metal complexes, synthetic chemists are given the tools they need to synthesize the desired enantiomer of numerous compounds. This work focuses on exploiting the non-innocent ligand reactivity of metal bis-dithiolenes with multiple conjugated π systems in order to synthesize chiral ligands. Recent work has shown that platinum bis-dithiolene reacts with dienes stereoselectively to form a racemic mix of C2 -chiral thioether ligands. The present contribution will show approaches to synthesizing chiral dienes and organometallic complexes with potential applications for asymmetric allylic substitution reactions. Dienes with various chiral auxiliaries were reacted with platinum dithiolene and monitored through NMR spectroscopy. Attempts to synthesis palladium bis-dithiolene complexes, not previously seen in the literature were made, and the reaction of α-β unsaturated ketones with metal bis-dithiolenes was explored.

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