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Towards the French Biomedical Ontology Enrichment / Vers l'enrichissement d'ontologies biomédicales françaises

Lossio-Ventura, Juan Antonio 09 November 2015 (has links)
En biomedicine, le domaine du « Big Data » (l'infobésité) pose le problème de l'analyse de gros volumes de données hétérogènes (i.e. vidéo, audio, texte, image). Les ontologies biomédicales, modèle conceptuel de la réalité, peuvent jouer un rôle important afin d'automatiser le traitement des données, les requêtes et la mise en correspondance des données hétérogènes. Il existe plusieurs ressources en anglais mais elles sont moins riches pour le français. Le manque d'outils et de services connexes pour les exploiter accentue ces lacunes. Dans un premier temps, les ontologies ont été construites manuellement. Au cours de ces dernières années, quelques méthodes semi-automatiques ont été proposées. Ces techniques semi-automatiques de construction/enrichissement d'ontologies sont principalement induites à partir de textes en utilisant des techniques du traitement du langage naturel (TALN). Les méthodes de TALN permettent de prendre en compte la complexité lexicale et sémantique des données biomédicales : (1) lexicale pour faire référence aux syntagmes biomédicaux complexes à considérer et (2) sémantique pour traiter l'induction du concept et du contexte de la terminologie. Dans cette thèse, afin de relever les défis mentionnés précédemment, nous proposons des méthodologies pour l'enrichissement/la construction d'ontologies biomédicales fondées sur deux principales contributions.La première contribution est liée à l'extraction automatique de termes biomédicaux spécialisés (complexité lexicale) à partir de corpus. De nouvelles mesures d'extraction et de classement de termes composés d'un ou plusieurs mots ont été proposées et évaluées. L'application BioTex implémente les mesures définies.La seconde contribution concerne l'extraction de concepts et le lien sémantique de la terminologie extraite (complexité sémantique). Ce travail vise à induire des concepts pour les nouveaux termes candidats et de déterminer leurs liens sémantiques, c'est-à-dire les positions les plus pertinentes au sein d'une ontologie biomédicale existante. Nous avons ainsi proposé une approche d'extraction de concepts qui intègre de nouveaux termes dans l'ontologie MeSH. Les évaluations, quantitatives et qualitatives, menées par des experts et non experts, sur des données réelles soulignent l'intérêt de ces contributions. / Big Data for biomedicine domain deals with a major issue, the analyze of large volume of heterogeneous data (e.g. video, audio, text, image). Ontology, conceptual models of the reality, can play a crucial role in biomedical to automate data processing, querying, and matching heterogeneous data. Various English resources exist but there are considerably less available in French and there is a strong lack of related tools and services to exploit them. Initially, ontologies were built manually. In recent years, few semi-automatic methodologies have been proposed. The semi-automatic construction/enrichment of ontologies are mostly induced from texts by using natural language processing (NLP) techniques. NLP methods have to take into account lexical and semantic complexity of biomedical data : (1) lexical refers to complex phrases to take into account, (2) semantic refers to sense and context induction of the terminology.In this thesis, we propose methodologies for enrichment/construction of biomedical ontologies based on two main contributions, in order to tackle the previously mentioned challenges. The first contribution is about the automatic extraction of specialized biomedical terms (lexical complexity) from corpora. New ranking measures for single- and multi-word term extraction methods have been proposed and evaluated. In addition, we present BioTex software that implements the proposed measures. The second contribution concerns the concept extraction and semantic linkage of the extracted terminology (semantic complexity). This work seeks to induce semantic concepts of new candidate terms, and to find the semantic links, i.e. relevant location of new candidate terms, in an existing biomedical ontology. We proposed a methodology that extracts new terms in MeSH ontology. The experiments conducted on real data highlight the relevance of the contributions.
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Proposition d'une nouvelle méthode d'accès déterministe pour un réseau personnel sans fil à fortes contraintes temporelles

Van Den Bossche, Adrien 06 July 2007 (has links) (PDF)
Aujourd'hui, les technologies de réseaux sans fil (WLAN/WPAN) présentes sur le marché sont nombreuses et globalement complémentaires. Cependant, trop peu d'entre elles proposent de réelles garanties sur la remise de messages dans un temps borné alors que ces exigences sont fondamentales dans le cadre d'une utilisation de type industriel. Dans le cadre de nos travaux, nous proposons une nouvelle couche MAC entièrement déterministe pour un réseau sans fil personnel basse consommation (LP-WPAN) IEEE 802.15.4 présentant des garanties sur le plan temporel.<br />Tout d'abord, un état de l'art est effectué sur les principaux réseaux sans fil existants, les mécanismes de gestion de la Qualité de Service et les méthodes d'accès généralement utilisées. Nous présentons ensuite la technologie IEEE 802.15.4/ZigBee sur laquelle sont basés nos travaux. Cette étude approfondie nous a permis d'identifier certaines imperfections au niveau de la méthode d'accès par rapport aux contraintes temporelles. Nous proposons de combler ces lacunes par la création d'une couche MAC entièrement déterministe dont nous présentons les caractéristiques et les nouvelles fonctionnalités. Plusieurs méthodes complémentaires ont été utilisées pour valider nos propositions : Réseaux de Petri, simulation et prototypage réel. Les résultats obtenus et les analyses de ces trois études sont exposés.

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