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Isolamento de bactérias produtoras de polihidroxialcanoatos e caracterização molecular de sua PHA sintase. / Isolation of polyhydroxyalkanoates producing bacteria and molecular characterization of their PHA synthase.

Licio, Daniela Carolina Pinto e 21 September 2011 (has links)
Um total de 1.520 bactérias isoladas a partir de amostras de lodo de esgoto doméstico e de solo de área preservada foi avaliado para a produção de polihidroxialcanoatos (PHA) com os corantes lipofílicos Nile Red A e Sudan Black B, permitindo a detecção de 261 isolados. Ensaios de produção de PHA revelaram isolados produtores de P3HB apresentando valores superiores à linhagem Burkholderia sacchari LFM101 e valores de produção de PHAMCL superiores à linhagem Pseudomonas sp. LFM046, além de 6 isolados produtores da mistura de P3HB e PHAMCL. Os primers RECF1/RECR permitiram a detecção específica do gene phaC do tipo I de três bactérias produtoras de P3HB, e os primers P613F/P613R detectaram genes phaC do tipo I em bactérias produtoras da mistura de polímeros. Um fragmento de DNA de 4 kpb de uma biblioteca genômica do isolado RMP1058BII, produtor da mistura de P3HB e PHAMCL, foi detectado utilizando os primers P613F/P613R, e a expressão desse fragmento de DNA uma linhagem de Pseudomonas mutada no gene phaC levou à produção de pequena quantidade de P3HB. / A total of 1520 isolates from domestic sewage sludge or soil of preserved area were evaluated in regards of PHA production using the lipophilic Nile Red A or Sudan Black B dyes, allowing the detection of 261 isolates. PHA production experiments revealed P3HB producing isolates at higher amounts than the strain Burkholderia sacchari LFM101 and PHAMCL production rates higher than those presented by the strain Pseudomonas sp. LFM046, besides 6 isolates producing P3HB and PHAMCL mixtures. The RECF1/RECR primers allowed the specific type I phaC genes detection in three P3HB producing bacteria and the P613F/P613R primers detected type I phaC genes in the polymer mixture producing isolates. A 4 kbp DNA fragment from a genomic library of the isolate RMP1058BII was detected using the P613F/P613R primers. This DNA fragment expression in a Pseudomonas strain mutated in phaC gene leaded to the production of small amounts of P3HB.
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Isolamento de bactérias produtoras de polihidroxialcanoatos e caracterização molecular de sua PHA sintase. / Isolation of polyhydroxyalkanoates producing bacteria and molecular characterization of their PHA synthase.

Daniela Carolina Pinto e Licio 21 September 2011 (has links)
Um total de 1.520 bactérias isoladas a partir de amostras de lodo de esgoto doméstico e de solo de área preservada foi avaliado para a produção de polihidroxialcanoatos (PHA) com os corantes lipofílicos Nile Red A e Sudan Black B, permitindo a detecção de 261 isolados. Ensaios de produção de PHA revelaram isolados produtores de P3HB apresentando valores superiores à linhagem Burkholderia sacchari LFM101 e valores de produção de PHAMCL superiores à linhagem Pseudomonas sp. LFM046, além de 6 isolados produtores da mistura de P3HB e PHAMCL. Os primers RECF1/RECR permitiram a detecção específica do gene phaC do tipo I de três bactérias produtoras de P3HB, e os primers P613F/P613R detectaram genes phaC do tipo I em bactérias produtoras da mistura de polímeros. Um fragmento de DNA de 4 kpb de uma biblioteca genômica do isolado RMP1058BII, produtor da mistura de P3HB e PHAMCL, foi detectado utilizando os primers P613F/P613R, e a expressão desse fragmento de DNA uma linhagem de Pseudomonas mutada no gene phaC levou à produção de pequena quantidade de P3HB. / A total of 1520 isolates from domestic sewage sludge or soil of preserved area were evaluated in regards of PHA production using the lipophilic Nile Red A or Sudan Black B dyes, allowing the detection of 261 isolates. PHA production experiments revealed P3HB producing isolates at higher amounts than the strain Burkholderia sacchari LFM101 and PHAMCL production rates higher than those presented by the strain Pseudomonas sp. LFM046, besides 6 isolates producing P3HB and PHAMCL mixtures. The RECF1/RECR primers allowed the specific type I phaC genes detection in three P3HB producing bacteria and the P613F/P613R primers detected type I phaC genes in the polymer mixture producing isolates. A 4 kbp DNA fragment from a genomic library of the isolate RMP1058BII was detected using the P613F/P613R primers. This DNA fragment expression in a Pseudomonas strain mutated in phaC gene leaded to the production of small amounts of P3HB.
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Integrating the archaea, bacteria and fungi of the gut microbiome with human diet / Integrando arqueas, bactérias e fungos do microbioma intestinal humano com a dieta

Hoffmann, Christian 15 August 2013 (has links)
Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-24T20:12:44Z No. of bitstreams: 2 hoffmann_doctoralThesis_2013_final.v4_forPrint.pdf: 2888260 bytes, checksum: 4331871b2fa71a10777e85a507ba14c8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-24T21:00:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 hoffmann_doctoralThesis_2013_final.v4_forPrint.pdf: 2888260 bytes, checksum: 4331871b2fa71a10777e85a507ba14c8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-24T21:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 hoffmann_doctoralThesis_2013_final.v4_forPrint.pdf: 2888260 bytes, checksum: 4331871b2fa71a10777e85a507ba14c8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-08-15 / A dieta influencia a saúde sendo uma fonte de nutrientes e toxinas, e por moldar a composição de populações microbianas residentes no corpo humano. Estudos prévios começaram a mapear as associações entre a dieta e bactérias e vírus do microbioma intestinal humano. Este trabalho investiga as associações entre a dieta e populações arqueanas e fúngicas, tomando vantagem de amostras oriundas de 98 indivíduos bem caracterizados, e integra esses dados novos com o conhecimento corrente relacionado a bactérias e o microbioma intestinal humano. A dieta foi quantificada utilizando questionários que acessam a dieta usual e recente, e arquêas e fungos foram caracterizados usando genes marcadores obtidos de amostras fecais através e sequenciamento de DNA em larga escala de última geração. Foram encontrados 66 gêneros de fungos, geralmente com uma presença mutuamente exclusiva dos filos Ascomycota e Basidiomycota. Quanto as arquêas, Methanobrevibacter foi o gênero mais prevalente, presente em 30% das amostras. Diversas outras arquêas foram detectadas com abundancia e frequência mais baixa. Uma miríade de associações foi observada entre fungos e arquêas e a dieta, entre fungos e arquêas, e entre estes e linhagens bacterianas. Metanobrevibacter e Candida foram positivamente associados com uma dieta rica em carboidratos, e negativamente com dietas ricas em amino acidos, proteínas e ácidos graxos. Dados publicados previamente enfatizam que a estrutura das populações bacterianas no intestino são primariamente com hábitos alimentares de longo prazo, porém, uma abundancia alta de Candida foi fortemente associada com a ingestao recente de carboidratos. A abundância de Methanobrevibacter foi associada tanto com a ingestão usual ou recente de carboidratos. Estes resultados confirmam estudos direcionados anteriores e provém varias novas associações a serem consideradas quando modelando os efeitos da dieta no microbioma intestinal e a na saúde humana. / Diet influences health as a source of nutrients and toxins, and by shaping the composition of resident microbial populations. Previous studies have begun to map out associations between diet and the bacteria and viruses of the human gut microbiome. This work investigates associations of diet with fungal and archaeal populations, taking advantage of samples from 98 well-characterized individuals, and integrates this novel data with the current knowledge regarding the bacteria of the human gut microbiome. Diet was quantified using inventories scoring both long-term and recent diet, and archaea and fungi were characterized by deep sequencing of marker genes in DNA purified from stool. For fungi, we found 66 genera, with generally mutually exclusive presence of either the phyla Ascomycota or Basiodiomycota. For archaea, Methanobrevibacterwas the most prevalent genus, present in 30% of samples. Several other archaeal genera were detected in lower abundance and frequency. Myriad associations were detected for fungi and archaea with diet, with each other, and with bacterial lineages. Methanobrevibacter andCandida were positively associated with diets high in carbohydrates, but negatively with diets high in amino acids, protein, and fatty acids. Previously published data emphasized that bacterial population structure was associated primarily with long-term diet, but high Candida abundance was most strongly associated with the recent consumption of carbohydrates. Methobrevibacter abundance was associated with both long term and recent consumption of carbohydrates. These results confirm earlier targeted studies and provide a host of new associations to consider in modeling the effects of diet on the gut microbiome and human health.

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