Thesis (Ph. D.)--Auburn University. / Abstract. Vita. Includes bibliographical references.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

The genus Loricaria Linnaeus of the family Loricariidae is diagnosed as a monophyletic group based on two uniquely derived synapomorphies: lower lip surfaces covered with filiform papillae and absence of buccal papillae surrounding the dentary teeth. Loricaria are small to moderate-sized catfishes widely distributed throughout most of the major river drainages of cis-Andean South America, including the Amazon, Orinoco, Paraguay, Paraná, and smaller coastal rivers draining the Guyana and Brazilian Shields. Based on multivariate analyses of morphometric and meristic data in combination with qualitative assessment of external morphological characters, 15 nominal species are accepted as valid, with an additional nine described as new. Among the nominal species, L. lentiginosa is synonymized with L. prolixa. Loricaria carinata is resurrected from synonymy with L. cataphracta and L. simillima is treated as a junior synonym of L. carinata. Formal diagnoses, descriptions, and a key to all 24 species are provided. Phylogenetic analyses of Loricaria and related taxa (Spatuloricaria, Crossoloricaria, Planiloricaria, Brochiloricaria, Paraloricaria, and Ricola) based on a combined data set of 32 gap-coded quantitative (morphometric and meristic) characters and 24 qualitative characters derived from external morphology resulted in fully resolved, but poorly supported phylogenies under equal weights and implied weighting criteria. Implied weights analyses using a concavity constant (K) of 24-49 recovered Loricaria as a monophyletic group with L. piracicabae as basal and sister to six terminal clades containing all other species. Species originally described as Loricaria, but subsequently transferred to Brochiloricaria, Paraloricaria, and Ricola, were recovered as paraphyletic in each analysis and should be treated as congeneric with Loricaria. Distributions of Loricaria exhibit patterns of endemism similar to those documented for other groups of Neotropical fishes. Species diversity is highest in the Amazon basin (13 species, including 10 endemics), followed by the Paraguay region (5 species, including 4 endemics), Guianas region (5 species, including 2 endemics), Orinoco basin (3 species, including 2 endemics), and a single species occurring in both the São Francisco basin and drainages of Northeastern Brazil. Loricaria is apparently absent from coastal Atlantic drainages south of the São Francisco basin. Such shared patterns of endemism provide some insight into past geomorphological processes that have influenced diversification in Loricaria and serves as a foundation for further tests of biogeographic hypotheses based on phylogenetic and geological evidence.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000410923-Texto+Completo-0.pdf: 13934438 bytes, checksum: ee355e5c27aa53c04afc0422aafa6e74 (MD5) Previous issue date: 2008 / A phylogenetic analysis of the Neoplecostominae was performed under the maximum parsimony optimality criterion, based on characters originally proposed in this study as well as on characters from previous analyses. Seventy one taxa were included in the analysis, 12 as outgroup and 59 as ingroup. In this analysis all species of Pareiorhaphis, Pareiorhina and Kronichthys were included as well as most of the species of Neoplecostomus and Isbrueckerichthys. Were also included five genera of the Hypoptopomatinae (Parotocinclus, Eurycheilichthys, Epactionotus, Otocinclus and Hisonotus), all species of Hemipsilichthys and most of Delturus. The analysis of the 303 characters from external morphology and anatomy resulted in two maximally parsimonious cladograms with 2171 steps, consistency index of 0. 21 retention index of 0. 66. The genera Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis, Pareiorhina, and Kronichthys were recovered as monophyletic. The subfamily Neoplecostominae is considered monophyletic and includes the genera Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis and an undescribed genus. The relationships among the genera included in the Neoplecostominae recovered Isbrueckerichthys and Neoplecostomus as sister-groups and more related to Pareiorhaphis. The new genus is basal, sister to the genera mentioned above. Pareiorhina and Kronichthys were recovered as sister to each other and more related to the members of the Hypoptopomatinae, and are transferred to that subfamily. The basal position of Delturus and Hemipsilichthys in the family was confirmed in the present analysis, corroborating previous hypothesis. Delturinae includes the genera Delturus and Hemipsilichthys. Phylogenetic relationships among Delturinae are (Hemipsilichthys nimius (H. gobio + H. papillatus)) (Delturus brevis (D. angulicauda + D. parahybae)).Several new species were recognized: six Pareiorhaphis, one Neoplecostomus, two Pareiorhina, one Kronichthys, and one Hisonotus. Finally, three new genera were recognized, one Neoplecostominae and two Hypoptopomatinae. / A análise filogenética de Neoplecostominae foi realizada pelo método de parcimônia, com base em caracteres originalmente propostos e oriundos de análises prévias. Foram analisados 71 táxons terminais, sendo 12 considerados como grupo-externo e 59 como grupo-interno. Nessa análise foram incluídas todas as espécies dos gêneros: Pareiorhaphis, Pareiorhina e Kronichthys, a maioria das espécies de Neoplecostomus e Isbrueckerichthys. Também foram incluídos cinco gêneros de Hypoptopomatinae (Parotocinclus, Eurycheilichthys, Epactionotus, Otocinclus e Hisonotus), todas as espécies de Hemipsilichthys, e a maioria das espécies de Delturus. A análise dos 303 caracteres morfológicos externos e anatômicos, resultou em dois cladogramas maximamente parcimoniosos com 2171 passos, índice de consistência de 0,21 e índice de retenção de 0,66. Os gêneros Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis, Pareiorhina, e Kronichthys foram recuperados como monofiléticos. A subfamília Neoplecostominae é considerada monofilética e inclui os gêneros Neoplecostomus, Isbrueckerichthys, Pareiorhaphis e um novo gênero. As relações de parentesco entre os gêneros incluídos em Neoplecostominae recuperam Isbrueckerichthys e Neoplecostomus como grupos-irmãos e mais relacionados a Pareiorhaphis. O novo gênero é mais basal, grupo-irmão dos gêneros acima. Pareiorhina e Kronichthys foram recuperados como grupos-irmãos e são mais relacionados com os membros de Hypoptopomatinae, e foram transferidos para esta subfamília. A posição basal de Delturus e Hemipsilichthys foi confirmada na presente análise, corroborando com hipóteses prévias. Delturinae inclui os gêneros Delturus e Hemipsilichthys. As relações de parentesco mostraram (Hemipsilichthys nimius (H. gobio + H. papillatus)) (Delturus brevis (D. angulicauda + D. parahybae)). Foram reconhecidas seis novas espécies de Pareiorhaphis, uma de Neoplecostomus, duas de Pareiorhina, uma de Kronichthys, uma de Hisonotus, além de três novos gêneros, um representante de Neoplecostominae e dois incluídos em Hypoptopomatinae.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000448697-Texto+Completo-0.pdf: 1821163 bytes, checksum: 8ebb362c20f003840cd87e504cc220af (MD5) Previous issue date: 2013 / The genus monotypical Schizolecis was proposed by Britski & Garavello (1984), being Microlepidogaster guntheri Miranda Ribeiro, 1918 the type species. Its distribution occurs from the north of the state of Santa Catarina until the north of the state of Rio de Janeiro, Brazil, comprising several coastal river basins. Due to the act that the genus is widely distributed in such isolated river basins, it was suggested the possibility of more than one species being included in what today we know as Schizolecis guntheri. To test this hypothesis, the following morphometric analysis were performed: tradition biometry and comparision of the interval of proportions; multivariate analyses of Principal Components and Canonical Variables and multivariate analyses of geometric morphometry using Relative Warps. Perceptible differences were not found among the individuals of the populations analyzed of Schizolecis guntheri, being only detected a gender dimorphism among the samples from Baía da Ilha Grande, in the state of Rio de Janeiro. A taxonomic revision was performed, together with a redescription of the genus and species. According to the results, it is concluded that all populations in differents coastal river basins of the state of Santa Catarina until the state of Rio de Janeiro, are a single species Schizolecis guntheri. / O gênero monotípico Schizolecis foi proposto por Britski & Garavello (1984), com Microlepidogaster guntheri Miranda Ribeiro, 1918 a espécie-tipo. Sua distribuição ocorre do norte do estado de Santa Catarina até o norte do estado do Rio de Janeiro, Brasil, compreendendo diversas bacias hidrográficas costeiras. Devido ao fato do gênero estar amplamente distribuído em bacias hidrográficas isoladas, sugeriu-se que haveria a possibilidade de mais de uma espécie estar incluída no que hoje conhecemos como Schizolecis guntheri. Para testar essa hipótese, foram realizadas as seguintes análises morfométricas: biometria tradicional e comparação de intervalo de proporções; análises multivariadas de Componentes Principais e Variáveis Canônicas e análises multivariadas de morfometria geométrica utilizando Relative Warps. Não foram encontradas diferenças significativas entre os indivíduos das populações analisadas de Schizolecis guntheri, sendo detectado apenas um dimorfismo sexual entre os exemplares pertencentes à Baía da Ilha Grande, no estado do Rio de Janeiro. Foi realizada uma revisão taxonômica, juntamente com a redescrição de gênero e espécie. Conforme resultados, conclui-se que todas as populações nas diversas bacias hidrográficas costeiras, de Santa Catarina ao Rio de Janeiro, são uma única espécie, Schizolecis guntheri.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438126-Texto+Completo-0.pdf: 8216166 bytes, checksum: 09a1819f75864391af4634c2bb50e051 (MD5) Previous issue date: 2012 / A taxonomic revision and phylogenetic analysis of the genus Dasyloricaria were performed. This group belongs to the catfish family Loricariidae, subfamily Loricariinae and its distribution is strictly Trans Andean. Within the loricariines, individuais in Das yloricaría can reach more than 20 cm of Standard Length. The taxonomic revision was based on 142 specimens of the main river basins of Colombia, Venezuela and Panama, from which were obtained rneasurements and counts. In this study are proposed as valid the species DasylorÊcaría jilarnentosa (Steindachner) from the upper, middie and lower Magdaiena River, lower Cauca River and Sinú River basin in Colombia, and the Maracaibo Lake basin m Venezuela, and Dasyloricaria latiura (Eigenmann & Vance) from the Atrato River basin in Colombia and Tuyra River basin m Panama, as well as a description of a new species, Dasyloricaria n. sp. , from the middie and upper portions of the Magdaiena River, Coiombia. Redescriptions of the previousiy described species and the description of the new species are presented, including diagnosis, color in alcohol, distribution, sexual dimorphism, comments on each species, and an identification key of the species. After the taxonomic revision, a phylogenetic analysis was conducted based on 187 morphological characters (osteology and extemal morphology) and 23 terminal taxa. Species belonging to five subfamilies of the Loricariidae were included:Dasyloricaria filarnentosa, D. latiura, Dasyloricaria n. sp, Rineloricaria strigilata, R. microlepidogaster, Spatuloricaria sp. Tocantins, Spatuloricaria sp. Xingu, Ixinandria steinbachi, Loricaria cataphracta, L. clavipinna, Pseudoloricaria sp. , Pseudoherniodon sp. , Loricariichthys anus, Hemiodontichthys acipenserinus, Harttia loricarformis, Siurisorna rostratum, S. robustum (Loricariinae), Hypostomus pyrineusi, Ancistrus reisi (Hypostominae), Eurycheilichthys pantherinus, Otocinclus xakriaba (Hypoptopomatmae), Neoplecostomus microps (Neoplecostominae), and Delturus brevis (Delturinae). Were obtained three equaily most parsimonious trees of 1006 steps each, consistency index of 0. 34 and retention index of 0. 52. Dasyloricaria was recovered as a monophyletic unit, presenting nine unique synapomorphies. Spatuloricaria is proposed as the sister group of Dasyioricaria. This ciade is supported by tbree unique synapomorphies, and was observed to be the most derived clade within the analysis. Rineloricariina sensu Isbrücker was not recovered as inonophyletic. Relationships between Rineloricaria and (Spatuloricaria + Dasyloricaria) vere not resolved, even when they were found related within the analysis. Harttiini is found as monophyletic, including the genera Harttia and Sturisoma. Also, both Loricariini and Loricariinae are recovered as monophyletic. / Foram realizadas a revisão taxonômica e uma análise filogenética do gênero Dasyloricaria. Este grupo de cascudos pertence à família Loricariidae, subfamília Loricariinae e a sua distribuição é estritamente Transandina. Dentro dos loricarineos, em Das yloricaria se encontram indivíduos que podem atingir mais de 20 cm de Comprimento Padrão. A revisão taxonômica foi baseada em 142 exemplares das principais bacias da Colômbia, Venezuela e Panamá, dos quais foram obtidas medidas e contagens. São propostas como válidas as espécies Dasyioncaria Jilamentosa (Steindachner) das porções alta, média e baixa do rio Magdalena, baixo rio Cauca e bacia do rio Sinú na Colômbia, e bacia do lago de Maracaibo na Venezuela, e Dasyloricaria latiura (Eigenmann & Vance) da bacia do rio Atrato na Colômbia e bacia do rio Tuira no Panamá, além da descrição de urna nova espécie, Dasyloricaria sp, nov. , da porção média e alta do rio Magdalena, na Colômbia. Foram realizadas as redescrições das espécies previamente descritas e a descrição da nova espécie, assim como diagnoses, coloração no álcool, distribuição, dimorfismo sexual, comentários em cada uma delas e uma chave de identificação das espécies.Posterior à revisão taxonômica, uma análise filogenética foi realizada. Esta análise foi conduzida a partir de 187 caracteres morfológicos (osteologia e morfologia externa) e 23 táxons terminais. Foram incluidas espécies pertencentes a cinco subfamílias de Loricariidae: Das loricaria filarnentosa, D. latiura, Dasyloricaria sp. nov. , Rineloricaria strigilata, R. microlepidogaster, Spatuloricaria sp. Tocantins, SpatuÍoricaria sp. Xingu, Ixinandria steinbachi, Loricaria cataphracta, L. ciavipinna, Pseudoíoricaria sp. , Pseudoherniodon sp. , Loricariichthys anus, Hemiodontichthys acipenserinus, Harttia loricarfrmis, Sturisoma rostratum, S. robustum (Loricariinae), Hypostornus pyrineusi, Ancistrus reisi (Hypostorninae), Eurycheilichthys pantherinus, Otocinclus xakriaba (Hypoptopomatínae), Neoplecostomus rnicrops (Neoplecostominae) e Delturus brevis (Delturinae).Foram obtidas três árvores igualmente parcimoniosas de 1006 passos, índice de consistência de 0,34 e índice de retenção de 0,52. Dasyloricaria foi recuperado corno um grupo monofiletico apresentando nove sínapomorfias exclusivas. Spatuloricaria é proposto ser o grupo irmão de Dasyloricaria. Este dado é suportado por três smapomorfias exclusivas, e é observado ser o agrupamento mais derivado dentro da análise. Rineloricarima sensu Isbrücker não foi recuperado como monofilético. As relações entre Rineloricaria e (Spatuloricaria + Dasylorícaria) não foram resolvidas, ainda quando foram achados próximos na análise. Harttiini foi encontrada monofiletica, incluindo os gêneros Harttia e Sturisoma. Igualmente, tanto Loricariini, como Loricariinae são recuperadas como monofiléticas.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000418843-Texto+Completo-0.pdf: 3552633 bytes, checksum: 84ec8875567ea185fbad22a2012002a8 (MD5) Previous issue date: 2009 / The Loricariidae, or armored catfishes, is one of the most diverse fish families, currently containing nearly 800 recognized species. They are solely freshwater inhabitants, with a distribution from Uruguay and Argentina to Costa Rica. Loricariids occur in every kind of waters, from cool mountain streams to lakes in the Amazon floodplain and reach sizes from a few centimeters up to more than one meter. Though the first species have been described by Linnaeus in 1758 and much effort has been done, especially in the last 15 years, their phylogenetic relationships could be only partly resolved so far. In particular, molecular analyses showed some groupings that conflict with the results from morphological analyses. The most problematic groups are the subfamilies Hypostominae, Hypoptopomatinae, and Neoplecostominae. Both morphologic and molecular studies suggest that the latter two form a monophyletic group, although leaving doubts if they are monophyletic separately. Therefore, the Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were chosen as subjects for the present project. In a flrst study, sequences from a 709 basepair fragment of the first subunit of the mitochondrial cytochrome e oxidase gene (COI) were used. The maximum parsimony (MP) and maximum likelihood (ML) analyses included data from 83 loricariid species from 29 genera representing five loricariid subfamilies. Additionally, eight species from four closely related families were used as outgroup. The results conflrmed the Delturinae as the most basal subfamily and showed the Hypoptopomatinae + Neoplecostominae as sister to the Hypostominae. Corroborating previous molecular studies, the Neoplecostominae was monophyletic only when including the hypoptopomatine genus Pseudotocinclus.The Hypoptopomatinae formed a paraphyletic group, embracing the Neoplecostominae. In a second study, more taxa as well as partial sequences from the nuclear recombination activating genes 1 (RAG1) and 2 (RAG2), and the F-Reticulon 4 gene were included, increasing the data set to a total of 136 species and 4678 basepairs. The MP, ML, and Bayesian analyses confirmed most previous molecular results, but some new polyphyletic taxa were found such as Pareiorhaphis, Neoplecostomus, and the Neoplecostominae. To try to better understand the conflicts between the morphological and molecular approaches and to reach a more complete solution, a total evidence analysis was undertaken, since this approach had already yielded good solutions for similar problems. A new data set with a total of 207 species and concatenated sequences from COl, RAG1, and RAG2, as well as 472 morphological characters from previous studies was analyzed using MP, resulting in the largest catflsh phylogeny done so far. The Hypoptopomatinae and the Neoplecostominae were recovered as monophyletic sister groups, the latter including the genus Pseudotocinclus. Inside the Neoplecostominae, only the genus Pareiorhina remained polyphyletic, probably because of the lack of morphological data. The phylogeny of the genus Pareiorhaphis showed a previously unknown structured biogeographic pattern. From the two hypoptopomatine tribes, Hypoptopomatini was recovered as monophyletic, but Otothyrini remained paraphyletic. Although three monophyletic clades were found for the genus Parotocinclus, part of its species remained scattered in the phylogeny. Summarizing, the total evidence analysis was able to resolve several of the previous uncertainties in the loricariid phylogeny, but a further complementation of characters and an expansion of the taxon sampling will be necessary to completely resolve the phylogenetic relationships of this group. / Loricariidae é uma das mais diversas famílias de peixes, atualmente incluindo cerca de 800 espécies reconhecidas. Os loricarídeos são popularmente conhecidos como cascudos ou acaris e têm tamanho de poucos centímetros a mais que um metro. São encontrados somente em água doce, com ampla variação tanto na temperatura, como tipo de ambiente, ou seja, podem ser encontrados desde em córregos frios das montanhas até em lagos da área de inundação do rio Amazonas. A distribuição do grupo é ampla, abrangendo praticamente todas as bacias hidrográficas da América do Sul e parte da América Central, da Argentina até a Costa Rica. Apesar das primeiras espécies terem sido descritas por Linnaeus em 1758 e do trabalho realizado deste então, especialmente nos últimos 15 anos, as relações filogenéticas dos loricarídeos estão apenas parcialmente resolvidas. Os resultados das análises moleculares são conflitantes com os agrupamentos propostos pelas análises morfológicas e um consenso ainda não foi alcançado. Os grupos mais problemáticos são as subfamílias Hypostominae, Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os estudos morfológicos e moleculares sugerem que Hypoptopomatinae e Neoplecostominae formam um grupo monofilético, porém a monofilia das mesmas ainda é incerta. Por esta razão, o principal objetivo da presente tese é testar a monofilia destas duas subfamílias atráves de uma análise de evidência total. Num primeiro estudo, sequências de um fragmento de 709 pares de bases da primeira subunidade do gene mitocondrial citocromo c oxidase (COI) foram usadas. As análises de Máxima Parcimônia (MP) e de Máxima Verossimilhança (ML) incluíram dados de 83 espécies, pertencentes a 29 gêneros, representando cinco subfamílias de Loricariidae. Adicionalmente, oito espécies de quatro famílias próximas foram usadas como grupo externo.Os resultados confirmaram Delturinae como a subfamília mais basal e mostraram a Hypoptopomatinae + Neoplecostominae como grupo irmão de Hypostominae. Corroborando estudos moleculares anteriores, Neoplecostominae é monofilética somente quando incluído o gênero Pseudotocinclus (Hypoptopomatinae). Neoplecostominae ficou inserida dentro de Hypoptopomatinae, que assim formou um grupo parafilético. Num segundo estudo, foram adicionados mais táxons e sequências parciais dos genes nucleares recombination activating gene 1 (RAG1) e 2 (RAG2) e F-Reticulon 4, resultando na análise de 136 espécies e 4678 pares de bases. As análises de MP, ML e Bayesianas confirmaram a maioria dos resultados moleculares anteriores, exceto pela polifilia de Pareiorhaphis, Neoplecostomus e Neoplecostominae. A análise final dos dados constituiu uma análise de evidência total, com o intuito de compreender melhor os conflitos entre as análises morfológicas e moleculares e encontrar, assim, uma solução mais robusta para o grupo. O novo conjunto de dados inclui 207 espécies e sequências concatenadas de COI, RAG 1 e RAG2, bem como 472 caracteres morfológicos de estudos anteriores, resultando na maior filogenia de bagres já elaborada. A análise de MP confirmou a monofilia de Hypoptopomatinae e de Neoplecostominae + Pseudotocinclus. Dentro de Neoplecostominae, somente o gênero Pareiorhina ficou polifilético, provavelmente devido à falta de dados morfológicos. A filogenia do gênero Pareiorhaphis revelou um padrão biogeográfico de distribuição previamente desconhecido. Das duas tribos de Hypoptopomatinae, Hypoptopomatini foi recuperada como monofilética, mas Otothyrini se manteve parafilética. O gênero Parotocinclus ficou polifilético, formando três ciados monofiléticos e parte das espécies espalhada na filogenia.O resultado obtido pela análise de evidência total conseguiu resolver vários conflitos entre as propostas filogenéticas anteriores para Loricariidae. Porém, os grupos não resolvidos foram os que apresentaram a menor quantidade de caracteres, mostrando que, para resolver as relações filogenéticas dentro desta família, é necessária a complementação dos caracteres, assim como a adição de novos táxons.

Made available in DSpace on 2014-07-25T02:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459709-Texto+Completo-0.pdf: 3714065 bytes, checksum: 4fcd0f5d0579f7b7f442276742c97b5f (MD5) Previous issue date: 2014 / Previous phylogenetic analyses and the discovery of five new taxa of Hypoptotopomatini raised doubts concerning the relationships of the tribe. Therefore, in order to elucidate the phylogenetic relationships and to test the monophyly of Hypoptopoma and Nannoptopoma, and to test the position of Niobichthys and Otocinclus, the present study aims to provide an encompassing hypothesis of relationships among the Hypoptopomatini, comprising most species of Hypoptopoma, five new taxa and the other genera of the tribe. We analyzed a data matrix of 101 morphological characters, 82 of which from the literature and 19 new characters are suggested, with the inclusion of 65 terminals. The analyses were conducted using the heuristic searching algorithm of multiple “Random Addition Sequence (RAS)” followed by branch swapping with the algorithm “Tree Bissection and Reconnection (TBR)”. The analysis resulted in 64 maximally parsimonious trees of 443 steps, consistency index of 0. 34 and retention index of 0. 81. The 64 primary cladograms were then summarized in a strict consensus tree. The result confirms the monophyly of Hypoptopomatinae and Hypoptopomatini. The tribe comprises six known genera: Acestridium, Hypoptopoma, Nannoptopoma, Niobichthys, Otocinclus and Oxyropsis and two new taxa. Additionally, Otocinclus is found to be the most basal member of the tribe; Acestridium and Niobichthys are sister to each other and closely related to a group formed by Nannoptopoma + New Taxa “A”, and New Taxa “B” + Oxyropsis + Hypoptopoma. Based on this framework on, changes to the classification and the taxonomy of the Hypoptopomatini are suggested. / A partir das diferentes análises filogenéticas previamente propostas e do conhecimento de cinco novos táxons pertencentes à Hypoptopomatini, surgiram questionamentos a respeito das relações de parentesco dentro da tribo. Assim, a fim de esclarecer as relações filogenéticas e testar o monofiletismo de Hypoptopoma, testar a hipótese de sinonímia de Nannoptopoma e Hypoptopoma, e testar as posições de Niobichthys e de Otocinclus, o estudo tem como objetivo apresentar uma hipótese de relações para Hypoptopomatini, incluindo a maioria das espécies de Hypoptopoma, cinco possíveis novos táxons e os demais gêneros da tribo. Foi construída uma matriz de 101 caracteres morfológicos, do quais 82 foram retirados da literatura e 19 novos propostos, analisados em 65 táxons terminais. Foram realizadas buscas heurísticas com o programa TNT através de múltiplos “Random Addition Sequences” seguida de rearranjos dos ramos “Tree Bissection and Reconnection”. Ao encontrar 64 árvores maximamente parcimoniosas com 443 passos, índice de consistência 0. 34 e índice de retenção 0. 81, essas árvores foram sumarizadas em um cladograma de consenso estrito. Os resultados encontrados corroboram a monofilia de Hypoptopomatinae e de Hypoptopomatini. A tribo é formada por seis gêneros já descritos: Acestridium, Hypoptopoma, Nannoptopoma, Niobichthys, Otocinclus e Oxyropsis; e por dois gêneros novos. Adicionalmente, demonstra-se que Otocinclus é o gênero mais basal da tribo; Acestridium e Niobichthys são grupos-irmãos, mais relacionados com um clado formado por dois grupos monofiléticos: Nannoptopoma + Novo Táxon “A”, e Novo Táxon “B” + Oxyropsis + Hypoptopoma. O conhecimento acerca das relações filogenéticas, da classificação e da taxonomia de Hypoptopomatini muda, sendo feitas sugestões para futuras mudanças nomenclaturais.

Made available in DSpace on 2014-08-13T02:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000460186-Texto+Completo-0.pdf: 4588179 bytes, checksum: 4532da491a69ae539a460cd8e0108839 (MD5) Previous issue date: 2014 / The genus Rineloricaria Bleeker (1862) currently comprises 65 valid species that are distributed from Panama in Central America to northern Argentina. Three Rineloricaria species are currently recorded from Peru: Rineloricaria lanceolata, with type locality in the district of "Xeberos" in the department of Loreto, R. morrowi and R. wolfei both species with type locality in the río Ucayali basin in the district Contamana. Peruvian Rineloricaria species are reviewed based on external morphology, osteological features and color pattern. Six species are recognized. The three species were validated and Rineloricaria morrowi and R. wolfei were redescribed. Rineloricaria lanceolata is differentiated by having irregular dark blotches on on all fins and two parallel bands on dorsum of head, by having a higher number of post-rostral plates and the anterior ventral margin of pectoral girdle straight; its distribution mainly comprises río Madre de Dios, río Amazonas and río Ucayali basins and their tributaries. Rineloricaria morrowi is distinguished by having five longitudinal lateral plate series, a dark line along both sides on ventral area of caudal peduncle, a dark spot at anal-fin unbranched ray base and a dark band at the distal region of the caudal; its distribution is restricted to the río Amazonas basin and tributaries. Rineloricaria wolfei, has four longitudinal lateral plate series, triangular head profile and wide dark brown stripe covering the first half of the caudal fin, fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate wider with globular shape (vs. fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate narrow with triangular shape), a set of plates between insertions of pelvic fins anterior to the posterior complex irregularly arranged in more than one row (vs. arranged in one row). Additionally, three new species were described: Rineloricaria sp."Loreto", distinguished by a strongly convex snout profile with naked snout tip area reduced to a narrow line and type locality at río Morona basin in Loreto State. Rineloricaria sp."Madre de Dios" is differentiated from all congeners except from R. fallax by having a conspicuous dar brown spot on nuchal plate (vs. nuchal plate without dark brown spot); it differs from R. fallax by having four longitudinal lateral plate series (vs. five longitudinal lateral plate series), having type locality in the quebrada Wiratkentsa in Loreto State. Rineloricaria sp."Pasco" is distinguished by having the naked area of snout tip as a globular protuberance and a narrow body, with type locality in Puerto Bermudez at Pasco State. Illustrations of species and osteological characters are presented. The diagnostic characters of the genus are discussed, as well as geographical distribution of Rineloricaria species occurring in Peru and its relationship with highly diverse areas in the Neotropics. / O gênero Rineloricaria Bleeker (1862) atualmente inclui 65 espécies válidas distribuídas desde o Panamá na América Central até o norte da Argentina. O Peru atualmente registra três espécies deste gênero: Rineloricaria lanceolata, com localidade tipo no distrito de “Xeberos” no departamento de Loreto, R. morrowi e R. wolfei ambas com localidade tipo na bacia do río Ucayali no distrito de Contamana. As espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru foram revisadas com base em características morfológicas externasassim como também osteológicas e o padrão de colorido, sendo reconhecidas seis espécies. As três espécies registradas foram validadas e Rineloricaria morrowi e R. wolfei foram redescritas. Rineloricaria lanceolata é diferenciada por possuir manchas escuras irregulares em todas as nadadeiras e duas faixas paralelas na região dorsal da cabeça, um maior numero de placas pós-rostrais e pela margem anterior do cleitro reta; sua distribuição compreende principalmente as bacias do río Madre de Dios, río Amazonas e río Ucayali e seus tributários. Rineloricaria morrowi se diferencia de seus congêneres por ter cinco series longitudinais de placas laterais e coloração ventral lateral do pedúnculo caudal, uma mancha escura na base do raio indiviso da nadadeira anal e uma banda escura na região distal da nadadeira caudal; sua distribuição está restrita a bacia do río Amazonas e tributários. Rineloricaria wolfei, possui quatro series longitudinais de placas laterais, perfil triangular da cabeça e uma barra marrom escura que cobre a primeira metade da nadadeira caudal, placas que se contatam com a margem anterior do complexo posterior de placas abdominais, entre a inserção das nadadeiras pélvicas, dispostas irregularmente ocupando mais de uma fileira (vs. placas organizadas em uma única fileira entre a inserção das nadadeiras pélvicas) e por possuir a placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial expandida e com forma globular (vs. placa dentígera ventral do quinto ceratobranquial estreita e triangular). Adicionalmente foram descritas três novas espécies: Rineloricaria sp. “Loreto”, diferenciada pelo focinho fortemente convexo com região nua reduzida a uma linha e com localidade tipo na bacia do río Morona no departamento de Loreto; Rineloricaria sp. “Madre de Dios” diferenciada de todos os seus congêneres exeto de R. fallax por possuir uma mancha marrom escura na placa nucal (vs. ausência de mancha na placa nucal) e com localidade tipo na quebrada Wiratkentsa no río Marañón no departamento de Loreto; e Rineloricaria sp. “Pasco” diferenciada por possuir a ponta do focinho com região nua em forma de protuberância globular e corpo estreito, com localidade tipo na quebrada Ataz em Puerto Bermudez no departamento de Pasco. Ilustrações de todas as espécies e caracteres osteológicos analisados são apresentadas. Os caracteres diagnósticos do gênero são discutidos, como também a distribuição das espécies de Rineloricaria que ocorrem no Peru e sua relação com áreas de grande diversidade Neotropical.