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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Relações filogenéticas entre espécies do gênero Lycalopex (Mammalia, Canidae) inferidas com o uso de marcadores do DNA mitocondrial

Favarini, Marina Ochoa January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000433349-Texto+Completo-0.pdf: 359550 bytes, checksum: e052ef7e8f6b6b30cecbb1a1eee1112e (MD5) Previous issue date: 2011 / South America harbors the greatest diversity of canids (Mammalia, Carnivora, Canidae) worldwide, containing representatives of six genera and a total of 10 species. The fossil record indicates that canid representatives have colonized South America from North America during the Great American Biotic Interchange, ca. 2. 5 million years ago (Mya). Current hypotheses postulate between one and four independent canid invasions to South America, with the exact number being a recurrent topic for controversy. Several morphological and molecular studies have attempted to unravel the phylogenetic relationships among canids, but many uncertainties remain. This is particularly the case of the South American fox clade corresponding to genus Lycalopex, which comprises six extant species. Recent studies have indicated that this genus has undergone a very rapid radiation ca. one million years ago, which underlies the historical difficulty in resolving the phylogeny of these canids. In this context, the present study aimed to reconstruct the phylogenetic relationships among the species comprised in this genus, as well as to date their divergences. We used multiple segments of the mitochondrial DNA (mtDNA), encompassing a total of 6000 bp. Several different phylogenetic methods were employed, with all trees converging on the same inter-specific topology. We included multiple individuals from each species, allowing us the evaluation of the monophyly of each of them (including L. sechurae, tested here for the first time). All species formed well-supported monophyletic clusters, corroborating their recognition as taxonomic entities. The single exception to this pattern was the identification of two L. vetulus individuals sampled in São Paulo state, Brazil, which bore mtDNA sequences that clustered within the L. gymnocercus clade. This result could indicate that L. gymnocercus is expanding its range in to São Paulo state, or else that these two species may by hybridizing in the wild. Molecular dating analyses indicated that the genus began its radiation ca. 1 Mya, corroborating earlier studies which reported a very recent origin for this canid group. The most basal species was L. vetulus, followed by L. sechurae. The most internal cluster contains L. culpaeus and L. fulvipes, with our results indicating that they diverged from each other ca. 390,000 years ago. On the basis of the reconstructed phylogenetic patterns, we discuss hypotheses regarding the biogeography of this genus, aiming to understand the history of its rapid diversification process in the Neotropics. / A América do Sul possui a maior diversidade de canídeos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis gêneros e um total de 10 espécies. O registro fóssil indica que representantes da família Canidae teriam saído da América do Norte e conquistado a América do Sul durante o Grande Intercâmbio Americano, há cerca de 2,5 milhões de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma única até quatro invasões independentes do continente sul-americano, sendo que o número exato é ainda motivo de controvérsias. Diversos estudos morfológicos e moleculares buscaram compreender as relações filogenéticas entre os canídeos, porém ainda há muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da América do Sul formado pelo gênero Lycalopex, que conta com seis espécies atuais. Estudos recentes indicam que este gênero sofreu uma radiação muito rápida há aproximadamente um milhão de anos, o que explica a dificuldade histórica em resolver a filogenia destes canídeos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as relações filogenéticas e datar a divergência entre as espécies componentes deste gênero, através do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes métodos de reconstrução filogenética, e todas as análises apoiaram a mesma árvore. Múltiplos indivíduos de cada espécie foram incluídos, viabilizando a avaliação da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as espécies formaram grupos monofiléticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxonômicas. Uma única exceção a este padrão foi a presença de dois indivíduos de L. vetulus provenientes de São Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expansão na distribuição desta última, ou hibridação entre estas espécies. As análises de datação molecular indicaram que o gênero iniciou sua radiação evolutiva há cerca de 1 milhão de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de canídeos. A espécie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno contém L. culpaeus e L. fulvipes, cuja divergência ocorreu há apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padrões filogenéticos inferidos, discutimos hipóteses sobre a biogeografia histórica do gênero, buscando compreender este rápido processo de diversificação endêmico da região neotropical.
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História evolutiva de Conepatus (Carnivora: Mephitidae): padrões biogeográficos de diversificação, investigação filogenética e revisão taxonômica do gênero

Rodrigues, Manoel Ludwig da Fontoura January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2013-10-11T13:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000451414-Texto+Completo-0.pdf: 10722032 bytes, checksum: b8263340ed1091c069ea4b99a9f81848 (MD5) Previous issue date: 2013 / Conepatus (Mammalia: Carnivora) comprises one of the least known groups of Neotropical mammals. Despite its broad distribution, ranging from southern North America to southernmost South America, few studies have been conducted on this genus. The lack of knowledge regarding the ecology, morphology and distribution of different populations hampers comparative studies, resulting in much of the group’s diversity remaining unknown. The most basic problem, however, seems to be the lack of studies regarding the evolutionary history and phylogenetic relationships among its populations, which are the main grounds for modern taxonomic classifications. A solid taxonomic arrangement is critical, since it is the principle that guides the description of all other aspects of a given population. Finally, understanding the evolutionary history of a taxon is important not only due to taxonomic concerns, but also because it is the cumulative knowledge on the diversification of different groups that allows the description of major biogeographic patterns. Attempting to shed light on several of these aspects, this study investigated phylogenetic patterns, evolutionary history, population structure, morphological variation and general distribution of Conepatus, which altogether led to a taxonomic revision. To accomplish this, molecular analyses were performed, based on 1,902 base pairs of the mitochondrial DNA and eight microsatellite loci. We also conducted two types of morphological surveys. The first one was based on a panel of 29 craniodental measurements, while the second one investigated the differentiation of external body features among previously identified populations. Finally, we performed an extensive search for geographic records in original publications and scientific collection databases. Overall, the results indicated that Conepatus is a highly structured genus, encompassing at least 10 distinct geographic groups. In addition, at least some of these groups presented a noticeable level of morphological differentiation in terms of general body aspects, which reinforces the identified population structure. With respect to distributional aspects, Conepatus seems to inhabit almost exclusively open habitats and dry forests, rarely being found in moist dense forests. Some distributional discontinuities could be identified, which may be directly linked to the complete or partial isolation between groups. The evolution of the genus is complex, and appears to be linked to broad biogeographic patterns. The coalescence of Central and South American groups was estimated in ca. 3. 2 million years ago (MYA), supporting the hypothesis that this genus colonized South America right after the complete closure of the Panama Isthmus, ca. 2. 8 MYA, during the Great American Biotic Interchange. The coalescence of the South American populations, however, is far more recent (ca. 0. 85 MYA), suggesting a complex evolutionary history, possibly linked to the peculiar vegetation dynamics that took place in South America during the cycles of Pleistocene ice ages. Finally, a new taxonomic arrangement is proposed, suggesting that all 10 identified groups could be elevated to the rank of species, due to the observed pattern of differentiation among these lineages. / Conepatus (Mammalia: Carnivora) compreende um dos grupos de mamíferos neotropicais menos conhecidos. Apesar de apresentar uma extensa área de distribuição, indo do sul da América do Norte ao extremo sul da América do Sul, poucos estudos foram conduzidos até o momento sobre o gênero. A falta de conhecimento envolvendo ecologia, morfologia e distribuição das diferentes populações dificulta estudos comparativos, fazendo com que grande parte da diversidade do grupo permaneça desconhecida. O problema mais básico, contudo, parece ser a falta de estudos envolvendo sua história evolutiva e relações filogenéticas, disciplinas balizadoras da taxonomia moderna. Uma classificação taxonômica sólida é primordial para o estudo de qualquer grupo, já que é o princípio que norteia a descrição dos demais aspectos de uma determinada população. Além das contribuições taxonômicas, conhecer a história evolutiva de um táxon é importante também por que é a partir do entendimento cumulativo da estrutura da diversidade de vários grupos que se pode entender grandes padrões históricos. Assim, para contribuir com o conhecimento relativo a essas questões fundamentais, este estudo procurou revisar vários aspectos deste gênero. Entre eles estão padrões filogenéticos, evolutivos, morfológicos, de distribuição e de estrutura populacional, culminando assim em uma revisão taxonômica. Para tanto, foram realizadas análises moleculares baseadas em 1. 902 pares de base pertencentes a três fragmentos do DNA mitocondrial, além de oito locos de microssatélites nucleares. Também foram conduzidos dois tipos de análise morfológica.A primeira baseou-se em um painel de 29 medidas de crânio e dentes para identificar padrões de estrutura populacional, enquanto a segunda procurou por diferenças no padrão corporal geral entre algumas das populações identificadas. Finalmente, realizou-se uma extensa busca por registros de ocorrência geográfica do gênero em publicações originais e bases de dados de coleções científicas. Os resultados obtidos indicam que Conepatus é um gênero bastante estruturado geograficamente, apresentando, no mínimo, 10 grupos distintos. Também é possível afirmar que ao menos alguns dos grupos identificados apresentam um nível perceptível de diferenciação morfológica em termos de aspectos corporais gerais, o que reforça a idéia de estruturação neste grupo. A respeito dos padrões de distribuição, fica claro que o gênero habita quase que exclusivamente áreas de campo e florestas secas, sendo raramente encontrado em florestas densas. Algumas descontinuidades de distribuição podem ser percebidas, podendo estar diretamente ligadas ao isolamento total ou parcial dos grupos. A história evolutiva do gênero é complexa, e parece estar ligada a padrões biogeográficos amplos. A coalescência dos grupos da América do Sul e Central é de cerca de 3,2 milhões de anos atrás (MAA), apoiando a hipótese de que o gênero invadiu o continente sul-americano logo após o fechamento do Istmo do Panamá, há 2. 8 MAA. A coalescência das amostras sul-americanas, contudo, é bem mais recente (cerca de 0. 85 MAA), sugerindo uma evolução complexa, possivelmente ligada à dinâmica vegetacional intrincada da América do Sul ao longo das eras glaciais do Pleistoceno. Finalmente, a revisão taxonômica proposta sugere que os 10 grupos identificados sejam elevados à categoria de espécie, devido ao padrão observado de diferenciação entre estas linhagens.
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Sistemática filogenética das pererecas das famílias Centrolenidae e Allophrynidae (Amphibia: Anura)

García, Marco Antonio Rada January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2014-11-08T01:01:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000462497-Texto+Completo-0.pdf: 10847685 bytes, checksum: 165076ea77d05917e2cde7a738dd5a4f (MD5) Previous issue date: 2014 / Centrolenidae and Allophrynidae constitute a a large clade of neotropical treefrogs of approximately 148 species. Althought some studies have been addressed phylogenetically this group, a comprehensive phylogenetic analysis including a total evidence aproach has never been presented. The objetives of this study was: 1) test previosly phylogentic hypothesis in Centrolenidae and Allophrynidae; ii) test the monophyly of both families; iii) perform a new phylogenetic analysis using both DNA and phenotipic evidence and iv) analize the evolution of some morphological and behavior characters consistent with the hypothesized relationships proposed. This phylogentic analysis was based in 378 terminals (268 of ingroup) representing 145 spepcies, 189 phenotipic characters and approximately 8500pb of 13 genes. The phylogenetic analysis resulted in 34 most parsimonious trees of 67. 821 steps, which are summarized in a strict consensus cladogram. Concurring with previous studies, the Total Evidence phylogenetic analysis here performed corroborated the closely relationship between Allophrynidae and Centrolenidae families, it also corroborated the monophyly of subfamilies Hyalinobatrachiinae and Centroleninae.A new subfamily “Allobatrachinae and new genus “Allobatrachium” are erected to allocate “Allobatrachium” sp, which form the sister taxon of all others centrolenids. Within Hyalinobatrachiinae, the genera Hyalinobatrachium and Celsiella are corroborated as monophyletic. Other results support a sister-group relationship between Ikakogi, Celsiella + Hyalinobatrachium. Whitin Centroleninae, two main clades were recovered: the first includes the tribe Cochranellini and the second another clade no named but composed of two mayors groups Nymphargus + Centrolene. Whitin Cochranellini, the analyses also corroborated the monophyly of Cochranella, Espadarana, Rulyrana, Sachatamia, Chimerella and Vitreorana but, Teratohyla is demonstrably nonmonophyletic: ((Chimerella (Teratohyla + Vitreorana)) (Teratohyla ((Cochranella + Espadarana) (Rulyrana + Sachatamia)))). To reconcile this situation, the genus Chimerella (one species) and two species of Teratohyla (T. amelie and T. pulverata) are placed in the synonymy of Vitreorana. Rulyrana is redefined and now includes 12 species by adding three species previously placed in Sachatamia genus. / A família Centrolenidae é atualmente composto por 148 espécies; Allophrynidae, por sua parte, está constituída por apenas três espécies. Apesar de alguns estudos terem avaliado as relações destas duas famílias, uma hipótese compreensiva para estas famílias incorporando a evidência fenotípica e a molecular nunca foi proposta. Os objetivos deste trabalho foram: i) testar a hipótese de relações filogenéticas previas de Centrolenidae e Allophrynidae; ii) testar a monofilia destas duas famílias; iii) propor uma hipótese de relacionamento filogenético e iv) analisar a evolução de alguns caracteres morfológicos e comportamentais no contexto da nova hipótese de relações a ser proposta. Para isto, foi realizada uma análise filogenética baseada em 378 terminais (268 do grupo interno, representando 145 espécies), 189 caracteres fenotípicos e sequencias de 13 genes (ca de 8500 pb). A análise cladística de parcimônia deste estudo teve como resultado final 34 árvores igualmente parcimoniosas de 67. 821 passos. As árvores mais parcimoniosas apresentaram conflito em quatro pontos no relacionamento interno apresentado pelas espécies de Hyalinobatrachium: H. fleischmanni e H. tatayoi; Espadarana: E. prosoblepon e E. callistoma; Rulyrana: R. adiazeta e R. susatamai e Centrolene: Centrolene sp4, Centrolene sp5 e C. condor. Assim como em trabalhos prévios, este estudo corroborou a estreita relação entre as famílias Allophrynidae e Centrolenidae. A família Centrolenidae e as subfamílias Hyalinobatrachiinae e Centroleninae foram corroboradas como monofiléticas.A nova subfamília “Allobatrachinae” e novo gênero “Allobatrachium” são erigidos para alocar a espécie “Allobatrachium” sp, o táxon irmão de todos os centrolenídeos. Dentro de Hyalinobatrachiinae, os gêneros Hyalinobatrachium e Celsiella foram corroborados como monofiléticos. Ikakogi foi recuperado como grupo irmão Celsiella + Hyalinobatrachium. Dentro de Centroleninae, dois grandes clados foram recuperados: o primeiro deles apresenta a categoria taxonômica de tribo Cochranellini, e o segundo não se encontra nomeado e está conformado por Nymphargus + Centrolene. O monofiletismo destes dois últimos grupos foi corroborado. Dentro de Cochranellini, o monofiletismo de Cochranella, Espadarana, Rulyrana, Sachatamia, Chimerella e Vitreorana também foi corroborado, mas, contrariamente, Teratohyla não foi corroborado como monofilético. As relações entre esses gêneros é descrita como a seguir: ((Chimerella (Teratohyla + Vitreorana)) (Teratohyla ((Cochranella + Espadarana) (Rulyrana + Sachatamia)))). Para reconciliar esta situação, o gênero Chimerella (uma espécie) e duas espécies do gênero Teratohyla (T. amelie e T. pulverata) são alocadas na sinonímia do gênero Vitreorana. O gênero Rulyrana é expandido a 12 espécies ao incluir em sinonímia as três espécies atualmente reconhecidas do gênero Sachatamia.
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A família Pso2/Snm1 e suas possíveis funções na reparação de DNA e na manutenção genômica dos cromossomos

Bonatto, Diego January 2005 (has links)
O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.

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