Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-23T10:53:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T10:53:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) Previous issue date: 1999-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dados de suínos Duroc, Landrace e Large White foram utilizados para estimar componentes de (co)variância para tamanho de leitegada ao nascimento e ao desmame, peso de leitegada ao nascimento e aos 21 dias de idade e mortalidade do nascimento ao desmame, pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para se verificar qual o modelo mais adequado na avaliação genética animal: o modelo1, que continha o efeito genético direto; o 2, que continha os efeitos genéticos direto e materno; o 3, que continha o efeito direto e permanente de meio; e o 4, que incluía os efeitos direto, materno e permanente de meio. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram obtidas por meio da regressão das médias dos valores genéticos das características em função do ano de nascimento da porca. As herdabilidades direta e total apresentaram valores baixos a médios: 0,00 a 0,30 e 0,00 a 0,22, respectivamente, destacando a importância da seleção com base nas informações de parentes para o melhoramento genético destas características. A herdabilidade materna foi geralmente baixa: 0,00 a 0,17; e as correlações entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, evidenciando antagonismo entre estes efeitos. As correlações genéticas entre as características de peso e tamanho de leitegada foram positivas. Já as correlações genéticas entre essas características e taxa de mortalidade tenderam a ser negativas. Esses resultados indicam que devem ser utilizados procedimentos multivariados para que tais correlações não sejam desprezadas. Constatou-se que a inclusão do efeito materno, efeito permanente de meio ou de ambos, tendeu a obter valores maiores de loge L. O teste da razão de verossimilhança indicou diferentes modelos para diferentes características e raças, sendo o modelo 4 o mais adequado para a maioria das características. As estimativas de tendência genética dos efeitos diretos mostraram que pouco ou praticamente nenhum progresso ocorreu nas características de leitegada, e houve até mesmo tendências genéticas negativas, evidenciando a dificuldade de se obter ganhos genéticos expressivos nas características reprodutivas, concordando com as baixas herdabilidades apresentadas pelas mesmas. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno apresentaram-se, em geral, negativas, possivelmente em função das correlações genéticas negativas entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno. / Data of Duroc, Landrace and Large White breeds were used to estimate (co)variance components for birth litter size and at weaning, birth litter weight and at 21 days of age and mortality, from birth to weaning, using restricted maximum likelihood methodology. The likelihood ratio test was applied to verify, for each breed and trait, which model was more adapted, the model 1, that contains the direct genetic effect, the model 2, that contains the direct and maternal genetic effects, the model 3, that contains the direct and permanent environmental effect, and the model 4, that includes the effects direct, maternal and permanent environmental. Genetic direct and maternal trends estimates were obtained by regressing genetic values averages on dam birth year. The direct and total heritabilities had small to medium values, .00 to .30 and .00 to .22, respectively, highlighting the importance of relatives information in the selection program for improving these traits. The maternal heritability was generally low, .00 to .17; and the correlations among the additive direct and maternal genetic effects were, in general, high and negative, evidencing antagonism among these effects. The genetic correlations among litter weigh and size traits were positive. The genetic correlations between those traits and mortality rate tended to be negative. These results indicate that should be used multivariate methodologies that do not despise such correlations. The inclusion of the genetic maternal effect, permanent environmental effect or both effects, tended to obtain larger values of ln L. The likelihood ratio test indicated different models for different traits and breeds, and the model 4 was more adapted for most of the traits. Genetic direct trends estimates showed no progress or very small progress for litter traits, and in some cases there were even negatives, indicating the difficulty to get high genetic gain in reproductive traits, in agreement with small heritabilities presented by them. Genetic maternal trends estimates were, in general, negatives, possibly in function of negatives genetics correlations among direct and maternal genetic additive effect.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T18:48:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 607753 bytes, checksum: 6c910f242adb58351c752e924cd83694 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T18:48:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 607753 bytes, checksum: 6c910f242adb58351c752e924cd83694 (MD5) Previous issue date: 2005-05-20 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os objetivos deste estudo foram analisar, via simulação de dados, o efeito de diferentes pressuposições quanto à variância dos efeitos ambientais, frente a dados com determinada estrutura de variâncias, e verificar o comportamento de diferentes estratégias de análise frente ao desbalanceamento dos dados. Foram simulados dados referentes a um teste de progênie, do cruzamento de 30 progenitores masculinos com três genitores femininos diferentes cada um, onde cada cruzamento deu origem a dez indivíduos, distribuídos em três locais diferentes. O efeito fixo de local foi gerado de forma a não apresentar diferenças estatísticas significativas. Para cada indivíduo da prole foram geradas informações fenotípicas em cinco idades diferentes. Portanto, o arquivo de dados consistiu de 1020 indivíduos no total, sendo que 900 indivíduos apresentaram registros nas cinco idades, totalizando 4500 registros de produção. Para estudar o efeito da heterogeneidade das variâncias ambientais, em modelos de regressão aleatória adotou-se, modelos que ajustaram uma função polinomial de segundo grau para o efeito genético aditivo e de ambiente permanente e que ajustaram uma função polinomial apenas para o efeito genético aditivo foram analisados, considerando-se ou não a heterogeneidade da variância do efeito de ambiente temporário, gerando-se assim, quatro diferentes modelos de regressão aleatória. Além disso, os modelos de regressão aleatória, repetibilidade e multi-característica foram avaliados sob diferentes níveis de desbalanceamento dos dados. O modelo de regressão aleatória mais adequado foi aquele que considerou a heterogeneidade de variâncias dos efeitos de ambiente permanente e temporário. Assumir pressuposições incorretas sobre a estrutura de covariância dos efeitos aleatórios do modelo conduziu à alterações nas estimativas de componentes de covariância e nas estimativas dos parâmetros genéticos. Sob desbalanceamento sem seleção, todos os modelos apresentaram estimativas de herdabilidade bastante semelhantes aos resultados obtidos quando se considerou o conjunto de dados completos. Entretanto, quando se considerou o efeito da seleção, modelos de regressão aleatória com até 10% de desbalanceamento não promoveram alterações nas estimativas de componentes de variância. / The aim of this study was to analyze the effect of assuming different assumptions about environmental variance effects to data with certain variance structure, and verify genetic parameters estimates in different analysis strategies behind unbalanced data. A progeny test data was simulated, by crossing 30 male with three different female, where each crossing originated ten individuals, distributed in three different places. The fixed effect of place was generated in order not to present significant statistical difference. For each individual offspring, phenotypic information were generated in five different ages. Then, the data consisted in a total of 1020 individuals, in what 900 of them presented information in the five ages, computing 4500 observations of production. To verify the importance of consider or not the environmental heterogeneity of variance, in random regression models, models that adjusted a second polynomial function both for the additive genetic as for the permanent environmental effect and adjusted a polynomial function only for the additive genetic effect were analyzed, considering or not the variance heterogeneity of the temporary environmental effect, then generating four different random regression models. Moreover, the single-trait random regression model, the repeatability model and the multiple-trait model were analyzed on different lost of information levels. The most adequate random regression model was the one who considered both, the variance heterogeneity of permanent environmental effect, and the temporary environmental effect. Assuming the incorrect assumptions about the covariance structure of random effects of the model, conducted to change in the covariance components estimates and in the genetic ixparameters estimates. With incomplete data, without selection, all the models presented heritability estimates very similar to the results when complete data were considered. However, when effect of selection was considered, random regression models with less or equal to 10% of lost of information didn’t conduct to change in the covariance components estimates.

Experimentos conduzidos no delineamento látice ou reticulado são bastante comuns no melhoramento genético vegetal em que diversos materiais genéticos são comparados, principalmente nas etapas iniciais do programa, visando explorar com maior intensidade a variabilidade genética disponível. Em situações de restrições espaciais e financeiras estes delineamentos se destacam por permitir a comparação de todas as progênies em teste estando ou não instaladas no mesmo bloco. O objetivo do trabalho foi a avaliação de testes de progênies de milho (Zea mays L.), em diferentes ambientes para o caráter produção de grãos em t.ha-1. Duzentas e cinquenta e seis progênies foram instaladas em 4 estações experimentais do município de Piracicaba em diferentes anos agrícolas. Os dados de produção de grãos obtidos pelos diferentes ambientes foram analisados de forma individual e conjunta, a fim de verificar presença da interação genótipo × ambiente. O delineamento usado foi, portanto, o látice quadrado 16 × 16, com duas repetições em cada local. Duas abordagens experimentais foram confrontadas, considerando a estrutura de blocos incompletos parcialmente balanceados do látice e a outra em que cada repetição do látice foi analisada como se fosse um bloco completo. Uma maneira de se analisar estruturas experimentais como esta é utilizando modelos mistos, por meio da inclusão de fatores de efeito aleatório e, fazendo o uso da máxima verossimilhança restrita (REML) para estimar os componentes de variância associados a tais fatores com um menor viés. Além dos componentes de variância, os EBLUPs (melhores preditores lineares não viesados empíricos) também foram calculados e a partir deles foi verificada a correlação entre os diferentes ambientes, e a porcentagem de progênies selecionadas comparando-se os resultados obtidos pelas duas abordagens do conjunto de dados. Análises estatísticas foram implementadas utilizando o software gratuito R, com o pacote estatístico lme4. / Experiments conducted in the lattice design are quite common in plant breeding in which several genetic materials are compared, especially in the early stages of the program, aiming to explore more intensively the genetic variability available. In situations of space and financial constraints these designs stand out for allowing the comparison of all progenies being tested whether or not installed in the same block. The aim of the study was the evaluation of maize (Zea mays L.) progeny tests in different environments for grain yield in t.ha-1. Two hundred and fifty six progenies were tested in four experimental stations in the city of Piracicaba, in different agricultural years. Grain production data obtained by different environments were analyzed individually and jointly in order to verify the presence of genotype × environment interaction. Therefore, the square lattice design with dimension 16 × 16 was used with two replications in each location. Two experimental approaches were compared, considering the partially balanced incomplete block structure of the lattice and the other in each repetition of the lattice was analyzed as if it were a complete block. One way to analyze experimental structures like this is with the use of mixed models, by adding random effect factors, and by making use of the restricted maximum likelihood (REML) for estimating the variance components associated with such factors with less bias. Besides the variance components, EBLUPs (empirical best linear predictor unbiased) were also calculated and from them was checked the correlation between the different environments, and the percentage of selected progenies comparing the results obtained by the two assembly approaches data. Statistical analyzes were implemented for the open-souce software R, using the statistical package lme4.

Experimentos conduzidos no delineamento látice ou reticulado são bastante comuns no melhoramento genético vegetal em que diversos materiais genéticos são comparados, principalmente nas etapas iniciais do programa, visando explorar com maior intensidade a variabilidade genética disponível. Em situações de restrições espaciais e financeiras estes delineamentos se destacam por permitir a comparação de todas as progênies em teste estando ou não instaladas no mesmo bloco. O objetivo do trabalho foi a avaliação de testes de progênies de milho (Zea mays L.), em diferentes ambientes para o caráter produção de grãos em t.ha-1. Duzentas e cinquenta e seis progênies foram instaladas em 4 estações experimentais do município de Piracicaba em diferentes anos agrícolas. Os dados de produção de grãos obtidos pelos diferentes ambientes foram analisados de forma individual e conjunta, a fim de verificar presença da interação genótipo × ambiente. O delineamento usado foi, portanto, o látice quadrado 16 × 16, com duas repetições em cada local. Duas abordagens experimentais foram confrontadas, considerando a estrutura de blocos incompletos parcialmente balanceados do látice e a outra em que cada repetição do látice foi analisada como se fosse um bloco completo. Uma maneira de se analisar estruturas experimentais como esta é utilizando modelos mistos, por meio da inclusão de fatores de efeito aleatório e, fazendo o uso da máxima verossimilhança restrita (REML) para estimar os componentes de variância associados a tais fatores com um menor viés. Além dos componentes de variância, os EBLUPs (melhores preditores lineares não viesados empíricos) também foram calculados e a partir deles foi verificada a correlação entre os diferentes ambientes, e a porcentagem de progênies selecionadas comparando-se os resultados obtidos pelas duas abordagens do conjunto de dados. Análises estatísticas foram implementadas utilizando o software gratuito R, com o pacote estatístico lme4. / Experiments conducted in the lattice design are quite common in plant breeding in which several genetic materials are compared, especially in the early stages of the program, aiming to explore more intensively the genetic variability available. In situations of space and financial constraints these designs stand out for allowing the comparison of all progenies being tested whether or not installed in the same block. The aim of the study was the evaluation of maize (Zea mays L.) progeny tests in different environments for grain yield in t.ha-1. Two hundred and fifty six progenies were tested in four experimental stations in the city of Piracicaba, in different agricultural years. Grain production data obtained by different environments were analyzed individually and jointly in order to verify the presence of genotype × environment interaction. Therefore, the square lattice design with dimension 16 × 16 was used with two replications in each location. Two experimental approaches were compared, considering the partially balanced incomplete block structure of the lattice and the other in each repetition of the lattice was analyzed as if it were a complete block. One way to analyze experimental structures like this is with the use of mixed models, by adding random effect factors, and by making use of the restricted maximum likelihood (REML) for estimating the variance components associated with such factors with less bias. Besides the variance components, EBLUPs (empirical best linear predictor unbiased) were also calculated and from them was checked the correlation between the different environments, and the percentage of selected progenies comparing the results obtained by the two assembly approaches data. Statistical analyzes were implemented for the open-souce software R, using the statistical package lme4.

Made available in DSpace on 2017-07-10T19:24:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JOELMIR ANDRE BORSSOI.pdf: 1897222 bytes, checksum: 4bfaafc0659eed32ceef8dc0fe90a8fe (MD5) Previous issue date: 2007-12-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Tracking and management concepts of the process of agricultural production are being used as a great option of strategy management in agriculture. Such concepts consider the spatial variability of the variables at study. The modeling of the spatial dependence structure of the geoestatistic approach is fundamental importance for the definition parameters that define this structure and are used in the interpolation of values in places not sampled, by kriging techniques. However, the estimation of parameters can be greatly affected by the presence atypical observations in the data sampled. The development of this work was aimed at using diagnostics techniques in spatial linear gaussians models, used in geoestatistics, to evaluate the sensitivity of the maximum likelihood estimators and restrict maximum likelihood to small perturbations in the data. Studies were performed with simulated data, with literature data and with experimental data, collected in a commercial agricultural area in the region West of Paraná. The study with simulated data showed that the techniques used in diagnostics were efficient in identifying the perturbation data. The restrict maximum likelihood estimator produced more robust estimates for the parameters spatial dependence. Those results obtained from the study of real data, it was concluded that the presence atypical values between the sampled data can exert strong influence on thematic maps, changing, therefore, the spatial dependence. The application the diagnostic techniques should be part of any geoestatistic analysis, ensuring that the information contained in thematic maps have better quality and can be used with greater security by the farmer. / Conceitos de monitoramento e gerenciamento do processo de produção agrícola vêm sendo utilizados como ótima opção de estratégia gerencial na agricultura. Tais conceitos consideram a variabilidade espacial das variáveis em estudo. A modelagem da estrutura de dependência espacial pela abordagem da geoestatística é de fundamental importância para a definição de parâmetros que definem esta estrutura e que são utilizados na interpolação de valores em locais não amostrados, pela técnica de krigagem. Entretanto, a estimação de parâmetros pode ser muito afetada pela presença de observações atípicas nos dados amostrados. O desenvolvimento deste trabalho teve por objetivo utilizar técnicas de diagnóstico em modelos espaciais lineares gaussianos, utilizados em geoestatística, para avaliar a sensibilidade dos estimadores máxima verossimilhança e máxima verossimilhança restrita a pequenas perturbações nos dados. Realizaram-se estudos com dados simulados, com dados da bibliografia e também com dados experimentais, coletados em uma área agrícola comercial da região Oeste do Paraná. O estudo com dados simulados mostrou que as técnicas de diagnóstico utilizadas foram eficientes na identificação da perturbação nos dados. O estimador de máxima verossimilhança restrita produziu estimativas mais robustas para os parâmetros de dependência espacial. Pelos resultados obtidos com o estudo de dados reais, concluiu-se que a presença de valores atípicos entre os dados amostrados pode exercer forte influência nos mapas temáticos, alterando, assim, a dependência espacial. A aplicação de técnicas de diagnóstico deve fazer parte de toda análise geoestatística, garantindo que as informações contidas nos mapas temáticos tenham maior qualidade e possam ser utilizadas com maior segurança pelo agricultor.

Made available in DSpace on 2017-05-12T14:47:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JOELMIR ANDRE BORSSOI.pdf: 1897222 bytes, checksum: 4bfaafc0659eed32ceef8dc0fe90a8fe (MD5) Previous issue date: 2007-12-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Tracking and management concepts of the process of agricultural production are being used as a great option of strategy management in agriculture. Such concepts consider the spatial variability of the variables at study. The modeling of the spatial dependence structure of the geoestatistic approach is fundamental importance for the definition parameters that define this structure and are used in the interpolation of values in places not sampled, by kriging techniques. However, the estimation of parameters can be greatly affected by the presence atypical observations in the data sampled. The development of this work was aimed at using diagnostics techniques in spatial linear gaussians models, used in geoestatistics, to evaluate the sensitivity of the maximum likelihood estimators and restrict maximum likelihood to small perturbations in the data. Studies were performed with simulated data, with literature data and with experimental data, collected in a commercial agricultural area in the region West of Paraná. The study with simulated data showed that the techniques used in diagnostics were efficient in identifying the perturbation data. The restrict maximum likelihood estimator produced more robust estimates for the parameters spatial dependence. Those results obtained from the study of real data, it was concluded that the presence atypical values between the sampled data can exert strong influence on thematic maps, changing, therefore, the spatial dependence. The application the diagnostic techniques should be part of any geoestatistic analysis, ensuring that the information contained in thematic maps have better quality and can be used with greater security by the farmer. / Conceitos de monitoramento e gerenciamento do processo de produção agrícola vêm sendo utilizados como ótima opção de estratégia gerencial na agricultura. Tais conceitos consideram a variabilidade espacial das variáveis em estudo. A modelagem da estrutura de dependência espacial pela abordagem da geoestatística é de fundamental importância para a definição de parâmetros que definem esta estrutura e que são utilizados na interpolação de valores em locais não amostrados, pela técnica de krigagem. Entretanto, a estimação de parâmetros pode ser muito afetada pela presença de observações atípicas nos dados amostrados. O desenvolvimento deste trabalho teve por objetivo utilizar técnicas de diagnóstico em modelos espaciais lineares gaussianos, utilizados em geoestatística, para avaliar a sensibilidade dos estimadores máxima verossimilhança e máxima verossimilhança restrita a pequenas perturbações nos dados. Realizaram-se estudos com dados simulados, com dados da bibliografia e também com dados experimentais, coletados em uma área agrícola comercial da região Oeste do Paraná. O estudo com dados simulados mostrou que as técnicas de diagnóstico utilizadas foram eficientes na identificação da perturbação nos dados. O estimador de máxima verossimilhança restrita produziu estimativas mais robustas para os parâmetros de dependência espacial. Pelos resultados obtidos com o estudo de dados reais, concluiu-se que a presença de valores atípicos entre os dados amostrados pode exercer forte influência nos mapas temáticos, alterando, assim, a dependência espacial. A aplicação de técnicas de diagnóstico deve fazer parte de toda análise geoestatística, garantindo que as informações contidas nos mapas temáticos tenham maior qualidade e possam ser utilizadas com maior segurança pelo agricultor.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1213757 bytes, checksum: a4899ab14bd6c737501e8ef972e42d9e (MD5) Previous issue date: 2012-02-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In logistic mixed models with random effect on intercept allows capturing the effects of sources of variation from the particular characteristics of a group (heterogeneity), deflating the pure error and causing a fluctuation in the model intercept. This inclusion brings complexity in estimation methods and also changes the interpretation of the parameters that, originally given by the odds ratio, is then seen from the median odds ratio. The estimation parameters of a mixed model can be made by many different methods with varying performance, as the Laplace s approximation method, maximum likelihood (ML) and restricted maximum likelihood (REML). The objective of this work was to verify in logistic mixed models with random effects on intercept the consequences in interpretation of parameters, in quality of experiment and in classification of treatment via the median odds ratio, and verify the performance of the estimation methods above cited. The analyzes were performed under simulation and after in set of real data from seeds germination experiment of physic nut (Jatropha curcas L.). Considering the logistic mixed model with random effects on intercept, it was verified that the REML estimation method performed better and that the variance of the random effect affects the performance of any of these methods being evaluated inversely proportional. We suggest further studies to determine more properly the influence of the inflexion points and the effective median level in performance methods. In the experiment to evaluate the seeds germination of physic nut involving roll paper, on paper, on sand and between sand substrates, the inclusion of random effects in logistic model showed considerable heterogeneity in seeds germination in different units of the same substrate. The median odds ratio showed the superiority of the substrate between sand over on paper in seeds germination of physic nut, result similar to that obtained by the Tukey s test. / Em modelos de regressão logística a inclusão do efeito aleatório no intercepto permite capturar os efeitos de fontes de variação provenientes das características particulares de um grupo (heterogeneidade), desinflacionando o erro puro e provocando uma flutuação no intercepto do modelo. Esta inclusão traz complexidade nos métodos de estimação e também muda a interpretação dos parâmetros que, dada originalmente pela razão de chances, passa a ser vista sob o enfoque da razão de chances mediana. A estimação dos parâmetros de um modelo misto pode ser feita por muitos métodos diferentes com desempenho variado, como o método da aproximação de Laplace, da máxima verossimilhança (ML) e da máxima verossimilhança restrita (REML). Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar em modelos de regressão logística com efeito aleatório no intercepto as consequências na interpretação dos parâmetros, na qualidade de um experimento e na classificação de tratamentos via razão de chances mediana, e verificar o desempenho dos métodos de estimação acima citados. As análises foram feitas sob simulação e posteriormente num conjunto de dados reais de um experimento com germinação de sementes de pinhão-manso (Jatropha curcas L.). Considerando o modelo de regressão logística com efeito aleatório no intercepto, verificou-se que o método de estimação REML apresentou melhor desempenho e que a variância do efeito aleatório afeta o desempenho de qualquer um dos métodos avaliados sendo estes inversamente proporcionais. Sugerem-se novos estudos para determinar com mais propriedade a influência dos pontos de estabilização e do nível mediano de efetividade na eficiência dos métodos. No experimento de avaliação de germinação de sementes de pinhão-manso envolvendo os substratos rolo de papel, sobre papel, sobre areia e entre areia, a inclusão do efeito aleatório no modelo logístico apontou considerável heterogeneidade na germinação de sementes em unidades diferentes de um mesmo substrato. A razão de chances mediana apontou a superioridade do substrato entre areia em relação a sobre papel na germinação de sementes de pinhão-manso, resultado semelhante ao obtido pelo teste de Tukey.

O objetivo desta tese é estudar métodos de estimação baseados na função de verossimilhança em modelos mistos lineares elípticos. Derivamos inicialmente os métodos de máxima verossimilhança, máxima verossimilhança restrita e de máxima verossimilhança perfilada modificada para o modelo linear normal. Estendemos os métodos para os modelos lineares elípticos e encontramos diferenças entre as equações resultantes de cada método. A principal motivação deste trabalho é que o método de máxima verossimilhança restrita tem sido aplicado para obter estimadores menos viesados para os componentes de variância-covariância, em contraste com os estimadores de máxima verossimilhança. O método tem sido muito utilizado em modelos com estruturas de variância-covariância como é o caso dos modelos mistos lineares. Assim, procuramos estender o método para os modelos mistos lineares elípticos bem como comparar com outros procedimentos de estimação, máxima verossimilhança e máxima verossimilhança perfilada modificada. Estudamos em particular os modelos mistos lineares com erros t-Student e exponencial potência. / The aim of this thesis is to study estimation methods based on the likelihood functions in elliptical linear mixed models. First, we review the modified profile maximum likelihood and the restricted maximum likelihood methods as well as the traditional maximum likelihood method in normal linear models. Then, we extend the methodologies for elliptical linear models and we compare the estimating equations derived for each method. The main motivation of the work is that the restricted maximum likelihood method has been largely applied in normal linear mixed models in order to reduce the bias of the maximum likelihood variance-component estimators. So, we intend to investigate the possible extension for elliptical linear mixed models as well as to compare with the modified profile maximum likelihood and the maximum likelihood methods. Particular studies for Student-t and power exponential linear mixed models are presented.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 905318 bytes, checksum: 167ccc3c1b47051e3ce28eb0224bed43 (MD5) Previous issue date: 2006-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / First lactation data of 6.262 Brown-Swiss cows from 311 herds, daughters of 803 sires with calving between 1980 and 2003 were used to estimate genetic parameters for milk and fat production traits. The components of variance were estimated by restricted maximum likelihood (REML) and bayesian methods, using animal model with uni and two-traits analisys . The estimation by REML was obtained with the software MTDFREML (BOLDMAN et al. 1995) testing unitrait models with different effects to covariables and considering contemporary group and season as fixed effect. The best fitting obtained on unitrait analisys were used on two-trait analisys. The estimative of additive variance was reduced when lactation length was included on the model suggesting that the animals were been fitted to the same base on the capacity of transmit a longer or shorter lactation length to the progeny. Therefore, fitting to this covariable is not recommended. On the other side, the age of calving has linearly influenced milk and fat production. The heritability estimates were 0,26 and 0,25 to milk and fat yield respectively with genetic correlation of 0,95. the high correlation among these traits suggests that part of genes that acts on milk yield also respond to fat yield, in such way that selection for milk yield results, indirectly, in increase on fat yield. The estimation by Bayesian inference was made on software MTGSAM (VAN TASSELL E VAN VLECK, 1995). Chain lengths were tested to obtain the marginal posterior densities of unitrait analisys, the best option of chain length, burn-in and sampling interval was used on two-trait analisys. The burn-in periods were tested with the software GIBANAL (VAN KAAM, 1998) witch analysis inform a sampling interval for each burn-in tested, the criteria for choosing the sampling interval was made with the serial correlation resulting by burn-in and sampling process. The heritability estimates were 0,33 ± 0,05 for both traits with genetic correlation of 0,95. Similar results were obtained on studies using the same methodology on first lactation records. The stationary phase adequately reached with a 500.000 chain length and 30.000 burn-in iteractions. / Dados de primeira lactação de 6.262 vacas distribuídas em 311 rebanhos, filhas de 803 touros com partos entre os anos de 1980 e 2003 foram utilizados para estimar de componentes de variância para as características de produção de leite e gordura com informações de primeira lactação, em animais da raça Pardo-Suíça. Os componentes de variância foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e Bayesiano, sob modelo animal, por meio de análises uni e bicaracterística. A estimação realizada via REML foi obtida com o programa MTDFREML (BOLDMAN et al. 1995) testando modelos unicaracterística com diferentes efeitos para as covariáveis e considerados grupo contemporâneo e estação como efeitos fixos. Os melhores ajustes obtidos nas analises unicaracterística foram utilizados na análise bicaracterística. A duração da lactação reduziu a estimativa da variância aditiva quando era utilizada no modelo sugerindo que os animais estariam sendo corrigidos para uma mesma base quanto à capacidade de imprimir duração da lactação mais longa ou mais curta à progênie sendo, portanto, não recomendado o ajuste para esta covariável. Já a idade da vaca ao parto, influenciou linearmente a produção de leite e gordura. As herdabilidades estimadas foram 0,26 e 0,25 para produção de leite e gordura respectivamente com correlação genética de 0,95. A alta correlação entre a produção de leite e gordura obtida sugere que parte dos genes que atuam na produção de leite também responde pela produção de gordura, de tal forma que a seleção para a produção de leite resulta, indiretamente, em aumentos na produção de gordura. A estimação via inferência Bayesiana foi realizada com o programa MTGSAM (VAN TASSELL E VAN VLECK, 1995). Foram testados diversos tamanhos de cadeia para a obtenção das densidades marginais a posteriori das análises unicaracterística, a melhor proposta para o tamanho de cadeia, burn-in e amostragem foi utilizada para a análise bicaracterística. Os períodos de burn-in foram testados pelo programa GIBANAL (VAN KAAM, 1998) cujas análises fornecem um intervalo de amostragem para cada burn-in testado, o critério de escolha do intervalo de amostragem foi feito de acordo com a correlação serial, resultante do burn-in e do processo de amostragem. As estimativas de herdabilidade obtidas foram 0,33 ± 0,05 para ambas as características com correlação de 0,95. Resultados similares foram obtidos em estudos utilizando a mesma metodologia em informações de primeira lactação. A fase estacionária foi adequadamente atingida com uma cadeia de 500.000 iterações e descarte inicial de 30.000 iterações.