Generative machine learning models are capable of generating remarkably realistic samples. Some models generate images that look entirely natural, and others generate text that reads as if a human wrote it. However, judging the quality of these models is a major challenge. Today, the most convincing method is to use humans to evaluate the quality of generated samples. However, humans are biased, costly, and inefficient. Therefore, there is a great need for automatic methods. MAUVE is a recent advancement in the evaluation of generative text models. It compares generated data with real data and returns a score that quantifies their similarity. This is accomplished with the help of a neural network, which provides the understanding of text required to evaluate its quality. MAUVE is motivated by its correspondence with human judgment, and this is shown in multiple experiments. This thesis contributes in two significant ways: First, we complement experiments and discussions made in the original paper. Importantly, we demonstrate that MAUVE sometimes fails to recognize quality differences between generative models. This failure is due to the choice of neural network. Later, we demonstrate that MAUVE can be used for more than just text evaluation. Specifically, we show that it can be applied to images. This is accomplished by using a neural network specialized in image recognition. However, the steps can be repeated for any data type, meaning that MAUVE can potentially become a more generalized measurement than suggested in the original paper. Our second contribution is an extension toMAUVEcalled Sequence-MAUVE (S-MAUVE). The score MAUVE produces can be seen as an average of the overall quality of generated text. However, some generative models initially produce excellent text, but see drops in quality as the sequences grow longer. Therefore, a single score that represents entire sequences is likely to omit important details. Instead, S-MAUVE evaluates generated text at the smallest possible level. The result is a sequence of scores, which give users more detailed feedback about the behavior of a generative model. / Generativa maskininlärningsmodeller kan generera data av enastående kvalitet. Vissa modeller genererar bilder av ansikten som ser helt realistiska ut, och andra genererar text som verkar varit skriven av en människa. Trots detta så är det inte klart hur dessa modeller ska evalueras. Idag så är den främsta metoden mänsklig evaluering: En person får utgöra huruvida generade data verkar realistisk eller inte. Mänsklig evaluering har flera nackdelar. Människor är partiska, dyra och långsamma. Därför behövs det automatiska evalueringsverktyg. MAUVE är ett ny metod för att evaluera generative textmodeller som jämför hur lik genererad data är med äkta data. Detta åstadkoms med hjälp av ett neuralt nätverk, som bidrar med den förståelse av text som krävs för att evaluera den. MAUVE är motiverat av att dess omdömen överensstämmer med mänsklig evaluering. Den här uppsatsen bidrar på två sätt. Till att börja med komplementerar vi experiment och diskussioner gjorda i den ursprungliga rapporten o m MAUVE. Till exempel så visar vi att MAUVE ibland inte lyckas känna av kvalitetsskillnader mellan olika generativa modeller. Detta på grund av val av neuralt nätverk. Efteråt så demonstrerar vi att MAUVE kan appliceras på andra typer av data än text. Mer specifikt så applicerar vi MAUVE på bilder. Detta åstadkoms genom att använda ett neuralt nätverk specialiserat på bildigenkänning, istället för text. Stegen vi följer kan upprepas för vilken typ av data som helst, vilket innebär att MAUVE kan användas som ett mer generellt mått än vad den ursprungliga artikeln ger sken för. Vårt andra bidrag är att utveckla MAUVE till det vi kallar för S-MAUVE. MAUVE använder bara sammanfattningar av hela texter som bas för sina jämförelser. En konsekvens av det är att den endast gör påståenden om textdatas genomsnittliga kvalitet. Men, det är välkänt att kvaliteten hos genererad textdata kan variera beroende på var i texten man befinner sig. Många generativa textmodeller producerar sekvenser som är verklighetstrogna i början, men blir sämre och repetitiva senare. Till skillnad från MAUVE så evaluerar S-MAUVE genererad text på minsta möjliga detaljnivå. Resultaten är en sekvens av poäng, som ger användare mer information om egenskaperna hos den studerade generativa modellen.

Die Untersuchung der antimikrobiellen Fähigkeiten von Bodenisolaten ist von großer Bedeutung, um neue antibiotische Substanzen zu entdecken. Im Rahmen eines mikrobiologischen Praktikums wurden von Studierenden Bodenproben gesammelt und daraus 32 Streptomyces-Isolate gewonnen. Diese Isolate wurden auf ihre antimikrobiellen Leistungen untersucht und taxonomisch eingeordnet. Mittels Multi-Locus-Sequenz-Typisierung (MLST) wurden die 32 Bodenisolate der Gattung Streptomyces zugeordnet. Es gelang, alle Isolate erfolgreich dieser Gattung zuzuordnen. Allerdings konnte nicht für jedes Isolat eine eindeutige Spezieszugehörigkeit durch MLST festgestellt werden. Der Fokus lag insbesondere auf der detaillierten Analyse und Charakterisierung der Bodenisolate #4I1 und #12I2. Mittels Baumrekonstruktionen, basierend auf 16S-rRNA, MLST- und Gesamtgenomanalysen, wurden diese Stämme der Spezies Streptomyces silvae For3T zugeordnet. Das Genom des endophytischen Streptomyces sp. M3, welches aus der NCBI-Datenbank entnommen wurde, konnte ebenfalls dieser Spezies zugeordnet werden. Weiterhin wurde eine vergleichende Genomanalyse durchgeführt, um die genetische Struktur und die metabolischen Eigenschaften der S. silvae-Stämme zu erforschen. Diese umfassenden genetischen Untersuchungen trugen erheblich zum Verständnis der innerartlichen Variabilität und der adaptiven Merkmale der untersuchten Streptomyces-Stämme bei. Die physiologischen Profile der S. silvae-Stämme wurden mittels verschiedener Tests auf ihre antimikrobiellen Eigenschaften und ihre Anpassungsfähigkeit an verschiedene Umweltbedingungen untersucht. Besondere Aufmerksamkeit wurde dem Stamm S. silvae #4I1 gewidmet. Dieser wurde ausführlichen physiologischen Tests unterzogen, um eine präzise taxonomische Beschreibung als Repräsentant seiner Spezies zu ermöglichen. Die Ergebnisse der Studie zeigten, dass die S. silvae-Stämme ein breites Spektrum antimikrobieller Aktivitäten aufweisen. Die Ergebnisse der vergleichenden Genomanalyse verdeutlichten eine enge evolutionäre Verwandtschaft zwischen den S. silvae-Stämmen und offenbarten das Potenzial dieser Stämme zur Produktion von Sekundärmetaboliten, die zur Bekämpfung von pathogenen Mikroorganismen beitragen könnten.:Inhaltsverzeichnis___________________________________________________ I Abkürzungsverzeichnis______________________________________________ VI Zusammenfassung________________________________________________ VIII Summary_________________________________________________________ X Einleitung________________________________________________________ 1 Antibiotika________________________________________________________ 1 Innovative Lösungen zur Bekämpfung von Antibiotikaresistenzen_____________ 3 Identifizierung von Antibiotikaklassen mittels Ganzzell-Biosensoren____________ 4 Gattung Streptomyces______________________________________________ 6 1.4.1 Merkmale und Lebensweise von Streptomyces spp.___________________ 8 1.4.2 Genomstruktur von Streptomyces: Charakteristika und Besonderheiten___ 13 1.4.3 Genomische Organisation der Gene für Sekundärmetaboliten in Streptomyces spp. ____ 15 Zielstellung______________________________________________________ 17 2 Material und Methoden___________________________________________ 18 Verwendete Laborgeräte____________________________________________ 18 Materialien______________________________________________________ 19 2.2.1 Verbrauchsmaterialien_________________________________________ 19 2.2.2 Chemikalien_________________________________________________ 19 2.2.3 Medien_____________________________________________________ 21 2.2.4 Verwendete Bakterienstämme und Oligonukleotide___________________ 29 Physiogische Methoden____________________________________________ 31 2.3.1 Isolierung und Herstellung der Sporensuspensionen von Streptomyces spp. aus Bodenproben 31 2.3.2 Kultivierung der Streptomyces-Stämme____________________________ 32 2.3.3 Kultivierung der Biosensoren und Testorganismen___________________ 33 Methodische Herangehensweisen zur Evaluierung der antimikrobiellen Aktivitäten von Streptomyces spp. 34 2.4.1 Evaluierung des Hemmpotenzials von Streptomyces-Stämmen gegenüber ausgewählten Testorganismen 34 2.4.2 Biosensor-basierte Identifikation antibiotischer Substanzklassen_________ 36 Vergleichende Morphologie der S. silvae-Stämme 37 Physiologische Charakterisierung von S. silvae #4I1______________________ 37 2.6.1 Morphologie und Bildung melanoider Pigmente______________________ 37 2.6.2 Bestimmung der Nutzung verschiedener Kohlenstoffquellen sowie der Natriumchloridtoleranz und Lysozymresistenz_ 37 2.6.3 Evaluierung der pH-Präferenzen_________________________________ 38 2.6.4 Bestimmung der Hämolyseaktivität________________________________ 39 2.6.5 Bestimmung des Temperaturoptimums_____________________________ 39 2.6.6 Analyse der Mikromorphologie mittels Elektronenmikroskopie___________ 39 Molekularbiologische und genetische Methoden__ 40 2.7.1 Isolation genomischer DNA aus Bodenisolaten______________________ 40 2.7.2 Messung der Konzentration genomischer DNA______________________ 40 2.7.3 Gesamt-Genom-Sequenzierung__________________________________ 40 2.7.4 MLST (Multi-Locus-Sequenz-Typisierung)__________________________ 41 2.7.4.1 PCR (Polymerasekettenreaktion)_______________________________ 41 2.7.4.2 Gelektrophorese____________________________________________ 43 2.7.4.3 Extraktion und Aufreinigung der PCR-Produkte____________________ 43 2.7.4.4 Sequenzierung der PCR-Produkte______________________________ 43 Bioinformatische Methoden__________________________________________ 44 2.8.1 Anwendung der MLST-Methode bei den Bodenisolaten________________ 44 2.8.2 Bioinformatische Methoden zur vergleichenden Genomik der vier S. silvae-Stämme ___ 45 2.8.3 Bioinformatische Strategien zum Genomassembling__________________ 46 2.8.3.1 Optimierung der Sequenzdaten aus der Gesamtgenomsequenzierung__ 47 2.8.3.2 de-novo-Genomassembling___________________________________ 48 2.8.3.3 Mapping__________________________________________________ 48 2.8.3.4 Extraktion der Genomsequenz_________________________________ 50 2.8.3.5 Auswahl der Referenzsequenzen für die Contig-Verschmelzung (Scaffolding) _ 50 2.8.3.6 Genomrekonstruktion durch Scaffolding__________________________ 51 2.8.4 Bioinformatische Ansätze zur Ermittlung genomischer Kennziffern________ 52 2.8.4.1 Berechnung des ANI-Wertes___________________________________ 53 2.8.4.2 Berechnung des genomischen GC (Guanin-Cytosin)- und AT (Adenin-Thymin)-Gehaltes 53 2.8.4.3 Berechnung des GC-Versatzes_________________________________ 54 2.8.5 16S-rRNA-Analyse____________________________________________ 55 2.8.5.1 16S-rRNA-Sequenzextraktion__________________________________ 55 2.8.5.2 16S-rRNA-Prozessierung und Alignment__________________________ 56 2.8.5.3 Generierung des 16S-rRNA-Baums_____________________________ 57 2.8.6 AutoMLST_______________________________________________________ 59 2.8.7 Gesamtgenom-basierte Konstruktion eines phylogenetischen Baumes____ 60 2.8.8 Genomische Charakterisierung und Identifizierung relevanter Gencluster in den Genomen von S.silvae__ 61 2.8.8.1 Genannotation___________________________________________________ 61 2.8.8.2 Identifikation von BGCs_______________________________________ 62 2.8.8.3 Identifikation von Antibiotikaresistenzgenen_______________________ 63 2.8.9 Visualisierung____________________________________________________ 63 2.8.9.1 Erstellung zirkulärer Genomkarten______________________________ 64 2.8.9.2 MAUVE-Alignement__________________________________________ 64 3 Ergebnisse_____________________________________________________ 66 Systematische Taxonomie von Streptomyces-Bodenisolaten mittels MLST__ 66 Vielfalt und Spezifität von Streptomyces-Isolaten: Inhibitorische Kapazitäten und biosensorische Charakterisierungen_ 69 3.2.1 Bestimmung der inhibitorischen Kapazität von Streptomyces-Isolaten gegenüber ausgewählten Testorganismen__70 3.2.2 Systematische Evaluierung der biosensorischen Profile von 36 Streptomyces-Stämmen _ 73 Komparative Genomanalyse von S. silvae______ 78 3.3.1 Optimierung der Genomassemblierung der Streptomyces-Isolate #12I2 und #4I1 ______ 79 3.3.2 Phylogenetische Einordnung von S. silvae-Stämmen mittels 16S-rRNA-Analyse und MLST 81 3.3.3 GBDP-gestützte Analyse zur Aufklärung der Phylogenie von S. silvae-Stämmen_______ 82 3.3.4 Komparative Genomkartografie zur Visualisierung der genetischen Diversität in der S. silvae-Klade_ 84 3.3.5 Identifikation homologer Genombereiche___________________________ 88 3.3.6 Vergleichende Analyse der BGCs für Sekundärmetabolite in den vier S. silvae-Genomen 91 3.3.7 Komparative Analyse der Antibiotikaresistenz-assoziierten Gentypen in den S. silvae-Stämmen__ 95 Vergleichende physiologische Untersuchungen von S. silvae-Stämmen________ 99 3.4.1 Differenzierte Analyse antimikrobieller Aktivitäten von S. silvae-Stämmen in Abhängigkeit vom Nährmedium__ 99 3.4.2 Klassifikation der antimikrobiellen Sekundärmetaboliten von S. silvae-Stämmen unter Einsatz lumineszierender Biosensoren_101 3.4.3 Vergleichende Analyse der Makromorphologie von S. silvae-Stämmen auf diversen Nährmedien_ 103 Physiologische Charakterisierung von S. silvae #4I1_____________________ 106 3.5.1 REM-basierte Untersuchung der Mikromorphologie von S. silvae #4I1___ 107 3.5.2 Morphologische Analyse und Melanoidpigmentsynthese von S. silvae #4I1 auf ISP-Medien__ 108 3.5.3 Analyse des Verwertungsspektrums von Kohlenstoffquellen durch S. silvae #4I1 _____ 110 3.5.4 Bestimmung der Salztoleranz von S. silvae #4I1_____________________ 112 3.5.5 Einfluss des pH-Wertes auf das Wachstum von S. silvae #4I1__________ 113 3.5.6 Bestimmung der Lysozymresistenz bei S. silvae #4I1_________________ 114 3.5.7 Untersuchung der hämolytischen Aktivität von S. silvae #4I1___________ 116 3.5.8 Bestimmung der Temperaturpräferenz von S. silvae #4I1______________ 117 4 Diskussion____________________________________________________ 118 Genetische und Phänotypische Diversität der Streptomyces-Isolate__________ 119 4.1.1 MLST-basierte Einordnung und genetische Diversität der Streptomyces-Isolate _______ 119 4.1.2 Kultivierbarkeit der Streptomyces-Isolate__________________________ 119 4.1.3 Hemmeffekte von Streptomyces-Isolaten__________________________ 120 4.1.4 Biosensorische Profile und antimikrobielle Fähigkeiten von Streptomyces-Bodensolaten 123 Fokussierte Untersuchungen der S. silvae-Stämme_______ 125 4.2.1 Signifikanz der 16S-rRNA-Sequenzidentität in S. silvae_______________ 125 4.2.2 Etablierung von S. silvae als monophyletischen Gruppierung__________ 126 4.2.3 Sekundärmetabolismus und der Einfluss variabler Kulturbedingungen auf die antimikrobielle Aktivität und Biosensor-Induktion der S. silvae-Stämme__130 5 Ausblick______________________________________________________ 139 Literaturverzeichnis_______________________________________________ 142 Anhang________________________________________________________ 173

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Este estudo sobre o romance Le Désert mauve, da escritora quebequense Nicole Brossard, foi desenvolvido tendo, como instrumentos de análise, a tradução e a identidade da América ou a americanidade. Esses temas foram determinados levando-se em conta a estrutura e o tema da obra, focalizados na figura do(a) tradutor(a), figura essa representativa da era pós-moderna. Os aspectos relacionados às questões feministas foram, até certo ponto, também abordados, principalmente pelo fato de a autora ocupar posição de destaque no meio feminista. Tendo-se em vista as especificidades do corpus, apresentamos, em um primeiro capítulo, uma contextualização do Quebec, abordando a literatura, o pós-modernismo e o feminismo quebequenses. O segundo capítulo é dedicado à obra brossardiana e seu impacto sobre o meio litérario, a partir do Quebec. Nossa análise propriamente dita do romance é apresentada no terceiro capítulo. Este trabalho tem como objetivo refletir sobre a problemática da tradução partindo-se de uma abordagem transcultural, isto é, dando-se ênfase à transformação que ela provoca. Esses traços do « novo » serão colocados em diálogo com os elementos próprios da América, como as referências culturais, a mescla de gêneros, a linguagem dos espaços abertos, as utopias, as buscas. Nosso estudo fundamenta-se basicamente nas teorias de Julia Kristeva, no que diz respeito à linguagem, ao texto; nas teorias de Henri Meschonnic e Sherry Simon, para os estudos da tradução e de Gérard Bouchard, quanto às questões que se referem à americanidade.

Este estudo sobre o romance Le Désert mauve, da escritora quebequense Nicole Brossard, foi desenvolvido tendo, como instrumentos de análise, a tradução e a identidade da América ou a americanidade. Esses temas foram determinados levando-se em conta a estrutura e o tema da obra, focalizados na figura do(a) tradutor(a), figura essa representativa da era pós-moderna. Os aspectos relacionados às questões feministas foram, até certo ponto, também abordados, principalmente pelo fato de a autora ocupar posição de destaque no meio feminista. Tendo-se em vista as especificidades do corpus, apresentamos, em um primeiro capítulo, uma contextualização do Quebec, abordando a literatura, o pós-modernismo e o feminismo quebequenses. O segundo capítulo é dedicado à obra brossardiana e seu impacto sobre o meio litérario, a partir do Quebec. Nossa análise propriamente dita do romance é apresentada no terceiro capítulo. Este trabalho tem como objetivo refletir sobre a problemática da tradução partindo-se de uma abordagem transcultural, isto é, dando-se ênfase à transformação que ela provoca. Esses traços do « novo » serão colocados em diálogo com os elementos próprios da América, como as referências culturais, a mescla de gêneros, a linguagem dos espaços abertos, as utopias, as buscas. Nosso estudo fundamenta-se basicamente nas teorias de Julia Kristeva, no que diz respeito à linguagem, ao texto; nas teorias de Henri Meschonnic e Sherry Simon, para os estudos da tradução e de Gérard Bouchard, quanto às questões que se referem à americanidade.

Este estudo sobre o romance Le Désert mauve, da escritora quebequense Nicole Brossard, foi desenvolvido tendo, como instrumentos de análise, a tradução e a identidade da América ou a americanidade. Esses temas foram determinados levando-se em conta a estrutura e o tema da obra, focalizados na figura do(a) tradutor(a), figura essa representativa da era pós-moderna. Os aspectos relacionados às questões feministas foram, até certo ponto, também abordados, principalmente pelo fato de a autora ocupar posição de destaque no meio feminista. Tendo-se em vista as especificidades do corpus, apresentamos, em um primeiro capítulo, uma contextualização do Quebec, abordando a literatura, o pós-modernismo e o feminismo quebequenses. O segundo capítulo é dedicado à obra brossardiana e seu impacto sobre o meio litérario, a partir do Quebec. Nossa análise propriamente dita do romance é apresentada no terceiro capítulo. Este trabalho tem como objetivo refletir sobre a problemática da tradução partindo-se de uma abordagem transcultural, isto é, dando-se ênfase à transformação que ela provoca. Esses traços do « novo » serão colocados em diálogo com os elementos próprios da América, como as referências culturais, a mescla de gêneros, a linguagem dos espaços abertos, as utopias, as buscas. Nosso estudo fundamenta-se basicamente nas teorias de Julia Kristeva, no que diz respeito à linguagem, ao texto; nas teorias de Henri Meschonnic e Sherry Simon, para os estudos da tradução e de Gérard Bouchard, quanto às questões que se referem à americanidade.

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It was proposed two kinds of treatment to the composite: impregnating the fibers by immersion coating based on acrylic copolymer emulsion in order to decrease hydrophilicity and matrix treating with comminuted ceramic waste in 50% partial replacement of the Portland cement to provide calcium hydroxide decrease and improving the mechanical strength of the composite protecting the vegetable filler. The composites were characterized by direct tensile, 4 points bending, optical microstructural analysis and scanning electron. The fibers were characterized by thermogravimetry and morphological analysis using optical and scanning microscopy in order to evaluate varnish treatment. The results of electron microscopy showed no improvement interfacial between fiber and matrix after treatment. Moreover, the mechanical tests showed that the composite with the partial substitution of ceramic waste have presented the same or superior results when compared to the Portland cement matrix, both for the reinforcement with the treated fibers and the untreated, leading to consider the mauve fiber relevance as a promising reinforcement agent for high strength composites. / Desde a antiguidade é conhecida à utilização em larga escala de fibras naturais ou outros materiais orgânicos e inorgânicos como reforço de matrizes frágeis a fim de melhorar suas propriedades mecânicas. As fibras vegetais apresentam inúmeras vantagens no uso em compósitos uma vez que possuem baixo custo, baixa densidade e abrasividade, são atóxicas, biodegradáveis, abundantes na natureza entre outros fatores. A partir disso, optou-se em utilizar a fibra de malva (Urena Lobata Linn), difundida na região amazônica e comercializada no comércio local, como agente de reforço em compósitos cimentícios. Este estudo buscou o desenvolvimento de compósitos laminares cimentícios com fibras longas e alinhadas de malva, com teor de 6% em volume de fibras, dispersas em 5 camadas longitudinais, tendo como resultado final uma placa laminar. Foram propostos dois tipos de tratamento aos compósitos: impregnação das fibras por meio de imersão em verniz a base de copolímeros acrílicos em emulsão, com o intuito de diminuir a hidrofilicidade e tratamento da matriz por resíduo cerâmico cominuído em substituição parcial de 50% ao cimento Portland, a fim de proporcionar uma diminuição do hidróxido de cálcio, melhorando a resistência mecânica do compósito e protegendo o reforço vegetal. Os compósitos foram caracterizados mecanicamente através de ensaios de tração direta e de flexão em 4 pontos, além de análise microestrutural óptica e eletrônica de varredura. Já as fibras foram caracterizadas por termogravimetria e análise morfológica, utilizando microscopia óptica e de varredura, com o intuito de avaliar o tratamento com verniz. Os resultados de microscopia eletrônica indicaram que não houve melhoramento interfacial entre fibra e matriz após o tratamento. Por outro lado, os ensaios mecânicos, indicaram que os compósitos com a substituição parcial de resíduo cerâmico apresentaram resultados iguais ou superiores quando comparados aos de matriz de cimento Portland, tanto para o reforço com as fibras tratadas quanto as sem tratamento, levando a considerar a relevância da fibra de malva como agente de reforço promissor para compósitos de alta resistência.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.