RNAs are involved in different facets of biological processes; including but not limited to controlling and inhibiting gene expressions, enabling transcription and translation from DNA to proteins, in processes involving diseases such as cancer, and virus-host interactions. As such, there are useful applications that may arise from studies and analyses involving RNAs, such as detecting cancer by measuring the abundance of specific RNAs, detecting and identifying infections involving RNA viruses, identifying the origins of and relationships between RNA viruses, and identifying potential targets when designing novel drugs. Extracting sequences from RNA samples is usually not a major limitation anymore thanks to sequencing technologies such as RNA-Seq. However, accurately identifying and analyzing the extracted sequences is often still the bottleneck when it comes to developing RNA-based applications. Like proteins, functional RNAs are able to fold into complex structures in order to perform specific functions throughout their lifecycle. This suggests that structural information can be used to identify or classify RNA sequences, in addition to the sequence information of the RNA itself. Furthermore, a strand of RNA may have more than one possible structural conformations it can fold into, and it is also possible for a strand to form different structures in vivo and in vitro. However, past studies that utilized secondary structure information for RNA identification purposes have relied on one predicted secondary structure for each RNA sequence, despite the possible one-to-many relationship between a strand of RNA and the possible secondary structures. Therefore, we hypothesized that using a representation that includes the multiple possible secondary structures of an RNA for classification purposes may improve the classification performance. We proposed and built a pipeline that produces secondary structure fingerprints given a sequence of RNA, that takes into account the aforementioned multiple possible secondary structures for a single RNA. Using this pipeline, we explored and developed different types of secondary structure fingerprints in our studies. A type of fingerprints serves as high-level topological representations of the RNA structure, while another type represents matches with common known RNA secondary structure motifs we have curated from databases and the literature. Next, to test our hypothesis, the different fingerprints are then used with deep learning and with different datasets, alone and together with various sequence-based features, to investigate how the secondary structure fingerprints affect the classification performance. Finally, by analyzing our findings, we also propose approaches that can be adopted by future studies to further improve our secondary structure fingerprints and classification performance.

Les communautés microbiennes dominent la plupart des écosystèmes aquatiques en termes de biomasse et de productivité, particulièrement dans les environnements nordiques hostiles à la faune et la flore macroscopiques. Les virus y contrôlent l'abondance des populations microbiennes et peuvent modifier le métabolisme des cellules infectées par l'utilisation de gènes métaboliques auxiliaires. Le court-circuit viral affecte aussi le transfert des nutriments et de l'énergie dans les réseaux trophiques en emprisonnant l'énergie dans la boucle microbienne, ne la rendant accessible qu'aux micro-organismes. Ces manipulations de l'activité de la prépondérante biomasse microbienne peuvent se répercuter jusque dans les cycles biogéochimiques des environnements aquatiques nordiques. La salinité est une caractéristique importante de ces écosystèmes puisqu'elle influence directement le métabolisme des micro-organismes. Chez les virus, ces effets se traduisent dans leur distribution, leur infectivité et leurs interactions avec leurs hôtes. L'objectif de cette thèse est d'offrir une connaissance approfondie de l'écologie des virus aquatiques en examinant plus spécifiquement les changements de diversité selon les gradients de salinité dans les milieux nordiques. La composition des communautés virales a donc été étudiée dans trois sites nordiques sélectionnés pour leur importance écologique et la spécificité de leur zone de transition saline. D'abord, une approche par amplification PCR de marqueurs conservés pour les Phycodnaviridae et les Picornavirales a permis de dresser un portrait des virus infectant le phytoplancton dans la zone de turbidité maximale du fleuve Saint-Laurent, important cours d'eau d'Amérique du Nord. La détection de ces virus dans six sites allant de l'habitat dulcicole à l'habitat marin a révélé peu de phylotypes viraux communs entre les sites d'eau douce et d'eau salée. La salinité semble ainsi y être le premier déterminant de la composition de la communauté virale. De plus, nos analyses indiquent que les virus découverts dans l'estuaire du Saint-Laurent divergent de ceux qui ont déjà été classifiés et des virotypes d'environnements comparables publiés. Ces résultats suggèrent que des virus à ADN et à ARN infectant le phytoplancton seraient actifs dans la zone de turbidité maximale et que cette région possède des assemblages viraux uniques. Ensuite, une approche viromique a permis de caractériser les communautés virales d'un lac arctique hautement stratifié, le lac A, dont les eaux profondes issues de l'océan Arctique ancien se sont révélées riches en virus nouveaux. Ce type de lacs à stratification pérenne est dépendant de la couverture de glace qui maintient la structure chimique de sa colonne d'eau et la distribution des communautés microbiennes qui y sont associées. Les communautés virales des trois strates du lac étaient remarquablement distinctes, ce qui suggère qu'il y a peu d'échange de virotypes entre elles. L'abondance virale et les ratios virus/procaryotes étaient plus élevés en profondeur et la division nette des communautés virales correspondait avec celle d'hôtes potentiels. Les communautés virales du lac A se distinguaient aussi de données de l'océan Arctique et du lac méromictique Ace Lake en Antarctique. Enfin, la même approche viromique peu invasive développée pour les travaux de la présente thèse a permis de documenter la diversité virale du dernier lac épiplateforme de l'Arctique, le lac épiplateforme du fjord Milne. Contrairement aux résultats obtenus au lac A, les assemblages viraux de surface étaient les plus diversifiés et une communauté virale propre à la chémocline du lac n'a pas pu être détectée. La division nette entre les assemblages dulcicoles et marins s'expliquait principalement par la conductivité et la concentration en oxygène dissout. La caractérisation de certains groupes de virotypes cooccurents a aussi permis de prévoir leurs hôtes potentiels. Les zones de transition étudiées dans cette thèse sont maintenues par des équilibres hydriques et glaciaires fragiles, déjà perturbés par les changements climatiques et l'activité humaine. Avec le réchauffement accéléré des régions nordiques, la fonte est accrue dans la plateforme glacière du Groenland et les glaciers continentaux. Ce fort débit d'eau douce qui se jette dans les océans Arctique et Atlantique Nord risque de déséquilibrer la circulation thermohaline et de bouleverser la surface des écosystèmes marins, réservoirs de productivité primaire microbienne irremplaçables. Connaissant les effets de l'activité virale dans les écosystèmes aquatiques, il est urgent de décrire les communautés virales d'environnements changeants, comme les zones de transition saline, afin de décrire les fonctions uniques qu'elles pourraient détenir et mieux comprendre leurs effets à long terme sur ces écosystèmes en évolution. / Microbial communities dominate most aquatic ecosystems in terms of biomass and productivity, particularly in high latitude areas where conditions are hostile to macro fauna and flora. There, viruses have many roles in population control, for example, through their auxiliary metabolic genes that modify the metabolism of infected host cells. They also alter the transfer of nutrients and energy through trophic webs. The viral shunt, for example, traps energy inside the microbial loop, making it more accessible to microorganisms. These effects on aquatic trophic webs can have repercussions that affect the biogeochemical cycles of northern and arctic aquatic environments where metabolic activity from the abundant microbial biomass contributes to most processes. Just as salinity restrains the distribution of aquatic pluricellular organisms, it also directly affects the metabolism of microbes and their impact on ecosystem functioning. In viruses, these effects can translate into changes in infectivity and distribution but can also modify their interactions with their hosts. The main objective of this thesis was to characterize the ecology of aquatic viruses by examining the changes in their diversity through salinity gradients in northern aquatic habitats. We studied the composition of viral communities in three northern sites selected for their ecological relevance and the uniqueness of their saline transition zones. First, PCR amplification of conserved genetic markers of Phycodnaviridae and Picornavirales allowed us to describe the viruses that infect phytoplankton in the estuarine transition zone of the Saint Lawrence River, an important North American waterway. Detection of these viruses at six sites ranging from freshwater to marine habitats revealed few shared viral phylotypes between fresh and saline waters. This suggests that salinity might be the main factor influencing viral community composition. In addition, our analyses indicate that the virotypes found in the St. Lawrence estuary differ from published viruses and those found in comparable environments. These results suggest that DNA and RNA viruses infecting phytoplankton are active in the estuarine transition zone and that this zone harbours its own unique viral assemblages. Second, a viromic approach (that was developed during this research) allowed for the characterization of the viral communities in a highly stratified arctic lake. Lake A, with deeper waters that originate from the ancient Arctic Ocean revealed an abundance of novel viruses. This type of perennially stratified lake is dependant on ice cover which maintains the chemical structure of the water column and the distribution of the associated microbial communities. The viral communities in the three strata of the lake were remarkably distinct, suggesting that there is little exchange of virotypes. Viral abundance and virus/prokaryote ratios were highest in the deeper water and the clean separation between the viral communities matched that of potential hosts. The viral communities of Lake A also differed from those of the Arctic Ocean and the meromictic Ace Lake in Antarctica. Lastly, the same minimally invasive viromic approach allowed us to document the viral diversity in the last Arctic epishelf lake, the Milne Fiord epishelf lake. Contrary to what was observed in Lake A, the surface viral assemblages were more diverse, and no specific viral community was detected based on the chemocline. The clear division between the fresh and marine assemblages was mostly correlated with conductivity and dissolved oxygen concentration. Finally, the characterization of co-occurring virotypes allowed us to predict potential hosts. The transition zones examined in this research are maintained by a fragile balance of hydrological and glacial conditions which are already affected by climate change, but also by other human activities. Knowing how viruses affect aquatic ecosystems, a thorough description of the viral communities in changing environments is urgent and essential to gain a better understanding of their potential long-term effects within aquatic ecosystems. As the northern regions continue to warm at an accelerated rate, the melting increases in the Greenland platform and continental glaciers. The large amount of freshwater discharge into the Arctic Ocean and the North Atlantic may disturb thermohaline circulation and drastically change the surface of marine ecosystems, a crucial site for microbial primary production. Understanding how viruses and microbes thrive in the saline transition and their dependence on potentially unique functions and interactions may be key to anticipating the long-term effects they could have in these irreversibly and continuously changing ecosystems.

The lecture recital, given on April 18, 1983, began with biographical background that suggests the influences on the compositional development of both the composer, Charles Widor, and the poet, Paul Bourget, of the Chanons de mer. Songs were chosen to examine the characteristics that not only enhance Widor's poetic rendering, but impart to the Chansons de mer the more intellectual appeal often desired in today's concert repertoire.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les communautés microbiennes dominent la plupart des écosystèmes aquatiques en termes de biomasse et de productivité, particulièrement dans les environnements nordiques hostiles à la faune et la flore macroscopiques. Les virus y contrôlent l'abondance des populations microbiennes et peuvent modifier le métabolisme des cellules infectées par l'utilisation de gènes métaboliques auxiliaires. Le court-circuit viral affecte aussi le transfert des nutriments et de l'énergie dans les réseaux trophiques en emprisonnant l'énergie dans la boucle microbienne, ne la rendant accessible qu'aux micro-organismes. Ces manipulations de l'activité de la prépondérante biomasse microbienne peuvent se répercuter jusque dans les cycles biogéochimiques des environnements aquatiques nordiques. La salinité est une caractéristique importante de ces écosystèmes puisqu'elle influence directement le métabolisme des micro-organismes. Chez les virus, ces effets se traduisent dans leur distribution, leur infectivité et leurs interactions avec leurs hôtes. L'objectif de cette thèse est d'offrir une connaissance approfondie de l'écologie des virus aquatiques en examinant plus spécifiquement les changements de diversité selon les gradients de salinité dans les milieux nordiques. La composition des communautés virales a donc été étudiée dans trois sites nordiques sélectionnés pour leur importance écologique et la spécificité de leur zone de transition saline. D'abord, une approche par amplification PCR de marqueurs conservés pour les Phycodnaviridae et les Picornavirales a permis de dresser un portrait des virus infectant le phytoplancton dans la zone de turbidité maximale du fleuve Saint-Laurent, important cours d'eau d'Amérique du Nord. La détection de ces virus dans six sites allant de l'habitat dulcicole à l'habitat marin a révélé peu de phylotypes viraux communs entre les sites d'eau douce et d'eau salée. La salinité semble ainsi y être le premier déterminant de la composition de la communauté virale. De plus, nos analyses indiquent que les virus découverts dans l'estuaire du Saint-Laurent divergent de ceux qui ont déjà été classifiés et des virotypes d'environnements comparables publiés. Ces résultats suggèrent que des virus à ADN et à ARN infectant le phytoplancton seraient actifs dans la zone de turbidité maximale et que cette région possède des assemblages viraux uniques. Ensuite, une approche viromique a permis de caractériser les communautés virales d'un lac arctique hautement stratifié, le lac A, dont les eaux profondes issues de l'océan Arctique ancien se sont révélées riches en virus nouveaux. Ce type de lacs à stratification pérenne est dépendant de la couverture de glace qui maintient la structure chimique de sa colonne d'eau et la distribution des communautés microbiennes qui y sont associées. Les communautés virales des trois strates du lac étaient remarquablement distinctes, ce qui suggère qu'il y a peu d'échange de virotypes entre elles. L'abondance virale et les ratios virus/procaryotes étaient plus élevés en profondeur et la division nette des communautés virales correspondait avec celle d'hôtes potentiels. Les communautés virales du lac A se distinguaient aussi de données de l'océan Arctique et du lac méromictique Ace Lake en Antarctique. Enfin, la même approche viromique peu invasive développée pour les travaux de la présente thèse a permis de documenter la diversité virale du dernier lac épiplateforme de l'Arctique, le lac épiplateforme du fjord Milne. Contrairement aux résultats obtenus au lac A, les assemblages viraux de surface étaient les plus diversifiés et une communauté virale propre à la chémocline du lac n'a pas pu être détectée. La division nette entre les assemblages dulcicoles et marins s'expliquait principalement par la conductivité et la concentration en oxygène dissout. La caractérisation de certains groupes de virotypes cooccurents a aussi permis de prévoir leurs hôtes potentiels. Les zones de transition étudiées dans cette thèse sont maintenues par des équilibres hydriques et glaciaires fragiles, déjà perturbés par les changements climatiques et l'activité humaine. Avec le réchauffement accéléré des régions nordiques, la fonte est accrue dans la plateforme glacière du Groenland et les glaciers continentaux. Ce fort débit d'eau douce qui se jette dans les océans Arctique et Atlantique Nord risque de déséquilibrer la circulation thermohaline et de bouleverser la surface des écosystèmes marins, réservoirs de productivité primaire microbienne irremplaçables. Connaissant les effets de l'activité virale dans les écosystèmes aquatiques, il est urgent de décrire les communautés virales d'environnements changeants, comme les zones de transition saline, afin de décrire les fonctions uniques qu'elles pourraient détenir et mieux comprendre leurs effets à long terme sur ces écosystèmes en évolution. / Microbial communities dominate most aquatic ecosystems in terms of biomass and productivity, particularly in high latitude areas where conditions are hostile to macro fauna and flora. There, viruses have many roles in population control, for example, through their auxiliary metabolic genes that modify the metabolism of infected host cells. They also alter the transfer of nutrients and energy through trophic webs. The viral shunt, for example, traps energy inside the microbial loop, making it more accessible to microorganisms. These effects on aquatic trophic webs can have repercussions that affect the biogeochemical cycles of northern and arctic aquatic environments where metabolic activity from the abundant microbial biomass contributes to most processes. Just as salinity restrains the distribution of aquatic pluricellular organisms, it also directly affects the metabolism of microbes and their impact on ecosystem functioning. In viruses, these effects can translate into changes in infectivity and distribution but can also modify their interactions with their hosts. The main objective of this thesis was to characterize the ecology of aquatic viruses by examining the changes in their diversity through salinity gradients in northern aquatic habitats. We studied the composition of viral communities in three northern sites selected for their ecological relevance and the uniqueness of their saline transition zones. First, PCR amplification of conserved genetic markers of Phycodnaviridae and Picornavirales allowed us to describe the viruses that infect phytoplankton in the estuarine transition zone of the Saint Lawrence River, an important North American waterway. Detection of these viruses at six sites ranging from freshwater to marine habitats revealed few shared viral phylotypes between fresh and saline waters. This suggests that salinity might be the main factor influencing viral community composition. In addition, our analyses indicate that the virotypes found in the St. Lawrence estuary differ from published viruses and those found in comparable environments. These results suggest that DNA and RNA viruses infecting phytoplankton are active in the estuarine transition zone and that this zone harbours its own unique viral assemblages. Second, a viromic approach (that was developed during this research) allowed for the characterization of the viral communities in a highly stratified arctic lake. Lake A, with deeper waters that originate from the ancient Arctic Ocean revealed an abundance of novel viruses. This type of perennially stratified lake is dependant on ice cover which maintains the chemical structure of the water column and the distribution of the associated microbial communities. The viral communities in the three strata of the lake were remarkably distinct, suggesting that there is little exchange of virotypes. Viral abundance and virus/prokaryote ratios were highest in the deeper water and the clean separation between the viral communities matched that of potential hosts. The viral communities of Lake A also differed from those of the Arctic Ocean and the meromictic Ace Lake in Antarctica. Lastly, the same minimally invasive viromic approach allowed us to document the viral diversity in the last Arctic epishelf lake, the Milne Fiord epishelf lake. Contrary to what was observed in Lake A, the surface viral assemblages were more diverse, and no specific viral community was detected based on the chemocline. The clear division between the fresh and marine assemblages was mostly correlated with conductivity and dissolved oxygen concentration. Finally, the characterization of co-occurring virotypes allowed us to predict potential hosts. The transition zones examined in this research are maintained by a fragile balance of hydrological and glacial conditions which are already affected by climate change, but also by other human activities. Knowing how viruses affect aquatic ecosystems, a thorough description of the viral communities in changing environments is urgent and essential to gain a better understanding of their potential long-term effects within aquatic ecosystems. As the northern regions continue to warm at an accelerated rate, the melting increases in the Greenland platform and continental glaciers. The large amount of freshwater discharge into the Arctic Ocean and the North Atlantic may disturb thermohaline circulation and drastically change the surface of marine ecosystems, a crucial site for microbial primary production. Understanding how viruses and microbes thrive in the saline transition and their dependence on potentially unique functions and interactions may be key to anticipating the long-term effects they could have in these irreversibly and continuously changing ecosystems.

De 1850 à nos jours, l'agriculture et la société rurale dans l'arrondissement de Montreuil-sur-Mer sont en pleine mutation. Les techniques et les structures de production et de commercialisation se modernisent. Les cultures et l'élevage se développent. Le syndicalisme, le mutualisme et le coopératisme apparaissent. Les exploitations sont de plus en plus vastes et les paysans de moins en moins nombreux. L'arrondissement dispose de l'une des associations de défense des intérêts des cultivateurs et de diffusion du progrès les plus puissantes et les plus actives du département : la Société d'agriculture de Montreuil-sur-Mer, fondée en 1821. Cette dernière, dirigée par Octave Corne de 1923 à 1956, atteint véritablement son apogée dans l'entre-deux guerres. Néanmoins, tout au long de la période, le territoire demeure l'un des espaces les moins avancés du Pas-de-Calais. La productivité, notamment céréalière, est l'une des plus faible du département. Les exploitations sont moins bien équipées que dans les région d'Arras et de Béthune. Le retard résulte principalement des conditions naturelles relativement difficiles, de la qualité des sols souvent médiocre et des mentalités particulièrement conservatrices. Des disparités subsistent également à l'échelle cantonale sur le territoire. L'essor des cultures et de l'élevage est plus important dans les cantons du Littoral et du sud de la Canche que dans ceux du nord-est. Les régions de Fruges et d'Hucqueliers sont incontestablement les espaces les plus déshérités de l'arrondissement. / Agriculture and the rural society have been constantly changing in the district of Montreuil-sur-Mer since 1850. The production and marketing techniques and structures haves modernized. Farming and cattle breeding have developed. Unionism, mutualism and cooperation have emerged. Farms have become huger and the numbers of farmers has been decreasing. The district has got one of the most powerful and active organizations in the country. The Agricultural Company of Montreuil-sur-Mer was established in 1821 and has been defending the farmers interests and spreading progress since. It was run b Octave Corne from 1923 to 1956. It reached its climax during the interwar period. However, the territory remained one of the least developed areas of the Straits of Dover throughout those years. Productivity, cereal crops in particular, has been one of the lowest of the Straits of Dover. Farms are less well-equipped than in the Arras and Bethune areas. Backwardness mainly results from the natural conditions which are quite hard, the poor quality of the soil and from a conservative attitude. Disparities remain at a local level as well. The rapid expansion of farming and cattle breeding is far more important in the coast areas and in the south of the Canche than in the north eastern ones. The regions of Fruges and Hucqueliers are indisputably the most deprived of the district.

Dès la deuxième moitié du XIXe siècle, nombreux sont les Italiens qui ont immigré dans le département du Var, géographiquement proche de la péninsule. Pourtant, le Var n’a pas suscité le même intérêt chez les historiens de l’immigration que les départements limitrophes des Bouches-du-Rhône et des Alpes-Maritimes. Ce constat nous a menée à l’étude du phénomène migratoire transalpin dans le Var. Majoritairement élaborée à partir de sources de première main qui ont nécessité un important travail dans les Archives Départementales, cette thèse est caractéristique de la présence italienne dans le Var à la fois d’un point de vue démographique, socio-économique et mémoriel. En d’autres termes, elle révèle l’ampleur de l’exode italien dans le département, le profil des immigrés et leur répartition géographique sur le territoire. Ce travail montre également l’impact de l’arrivée massive des travailleurs transalpins sur l’économie varoise et définit les secteurs d’activités dans lesquels ils sont majoritairement embauchés. Enfin, il s’intéresse aux aspects socioculturels de l’immigration, traités notamment à l’aide de la reconstitution de la mémoire par des descendants d’Italiens établis dans le département du Var qui racontent l’histoire de leurs ancêtres. Il étudie alors le parcours migratoire des Transalpins du Var de manière individuelle et tente d’échapper aux clichés, notamment concernant le déracinement, l’adaptation, la discrimination ou encore la transmission des origines italiennes. Construite selon une démarche positiviste et constructive, cette étude prend en compte différents types de sources qui se complètent et qui donnent accès à l’immigration italienne de la manière la plus réaliste. / Since the second half of the nineteenth century, many Italians immigrated into the Var department, geographically very close to the Italian peninsula. Yet the Var area hasn’t attracted the same interest of its neighbors, the departments of Bouches-du-Rhône and Alpes-Maritimes, among historians. This observation led us to study the transalpine immigration into the Var. Mostly developed from first-hand sources that did a lot of researching in the French Local Historical Archives, this thesis characterizes the Italian presence in the Var, both from a demographic, socio economic and memorial point of view. In other words, it reveals the extent of the Italian exodus into the Var department, the profile of immigrants and their geographical distribution in the area. This work also shows the impact that the massive arrival of transalpine immigrants had on the Var economy and defines the sectors in which they were employed. Finally, it treats the cultural aspects with help from the memories of the Italian descendants settled in the Var who were able to tell the story of their ancestors. The study will also look into the emigrational path taken by the transalpine Var immigrants individually without going into all the usual clichés, concerning the uprooting, adaptation, discrimination, or lastly the transmission of Italian origins. This study has used a positive and constructive approach ; it has taken into account a lot of different sources which manages to tell the Italian immigration in the most realistic way.

Texte remanié de: Thesis--Department of archaeology--University of bergen, 2002. / Bibliogr. p. 79-86.

Texte remanié de: Mémoire d'habilitation à diriger des recherches--Paris-Sorbonne, 2001. Titre de soutenance : Dynamiques holocènes continentales et littorales et variations de la ligne de rivage de l'Adriatique au sud de la Turquie. / Bibliogr. p. 203-217. ISSN exact : 1955-4982.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Lasers, molécules, rayonnement atmosphérique : Lille 1 : 2004. / Résumé. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Trois articles en anglais retirés. Bibliogr. p. 185-190.