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Escherichia coli possède une grande plasticité génomique comme en témoigne la diversité des souches à l’intérieur de cette espèce bactérienne. Bien que la majorité des souches soient inoffensives ou à tout le moins opportunistes, plusieurs ont acquis des facteurs de virulence spécifiques leur procurant un pouvoir pathogénique. Les souches pathogènes comme E. coli O157 :H7 sont responsables de cas de morbidité, mortalité et pertes économiques importantes dans l’industrie agro-alimentaire dans le monde entier. L’évolution bactérienne est un mécanisme continuel qui se fait via l’échange d’éléments génétiques mobiles, de mutations ponctuelles et autres réarrangements génétiques. Ces changements génétiques peuvent procurer des avantages sélectifs permettant une adaptation bactérienne rapide face aux stress et changements environnementaux et favorisant le développement de pathogènes émergents. Dans la première partie de ce projet, nous avons étudié la région intergénique mutS-rpoS, qui est une des plus grandes sources de polymorphisme chromosomique chez les entérobactéries. Notre analyse génomique comparative a permis de confirmer le polymorphisme à l’intérieur même d’un ensemble de souches Escherichia spp., Salmonella spp. et Shigella spp. De plus, nous avons pu confirmer que certains types de polymorphismes dans la région mutS-rpoS étaient fortement associés à certains types de pathogènes chez E. coli. Dans notre analyse, nous avons ressorti un groupe de gènes à l’intérieur de la région mutS-rpoS qui pourraient sevir comme marqueur chromosomique intéressant pour les E. coli extra-intestinaux (ExPEC), un groupe comprennant des souches hautement pathogènes et difficiles à définir par les tests actuelllement disponibles. Dans notre analyse bio-informatique, nous avons isolé ce groupe de gènes associé aux ExPEC et nous l’avons caractérisé in sillico. Nous avons également inclus dans l’analyse deux souches hypermutables du genre Escherichia spp. de notre collection, isolées d’animaux de ferme. L’hypermutabilité ou la capacité d’acquérir des mutations plus rapidement que la normale accélère le processus d’évolution et la capacité d’adaptation de ces souches. La région mutS-rpoS est reliée au système de réparation de l’ADN bactérien (MMRS) et pourrait être impliquée dans l’apparition du phénotype d’hypermutabilité. Durant les dernières années, de plus en plus d’espèces du genre Escherichia ont été isolées de cas cliniques d’animaux et d’humains. Ces souches atypiques ont un potentiel de virulence très élevé, des combinaisons de gènes de virulence et des variants génétiques différents des souches typiques, et certaines souches ont même évolué en tant que pathogènes. Les souches de l’espèce E. albertii ont été isolées récemment et ont un grand potentiel de virulence autant chez les humains que chez les oiseaux. Ces souches sont souvent confondues avec d’autres organismes pathogènes comme E. coli dans les tests biochimiques, et le manque de connaissances sur E. albertii rend son identification difficile. Dans la deuxième partie de ce projet, nous avons identifié des gènes spécifiques aux souches d’E. albertii ainsi que des gènes de virulence présents chez E. albertii par comparaisons génomiques, ce qui a permis de développer et optimiser un test PCR (réaction en chaîne par polymérase) visant l’identification génomique rapide et fiable d’E. albertii.

Diaconia research in the Nordic countries 2015-2019 This master thesis is a systematic literature review of the field of diaconal research in the Nordic countries during the period 2015 - 2019. I have conducted a Mixed Methods Research Synthesis on 134 selected titles, corresponding to the search protocol. Diaconia is sometimes defined as the social work or social care performed by the Christian church, but as my report shows, the concept of Diaconia can be defined in several ways, from narrow to wide delimitations. As a research field, Diaconia research is not clearly defined. One of the findings of my study is that Diaconia research draws from and contributes to ecclesiology, sociology and psychology of religion, systematic theology, church history and patristic studies. The main Nordic research site for diaconal studies is VID Specialized University in Norway. Other major contributors to the field are Uppsala University (CRS), Ersta Sköndal Bräcke University, University of Eastern Finland and MF Norwegian School of Theology, Religion and Society. My report shows recent developments in the theology of Diaconia, and makes visible differences and similarities in the understanding of the Deacon’s office in the Nordic majority churches. Deacons in Finland, Norway and Sweden struggle with similar challenges of mandate and responsibilities, which is shown by comparison between several referenced studies. These challenges appear to be connected to gender, a low over all appreciation of social care in society and church alike, and not the least, outdated theological interpretations of the Deacon’s office as humble or lowly service. Contributions from an international research project at University of Eastern Finland are aiming to correct some of these misunderstandings by retranslating texts from the patristic era. All in all, the referenced studies show, that diaconal works in the Nordic countries are making important contributions to society, expanding beyond the concept of care, engaging in theological development, social innovation, social mobilisation and interreligious cooperation. My study makes a theoretical contribution by adapting the concentric model for Diakonia developed by Erik Blennberger (1946 – 2018), based on this empirical finding.

<p> Hearing provides a vital means for infants to discover their environment and communicate with their caregivers. Identifying and discriminating the pitch of sounds is critical for infants in order to acquire information from speech and music. Therefore, how infants process pitch is a fundamental question in research on auditory development. The focus of this dissertation is the use of auditory event related potentials (ERPs) derived from electroencephalogram (EEG) recordings to examine the maturation of pitch perception in early infancy. </p> <p> Pitch perception in adults has been extensively studied, but little is known about the development of pitch perception during early infancy. Infant mismatch responses (MMRs) are ERP components that are elicited by infrequent changes in auditory stimuli. MMR is a promising tool to study infant pitch perception because it can be elicited without attention or a behavioural response. However, previous studies on MMRs in infants have reported inconsistent results, some reporting frontally positive responses while others report frontally negative mismatch responses. In Chapter 2, we examined MMRs to simple pitch changes in infants between 2 and 4 months of age and found both types of infant MMRs are present, but the morphological distributions and developmental trajectories are different. In Chapter 3, we reported that both types of infant MMRs are affected similarly by the amplitude of pitch change but only the positive MMR becomes stronger when stimulus presentation rate increases, which suggests different neural mechanisms for the two types of infant MMRs. The studies reported in Chapter 4 found that only the negative MMR can be elicited readily by changes in pitch patterns, suggesting that it may be functionally similar to mismatch negativity (MMN) in adults. </p> <p> The experiments in Chapter 5 used MMR as the indication of whether infants automatically integrate the frequency components of a complex tone into a single pitch percept, even when the fundamental frequency component (corresponding to the pitch) is removed. Previous studies show that adult MMN is elicited by a pitch change in such tones missing the fundamental. Previous behavioural studies using a conditioned head tum method show that 7-month-olds also perceive pitch with tones missing the fundamental. The results of the present study indicate that infants as young as 4 months of age integrate components into a single pitch percept, but evidence for this in younger infants could not be found. </p> <p> In conclusion, the current dissertation established a promising procedure utilizing infant MMR to study infant pitch perception and contributed to the knowledge of early development of pitch perception by demonstrating dramatic changes in brain response to pitch in harmonic tones in infants between 2 and 4 months old, and to pitch in tones in infants missing the fundamental between 3 and 4 months old . </p> / Thesis / Doctor of Philosophy (PhD)