Submitted by CLAUDIO FERNANDES VASCONCELOS null (claudiofv@bol.com.br) on 2016-09-22T16:01:29Z No. of bitstreams: 1 dissertação claudio.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T18:55:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandesvasconcelos_c_me_rcla.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T18:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandesvasconcelos_c_me_rcla.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) Previous issue date: 2016-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho discorremos brevemente a respeito da modelagem matemática como metodologia de ensino e pesquisa e do modo como ela é abordada nos parâmetros curriculares nacionais. Apresentamos vários resultados da teoria de sequências e séries numéricas e, por fim, colocamos algumas propostas pedagógicas utilizando a modelagem matemática juntamente com a teoria de sequências e séries numéricas. O intuito destas propostas é proporcionar a construção do conhecimento matemático nos alunos do ensino médio.

Made available in DSpace on 2015-09-18T02:06:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000474948-Texto+Completo-0.pdf: 3093555 bytes, checksum: 642bceeeff1c8a8e64eadc61416e65a5 (MD5) Previous issue date: 2015 / We present a procedural method to create floor plans considering user-provided requisites as well as the constraint of a building’s exterior walls. First, a grid is created in the available space. Then, each room is placed to occupy a single cell in the grid, and subsequently expanded, occupying adjacent cells to achieve its final size. This growth-based approach can generate different interior models which follow user requisites without relying on costly optimization steps. The proposed method handles a wide variety of building shapes, including non-convex polygons. Possible applications include architectural tools and digital content generation. / Neste trabalho apresenta-se um método procedural para criar plantas baixas levando em conta requisitos do usuário e também o limite das paredes externas de uma construção. Primeiro, uma grade é criada no espaço disponível. Então, cada aposento é posicionado de tal forma a ocupar uma célula da grade, e é subsequentemente expandido, ocupando células adjacentes para alcançar seu tamanho final. Essa abordadem baseada em crescimento pode gerar diferentes modelos de interior que atendem aos requisitos do usuário sem depender de passos custosos de otimização. O método proposto é capaz de lidar com uma variedade de formatos externos das paredes da construção, incluindo polígonos não convexos. Possíveis aplicações incluem ferramentas de arquitetura e a geração de conteúdo digital.

Orientador: Chang Hung Kiang / Banca: Osmar Sinelli / Banca: Ernani Francisco da Rosa Filho / Banca: Alexandre Campane Vidal / Banca: Gerson Cardoso da Silva Junior / Resumo: O Sistema Aqüífero Bauru é representado por sedimentos cretáceos do Grupo Bauru e constitui uma das principais fontes de exploração de água subterrânea do Estado de São Paulo. A área de estudo limita-se ao norte pelo rio Tietê, a oeste pelo rio Paraná, a sul pelo rio Paranapanema e a leste pelos litotipos da Formação Serra Geral. O presente trabalho tem como objetivo o estudo hidrogeoquímico das águas subterrâneas do Sistema Aqüífero Bauru utilizando-se conhecimentos de geoquímica de baixa temperatura e isotópica. Para a caracterização dos tipos de rochas existentes e sua evolução diagenética, foram realizadas análises petrográficas, de difratometria de Raios X e de Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV Ambiental). A análise hidroquímica identificou a predominância de águas bicarbonatadas cálcicas e calco-magnesianas e secundariamente por águas bicarbonatadas sódicas. Algumas poucas foram classificadas como águas cloretadas. Os resultados isotópicos de 2H e de 18O mostram que as águas subterrâneas são de origem meteórica. A modelagem geoquímica foi executada com a utilização do programa SOLMINEQ88 pc/shell, versão 0.85, conforme proposto por PERKINS, GUNTER & NESBITT (1988) para a obtenção de cálculos de especiação das fases aquosas e do estado de saturação das fases minerais. No estudo da interação rocha-fluido, obteve-se que os arenitos que constituem o Grupo Bauru exerceram grande influência nos tipos hidroquímicos encontrados. Reações de substituição e de hidrólise de silicatos, dissolução de carbonatos e de outros minerais encontrados nos poros dos arenitos, como a analcima e a paligorskita, auxiliaram na incorporação de determinados tipos iônicos pelas águas do sistema aqüífero. / Abstract: The Bauru Aquifer System is represented by cretaceous sediments from Bauru Group and constitutes one of the main groundwater exploration sources from São Paulo State. The study area is limited to the north by Tietê river, to the west by Paraná river, to the south by Parapanema river and to the east by rocks of Serra Geral Formation. The present research aims to study the hydrogeochemistry behaviour of groundwaters from Bauru Aquifer System using the knowledge of isotopic and low temperature geochemistry. To the characterization of rocks and their diagenetic evolution, petrographic, X-ray difractometry and scan electronic microscope (SEM) analysis have been executed. To hydrochemical analysis revealed mainly calcium bicarbonate and calcium-magnesium bicarbonate waters composition in the study area. Other water samples are sodium bicarbonate and a few ones are chlorinated waters. The isotopic results of 2H and 18O revealed meteoric origin for the groundwaters. The geochemistry modeling was executed using the SOLMINEQ88 pc shell program, version 0.85 (PERKINS, GUNTER & NESBITT, 1988) to obtain the speciation calculus of aqueous phases and the saturation state of mineral phases. The rock-fluid interaction study showed that the sandstones from Bauru Group influenced in the hydrochemistry types found. Silicate dissolution and hydrolysis reactions, carbonate dissolution and the filling of other minerals in the sandstones pores (analcima and palygorkskite), are responsible for the incorporation of determinate ionic concentrations by the waters from aquifer system. / Doutor

Orientador: Cláudia Pio Ferreira / Banca: Eduardo Massad / Banca: Helenice de Oliveira Florentino Silva / Resumo: Os modelos epidemiológicos tem por objetivo reproduzir a dinâmica espacial e/ou temporal de doenças infecciosas, e propor possíveis estratégias de controle. Estes modelos auxiliam a compreensão do comportamento das doenças em relação à vários aspectos, como mecanismos de transmissão, sazonalidade (dependência dos parâmetros do modelo em relação a temperatura, umidade, etc.) e disseminação da doença (Yang, 2001). Para isso são levantadas hipóteses matemáticas, baseadas em conhecimentos biológicos acerca da doença, que possibilitem a estimação de alguns aspectos da interação entre o hospedeiro e agente infeccioso. este trabalho são apresentados dois modelos epidemiológicos, o pnmelro estudo é sobre a cólera em que foram estudados a influência de fatores extrínsecos e intrínsecos na dinâmica da doença, possíveis estratégias de controle e o papel do período de imunidade; e o segundo estudo é sobre a Doença do Caranguejo Letárgico (DCL) onde foi modelada a dispersão da doença entre dois estuários e mediu-se a contribuição da coleta de caranguejos e da existência de caranguejos resistentes nos estuários sobre a dinâmica da doença. Em particular, no caso da cólera o equilíbrio livre da doença e o equilíbrio endêmico são separados pelo limiar R~, o qual depende dos parâmetros biológicos do patógeno e hospedeiro, e do tamanho da população. A aplicação de mecanismos de controle, tais como vacinação, saneamento e tratamento de água, podem diminuir R~ < 1 prevenindo a transmissão da cólera. Se a vacinação em massa fosse possível poderia-se erradicar ou diminuir os surtos de cólera. Neste caso, a porcentagem da população a ser vacinada depende da imunidade da mesma ao vibrião da cólera. Dependendo do conjunto de parâmetros que caracterizam a doença em uma região, efeitos de ressonância podem acontecer e a perda de imunidade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of the epidemiological models is to repraduce the spatial and/or temporal dynamics of infectious diseases and to propose possible control strategies. These models help to understand the disease behavior in relation to various aspects, like transmission mechanisms, seasonality (dependence of mo deI parameters in relation to temperature, humidity, etc.) and disease spreading (Yang, 2001). They are built using mathematical hypotheses, based primarily in the biological knowledge about the disease which make possible to determine and modelled some aspects of the interaction between host and the infectious agent. In this work we present two epidemiological models, the first one is about cholera and discuss some contraI strategies and the rale of immunity in the disease dynamics; the second one is about Lethargic Crab Disease (LCD) and analyze the disease dispersion between two estuaries and the influence of crabs collect and the presence of resistants crabs in the estuaries. ln particular, in the case of cholera, the disease free equilibrium and the disease endemic equilibrium are separated by a threshold R~which depend on the biological parameters of the pathogen and host, and on the susceptible population size. The application of contrai mechanisms such as vaccination, sanitation and water treatment diminish R~ < 1 and prevent cholera transmission. If mass vaccination was possible, cholera eradication could be assessed. ln this case the population fraction that had to be immunizated depend on the population immunity. Based on the set of parameters which characterize the disease in a region, resonance effects can intensify cholera outbreaks and the lost of immunity can explain the spatial temporal behavior observed on endemic region for cholera. ln the case of DCL, crabs collect affect the disease intensity and periodicity and can diminish the probability of the disease... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Walter Malagutti Filho / Coorientador: Norberto Morales / Banca: Luiz Sérgio Amarante Simões / Banca: Yara Regina Marangoni / Resumo: A extremidade sudeste da Faixa de Dobramentos Brasília tem sido alvo de extensa discussão em vista de sua geometria complexa e a diversidade de interpretações postuladas ao longo do avanço do conhecimento, sem integração ou abordagem por modelagem até então. A geofísica é baseada em uma abordagem indireta à geometria das massas rochosas, imageando propriedades físicas das mesmas, sendo assim, a gravimetria representa uma alternativa para a observação das massas de rocha presentes na região e sua geometria. Nesta temática o presente trabalho apresenta resultados de análise e modelagem de dados gravimétricos neste segmento da crosta, mais especificamente a região da Nappe de Socorro-Guaxupé e arredores, entre os orógenos Brasília e Ribeira com o Cráton do São Francisco e sua zona de interferência estrutural. A filtragem e modelagem gravimétrica indicam uma geometria de crosta duplicada, onde o Cráton do São Francisco se apresenta como anteparo na colisão do bloco Paraná-Paranapanema e Vitória, durante o ciclo Brasiliano, com a formação de extensos sistemas de empurrão subsequentemente deformados por tectônica lateral ao término do evento orogênico, com a instalação dos Cinturões de Cisalhamento Paraíba do Sul e Campo do Meio, com assinaturas geofísicas marcantes. Aspectos geofísicos e petrológicos indicam a similaridade da região com áreas de alto grau metamórfico, agora com uma visão integrada de seus níveis inferiores de arquitetura com a confirmação de modelos anteriores com evidências de superfície / Abstract: The southern edge of Brasília Fold Belt has an extensive research past dealing with its complex geometry with several interpretations on its evolution, poorly constrained by geophysical modeling. Geophysics is a non-direct approach to crust geometry by means of its physical properties presenting a prospective way to observe crust geometry. This works follows this scenario for gravity modelling in the southern tip of Brasilia Fold belt, especially in the Socorro- Guaxupé Nappe area along the syntax and interference zone to the Ribeira Belt (Mantiqueira Orogen) by São Francisco Craton margin. Filtering and modeling of gravity data into 2D sections shows crust duplication along the nappe system with São Francisco Craton acting as a rigid- to subducting block during Neoproterozoic tectonics. Extensive fold and shear belts (Campo do Meio e Paraíba do Sul) formed in the area during late Neoproterozoic as the final acts of deformation during collision of Paranapanema and Vitória cratons/blocks with São Francisco craton. Geophysical, structural and petrology constraints shows that the nappe system pertains a high metamorphic grade lower crust slice with strong near- vertical shear zone imprint. This work proposes a geology- constrained gravity model along the structural interference zone for the main tectonic elements with information by seismology and magnetic data / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-14T02:01:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000458673-Texto+Completo-0.pdf: 3080106 bytes, checksum: 9e7d54d363eba0c316926ded1626fd2b (MD5) Previous issue date: 2014 / In order to address the challenges of greener energy generation, new techniques need to be developed both to generate electricity with lower emissions and to optimize energy distribution and consumption. Smart grid techniques have been developed specifically to tackle this latter challenge. Our research aims to contribute to improve the efficiency of energy use within a single household by modeling appliances as a multi agent system (MAS). We model this system as a virtual organization in which agents form groups and hierarchies and follow specific behavioral rules. This model seeks to minimize energy consumption while reaching a tradeoff between user comfort, energy cost and limiting peak energy usage. / Buscando enfrentar os desafios de gerar energia de forma mais limpa, novas técnicas precisam ser desenvolvidas tanto para a produção de eletricidade com baixa emissão de gás carbônico quanto otimizar a distribuição e consumo de energia existente. Técnicas foram desenvolvidos especificamente para combater este último desafio. Nossa pesquisa tem como objetivo contribuir para melhorar a eficiência do uso de energia em uma residência modelando os eletrodomésticos como um sistema multi agentes (MAS). Modelamos este sistema como uma organização virtual em que os agentes formam grupos e hierarquias e seguem específicas regras de comportamento. Este modelo visa minimizar o consumo de energia, enquanto alcança um equilíbrio entre o conforto do usuário e o custo da energia, além de limitar picos de demanda de energia.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:43:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000433871-Texto+Completo-0.pdf: 13257549 bytes, checksum: 48cf05d6c2d23d2999d7b1b399f2fa35 (MD5) Previous issue date: 2011 / The simulation of agents in virtual environment has a wide application in entertainment and security areas. It is important that such simulations also consider space features, besides only agent perception, in which may influence the agents movement across the virtual world. These space teatures can be treated as a set of geographical information such as rivers, lakes and montains, also including obstacles to be avoided or 3D variations in the virtual environment that should be considered in the agents motion. This work uses the concept of "terrain reasoning" that considers terrain semantic information to represent its teatures, Such information needs to be considered in order to provide the agents motion. In this work, we have as the main goal the integration between the terrain reasoning concept with the BioCrowds, a model for crowd simulation. Considering the biological approach used in the model to simulation of pedestrians motion, we suggest some adjustments to integrate the new concept in the model. By this way, obtained results presents new situations of simulation, that show cases where it is necessary to consider the terrain reasoning concept with goal to reproduce more consistent behaviors. / A área de simulação de agentes em ambientes virtuais possui ampla aplicação, tanto na área de jogos e produções de entretenimento, bem como em aplicações de segurança. Para tanto, tais simulações devem considerar, além de percepções do agente, características do espaço que possam influenciar a evolução do movimento dos agentes no ambiente. Tais características podem representar informações geográficas (como a presença de rios ou lagos), obstáculos a serem e evidenciados ou variações 3D no ambiente virtual, que devem ser consideradas durante a locomoção de personagens. Com este olhar, neste trabalho, considera-se o conceito de "raciocínio de terrenos", onde busca-se, através de informações semânticas do terreno, identificar características presentes no espaço e levá-las em consideração na produção do movimento dos personagens que povoam o ambiente. Como principal objetivo, o trabalho apresenta a adequação do modelo para simulação de multidões denominado BioCrowds, ao qual íntegra-se o conceito de "raciocínio de terrenos" Considerando a abordagem biológica adotada no modelo utilizado para simulação do movimento de pedestres, foram propostas adequações no mesmo a fim de possibilitar a integração do novo conceito. Dessa forma, pôde-se obter novos resultados de simulação, apresentando situações onde faz-se necessária a utilização do conceito de raciocínio de terrenos na busca de comportamentos mais consistentes.

A análise de transientes hidráulicos em sistemas de bombeamento deve ser realizada já nos estudos de concepção, mesmo que simplificadamente, para assegurar a viabilidade técnica e econômica dos sistemas nas etapas posteriores dos estudos, com maior nível de detalhe. A magnitude dos transientes hidráulicos depende das características do sistema, dentre as quais se destaca o material dos condutos. Conhecendo-se as pressões extremas ao longo do conduto, este poderá ser dimensionado com segurança para resistir aos esforços gerados pelos transientes ou poderão ser utilizados dispositivos de proteção, reduzindo os efeitos dos transientes. A melhor escolha deverá, portanto, se basear em critérios técnicos e econômicos. Essa dissertação tem como objetivo contribuir para o estabelecimento de parâmetros e critérios que auxiliem a escolha do material dos condutos forçados em sistemas de bombeamento, ao nível de estudo de concepção, considerando-se aspectos relativos aos transientes hidráulicos e econômicos. Para tanto, foram realizadas simulações computacionais com o software Allievi. Assim, foram apresentados gráficos com as envoltórias de cargas extremas, possibilitando-se estimar o comportamento dos transientes hidráulicos em sistemas similares aos estudados. Ainda, foram realizadas análises de sensibilidade quanto ao momento de inércia do conjunto motor-bomba, comprimento e diâmetro da adutora e se discutiu como cada uma dessas características influenciou os transientes hidráulicos. Os valores de oscilação de cargas ao longo das diferentes adutoras foram relacionados com parâmetros frequentemente utilizados em estudos de sistemas de geração de energia hidrelétrica para indicar a necessidade de proteção contra transientes. Verificou-se a aplicabilidade desses parâmetros como indicadores da necessidade de proteção também em sistemas de bombeamento e, com base nesses parâmetros, propôs-se uma metodologia para estimar as envoltórias de cargas piezométricas extremas ao longo da adutora. Após, foram feitas novas simulações com os dispositivos de proteção, permitindo-se elencar soluções tecnicamente viáveis para os sistemas estudados. Ao final, para estabelecer critérios técnicos e econômicos, foram geradas curvas de custos para as adutoras de diferentes materiais e dispositivos de proteção e foram elencadas as melhores alternativas para os sistemas. Concluiu-se que o uso de dispositivos de proteção apresenta grande potencial de aplicação com vistas à redução dos custos de implantação de sistemas de bombeamento. / It is essential to analyze hydraulic transients in pumping systems already in concept design stage, even in a simplified way, to ensure its technical and economic feasibility throughout the next project stages, when there is a higher level of detailing. Hydraulic transient magnitude depends on the characteristics of the system, among which the material of the pipes stands out. By knowing the extremes pressures along the pipe, it can be safely design to withstand the stresses generated in the transient flow or protection devices may be used, reducing the effects of the transients. The best option should therefore to be based on technical and economic criteria. This dissertation aims to contribute on the establishment of parameters and criteria to support the pipe material selection in pumping systems concept design by considering aspects related to hydraulic transients and economic analysis. So, for the characterization of the unsteady flow pressure profile it has been done unsteady flow simulations by using the Allievi software. There was presented graphics with extrema head profiles to make possible to estimate the hydraulic transient behavior in pumping systems. Additionally, it has been done sensitivity analysis of the combined polar moment of inertia of motor and pump and of the pipe diameter and length. Thus, it was discussed how each of these information influenced hydraulic transient. The head oscillation values along different pipes were associated to parameters frequently used in studies of hydropower generation systems to indicate the need for protection against transients. It was verified that these parameters can be used to indicate the need of protection also in pumping systems studies and based on this it had been proposed a new simplified method to estimate extrema head profiles along the pipe. After that, new simulations were made with protection devices allowing the identification of technically feasible solutions for both studied systems. In order to establish technical and economic criteria, cost curves were generated for different pipe materials and protection devices and the best alternatives for each system were listed based on these criteria. So, it has been concluded that the use of a protection device presents a great potential to reducing pumping systems implantation costs.

Sistemas não-lineares podem apresentar um comportamento periódico, no qual o ponto de equilíbrio no diagrama de fase, quando se plota uma variável de estado versus outra variável de estado, é substituído por uma órbita circular, denominada ciclo limite. A estimação de parâmetros desses sistemas não é uma tarefa simples, devido a não convexidade do problema de otimização. A fim de estimar parâmetros em tais modelos, este trabalho propõe um método que quantifica o comportamento oscilatório do sistema em função do valor dos parâmetros, adicionando essa informação, na forma de uma penalidade à função objetivo do problema de otimização associado reduzindo a não convexidade do problema, conduzindo o modelo a produzir o comportamento oscilatório. Para avaliar a metodologia, primeiramente foi estudado o modelo de Jöbses et al. (1986), onde foi comparada metodologia proposta com abordagens disponíveis na literatura. A metodologia proposta também foi aplicada a modelos relativos à produção de petróleo offshore, onde foram considerados: o modelo simplificado de Meglio et al. (2009), com três estados dinâmicos, representando apenas a região do sistema pipeline/riser, o modelo estendido de Diehl et al. (2017), com seis estados dinâmicos, representando a dinâmica das regiões anular/tubing e pipeline/riser e, por fim, a aplicação real, onde foram estimados os parâmetros desse último modelo com os dados de planta de produção offshore de uma plataforma de petróleo nacional. Os resultados mostraram que o método proposto foi capaz de garantir o comportamento oscilatório, diferentemente das outras abordagens, reduzindo a não convexidade do problema de estimação e forçando o comportamento dinâmico do sistema a produzir o ciclo limite, mesmo quando a otimização fosse inicializada a partir de valores fora da região de ciclo limite. / Non-linear systems may present a periodic behavior, where the phase diagram equilibrium point, obtained by plotting a state variable versus another state variable, is replaced by a circular orbit called limit cycle. The parameters estimation in these systems is not an easy task due to the non-convexity of the optimization problem. In order to estimate parameters in these models, this work proposes a method that quantifies the system oscillatory behavior in function of the parameters values, adding this information in the form of a penality to the objective function of the associated optimization problem, reducing the non-convexity and leading the model to produce an oscillatory behavior. Firstly, to evaluate the methodology, it was studied the Jöbses et al. (1986) model, where the proposed methodology was compared to the approaches available in the literature. The methodology was also applied to models related to offshore oil production, where it was considered: the simplified Meglio et al. (2009) model, with three dynamical states, representing only the pipeline/riser region, the Diehl et al. (2017) extended model, with six dynamical states, representing the dynamics of the anular/tubing and pipeline/riser region and, lastly, to a real application, where the parameters were estimated with the Diehl et al. (2017) model using real data obtained from a national oil plataform. The results showed that the proposed approach was able to ensure the oscillatory behavior, differently of other approaches, reducing the non-convexity of the estimation problem and forcing the dynamical behavior of the system to produce the limit cycle, even when the optimization was initializated with values outside the region of the limit cycle.

Ureases, apesar de sua importância histórica para a Bioquímica, ainda são enigmáticas. Pouco se sabe a respeito de suas propriedades não-catalíticas, por exemplo. Nesse contexto, o presente trabalho submeteu uma urease de Canavalia ensiformis (JBURE-IIB) a simulações de dinâmica molecular, nos níveis de detalhamento atomístico e coarse-grained, buscando obter uma caracterização conformacional dessa urease, tanto como monômero quanto como trímero. Os dados assim obtidos sugerem que os domínios da proteína apresentam diferentes mobilidades, sendo o domínio γ o mais flexível. Esse domínio é também o principal responsável pela compactação do monômero da urease isolado, quando comparado à sua conformação cristalográfica. A mobilidade do domínio γ foi também associada ao processo de oligomerização da enzima. A forma trimérica da urease de C. ensiformis também se tornou mais compacta após a simulação, apontando as ureases como moléculas altamente flexíveis, principalmente devido às regiões de alças que conectam domínios estruturais, no caso de ureases vegetais. Sendo uma propriedade não necessariamente associada à catálise, a análise de tal flexibilidade pode auxiliar tentativas futuras de explicar a participação não-catalítica da urease em suas propriedades multifuncionais. / Ureases, despite their historical importance in biochemistry, are still enigmatic. For instance, little is known about their non-catalytic properties. In this context, the current work submitted a Canavalia ensiformis urease (JBURE-IIB) to molecular dynamics simulations at both atomistic and coarse-grained levels in order to obtain a conformational characterization of such urease in both monomeric and trimeric forms. The data suggest that the domains of the protein present different mobilities, with the γ domain being the most flexible one. This domain is also the main responsible for the compactness of the isolated urease monomer when compared to its crystallographic conformation. The γ domain mobility was also associated with the oligomerization process of the enzyme. The trimeric form of C. ensiformis urease also became more compact after simulation, pointing to ureases as highly flexible molecules, mainly due to coiled regions connecting the structural domains, in the case of plant ureases. As a property not necessarily related to catalysis, the analysis of this flexibility may enlighten further efforts to solve the non-catalytic aspects of urease in its moonlighting properties.