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Avaliação quantitativa do risco de doença, causada por Vibrio arahaemolyticus, associado ao consumo de ostras (Crassostrea brasiliana) cruas cultivadas e comercializadas no Estado de São Paulo / Quantitative risk assessment of illness, caused by Vibrio parahaemolyticus, associated with the consumption of raw oysters (Crassostrea brasiliana) farmed and commercialized in the State of São PauloCosta Sobrinho, Paulo de Souza 03 August 2007 (has links)
Vibrio parahaemolyticus (Vp) é uma bactéria naturalmente presente em regiões estuarinas, sendo a principal causa de gastrenterite de origem bacteriana associada a pescados, principalmente ostras cruas. Nesta pesquisa, foi desenvolvida uma avaliação quantitativa de risco para avaliar a probabilidade de Vp causar doença após o consumo de ostra crua, produzida e comercializada no Estado de São Paulo. O estudo incluiu a identificação e caracterização do perigo, a avaliação da exposição e a caracterização do risco. Um modelo matemático foi desenvolvido. Este modelo leva em consideração o comportamento de Vp em ostras na cadeia produtiva, em cada estação do ano, além da relação entre a dose de Vp ingerida e a probabilidade de desenvolver a doença. A avaliação da exposição foi desenvolvida em três etapas: cultivo, pós-coleta e consumo. Na etapa de cultivo foram considerados os fatores que influenciam a prevalência e o número de Vp em ostras no momento da coleta. Na etapa pós-coleta, foram descritas as práticas da indústria e foram considerados os fatores associados ao processamento, transporte e manipulação. Já na etapa de consumo foram considerados os fatores como a quantidade de ostras consumidas por porção, o peso médio por ostra consumida e a população de Vp patogênico no momento do consumo. O resultado do modelo quantitativo da avaliação da exposição foi, então, integrado ao modelo dose-resposta, Beta-Poisson, para se obter uma estimativa do risco. Esta estimativa expressa o impacto da exposição humana a Vp, sobre a saúde pública, associada ao consumo de ostras. A simulação de Monte Carlo foi utilizada para avaliar o efeito da variabilidade e incerteza das variáveis do modelo sobre a estimativa do risco. O modelo prediz uma probabilidade de ocorrência de doença de 4,6x10-4, por porção de ostra, consumida ao longo do ano. As variáveis que possuem maior influência sobre o risco de ocorrência de doença são a população de Vp em ostras no cultivo, a temperatura de transporte das ostras até o varejo e a porcentagem de Vp patogênico em ostra, no momento do seu consumo. O modelo evidencia que uma das maneiras de reduzir o risco de ocorrência de doença seria intervir nas condições de transporte de ostras até o varejo por meio da sua refrigeração. Com o modelo é possível identificar fatores e simular cenários para avaliar o comportamento de V. parahaemolytícus como um perigo microbiológico, ao longo da cadeia produtiva de ostra até o momento do seu consumo. Também é possível avaliar o impacto de medidas de intervenção na cadeia produtiva. As suposições adotadas limitam a aplicabilidade do modelo. Portanto, é necessário que o modelo seja validado, particularmente com relação ao número de casos de doença causados por Vp, cujos dados de vigilância epidemiológica inexistem no Brasil. / Vibrio parahaemolyticus (Vp) is naturally present in estuarine regions and is the main cause of gastroenteritis associated with the consumption of bivalve molluscan shellfish, specially raw oysters. In this research, a quantitative risk assessment was developed to evaluate the probability of Vp causing disease after consumption of raw oyster, produced and commercialized in the state of Sao Paulo. The study included the identification and characterization of the hazard, exposure assessment and risk characterization. A mathematical model was developed. This model takes into account the behavior of Vp in oysters in the productive chain, for each season of the year, besides the relationship between the number of cells of Vp ingested and the probability of developing the disease. The exposure assessment was done in three steps: farming, after harvesting and consumption. At the farming step, the factors that influence the prevalence and the population of Vp at the time of harvesting were considered. At the after harvesting step, the factors associated with transportation, handling and processing were considered. At the consumption step, factors related to the amount of oysters and the average weight per oyster consumed and the density of pathogenic Vp at the time of consumption were considered. Then, the quantitative model of exposure assessment was integrated to the dose-response model, BetaPoisson, in order to obtain a risk estimate. This calculation expresses the impact of the human exposure to Vp associated with the consumption of oysters on public health. The Monte Carlo simulation was used to evaluate the effect of variability and uncertainty of variables of the model in the risk estimation. The model predicts a probability of occurrence of the disease of 4,6x10-4 per serving of oyster consumed during one year. The variables showing the greatest influence on the risk of occurrence of disease are the density of Vp in oyster in the farming step, the temperature during transportation of oysters to the retail market and the percentage of pathogenic Vp strains in oysters,\' at the moment of consumption. The model indicates that the use of refrigeration during transportation of oysters to retail could reduce the risk of disease. The model allows the identification of factors and the simulation of scenarios in order to evaluate the behavior of V. parahaemolyticus, as a microbiologícal hazard, in the productive chain of oyster to the consumption. It is also possible to evaluate the impact of intervention measures in the productive chain. The assumptions Iimit the application of the model. Therefore, it is necessary to validate the model, particularly in relation to the number of cases of dísease caused by V. parahaemolyticus of which the data on epidemiologic surveillance do not exist in Brazil.
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Avaliação quantitativa do risco de doença, causada por Vibrio arahaemolyticus, associado ao consumo de ostras (Crassostrea brasiliana) cruas cultivadas e comercializadas no Estado de São Paulo / Quantitative risk assessment of illness, caused by Vibrio parahaemolyticus, associated with the consumption of raw oysters (Crassostrea brasiliana) farmed and commercialized in the State of São PauloPaulo de Souza Costa Sobrinho 03 August 2007 (has links)
Vibrio parahaemolyticus (Vp) é uma bactéria naturalmente presente em regiões estuarinas, sendo a principal causa de gastrenterite de origem bacteriana associada a pescados, principalmente ostras cruas. Nesta pesquisa, foi desenvolvida uma avaliação quantitativa de risco para avaliar a probabilidade de Vp causar doença após o consumo de ostra crua, produzida e comercializada no Estado de São Paulo. O estudo incluiu a identificação e caracterização do perigo, a avaliação da exposição e a caracterização do risco. Um modelo matemático foi desenvolvido. Este modelo leva em consideração o comportamento de Vp em ostras na cadeia produtiva, em cada estação do ano, além da relação entre a dose de Vp ingerida e a probabilidade de desenvolver a doença. A avaliação da exposição foi desenvolvida em três etapas: cultivo, pós-coleta e consumo. Na etapa de cultivo foram considerados os fatores que influenciam a prevalência e o número de Vp em ostras no momento da coleta. Na etapa pós-coleta, foram descritas as práticas da indústria e foram considerados os fatores associados ao processamento, transporte e manipulação. Já na etapa de consumo foram considerados os fatores como a quantidade de ostras consumidas por porção, o peso médio por ostra consumida e a população de Vp patogênico no momento do consumo. O resultado do modelo quantitativo da avaliação da exposição foi, então, integrado ao modelo dose-resposta, Beta-Poisson, para se obter uma estimativa do risco. Esta estimativa expressa o impacto da exposição humana a Vp, sobre a saúde pública, associada ao consumo de ostras. A simulação de Monte Carlo foi utilizada para avaliar o efeito da variabilidade e incerteza das variáveis do modelo sobre a estimativa do risco. O modelo prediz uma probabilidade de ocorrência de doença de 4,6x10-4, por porção de ostra, consumida ao longo do ano. As variáveis que possuem maior influência sobre o risco de ocorrência de doença são a população de Vp em ostras no cultivo, a temperatura de transporte das ostras até o varejo e a porcentagem de Vp patogênico em ostra, no momento do seu consumo. O modelo evidencia que uma das maneiras de reduzir o risco de ocorrência de doença seria intervir nas condições de transporte de ostras até o varejo por meio da sua refrigeração. Com o modelo é possível identificar fatores e simular cenários para avaliar o comportamento de V. parahaemolytícus como um perigo microbiológico, ao longo da cadeia produtiva de ostra até o momento do seu consumo. Também é possível avaliar o impacto de medidas de intervenção na cadeia produtiva. As suposições adotadas limitam a aplicabilidade do modelo. Portanto, é necessário que o modelo seja validado, particularmente com relação ao número de casos de doença causados por Vp, cujos dados de vigilância epidemiológica inexistem no Brasil. / Vibrio parahaemolyticus (Vp) is naturally present in estuarine regions and is the main cause of gastroenteritis associated with the consumption of bivalve molluscan shellfish, specially raw oysters. In this research, a quantitative risk assessment was developed to evaluate the probability of Vp causing disease after consumption of raw oyster, produced and commercialized in the state of Sao Paulo. The study included the identification and characterization of the hazard, exposure assessment and risk characterization. A mathematical model was developed. This model takes into account the behavior of Vp in oysters in the productive chain, for each season of the year, besides the relationship between the number of cells of Vp ingested and the probability of developing the disease. The exposure assessment was done in three steps: farming, after harvesting and consumption. At the farming step, the factors that influence the prevalence and the population of Vp at the time of harvesting were considered. At the after harvesting step, the factors associated with transportation, handling and processing were considered. At the consumption step, factors related to the amount of oysters and the average weight per oyster consumed and the density of pathogenic Vp at the time of consumption were considered. Then, the quantitative model of exposure assessment was integrated to the dose-response model, BetaPoisson, in order to obtain a risk estimate. This calculation expresses the impact of the human exposure to Vp associated with the consumption of oysters on public health. The Monte Carlo simulation was used to evaluate the effect of variability and uncertainty of variables of the model in the risk estimation. The model predicts a probability of occurrence of the disease of 4,6x10-4 per serving of oyster consumed during one year. The variables showing the greatest influence on the risk of occurrence of disease are the density of Vp in oyster in the farming step, the temperature during transportation of oysters to the retail market and the percentage of pathogenic Vp strains in oysters,\' at the moment of consumption. The model indicates that the use of refrigeration during transportation of oysters to retail could reduce the risk of disease. The model allows the identification of factors and the simulation of scenarios in order to evaluate the behavior of V. parahaemolyticus, as a microbiologícal hazard, in the productive chain of oyster to the consumption. It is also possible to evaluate the impact of intervention measures in the productive chain. The assumptions Iimit the application of the model. Therefore, it is necessary to validate the model, particularly in relation to the number of cases of dísease caused by V. parahaemolyticus of which the data on epidemiologic surveillance do not exist in Brazil.
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Ocorrência e caracterização de Giardia e Cryptosporidium em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP e avaliação do risco / Occurrence and characterization of Giardia and Cryptosporidium in water collected for public supply in the municipality of Cajamar-SP and risk assessmentBataiero, Marcel Oliveira 18 April 2016 (has links)
Introdução: O risco à saúde humana ocasionado pela contaminação biológica de águas captadas para abastecimento público é realçado pela ocorrência de surtos de doenças associadas aos protozoários Giardia e Cryptosporidium, que possuem baixas doses infecciosas e alta capacidade de sobrevivência no ambiente, além de serem capazes de resistir ao processo tradicional de desinfecção da água (cloração). Partindo-se da hipótese de que há um risco elevado de infecção por estes protozoários pela ingestão de água tratada por métodos convencionais e que fazem uso de mananciais superficiais impactados por contaminação biológica, resultando num possível incremento da incidência de diarréias, este estudo se propôs a verificar a ocorrência destes protozoários em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP, caracterizar sua patogenicidade e avaliar o risco associado ao seu consumo através da água tratada. Métodos: Foram coletadas 48 amostras do ribeirão dos Cristais no ponto de captação da estação de tratamento de água, semanalmente, durante 12 meses (de 16/05/2013 a 21/05/2014). A detecção e a análise da concentração dos protozoários foram realizadas de acordo com Método 1623.1 da United States Environmental Protection Agency e a extração e caracterização dos espécies/genótipos de Giardia e Cryptosporidium foi realizada através metodologias moleculares e seqüenciamento. O risco de infecção pela ingestão de cistos de Giardia e oocistos de Cryptosporidium presentes na água tratada foi calculado usando a ferramenta da Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, a partir dos dados de concentração dos patógenos obtidos pelo Método 1623.1, eficiência de remoção dos (oo)cistos durante o processo convencional de tratamento da água, modelo dose-resposta e taxa de ingestão diária de água para indivíduos menores de 5 anos e maiores de 21 anos. Resultados: Cistos de Giardia foram detectados em 83,3% das amostras (40/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 8,6 cistos/L. Oocistos de Cryptosporidium foram etectados em 37,5% das amostras (18/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 2 oocistos/L. As espécies/genótipos encontrados (Giardia intestinalis A e B e Cryptosporidium parvum e hominis) são característicos de contaminação antrópica e são frequentemente identificados em estudos epidemiológicos como responsáveis por surtos. A estimativa do risco anual de infecção por Giardia foi de 3,3x10-3 (IC95% 4,6x10-3) para crianças e de 11,5x10-3 (IC95% 13,3x10-3) para adultos, enquanto o risco por Cryptosporidium foi de 1,1x10-3 (IC95% 1,7x10-3) para crianças e de 3,9x10-3 (IC95% 5,0x10-3) para adultos. O incremento da incidência de diarréias foi observado no cenário de estudo após um acidente que resultou em transbordamento de esgotos não tratados no manancial, coincidindo com o aumento na detecção de (oo)cistos. Conclusão: Os resultados evidenciaram que a vulnerabilidade do ribeirão dos Cristais a contaminações biológicas pode culminar em um risco elevado de infecção e adoecimento por Giardia e Cryptosporidium através da ingestão de água tratada. Portanto, o caso é preocupante, tanto do ponto de vista do tratamento e abastecimento de água potável, quanto da degradação e contaminação do manancial, evidenciando a necessidade de se estabelecer medidas de intervenção direcionadas a promover a qualidade da água e garantir sua segurança / Introduction: The risk to human health caused by biological contamination of source water from public water supply is highlighted by the occurrence of outbreaks associated with the protozoa Giardia and Cryptosporidium, which have low infectious doses and high capacity of survival in the environment, besides being capable of withstanding traditional process for water disinfection (chlorination). Considering that there is a high risk of infection by these protozoa through drinking water treated with conventional methods uptaked from surface waters impacted by biological contamination, resulting in a possible increase in the incidence of diarrhea, this study aimed to verify the occurrence of these protozoa in waters collected for public supply in Cajamar-SP, characterize their pathogenicity and evaluate the risk associated with its consumption. Methods: Forty eight samples were collected in ribeirão dos Cristais, at uptake point of the water treatment plant, weekly, for 12 months (from 05/16/2013 to 05/21/2014). The detection and quantification of protozoa were carried out according to the United States Environmental Protection Agency Method 1623.1, and the extraction and characterization of species/genotypes of iardia and Cryptosporidium were performed through molecular methods and sequencing. The risk of infection by ingestion of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts present in the treated water were calculated using the Quantitative Microbial Risk Assessment tool, based on the concentration data of pathogens obtained by the Method 1623.1, removal efficiency of (oo) cysts in the conventional process of water treatment, dose-response model and rate of daily water intake for individuals under the age of 5 years and over 21 years. Results: Giardia cysts were detected in 83.3% of the samples (40/48), with concentrations ranging rom the detection limit (<0.1) to 8.6 cysts/L. Cryptosporidium oocysts were detected in 7.5% of the samples (18/48), with concentrations ranging from the detection limit (<0.1) to 2 oocysts/L. The species/genotypes found (Giardia intestinalis A and B and Cryptosporidium parvum and hominis) are characteristic of anthropogenic contamination and are often identified in epidemiological studies as being responsible for outbreaks. The estimated annual risk of infection by Giardia was 3,3x10-3 (95% CI 4,6x10-3) for children and 11,5x10-3 (95% CI 13,3x10-3) for adults, while the risk for Cryptosporidium was 1,1x10-3 (95% CI 1,7x10-3) for children and 3,9x10-3 (95% CI 5,0x10-3) for adults. The increase in the incidence of diarrhea was observed in the study scenario after an accident that resulted in an overflow of untreated sewage that reached the reservoir, coinciding with an increase in the detection of the (oo)cysts. Conclusion: The results showed that the vulnerability of the ribeirão dos Cristais to biological contamination may result in a high risk of infection and illness by Giardia and Cryptosporidium through the drinking water consumption. Therefore, the case is of concern, both from the point of view of the treatment and supply of drinking water, as well as to the degradation and contamination of the water source, highlighting the need to establish intervention measures aimed at promoting water quality and ensure its safety
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Ocorrência e caracterização de Giardia e Cryptosporidium em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP e avaliação do risco / Occurrence and characterization of Giardia and Cryptosporidium in water collected for public supply in the municipality of Cajamar-SP and risk assessmentMarcel Oliveira Bataiero 18 April 2016 (has links)
Introdução: O risco à saúde humana ocasionado pela contaminação biológica de águas captadas para abastecimento público é realçado pela ocorrência de surtos de doenças associadas aos protozoários Giardia e Cryptosporidium, que possuem baixas doses infecciosas e alta capacidade de sobrevivência no ambiente, além de serem capazes de resistir ao processo tradicional de desinfecção da água (cloração). Partindo-se da hipótese de que há um risco elevado de infecção por estes protozoários pela ingestão de água tratada por métodos convencionais e que fazem uso de mananciais superficiais impactados por contaminação biológica, resultando num possível incremento da incidência de diarréias, este estudo se propôs a verificar a ocorrência destes protozoários em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP, caracterizar sua patogenicidade e avaliar o risco associado ao seu consumo através da água tratada. Métodos: Foram coletadas 48 amostras do ribeirão dos Cristais no ponto de captação da estação de tratamento de água, semanalmente, durante 12 meses (de 16/05/2013 a 21/05/2014). A detecção e a análise da concentração dos protozoários foram realizadas de acordo com Método 1623.1 da United States Environmental Protection Agency e a extração e caracterização dos espécies/genótipos de Giardia e Cryptosporidium foi realizada através metodologias moleculares e seqüenciamento. O risco de infecção pela ingestão de cistos de Giardia e oocistos de Cryptosporidium presentes na água tratada foi calculado usando a ferramenta da Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, a partir dos dados de concentração dos patógenos obtidos pelo Método 1623.1, eficiência de remoção dos (oo)cistos durante o processo convencional de tratamento da água, modelo dose-resposta e taxa de ingestão diária de água para indivíduos menores de 5 anos e maiores de 21 anos. Resultados: Cistos de Giardia foram detectados em 83,3% das amostras (40/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 8,6 cistos/L. Oocistos de Cryptosporidium foram etectados em 37,5% das amostras (18/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 2 oocistos/L. As espécies/genótipos encontrados (Giardia intestinalis A e B e Cryptosporidium parvum e hominis) são característicos de contaminação antrópica e são frequentemente identificados em estudos epidemiológicos como responsáveis por surtos. A estimativa do risco anual de infecção por Giardia foi de 3,3x10-3 (IC95% 4,6x10-3) para crianças e de 11,5x10-3 (IC95% 13,3x10-3) para adultos, enquanto o risco por Cryptosporidium foi de 1,1x10-3 (IC95% 1,7x10-3) para crianças e de 3,9x10-3 (IC95% 5,0x10-3) para adultos. O incremento da incidência de diarréias foi observado no cenário de estudo após um acidente que resultou em transbordamento de esgotos não tratados no manancial, coincidindo com o aumento na detecção de (oo)cistos. Conclusão: Os resultados evidenciaram que a vulnerabilidade do ribeirão dos Cristais a contaminações biológicas pode culminar em um risco elevado de infecção e adoecimento por Giardia e Cryptosporidium através da ingestão de água tratada. Portanto, o caso é preocupante, tanto do ponto de vista do tratamento e abastecimento de água potável, quanto da degradação e contaminação do manancial, evidenciando a necessidade de se estabelecer medidas de intervenção direcionadas a promover a qualidade da água e garantir sua segurança / Introduction: The risk to human health caused by biological contamination of source water from public water supply is highlighted by the occurrence of outbreaks associated with the protozoa Giardia and Cryptosporidium, which have low infectious doses and high capacity of survival in the environment, besides being capable of withstanding traditional process for water disinfection (chlorination). Considering that there is a high risk of infection by these protozoa through drinking water treated with conventional methods uptaked from surface waters impacted by biological contamination, resulting in a possible increase in the incidence of diarrhea, this study aimed to verify the occurrence of these protozoa in waters collected for public supply in Cajamar-SP, characterize their pathogenicity and evaluate the risk associated with its consumption. Methods: Forty eight samples were collected in ribeirão dos Cristais, at uptake point of the water treatment plant, weekly, for 12 months (from 05/16/2013 to 05/21/2014). The detection and quantification of protozoa were carried out according to the United States Environmental Protection Agency Method 1623.1, and the extraction and characterization of species/genotypes of iardia and Cryptosporidium were performed through molecular methods and sequencing. The risk of infection by ingestion of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts present in the treated water were calculated using the Quantitative Microbial Risk Assessment tool, based on the concentration data of pathogens obtained by the Method 1623.1, removal efficiency of (oo) cysts in the conventional process of water treatment, dose-response model and rate of daily water intake for individuals under the age of 5 years and over 21 years. Results: Giardia cysts were detected in 83.3% of the samples (40/48), with concentrations ranging rom the detection limit (<0.1) to 8.6 cysts/L. Cryptosporidium oocysts were detected in 7.5% of the samples (18/48), with concentrations ranging from the detection limit (<0.1) to 2 oocysts/L. The species/genotypes found (Giardia intestinalis A and B and Cryptosporidium parvum and hominis) are characteristic of anthropogenic contamination and are often identified in epidemiological studies as being responsible for outbreaks. The estimated annual risk of infection by Giardia was 3,3x10-3 (95% CI 4,6x10-3) for children and 11,5x10-3 (95% CI 13,3x10-3) for adults, while the risk for Cryptosporidium was 1,1x10-3 (95% CI 1,7x10-3) for children and 3,9x10-3 (95% CI 5,0x10-3) for adults. The increase in the incidence of diarrhea was observed in the study scenario after an accident that resulted in an overflow of untreated sewage that reached the reservoir, coinciding with an increase in the detection of the (oo)cysts. Conclusion: The results showed that the vulnerability of the ribeirão dos Cristais to biological contamination may result in a high risk of infection and illness by Giardia and Cryptosporidium through the drinking water consumption. Therefore, the case is of concern, both from the point of view of the treatment and supply of drinking water, as well as to the degradation and contamination of the water source, highlighting the need to establish intervention measures aimed at promoting water quality and ensure its safety
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Caracterização fenotípica e molecular de Escherichia coli isolodas de amostras de água do mar da região costeira de São Paulo, Brasil. / Phenotypic and molecular characterization of Escherichia coli isolated from seawater samples from the coastal region of the state of São Paulo, Brazil.Silva, Vanessa Feitosa Viana da 18 May 2015 (has links)
A qualidade das águas marinhas destinadas a recreação de contato primário pode ser afetada por fontes de poluição pontuais e não pontuais. Escherichia coli é membro comensal da microbiota intestinal de humanos e animais endotérmicos e quando presente no ambiente marinho indica contaminação fecal recente. Embora a maioria das cepas desta espécie não seja patogênica para o homem, existem isolados virulentos e/ ou resistentes aos antibióticos. E.coli pode ser caracterizada em grupos filogenéticos - GF (A, B1, B2, C, D, E, F e clado I) e em categorias diarreiogênicas (ETEC, EPEC, EHEC, EIEC, EAEC e DAEC). Este trabalho objetivou caracterizar 99 isolados de E.coli obtidos de amostras água do mar de três regiões costeiras do estado de São Paulo com diferentes níveis de contaminação [Ubatuba (UBA), oligotrófico (n=20); Baixada Santista (BS), eutrófico (n=30) e canal de São Sebastião (CSS), mesotrófico (n=49)], frente à susceptibilidade aos antibióticos, GF, genes associados à virulência (GAV) e assim estimar os riscos microbiológicos à balneabilidade dos locais de coleta. A susceptibilidade a ampicilina (AMP), amoxicilina- ácido clavulânico (AMC), amicacina (AMI), cefotaxima (CTX), cefuroxima (CRX), ciprofloxacino (CIP), cloranfenicol (CLO), imipenema (IPM), piperacilina-tazobactam (PPT), sulfametoxazol-trimetropima (SUT) e tetraciclina (TET) foi determinada pelo método de disco difusão. A classificação em GF foi realizada por PCR utilizando duas metodologias (CLERMONT et al., 2000 e 2011). Os GAV (stx1, stx2, eae, bfpA, aggR, elt, esth, estp, invE e astA) foram pesquisados por PCR. Os resultados foram utilizados na avaliação do risco microbiológico por QMRA. Dezenove isolados foram resistentes a AMP, sendo UBA (3%), BS (33%) e CSS (16%). Dezessete isolados foram resistentes a TET: UBA (20%), BS (23%) e CSS (12%); 14 isolados foram resistentes a SUT: UBA e CSS (10%) e BS (23%). As frequências (%) dos GF (Clermont ET AL., 2000) comensais A e B1 foram, respectivamente (55 e 15 em UBA; 63 e 13 na BS; 69 e 8 no CSS); já as frequências (%) dos GF virulentos B2 e D foram, respectivamente, 5 e 25 em UBA; 7 e 16 na BS; 4 e 18 no CSS. As frequências (%) dos GF (CLERMONT et al., 2013) comensais A, B1 e C foram: respectivamente: (15, 15 e 5 em UBA; 20, 3 e 3 na BS; 2, 10 e 2 no CSS), já os grupos mais virulentos (B2, D, E e F) foram, respectivamente: (15, 15, 0 e 10 em UBA; 13, 27, 0 e 10 na BS; 10, 33, 8 e 18 no CSS); as frequências do clado I em UBA, BS e CSS foram respectivamente: (15, 23 e 12). Os GAV detectados em UBA foram: astA (15%) e bfpA (5%); BS: esth (3%) e astA (30%) e no CSS: stx1 (2%), eae (4%), estp (2%) e astA (47). Embora não tenha sido detectado risco à balneabilidade, observou-se isolados resistentes e GF virulentos em todos os pontos de coleta, dessa forma, esses ambientes devem ser conservados para assegurar a saúde ambiental e humana, além disso a QMRA não representou o risco total de todos micro-organismos e patógenos oportunistas presentes nessas regiões. / The quality of seawater intended for bathing can be affected by sources of point and non-point pollution. In this pollutants may be Escherichia coli. E.coli is a commensal member of the intestinal tract of humans and endothermic animals, and when present in the marine environment indicates recent fecal contamination. Although most strains are harmless, there are virulent and/or resistant to antibiotics. E. coli can be evaluated by phylogenetic groups - PG (A, B1, B2, C, D, E, F, clade 1) and diarrheagenic categories (ETEC, EPEC, EHEC, EIEC, EAEC and DAEC). The aim of the present study was to characterize 99 E. coli isolated from seawater samples from three coastal regions of the state of São Paulo with different levels of contamination [Ubatuba (UBA), oligotrophic (n=20); Santos (BS), eutrophic (n=30) and São Sebastião Channel (CSS), mesotrophic (n=49)], in regard to antibiotics susceptibility, PG, virulence genes (VGs) associated with diarrheagenic pathotypes and to estimate the microbiological risks to bathing. The susceptibility to ampicillin (AMP), amoxicillin-clavulanic acid (AMC), amikacin (AMI), cefotaxime (CTX), cefuroxime (CRX), ciprofloxacin (CIP), chloramphenicol (CLO), imipenem (IPM), piperacillin-tazobactam (PPT), trimethoprim-sulfamethoxazole (SUT) and tetracycline (TET) was determined by disk diffusion. The classification in regard to GF was performed by PCR using two methodologies (2000 and 2013). The VGs (stx1, stx2, eae, bfpA, aggR, elt, esth, estp, invE and astA) were screened by PCR and the results were used to evaluate the microbiological risk by QMRA. Nineteen isolates were resistant to AMP: UBA (3%), BS (33%) and CSS (16%). Seventeen isolates were resistant to TET: UBA (20%), BS (23%) and CSS (12%); 14 isolates were resistant to the SUT: UBA and CSS (10%) and BS (23%). By the methodology of 2000, the frequencies (%) of commensals PG and B1 were, respectively, (55 and 15 in UBA; 63 and 13 in BS; 69 and 8 in CSS); while the frequencies (%) of virulent PG, B2 and D were, respectively (5 and 25 in UBA; 7 and 16 in BS; 4 and 18 in CSS). By the methodology of 2013, the frequencies (%) of PG commensals A, B1 and C were, respectively: (15, 15 and 5 in UBA; 20, 3 and 3 in BS; 2, 10 and 2 in CSS), on the other hand, the most virulent groups (B2, D, E and F) were, respectively: (15, 15, 0 and 10 in UBA; 13, 27, 0 and 10 in BS; 10, 33, 8 and 18 in CSS); clade 1 frequencies in UBA, BS and CSS were, respectively (15, 23 and 12). The VGs were detected in UBA; astA (15%) and bfpA (5%); BS: esth (3%) and astA (30%) and CSS: stx1 (2%), eae (4%), estp (2%) and astA (47). Although no microbiological hazard was detected to bathing, was observed resistant isolates and virulent PG, thereby these environments should be preserved to ensure the environmental and human health, moreover the QMRA did not represent the overall risk of all microorganisms and opportunistic pathogens present in these regions.
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Caracterização fenotípica e molecular de Escherichia coli isolodas de amostras de água do mar da região costeira de São Paulo, Brasil. / Phenotypic and molecular characterization of Escherichia coli isolated from seawater samples from the coastal region of the state of São Paulo, Brazil.Vanessa Feitosa Viana da Silva 18 May 2015 (has links)
A qualidade das águas marinhas destinadas a recreação de contato primário pode ser afetada por fontes de poluição pontuais e não pontuais. Escherichia coli é membro comensal da microbiota intestinal de humanos e animais endotérmicos e quando presente no ambiente marinho indica contaminação fecal recente. Embora a maioria das cepas desta espécie não seja patogênica para o homem, existem isolados virulentos e/ ou resistentes aos antibióticos. E.coli pode ser caracterizada em grupos filogenéticos - GF (A, B1, B2, C, D, E, F e clado I) e em categorias diarreiogênicas (ETEC, EPEC, EHEC, EIEC, EAEC e DAEC). Este trabalho objetivou caracterizar 99 isolados de E.coli obtidos de amostras água do mar de três regiões costeiras do estado de São Paulo com diferentes níveis de contaminação [Ubatuba (UBA), oligotrófico (n=20); Baixada Santista (BS), eutrófico (n=30) e canal de São Sebastião (CSS), mesotrófico (n=49)], frente à susceptibilidade aos antibióticos, GF, genes associados à virulência (GAV) e assim estimar os riscos microbiológicos à balneabilidade dos locais de coleta. A susceptibilidade a ampicilina (AMP), amoxicilina- ácido clavulânico (AMC), amicacina (AMI), cefotaxima (CTX), cefuroxima (CRX), ciprofloxacino (CIP), cloranfenicol (CLO), imipenema (IPM), piperacilina-tazobactam (PPT), sulfametoxazol-trimetropima (SUT) e tetraciclina (TET) foi determinada pelo método de disco difusão. A classificação em GF foi realizada por PCR utilizando duas metodologias (CLERMONT et al., 2000 e 2011). Os GAV (stx1, stx2, eae, bfpA, aggR, elt, esth, estp, invE e astA) foram pesquisados por PCR. Os resultados foram utilizados na avaliação do risco microbiológico por QMRA. Dezenove isolados foram resistentes a AMP, sendo UBA (3%), BS (33%) e CSS (16%). Dezessete isolados foram resistentes a TET: UBA (20%), BS (23%) e CSS (12%); 14 isolados foram resistentes a SUT: UBA e CSS (10%) e BS (23%). As frequências (%) dos GF (Clermont ET AL., 2000) comensais A e B1 foram, respectivamente (55 e 15 em UBA; 63 e 13 na BS; 69 e 8 no CSS); já as frequências (%) dos GF virulentos B2 e D foram, respectivamente, 5 e 25 em UBA; 7 e 16 na BS; 4 e 18 no CSS. As frequências (%) dos GF (CLERMONT et al., 2013) comensais A, B1 e C foram: respectivamente: (15, 15 e 5 em UBA; 20, 3 e 3 na BS; 2, 10 e 2 no CSS), já os grupos mais virulentos (B2, D, E e F) foram, respectivamente: (15, 15, 0 e 10 em UBA; 13, 27, 0 e 10 na BS; 10, 33, 8 e 18 no CSS); as frequências do clado I em UBA, BS e CSS foram respectivamente: (15, 23 e 12). Os GAV detectados em UBA foram: astA (15%) e bfpA (5%); BS: esth (3%) e astA (30%) e no CSS: stx1 (2%), eae (4%), estp (2%) e astA (47). Embora não tenha sido detectado risco à balneabilidade, observou-se isolados resistentes e GF virulentos em todos os pontos de coleta, dessa forma, esses ambientes devem ser conservados para assegurar a saúde ambiental e humana, além disso a QMRA não representou o risco total de todos micro-organismos e patógenos oportunistas presentes nessas regiões. / The quality of seawater intended for bathing can be affected by sources of point and non-point pollution. In this pollutants may be Escherichia coli. E.coli is a commensal member of the intestinal tract of humans and endothermic animals, and when present in the marine environment indicates recent fecal contamination. Although most strains are harmless, there are virulent and/or resistant to antibiotics. E. coli can be evaluated by phylogenetic groups - PG (A, B1, B2, C, D, E, F, clade 1) and diarrheagenic categories (ETEC, EPEC, EHEC, EIEC, EAEC and DAEC). The aim of the present study was to characterize 99 E. coli isolated from seawater samples from three coastal regions of the state of São Paulo with different levels of contamination [Ubatuba (UBA), oligotrophic (n=20); Santos (BS), eutrophic (n=30) and São Sebastião Channel (CSS), mesotrophic (n=49)], in regard to antibiotics susceptibility, PG, virulence genes (VGs) associated with diarrheagenic pathotypes and to estimate the microbiological risks to bathing. The susceptibility to ampicillin (AMP), amoxicillin-clavulanic acid (AMC), amikacin (AMI), cefotaxime (CTX), cefuroxime (CRX), ciprofloxacin (CIP), chloramphenicol (CLO), imipenem (IPM), piperacillin-tazobactam (PPT), trimethoprim-sulfamethoxazole (SUT) and tetracycline (TET) was determined by disk diffusion. The classification in regard to GF was performed by PCR using two methodologies (2000 and 2013). The VGs (stx1, stx2, eae, bfpA, aggR, elt, esth, estp, invE and astA) were screened by PCR and the results were used to evaluate the microbiological risk by QMRA. Nineteen isolates were resistant to AMP: UBA (3%), BS (33%) and CSS (16%). Seventeen isolates were resistant to TET: UBA (20%), BS (23%) and CSS (12%); 14 isolates were resistant to the SUT: UBA and CSS (10%) and BS (23%). By the methodology of 2000, the frequencies (%) of commensals PG and B1 were, respectively, (55 and 15 in UBA; 63 and 13 in BS; 69 and 8 in CSS); while the frequencies (%) of virulent PG, B2 and D were, respectively (5 and 25 in UBA; 7 and 16 in BS; 4 and 18 in CSS). By the methodology of 2013, the frequencies (%) of PG commensals A, B1 and C were, respectively: (15, 15 and 5 in UBA; 20, 3 and 3 in BS; 2, 10 and 2 in CSS), on the other hand, the most virulent groups (B2, D, E and F) were, respectively: (15, 15, 0 and 10 in UBA; 13, 27, 0 and 10 in BS; 10, 33, 8 and 18 in CSS); clade 1 frequencies in UBA, BS and CSS were, respectively (15, 23 and 12). The VGs were detected in UBA; astA (15%) and bfpA (5%); BS: esth (3%) and astA (30%) and CSS: stx1 (2%), eae (4%), estp (2%) and astA (47). Although no microbiological hazard was detected to bathing, was observed resistant isolates and virulent PG, thereby these environments should be preserved to ensure the environmental and human health, moreover the QMRA did not represent the overall risk of all microorganisms and opportunistic pathogens present in these regions.
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