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La géométrie moléculaire, également connue sous le nom de conformation, est la représentation la plus intrinsèque et la plus informative des molécules. Cependant, prédire des conformations stables à partir de graphes moléculaires reste un problème difficile et fondamental en chimie et en biologie computationnelles. Les méthodes expérimentales et computationelles traditionnelles sont généralement coûteuses et chronophages. Récemment, nous avons assisté à des progrès considérables dans l'utilisation de l'apprentissage automatique, en particulier des modèles génératifs, pour accélérer cette procédure. Cependant, les approches actuelles basées sur les données n'ont généralement pas la capacité de modéliser des distributions complexes et ne tiennent pas compte de caractéristiques géométriques importantes. Dans cette thèse, nous cherchons à construire des modèles génératifs basés sur des principes pour la génération de conformation moléculaire qui peuvent surmonter les problèmes ci-dessus. Plus précisément, nous avons proposé des modèles de diffusion basés sur les flux, sur l'énergie et de débruitage pour la génération de structures moléculaires. Cependant, il n'est pas trivial d'appliquer ces modèles à cette tâche où la vraisemblance des géométries devrait avoir la propriété importante d'invariance par rotation par de translation. Inspirés par les progrès récents de l'apprentissage des représentations géométriques, nous fournissons à la fois une justification théorique et une mise en œuvre pratique sur la manière d'imposer cette propriété aux modèles. Des expériences approfondies sur des jeux de données de référence démontrent l'efficacité de nos approches proposées par rapport aux méthodes de référence existantes. / Molecular geometry, also known as conformation, is the most intrinsic and informative representation of molecules. However, predicting stable conformations from molecular graphs remains a challenging and fundamental problem in computational chemistry and biology. Traditional experimental and computational methods are usually expensive and time-consuming. Recently, we have witnessed considerable progress in using machine learning, especially generative models, to accelerate this procedure. However, current data-driven approaches usually lack the capacity for modeling complex distributions and fail to take important geometric features into account. In this thesis, we seek to build principled generative models for molecular conformation generation that can overcome the above problems. Specifically, we proposed flow-based, energy-based, and denoising diffusion models for molecular structure generation. However, it's nontrivial to apply these models to this task where the likelihood of the geometries should have the important property of rotational and translation invariance. Inspired by the recent progress of geometric representation learning, we provide both theoretical justification and practical implementation about how to impose this property into the models. Extensive experiments on common benchmark datasets demonstrate the effectiveness of our proposed approaches over existing baseline methods.

La théorie du processus dual stipule que la cognition humaine fonctionne selon deux modes distincts : l’un pour le traitement rapide, habituel et associatif, appelé communément "système 1" et le second, ayant un traitement plus lent, délibéré et contrôlé, que l’on nomme "système 2". Cette distinction indique une caractéristique sous-jacente importante de la cognition humaine : la possibilité de passer de manière adaptative à différentes stratégies de calcul selon la situation. Cette capacité est étudiée depuis longtemps dans différents domaines et de nombreux bénéfices hypothétiques semblent y être liés. Cependant, les réseaux neuronaux profonds sont souvent construits sans cette capacité à gérer leurs ressources calculatoires de manière optimale. Cette limitation des modèles actuels est d’autant plus préoccupante que de plus en plus de travaux récents semblent montrer une relation linéaire entre la capacité de calcul utilisé et les performances du modèle lors de la phase d’évaluation. Pour résoudre ce problème, ce mémoire propose différentes approches et étudie leurs impacts sur les modèles, tout d’abord, nous étudions un agent d’apprentissage par renforcement profond qui est capable d’allouer plus de calcul aux situations plus difficiles. Notre approche permet à l’agent d’adapter ses ressources computationnelles en fonction des exigences de la situation dans laquelle il se trouve, ce qui permet en plus d’améliorer le temps de calcul, améliore le transfert entre des tâches connexes et la capacité de généralisation. L’idée centrale commune à toutes nos approches est basée sur les théories du coût de l’effort venant de la littérature sur le contrôle cognitif qui stipule qu’en rendant l’utilisation de ressource cognitive couteuse pour l’agent et en lui laissant la possibilité de les allouer lors de ses décisions il va lui-même apprendre à déployer sa capacité de calcul de façon optimale. Ensuite, nous étudions des variations de la méthode sur une tâche référence d’apprentissage profond afin d’analyser précisément le comportement du modèle et quels sont précisément les bénéfices d’adopter une telle approche. Nous créons aussi notre propre tâche "Stroop MNIST" inspiré par le test de Stroop utilisé en psychologie afin de valider certaines hypothèses sur le comportement des réseaux neuronaux employant notre méthode. Nous finissons par mettre en lumière les liens forts qui existent entre apprentissage dual et les méthodes de distillation des connaissances. Notre approche a la particularité d’économiser des ressources computationnelles lors de la phase d’inférence. Enfin, dans la partie finale, nous concluons en mettant en lumière les contributions du mémoire, nous détaillons aussi des travaux futurs, nous approchons le problème avec les modèles basés sur l’énergie, en apprenant un paysage d’énergie lors de l’entrainement, le modèle peut ensuite lors de l’inférence employer une capacité de calcul dépendant de la difficulté de l’exemple auquel il fait face plutôt qu’une simple propagation avant fixe ayant systématiquement le même coût calculatoire. Bien qu’ayant eu des résultats expérimentaux infructueux, nous analysons les promesses que peuvent tenir une telle approche et nous émettons des hypothèses sur les améliorations potentielles à effectuer. Nous espérons, avec nos contributions, ouvrir la voie vers des algorithmes faisant un meilleur usage de leurs ressources computationnelles et devenant par conséquent plus efficace en termes de coût et de performance, ainsi que permettre une compréhension plus intime des liens qui existent entre certaines méthodes en apprentissage machine et la théorie du processus dual. / The dual-process theory states that human cognition operates in two distinct modes: one for rapid, habitual and associative processing, commonly referred to as "system 1", and the second, with slower, deliberate and controlled processing, which we call "system 2". This distinction points to an important underlying feature of human cognition: the ability to switch adaptively to different computational strategies depending on the situation. This ability has long been studied in various fields, and many hypothetical benefits seem to be linked to it. However, deep neural networks are often built without this ability to optimally manage their computational resources. This limitation of current models is all the more worrying as more and more recent work seems to show a linear relationship between the computational capacity used and model performance during the evaluation phase. To solve this problem, this thesis proposes different approaches and studies their impact on models. First, we study a deep reinforcement learning agent that is able to allocate more computation to more difficult situations. Our approach allows the agent to adapt its computational resources according to the demands of the situation in which it finds itself, which in addition to improving computation time, enhances transfer between related tasks and generalization capacity. The central idea common to all our approaches is based on cost-of-effort theories from the cognitive control literature, which stipulate that by making the use of cognitive resources costly for the agent, and allowing it to allocate them when making decisions, it will itself learn to deploy its computational capacity optimally. We then study variations of the method on a reference deep learning task, to analyze precisely how the model behaves and what the benefits of adopting such an approach are. We also create our own task "Stroop MNIST" inspired by the Stroop test used in psychology to validate certain hypotheses about the behavior of neural networks employing our method. We end by highlighting the strong links between dual learning and knowledge distillation methods. Finally, we approach the problem with energy-based models, by learning an energy landscape during training, the model can then during inference employ a computational capacity dependent on the difficulty of the example it is dealing with rather than a simple fixed forward propagation having systematically the same computational cost. Despite unsuccessful experimental results, we analyze the promise of such an approach and speculate on potential improvements. With our contributions, we hope to pave the way for algorithms that make better use of their computational resources, and thus become more efficient in terms of cost and performance, as well as providing a more intimate understanding of the links that exist between certain machine learning methods and dual process theory.