Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000846074.pdf: 3890314 bytes, checksum: df88ab7c4eb07c7c4d59dc314f2c9515 (MD5) / O Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) é o maior causador de infecções respiratórias agudas (IRAs) em recém-nascidos e crianças no mundo inteiro. Seu genoma codifica 11 proteínas entre as quais as proteínas de superfície F, G e SH que são responsáveis pela entrada e instalação do vírus na célula do hospedeiro. Entre as proteínas de superfície, pouco se sabe sobre a função da proteína SH. O objetivo do presente estudo foi realizar a modelagem e caracterização da proteína SH e análizar o seu comportamento estrutural em diferentes meios: água e bicamada fosfolipídica. O modelo da proteína SH foi gerado pelo servidor I-Tasser, e suas características funcionais e estruturais analisados pelo PredictProtein e PsiPred. Simulações de Dinâmica Molecular foram realizadas para análise da hidrofobicidade da região central da proteína, do seu comportamento em membrana lipídica e possível formação de oligômeros. Os resultados da predição do modelo da proteína SH resultou em uma estrutura linear com uma alfa-hélice compreendida entre os aminoácido 20-42 e as análises realizadas pelo PsiPred indicaram essa região como sendo uma região transmembrânica. As simulações de Dinâmica Molecular mostraram que, quando em solução, a proteína muda sua conformação linear para globular confirmando a hidrofobicidade do domínio central. A presença da proteína SH sozinha ou das cinco estruturas na bicamada resultou num decréscimo considerável da área por lipídeo, conferindo as cadeias menor mobilidade e um maior alinhamento. As simulações do pentâmero mostraram a passagem de moléculas de água pelo poro em ambiente onde os resíduos de histidinas H22 e H51 apresentaram-se na forma protonada, indicando a dependência desta atividade com o pH do meio. Com base nessas análises foi possível propor uma estrutura terciária e quaternária da proteína SH e, com as análises da formação pentamérica da... / The human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of lower respiratory tract illnesses in children and elderly people worldwide. Its genome encodes 11 proteins including the surface protein F, G and SH which are responsible for entry and distribution of virus in the host cell. Among the protein surface, little is known about the function of protein SH. Knowing their structure and function is fundamental to a better understanding of its mechanism. The aim of this study was modeling and caracterization of the RSV SH protein and analysis of structural behavior in different environment : water and phopholipid bilayer for understanding and evaluating the formation of its pentameric structure. The SH protein model was generated by I-TASSER server, and its funcional and structural caracterisct was analyzed by PredictProtein and PsiPred. Molecular Dynimics Simulation were performed for analysis of hidrophobicit of protein central region, studies of the protein behavior on the membrane and pentamer formation. The SH protein model prediction resulted in a linear model with a helix-alpha between amino acid 20-42 and the anlysis performed by PsiPred indicated this region as transmembrane region. Molecular Dynamics Simulation showed that, when in solution,the proteína changes its linear conformations for globular conformation confirming the hydrophobicity of the central domain. The presence of the Sh protein itself or of the pentamer in bilayer resulted in a considerable decrease of the area per lipid, giving the chains less mobility and greater alignment. The pentamer simulation showed passage of water molecules through the pore in an environment where histidine residues H22 and H51 are protonated, indicating the dependence of this activity with the pH of the medium. Based on this analysis, it was proposed the structure tertiary and quaternary of the SH protein and, with the analysis of the ...

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-12-03T17:31:48Z No. of bitstreams: 1 2015_FernandadeSouzaTiago.pdf: 4852632 bytes, checksum: 267f867b653421c3174922a97d206acd (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-05-19T18:08:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_FernandadeSouzaTiago.pdf: 4852632 bytes, checksum: 267f867b653421c3174922a97d206acd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-19T18:08:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_FernandadeSouzaTiago.pdf: 4852632 bytes, checksum: 267f867b653421c3174922a97d206acd (MD5) / Neste trabalho, realizou-se o estudo teórico de quatro complexos de cobre (II) com ligante hidrazona. Os complexos de cobre estudados são: (2-acetilpiridina benzoilhidrazona)dinitratocobre(II), μ-diacetatobis[(2-acetilpiridinabenzoil hidrazona) cobre(II), Bis(2-acetilpiridinabenzoilhidrazona)cobre(II) e μ-sulfatobis[(2-acetilpiridinabenzoilhidrazona)cobre(II)]. A escolha destes compostos deve-se ao interesse do desenvolvimento de novos complexos aliados a atividade biológica. Esta é uma colaboração teórico- experimental, no qual estes compostos foram sintetizado e caracterizados por difração de Raios-X, incluindo estudos de espectroscopia no infravermelho e ultravioleta-visível, realizados no Laboratório de Cristalografia Estrutural, IQ – UnB, coordenado pela Profa Dra Claudia Cristina Gatto. As estruturas provenientes das medidas de difração de Raios-X foram otimizadas e tiveram suas frequências vibracionais calculadas, usando DFT, por dois tipos de metodologias: bases atômicas localizadas e ondas planas. Para a primeira metodologia foram usados os funcionais da densidade B3LYP, PBE1PBE, B3PW91, M06 e w-B97-XD (híbridos), CAM-B3LYP (híbrido de longo alcance), B97-D (puro), e o conjunto de bases atômicas LANL2DZ para o cobre e 6-31G(d, p) para os demais átomos. Para a segunda metodologia, foi usada a versão desenvolvida para sólidos do funcional GGA, do funcional PW91. Para avaliar a qualidade dos resultados de otimização de geometria, foram calculados o desvio quadrático médio, que foi relacionado às características de cada funcional e possibilitou o entendimento dos desvios entre valores calculados e experimentais. O funcional M06 foi escolhido para os cálculos de espectroscopia eletrônica, pois apresentou os melhores resultados nos cálculos de otimização geométrica. Os resultados desses cálculos possibilitaram investigar a natureza das bandas envolvidas nas principais transições para esses compostos. O comportamento espectroscópico calculado para os compostos foi comparado com as medidas experimentais e compostos análogos da literatura. Todos estes resultados poderão ser úteis como descritores utilizados na análise da atividade biológica. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work, we have carried out a theoretical study of four copper (II) complexes with hydrazone ligand. The studied copper complexes are: (2-acetylpyridine benzoylhydrazone) dinitratecopper (II), μ-diacetatebis [(2-hydrazone acetylpyridinebenzoyl)copper(II), bis (2-acetylpyridinebenzoylhydrazone)copper(II) and μ-sulfatebis [(2 –acetylpyridinebenzoyl hidrazone) copper (II)]. The choice of these compounds is due to the interest in developing new complex combined with biological activity. This is an experimental theoretical collaboration, in which these compounds were synthesized and characterized by X-ray diffraction, spectroscopy studies including the infrared and ultraviolet-visible, by the Structural Crystalography group, IQ – UnB, direct by Dr Claudia Cristina Gatto. The structures from X-ray diffraction measurements were optimized and had their vibrational frequencies calculated, using the DFT, by two types of methodologies: atom located bases and plane waves. For the first methodology we used the density functionals, B3LYP PBE1PBE, B3PW91, M06 and w-B97-XD (hybrids), CAM-B3LYP (long-range hybrid), B97-D (pure), and the set of atomic bases LANL2DZ for copper and 6-31G (d, p) for other atoms. For the second method, plane waves were used with the version developed for solids of the GGA functional, the PW91 functional. To avaluate the quality of geometry optimization results, we calculated the root mean square deviation, which was related to the characteristics of each functional and allowed the understanding of the differences between calculated and experimental values. Functional M06 was chosen for the calculations of electronic spectroscopy, as it presented the best results in geometric optimization calculations. The results of these calculations allowed to investigate the nature of the bands involved in major transitions for these compounds. The spectroscopic behavior of the compounds was compared for with experimental measurements and analogous compounds in the literature. All of these results may be useful as descriptors used in the analysis of biological activity.

Ureases, apesar de sua importância histórica para a Bioquímica, ainda são enigmáticas. Pouco se sabe a respeito de suas propriedades não-catalíticas, por exemplo. Nesse contexto, o presente trabalho submeteu uma urease de Canavalia ensiformis (JBURE-IIB) a simulações de dinâmica molecular, nos níveis de detalhamento atomístico e coarse-grained, buscando obter uma caracterização conformacional dessa urease, tanto como monômero quanto como trímero. Os dados assim obtidos sugerem que os domínios da proteína apresentam diferentes mobilidades, sendo o domínio γ o mais flexível. Esse domínio é também o principal responsável pela compactação do monômero da urease isolado, quando comparado à sua conformação cristalográfica. A mobilidade do domínio γ foi também associada ao processo de oligomerização da enzima. A forma trimérica da urease de C. ensiformis também se tornou mais compacta após a simulação, apontando as ureases como moléculas altamente flexíveis, principalmente devido às regiões de alças que conectam domínios estruturais, no caso de ureases vegetais. Sendo uma propriedade não necessariamente associada à catálise, a análise de tal flexibilidade pode auxiliar tentativas futuras de explicar a participação não-catalítica da urease em suas propriedades multifuncionais. / Ureases, despite their historical importance in biochemistry, are still enigmatic. For instance, little is known about their non-catalytic properties. In this context, the current work submitted a Canavalia ensiformis urease (JBURE-IIB) to molecular dynamics simulations at both atomistic and coarse-grained levels in order to obtain a conformational characterization of such urease in both monomeric and trimeric forms. The data suggest that the domains of the protein present different mobilities, with the γ domain being the most flexible one. This domain is also the main responsible for the compactness of the isolated urease monomer when compared to its crystallographic conformation. The γ domain mobility was also associated with the oligomerization process of the enzyme. The trimeric form of C. ensiformis urease also became more compact after simulation, pointing to ureases as highly flexible molecules, mainly due to coiled regions connecting the structural domains, in the case of plant ureases. As a property not necessarily related to catalysis, the analysis of this flexibility may enlighten further efforts to solve the non-catalytic aspects of urease in its moonlighting properties.

Ureases, apesar de sua importância histórica para a Bioquímica, ainda são enigmáticas. Pouco se sabe a respeito de suas propriedades não-catalíticas, por exemplo. Nesse contexto, o presente trabalho submeteu uma urease de Canavalia ensiformis (JBURE-IIB) a simulações de dinâmica molecular, nos níveis de detalhamento atomístico e coarse-grained, buscando obter uma caracterização conformacional dessa urease, tanto como monômero quanto como trímero. Os dados assim obtidos sugerem que os domínios da proteína apresentam diferentes mobilidades, sendo o domínio γ o mais flexível. Esse domínio é também o principal responsável pela compactação do monômero da urease isolado, quando comparado à sua conformação cristalográfica. A mobilidade do domínio γ foi também associada ao processo de oligomerização da enzima. A forma trimérica da urease de C. ensiformis também se tornou mais compacta após a simulação, apontando as ureases como moléculas altamente flexíveis, principalmente devido às regiões de alças que conectam domínios estruturais, no caso de ureases vegetais. Sendo uma propriedade não necessariamente associada à catálise, a análise de tal flexibilidade pode auxiliar tentativas futuras de explicar a participação não-catalítica da urease em suas propriedades multifuncionais. / Ureases, despite their historical importance in biochemistry, are still enigmatic. For instance, little is known about their non-catalytic properties. In this context, the current work submitted a Canavalia ensiformis urease (JBURE-IIB) to molecular dynamics simulations at both atomistic and coarse-grained levels in order to obtain a conformational characterization of such urease in both monomeric and trimeric forms. The data suggest that the domains of the protein present different mobilities, with the γ domain being the most flexible one. This domain is also the main responsible for the compactness of the isolated urease monomer when compared to its crystallographic conformation. The γ domain mobility was also associated with the oligomerization process of the enzyme. The trimeric form of C. ensiformis urease also became more compact after simulation, pointing to ureases as highly flexible molecules, mainly due to coiled regions connecting the structural domains, in the case of plant ureases. As a property not necessarily related to catalysis, the analysis of this flexibility may enlighten further efforts to solve the non-catalytic aspects of urease in its moonlighting properties.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:48:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4378_1.pdf: 3567361 bytes, checksum: 02c054bf9cd6c0778221cb74218b3aed (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os núcleos imidazolidínicos, tiazolidínicos e acridínicos apresentam uma variedade de atividades biológicas, destacando-se: citotóxica, inibidora de aldose redutase, hipoglicemiante, antiinflamatória, anticonvulsivante, antimicrobiana e antiulcerativa. Buscando-se novos agentes terapêuticos, a síntese de novos derivados acridinoimidazolidínicos e benzilideno-tiazolidínicos se faz necessária com o intuito de potencializar determinada atividade biológica e simultânea redução dos efeitos colaterais indesejáveis. Neste trabalho, desenvolveu-se a síntese de novos derivados acridino-imidazolidínicos e benzilidino-tiazolidínicos, avaliou-se a atividade biológica de um derivado benzilideno-tiazolidínico e procedeu-se um estudo de modelagem molecular para os derivados preparados. O novo derivado acridinoimidazolidínico foi obtido através da oxidação da 9-metil-acridina em acridina-9- carboxaldeído, seguindo-se uma condensação com o cianoacetato de etila para obtenção do composto ciano-acridina-9-il-acrilato de etila, o qual, é condensado com o derivado imidazolidínico apresentando um grupamento benzil em posição 3 e um grupo tioxo na posição 4, obtido pela ação do pentassulfeto de fósforo. Os derivados tiazolidínicos foram obtidos pela condensação com benzaldeídos substituídos. As estruturas químicas foram devidamente comprovadas por espectrometria de massas, infravermelho e ressonância magnética nuclear de hidrogênio. Realizaramse testes para avaliação da atividade hipoglicêmica da 5-(5-bromo-2-metoxibenzilideno)- 3-(4-metil-benzil)-tiazolidina-2,4-diona em camundongos albinos Mus musculus diabéticos induzidos pela aloxana. Finalmente, realizaram-se cálculos de modelagem molecular, usando o método semi-empírico AM1, o qual se apresenta devidamente parametrizado, como menor demanda computacional, para se obter maiores esclarecimentos sobre a estrutura tridimensional dos compostos sintetizados

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:15:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9256_1.pdf: 2596013 bytes, checksum: f2d0986de84aafc565903330531f52d5 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / O estudo de processos químicos em sistemas confinados foi realizado utilizando técnicas de modelagem molecular e de simulação computacional. Os sistemas confinadores analisados foram os materiais híbridos metal-orgânicos (MOF´s) e as zeólitas. As MOF´s apresentam grande versatilidade em virtude da facilidade de funcionalização da parte orgânica, portanto podem ser gerados ambientes químicos diferentes. A estrutura molecular das MOF´s foi estudada com métodos AM1, PM3, HF/6-31G, HF/6-31G**, B3LYP/6-31G, B3LYP/6-31G** e com o método ONIOM de duas camadas (HF/6-31G:PM3) e modelada a partir de sua unidade de construção, o complexo Zn4O(PhCOO)6 até uma cela unitária saturada com grupos metilas. Comparações com dados cristalográficos mostraram que os métodos semiempíricos (AM1 e PM3) reproduzem satisfatoriamente a estrutura e os métodos HF e B3LYP fornecem resultados quantitativos ligeiramente melhores. Nestes materiais realizou-se o estudo de reações unimoleculares do tipo Claisen para alil-vinil-éter e clorismato, e bimoleculares do tipo Ene e Diels-Alder em cavidades das IRMOF-1, -2, -3 e em IRMOF´s ainda inéditas. Os resultados indicam que as IRMOF´s analisadas não promoveram interações específicas capazes de modificar as entalpias de ativação ou de reação, exceto no caso do rearranjo do clorismato. Devido ao melhor ajuste à cavidade têm-se maiores interações com os grupos hidrofóbicos e portanto, variação nas entalpias de reação e ativação. Outra aplicação para as IRMOF´s (MOF´s isoreticulares) refere-se às reações enantiosseletivas. Para tanto, realizou-se a análise conformacional do ciclo-[(S)-fenilalanil-(S)-histidil-H+], que é um indutor quiral, no interior da cavidade de IRMOF-fen, uma nova IRMOF especificamente desenvolvida para este sistema e funcionalizada com os grupos -Br, -NH2 e -CH3 evidenciando a influência do confinamento nas populações dos confômeros. A complexação do ciclo-[(S)-Phe-(S)-His-H+] com o benzaldeído numa cavidade da IRMOF-fen foi realizada com o método ONIOM (PBE1PBE/6-31G**:AM1), obtendo-se um complexo estável devido à formação de ligações de hidrogênio, cuja estrutura permite a racionalização da indução assimétrica da adição de CN- à carbonila. O outro sistema confinador estudado, zeólitas, envolveu a modelagem da adsorção do tiofeno em ZSM-5 e modelagem de reações fotocíclicas de tropolonas na presença de indutores quirais em cavidades zeolíticas. O cálculo das cargas para a molécula do tiofeno mostrou que efeitos de correlação eletrônica não são muitos significativos, exceto para o átomo de enxofre que variou de 0,0047 para 0,014 quando calculado com os métodos RHF/6-31G* e CCSD/6- 31G*, respectivamente. As funções de distribuição radial do tiofeno numa cavidade da ZSM-5 são pouco sensíveis às variações das cargas, exceto para o par S-O, o qual apresenta uma diminuição no segundo máximo, quando calculado com as cargas OPLS. A modelagem da complexação da o-(2-feniletil) tropolona com indutor quiral (-)-efedrina e (+)-efedrina foi realizada em fase gasosa e na cavidade da zeólita tipo L, com o método AM1, tendo como principal conclusão que a cavidade é muito pequena para conter o complexo analisado. O efeito do confinamento foi melhor representado pela modelagem da reação o-(2-metilbutil)-(S)- tropolona com os mesmo indutores quirais. A reação foi modelada em fase gasosa e na cavidade da zeólita Y, sendo ainda analisados os efeitos dos cátions Na+ na estabilização do complexo. Foram testadas várias metodologias, sendo o mais adequado para descrever o complexo dentro da cavidade zeolítica o método ONIOM (PBE1PBE/6-31G**:AM1). Os resultados indicam que o complexo é melhor estabilizado dentro da cavidade da zeólita NaY, refletindo qualitativamente a mesma tendência dos resultados experimentais, que apresentam o complexo formado entre a tropolona e (-)-efedrina responsável pelo maior rendimento enantiomérico. O cátion Na+ apresentou efeitos significativos na estabilização das espécies envolvidas na complexação. As estruturas otimizadas em zeólita NaY possibilitaram a previsão dos produtos da fotoeletrociclização da tropolona para cada indutor quiral

Orientador: Yuji Takahata, Antonia Tavares do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-24T00:53:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gaudio_AndersonCoser_D.pdf: 7209009 bytes, checksum: f9b98afcd89a8624dd6a13291eec51e6 (MD5) Previous issue date: 1998 / Doutorado

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O gÃs natural, cuja maior parte à constituÃda de metano, à um combustÃvel que vem se expandindo no mercado energÃtico global por possuir uma queima mais limpa que outros derivados petrolÃferos e por ser mais eficiente energeticamente. No entanto, ele possui como grande desvantagem frente a outros combustÃveis a dificuldade em ser armazenado devido a sua baixa densidade. Materiais microporosos vÃm sendo utilizados para aumentar tal densidade por meio da adsorÃÃo. No entanto, um dos problemas encontrados na utilizaÃÃo desses materiais se trata da diminuiÃÃo da capacidade adsortiva apÃs ciclos de carga e descarga de tanques de armazenamento. O estudo desse problema, porÃm, demanda um grande nÃmero de experimentos e uma aparelhagem relativamente sofisticada. Este trabalho propÃs a simulaÃÃo molecular como uma metodologia vÃlida a ser utilizada para o estudo da retenÃÃo de alcanos em carbono ativado e em oito estruturas metalorgÃnicas: IRMOF-1, ZIF-8, CuBTC, PCN-11, PCN-14, UiO-66, MIL-100 e MIL-101. Considerou-se o gÃs natural como uma mistura de metano (C1), etano (C2), propano (C3) e butano (C4) nas proporÃÃes de, respectivamente, 84,7:10:0,9:0,1. Para a validaÃÃo dos modelos utilizados nassimulaÃÃes, as isotermas simuladas de C1, C2, C3 e C4 foram ajustadas Ãs experimentais obtidas da literatura para cada um dos materiais. Foram entÃo realizadas isotermas multicomponentes e estudo de sÃtios de adsorÃÃo para o estudo da retenÃÃo de hidrocarbonetos e da influÃncia de fatores composicionais e estruturais nesse fenÃmeno. Observou-se que as MOFs MIL-100 e ZIF-8 sÃo as mais recomendadas para uso em tanques de GNA por critÃrios de capacidade, eficiÃncia adsortiva e estabilidade. Verificou-se ainda que MOFs que apresentam sÃtios de adsorÃÃo pouco dispersos apresentam uma maior tendÃncia à acumulaÃÃo de hidrocarbonetos. / Natural gas, which consists mostly of methane, is a fuel that has been expanding in the global energy market by having a cleaner burning than other petroleum derivatives and are more energy efficient. However, it has a great disadvantage compared to other fuels: it is difficult to be stored due to its low energy density. Microporous materials have been used to increase the energy density by adsorption. However, one of the problems encountered in using these materials it comes to the decrease in adsorption capacity after charge and discharge cycles of the storage tanks. The study of this problem, however, requires a large number of experiments and a relatively sophisticated equipment. This paper proposes themolecular simulation as a valid methodology to study the retention of alkanes in activated carbon, and eight metalorganic structures: IRMOF - 1, ZIF - 8, CuBTC, PCN- 11, PCN -14, UiO -66, MIL -100 and MIL- 101. We considered the natural gas as a mixture of methane (C1), ethane (C2), propane (C3) and butane (C4) in the proportions respectively 84,7:10:0,9:0,1. For the validation of the models used in the simulations, the simulated isotherms of C1, C2, C3 and C4 were adjusted to fit the experimental ones, obtained from the literature data for every material. Multicomponent isotherms were then performed, the retention of hydrocarbons were studied as well as the influence of compositional and structural factors to this phenomenon. We noticed that the MOFs MIL-100 and ZIF-8 are the most recommended to use in GNA tanks according to the criteria of capacity, adsorption efficiency and stability. We verified as well that MOFs that have adsorption sites too localized present a larger tendency to the accumulation of hydrocarbons.

A heparina foi isolada no início do século XX e permanece, até os dias atuais, como um dos mais importantes e eficientes agentes terapêuticos de ação antitrombótica. Sua atividade anticoagulante deve-se à ativação da antitrombina (AT), uma serpina responsável pela inibição fisiológica de serino-proteinases plasmáticas, tais como fIIa e fXa. Os esforços no sentido da elucidação dos aspectos estruturais e dinâmicos associados ao reconhecimento molecular da heparina pela AT, em nível atômico, vêm encontrando diversas dificuldades, principalmente associadas aos compostos sacarídicos. Em decorrência de sua elevada polaridade e flexibilidade, glicosaminoglicanos como a heparina são difíceis de estudar e modelar. Soma-se a isto o fato de que os resíduos de iduronato presentes na heparina (IdoA) apresentam um incomum equilíbrio conformacional entre estados de cadeira (1C4) e bote-torcido (2SO), sendo esta última estrutura postulada como a possível conformação bioativa. Sendo assim, este trabalho apresenta um estudo de modelagem molecular do perfil conformacional da heparina, tanto em solução quanto complexada à AT, utilizando cálculos ab initio e simulações de dinâmica molecular (DM) Em decorrência da ausência de parâmetros capazes de descrever polissacarídeos nos campos de força atualmente disponíveis, cargas atômicas foram geradas, utilizando-se os esquemas de Mulliken, Löwdin e cargas ajustadas ao Potencial Eletrostático, através de cálculos quantum-mecânicos na base 6-31G** e testadas na simulação de DM da heparina. Diversas condições de simulação, tais como modelos de água, concentrações de sais e as conformações 1C4 e 2SO do IdoA, foram avaliadas de forma a identificar as melhores condições para a descrição conformacional da heparina em solução. O protocolo de DM obtido foi então utilizado no estudo do complexo AT-heparina. Os resultados obtidos estão de acordo com os dados experimentais atualmente disponíveis acerca da conformação da heparina e da contribuição energética de cada resíduo de aminoácido da AT para a formação do complexo com a heparina. A partir dos cálculos ab initio realizados, foi proposto um refinamento na estrutura da heparina determinada por RMN, enquanto que as simulações de DM permitiram reinterpretar aspectos da estrutura tridimensional da AT determinada por cristalografia de raios-X. Adicionalmente, os dados obtidos sugerem que não há requerimento conformacional para a interação do IdoA com a AT Globalmente, os dados indicam que simulações de DM podem ser utilizadas para representar adequadamente a conformação da heparina, assim como para caracterizar e quantificar suas interações com a AT. Assim sendo, propomos o uso de simulações de DM do complexo entre a AT e a heparina, ou entre a AT e compostos derivados da heparina, como uma ferramenta útil no processo de desenvolvimento de novos agentes antitrombóticos e anticoagulantes.

PINTO JÚNIOR, Vanir Reis. Análise estrutural de uma lectina de sementes de Diocle lasiophylla Mart. ex Benth e avaliação do seu efeito vasorelaxante, inflamatório e nociceptivo. 2016. 111 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia de Recursos Naturais)-Universidade Federal do Ceará, 2016. / Submitted by Aline Mendes (alinemendes.ufc@gmail.com) on 2016-08-29T18:39:59Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_vrpintojunior.pdf: 52654456 bytes, checksum: 6c7e922a7f28ee5e400ed43dda78bd59 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-29T22:52:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_vrpintojunior.pdf: 52654456 bytes, checksum: 6c7e922a7f28ee5e400ed43dda78bd59 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T22:52:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_vrpintojunior.pdf: 52654456 bytes, checksum: 6c7e922a7f28ee5e400ed43dda78bd59 (MD5) Previous issue date: 2016 / Lectins are (glyco)proteins of non-immune origin, capable of reversibly binding to specific mono or oligosaccharides, via a non-catalytic domain. The legume family is the most well-studied group, with many lectins purified, structurally characterized and applied in biological and biotechnological activities. The subtribe Diocleinae presents lectins that have high structural similarity, but different effects on biological activity assays. This variability is due to small differences which may be analyzed by structural studies. In context, this study aims to structurally characterize and analyze the effect on contractility, inflammation and nociception studies, of a lectin present in Dioclea lasiophylla Mart. ex Benth seeds, species of the Leguminosae family, Papilionoideae subfamily, Phaseoleae tribe, Diocleinae subtribe. The lectin (DlyL) was purified in a single step by affinity chromatography on Sephadex G-50 matrix. The primary sequence of DlyL was determined by tandem mass spectrometry (MS/MS) and sequencing of the gene encoding to the lectin, showing high similarity with others lectins from species of the same genus. The three-dimensional structure of DlyL complexed with X-Man was predicted in silico by homology modelling. DlyL presented vasorelaxant effect on smooth muscle of rat’s endothelialized aortas as well as inflammatory activity in the rat paw edema model. The lectin presented hipernociceptive effect associated with inflammation, determined by Von Frey method. / Lectinas são (glico)proteínas de origem não imune, capazes de se ligarem reversivelmente a mono ou oligossacarídeos específicos, através de um domínio não catalítico. A família das leguminosas representa o grupo mais bem estudado, com muitas lectinas purificadas, caracterizadas estruturalmente e aplicadas em atividades biológicas e biotecnológicas. A subtribo Diocleinae apresenta lectinas que possuem alta similaridade estrutural, porém apresentam diferentes efeitos em ensaios de atividade biológica. Esta variabilidade é devido a pequenas diferenças que podem ser analisadas em estudos estruturais. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo caracterizar estruturalmente, bem como analisar o efeito em modelos de contratilidade, inflamação e nocicepção, de uma lectina presente em sementes de Dioclea lasiophylla Mart., espécie pertencente à família Leguminosae, subfamília Papilionoideae, tribo Phaseoleae, subtribo Diocleinae. A lectina (DlyL) foi purificada em uma única etapa através de cromatografia de afinidade em matriz Sephadex G-50. A sequência primária de DlyL foi determinada por espectrometria de massas em tandem (MS/MS) em conjunto com o sequenciamento do gene que codifica para a lectina, que apresentou alta similaridade com outras lectinas de espécies da mesma subtribo. A estrutura tridimensional de DlyL complexada com X-Man foi predita in silico através de modelagem por homologia. DlyL apresentou efeito vasorelaxante em músculo liso de aortas endotelizadas de rato, como também atividade inflamatória no modelo de edema de pata em rato. A lectina apresentou efeito hipernociceptivo associado a inflamação, determinado pelo método Von Frey.